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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF0235-INSERTION-2 (Length: 1220)
Name: NF0235-INSERTION-2
Description: NF0235
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0235-INSERTION-2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 904; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 904; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 995
Target Start/End: Complemental strand, 45114025 - 45113032
Alignment:
| Q |
7 |
agagataagtctctgcagttgtgtgcggaagatactcaatttacacaaaacnnnnnnnnncttaataaaatttacaaaattaccctgcctcacttactct |
106 |
Q |
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| T |
45114025 |
agagataagtctctgcagttgtgtgcggaagatactcaatttacacaaaacaaaaaaaaacttaataaaatttacaaaattaccctgcctcacttactct |
45113926 |
T |
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| Q |
107 |
tgagatcaggtcttgagccaaaatgtacattggtagcttgcactaaagattgatgaggaaggctctcaagctctctttctgaaccataaatccatgaccc |
206 |
Q |
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| T |
45113925 |
tgagatcaggtcttgagccaaaatgtacattggtagcttgcactaaagattgatgaggaaggctctcaagctctctttctgaaccataaatccatgaccc |
45113826 |
T |
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| Q |
207 |
tggtgatcttgctggggttgaaacttctacattcattatatgcttattttctaatttgttctgtctcttcaaccaaagaaaaacaacactagaacatata |
306 |
Q |
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| T |
45113825 |
tggtgatcttgctggtgttgaaacttctacattcattatatgcttattttctaatttgtttaatctcttcaaccaaagaaaaacaacactagaacatata |
45113726 |
T |
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| Q |
307 |
catatacatgaacaaaatgaaaacatgtaccacataaccctgtaggtccagttatatacttcacctgagttattttcaatcggataaatatagtaacgag |
406 |
Q |
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| T |
45113725 |
catatacatgaacaaaatgaaaacatgtaccacataaccccgtaggtccagttatatacttcacctgagttattttcaatcggataaatatagtaacgag |
45113626 |
T |
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| Q |
407 |
taacaattcctaaaaagaggagaaacatgacgaacgatgatgtgattatagcaccaagccataaccagttatttgggcctaatacagctgagataggaca |
506 |
Q |
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| T |
45113625 |
taacaattcctaaaaagaggagaaacatgacgaacgatgatgtgattatagcaccaagccataaccagttatttgggcctaatacagctgagataggaca |
45113526 |
T |
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| Q |
507 |
atcagagaggtttgttttaaaccatatcgtttggatttgtttttgagtatcttttgaaggttcttgtttttctcttgtgatgtaagcttcaatttgtaac |
606 |
Q |
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| T |
45113525 |
atcagagaggtttgttttaaaccatatcgtttggatttgtttttgagtatcttttgaaggttcttgtttttctcttgtgatgtaagcttcaatttgtaac |
45113426 |
T |
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| Q |
607 |
tgaagctgagagattcgagtttttaaaccagaaataggaagcataagatctaacatggttagatcagcgtagtttttgaaaatacaaacaagtaggagtt |
706 |
Q |
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| T |
45113425 |
tgaagctgagagattcgagtttttaaaccagaaataggaagcataagatctaacatggttagatcagcgtagtttttgaaaatacaaacaagtaggagtt |
45113326 |
T |
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| Q |
707 |
ttggaggttggaattcttgttgttggctttgaaatatgagatctcggattatagatatgaagggagttacgccacttccgccactcaccatcacaatctg |
806 |
Q |
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| T |
45113325 |
ttggaggttggaattcttgttgttggctttgaaatatgagatctcggattatagatatgaagggagttacgccacttccgccactcaccatcacaatctg |
45113226 |
T |
|
| Q |
807 |
ctcatgcctgttttagagatagaatgatgataaattagctttcaattgaaaattgttttgttgtg-aaatagaaaccg-aatctgaagaaagaccgagta |
904 |
Q |
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| T |
45113225 |
ctcatgcctgttttagagatagaatgatgataaattagctttcaattgaaaattgttttgttgtgaaaatagaaaccgaaatctgaagaaagaccgagta |
45113126 |
T |
|
| Q |
905 |
aaatgtaaa--caaaacaggctagatttataaaggtcggacagtgtgattacattcctaggagcagagcggctaggctttac-tttcactactc |
995 |
Q |
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| T |
45113125 |
aaatgtaaaacaaaaacaggctagatttataaaggtcggacagtgtgattacattcctaggagcagagcggctaggttttacttttcactactc |
45113032 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 82 - 995
Target Start/End: Complemental strand, 45130854 - 45129945
Alignment:
| Q |
82 |
aaaattaccctgcctcacttactcttgagatcaggtcttgagccaaaatgtacattggtagcttgcactaaagattgatgaggaaggctctcaagctctc |
181 |
Q |
| |
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|
| T |
45130854 |
aaaattaccccgcctcacttactcttgagatcaggtcttgcaccaaaatgtacattggtagcttgcagcaaagattgatgaggaaggctttcaagctctc |
45130755 |
T |
|
| Q |
182 |
tttctgaaccataaatccatgaccctggtgatcttgctggggttgaaacttctacattcattatatgcttattttctaatttgttctgtctcttcaacca |
281 |
Q |
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| T |
45130754 |
tttctgaaccataaatccatgaccctggtgatcttgttggtgttggaacttctacattcattatttgcttattttctatagtgttctgtctcttacacca |
45130655 |
T |
|
| Q |
282 |
aagaaaaacaacactagaacatatacatatacatgaacaaaatgaaaacatgtaccacataaccctgtaggtccagttatatacttcacctgagttattt |
381 |
Q |
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| T |
45130654 |
aagaaatacaacactagaacatatacatacacacgcacatagtagaaacatgtaccacataaccttggaagtccagttatacacttcacctgtgttattt |
45130555 |
T |
|
| Q |
382 |
tcaatcggataaatatagtaacgagtaacaattcctaaaaagaggagaaacatgacgaacgatgatgtgattatagcaccaagccataaccagttatttg |
481 |
Q |
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| T |
45130554 |
tcaattggataaatatagtaacgagtaacaattcctaaaaggaggagaaacatgatgaacgatgatgtgattatagcaccaagccataaccagttatttg |
45130455 |
T |
|
| Q |
482 |
ggcctaatacagctgagataggacaatcagagaggtttgttttaaaccatatcgtttggatttgtttttgagtatcttttgaaggttcttgtttttctct |
581 |
Q |
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| T |
45130454 |
ggcctaatacagctgagataggagaatctgagaggtttgttttaaaccatatagtttggatttgtttttgagtatctcttgaaggctcttctttttctct |
45130355 |
T |
|
| Q |
582 |
tgtgatgtaagcttcaatttgtaactgaagctgagagattcgagtttttaaaccagaaataggaagcataagatctaacatggttagatcagcgtagttt |
681 |
Q |
| |
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| T |
45130354 |
tgtgatgtaagcttcaatttgtaacggaagctgtgaaatttgagttgttgaaccagaaacaggaagcataagatctaacatggctagatcaacatagttt |
45130255 |
T |
|
| Q |
682 |
ttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttggaattcttgttgttggctttgaaatatgagatctcggattatagatatgaagggagttacgccac |
781 |
Q |
| |
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| T |
45130254 |
ttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttgaaattcttgttgttggctttgaaatatgagatcacggattatagatataaatggagttatgccac |
45130155 |
T |
|
| Q |
782 |
ttccgccactcaccatcacaatctgctcatgcctgttttagagatagaatgatgataaattagctttcaattgaaaattgttttgttg-tgaaatagaaa |
880 |
Q |
| |
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| T |
45130154 |
ttccaccactcaccattgcaatctgctcatgcctgttttagagatataatgatgataaattatctttcaattgaaaactgatttgttgcaaaaatagaaa |
45130055 |
T |
|
| Q |
881 |
ccg-aatctgaagaaagaccgagtaaaatgtaaa--caaaacaggctagatttataaaggtcggacagtgtgattacattcctaggagcagagcggctag |
977 |
Q |
| |
|
||| ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
45130054 |
ccgaaatctaaagaaagac--agtaaaatgtaaaacaaaaacagcctagatttat-------gaacaatgtgactacattcctaggagcagagcggctag |
45129964 |
T |
|
| Q |
978 |
gctttac-tttcactactc |
995 |
Q |
| |
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| T |
45129963 |
gttttacttttcactactc |
45129945 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 676 - 819
Target Start/End: Complemental strand, 45112916 - 45112773
Alignment:
| Q |
676 |
tagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttggaattcttgttgttggctttgaaatatgagatctcggattatagatatgaagggagtta |
775 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45112916 |
tagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttgaaattcttgttgttagctttgaaatatgagatcacggattatagatatgaagggagtta |
45112817 |
T |
|
| Q |
776 |
cgccacttccgccactcaccatcacaatctgctcatgcctgttt |
819 |
Q |
| |
|
|| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45112816 |
tgcgacttccacgactcaccatcacaatctgttcatgcctgttt |
45112773 |
T |
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