View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0223_low_5 (Length: 563)

Name: NF0223_low_5
Description: NF0223
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0223_low_5
NF0223_low_5
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (29-469)||(4529535-4529976)
chr3 (34-469)||(4519347-4519783)
chr3 (29-469)||(4397914-4398355)
chr3 (29-436)||(4498320-4498728)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (29-469)||(18033741-18034182)
chr4 (29-469)||(18046971-18047412)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4529976 - 4529535
Alignment:
Q  29 aaatccaacctttttatttctaatcttcctctaaggttgtttagctcacctaactcatttatgttcatacttctattgttcagtacaaaaagtgtcagtg 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4529976 aaatccaacctttttatttctaatcttcctctaaggttgtttagctcacctaactcatttacgttcgtacttctattgttcagtacaaaaagtgtcagtg 4529877  T
Q  129 tttgaagattagtttaactgtcctagcccctgtggcatacatctaaatctcgcacaaccattcaactcaagatgcctaagacttttactgagattttctg 228  Q
    |||||||||||    |||||| ||| ||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  4529876 tttgaagattaacc-aactgtactaacccttgtggcatacatctcaatctctcacaaccattcaactcaagatgcctaagacttttgttgagattttctg 4529778  T
Q  229 gtaatatttcaagctcagaacaatcagaaagttt--gagtttgaaggttctgtaggctagtaatgcccggcggaagatctttaagcacaatactctttga 326  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4529777 gtaatatttcgagctcagaacaatcagaaagttttagagtttgaaggttctgtaggctagtaatgcccggcggaagatctttaagtacaatactctttga 4529678  T
Q  327 tagatcaatatatctcagatgcttcatatcttcaatactatttgggattgctacaatatttaacccacaaagtgtcaacacacgtaagaactttaggcct 426  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4529677 tagatcaatatatctcagatgcttcatctcttcaatactatttgggattgccagaatattcaatccacaaagtgtcaacacacgtaagaactttaagcct 4529578  T
Q  427 gaaaaggaaagagcatttgaccgatgcagataattgcttgcat 469  Q
    |||||||||||| | |||||| || ||||||||||||||||||    
T  4529577 gaaaaggaaagaacgtttgactgacgcagataattgcttgcat 4529535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 34 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 4519783 - 4519347
Alignment:
Q  34 caacctttttatttctaatcttcctctaaggttgtttagctcacctaactcatttatgttcatacttctattgttcagtacaaaaagtgtcagtgtttga 133  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |  |||||| |  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  4519783 caacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagctcacccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtgtttga 4519684  T
Q  134 agattagtttaactgtcctagcccctgtggcatacatctaaatctcgcacaaccattcaactcaagatgcctaagacttttactgagattttctggtaat 233  Q
    |||| |||  ||||||||||||||  ||||||||||| | || ||| | |||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||| |||    
T  4519683 agatcagtc-aactgtcctagcccacgtggcatacatgtcaaactctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctggcaat 4519585  T
Q  234 atttcaagctcagaacaatcagaaagttt--gagtttgaaggttctgtaggctagtaatgcccggcggaagatctttaagcacaatactctttgatagat 331  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||||  ||| ||||||| |||||| ||| |  ||  ||||||||    
T  4519584 atttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttttaagtacattgttccgtgatagat 4519485  T
Q  332 caatatatctcagatgcttcatatcttcaatactatttgggattgctacaatatttaacccacaaagtgtcaacacacgtaagaactttaggcctgaaaa 431  Q
    |||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||    
T  4519484 caatatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcctgagaa 4519385  T
Q  432 ggaaagagcatttgaccgatgcagataattgcttgcat 469  Q
    ||||| | ||| |||| || ||| |  |||||||||||    
T  4519384 ggaaaaatcatctgactgaagcaaacgattgcttgcat 4519347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 29 - 469
Target Start/End: Original strand, 4397914 - 4398355
Alignment:
Q  29 aaatccaacctttttatttctaatcttcctctaaggttgtttagctcacctaactcatttatgttcatacttctattgttcagtacaaaaagtgtcagtg 128  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||  | | ||||||||||   |  |||||| |  |||||||||||||||||| ||||    
T  4397914 aaattcaacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagcctagccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtg 4398013  T
Q  129 tttgaagattagtttaactgtcctagcccctgtggcatacatctaaatctcgcacaaccattcaactcaagatgcctaagacttttactgagattttctg 228  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  4398014 tttgaagatcagtc-aactgtcctagcccccgtggcatacatctcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctg 4398112  T
Q  229 gtaatatttcaagctcagaacaatcagaaagttt--gagtttgaaggttctgtaggctagtaatgcccggcggaagatctttaagcacaatactctttga 326  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||||  ||| ||||||| |||||| ||| |  ||  |||    
T  4398113 gcaatatttcaagcttagaacaatcagcaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttttaagtacattgttccgtga 4398212  T
Q  327 tagatcaatatatctcagatgcttcatatcttcaatactatttgggattgctacaatatttaacccacaaagtgtcaacacacgtaagaactttaggcct 426  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  4398213 tagatcaatatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcct 4398312  T
Q  427 gaaaaggaaagagcatttgaccgatgcagataattgcttgcat 469  Q
    || ||||||| | ||| |||| || ||| |  |||||||||||    
T  4398313 gagaaggaaaaaacatctgactgaagcaaacgattgcttgcat 4398355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 29 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 4498728 - 4498320
Alignment:
Q  29 aaatccaacctttttatttctaatcttcctctaaggttgtttagctcacctaactcatttatgttcatacttctattgttcagtacaaaaagtgtcagtg 128  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |  |||||| |  |||||||||||||||||| ||||    
T  4498728 aaattcaacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagctcacccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtg 4498629  T
Q  129 tttgaagattagtttaactgtcctagcccctgtggcatacatctaaatctcgcacaaccattcaactcaagatgcctaagacttttactgagattttctg 228  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||   |||||||||| | || ||| | |||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  4498628 tttgaagatcagtc-aactgtcctagcccacatggcatacatgtcaaactctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctg 4498530  T
Q  229 gtaatatttcaagctcagaacaatcagaaagttt--gagtttgaaggttctgtaggctagtaatgcccggcggaagatctttaagcacaatactctttga 326  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||||  ||| ||||||| |||||| ||| |  ||  |||    
T  4498529 gcaatatttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttttaagtacattgttccgtga 4498430  T
Q  327 tagatcaatatatctcagatgcttcatatcttcaatactatttgggattgctacaatatttaacccacaaagtgtcaacacacgtaagaactttaggcct 426  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  4498429 tagatcaatatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcct 4498330  T
Q  427 gaaaaggaaa 436  Q
    || |||||||    
T  4498329 gagaaggaaa 4498320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 184; Significance: 3e-99; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 29 - 469
Target Start/End: Original strand, 18033741 - 18034182
Alignment:
Q  29 aaatccaacctttttatttctaatcttcctctaaggttgtttagctcacctaactcatttatgttcatacttctattgttcagtacaaaaagtgtcagtg 128  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |  |||||| |  |||||||||||||||||| ||||    
T  18033741 aaattcaacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagctcacccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtg 18033840  T
Q  129 tttgaagattagtttaactgtcctagcccctgtggcatacatctaaatctcgcacaaccattcaactcaagatgcctaagacttttactgagattttctg 228  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||  ||||||||||| | || ||| | |||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  18033841 tttgaagatcagtc-aactgtcctagcccacgtggcatacatgtcaaactctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctg 18033939  T
Q  229 gtaatatttcaagctcagaacaatcagaaagttt--gagtttgaaggttctgtaggctagtaatgcccggcggaagatctttaagcacaatactctttga 326  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||||  ||| ||||||| |||||| ||| |  ||  |||    
T  18033940 gcaatatttcaagcttagaacaatcagaaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttttaagtacattgttccgtga 18034039  T
Q  327 tagatcaatatatctcagatgcttcatatcttcaatactatttgggattgctacaatatttaacccacaaagtgtcaacacacgtaagaactttaggcct 426  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  18034040 tagatcaatatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcct 18034139  T
Q  427 gaaaaggaaagagcatttgaccgatgcagataattgcttgcat 469  Q
    || ||||||| | ||| |||| || ||| |  |||||||||||    
T  18034140 gagaaggaaaaatcatctgactgaagcaaacgattgcttgcat 18034182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 180; E-Value: 6e-97
Query Start/End: Original strand, 29 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 18047412 - 18046971
Alignment:
Q  29 aaatccaacctttttatttctaatcttcctctaaggttgtttagctcacctaactcatttatgttcatacttctattgttcagtacaaaaagtgtcagtg 128  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||  | | ||||||||||   |  |||||| |  |||||||||||||||||| ||||    
T  18047412 aaattcaacccttttaattctaatctccctctcaggttgtttagcctagccaactcatttacacttgtacttccagagttcagtacaaaaagtgttagtg 18047313  T
Q  129 tttgaagattagtttaactgtcctagcccctgtggcatacatctaaatctcgcacaaccattcaactcaagatgcctaagacttttactgagattttctg 228  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||||||    
T  18047312 tttgaagatcagtc-aactgtcctagcccccgtggcatacatctcaatctctcgcaaccatttaactcaagatgcctgagacttctattgagattttctg 18047214  T
Q  229 gtaatatttcaagctcagaacaatcagaaagttt--gagtttgaaggttctgtaggctagtaatgcccggcggaagatctttaagcacaatactctttga 326  Q
    | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||||||| | |||| ||||||||||||||  ||| ||||||| |||||| ||| |  ||  |||    
T  18047213 gcaatatttcaagcttagaacaatcagcaagttttagagtttgcaagttcagtaggctagtaatggtcggaggaagatttttaagtacattgttccgtga 18047114  T
Q  327 tagatcaatatatctcagatgcttcatatcttcaatactatttgggattgctacaatatttaacccacaaagtgtcaacacacgtaagaactttaggcct 426  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  18047113 tagatcaatatatcttaaatgcttcatttcttcaatactatttgggatttcttcaatattcaacccacaaagtgtcaacacacgcaagaactttaagcct 18047014  T
Q  427 gaaaaggaaagagcatttgaccgatgcagataattgcttgcat 469  Q
    || ||||||| | ||| |||| || ||| |  |||||||||||    
T  18047013 gagaaggaaaaaacatctgactgaagcaaacgattgcttgcat 18046971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1782 times since January 2019
Visitors: 2393