View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0235-Insertion-25 (Length: 1104)

Name: NF0235-Insertion-25
Description: NF0235
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0235-Insertion-25
NF0235-Insertion-25
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-1047)||(52913564-52914602)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (412-462)||(7570830-7570880)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 977; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 977; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 1047
Target Start/End: Original strand, 52913564 - 52914602
Alignment:
Q  12 taccttagtttgatagaaaataattcattagtatatctctactaggtatgcgaccaatcacaagctaccagatggaagacaaattatcattggaggaaga 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52913564 taccttagtttgatagaaaataattcattagtatatctctaataggtatgcgaccaatcacaagctaccagatggaagacaaattatcattggaggaaga 52913663  T
Q  112 agacaattcaactatgagttttatccaaagaaagatgctacagcaaagaacacatacagtttaccatttcttgtacaaacaaatgatgcaagcgctgaga 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52913664 agacaattcaactatgagttttatccaaagaaagatgctacagcaaagaacacatacagtttaccatttcttgtacaaacaaatgatgcaagcgctgaga 52913763  T
Q  212 acaatctttacccgtttgtttttctcaatgtagatggaaatcttttcatctttgcaaataaccgtgctattttgtttgattataacagcaacaaggttat 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52913764 acaatctttacccgtttgtttttctcaatgtagatggaaatcttttcatctttgcaaataaccgtgctattttgtttgattataacagcaacaaggttgt 52913863  T
Q  312 taaaacgtaccctacaataccaggtggagatcctagaagttatcctagttcaggttctgcggttttgcttcctctaagaaacttacaaaagcctttagtt 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  52913864 taaaacgtaccctacaataccaggtggagatcctagaagttatcctagttcaggttctgcggctttgcttcctctaagaaacttacaaaaccctttagtt 52913963  T
Q  412 gaagctgaggtaatgatttgtggtggagctccaaaaggttcttatgaaaaaacattacaaggtagttttatcggagctttgaatacatgtggtcggctaa 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52913964 gaagctgaggtaatgatttgtggtggagctccaaaaggttcttatgaaaaaacattacaaggtagttttatcggagctttgaatacatgtggtcggctaa 52914063  T
Q  512 aaataaccgacccgaatccgagttgggttatggaaactatgccaggtggaagagttatgagtgacatgattttacttcctaacggcgacgttttgttgat 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52914064 aaataaccgacccgaatccgagttgggttatggaaactatgccaggtggaagagttatgagtgacatgattttacttcctaacggcgacgttttgttgat 52914163  T
Q  612 taatggtgcagctgtggggtctgctggttgggaatcgggtcgtaatccggttttgaatccgtttctttataaaccaaatagtttagttgggtcaagattt 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52914164 taatggtgcagctgtggggtctgctggttgggaatcgggtcgtaatccggttttgaatccgtttctttataaaccaaatagtttagttgggtcaagattt 52914263  T
Q  712 cagttacaaaaaccttctgatattccacgaatgtaccattcaactgctgttttgctacgagacggtagggttcttgttgccggtagcaaccctcatgtaa 811  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52914264 cagttacaaaaaccttctgatattccacgaatgtaccattcaactgctgttttgctacgagacggtagggttcttgttgccggtagcaaccctcatgtaa 52914363  T
Q  812 attacaattttactcgtttgtttccaactgaacttcggttagaagctttttcaccttcgtatttagagttaggattcaatgatgtgcgtcctataatggt 911  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  52914364 attacaattttactcgtttgtttccaactgaacttcggttagaagcgttttcaccttcgtatttagagttgggattcaatgatgtgcgtcctataatggt 52914463  T
Q  912 gtttcctgcaccccaatcacaaacgaaattgaaatacgctc-aaaattgaaggttcggtttcaggtgaaggc-acattgatgaaaaacatggtgtcaggt 1009  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  52914464 gtttcctgcaccccaatcacaaacgaaattgaaatacgctcaaaaattgaaggttcggtttcaagtgaaggcaacattgatgaaaaacatggtgtca-gt 52914562  T
Q  1010 gacaatgtatgcaccgtcttt--acacgcattctttctca 1047  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  52914563 gacaatgtatgcaccgtcttttaacacgcattctttctca 52914602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 412 - 462
Target Start/End: Original strand, 7570830 - 7570880
Alignment:
Q  412 gaagctgaggtaatgatttgtggtggagctccaaaaggttcttatgaaaaa 462  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  7570830 gaagctgaggttttgatttgtggtggagctccaaaaggatcttatcaaaaa 7570880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 996 times since January 2019
Visitors: 2388