View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0247-INSERTION-4 (Length: 754)

Name: NF0247-INSERTION-4
Description: NF0247
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0247-INSERTION-4
NF0247-INSERTION-4
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (15-665)||(5173413-5174054)
chr4 (15-665)||(4841465-4842109)
chr4 (10-665)||(4855962-4856614)
chr4 (93-665)||(5182820-5183390)
chr4 (15-665)||(5214305-5214952)
chr4 (15-665)||(5196148-5196795)
chr4 (92-661)||(5160577-5161144)
chr4 (169-665)||(7142792-7143294)
chr4 (394-505)||(5203420-5203530)
chr4 (680-754)||(5183414-5183489)
chr4 (92-139)||(7142744-7142791)
chr4 (592-629)||(5203560-5203597)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 665
Target Start/End: Original strand, 5173413 - 5174054
Alignment:
Q  15 ttacaatacttgattctctccaacaactctctctgtgggaatattcctacatttggtaattcagcgaatatggaagttttatttctgaataataacaact 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||          || ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5173413 ttacaatacttgattctctccaacaactctctacgtgggaatattcctaaatttgt---------gagtatggaagttttattactgaataataacaact 5173503  T
Q  115 ttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttc 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||    
T  5173504 ttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagaatactaatgctatccatatccaataactcgatcacaggcagaattcctagttc 5173603  T
Q  215 aattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttcaaatg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||     
T  5173604 aattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtcagatccctattgagatttccaacatgtccagtctttatatt 5173703  T
Q  315 ttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcacagctggatctctgaggttcatgtatttacaacagaatgatctctctggattta 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173704 ttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcacagctggatctctgagattcttgtatttacaacagaatgatctctctggattta 5173803  T
Q  415 taccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataagctctcaga 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173804 taccatttgaactctctgaaggctcaaaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataagctctcaga 5173903  T
Q  515 gttaagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgttggttaaaaaagatcgacataatggatctatcacggaac 614  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173904 gttgagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattttgttggttcaaaaagatcgacataatggatctatcacggaac 5174003  T
Q  615 atgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaatg 665  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  5174004 atgctcaatgcttcaataccatcttgcctccaaaatatgtcatttggaatg 5174054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 4842109 - 4841465
Alignment:
Q  15 ttacaatacttgattctctccaacaactctctctgtgggaatattcctacatttggtaattcagcgaatatggaagttttatttctgaataataacaact 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||          |||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  4842109 ttacaatacttgattctctccaacaactctctatgtgggaatattcctaaatttgt---------gaatatggtagttttatttctcaataataacaact 4842019  T
Q  115 ttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttc 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  4842018 ttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatagaagattaatattgctatccatatccaataactcaatcacaggcaaaattcctagttc 4841919  T
Q  215 aattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttcaaatg 314  Q
    |||||||||||||||| ||||| |  ||||| |||||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |  | ||||| ||     
T  4841918 aattgggatgttttctcacatgcagttcctttttatgggtcaaaatcaattagaaggtcagatccctattgagatttccaacatgccatggcttcatatt 4841819  T
Q  315 ttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcac-agctgga--tctctgaggttcatgtatttacaacagaatgatctctctggat 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || |  |  | ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4841818 ttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttgagtagttttaaatatctaaggttcttgtatttgcaacagaatgatctctctggat 4841719  T
Q  412 ttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataagctctc 511  Q
      |  |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4841718 caaagccatctgaactctctgaaggctcaaaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaattggatggataagctctc 4841619  T
Q  512 agagttaagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgttggttaaaaaagatcgacataatggatctatcacgg 611  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||  |||||||||  ||||||||    
T  4841618 agagttaagggttcttctattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgtcatctaaaaaatatcaccataatggacttatcacgg 4841519  T
Q  612 aacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaatg 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4841518 aacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatatgtcatttggaatg 4841465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 665
Target Start/End: Complemental strand, 4856614 - 4855962
Alignment:
Q  10 atgagttacaatacttgattctctccaacaactctctctgtgggaatattcctacatttggtaattcagcgaatatggaagttttatttctgaataataa 109  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||| |||||| ||||||  ||      ||||| || | ||||||    
T  4856614 atgagttacaatacttgaagctctccaacaactttctccgagggaatattcctaaattttgtaatttagcgaacttgctttggttattgctcagtaataa 4856515  T
Q  110 caactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcct 209  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  4856514 caactttagtggaacacttgaagatgtattgggaaa------taatacaagattaacaatgctatccatatccaataactcaatcacaggcaaaattcct 4856421  T
Q  210 agttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttc 309  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  |  |||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4856420 agttcaattgggaagttttctaacatggtttcccttgttatgtctgaaaatcaattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttt 4856321  T
Q  310 aaatgttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcacagctggatc---tctgaggttcatgtatttacaacagaatgatctctc 406  Q
    | || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  | |    |   ||| |||||| ||||||| ||| ||||| ||||| |    
T  4856320 atattttggatctttctcaaaacaagttagttggagcaatcccaaagttaagtggtttgacagttcttaggttcttgtatttgcaaaagaataatctccc 4856221  T
Q  407 tggatttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataag 506  Q
    |||||  ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||     
T  4856220 tggatcaataccatctgaactctctaaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataac 4856121  T
Q  507 ctctcagagttaagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgttggttaaaaaagatcgacataatggatctat 606  Q
    || ||||||||| | ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4856120 ctatcagagttacgtgttcttttactaggagggaacaacttggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacataatggacctat 4856021  T
Q  607 cacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaatg 665  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  4856020 cacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaatg 4855962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 93 - 665
Target Start/End: Original strand, 5182820 - 5183390
Alignment:
Q  93 ttatttctgaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaa 192  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||       |||||| |||||  |||| ||| |||||||||| ||||||    
T  5182820 ttatttcttaataataacaactttagtggaacacttgaagatgtattggaaaac------aatacaggattaggaatgttattcatatccaattactcaa 5182913  T
Q  193 tctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttc 292  Q
    || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||| | |||||||||||||| | ||||| ||||||| || |||||||||||||||||||    
T  5182914 tcacaggcaaaattcctagttcaattgggatgttttctgatatgcaagtccttcttatgtccggaaatctattagaaggtgagatccctattgagatttc 5183013  T
Q  293 caacatgtccagtcttcaaatgttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcac-agctgga--tctctgaggttcatgtattta 389  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | |||||||||||||  || | ||  ||||| |||||| |||||||     
T  5183014 caacatggccattcttcaaatgttggatctttctcaaaacaagttaaatggatcgatcccaaagttcagtagtttgacatctctaaggttcttgtatttg 5183113  T
Q  390 caacagaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattc 489  Q
    ||| ||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||    
T  5183114 caatagaatgatctctctggatcaataccatctgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttaagggacaacaaattttcaggtaaaattc 5183213  T
Q  490 ccaactggatggataagctctcagagttaagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgttggt-taaaaaaga 588  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   | |||||||||    
T  5183214 ccaattggatggataagctctcagagttaagggtccttctattaggagggaacaattttgaaggagatattccaattcaattgtgtccttctaaaaaaga 5183313  T
Q  589 tcgacataatggatctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaatg 665  Q
    || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5183314 tcaacataatggacttatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaatg 5183390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 665
Target Start/End: Original strand, 5214305 - 5214952
Alignment:
Q  15 ttacaatacttgattctctccaacaactctctctgtgggaatattcctacatttggtaattcagcgaatatggaagttttatttctgaataataacaact 114  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| |||   |||||| ||||||| ||||  ||||||   |||| ||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  5214305 ttacaatacttgaagctctccaacaactttctacatgggaacattcctaaattttataattccatgaatgtggaatttttatttctcaataataacaact 5214404  T
Q  115 ttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttc 214  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||      ||||||| ||||| || | ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||    
T  5214405 ttagtggaacacttgaagatgtattgggaaa------taatacaggattagtatttctatccatatccaataattcattctcaggaacaattcctagctc 5214498  T
Q  215 aattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttcaaatg 314  Q
    ||||||||  |||||| |||| |  ||||||||||||||| |||||  ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||     
T  5214499 aattgggacattttcttacatctgggtccttcttatgtctcaaaatatattagaaggtgagatccctattgagatttccaacatgtcaagtcttaaaatt 5214598  T
Q  315 ttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcacagctggatc---tctgaggttcatgtatttacaacagaatgatctctctggat 411  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |  | |    |   ||| |||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||| |    
T  5214599 ctggatctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccaaagttaagtggtttgacagttcttaggttcttgtatttgcaaaagaataatctctctggct 5214698  T
Q  412 ttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataagctctc 511  Q
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  5214699 cgataccatctgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggtaaaattccccactggatggataagctatc 5214798  T
Q  512 agagttaagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgttggttaaaaaagatcgacataatggatctatcacgg 611  Q
    ||||||| | ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  5214799 agagttacgtgttcttttactaggagggaacaaattggaaggagatattccaattcaattgtgtcggttaaaaaagatagacataatggacctatcacgg 5214898  T
Q  612 aacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaatg 665  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5214899 aacatgctcaatgcttcaataccatcttgcttccgaaatatgtcatttggaatg 5214952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 15 - 665
Target Start/End: Original strand, 5196148 - 5196795
Alignment:
Q  15 ttacaatacttgattctctccaacaactctctctgtgggaatattcctacatttggtaattcagcgaatatggaagttttatttctgaataataacaact 114  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||| |||   |||||| ||||| | |||| ||||||||| |||||||   |  |||||||| |||||||||||||    
T  5196148 ttacaatacttgaagctctccaacaactttctacatgggaacattccaagattttgtaattcagtgaatatgtttgggttatttcttaataataacaact 5196247  T
Q  115 ttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttc 214  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||      |||||||||||||  || ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  5196248 ttagtggaacacttgaagatgtattaggaaa------taatacaagattagaaacgctgtccatatccaataattcattctcaggcacaattcctagttc 5196341  T
Q  215 aattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagatttccaacatgtccagtcttcaaatg 314  Q
    |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |   | ||||||||     
T  5196342 aattgggatgttttctaacatgtgggcccttcttatgtctaaaaatcaattagaaggtgagatccctattgagatttccagcatatggcggcttcaaatt 5196441  T
Q  315 ttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcacagct--ggatct-ctgaggttcatgtatttacaacagaatgatctctctggat 411  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||   || |  | |  |  ||| || |||||| ||||||| ||| |||||| |||||||||||    
T  5196442 ttagatctttctcaaaacaagttaaatggatcaatcccacctttaagtggtttgactcttctaaggttcttgtatttgcaagagaatggtctctctggat 5196541  T
Q  412 ttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataagctctc 511  Q
      || |||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5196542 caatcccatatgaactctatgaaggcttccaactacaacttctagatttgagggagaacaaattttcaggaaaaattcccaactggatggataagttctc 5196641  T
Q  512 agagttaagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgttggttaaaaaagatcgacataatggatctatcacgg 611  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||     
T  5196642 agaattaagggtccttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaatgcagttgtgtcggttaaaaaagatcaacataatggacttatcacga 5196741  T
Q  612 aacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttggaatg 665  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  5196742 aacatgctcaatgcttccataccatcttgctttcgaaatatgttatttggaatg 5196795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 92 - 661
Target Start/End: Original strand, 5160577 - 5161144
Alignment:
Q  92 tttatttctgaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtattgggaaagggaaataatacaagattactaatgctatccatatccaataactca 191  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||       ||||||  ||||  | | ||||||||||||||||| |||    
T  5160577 tttatttcttaataataacaactttagtggaacacttgaagatgtattgggaaac------aatacagaattagcatttctatccatatccaataattca 5160670  T
Q  192 atctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattagaatgtcagatccctattgagattt 291  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| | ||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||| |||    
T  5160671 ttctcaggcacaattcctagttcaattgggacgttttctaacatggaagtccttatcatgtctgaaaatctattagaaggtgagatccctattgagtttt 5160770  T
Q  292 ccaacatgtccagtcttcaaatgttggatctttct-caaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcac-agctgga--tctctgaggttcatgtatt 387  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||   || |  || | ||  ||||| | |||| ||||||    
T  5160771 ccaacatgttcagtcttgaaatgttggatctttcttcaaaacaagttaaatggatcaatcccacctttaagtagtttgacttctctaaagttcttgtatt 5160870  T
Q  388 tacaacagaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaat 487  Q
    | ||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5160871 tgcaaaagaatgatctctctggatctataccaattgaactgtctgaaagctcaaaactacaacttctggatttgagggagaacaaattttcaggtaaaat 5160970  T
Q  488 tcccaactggatggataagctctcagagttaagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattccaattcaattgtgttggttaaaaaag 587  Q
    |||||| ||||| ||||| |||||||||||  | ||||||||| ||||| |||| || || |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  5160971 tcccaattggattgataatctctcagagttgcgtgttcttttactaggatggaataacttggaaggagatattccaattcaattgtgtcgattaaaaaag 5161070  T
Q  588 atcgacataatggatctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttgg 661  Q
    ||| |||| ||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||    
T  5161071 atcaacatgatggacctatcgcggaacatgttcaatgcttcaataccatcttgcttccaaaatttgacatttgg 5161144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 169 - 665
Target Start/End: Original strand, 7142792 - 7143294
Alignment:
Q  169 tgctatccatatccaataactcaatctcaggcacaattcctagttcaattgggatgttttctaacatgtatgtccttcttatgtctgaaaatcaattaga 268  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||   | ||||| ||||  ||||||||  |||||    
T  7142792 tgctgtccatatccaataattcaatctcaggaacaattcctagttcaattgggatgttttcaaacctgctagcccttcgtatggttgaaaatcttttaga 7142891  T
Q  269 atgtcagatccctattgagat---ttccaacatgtccagtcttcaa-atgttggatctttctcaaaacaagttaattggagcaatcccaaagttcac-ag 363  Q
    | || ||||||| |||| |||   ||| |||||||| | |||| || || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| | || |  ||    
T  7142892 aggtgagatcccaattgggatgttttcaaacatgtctattcttgaatatattg-atctttctcaaaacaagttaattggatcaatcccagatttaagtag 7142990  T
Q  364 ctggatc--tctgaggttcatgtatttacaacagaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttg 461  Q
     | ||    ||| ||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7142991 tttgaaaaatctaaggctcttgtatttgcaaaagaatgatctctctggatctataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttttagatttg 7143090  T
Q  462 agggagaacaaactttcaggtaaaattcccaactggatggataagctctcagagttaagggttcttttattaggagggaacaattttgaaggagaaattc 561  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  7143091 agggagaacaaactttcaagtaaaattcccaactggatggataagctatcagagttacgtgttcttttattaggaaggaacaatttggaaggagatattc 7143190  T
Q  562 caattcaattgtgttggttaaaaaagatcgacataatggatctatcacggaacatgctcaatgcttcaataccatcttgctttcaaaatatgtcatttgg 661  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  7143191 caattcaattgtgtcggttaaaaaagatcgacaaaatagacctatcagaaaacatgctcaatgcttcaataccaccttgcttccaaaatatgtcatttgg 7143290  T
Q  662 aatg 665  Q
    ||||    
T  7143291 aatg 7143294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 394 - 505
Target Start/End: Original strand, 5203420 - 5203530
Alignment:
Q  394 agaatgatctctctggatttataccatttgaactctctgaaggctcacaactacaacttctagatttgagggagaacaaactttcaggtaaaattcccaa 493  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||| | | ||||| ||  ||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||    
T  5203420 agaatgatctcgctggatctataccatttgaactgtctggaagttcacagctgaaacttttagacttgagg-agaacaaattttcaggtaacattcccaa 5203518  T
Q  494 ctggatggataa 505  Q
    ||||||||||||    
T  5203519 ctggatggataa 5203530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 680 - 754
Target Start/End: Original strand, 5183414 - 5183489
Alignment:
Q  680 ttttgaattcttaatgtccaaaggtttcgcagatatctttattccaa-ttcgaattctttcttcaatgctagtttg 754  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |   |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  5183414 ttttgaattctcaatgtccgaaggtttcacaggtgaatttattccaaatttgaattctttcttcaatgctagtttg 5183489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 139
Target Start/End: Original strand, 7142744 - 7142791
Alignment:
Q  92 tttatttctgaataataacaactttagtggaacacttgatgatgtatt 139  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  7142744 tttatttctcaataataacaactttggtggaacactggaagatgtatt 7142791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 592 - 629
Target Start/End: Original strand, 5203560 - 5203597
Alignment:
Q  592 acataatggatctatcacggaacatgctcaatgcttca 629  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  5203560 acatgatggacctatcacggaacatgctcaatgcttca 5203597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1207 times since January 2019
Visitors: 2389