View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0254-INSERTION-2 (Length: 508)

Name: NF0254-INSERTION-2
Description: NF0254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0254-INSERTION-2
NF0254-INSERTION-2
[»] chr7 (12 HSPs)
chr7 (8-507)||(16975886-16976386)
chr7 (8-506)||(16967090-16967580)
chr7 (27-322)||(10602489-10602781)
chr7 (8-388)||(16991328-16991721)
chr7 (92-286)||(16968002-16968195)
chr7 (92-319)||(16823080-16823301)
chr7 (92-282)||(16976916-16977111)
chr7 (131-274)||(17007650-17007792)
chr7 (78-214)||(17007024-17007160)
chr7 (266-377)||(17006883-17006994)
chr7 (396-503)||(10602817-10602936)
chr7 (391-441)||(16823000-16823050)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (44-287)||(35263693-35263936)
chr4 (262-388)||(35263940-35264069)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 437; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 16976386 - 16975886
Alignment:
Q  8 aattgtgctggaggtcaatgaggattgcgttgatcggcaagatacacagccaccaccagtttctgtggacacacctcatgaacggatatggagcctcaaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16976386 aattgtgatggaggtcaatgaagattgcgttgatcggcaagatacacagccaccaccagtttctgtggacacacctcatgaacggatatggagcctcaaa 16976287  T
Q  108 aaggcggaaaaagttgaagagactaaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatcagaagctgtatccaagg 207  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16976286 aaggcggaaaaagttgaaaagactaaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatcagaagctgtatccaagg 16976187  T
Q  208 taatccttctctttaagaacattaaaatttgaactttgcattttaatgttaatatgtgaactataggactagtgcttaagatgattttgat-ttttgata 306  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16976186 taatcatcctctttaagaacattaaaatttgaactttgcgttttaatgttaatttgtgaactataggactagtgcttaagatgattttgattttttgata 16976087  T
Q  307 aaaattgtttatatgtttaaactttggtctaaacgatatcagtaagatgctcaatgagatttgtaaagagacatcagtgacagagattaacatagtgttt 406  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16976086 taaattgtttatatgtttaaactttggtctaaaagatagcagtaagatgctcaatgagatttgtaaagagacatcagtgacagagattaacatagtgttt 16975987  T
Q  407 tactatccgcagattggaaatttagagacagatgaagctagcggaagtccatcatgttgttgtgaacacaacatttttctcgatgaagagatcggtgaat 506  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16975986 tactatctgcagattggaaatttagagacagatgaagctagtggaagtccatcatgttgtagtgaacacaacatttttctagatgaagagatcggtgaat 16975887  T
Q  507 t 507  Q
    |    
T  16975886 t 16975886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 16967580 - 16967090
Alignment:
Q  8 aattgtgctggaggtcaatgaggattgcgttgatcggcaagatacacagccaccaccagtttctgtggacacacctcatgaacggatatggagcctcaaa 107  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16967580 aattgtgttggaggtcaatgaagattgcgttgatcggcaagatacacagccaccaccagtttctgtggacacacctcatgaacggatatggagcctcaaa 16967481  T
Q  108 aaggcggaaaaagttgaagagactaaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatcagaagctgtatccaagg 207  Q
    |||| |||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  16967480 aaggtggaaaaagttcagaagactaaggaggaggaagagaatgaagtgttatgggatgaattggaaacgacccttagagaattagaagctgtatgcaagg 16967381  T
Q  208 taatccttctctttaagaacattaaaatttgaactttgcattttaatgttaatatgtgaactataggactagtgcttaagatgattttgat-ttttgata 306  Q
    ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16967380 taatcatcctctttaagaacattaaaatttgaactttgcgttttaatgttaatttgtgaactataggactagtgcttaagatgattttgattttttgata 16967281  T
Q  307 aaaattgtttatatgtttaaactttggtctaaacgatatcagtaagatgctcaatgagatttgtaaagagacatcagtgacagagattaacatagtgttt 406  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||| |||||| |    
T  16967280 taaattgtttatatgtttaaactttggtctaaacgatatcagtaagatgctcaatgagatttgtaaagagacat---------tgattaacttagtgtgt 16967190  T
Q  407 tactatccgcagattggaaatttagagacagatgaagctagcggaagtccatcatgttgttgtgaacacaacatttttctcgatgaagagatcggtgaat 506  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16967189 tactatctacagattggaaatttagagacagatgaagctagcggaagtccatcatcttgttgtgaacacaacatttttctcgatgaagagattggtgaat 16967090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 27 - 322
Target Start/End: Original strand, 10602489 - 10602781
Alignment:
Q  27 gaggattgcgttgatcggcaagatacacagccaccaccagtttctgtggacacacctcatgaacggatatggagcctcaaaaaggcggaaaaagttgaag 126  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |    |  |||||||||||| || |||| |||||||||  ||     
T  10602489 gaggatggcgttgatcgacaagatacacagccacaaccggtttctgtggagacaccccc---atcgatatggagccttaagaaggtggaaaaagtgcaaa 10602585  T
Q  127 agactaaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatcagaagctgtatccaaggtaatccttctctttaagaa 226  Q
    |||| | ||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| || ||||  ||||||||||| || |||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  10602586 agaccatggaggaggaggagaacgaagtgttatgggatgaattagatacagttcttagagaatctgacgctgtatccatggtaatcctccactttaagaa 10602685  T
Q  227 cattaaaatttgaactttgcattttaatgttaatatgtgaactataggactagtgcttaagatgattttgatttttgataaaaattgtttatatgt 322  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||| ||  |||||||||||||||    
T  10602686 catttaaatttgaactctgcatttttatttttatttgtgaactataggactagtgctcaagcttattttaatttttcatttaaattgtttatatgt 10602781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 8 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 16991721 - 16991328
Alignment:
Q  8 aattgtgctggaggtcaatgaggattgcgttgatcggcaagatacacagccaccaccagtttctgtggacacacctcatgaacggatatggagcctcaaa 107  Q
    ||||||| | |||||||| || ||| | ||||||| |||  |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  16991721 aattgtgttagaggtcaacgacgatggtgttgatcagcatcatacacggccaccaccagtctctgtggagacacctcgtgaacggatatggagccttaaa 16991622  T
Q  108 aaggcggaaaaagttgaagagactaaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatcagaagctgtatccaagg 207  Q
    |||| ||| |  ||  || |||| |||||||| || ||| | ||| || ||||||||||||| || ||||||  |||||||||  | |||| ||||| ||    
T  16991621 aaggtggacatcgtgcaaaagaccaaggaggaagaggaggaggaactgttatgggatgaatttgatacagccagtagagaatctaacgctgaatccatgg 16991522  T
Q  208 taatccttctctttaagaacattaaaatttgaactttgc------------attttaatgttaatatgtgaactataggactagtgcttaagatgatttt 295  Q
    ||||||| |||  |||||||||| |||||||| ||||||            |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  16991521 taatcctcctc--taagaacatttaaatttgatctttgctttttagttttaattttaattttaatttgtgaactataggactagtgcataagctgatttt 16991424  T
Q  296 gatttttgataaaaattgtttatatgtttaaactttgg---tctaaacgatatcagtaagatgctcaatgagatttgtaaagagacatcagtgaca 388  Q
    ||||||| ||  |  |||||||||| ||||||||||||   |||||| ||||||  |||||| || |||||||||||||| |||| ||| ||||||    
T  16991423 gatttttaatttagtttgtttatatctttaaactttggtgatctaaatgatatctataagattctgaatgagatttgtaaggagaaatctgtgaca 16991328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 92 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 16968195 - 16968002
Alignment:
Q  92 gatatggagcctcaaaaaggcggaaaaagttgaagagactaaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatca 191  Q
    |||||||||| | ||||||| || ||||||  || |||| || ||||| ||||||||||| ||| ||  |||||||||||| ||| || |||||||||||    
T  16968195 gatatggagctttaaaaaggtgggaaaagtgcaaaagaccaacgaggatgaagagaatgatgtgttacaggatgaattggagacaaccattagagaatca 16968096  T
Q  192 gaagctgtatccaaggtaatccttctctttaagaacattaaaatttgaactttgcattttaatgttaatatgtgaactataggactagtgcttaa 286  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  16968095 aaagttgtatccaaggtactccttctctttaggaacatttaaatttgaactttgcatattaattttaat-tgtgaactataggactggtgcttaa 16968002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 16823301 - 16823080
Alignment:
Q  92 gatatggagcctcaaaaaggcggaaaaagttgaagagactaaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatca 191  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| ||||  || |||| || ||||||   ||| | |||  | |||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  16823301 gatatggagccttaaaaaggtggaagaagtgcaaaagaccaaagaggagttggagcaggaaccgttatgggatcaaatggatacagcccttagagaatca 16823202  T
Q  192 gaagctgtatccaaggtaatccttctctttaagaacattaaaatttgaactttgcattttaatgttaatatgtgaactataggactagtgcttaagatga 291  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||      ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  16823201 gaagctgaatccatggtaatcctgctctttaagaacatttaaatttgaacattccatt------ttaatttgtgaactataggactagtgcttaagctga 16823108  T
Q  292 ttttgatttttgataaaaattgtttata 319  Q
    ||||||||||| ||  ||| ||||||||    
T  16823107 ttttgatttttaatttaaactgtttata 16823080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 92 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 16977111 - 16976916
Alignment:
Q  92 gatatggagcctcaaaaaggcggaaaaagttgaagagactaaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatca 191  Q
    |||||||||| | ||||||| || ||||||   | |||| |||||||| || ||| | |||||| ||||||||||| |||| |  ||||| |||||||||    
T  16977111 gatatggagctttaaaaaggtgggaaaagtgccaaagaccaaggaggatgaggaggaggaagtgttatgggatgaaatggagatggccctaagagaatca 16977012  T
Q  192 gaagctgtatccaaggtaatccttctctttaagaacattaaaatttgaactttgcatt-----ttaatgttaatatgtgaactataggactagtgc 282  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||     ||||| |||||  ||||||||||||||| ||||    
T  16977011 aaagctgtatacaaggtaatccttctctttaggaacatttaaatttgaactttgcatttgttattaattttaattcgtgaactataggactggtgc 16976916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 131 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 17007792 - 17007650
Alignment:
Q  131 taaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatcagaagctgtatccaaggtaatccttctctttaagaacatt 230  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||| ||| ||||||||| |||||    
T  17007792 taagcagggggaagagaatgaagtgctatgggatgaattggatgcagcccttagagaatcagaagtggtatctaaggtaaacctcctctttaagcacatt 17007693  T
Q  231 aaaatttgaactttgcattttaatgttaatatgtgaactatagg 274  Q
      || ||||||||| ||| || || ||||| |||||||||||||    
T  17007692 -taagttgaacttttcatattcattttaatttgtgaactatagg 17007650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 78 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 17007160 - 17007024
Alignment:
Q  78 acacctcatgaacggatatggagcctcaaaaaggcggaaaaagttgaagagactaaggaggaggaagagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacag 177  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||   | | || |||||| |||||||| | |||  | |||||||||||||||| |||     
T  17007160 acacctcatgaacggatatggagccttaaaaaggtggaaaaggtgctaaaaacgaaggagcaggaagagcaggaaccgttatgggatgaattggatacat 17007061  T
Q  178 cccttagagaatcagaagctgtatccaaggtaatcct 214  Q
    |||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||    
T  17007060 cccttagagaagaagatgctgtatcaaaggtaatcct 17007024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 266 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 17006994 - 17006883
Alignment:
Q  266 aactataggactagtgcttaagatgattttgatttttgataaaaattgtttatatgtttaaactttggtctaaacgatatcagtaagatgctcaatgaga 365  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  | ||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||  |||||| |||||| |||    
T  17006994 aactataggattagtgcttaagctgattttgatttttaatttacattgtttatatgttttaactttgatctaaatgatatctataagatactcaataaga 17006895  T
Q  366 tttgtaaagaga 377  Q
    ||| ||| ||||    
T  17006894 tttataaggaga 17006883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 396 - 503
Target Start/End: Original strand, 10602817 - 10602936
Alignment:
Q  396 acatagtgttttactatccgcagattggaaatttagagacagatgaagcta------------gcggaagtccatcatgttgttgtgaacacaacatttt 483  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||            ||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||    
T  10602817 acatagtgtgttactatctgcagattggaaatttagggacaaatgaagctacaaatataaaaagcggaagtccatcatctcgatgtgaacacgacacttt 10602916  T
Q  484 tctcgatgaagagatcggtg 503  Q
    |||||| |||||||| ||||    
T  10602917 tctcgacgaagagattggtg 10602936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 391 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 16823050 - 16823000
Alignment:
Q  391 gattaacatagtgttttactatccgcagattggaaatttagagacagatga 441  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16823050 gattaacttagtgtgttactatctgcagattggaaatttagggacaaatga 16823000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 44 - 287
Target Start/End: Original strand, 35263693 - 35263936
Alignment:
Q  44 gcaagatacacagccaccaccagtttctgtggacacacctcatgaacggatatggagcctcaaaaaggcggaaaaagttgaagagactaaggaggaggaa 143  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||| ||     
T  35263693 gcaagatacatggccaccaccagtctctgtggagacacctcgtgaacggatatggagccttaaaaaggtggaaaaagtagaaaagaccaaggaggaagag 35263792  T
Q  144 gagaatgaagtgatatgggatgaattggaaacagcccttagagaatcagaagctgtatccaaggtaatccttctctttaagaacattaaaatttgaactt 243  Q
    ||| | |||||| ||||||||||||| || ||||||| ||||||||| || |||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||  ||||||||||||    
T  35263793 gaggaggaagtgttatgggatgaatttgatacagcccgtagagaatctgacgctgaatccatggtaatcctcctctataagaacatataaatttgaactt 35263892  T
Q  244 tgcattttaatgttaatatgtgaactataggactagtgcttaag 287  Q
    ||| ||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35263893 tgcttttaaattttaatttgtgaactataggactagtgcttaag 35263936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 262 - 388
Target Start/End: Original strand, 35263940 - 35264069
Alignment:
Q  262 tgtgaacta-taggactagtgcttaagatgattttgatttttgataaaaattgtttatatgtttaaactttgg---tctaaacgatatcagtaagatgct 357  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||| |||||||||| |||||||||||   |||||| ||||||  |||||| |     
T  35263940 tgtgaactaataggactagtgcttaagctgattttgatttttaatttaaactgtttatatg-ttaaactttggtgatctaaatgatatctataagattca 35264038  T
Q  358 caatgagatttgtaaagagacatcagtgaca 388  Q
    |||||||||| |||| || | ||||||||||    
T  35264039 caatgagattcgtaaggaaaaatcagtgaca 35264069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 375 times since January 2019
Visitors: 2564