View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0227-INSERTION-1 (Length: 1082)

Name: NF0227-INSERTION-1
Description: NF0227
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0227-INSERTION-1
NF0227-INSERTION-1
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-1068)||(20994871-20995964)
chr4 (551-686)||(21005464-21005599)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 740; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 740; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1068
Target Start/End: Complemental strand, 20995964 - 20994871
Alignment:
Q  8 tttctttggtcaagcatattgttctcaaacatatgggcacaacggtttccctgctgaacaacatattgttctcaggatcaccattgactggtggtaagaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20995964 tttctttggtcaagcatattgttctcaaacatatgggcacaacggtttccctgctgaacaacatattgttctcaggatcaccattgactggtggtaagaa 20995865  T
Q  108 caatatgattgaccgacagcaatctaggtcaatttcaactcacaggcttcgtacgtctgaggaaatcaagtaatgaaaaattggaagatggaatgagtgt 207  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20995864 caatatgattgaccgacaacaatctaggtcaatttcaactcacaggcttcgtacgtctgaggaaatcaagtaatgaaaaattggaagatggaatgagtgt 20995765  T
Q  208 gtga------cagatacggagaaggaattaaaaccatatgacagnnnnnnnnnaatcttcacttccctcacatcacggataaagaaactaataaagaaaa 301  Q
    ||||      || |||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  20995764 gtgagtgtgacacatacggagaaggaattaaaaccatatgacagtttttttttaatcttcacttctctcacgtcacagataaagaaactaataaagaaaa 20995665  T
Q  302 a----------caaaagtstcatgattttggtaacctacaacgaaaggttttaacac-----------atggtaaatcaatttaacaaatgaactacaat 380  Q
    |          ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20995664 ataaagaaaaacaaaagtgtcatgattttagtaacctacaacgagaggttttaacacttgttcatgccatggtaaatcaatttaacaaatgaactacaat 20995565  T
Q  381 attgagatgccatgagtatgcgctaaatgtaagttgttctagtcatggccagcagcctggagtgtagtgtagcagtaacatgataaa-cgaacaaaacta 479  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20995564 attgagatgccatgagtatgcgctaaatgtaagttgttctagtcatggccagcagcctggagtgtagtgtagcagtaacatgataaaacgaacaaaacta 20995465  T
Q  480 aatgcagaatcccggtagaagtgaggaaacagggtaatgccgcacggtacactaagtcatggatttgtaaatttagtaaatatgcgttgaaaccttatcg 579  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20995464 aatgcagaatcccgataaaagtgaggaaacagggtaactccgcacggtacgctaagtcgaggatttgtaaattgagtaaatatgcgttgaaaccttatcg 20995365  T
Q  580 gcgtgcgagaaaagaaaagatagtgtgtatcaaaacactctataatacctacacaagcaagaccgggcacgttgtgtcccttctgaaaaaagacccagat 679  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20995364 gcgtgcgagaaaagaaaagatagtgtgtatcaaaacactcta--atacctacacaagcagtaccgggcacattgtgtcccttctgaaaaaagacccagat 20995267  T
Q  680 tccaaatagcatgttttaaagcgcaaatatctactgtgtggattgtggacagtccatgagctaactgtatgctgtatgccaaatttcccatcatgttgaa 779  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  20995266 tccaaatagcatgttttaaagcgcaaatatctactgtgtggagtgtggacagtccatgagctaactgtatgttgtatgccaaatttccaatcatgttgaa 20995167  T
Q  780 taagcagttatgttctaagaataatgctgaaatttccaagtttaacagcacaagaagcaaggaaactttttcccttaatcatcttcatcttcatcgtcat 879  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||    
T  20995166 taagcagttatgttctaagaataatgctgaaatttccaagtttaacagcacaagaagcaaggaaactttttcccttaatcatctt------catcgtcat 20995073  T
Q  880 cctgttggcc-gtgtgattgag-ttttgagcattatacatttctgcaatctgaaag-aagtggtt-aaggatgacaaaat-attcaattttatgtc-tcc 973  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||    
T  20995072 cctgttggccggtgtgattgagtttttgagcattatacatttctgcaatctgaaagaaagtggttaaaggatgaccaaataattcagttttatgtcttcc 20994973  T
Q  974 agtgctctttctc-atc-tctatc-atatatagtcggat-atggaagattgt-atgtaatttacctgctcagacgaagag--ctgttcaggagttttgtc 1066  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  20994972 agtgctctttctcaatcttctatcaatatatagtcggataatgaaagattgtaatgtaatttacctgctcagacgaagaggactgttcaggagttttgtc 20994873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 551 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 21005599 - 21005464
Alignment:
Q  551 tttagtaaatatgcgttgaaaccttatcggcgtgcgagaaaagaaaagatagtgtgtatcaaaacactctataatacctacacaagcaagaccgggcacg 650  Q
    |||||||||  | ||||||||| |||||||  |||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||     
T  21005599 tttagtaaacctacgttgaaacattatcgggttgcgagaaaataaaagataatgtgcatccaaacactctataatacctacacaagcagtaccaggcaca 21005500  T
Q  651 ttgtgtcccttctgaaaaaagacccagattccaaat 686  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  21005499 ttgggtcccttctgaaaaaatacccaaattccaaat 21005464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1193 times since January 2019
Visitors: 2389