View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0217Ase30 (Length: 410)

Name: NF0217Ase30
Description: NF0217
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0217Ase30
NF0217Ase30
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (10-404)||(60758-61152)
scaffold0006 (10-373)||(176294-176657)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (17-404)||(13437889-13438276)
chr1 (10-373)||(13553815-13554178)
chr1 (10-404)||(13613512-13613918)
chr1 (10-373)||(13518462-13518825)
chr1 (10-373)||(20509047-20509410)
chr1 (10-390)||(19177552-19177932)
chr1 (10-404)||(13687952-13688357)
chr1 (10-404)||(20379111-20379517)
chr1 (21-373)||(13678712-13679065)
chr1 (10-404)||(19134901-19135307)
chr1 (10-351)||(15894449-15894790)
chr1 (11-371)||(16447600-16447960)
chr1 (11-349)||(16494446-16494781)
chr1 (15-288)||(19333880-19334153)
chr1 (108-288)||(19342550-19342730)
chr1 (315-372)||(16463733-16463790)
[»] scaffold0069 (2 HSPs)
scaffold0069 (10-404)||(49413-49819)
scaffold0069 (10-373)||(43860-44223)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (10-404)||(20767375-20767780)
chr8 (110-150)||(20850072-20850112)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-353)||(38049828-38050171)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (10-371)||(22271997-22272358)
chr6 (110-150)||(21816714-21816754)
[»] scaffold0068 (3 HSPs)
scaffold0068 (103-373)||(30928-31198)
scaffold0068 (367-404)||(31204-31241)
scaffold0068 (110-150)||(34431-34471)


Alignment Details
Target: scaffold0006 (Bit Score: 287; Significance: 1e-161; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 287; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 10 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 61152 - 60758
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  61152 gaggatcctcattccatatgtgcttcaatttgggtaaagtagacaaactcaatcttttcaattgagtgctttgttttatcaatatttcttgtgacttcat 61053  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  61052 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 60953  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  60952 tgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagatgtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 60853  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaattgcatttaagcaatctttaattatgcatta 404  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  60852 cagataaggctaagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaattgcatttaagcaatctttaattatgcatta 60758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 10 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 176657 - 176294
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||    
T  176657 gaggatcctcattccatatgtgcttcaatttgggtaagctagacacagttaatcttttcaattgagtgctttgtttaatcattattttttgtgacttcat 176558  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  176557 acctttcacatcaaacactgcttctaaggaatcacaatcttttacttctagttcttccaatgtttgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 176458  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  176457 tgtgataaaaaatcacatctttccaccacaagatgtttcaaattgcagaacatgttgtgatgaagttggccataccacaaatcctttatctcaggatagt 176358  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaa 373  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||    
T  176357 cagataaggctaagtacttgaattcaccaaatgcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaa 176294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 268; Significance: 1e-149; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 17 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 13438276 - 13437889
Alignment:
Q  17 ctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcatacctttc 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||| || |||||||||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  13438276 ctcgttccatatgtgcttcaatttgggtaagctagataaagtcagtcttttcaattgactgctttgtttaatcattatttcttgtgacttcaaacctttc 13438177  T
Q  117 acatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatgtgtgata 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  13438176 acatcaaacactgcttctaatgaatcgcaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcaattgcattacatttaatggaaaaagtatatgtgata 13438077  T
Q  217 agaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagtcagataa 316  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||    
T  13438076 agaaatcacatctttccaccacaagatgtttcaaattgcaaaacacattgtgatgaagttgaccataccacacatcctttagctcaggatagtcagacaa 13437977  T
Q  317 ggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaattgcatttaagcaatctttaattatgcatta 404  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13437976 ggctaagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcattcaaataaatatatcaaaattgcttttaagcaatctttaattatgcatta 13437889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 260; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 10 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 13554178 - 13553815
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  13554178 gaggatcctcgttccatatgtgcttcaatttgggtaaagtagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgtttaatcattatttcttgtgacttcat 13554079  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  13554078 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 13553979  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  13553978 tgtgataaaaaatcacatctttccaccacaagatgtttcaaattgcagaacaagttgtgatgaagttggccataccacaaatcctttatctcaggatagt 13553879  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaa 373  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  13553878 cagataaggctaagtactcgaatttaccaaatgcaacctgatcattcaaataaataaatcaaaa 13553815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 10 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 13613918 - 13613512
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  13613918 gaggatcctcgtgccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcttttcaattgagtgttttcttttatcaatatttcttgtgacttcat 13613819  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||      
T  13613818 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcgcaatcttttacttctagttcttccaatgtatgtagcactttcattacatttgatggaaaaagtaca 13613719  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  13613718 tgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagatgtttcaaactgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 13613619  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaat------------aaatatatcaaaattgcatttaagcaatctttaatta 397  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||            ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13613618 cagataatgctaagtacttgagtttaccaaatgcaacctgatcatgtaaattaataaatcaaaaaacaaatcaaaattgcatttaagcaatctttaatta 13613519  T
Q  398 tgcatta 404  Q
    |||||||    
T  13613518 tgcatta 13613512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 10 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 13518825 - 13518462
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  13518825 gaggatcctcattccatatgtgcttcaatttgggtaaagtagacaaactcaatcttttcaattgagtgatttcttttatcaatatttcttgtgacttcat 13518726  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  13518725 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 13518626  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  13518625 tgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagatgtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 13518526  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaa 373  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  13518525 cagataaggctaagtacttgaattcaccaaatgcaacctgatcattcaaataaataaatcaaaa 13518462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 10 - 373
Target Start/End: Original strand, 20509047 - 20509410
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  20509047 gaggatcctcattccatatatgcttcaatttgggtaaagtagacaaagtcaatcttttcaattgagtgttttcttttatcaatatttcttgtgacttcat 20509146  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  20509147 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcgcaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 20509246  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  20509247 tgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagatgtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 20509346  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaa 373  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||    
T  20509347 cagataaggctaagtacttaaatttaccaaatgcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaa 20509410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 10 - 390
Target Start/End: Original strand, 19177552 - 19177932
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||| | ||  || ||||||||||||||||||||||||    
T  19177552 gaggatcctcattccatatgtgcttaaatttgggtaaagtagacaaagacaatcttttcaattgagagtttgcttttatcaatatttcttgtgacttcat 19177651  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  19177652 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 19177751  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||  |||||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  19177752 tgtgatagaaaatcacacctttccacgacaagatgtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 19177851  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaattgcatttaagcaatct 390  Q
    ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19177852 cagataatgctaagtacttgagtttaccaaatgcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaattgcatttaagcaatct 19177932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 10 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 13688357 - 13687952
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  13688357 gaggatcctcattccatatgtgcttcaatttgggtaaagtagacaaactcaatcttttcaattgagtgctttcttttatcaatatttcttgtgacttcat 13688258  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||      
T  13688257 acctttaacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatctttaacttctagttcttccaatgtctgtagcaattgcattacatttgatgaaaaaagtaca 13688158  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  13688157 tgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagatgtttcaaactgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 13688058  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaat-----------aaatatatcaaaattgcatttaagcaatctttaattat 398  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||           ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13688057 cagataaggctaagtacttgagtttaccaaatgcaacctgatcatgtaaattaataaataaaaaacaaatcaaaattgcatttaagcaatctttaattat 13687958  T
Q  399 gcatta 404  Q
    ||||||    
T  13687957 gcatta 13687952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 10 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 20379517 - 20379111
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  20379517 gaggatcctcattccatatatgcttcaatttgggtaaagtagacaaagtcaatcttttcaattgagtgttttcttttataaatatttcttgtgacttcat 20379418  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  20379417 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcgcaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 20379318  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  20379317 tgtgataaaaaatcacacctttccacgagaagatgtttcaaattgcagaacacattgcagtgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 20379218  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatc------------aaaattgcatttaagcaatctttaatta 397  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||| |||            ||||||||||||||||||||||||||||    
T  20379217 cagataaggctaagtacttgaatttacaaaatgcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaagacaaattaaaattgcatttaagcaatctttaatta 20379118  T
Q  398 tgcatta 404  Q
    |||||||    
T  20379117 tgcatta 20379111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 21 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 13679065 - 13678712
Alignment:
Q  21 ttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcatacctttcacat 120  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13679065 ttccatatgtgcttcaatttgggtaagctagacacagttaatcttttcaattgagtgctttgtttaatcattattttttgtgacttcatacctttcacat 13678966  T
Q  121 caaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatgtgtgataagaa 220  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||    
T  13678965 caaacactgcttctaaggaatcacaatcttttacttctagttcttccaatgtttgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtacatgtgataaaaa 13678866  T
Q  221 at-cacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagtcagataagga 319  Q
    || ||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||     
T  13678865 atacacatctttccaccacaagatgtttcaaattgcagaacatgttgtgatgaagttggccataccacaaatcctttatctcaggatagtcagataaggc 13678766  T
Q  320 taagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaa 373  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||    
T  13678765 taagtacttgaattcaccaaatgcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaa 13678712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 10 - 404
Target Start/End: Original strand, 19134901 - 19135307
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||| ||| |||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  19134901 gaggattctcattccatatgtgcttcagtttgggtaaagtagacaaactcaatcttttcaattgagtgctttgttttatcaatatttcttgtgacttcat 19135000  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| || | || | ||  |  |||||||||||||||||||      
T  19135001 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctaattcttccaatctaagtaggacttcaagaacatttgatggaaaaagtaca 19135100  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||  || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  19135101 tgtgataaaaaatcacatctttccacgactagatgtttcaaattgcagaacacattgtgatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 19135200  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaat------------atatcaaaattgcatttaagcaatctttaatta 397  Q
    ||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||| | |||| |||            | |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19135201 cagataaggctaagtacacgaatttaccaaatgcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaagacaaatcaaaattgcatttaagcaatctttaatta 19135300  T
Q  398 tgcatta 404  Q
    |||||||    
T  19135301 tgcatta 19135307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 10 - 351
Target Start/End: Original strand, 15894449 - 15894790
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| | |||||||||||||| |||||  |||||  | ||||  |||||||||||||||||||||||    
T  15894449 gaggatcctcattccatatgtgcttcaatttaggtaagctagacaaagtcaatcttttcagctgagttttctgtttaatcaatatttcttgtgacttcat 15894548  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  | | |||| ||| |  |||||||||||||||||||      
T  15894549 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttcttccaatccaagtagcacttgaagaacatttgatggaaaaagtaca 15894648  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||||| ||||||||  |  |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15894649 tgtgataaaaaatcacatctttctaccacaagatgtttcaaattgcagaacacgctatgatgaagttgaccataccacaaatcctttagctcaggatagt 15894748  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgat 351  Q
    ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  15894749 cagataaggctaagtacttgaattcaccaaatgcaacctgat 15894790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 371
Target Start/End: Original strand, 16447600 - 16447960
Alignment:
Q  11 aggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcata 110  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| || ||||||||||| | ||||||| |||| ||||||| ||||| |||||||| || ||||| |    
T  16447600 aggatcctcattccatatgtgtttcaagtttggtaagccggacaaagtcaaacttttcaatcgagttctttgttttatcagtatttcttttgtcttcaaa 16447699  T
Q  111 cctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatgt 210  Q
     || |||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||  ||| | || ||||| ||||||||||||||||||||  |    
T  16447700 tctctcacatcaaacacaacttctaatgaatcacaatttcttacttctagttcctccaatccatgtaacacttgcactacatttgatggaaaaagtactt 16447799  T
Q  211 gtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagtc 310  Q
    ||||||| || |||||||  |||| ||| |||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||  ||||||||| | | ||| ||| ||||  | |||    
T  16447800 gtgataaaaagtcacatcgttccaccactagatgtttcaaattgcaaaacacattgtgatcaagtctgccataccaaatatcctctagttcagagtggtc 16447899  T
Q  311 agataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaa 371  Q
    |||||||| ||| || ||||||| || ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  16447900 agataaggctaaatatttgaattcacgaaatgcaacctaatcaatcaaataagtatatcaa 16447960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 11 - 349
Target Start/End: Original strand, 16494446 - 16494781
Alignment:
Q  11 aggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcata 110  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||| || ||||| | |||||||| |||   |||||||||||| ||||||| |||   |||||| | ||||||||||    
T  16494446 aggatcctcattccatatgtgtttcaagtttggtaagctagacaaagacaaaattttcaattgagttctttgttttatttgtatttcatctgacttcata 16494545  T
Q  111 cctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatgt 210  Q
    |||  ||||||||||||  |||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||| |  ||| |||  ||||| |||||||||||| |||||||  |    
T  16494546 cctcgcacatcaaacacaacttctaattaatcacaatctcttacttctagttcttccactccatgtagcgcttgcagtacatttgatggtaaaagtacat 16494645  T
Q  211 gtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagtc 310  Q
    ||||||   |||||||||| |||| ||| | |||||||||||| || |||   ||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||  | |||||    
T  16494646 gtgatacataatcacatctttccaccactaaatgtttcaaattgcaaaac---ttgtgatcaagtttgccataccacaaatcctttagctctaggtagtc 16494742  T
Q  311 agataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctg 349  Q
     ||||||| ||  || || |||| || ||||||||||||    
T  16494743 ggataaggctagatatttcaattcacgaaatgcaacctg 16494781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 15 - 288
Target Start/End: Original strand, 19333880 - 19334153
Alignment:
Q  15 tcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcatacctt 114  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||| ||||| | ||||||||| |||  |||||||| ||   |||| |  | |||| ||||||  || |  |||| ||    
T  19333880 tcctcattccatatgtgcttcagttttggtaagctagacaaagttaattttttcaattcagcaatttgcttcaccaatttttctttagattgaatacatt 19333979  T
Q  115 tcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatgtgtga 214  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | ||||| || | ||| | | || | |||| ||||| || |||||||||||||||||  | |||    
T  19333980 tcacatcaaacactgtttctaatgaatcacagtctctcacttcaagctcttcgagtctaagaagcacttgcaatatatttgatggaaaaagtacatttga 19334079  T
Q  215 taagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccaca 288  Q
     || ||||||||||  | ||  || ||   ||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  19334080 caaaaaatcacatcgttgcacgactagtgatttcaaattgcaaaacacattggggtgaagttggccataccaca 19334153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 108 - 288
Target Start/End: Original strand, 19342550 - 19342730
Alignment:
Q  108 atacctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagta 207  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||| | ||||| || | ||| | |  | | |||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  19342550 atacctttcacatcaaaaactgtttctaatgaatcacagtctctcacttcaagctcttcgagtcgaagaagcacttgcaatatatttgatggaaaaagta 19342649  T
Q  208 tgtgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccaca 288  Q
      | ||| || ||||||||||  | ||  |  ||   ||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  19342650 catttgacaaaaaatcacatcgttgcacgattagtgatttcaaattgcaaaacacattggggtgaagttggccataccaca 19342730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 372
Target Start/End: Original strand, 16463733 - 16463790
Alignment:
Q  315 aaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaa 372  Q
    |||||||| || ||||||| |  |||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  16463733 aaggataaatatttgaattcaagaaatgcaacctgatcaatgaaattaatatatcaaa 16463790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 238; Significance: 1e-131; HSPs: 2)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 10 - 404
Target Start/End: Complemental strand, 49819 - 49413
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||    
T  49819 gaggatcctcattccatatatgcttcaatttgggtaaagtagacaaagtcaatcttttcaattgagtgttttcttttataaatatttcttgtgacttcat 49720  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  49719 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcgcaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 49620  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  49619 tgtgataaaaaatcacacctttccacgagaagatgtttcaaattgcagaacacattgcagtgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 49520  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatc------------aaaattgcatttaagcaatctttaatta 397  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||| |||            ||||||||||||||||||||||||||||    
T  49519 cagataaggctaagtacttgaatttacaaaatgcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaagacaaattaaaattgcatttaagcaatctttaatta 49420  T
Q  398 tgcatta 404  Q
    |||||||    
T  49419 tgcatta 49413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 10 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 44223 - 43860
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||| ||| ||||||||||||||||    
T  44223 gaggatcctcattccatatatgcttcaatttgggtaaagtagacaaagtcaatcttttcaattgagtgttttcttttattaatttttcttgtgacttcat 44124  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  44123 acctttcacatcaaacactgcttttaatgaatcgcaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 44024  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  44023 tgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagatgtttcaatttgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 43924  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaa 373  Q
    |||| |||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||    
T  43923 cagaaaaggctaagtacacgaattcaccaaatgcaacctgatcattcaaataaataaatcaaaa 43860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 232; Significance: 1e-128; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 10 - 404
Target Start/End: Original strand, 20767375 - 20767780
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  20767375 gaggatcctcattccatatgtgcttcaatttgggtaaagtagacaaagtcaatcttttcaattgagtgttttcttttatcaatatttcttgtgacttcat 20767474  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  20767475 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcgcaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 20767574  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || ||||  |||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  20767575 tgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagatgtttcaagttgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctcaggatagt 20767674  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaa-----------ttgcatttaagcaatctttaattat 398  Q
    |||| |||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||           || ||||||||||||||||||||||    
T  20767675 cagaaaaggctaagtacacgaattcaccaaatgcaacctgatcattcaaataaataaatcaaaagaaaatcaaaatttcatttaagcaatctttaattat 20767774  T
Q  399 gcatta 404  Q
    ||||||    
T  20767775 gcatta 20767780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 110 - 150
Target Start/End: Original strand, 20850072 - 20850112
Alignment:
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatctt 150  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  20850072 acctttcaaatcaaaaactgcttctaatgaattacaatctt 20850112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 10 - 353
Target Start/End: Original strand, 38049828 - 38050171
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    ||||||||||||||||||  || || ||||||||||| | ||||||||| || | |||||||||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||     
T  38049828 gaggatcctcgttccatacgtgttttaatttgggtaagctagacaaagttaaacttttcaattgagtgcttcgtttaatcattatttcttgtgacttcaa 38049927  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  38049928 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttcttccagtgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 38050027  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  38050028 tgtgataaaaaatcacacctttccaccacaagatgtttcaaattgcagaacacgttgtgatgaagttgaccataccacaaatcctttagctcgggatagt 38050127  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatca 353  Q
    | || |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38050128 cggacaaggctaagtacttgaatttactaaatgcaacctgatca 38050171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 10 - 371
Target Start/End: Original strand, 22271997 - 22272358
Alignment:
Q  10 gaggatcctcgttccatatatgcttcaatttgggtaaaccagacaaagtcaatcgtttcaattgagtgctttgttgtatcaatatttcttgtgacttcat 109  Q
    |||||||||| |||||||| ||| ||||||| |||||   |||||||||||||| |||||  ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  22271997 gaggatcctccttccatatgtgcgtcaatttaggtaagttagacaaagtcaatcttttcagctgagttctttgtttaatcaatatttcttgtgacttcat 22272096  T
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaaaagtatg 209  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | | || | ||||||||||||||||||||||||||      
T  22272097 acctttcacctcaaaaactgcttctagggaatcacaatcttttacttctagttcttccaatgcaagtagaacttgcattacatttgatggaaaaagtaca 22272196  T
Q  210 tgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctcaggatagt 309  Q
    |||||||| ||||||||| | | || || ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  22272197 tgtgataaaaaatcacatttttgcaccaaaagatgtttcaaattgcagaacacatttcgatgaagttggccataccacaaattctttagctcaggatagt 22272296  T
Q  310 cagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaa 371  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||  |||||||||||||||||| |||| | ||||||||    
T  22272297 cagataaggctaagtatttgagtttaggaaatgcaacctgatcaataaaattagtatatcaa 22272358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 110 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 21816754 - 21816714
Alignment:
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatctt 150  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  21816754 acctttcaaatcaaaaactgcttctaatgaattacaatctt 21816714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 3)
Name: scaffold0068
Description:

Target: scaffold0068; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 103 - 373
Target Start/End: Original strand, 30928 - 31198
Alignment:
Q  103 acttcatacctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatcttttacttctagttattccaatgtatggagcaattgcattacatttgatggaaa 202  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||    
T  30928 acttcatacctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcgcaatcttttacttctagttcttccaatgtctgtagcacttgcattacatttgatggaaa 31027  T
Q  203 aagtatgtgtgataagaaatcacatctatccatcacaagatgtttcaaattacagaacacattgcgatgaagttggccataccacaaaccctttagctca 302  Q
    |||||  |||||||| |||||||| || ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  31028 aagtacatgtgataaaaaatcacacctttccacgacaagatgtttcaaattgcagaacacattgcaatgaagttggccataccacacatcctttagctca 31127  T
Q  303 ggatagtcagataaggataagtacttgaatttaccaaatgcaacctgatcaattaaataaatatatcaaaa 373  Q
    ||||| |||||||||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||| |||||||    
T  31128 ggataatcagataaggctaagtacacgaattcaccaaatgcaacctgatcattcaaattaataaatcaaaa 31198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 367 - 404
Target Start/End: Original strand, 31204 - 31241
Alignment:
Q  367 atcaaaattgcatttaagcaatctttaattatgcatta 404  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31204 atcaaaattgcttttaagcaatctttaattatgcatta 31241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0068; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 110 - 150
Target Start/End: Original strand, 34431 - 34471
Alignment:
Q  110 acctttcacatcaaacactgcttctaatgaatcacaatctt 150  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  34431 acctttcaaatcaaaaactgcttctaatgaattacaatctt 34471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1741 times since January 2019
Visitors: 2393