View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0253_high_3 (Length: 487)

Name: NF0253_high_3
Description: NF0253
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0253_high_3
NF0253_high_3
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (17-459)||(14016774-14017213)
chr6 (19-459)||(14112172-14112609)
chr6 (17-384)||(13942758-13943104)
chr6 (17-392)||(13470999-13471368)
chr6 (17-463)||(13890940-13891375)
chr6 (17-387)||(14086361-14086728)
chr6 (17-227)||(13861141-13861351)
chr6 (69-466)||(13873216-13873607)
chr6 (181-462)||(14026857-14027132)
chr6 (301-462)||(14027049-14027204)
chr6 (17-133)||(14026735-14026851)
chr6 (67-227)||(14048917-14049077)
chr6 (376-466)||(14017058-14017148)
chr6 (301-466)||(13873144-13873303)
chr6 (272-387)||(13860954-13861066)
chr6 (305-462)||(13873076-13873227)
chr6 (348-459)||(13470863-13470971)
chr6 (376-462)||(13860954-13861037)
chr6 (301-384)||(13470863-13470943)
chr6 (376-459)||(13943024-13943104)
chr6 (376-466)||(13471000-13471087)
chr6 (376-466)||(14112457-14112544)
chr6 (376-462)||(14086645-14086728)
chr6 (423-466)||(13891009-13891052)
chr6 (423-466)||(14027021-14027064)
chr6 (301-387)||(13873076-13873159)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 459
Target Start/End: Original strand, 14016774 - 14017213
Alignment:
Q  17 tagaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttgg 116  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||    
T  14016774 tagaaagagaagtggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaatctcttaaacttagttctctcagttttgg 14016873  T
Q  117 caacttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactga 216  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14016874 taacttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatcgacgacatgtgaagatgggttaaagaattaagattagacaaccactga 14016973  T
Q  217 cctccactgtgttcgtcgttgtcaactgttagaaatctaaaattgtatcctccttcaagataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatg 316  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14016974 cctccactgggttcgtcgttgtcaactgttagaaatctaaaaacgtatcctccttcaagataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatg 14017073  T
Q  317 gaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgtt 416  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | || |    
T  14017074 gaattcttccttccaaaccaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccatccaaatcattggt 14017173  T
Q  417 gtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagt 459  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14017174 gt---tgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagt 14017213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 19 - 459
Target Start/End: Original strand, 14112172 - 14112609
Alignment:
Q  19 gaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttggca 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||| |    
T  14112172 gaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggtcacaatttcttaaacttagttctcttagttttggta 14112271  T
Q  119 acttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacc 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||  ||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  14112272 acttaccaaccatttgaaaccaactattaaatttatcaagattagatattgacatcagatgaagatgggttaaagaggttagattagacaaccactgacc 14112371  T
Q  219 tccactgtgttc-gt--cgttgtcaactgttagaaatctaaaattgtatcctccttcaagataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagat 315  Q
    ||||||||| || ||   |||| ||| ||| |||   |||  |   |  | || | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  14112372 tccactgtgatctgtactgttgccaattgtcagagcactatcagcatcccttcttccaagataaagctcttgtagatttgtaagctttccaatttgagat 14112471  T
Q  316 ggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgt 415  Q
    |||||||||||||| |||| |   |||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |    
T  14112472 ggaatgcttccttcaaaacca---ttgatgctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaccattat 14112568  T
Q  416 tgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagt 459  Q
    |||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14112569 tgt---tgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagt 14112609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 17 - 384
Target Start/End: Original strand, 13942758 - 13943104
Alignment:
Q  17 tagaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttgg 116  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||| |  |||||    
T  13942758 tagaaagagaagttgaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggtcacaatatcttaaacttagttctcttagatttgg 13942857  T
Q  117 caacttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactga 216  Q
     |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13942858 taacttaccaaccattttcaaccaactattagatttattaagattagatatcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactga 13942957  T
Q  217 cctccactgtgttcgtcgttgtcaactgttagaaatctaaaattgtatcctccttcaagataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatg 316  Q
    |||||| |||| || ||||||||||  || |||   ||||                  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13942958 cctccattgtgatcttcgttgtcaatagtcagaccactaa------------------gataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatg 13943039  T
Q  317 gaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagt 384  Q
    |||||||||||||||||  |   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13943040 gaatgcttccttccaaataa---ttgttgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagt 13943104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 17 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 13471368 - 13470999
Alignment:
Q  17 tagaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttgg 116  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||    
T  13471368 tagaaagagaagtggaaaatttgaacttggattgactcaaggaatggacaaaatgatcagaaaggccacaatttcttaaacttagttctatcagttttgg 13471269  T
Q  117 caacttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactga 216  Q
     | |||||||||  ||| ||||||||||||| || ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||    
T  13471268 tagcttaccaactgtttccaaccaactattaaatctataaagatttgatatcgacgacatgtgaagatgggttaaagaggtaaaattagacagccactga 13471169  T
Q  217 cctccactgtgttcgtcgttgtcaactgttagaaatctaaaattgtatcctccttcaagataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatg 316  Q
    |||| |||||| || |||||||| |  || |||   | |||||  |||||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13471168 cctctactgtgatcttcgttgtccatagtcagatcaccaaaatcatatcctc---caagataaagcttttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatg 13471072  T
Q  317 gaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatgg 392  Q
    ||||  ||||||||||   | | || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13471071 gaatatttccttccaa---attattatagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatgg 13470999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 17 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 13891375 - 13890940
Alignment:
Q  17 tagaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttgg 116  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||   ||||||||||| |||| |    
T  13891375 tagaaagagatgtggaaaaattgaacttcgatttactcaaagaatggataaaatgatcagaaaggccacaacttattaactctagttctctcagttttag 13891276  T
Q  117 caacttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactga 216  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||    
T  13891275 tagcttaccaaccatttgcaaccaactattggatttatcaagactagatattgacaacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagataacca--ga 13891178  T
Q  217 cctccactgtgttcgtcgttgtcaactgttagaaatctaaaattgtatcctccttcaagataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatg 316  Q
    |||||  |||| ||  ||||||||| ||||||| | |||| | | |||||||   | | || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  13891177 cctccgttgtgatctccgttgtcaattgttagagaactaagactatatcctc---cgaaatgaagctcttgtaggttggtaagctttccaagttgtgaag 13891081  T
Q  317 gaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgtt 416  Q
    | ||  |||| |  ||| |||| |    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||    
T  13891080 gtatttttccat-taaaagaatttccaag--gagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaaga---tt 13890987  T
Q  417 gtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgag 463  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13890986 gcggctaagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgag 13890940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 17 - 387
Target Start/End: Original strand, 14086361 - 14086728
Alignment:
Q  17 tagaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttgg 116  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | |||||     
T  14086361 tagaaagagaagtggaaaagttgaacttggattgactcagggaatggatgaaatgataagaaaggtcacaatttcttaaacttagttctcttagttttgt 14086460  T
Q  117 caacttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactga 216  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||  ||  || | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14086461 taacttaccaaccatttgaaaccaactattaaatttatcaagattagatattcacatcaggcgaagatgggttaaagaagttagattagacaaccactga 14086560  T
Q  217 cctccactgtgttcgtcgttgtcaactgttagaaatctaaaattgtatcctccttcaagataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatg 316  Q
    ||||||||||| || | |||||||| ||| |||   |||   |  ||   || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  14086561 cctccactgtgatccttgttgtcaattgtcagagcactatcttcatactttcttccaagataaagctcttgtaggttcgtaagctttccaagttgatatg 14086660  T
Q  317 gaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 387  Q
    |||| |||||||||||   |   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14086661 gaatacttccttccaagtca---ttgttgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagttga 14086728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 13861351 - 13861141
Alignment:
Q  17 tagaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttgg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||||||    
T  13861351 tagaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggtcacaatttcttaaacttagttctcttagttttgg 13861252  T
Q  117 caacttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactga 216  Q
     ||||||||||||||||  |||||||||||| |||||| |||||||||||| |||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13861251 taacttaccaaccatttttaaccaactattaaatttatcaagattagatattgacatcagatgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactga 13861152  T
Q  217 cctccactgtg 227  Q
    |||||||||||    
T  13861151 cctccactgtg 13861141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 69 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 13873607 - 13873216
Alignment:
Q  69 atgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttggcaacttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagatatc 168  Q
    |||||||||||| |||||| |   ||||||||||||| ||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| || ||| ||||||||||||     
T  13873607 atgatcagaaagaccacaactttctaaacttagttctttcagttttggtagcttaccaaccaattgcaaccaactattaaatctatcaagattagatatt 13873508  T
Q  169 gaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccactgtgttcgtcgttgtcaactgttagaaatctaaaattgtatcctc 268  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||| || |||||||||| | | |||   |||  |   |||||||    
T  13873507 gacaacatctgaagatgggttaaagaagttagattcaacaaccacttacctccactgtgatcctcgttgtcaattatcagagtactatcaccatatcctc 13873408  T
Q  269 cttcaagataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagtt 368  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||  ||| |||  ||      |||||||||||||||||||||    
T  13873407 ctccaagataaagatcttgtaggtttgtaagctttccaagttgatatggtatttttccttttaaa-gaa--tttccaaagagatcaagaaattgcaagtt 13873311  T
Q  369 ggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 466  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  | |||| |   |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  13873310 ggagagatttccaagttgggatggaatccttccttccaaatcattgtttt---tgagatgaagaaatttcaagttggagagattttcaagttgggatg 13873216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 181 - 462
Target Start/End: Original strand, 14026857 - 14027132
Alignment:
Q  181 agatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccactgtgttcgtcgttgtcaactgttagaaatctaaaattgtatcctccttcaagataaa 280  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||   ||||||||  || |||   |||  |   ||| |   | |||||||||    
T  14026857 agatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccgttgtgatccctgttgtcaatagtcagaccactatcaccatattcatttccaagataaa 14026956  T
Q  281 gctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttcc 380  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||||||  |||  | |    |||   ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14026957 gctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatggtaattttcctttaaaaaaatttccatgg---agatcaagaaattgcaagttggagagatttcc 14027053  T
Q  381 aagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 462  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |   |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14027054 aagttgagatggaatgcttccttccaaataa---ttgatgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 14027132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 301 - 462
Target Start/End: Original strand, 14027049 - 14027204
Alignment:
Q  301 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttc 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  | || ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14027049 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaataattgatg---ctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgacatggaatgcttc 14027145  T
Q  401 cttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 462  Q
    ||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  14027146 cttccaaataa---ttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagacctccaagttga 14027204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 133
Target Start/End: Original strand, 14026735 - 14026851
Alignment:
Q  17 tagaaagagaattggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttgg 116  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||    
T  14026735 tagaaagggaagtggaaaagttgaacttggattgactcaatgaatggataaaatgatcagaaaggccacaattttgtaaacttagttctctcagttttgg 14026834  T
Q  117 caacttaccaaccattt 133  Q
     ||||||||||||||||    
T  14026835 taacttaccaaccattt 14026851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 67 - 227
Target Start/End: Original strand, 14048917 - 14049077
Alignment:
Q  67 aaatgatcagaaaggccacaattacttaaacttagttctctcaattttggcaacttaccaaccatttgcaaccaactattagatttattaagattagata 166  Q
    ||||||||||||||| ||||||   ||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| |||| |||||||| || ||| ||||||  |||    
T  14048917 aaatgatcagaaaggtcacaatctgttaaatttagttctcccaattttggtagcttaccaaccatttccaacaaactattaaatctatcaagattcaata 14049016  T
Q  167 tcgaccacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccactgtg 227  Q
    | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14049017 ttgacgacatgtgaagatgggttaaagaagtaagattagacaaccactgacctccattgtg 14049077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 376 - 466
Target Start/End: Original strand, 14017058 - 14017148
Alignment:
Q  376 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 466  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14017058 tttccaagttgagatggaattcttccttccaaaccaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 14017148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 301 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 13873303 - 13873144
Alignment:
Q  301 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttc 400  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  | |||| |   |||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||    
T  13873303 tttccaagttgggatggaatccttccttccaaatcattgtttt---tgagatgaagaaatttcaagttggagagattttcaagttgggatggtatgcttc 13873207  T
Q  401 cttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 466  Q
    |||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  13873206 cttccaaacga---ttgtagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccgagtttagatg 13873144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 272 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 13861066 - 13860954
Alignment:
Q  272 caagataaagctcttgtaggtttgtaagctttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttgga 371  Q
    ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13861066 caagataaagctcttgtaggttcacaagctttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaaaa---ttgtagctgagatcaagaaattgcaagttgga 13860970  T
Q  372 gagatttccaagttga 387  Q
    ||||| ||||||||||    
T  13860969 gagatctccaagttga 13860954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 305 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 13873227 - 13873076
Alignment:
Q  305 caagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttc 404  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  13873227 caagttgggatggtatgcttccttccaaacga---ttgtagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccgagtttagatggaatgcttccttc 13873131  T
Q  405 caaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 462  Q
     ||| ||   |||| ||| ||||||| |||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  13873130 taaatga---ttgttgcttagatcaataaatcgaacattggagagatttccaagttga 13873076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 348 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 13470971 - 13470863
Alignment:
Q  348 gagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggag 447  Q
    |||||||||| ||| || || | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  13470971 gagatcaagatattccatgtcgaagagatttccaagttgagttggaatgcttccttccaaacga---ttgttcctgagatcaagaaattgcaagttggag 13470875  T
Q  448 agatttccaagt 459  Q
    |||| |||||||    
T  13470874 agatctccaagt 13470863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 376 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 13861037 - 13860954
Alignment:
Q  376 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  13861037 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaaaaa---ttgtagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagttga 13860954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 301 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 13470943 - 13470863
Alignment:
Q  301 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagt 384  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13470943 tttccaagttgagttggaatgcttccttccaaacgattgttc---ctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagt 13470863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 376 - 459
Target Start/End: Original strand, 13943024 - 13943104
Alignment:
Q  376 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagt 459  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  |   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13943024 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaataa---ttgttgctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagt 13943104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 376 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 13471087 - 13471000
Alignment:
Q  376 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 466  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||  |   || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13471087 tttccaagttgagatggaatatttccttccaaatta---ttatagctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 13471000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 376 - 466
Target Start/End: Original strand, 14112457 - 14112544
Alignment:
Q  376 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 466  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | || ||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14112457 tttccaatttgagatggaatgcttccttcaaaaccattgatg---ctgagatcaagaaattgcaagttggaaagatttccaagttgagatg 14112544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 376 - 462
Target Start/End: Original strand, 14086645 - 14086728
Alignment:
Q  376 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 462  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||   | |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  14086645 tttccaagttgatatggaatacttccttccaagtcattgttg---ctgagatcaagaaattgcaagttggagagatctccaagttga 14086728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 423 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 13891052 - 13891009
Alignment:
Q  423 gagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13891052 gagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 13891009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 44; E-Value: 8e-16
Query Start/End: Original strand, 423 - 466
Target Start/End: Original strand, 14027021 - 14027064
Alignment:
Q  423 gagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 466  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14027021 gagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttgagatg 14027064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 301 - 387
Target Start/End: Complemental strand, 13873159 - 13873076
Alignment:
Q  301 tttccaagttgagatggaatgcttccttccaaacgaatgttgtggctgagatcaagaaattgcaagttggagagatttccaagttga 387  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||| ||| ||   |||| ||| ||||||| |||| | |  |||||||||||||||||||||    
T  13873159 tttccgagtttagatggaatgcttccttctaaatga---ttgttgcttagatcaataaatcgaacattggagagatttccaagttga 13873076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 856 times since January 2019
Visitors: 2568