View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0226-INSERTION-3 (Length: 237)

Name: NF0226-INSERTION-3
Description: NF0226
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0226-INSERTION-3
NF0226-INSERTION-3
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (1-203)||(13613916-13614115)
chr1 (1-203)||(19134701-19134903)
chr1 (1-194)||(15894258-15894451)
chr1 (1-200)||(13554176-13554376)
chr1 (1-203)||(20379515-20379717)
chr1 (1-203)||(13518823-13519025)
chr1 (1-203)||(13688355-13688557)
chr1 (1-203)||(20508847-20509049)
chr1 (1-143)||(19177412-19177554)
chr1 (1-203)||(13438281-13438473)
chr1 (4-202)||(16494249-16494444)
chr1 (4-202)||(16447403-16447598)
chr1 (195-237)||(13613855-13613897)
chr1 (195-237)||(13554115-13554157)
chr1 (5-112)||(19342343-19342450)
chr1 (195-237)||(20379454-20379496)
chr1 (195-237)||(20509068-20509110)
[»] scaffold0006 (2 HSPs)
scaffold0006 (1-203)||(176655-176857)
scaffold0006 (1-203)||(61150-61352)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-203)||(38049628-38049830)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-195)||(22271805-22271999)
[»] scaffold0069 (5 HSPs)
scaffold0069 (1-200)||(44221-44420)
scaffold0069 (92-203)||(59395-59506)
scaffold0069 (1-67)||(49817-49883)
scaffold0069 (195-237)||(44160-44202)
scaffold0069 (195-237)||(49756-49798)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-203)||(20767175-20767377)
chr8 (195-237)||(20767396-20767438)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 13613916 - 13614115
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13613916 ctcatgaaattatcagctttggaaagttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgcgtagatcttgg 13614015  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13614016 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaattgttgcaatg---gaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 13614112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 19134903 - 19134701
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  19134903 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcgctatgtctagatcttgg 19134804  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||  ||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  19134803 acatattgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaactatatcaatggaaattcaatttaattttccccaattg 19134704  T
Q  201 aaa 203  Q
    |||    
T  19134703 aaa 19134701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 15894451 - 15894258
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||    
T  15894451 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgcttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgcctagaacttgg 15894352  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccc 194  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||    
T  15894351 acatcttgaaatgcttgagataaattcttgcggagtgaaggaaattgttgcaatggaagaaactaggtcaatggaaattaattttaattttccc 15894258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 13554176 - 13554376
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttg- 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  13554176 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggacgtttatatgtgtcaaatcttgttatatatctttccatattcactatgcgtagatcttgt 13554275  T
Q  100 gacatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaatt 199  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13554276 gacatcttgaaatgcttgagatcgagtcttgtggagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaggtggaccaatggaaatcaattttaattttccccaatt 13554375  T
Q  200 g 200  Q
    |    
T  13554376 g 13554376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 20379515 - 20379717
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||    
T  20379515 ctcatgaaattatcagctttggaaacttacacaaggtggatgtttctatgtgtcaaagcttgttatatgtctttccatattcactatgcccagatcttgg 20379614  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  20379615 acatcttgaaatgcttgagataagttcttgcggagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaactgtatcaatggaaattcaatttaatttcccccaattg 20379714  T
Q  201 aaa 203  Q
    |||    
T  20379715 aaa 20379717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 13518823 - 13519025
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||    
T  13518823 ctcatgaaattatcagctttggaaacttacacaaggtggatgtttctatgtgtcaaagcttgttatatgtctttccatattcactatgcccagatcttgg 13518922  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  13518923 acatcttgaaatgcttgagataagttcttgcagagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaactgtaacaatggaaattcaatttaatttcccccaattg 13519022  T
Q  201 aaa 203  Q
    |||    
T  13519023 aaa 13519025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 13688355 - 13688557
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||    
T  13688355 ctcatgaaattatcagctttgtaaacttacacaaggtggatgtttctttgtgtcaaagcttgttatatgtctttccatattcactatgcccagatcttgg 13688454  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  13688455 acatcttgaaatgcttgagataagttcttgcggagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaactgtatcaatggaaattcaatttaatttcccccaattg 13688554  T
Q  201 aaa 203  Q
    |||    
T  13688555 aaa 13688557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 20509049 - 20508847
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||    |||||||||    
T  20509049 ctcatgaaattatcagctttggaaacttacacaaggtggatgtttctatgtgtcaaagcctgttatatgtctttccatattcactatccccagatcttgg 20508950  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  20508949 acatcttgaaatgcttgagataagttcttgcggagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaactgtatcaatggaaattcaatttaatttcccccaattg 20508850  T
Q  201 aaa 203  Q
    |||    
T  20508849 aaa 20508847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 19177554 - 19177412
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  19177554 ctcatgaaattattagctttggaaagttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgcgtagatcttgg 19177455  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaa 143  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19177454 acatcttaaaatgcttgagatcgagtcttgtggagtcaaggaa 19177412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 13438281 - 13438473
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||    
T  13438281 ctcatgaaattatcagctttggaaagttatgcaaggtggatgtttctatgtgtcaaagcttgttatatatctttccatattcactatgcccagatcttgg 13438380  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    |  |           | ||||| ||||||| ||||||||||||||  || ||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13438381 aatt----------atcagataaagtcttgcggagtcaaggaaattgttccaatggaggaagctagatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 13438470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 4 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 16494444 - 16494249
Alignment:
Q  4 atgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttggaca 103  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||  |||| ||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||   ||||||   ||     
T  16494444 atgaaattattaactttgaaaacttgcgcaaagtgaatgtttccatgtgtcaaagcttgtcatatatctttccatattcactttgccaagatctccaact 16494345  T
Q  104 tcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattgaa 202  Q
    |||  |||||||||| ||||| ||||||||| |  ||| ||| ||||| |||||||| |   |||||||||||| |||||||  |||||| ||||||||    
T  16494344 tctacaaatgcttgaaatagactcttgtggatttgagggaattattgccatggaagaga---gatcaatggaaagtaatttttgttttcctcaattgaa 16494249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 16447598 - 16447403
Alignment:
Q  4 atgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttggaca 103  Q
    |||||||| | | ||||| |||||| ||||| ||| | ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||   ||||||| |||     
T  16447598 atgaaattgttaactttgaaaacttgtgcaaagtgaaagtttccatgtgtcaaagcttgtcatatatctttccattttcactatgccaagatcttcgact 16447499  T
Q  104 tcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattgaa 202  Q
    ||| ||||| |||||| |||  |||||  ||||  ||| ||| ||||||||||||||||   |||||||||||| ||| |||  |||||| ||| ||||    
T  16447498 tctagaaattcttgaggtagtatcttgcagagttgaggtaattattgcaatggaagaaa---gatcaatggaaagtaacttttgttttcctcaactgaa 16447403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 195 - 237
Target Start/End: Original strand, 13613855 - 13613897
Alignment:
Q  195 caattgaaacgattgactttgtctggtttacccaaattgaagc 237  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13613855 caattgaaaagattgactttgtctggtttacccaaattgaagc 13613897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 195 - 237
Target Start/End: Original strand, 13554115 - 13554157
Alignment:
Q  195 caattgaaacgattgactttgtctggtttacccaaattgaagc 237  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  13554115 caattgaaacgattgactttgtctactttacccaaattgaagc 13554157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 5 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 19342450 - 19342343
Alignment:
Q  5 tgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttggacat 104  Q
    ||||||||||||||||||||| |||   |  |||||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||| ||   ||||||||   ||||||| |||||    
T  19342450 tgaaattatcagctttggaaaattagaaatagtggatgtttctaaatgccaaagcttgttaaatatattttcactatcactatgccaagatcttcgacat 19342351  T
Q  105 cttgaaat 112  Q
    || |||||    
T  19342350 ctagaaat 19342343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 237
Target Start/End: Original strand, 20379454 - 20379496
Alignment:
Q  195 caattgaaacgattgactttgtctggtttacccaaattgaagc 237  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  20379454 caattgaaaagattgactttgtctactttacccaaattgaagc 20379496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 20509110 - 20509068
Alignment:
Q  195 caattgaaacgattgactttgtctggtttacccaaattgaagc 237  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  20509110 caattgaaaagattgactttgtctactttacccaaattgaagc 20509068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 2)
Name: scaffold0006
Description:

Target: scaffold0006; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 176655 - 176857
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  176655 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcacagtggatgtttctatgtgtcaaagcttgttgtatatctttccatattcactatgcctagatcttgg 176754  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  176755 acatcttgaaatgcttaagatagagtcttgcggagtcaaggaaattgtttcaatggaagaaactggatcaatggatattaattttaattttccccaattg 176854  T
Q  201 aaa 203  Q
    |||    
T  176855 aaa 176857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0006; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Original strand, 61150 - 61352
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||   | |||||||    
T  61150 ctcatgaaaatatcagctttggaaacttacacaaggtggatttttctatgtgtcaaagcttgttatatgtctttccatattcactatgcccaaatcttgg 61249  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  61250 acatcttgaaatgcttgagataagttcttgcggagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaactgtaacaatggaaattcaatttaatttcccccaattg 61349  T
Q  201 aaa 203  Q
    |||    
T  61350 aaa 61352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 155; Significance: 2e-82; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 38049830 - 38049628
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  38049830 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtctagatcttgg 38049731  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    |||||||||||||||| || ||  |||||| | |||||| |||||  |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38049730 acatcttgaaatgcttaagttaatgtcttgcgaagtcaatgaaattgttgcaatggaagaagctggatcaatggagattaattttaattttccccaattg 38049631  T
Q  201 aaa 203  Q
    |||    
T  38049630 aaa 38049628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 139; Significance: 7e-73; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 195
Target Start/End: Complemental strand, 22271999 - 22271805
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |    
T  22271999 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgcccagatcttcg 22271900  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttcccc 195  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||  ||||||| |||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||    
T  22271899 acatcttgaaacgcttaagatagagtcttgcagagtcaaagaaattgttgcaatggaagaaactgggtccatggaaattaattttaatttccccc 22271805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069 (Bit Score: 136; Significance: 4e-71; HSPs: 5)
Name: scaffold0069
Description:

Target: scaffold0069; HSP #1
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 44221 - 44420
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||  |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   |||||||||    
T  44221 ctcatgaaattatcggcattggaaacttacacaaggtggatgtttctctgtgtcaaagcttgttatatgtctttccatatacactatgcccagatcttgg 44320  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44321 acatcttgaaatgcttgagataagttcttgtggagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 44420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 92 - 203
Target Start/End: Original strand, 59395 - 59506
Alignment:
Q  92 agatcttggacatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaatttt 191  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||     
T  59395 agatcttggacatcttgaaatgcttgagataagttcttgcggagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaactgtatcaatggaaattcaatttaatttc 59494  T
Q  192 ccccaattgaaa 203  Q
    ||||||||||||    
T  59495 ccccaattgaaa 59506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 49817 - 49883
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttata 67  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49817 ctcatgaaattatcagctttggaaacttacacaaggtggatgtttctatgtgtcaaagcttgttata 49883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 237
Target Start/End: Original strand, 44160 - 44202
Alignment:
Q  195 caattgaaacgattgactttgtctggtttacccaaattgaagc 237  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  44160 caattgaaaagattgactttgtctactttacccaaattgaagc 44202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0069; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 237
Target Start/End: Original strand, 49756 - 49798
Alignment:
Q  195 caattgaaacgattgactttgtctggtttacccaaattgaagc 237  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  49756 caattgaaaagattgactttgtctactttacccaaattgaagc 49798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 2e-70; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 20767377 - 20767175
Alignment:
Q  1 ctcatgaaattatcagctttggaaacttatgcaaggtggatgtttctatgtgccaaagcttgttatatatctttccatattcactatgtgtagatcttgg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||    
T  20767377 ctcatgaaattatcagctttggaaacttacacaaggtggatgtttctatgtgtcaaagcttgttatatgtctttccatattcactatgcccagatcttgg 20767278  T
Q  101 acatcttgaaatgcttgagatagagtcttgtggagtcaaggaaatcattgcaatggaagaaactggatcaatggaaattaattttaattttccccaattg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||    
T  20767277 acatcttgaaatgcttgagataagttcttgcggagtcaaggaaattgttgcaatggaagaaactgtatcaatggaaattcaatttaatttcccccaattg 20767178  T
Q  201 aaa 203  Q
    |||    
T  20767177 aaa 20767175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 195 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 20767438 - 20767396
Alignment:
Q  195 caattgaaacgattgactttgtctggtttacccaaattgaagc 237  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  20767438 caattgaaaagattgactttgtctactttacccaaattgaagc 20767396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University