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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF0235-Insertion-18 (Length: 1121)
Name: NF0235-Insertion-18
Description: NF0235
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0235-Insertion-18 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 899; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 899; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 1013
Target Start/End: Complemental strand, 45114025 - 45113014
Alignment:
| Q |
7 |
agagataagtctctgcagttgtgtgcggaaggatactcaatttacacaaaacnnnnnnnnncttaataaaatttacaaaattaccctgcctcacttactc |
106 |
Q |
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| T |
45114025 |
agagataagtctctgcagttgtgtgcggaag-atactcaatttacacaaaacaaaaaaaaacttaataaaatttacaaaattaccctgcctcacttactc |
45113927 |
T |
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| Q |
107 |
ttgagatcaggtcttgagccaaaatgtacattggtagcttgcactaaagattgatgaggaaggctctcaagctctctttctgaaccataaatccatgacc |
206 |
Q |
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| T |
45113926 |
ttgagatcaggtcttgagccaaaatgtacattggtagcttgcactaaagattgatgaggaaggctctcaagctctctttctgaaccataaatccatgacc |
45113827 |
T |
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| Q |
207 |
ctggtgatcttgctggggttgaaacttctacattcattatatgcttattttctaatttgttctgtctcttcaaccaaagaaaaacaacactagaacatat |
306 |
Q |
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| T |
45113826 |
ctggtgatcttgctggtgttgaaacttctacattcattatatgcttattttctaatttgtttaatctcttcaaccaaagaaaaacaacactagaacatat |
45113727 |
T |
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| Q |
307 |
acatatacatgaacaaaatgaaaacatgtaccacataaccctgtaggtccagttatatacttcacctgagttattttcaatcggataaatatagtaacga |
406 |
Q |
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| T |
45113726 |
acatatacatgaacaaaatgaaaacatgtaccacataaccccgtaggtccagttatatacttcacctgagttattttcaatcggataaatatagtaacga |
45113627 |
T |
|
| Q |
407 |
gtaacaattcctaaaaagaggagaaacatgacgaacgatgatgtgattatagcaccaagccataaccagttatttgggcctaatacagctgagataggac |
506 |
Q |
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| T |
45113626 |
gtaacaattcctaaaaagaggagaaacatgacgaacgatgatgtgattatagcaccaagccataaccagttatttgggcctaatacagctgagataggac |
45113527 |
T |
|
| Q |
507 |
aatcagagaggtttgttttaaaccatatcgtttggatttgtttttgagtatcttttgaaggttcttgtttttctcttgtgatgtaagcttcaatttgtaa |
606 |
Q |
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| T |
45113526 |
aatcagagaggtttgttttaaaccatatcgtttggatttgtttttgagtatcttttgaaggttcttgtttttctcttgtgatgtaagcttcaatttgtaa |
45113427 |
T |
|
| Q |
607 |
ctgaagctgagagattcgagtttttaaaccagaaataggaagcataagatctaacatggttagatcagcgtagtttttgaaaatacaaacaagtaggagt |
706 |
Q |
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| T |
45113426 |
ctgaagctgagagattcgagtttttaaaccagaaataggaagcataagatctaacatggttagatcagcgtagtttttgaaaatacaaacaagtaggagt |
45113327 |
T |
|
| Q |
707 |
tttggaggttggaattcttgttgttggcttagaaatatgagatctcggattatagatatgaagggagttacgccacttccgccactcaccatcacaatct |
806 |
Q |
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| T |
45113326 |
tttggaggttggaattcttgttgttggctttgaaatatgagatctcggattatagatatgaagggagttacgccacttccgccactcaccatcacaatct |
45113227 |
T |
|
| Q |
807 |
gctcatgcctgttttagagatagaatgatgataaattagctttc-attgaaaattgttttgttgtg-aaatagaaaccgaaatctgaagaaagaccgagt |
904 |
Q |
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| T |
45113226 |
gctcatgcctgttttagagatagaatgatgataaattagctttcaattgaaaattgttttgttgtgaaaatagaaaccgaaatctgaagaaagaccgagt |
45113127 |
T |
|
| Q |
905 |
-aaatgtaaa--caaaacaggctagatttataaaggtcggacagtgtgattacattccta-gagcagagcggctaggttttacttttcactactccgcct |
1000 |
Q |
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|
| T |
45113126 |
aaaatgtaaaacaaaaacaggctagatttataaaggtcggacagtgtgattacattcctaggagcagagcggctaggttttacttttcactactccgcct |
45113027 |
T |
|
| Q |
1001 |
gcctcaatagttt |
1013 |
Q |
| |
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|| ||||||||| |
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| T |
45113026 |
gctccaatagttt |
45113014 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 1002
Target Start/End: Complemental strand, 45130854 - 45129938
Alignment:
| Q |
83 |
aaaattaccctgcctcacttactcttgagatcaggtcttgagccaaaatgtacattggtagcttgcactaaagattgatgaggaaggctctcaagctctc |
182 |
Q |
| |
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|
| T |
45130854 |
aaaattaccccgcctcacttactcttgagatcaggtcttgcaccaaaatgtacattggtagcttgcagcaaagattgatgaggaaggctttcaagctctc |
45130755 |
T |
|
| Q |
183 |
tttctgaaccataaatccatgaccctggtgatcttgctggggttgaaacttctacattcattatatgcttattttctaatttgttctgtctcttcaacca |
282 |
Q |
| |
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| T |
45130754 |
tttctgaaccataaatccatgaccctggtgatcttgttggtgttggaacttctacattcattatttgcttattttctatagtgttctgtctcttacacca |
45130655 |
T |
|
| Q |
283 |
aagaaaaacaacactagaacatatacatatacatgaacaaaatgaaaacatgtaccacataaccctgtaggtccagttatatacttcacctgagttattt |
382 |
Q |
| |
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|||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||| | | ||||||||||||||||||| || | ||||||||||| |||||||||| ||||||| |
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|
| T |
45130654 |
aagaaatacaacactagaacatatacatacacacgcacatagtagaaacatgtaccacataaccttggaagtccagttatacacttcacctgtgttattt |
45130555 |
T |
|
| Q |
383 |
tcaatcggataaatatagtaacgagtaacaattcctaaaaagaggagaaacatgacgaacgatgatgtgattatagcaccaagccataaccagttatttg |
482 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
45130554 |
tcaattggataaatatagtaacgagtaacaattcctaaaaggaggagaaacatgatgaacgatgatgtgattatagcaccaagccataaccagttatttg |
45130455 |
T |
|
| Q |
483 |
ggcctaatacagctgagataggacaatcagagaggtttgttttaaaccatatcgtttggatttgtttttgagtatcttttgaaggttcttgtttttctct |
582 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||| |
|
|
| T |
45130454 |
ggcctaatacagctgagataggagaatctgagaggtttgttttaaaccatatagtttggatttgtttttgagtatctcttgaaggctcttctttttctct |
45130355 |
T |
|
| Q |
583 |
tgtgatgtaagcttcaatttgtaactgaagctgagagattcgagtttttaaaccagaaataggaagcataagatctaacatggttagatcagcgtagttt |
682 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| |
|
|
| T |
45130354 |
tgtgatgtaagcttcaatttgtaacggaagctgtgaaatttgagttgttgaaccagaaacaggaagcataagatctaacatggctagatcaacatagttt |
45130255 |
T |
|
| Q |
683 |
ttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttggaattcttgttgttggcttagaaatatgagatctcggattatagatatgaagggagttacgccac |
782 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||||| |
|
|
| T |
45130254 |
ttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttgaaattcttgttgttggctttgaaatatgagatcacggattatagatataaatggagttatgccac |
45130155 |
T |
|
| Q |
783 |
ttccgccactcaccatcacaatctgctcatgcctgttttagagatagaatgatgataaattagctttc-attgaaaattgttttgttg-tgaaatagaaa |
880 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
45130154 |
ttccaccactcaccattgcaatctgctcatgcctgttttagagatataatgatgataaattatctttcaattgaaaactgatttgttgcaaaaatagaaa |
45130055 |
T |
|
| Q |
881 |
ccgaaatctgaagaaagaccgagt-aaatgtaaa--caaaacaggctagatttataaaggtcggacagtgtgattacattccta-gagcagagcggctag |
976 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||| ||| ||||||||| ||||||| |||||||||| | ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
45130054 |
ccgaaatctaaagaaagac--agtaaaatgtaaaacaaaaacagcctagatttat-------gaacaatgtgactacattcctaggagcagagcggctag |
45129964 |
T |
|
| Q |
977 |
gttttacttttcactactccgcctgc |
1002 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45129963 |
gttttacttttcactactccgcctgc |
45129938 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 677 - 820
Target Start/End: Complemental strand, 45112916 - 45112773
Alignment:
| Q |
677 |
tagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttggaattcttgttgttggcttagaaatatgagatctcggattatagatatgaagggagtta |
776 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45112916 |
tagtttttgaaaatacaaacaagtaggagttttggaggttgaaattcttgttgttagctttgaaatatgagatcacggattatagatatgaagggagtta |
45112817 |
T |
|
| Q |
777 |
cgccacttccgccactcaccatcacaatctgctcatgcctgttt |
820 |
Q |
| |
|
|| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
45112816 |
tgcgacttccacgactcaccatcacaatctgttcatgcctgttt |
45112773 |
T |
|
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