View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0215-INSERTION-6 (Length: 632)

Name: NF0215-INSERTION-6
Description: NF0215
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0215-INSERTION-6
NF0215-INSERTION-6
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (8-632)||(38305748-38306362)
chr8 (24-631)||(38320575-38321182)
chr8 (8-632)||(38299829-38300453)
chr8 (8-632)||(38313067-38313694)
chr8 (12-607)||(38325346-38325944)
chr8 (8-632)||(38316476-38317103)
chr8 (8-628)||(38308485-38309100)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-632)||(38850242-38850869)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 566; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 38306362 - 38305748
Alignment:
Q  8 gttggcagtttcacaaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaag 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306362 gttggcagtttcacgaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttcca----------ctcttttgcagaaggacacgagacataatcaccatcatacaag 38306273  T
Q  108 tgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306272 tgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaac 38306173  T
Q  208 tgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306172 tgtcaataccaccaaccttttcaacgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtc 38306073  T
Q  308 accactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttcc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38306072 accactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttcc 38305973  T
Q  408 aaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactca 507  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305972 aaaccaagatgagatttcaactgttcttgcaaaatgttgtccttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactca 38305873  T
Q  508 aaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatg 607  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38305872 aaaactcaaccattctctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatg 38305773  T
Q  608 cgcagtcaaacagatataagtctca 632  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  38305772 cgcagtcaaacagatataagtctca 38305748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 24 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 38321182 - 38320575
Alignment:
Q  24 aaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaaaactttcaaaca 123  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||| | ||||||||| |||| | | ||| ||||  |  |||||| | ||||||||||||||| |||||||||||    
T  38321182 aaaggcaacaagaacacacaaatcttttcaactcttttccattcttctaccgaaggacataactcataattatcatcatacaagtgaagactttcaaaca 38321083  T
Q  124 catgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtcaataccaccaac 223  Q
    ||     ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  38321082 cacacctatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccagatgcaagcgaactgaactatcaacaccaccaac 38320983  T
Q  224 cttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcaccactaactagtttt 323  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||||||||||     
T  38320982 cttttcaacgcactccttaaatttttgccttcgactctttgaatccctaaaaaacaagatgctctgtctaattttcgacacagcatcactaactagtttc 38320883  T
Q  324 aacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaaccaagatgagatt 423  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||    
T  38320882 aacccctcttcaacaatcaattttaaaacacgtgcataacaatgcccgtgaaagaactccccatcacataacaacccattttgcaaaccaagttgagttt 38320783  T
Q  424 gcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccatttt 523  Q
     |||  |||||||||||||||  |||| | |||| || |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38320782 tcaatagttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaagatctttttctctattccccaatcactcaaaaactcaaccattct 38320683  T
Q  524 ctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatgcgcagtcaaacagata 623  Q
    |||||||||||| ||| |||||||   ||||  ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||| ||||||| || |||||||| |||    
T  38320682 ctcacacatctcagctccagtgggatcaacagtacagaaggtgagaaccttactctttaatttccaattcgcgtcagcaaaatgagcggtcaaacaaata 38320583  T
Q  624 taagtctc 631  Q
    ||||||||    
T  38320582 taagtctc 38320575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 8 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 38300453 - 38299829
Alignment:
Q  8 gttggcagtttcacaaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaag 107  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||  | |||||||||||||| | | ||| ||||  | ||||||  | |||||||||||    
T  38300453 gttggcagtttcactaaaaggcaacaagaacacacaaatcttttgtactcttttccactcttctaccgaaggacataacacataactatcatcatacaag 38300354  T
Q  108 tgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaac 207  Q
    |||| ||||||||||||| |  |||||||||||||||| || |||||  ||||||||||||||||  |  ||| | |||||| |||||||||||| ||||    
T  38300353 tgaagactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcattgaataagttgagttcactcttttaggcgtgtccagatgcaagcgaacggaac 38300254  T
Q  208 tgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtc 307  Q
      |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||| | |    
T  38300253 aatcaacaccaccaacctttgcaatacactccttaaatttttcccttccactctttgaatgcctcacaaacatgatgctatctctaattttacacaggac 38300154  T
Q  308 accactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttcc 407  Q
    | | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| ||||| | |    
T  38300153 atccctaactagtttcaacccctcttcaacaatcagttttaaaatgcgtgcaaaacaatgcccgtgaaagaactccccgtcacataacaacccattatgc 38300054  T
Q  408 aaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactca 507  Q
    ||| |||| |||  ||| || | |||||||||||| || ||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||    
T  38300053 aaaacaagttgattttgaaatttttcttgcaaaattttattcttaaatgaatcttctaaagtgagagagaaaatcttttcctctattccccaatcattca 38299954  T
Q  508 aaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatg 607  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38299953 agaactcaaccattctctcacacatctcagatacagtgggtaaaacaagacagaaattaagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatg 38299854  T
Q  608 cgcagtcaaacagatataagtctca 632  Q
     || |||||||||||||||||||||    
T  38299853 agcggtcaaacagatataagtctca 38299829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 8 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 38313694 - 38313067
Alignment:
Q  8 gttggcagtttcacaaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaag 107  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||| |||| ||| | | |||| ||  |||||||| |||||||||||    
T  38313694 gttggcagtttcacaaaaaggtaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccagtcttctgccgcaggacatgaatcataatcatcatcatacaag 38313595  T
Q  108 tgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaac 207  Q
    |||| |||||||||| || | ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||  |||||||||| || | |||||||||||| ||||    
T  38313594 tgaagactttcaaacgcacgctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagacatatctagatgcaagcgaaccgaac 38313495  T
Q  208 tgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtc 307  Q
    | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||| ||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| || ||| | ||  |    
T  38313494 tatcaacaccaccaaccttttcaacgcactccttaaaaaatttccatctactcttggaatgccttacaaacaaaatgctctctctgatcttacagacaac 38313395  T
Q  308 accactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttcc 407  Q
    ||    ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  38313394 actctcaactagttttaacccttcatcaacaatcaggtttaaaacgcgggcaaaacaatgcacatgaaagaactctccatcacataacaacccattttgc 38313295  T
Q  408 aaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactca 507  Q
    |||| ||| |||  ||  || ||||||||||||||||  |||| | |||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38313294 aaacaaagttgattttttaattgttcttgcaaaatgtcattctcagatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactca 38313195  T
Q  508 aaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagt----gggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaa 603  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||    |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |    
T  38313194 aaaactcaaccattctctcacacatctcagctccagtaggagggt-aaacaagacagaagttgagaactttactatttaacttccaattcgcatcaacga 38313096  T
Q  604 aatgcgcagtcaaacagatataagtctca 632  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  38313095 aatgagcagtcaaacaaatataagtctca 38313067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 12 - 607
Target Start/End: Complemental strand, 38325944 - 38325346
Alignment:
Q  12 gcagtttcacaaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaagtgaa 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||| |||||| | | ||| ||||  |  |||||| | | |||||||||||||    
T  38325944 gcagtttcacaaaaaggcaacaagaatgcacagatcttttctactcttttctactcttctaccgaaggacataactcataattatcctcatacaagtgaa 38325845  T
Q  112 aactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaactgtc 211  Q
     ||||||||||||| |  |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||  ||||  |||||||||||| ||||| ||    
T  38325844 gactttcaaacacacgccgatatttaagagcactttcaagcatcaaataagttgagttcagactcatagacgagtcctgatgcaagcgaacggaactatc 38325745  T
Q  212 aataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtcacca 311  Q
     | ||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || ||    
T  38325744 gacaccaccaaccttttcaatgcattccttaaatttctcccttctactctttgaatgcctcacaaacatgatgctctctctaatttttgacacggcatca 38325645  T
Q  312 ctaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttccaaac 411  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||    
T  38325644 ctaactagtttcaacccgtcttcaacaatcagatttaaaacacgtgcaaaacagtgcccgtgaaagaactctccatcacacaacaacccattttgcaaac 38325545  T
Q  412 caagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactcaaaaa 511  Q
    |||||||||||| ||| |||||||| | ||  || ||||  | ||| || |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  38325544 caagatgagatttcaattgttcttgtagaacattattctcgactgaatcatctaaagtaagagaaaaaatctttttctctattccccaatcattcaacaa 38325445  T
Q  512 ctcaaccattttctcacacatctcggctacagtg---ggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaaatg 607  Q
     |||| |||| | |||||||||||  |  |||||   ||  | |||  |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  38325444 ttcaatcattctttcacacatctcaccaccagtgtcagggtagacactacagaaattgagaaccttactatttaccttccaattcgcgtcaacaaaatg 38325346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 632
Target Start/End: Complemental strand, 38317103 - 38316476
Alignment:
Q  8 gttggcagtttcacaaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaag 107  Q
    ||||||||||||| ||||||||| || ||| |||||||||||||| | |||||||||||| | |||  || ||||  |    |||| | |||||||||||    
T  38317103 gttggcagtttcataaaaaggcagcaagaacgcacaaatcttttcaactcttttccactcatgtgctaaaggacataactggtaattatcatcatacaag 38317004  T
Q  108 tgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaac 207  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||| ||||    
T  38317003 tgaaaactttcaaatacatgccgatatttaagagcactttcaagcatcacataagttgagttcagactcatagacatgtccagatgcaggcaaacagaac 38316904  T
Q  208 tgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtc 307  Q
    | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||  | ||||| |    
T  38316903 tatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttgtccttctattttttgaattcctcacaaacatgatgctgtctcgaattccatacacggc 38316804  T
Q  308 accactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttcc 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |    
T  38316803 accactaactagttttaacccctcttcagcaatcagttttaaaacgcatgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccatttcgc 38316704  T
Q  408 aaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactca 507  Q
    |||| ||| |||  || ||| |||||| ||| ||  || |||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38316703 aaacaaagttgatttttcaattgttctagcataacattattctcaaatgaatcatctaaagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattca 38316604  T
Q  508 aaaactcaaccattttctcacacatctcggctaca----gtgggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaa 603  Q
    | || |||| |||| ||||  | ||||| ||| ||    | |||| |||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  38316603 acaattcaatcattctctccgaaatctccgctgcaataggagggt-aaacaagacgaaagttgagaaccttactattcaacttccaattcgcgtcaacaa 38316505  T
Q  604 aatgcgcagtcaaacagatataagtctca 632  Q
    |||| || |||||||| ||||||||||||    
T  38316504 aatgagctgtcaaacaaatataagtctca 38316476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 8 - 628
Target Start/End: Complemental strand, 38309100 - 38308485
Alignment:
Q  8 gttggcagtttcacaaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaag 107  Q
    |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| | | |||| ||  ||||| || | |||||||||    
T  38309100 gttggcagtttcgctaaaaggcaacaagaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttctgccgcaggacatgaatcataaccatcgtcatacaag 38309001  T
Q  108 tgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaac 207  Q
    |||| |||||||||  || | ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||| ||||| ||||    
T  38309000 tgaagactttcaaatgcaagctgatatttaagagcactttgaagcatcaaataagttgagttcactctcatagacatgtctagatgcaaacgaacagaac 38308901  T
Q  208 tgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtc 307  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   |||||||||   ||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||| |    
T  38308900 tatcaacaccaccaaccttttcaatgcactccttaaatttttccctgtgactctttgatcgcctcacaaacatgatgctctttctaatcttatacacggc 38308801  T
Q  308 accactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttcc 407  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  38308800 accactaactagtttacacccctcttcaacaatcagttttaaaacatgtgcaaaacaatgagcatgaaagaactctccatcacataacaacccattttcc 38308701  T
Q  408 aaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactca 507  Q
    |||||||| ||||  | ||| |||| ||||| ||  || |||| |||||| || |||||| | |  || |||||||||||||||| |||||||||         
T  38308700 aaaccaagttgagtcttcaattgttgttgcagaacattattctcaaatgaatcatctaaagtaaatgaaaaaatctttttctctactccccaatc----- 38308606  T
Q  508 aaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagt---gggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaa 604  Q
       | ||||||||| |||||||||| | |||| ||||    || ||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38308605 ---attcaaccattctctcacacatataggctccagtaggagggaaaacaagacagaaattgaaaagcttactatttaacttccaatccgcgccaacaaa 38308509  T
Q  605 atgcgcagtcaaacagatataagt 628  Q
    ||| || |  ||||| ||||||||    
T  38308508 atgagcggataaacaaatataagt 38308485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 230; Significance: 1e-126; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 8 - 632
Target Start/End: Original strand, 38850242 - 38850869
Alignment:
Q  8 gttggcagtttcacaaaaaggcaacatgaatgcacaaatcttttccattcttttccactcttttgcagaaagacacgagacataatcaccatcatacaag 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||  || ||| ||||  |  |||||  | |||||||||||    
T  38850242 gttggcagtttcacaaaaaggcaacaggaatgcacaaatcttttctactcttttccactcttccgccgaaggacataaatcataactatcatcatacaag 38850341  T
Q  108 tgaaaactttcaaacacatgttgatatttaagagcactatcgagcatcaaataagttgagttcacagtcatagacatgtccatatgcaagcgaactgaac 207  Q
    ||||||||||||||| ||    | ||||||||||| || || |||| || |||||||||  ||| | ||||||| || |||| ||| ||| |||| ||||    
T  38850342 tgaaaactttcaaacgcacaccggtatttaagagctctttcaagcaacatataagttgaactcaaactcatagatatatccaaatgtaagtgaaccgaac 38850441  T
Q  208 tgtcaataccaccaaccttttcaatgcactccttaaattttttccttctactctttgaatccctcacaaacaagatgctctctctaattttagacacgtc 307  Q
    | |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| || |||  |||  |    
T  38850442 tatcaacaccaccaaccttttcaaagcactccttaaatttttccctcctactctttgaatgcctcacaaacatgatactctctctgatcttatgcacacc 38850541  T
Q  308 accactaactagttttaacccctcttcaacaatcagttttaaaacgcgtgcagaacaatgcctgtgaaagaactctccatcacataacaaaccattttcc 407  Q
    ||  ||||||||||||||| | |||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  38850542 acagctaactagttttaacgcttcttcaactatctgatttaaaacgcgtgcaaaacaattcacatgaaagaactctccatcacataacaaaccattttgc 38850641  T
Q  408 aaaccaagatgagattgcaactgttcttgcaaaatgttgttcttaaatgagtcctctaaattgagagagaaaatctttttctctattccccaatcactca 507  Q
    ||| |||| |||| || ||| |||||||||||||| |  |||| | |||| || || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  38850642 aaaacaagttgagttttcaattgttcttgcaaaatctcattctcagatgaatcatcaatagtgagagagaaaatctttttctctattccccaatcattca 38850741  T
Q  508 aaaactcaaccattttctcacacatctcggctacagt---gggtaaaacaacacagaagttgagaaccttactatttaacttccaatccgcgtcaacaaa 604  Q
    | |||||||||||| ||||||| |||||  |   |||    ||  |||||| || ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38850742 acaactcaaccattctctcacaaatctccccactagtaggaggataaacaagacggaaattgataaccttactatttaacttccaattcgcgtcaacaaa 38850841  T
Q  605 atgcgcagtcaaacagatataagtctca 632  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  38850842 atgagcagtcaaacaaatataagtctca 38850869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1147 times since January 2019
Visitors: 2389