View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0215-INSERTION-4 (Length: 749)

Name: NF0215-INSERTION-4
Description: NF0215
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0215-INSERTION-4
NF0215-INSERTION-4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-749)||(29878363-29879105)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 648; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 648; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Original strand, 29878363 - 29879105
Alignment:
Q  8 ggtgaggtgtagactcccgagagaaacacatgagaccacatggaaagcttcttaacttgcaaattggaatatttagactttaagtgagtgtcttttgatt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29878363 ggtgaggtgtagactcccgagagaaacacatgagaccacatggaaagcttcttaacttgcaaattggaatatttagactttaagtgagtgtcttttgatt 29878462  T
Q  108 aattaaaacctctttaattgacctttgtacttactaattactcnnnnnnnnnnnnnnnnnttgccctagctagggagaggtacacatatgtttgactttt 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29878463 aattaaaacctctttaattgacctttgtacttactaattactcaaaaaaaaaaaaaaa--ttgtcctagctagggagaggtacacatatgtttgactttt 29878560  T
Q  208 ttggattgattattattatgataagagttgtagctggaccctttaaatcttt-atttattttttgtaaatgtcaaaatcattatttggtgtcaataattg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29878561 ttggattgattattattatgataagagttgtagctggaccctttaaatcttttatttattttttgtaaatgtcaaaatcattatttggtgtcaataattg 29878660  T
Q  307 ctatatataatgttggtaaggcatgaaattaagta---gtgagcaaataaaaacacatagatcgaaatgaatatcatgcagctgaaatgaaggaaatagc 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  29878661 ctatatataatgttggtaaggcatgaaattaagtactagtgagcaaataaaaacacatagatcgaaatgaatagcatgcagctgaaatgaaggaaatagc 29878760  T
Q  404 taggaggaatcatgagcagatacaatgcatggtttccctatcacctaatttgatgcttcaggtttctttatcaaacgggatgtgagttataagttagtta 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29878761 taggaggaatcatgagcagatacaatgcatggtttccctatcacctaatttgatgcttcaggtttctttatcaaacgggatgttagttataagttagtta 29878860  T
Q  504 tctcaacatgtgtgatttataactatttcttactgaaaactcatcattaatgtgtcagaatgtattgaacaaagtttatctaaggaaaccaaatataaaa 603  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29878861 tctcaacatgtgtgatttataactatttcttactgaaaactcatcattaatgtgtcagaatgtattgaacaaagtttatctaaggaaaccaaatataaaa 29878960  T
Q  604 aataatgcaatttggcataaaaagaatcaaataattgacctcgatgatagatctgccacattggttttacttcaccaacaaaattgtcttcataaatttc 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29878961 aataatgcaatttggcataaaaagaatcaaataattgacctcgatgatagatctgccacattgg-tttacttcaccaacaaaattgtcttcataaatttc 29879059  T
Q  704 tctcattgaaatttaactaacacgttcactatacatgcatgcatga 749  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29879060 tctcattgaaatttaactaacacgttcactatacatgcatgcatga 29879105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1056 times since January 2019
Visitors: 2388