View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0254_low_2 (Length: 501)
Name: NF0254_low_2
Description: NF0254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0254_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 11 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 33063238 - 33062935
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33063238 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
33063139 |
T |
|
| Q |
111 |
atagtgtataaaggagataaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttgttgacaactacaagttcccatcattagtgtttaatcattctgttgatt |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33063138 |
atagtgtataaaggagatgaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttg---acaactacaagttcccatcattagtgcttaatcattctgttgatt |
33063042 |
T |
|
| Q |
211 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattgggatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33063041 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattggaatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
33062942 |
T |
|
| Q |
311 |
ccgtgtt |
317 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33062941 |
ccgtgtt |
33062935 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 11 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 33065419 - 33065116
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33065419 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
33065320 |
T |
|
| Q |
111 |
atagtgtataaaggagataaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttgttgacaactacaagttcccatcattagtgtttaatcattctgttgatt |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33065319 |
atagtgtataaaggagatgaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttg---acaactacaagttcccatcattagtgcttaatcattctgttgatt |
33065223 |
T |
|
| Q |
211 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattgggatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33065222 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattggaatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
33065123 |
T |
|
| Q |
311 |
ccgtgtt |
317 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33065122 |
ccgtgtt |
33065116 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 11 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 33066493 - 33066190
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33066493 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
33066394 |
T |
|
| Q |
111 |
atagtgtataaaggagataaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttgttgacaactacaagttcccatcattagtgtttaatcattctgttgatt |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33066393 |
atagtgtataaaggagatgaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttg---acaactacaagttcccatcattagtgcttaatcattctgttgatt |
33066297 |
T |
|
| Q |
211 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattgggatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33066296 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattggaatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
33066197 |
T |
|
| Q |
311 |
ccgtgtt |
317 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33066196 |
ccgtgtt |
33066190 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 11 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 33068631 - 33068328
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33068631 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
33068532 |
T |
|
| Q |
111 |
atagtgtataaaggagataaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttgttgacaactacaagttcccatcattagtgtttaatcattctgttgatt |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33068531 |
atagtgtataaaggagatgaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttg---acaactacaagttcccatcattagtgcttaatcattctgttgatt |
33068435 |
T |
|
| Q |
211 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattgggatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33068434 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattggaatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
33068335 |
T |
|
| Q |
311 |
ccgtgtt |
317 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33068334 |
ccgtgtt |
33068328 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 11 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 33064333 - 33064030
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33064333 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
33064234 |
T |
|
| Q |
111 |
atagtgtataaaggagataaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttgttgacaactacaagttcccatcattagtgtttaatcattctgttgatt |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33064233 |
atagtgtataaaggagatgaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggat---gttgacaactacaagttcccatcattagtgcttaatcattctgttgatt |
33064137 |
T |
|
| Q |
211 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattgggatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
33064136 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattggaatttcagcggtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttaatagttggaagtt |
33064037 |
T |
|
| Q |
311 |
ccgtgtt |
317 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33064036 |
ccgtgtt |
33064030 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 11 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 33067579 - 33067276
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33067579 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
33067480 |
T |
|
| Q |
111 |
atagtgtataaaggagataaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttgttgacaactacaagttcccatcattagtgtttaatcattctgttgatt |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33067479 |
atagtgtataaaggagatgaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggat---gttgacaactacaagtttccatcattagtgcttaatcattctgttgatt |
33067383 |
T |
|
| Q |
211 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattgggatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33067382 |
taggagcttatatgctgaaccatggtggcccaatgtttattggaatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
33067283 |
T |
|
| Q |
311 |
ccgtgtt |
317 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33067282 |
ccgtgtt |
33067276 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 11 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 33069717 - 33069414
Alignment:
| Q |
11 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctcagaaaatcaaagttcaa |
110 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33069717 |
cacagacacgtatgttagcgtattcagagattcattattcccaaatattactacaactatggatttcaaccttcacattgctaagaaaatcaaagttcaa |
33069618 |
T |
|
| Q |
111 |
atagtgtataaaggagataaacaaaatctgttagtgtttgtcaaggatgttgttgacaactacaagttcccatcattagtgtttaatcattctgttgatt |
210 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33069617 |
atagtgtataaaggagatgaacaaaatctgttagtgtttatcaaggatgttg---acaactacaagttcccatcattagtgcttaatcattctgttgatt |
33069521 |
T |
|
| Q |
211 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattgggatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33069520 |
taggagcttatatgctggaccatggtggcccaatgtttattggaatttcagcagtatctaaaacatgcgctgaaacttataagtttgatagttggaagtt |
33069421 |
T |
|
| Q |
311 |
ccgtgtt |
317 |
Q |
| |
|
||||||| |
|
|
| T |
33069420 |
ccgtgtt |
33069414 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University
This website was viewed 933 times since January 2019
Visitors: 2569