View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0256-INSERTION-11 (Length: 619)

Name: NF0256-INSERTION-11
Description: NF0256
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0256-INSERTION-11
NF0256-INSERTION-11
[»] chr4 (65 HSPs)
chr4 (1-619)||(27444742-27445359)
chr4 (1-588)||(27431096-27431698)
chr4 (25-288)||(27557394-27557657)
chr4 (6-300)||(27554213-27554496)
chr4 (17-230)||(27498378-27498591)
chr4 (15-290)||(27526074-27526340)
chr4 (23-232)||(27486944-27487153)
chr4 (31-232)||(27505680-27505881)
chr4 (17-232)||(27501278-27501493)
chr4 (23-232)||(27479862-27480071)
chr4 (15-469)||(27513738-27514189)
chr4 (23-232)||(27523373-27523582)
chr4 (31-232)||(27469421-27469622)
chr4 (15-232)||(27473853-27474070)
chr4 (24-209)||(27516580-27516765)
chr4 (23-473)||(27476407-27476857)
chr4 (40-214)||(17970278-17970452)
chr4 (53-288)||(27425708-27425952)
chr4 (53-229)||(27570049-27570225)
chr4 (17-232)||(27502771-27502986)
chr4 (34-232)||(27500319-27500517)
chr4 (15-209)||(27466805-27466999)
chr4 (46-212)||(27414297-27414463)
chr4 (46-228)||(27415589-27415768)
chr4 (31-182)||(27460489-27460640)
chr4 (53-166)||(27412691-27412804)
chr4 (53-218)||(27563346-27563511)
chr4 (34-166)||(27567282-27567414)
chr4 (17-232)||(27507777-27507992)
chr4 (52-166)||(27411455-27411569)
chr4 (31-125)||(27502113-27502207)
chr4 (46-228)||(27585653-27585835)
chr4 (53-288)||(27420304-27420548)
chr4 (54-209)||(27571607-27571762)
chr4 (36-209)||(27419054-27419227)
chr4 (53-209)||(27485943-27486099)
chr4 (53-209)||(27506682-27506838)
chr4 (54-209)||(27478884-27479039)
chr4 (53-151)||(27503964-27504062)
chr4 (52-209)||(27424513-27424670)
chr4 (36-209)||(27556362-27556535)
chr4 (46-209)||(27421924-27422091)
chr4 (36-209)||(27559223-27559396)
chr4 (55-228)||(27565953-27566126)
chr4 (57-133)||(27490020-27490096)
chr4 (53-151)||(27468327-27468425)
chr4 (375-473)||(27516926-27517024)
chr4 (53-151)||(27524566-27524664)
chr4 (54-151)||(27475580-27475677)
chr4 (340-449)||(27498155-27498264)
chr4 (46-151)||(27514933-27515038)
chr4 (39-211)||(27423204-27423376)
chr4 (381-469)||(27526438-27526528)
chr4 (409-478)||(27523759-27523828)
chr4 (46-83)||(27495646-27495683)
chr4 (408-473)||(27500686-27500751)
chr4 (46-83)||(27600663-27600700)
chr4 (396-479)||(27469171-27469254)
chr4 (53-209)||(27497322-27497478)
chr4 (73-209)||(27527145-27527281)
chr4 (58-149)||(27508896-27508987)
chr4 (375-417)||(27570382-27570424)
chr4 (375-428)||(27466584-27466637)
chr4 (244-288)||(27412566-27412610)
chr4 (34-90)||(27446250-27446306)
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (23-214)||(38040051-38040242)
chr3 (23-214)||(38028736-38028927)
chr3 (23-214)||(38036763-38036954)
chr3 (22-214)||(50904761-50904953)
chr3 (22-237)||(38024844-38025059)
chr3 (22-237)||(38031296-38031511)
chr3 (22-237)||(55084742-55084957)
chr3 (22-214)||(50909939-50910131)
chr3 (22-214)||(38033744-38033940)
chr3 (53-214)||(38043882-38044043)
chr3 (37-215)||(48840696-48840873)
chr3 (37-237)||(50911853-50912053)
chr3 (140-218)||(50913471-50913549)
chr3 (36-83)||(38035165-38035212)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (23-214)||(21604724-21604915)
chr8 (22-237)||(21607265-21607480)
chr8 (37-128)||(21634608-21634699)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (40-214)||(3073548-3073722)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (17-226)||(1754206-1754414)
chr5 (23-188)||(1759253-1759422)
chr5 (53-215)||(1756757-1756919)
chr5 (46-162)||(1754719-1754835)
chr5 (340-442)||(1754522-1754624)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 575; Significance: 0; HSPs: 65)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 575; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 619
Target Start/End: Original strand, 27444742 - 27445359
Alignment:
Q  1 agatattagcacagattcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27444742 agatattagcacagattcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgtt 27444841  T
Q  101 cctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagata 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27444842 cctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagata 27444941  T
Q  201 tccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgcagcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgtattatgaaaaga 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27444942 tccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgcagcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgtgttatgaaaaga 27445041  T
Q  301 tattggtctaaaaatggtagactggtgtaaatgaagaatgtttctgaatctcaaattctttgaactgtgaataaatttgagttggttcttaatgcttgca 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27445042 tattggtctaaaaatggtagactggtgtaaatgaagaatgtttctgaatctcaaattctttgaactgtgaataaatttgagttggttcttaatgcttgca 27445141  T
Q  401 gtcattaatatatatagatgaaaggatatgtaataaacagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggaggaccacgagattgggagtcaatgggagccata 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  27445142 gtcattaatatatatagatgaaaggatatgtaataaacagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggaggaccatgagattgggagtcaatgggagccata 27445241  T
Q  501 gaacttaagggagacaatgacgtataatagatcacatggtgttatcttagatgattttctcaaattttcaacatcaaatgtcataataaataatgtatat 600  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   || |    
T  27445242 gaacttaagggagacaatgacatataatagatcacatggtgttgtcttagatgattttctcaaattttcaacatcaaatgtcataat-aataaataatgt 27445340  T
Q  601 atgtcccacccatcacctt 619  Q
    |||||||||||| ||||||    
T  27445341 atgtcccacccaccacctt 27445359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 588
Target Start/End: Original strand, 27431096 - 27431698
Alignment:
Q  1 agatattagcacagattcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgtt 100  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||    
T  27431096 agatgttagcacagattcaaacgagaagtaatatttaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccaccggttggatggtcatatccaaattgtt 27431195  T
Q  101 cctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagata 200  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||| |||    
T  27431196 cctcggcttgattcaacaattcttgaaatgacggttggttcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcatccccaacatatactgcaatata 27431295  T
Q  201 tccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgcagcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgta-------ttat 293  Q
    |||||||||||||| |  || ||||||||||| |||||||| ||||||| |   || | | | ||| || |||||||||||||||| ||       |||     
T  27431296 tccctttggcacattcgtgcattttgaagatgcttggtttgaagccctttttgagacaacaggtaatcggaaacccattcttgtatatatgtgtttttaa 27431395  T
Q  294 gaaaagatattggtctaaaaatggtagactggtgtaaatgaagaatgtttctgaatctcaaattctttgaactgtgaataaatttgagttggttcttaat 393  Q
     | |||||||||  |||| | ||  ||||| ||||| | ||||| ||||||||||| ||||||  ||||   ||||||| |  ||| ||||||| | ||     
T  27431396 aagaagatattgagctaagagtgaaagacttgtgtataagaagattgtttctgaatatcaaatattttgggttgtgaatgatattgtgttggttataaaa 27431495  T
Q  394 gcttgcagtcattaatatatataga----------tgaaaggatatgtaataaacagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggaggaccacgagattggg 483  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |          |||||||||||| |  || ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |    
T  27431496 gcttgcagccatgaatatatatatatatagatgagtgaaaggatatggaccaagcagtcggcaacttgaatgatcagtgaaggaggaccatgagatt-tg 27431594  T
Q  484 agtcaatgggagccatagaacttaagggagacaatgacgtataatagatcacatggtgttatcttagatgattttctcaaattttcaacatcaaatgtca 583  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||||| ||||||||||||| ||| || |||| ||| |||   ||||||||||||||||    
T  27431595 agtcattgggagccatagaacctaaggtagacaaggacatataatagttcacatggtgttacctttgaagattatct-aaagggtcaacatcaaatgtca 27431693  T
Q  584 taata 588  Q
     ||||    
T  27431694 aaata 27431698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 25 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27557657 - 27557394
Alignment:
Q  25 gaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattctt 124  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  27557657 gaagtgatatctaagaaaacatcttctctgcatggaatagtgagaccacccattggatgaacatattcaaattgttcctcagcttgattcagcaattctt 27557558  T
Q  125 gaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttt 224  Q
    ||||||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  27557557 gaaatgatggttggtttaagtatgacattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacatatacggcaagatatccccttggcacatccacaccctt 27557458  T
Q  225 tgaagatgtttggtttgcagcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgt 288  Q
    |||||||| ||||||||  ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||||    
T  27557457 tgaagatgcttggtttgatgcccttctgatgataacaggtaaacgaaaacccattcttatatgt 27557394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 6 - 300
Target Start/End: Complemental strand, 27554496 - 27554213
Alignment:
Q  6 ttagcacagattcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcg 105  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||| |||||||||||     
T  27554496 ttagcacagattcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctacaaggaattgtgagactacccgttggatgatcatatccaaattgttcctca 27554397  T
Q  106 gcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccct 205  Q
    ||||||||||  ||||||||||| |||| |||||| ||  | || ||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  27554396 gcttgattcagcaattcttgaaacgatggttggcttaacaaagaaattgatatcacaaaccgcttcatttcctctccaacatatactgcaaggtatccct 27554297  T
Q  206 ttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgcagcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgtattatgaaaaga 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||           ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  27554296 ttggcacatccactccttttgaagatgcttggtt-----------tgaggataccaggtaaacgaaaacccattcttgtatgtcttgtgaaaaga 27554213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 17 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 27498591 - 27498378
Alignment:
Q  17 tcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaa 116  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  27498591 tcaaacgagaagtgatatctaagaacatgtcttctccgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcgaattgttcctcggcttggttcaa 27498492  T
Q  117 taattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatcc 216  Q
     || ||||| || |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||  |||    
T  27498491 caagtcttggaacgatggttggttcaagtatgatatagggatcacaaaacgtttcatttcctctccaacatatactgctagatatccctttggcatgtcc 27498392  T
Q  217 acgccttttgaaga 230  Q
    ||||||||||||||    
T  27498391 acgccttttgaaga 27498378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 15 - 290
Target Start/End: Original strand, 27526074 - 27526340
Alignment:
Q  15 attcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattc 114  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| | ||||||||||| |||||  ||    
T  27526074 attcaaacgagaagtgatctctaagaaaacgtcttctctgcaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggctc 27526173  T
Q  115 aataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    || |||||||| ||||| | |||| ||||||||||||  || |||||||||| |||||||| ||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||    
T  27526174 aacaattcttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgctagatatccctttggaacat 27526273  T
Q  215 ccacgccttttgaagatgtttggtttgcagcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgtat 290  Q
    | || ||||||||||||| |         |||||| |||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||||    
T  27526274 cgacaccttttgaagatgat---------gcccttttgatgatactaggtaaacgaaaacccattgttgtatgtat 27526340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 23 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 27487153 - 27486944
Alignment:
Q  23 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattc 122  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| || ||||| ||||| |||||    
T  27487153 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttctttgcaaggaatagtaagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcttcagcttggttcaacaattc 27487054  T
Q  123 ttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgcct 222  Q
    |||||| |||| |||| | ||||||||||  ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||  ||    
T  27487053 ttgaaacgatggttggtttaagtatgataaagggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagct 27486954  T
Q  223 tttgaagatg 232  Q
    ||||||||||    
T  27486953 tttgaagatg 27486944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 232
Target Start/End: Original strand, 27505680 - 27505881
Alignment:
Q  31 atatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatg 130  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||    
T  27505680 atatctaagaaaatctcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttggaatg 27505779  T
Q  131 atgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaaga 230  Q
    | | |||| ||||||||||||  || |||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  27505780 aggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatacccctttggcacctccaaaccttttgaaga 27505879  T
Q  231 tg 232  Q
    ||    
T  27505880 tg 27505881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 27501493 - 27501278
Alignment:
Q  17 tcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaa 116  Q
    |||||| |||||| ||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| || ||| | ||||||||||||||||| |||||    
T  27501493 tcaaacaagaagtgatatctaagaacatgtcttctctacaaggaatagtgagaccacccgttggatgatcgtattcaaattgttcctcggcttggttcaa 27501394  T
Q  117 taattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatcc 216  Q
     || ||||||||  ||| |||| | |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||| || ||     
T  27501393 caagtcttgaaacaatggttggtttaagtatgatattgggatcacaaaccgtttcatttcctctccaacatatactgctagacatccctttggaacctcg 27501294  T
Q  217 acgccttttgaagatg 232  Q
    || |||||||||||||    
T  27501293 acaccttttgaagatg 27501278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 23 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 27480071 - 27479862
Alignment:
Q  23 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattc 122  Q
    ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| ||||| || |     
T  27480071 gagaattaatatctaagaaaatgtcttctctgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaactt 27479972  T
Q  123 ttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgcct 222  Q
    ||| ||||||| |||| ||||||||||||  || |||||||| | |||||||| |||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| ||||  |||    
T  27479971 ttggaatgatgtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaacgcttcattttctctcctacgtatactgctagatagccttttggcacgtccaaacct 27479872  T
Q  223 tttgaagatg 232  Q
    ||||||||||    
T  27479871 tttgaagatg 27479862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 15 - 469
Target Start/End: Original strand, 27513738 - 27514189
Alignment:
Q  15 attcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattc 114  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |  ||||||| || ||||| |||    
T  27513738 attcaagcgagaagtgatatctaagaatacttcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcatattgttcttcagcttggttc 27513837  T
Q  115 aataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    || |||||||| || || | |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || || ||||| |||||||| |||||||| |    
T  27513838 aacaattcttggaacgaggtttggttcaagtatgatattgggatcacaaaccgcttcattttctctcctacatacactgctagatatccttttggcacgt 27513937  T
Q  215 ccacgccttttgaagatgtttggtttgcagcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgtattatgaaaagat-attggtctaaaa 313  Q
    | ||  |||||||||||| |    |||       |||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||| ||||  || |||  ||||||||||||    
T  27513938 caacagcttttgaagatgatacccttga------tctgatgatacttggtaaacgaaaacccattgttgtatgaattaaaaagagaagattggtctaaaa 27514031  T
Q  314 atggtagactggtgtaaatgaagaat---gtttctgaatctcaaattctttgaactgtgaataaatttgagttggttcttaatgctt--gcagtcattaa 408  Q
    |    ||| | ||||| | ||||| |   |||||||||  |||||| | |||    |||||| | |||  |||||| || |||||||  |||| | ||||    
T  27514032 aaa--agagttgtgtata-gaagactcaagtttctgaacttcaaatgccttgggaggtgaatgattttttgttggtgctaaatgcttttgcagcctttaa 27514128  T
Q  409 tatatatagatgaaaggatatgtaataaacagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggagg 469  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||    
T  27514129 tatatatagatgaaaggatatgtaacaaacagtcggcagctacaatgatcaatgaaggagg 27514189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 23 - 232
Target Start/End: Original strand, 27523373 - 27523582
Alignment:
Q  23 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattc 122  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||   |||| |||||    
T  27523373 gagaagtaatatctaagaaaatgtcttctttgcaaggaatagttagaccacccattggatggtcatattcaaattgttcctcggcttcgctcaacaattc 27523472  T
Q  123 ttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgcct 222  Q
    ||| ||||| | |||| |||| |||||||  || |||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||  ||    
T  27523473 ttggaatgaagtttggttcaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatagccctttggaacgtccacagct 27523572  T
Q  223 tttgaagatg 232  Q
    ||||||||||    
T  27523573 tttgaagatg 27523582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 31 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 27469622 - 27469421
Alignment:
Q  31 atatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatg 130  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| || |||||  |||| | |||||| ||||    
T  27469622 atatctaagaaaatttcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgttcatattcaaattgttcttcagcttggctcaacagttcttgtaatg 27469523  T
Q  131 atgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaaga 230  Q
    ||| |||  |||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||  ||||||||||    
T  27469522 atgtttgcttcaaatatgatatagggatcacaaaccgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccctttggaacgtccacagcttttgaaga 27469423  T
Q  231 tg 232  Q
    ||    
T  27469422 tg 27469421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 15 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 27474070 - 27473853
Alignment:
Q  15 attcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattc 114  Q
    |||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||   |||  ||    
T  27474070 attcaagcgagaagtgatgtctaagaaaacgtcttctccgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctc 27473971  T
Q  115 aataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    |  |||||||| ||||||  |||  |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || || |||||||||||||| |||     
T  27473970 agcaattcttggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatctcctctcctacgtacacagctagatatccctttggaacac 27473871  T
Q  215 ccacgccttttgaagatg 232  Q
    ||||   |||||||||||    
T  27473870 ccacagattttgaagatg 27473853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 209
Target Start/End: Original strand, 27516580 - 27516765
Alignment:
Q  24 agaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattct 123  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  27516580 agaagtgatatctaagaaaacttcttctttgcaaggaatagtgagaccccccattggatggtcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattct 27516679  T
Q  124 tgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    || ||||||  |||  |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| || || || || ||||||||||||||    
T  27516680 tggaatgatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatgtcctttcctacatacacagctagatatccctttgg 27516765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 473
Target Start/End: Complemental strand, 27476857 - 27476407
Alignment:
Q  23 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattc 122  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||   |||  |||  | |||    
T  27476857 gagaggtaatatccaagaaaatgtcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcagttc 27476758  T
Q  123 ttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgcct 222  Q
    ||| ||||| | |||| ||||||||||||  || |||||||||| |||||||| ||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||  |    
T  27476757 ttggaatgaggtttggttcaagtatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctcaccaacatacactgctagatatccctttggaacgtccacggtt 27476658  T
Q  223 tttgaagatgtttggtttgcagcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgtatta--tgaaaaga---tattggtctaaaaatgg 317  Q
    |||||||||| |         | |||| |||||||||  | |||||| ||||||||| ||||||||||    ||||||||   ||||| |||||||| |     
T  27476657 tttgaagatgat---------gtccttttgatgatactaggtaaacggaaacccattgttgtatgtatgtgttgaaaagaagatattgatctaaaaaag- 27476568  T
Q  318 tagactggtgtaaat-gaagaat---gtttctgaatctcaaattctttgaactgtgaataaatttgagttggttcttaatgctt--gcagtcattaatat 411  Q
     | || | |||| || ||||| |   |||||||||| |||||| | |||   ||||||| | |||  |||||| || |||||||  ||||||| ||||||    
T  27476567 -aaacagttgtatatagaagactcaagtttctgaatttcaaatgccttgggatgtgaattattttttgttggtgctaaatgcttttgcagtcaataatat 27476469  T
Q  412 atatagatgaaaggatatgtaataaacagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggaggacca 473  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||  |||||||||| |||||||||||    
T  27476468 atatagatgaaaggatatttaacaaacagtcggcaactacaatgatcaattaaggaggacca 27476407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 40 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 17970452 - 17970278
Alignment:
Q  40 aaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggc 139  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||  || |||  || | ||||||||| | ||||     
T  17970452 aaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggt 17970353  T
Q  140 tcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  17970352 tcaagtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggcacat 17970278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 53 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27425952 - 27425708
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || | ||||||   |||| ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  27425952 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaaattgactcaataagtcttgaaatgatggttggttcaagtatgatat 27425853  T
Q  153 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgca--------- 243  Q
    |||||||||| ||| |||   || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||| || | ||||||||             
T  27425852 tgggatcacataccgcttttgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagctttcgaagctgatcggtttgcagaaaatgat 27425753  T
Q  244 gcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgt 288  Q
    ||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||    
T  27425752 gcctttctgatgataccagcaaaacgaaaacccattgttgtatgt 27425708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 53 - 229
Target Start/End: Original strand, 27570049 - 27570225
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| |||||| |||  || ||||||||||| | |||||| ||||||||||     
T  27570049 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccgaactcttcctcagcttgactcagcaagtcttgaaatgaaggttggcttaagtatgatac 27570148  T
Q  153 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaag 229  Q
     ||||||||| ||| | ||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  27570149 ggggatcacataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacatccacagcttttgaag 27570225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 232
Target Start/End: Original strand, 27502771 - 27502986
Alignment:
Q  17 tcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaa 116  Q
    |||| |||||||| ||||||| |||||  ||||||   |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | |||||  |||     
T  27502771 tcaagcgagaagtgatatctacgaaaaaatcttcttcacaaggaatagtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttccacagcttggctcag 27502870  T
Q  117 taattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatcc 216  Q
     || ||||||||||| | |||  |||| ||||| ||||| |||||||||| |||||| | |||||| || || || ||||||||||| ||||||||||||    
T  27502871 caagtcttgaaatgaagtttgattcaaatatgacattggaatcacaaaccgcttcatcttctctcctacataaacggcaagatatccttttggcacatcc 27502970  T
Q  217 acgccttttgaagatg 232  Q
    | ||||||||||||||    
T  27502971 aagccttttgaagatg 27502986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 34 - 232
Target Start/End: Original strand, 27500319 - 27500517
Alignment:
Q  34 tctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatg 133  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||  |||  |||||||| |||||      
T  27500319 tctaagaaaaggtcttctctgcaaggaatagtgatgccacccattggatggtcatatccgaactgttcttcagattggctcagcaattcttggaatgaac 27500418  T
Q  134 attggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaagatg 232  Q
     |||| | ||||||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||   |||||||||||    
T  27500419 tttggtttaagtatgatatagggatcacaaatcgcttcattttctctcctacgtacactgctagatatccttttggtacgtccacagattttgaagatg 27500517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 27466999 - 27466805
Alignment:
Q  15 attcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattc 114  Q
    |||||| | |||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||   |||  ||    
T  27466999 attcaagctagaagtgatgtctaagaaaacttcttctctgcaaggaatagtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctc 27466900  T
Q  115 aataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    |  | |||||| ||| ||  |||  |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||    
T  27466899 agcagttcttggaataatttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatctcctttcctacgtacactgctagatatccctttgg 27466805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 46 - 212
Target Start/End: Original strand, 27414297 - 27414463
Alignment:
Q  46 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagt 145  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||||| | ||||||||||||||| | |||| ||||||    
T  27414297 tcttcactgcacggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaatgagggttggttcaagt 27414396  T
Q  146 atgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcac 212  Q
    ||||||  || ||||||||||   ||||||  ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  27414397 atgatacaggaatcacaaaccgtctcattttatctccaacgtagactgcaagatagccttttggcac 27414463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 46 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27415768 - 27415589
Alignment:
Q  46 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagt 145  Q
    |||||| |||||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||| || | |||||| |||||| |||| || |||||||| |||| |||| ||||||    
T  27415768 tcttctgtgcaaggaatggtgaggccacccatggaatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaagtcttgaaacgatggttggttcaagt 27415669  T
Q  146 atgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaa 228  Q
    ||||||| ||||||||||| | ||   |||  | |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  27415668 atgatatggggatcacaaatcgct---tttgttttccaacatacactgcaagatatccctttggcacatccacaacttttgaa 27415589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 31 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 27460640 - 27460489
Alignment:
Q  31 atatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatg 130  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||   |||  |||  |||||||| ||||    
T  27460640 atatccaagaaaatgtcttctctgcaaggaatggtgagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcactttggctcagcaattcttggaatg 27460541  T
Q  131 atgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctcc 182  Q
    ||  |||  |||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  27460540 atttttgcttcaaatatgatatagggatcacaaatctcttcatgtcctctcc 27460489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 53 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 27412804 - 27412691
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || | ||| || |||||| ||||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  27412804 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcagcttgactcaataagtcttgaaataatggttggttcaagtatgatat 27412705  T
Q  153 tgggatcacaaacc 166  Q
    ||||||||||||||    
T  27412704 tgggatcacaaacc 27412691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 53 - 218
Target Start/End: Original strand, 27563346 - 27563511
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||||| |||  || ||||||||  ||| |||| ||||||||||||     
T  27563346 tgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcagcaaatcttgaaacaatgtttggttcaagtatgatac 27563445  T
Q  153 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccac 218  Q
     ||||||||||  |||||   ||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  27563446 ggggatcacaattctcttttgtttatctccaacgtacactgcaagatagccctttggcacgtccac 27563511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 34 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 27567414 - 27567282
Alignment:
Q  34 tctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatg 133  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||| ||| || | |||||| | |||||||||||| ||||    
T  27567414 tctaagaaagcatcttcgctgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcataaccaaattcttcttctgtttgatttagtaattcttgaaacgatg 27567315  T
Q  134 attggctcaagtatgatattgggatcacaaacc 166  Q
     |||| |||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  27567314 gttggttcaagtatgatactggaatcacgaacc 27567282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 17 - 232
Target Start/End: Original strand, 27507777 - 27507992
Alignment:
Q  17 tcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaa 116  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||  ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||  | || ||  | |     
T  27507777 tcaagcgagaagtgatatctaagaaaagatcttcttcacaaggaattgtaagaccacccattggatggtcatatccaaattcttcgacagcctggctgag 27507876  T
Q  117 taattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatcc 216  Q
     || ||||||| ||| | |||  |||| ||||| ||||| || ||||||| ||||||||   |||| ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||    
T  27507877 caactcttgaagtgaagtttgattcaaatatgacattggaattacaaaccgcttcatttttactcctacgtacaccgcaaggtatccctttggcatatcc 27507976  T
Q  217 acgccttttgaagatg 232  Q
    | ||||||||||||||    
T  27507977 aagccttttgaagatg 27507992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 52 - 166
Target Start/End: Original strand, 27411455 - 27411569
Alignment:
Q  52 ctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgata 151  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| || |||||||| | |||||||||||| |||| |||| ||||||||||||    
T  27411455 ctgcaaggaattgtgagaccacccataggatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaacgatggttggttcaagtatgata 27411554  T
Q  152 ttgggatcacaaacc 166  Q
     ||| ||||| ||||    
T  27411555 ctggaatcacgaacc 27411569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 31 - 125
Target Start/End: Original strand, 27502113 - 27502207
Alignment:
Q  31 atatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttg 125  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  27502113 atatctaagaaaatgtcttctctgcaaggaatagttagaccacccattggatgatcatattcaaattgttcctcagcttggttcaacaattcttg 27502207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 46 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 27585835 - 27585653
Alignment:
Q  46 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagt 145  Q
    |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || | ||| ||||||||| |||  || ||||||||  ||| |||| ||||||    
T  27585835 tcttctgtgcaaggaatggtgagacctcccattggatgatcatatccaaactcttcttcggcttgactcatcaaatcttgaaacaatggttggttcaagt 27585736  T
Q  146 atgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaa 228  Q
    ||||||  ||||||||||| |||||   ||  || |||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  27585735 atgatacggggatcacaaatctcttttgtttatcaccaacgcacactgcgagatatccctttggcacgtccacaacttttgaa 27585653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 53 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27420548 - 27420304
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || | ||||||  ||||| |||  ||  |||||||||| | |||||||||||||||||     
T  27420548 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcaacttgactcagcaagccttgaaatgaaggttggctcaagtatgatac 27420449  T
Q  153 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttggtttgca--------- 243  Q
     ||||| | | ||| | ||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||   |||||||| || | ||||||||             
T  27420448 ggggattaaataccgcgtctgtttctctccaacatatactgcaagatatccctttggcacgtccacagattttgaagctgatcggtttgcagaaaatgat 27420349  T
Q  244 gcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgt 288  Q
    ||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||    
T  27420348 gcctttctgatgataccagggaaacgaaaacccattgttgtatgt 27420304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 54 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 27571762 - 27571607
Alignment:
Q  54 gcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatatt 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||||| | |||||||||||| ||||  |||||||| ||||||| |    
T  27571762 gcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggctggctcaaatatgatact 27571663  T
Q  154 gggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    || ||||| |||| | |||||   |||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  27571662 ggaatcacgaaccgcctcattctatctccaacatagactgcgagatagccttttgg 27571607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 36 - 209
Target Start/End: Original strand, 27419054 - 27419227
Alignment:
Q  36 taagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgat 135  Q
    ||||||| | ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | |||||| | |||||||||||| ||||      
T  27419054 taagaaagcatcttcaccgcaaggaattgtaagaccacccattggatgatcatatccaaattcttcttctgattgatttagtaattcttgaaacgatggc 27419153  T
Q  136 tggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||| |||| | |||||   |||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  27419154 tggctcaaatatgatactggaatcacgaaccgcctcattctatctccaacatagactgcgagatagccttttgg 27419227  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 53 - 209
Target Start/End: Original strand, 27485943 - 27486099
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| ||| || |||||||  |  |||||||||||  ||| |||| |||||||||||||    
T  27485943 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatat 27486042  T
Q  153 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    |||||  ||||||| ||||  || ||||||||| || ||||||| ||| ||||||||    
T  27486043 tgggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27486099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 53 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 27506838 - 27506682
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| ||| || |||||||  |  |||||||||||  ||| |||| | |||||||||||    
T  27506838 tgcaaggaatggtgagtccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggtttaagtatgatat 27506739  T
Q  153 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    |||||||||||||| | ||  || |||||| || |||||||||| ||| ||||||||    
T  27506738 tgggatcacaaaccgcgtctgtttctctccgacatatactgcaacatagccctttgg 27506682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 54 - 209
Target Start/End: Original strand, 27478884 - 27479039
Alignment:
Q  54 gcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatatt 153  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| ||| || |||||||  |  |||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||    
T  27478884 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcttccgcttgatgtagcaattcttgaaacaatggttggttcaagtatgatatt 27478983  T
Q  154 gggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    ||||  ||||||| ||||  || ||||||||| || ||||||| ||| ||||||||    
T  27478984 gggacaacaaaccgcttctgtttctctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27479039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #39
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 53 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 27504062 - 27503964
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgata 151  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||| |||| || ||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  27504062 tgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27503964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #40
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 52 - 209
Target Start/End: Original strand, 27424513 - 27424670
Alignment:
Q  52 ctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgata 151  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||  ||| ||| || | |||||| |  |||||||||||||| | |||| ||||||||||||    
T  27424513 ctgcacggaatggtaagaccacccattggatgatcatatccatattcttcttcagattgatttagcaattcttgaaatgaaggttggttcaagtatgata 27424612  T
Q  152 ttgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
     ||| |||||||||| | ||||||  |||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  27424613 ctggaatcacaaaccgcctcatttgatctccaacatagactgcgagatagccttttgg 27424670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #41
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 36 - 209
Target Start/End: Original strand, 27556362 - 27556535
Alignment:
Q  36 taagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgat 135  Q
    ||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||| ||| || |||||||  | ||||||||||||||| | |    
T  27556362 taagaaagcatcttcactgcatggaattgtgagaccacccatagaatgatcatatccaaattcttcttctgcttgatgtagtaattcttgaaatgaaggt 27556461  T
Q  136 tggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    ||| ||||  |||| || || |||||||| | ||||||||  |||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  27556462 tggttcaataatgaaatgggaatcacaaatcgcttcattttttctccaacataaactgcgagatagccttttgg 27556535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #42
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 46 - 209
Target Start/End: Original strand, 27421924 - 27422091
Alignment:
Q  46 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccg----aattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctc 141  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||     |||| ||| || |||||||| | ||||||||||||| ||| |||| ||    
T  27421924 tcttcactgcaaggaattgtgagaccacccgttggatgatcgtatccatccaaattcttcttctgcttgatttagtaattcttgaaataatggttggttc 27422023  T
Q  142 aagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    |||||||||| ||| ||||| ||||  ||||||   |||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  27422024 aagtatgatactggaatcacgaaccgtttcattctatctccaacatagactgcgagatagccttttgg 27422091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #43
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 209
Target Start/End: Original strand, 27559223 - 27559396
Alignment:
Q  36 taagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgat 135  Q
    ||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||| || | |||  | ||||| | ||||||||| |||    
T  27559223 taagaaagcatcttcactgcaaggaattgtgagaccacccattggatgatcatatccaaactcttcttctgattggcttaataactattgaaatgaagat 27559322  T
Q  136 tggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
    ||  ||||  |||| || || |||| ||| ||||||||||  |||||||| || ||||| ||||| || |||||    
T  27559323 tgattcaataatgaaataggaatcagaaatctcttcattttgtctccaacataaactgcgagatagccttttgg 27559396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #44
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 55 - 228
Target Start/End: Original strand, 27565953 - 27566126
Alignment:
Q  55 caaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattg 154  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    | ||||||  ||||  |||  || ||||||||  ||| |||| ||| ||||||||| |    
T  27565953 caaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccatgctcttcctcaacttgtatcagcaagtcttgaaacaatggttggttcaggtatgatatgg 27566052  T
Q  155 ggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaa 228  Q
    |||||||||| | |||   || ||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||    
T  27566053 ggatcacaaatcgcttttgtttctctccaacatacactgcaagatatccctttggcacgtccacaacttttgaa 27566126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #45
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 57 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 27490096 - 27490020
Alignment:
Q  57 aggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatg 133  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  27490096 aggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgattcaacaaatcttgaaatgatg 27490020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #46
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 53 - 151
Target Start/End: Original strand, 27468327 - 27468425
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgata 151  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||| |||| |||| || ||||||||||| | |||| | ||||||||||    
T  27468327 tgcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttggtttaagtatgata 27468425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #47
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 375 - 473
Target Start/End: Original strand, 27516926 - 27517024
Alignment:
Q  375 atttgagttggttcttaatgcttgcagtcattaatatatatagatgaaaggatatgtaataaacagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggaggacca 473  Q
    ||||| |||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||  ||| |||| ||| ||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  27516926 atttgtgttggtgctaaatgcttgcagccatgaatatatatagatgaacggatacttaacaaaccgtcggcaactataatgatcagtgaaggaggacca 27517024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #48
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 53 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 27524664 - 27524566
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgata 151  Q
    |||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || | |||||| ||||||||||| || ||||||||||| | |||| |||| |||||||    
T  27524664 tgcacggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatgata 27524566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #49
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 54 - 151
Target Start/End: Original strand, 27475580 - 27475677
Alignment:
Q  54 gcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgata 151  Q
    ||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| || | ||||||||||||| |||| || ||||||||||| | |||  ||||||||||||    
T  27475580 gcaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaactcttcctcggcttgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagtatgata 27475677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #50
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 340 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 27498264 - 27498155
Alignment:
Q  340 gtttctgaatctcaaattctttgaactgtgaataaatttgagttggttcttaatgcttgcagtcattaatatatatagatgaaaggatatgtaataaaca 439  Q
    |||||||||| ||||||  |||| | ||||||| | |||| ||| || || | |||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27498264 gtttctgaatttcaaatgttttggattgtgaatgattttgtgtttgtcctaactgcttgaaggcatgaatatatatagatgaaaggatatgtaacaaaca 27498165  T
Q  440 gtcagcaact 449  Q
    ||| ||||||    
T  27498164 gtcggcaact 27498155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #51
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 46 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 27515038 - 27514933
Alignment:
Q  46 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagt 145  Q
    |||||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||| |||||||| |||| |||| || ||||||||||| | |||  ||||||    
T  27515038 tcttctgtacaaggaatggtgaggccacccatgggatgatcatatccaaattcttcctcggattgactcaacaagtcttgaaatgaaggttgattcaagt 27514939  T
Q  146 atgata 151  Q
    ||||||    
T  27514938 atgata 27514933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #52
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 39 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 27423376 - 27423204
Alignment:
Q  39 gaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattgg 138  Q
    |||||| |||||  |||||||||  ||||| |||||||| ||||| |  || || || | ||||||||||||| |||| |||||||||||||| | ||||    
T  27423376 gaaaacatcttccgtgcaaggaacggtgaggccacccatgggatgattgtaaccaaactcttcctcggcttgactcaacaattcttgaaatgaaggttgg 27423277  T
Q  139 ctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggca 211  Q
     |||||||||||||  ||||||||  ||   ||  || || |||||| ||||| |||||||||| ||||||||    
T  27423276 ttcaagtatgatatgcggatcacatgccgtgtctgtttctatccaacatatacagcaagatatctctttggca 27423204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #53
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 381 - 469
Target Start/End: Original strand, 27526438 - 27526528
Alignment:
Q  381 gttggttcttaatgctt--gcagtcattaatatatatagatgaaaggatatgtaataaacagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggagg 469  Q
    |||||| || |||||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||  | |||||| |||||||||    
T  27526438 gttggtgctaaatgcttttgcagccatgaatatatatagatgaaaggatatgtaacaaacagtcggcaactatagtgatcagtgaaggagg 27526528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #54
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 409 - 478
Target Start/End: Original strand, 27523759 - 27523828
Alignment:
Q  409 tatatatagatgaaaggatatgtaataaacagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggaggaccacgaga 478  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||  |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  27523759 tatatatagatgaaaggatatgttacaaacagtcgacaactacaatggtcaatgaaggaggaccatgaga 27523828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #55
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 46 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 27495683 - 27495646
Alignment:
Q  46 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatg 83  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  27495683 tcttctctgcaaggaatggtgagaccacccattggatg 27495646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #56
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 408 - 473
Target Start/End: Original strand, 27500686 - 27500751
Alignment:
Q  408 atatatatagatgaaaggatatgtaataaacagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggaggacca 473  Q
    |||||||||||||||||||||  ||| |||| ||| ||||||  |||||||| |||||||||||||    
T  27500686 atatatatagatgaaaggatacttaacaaaccgtcggcaactataatgatcagtgaaggaggacca 27500751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #57
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 46 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 27600700 - 27600663
Alignment:
Q  46 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatg 83  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27600700 tcttctttgcaaggaattgtgagaccacccattggatg 27600663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #58
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 396 - 479
Target Start/End: Complemental strand, 27469254 - 27469171
Alignment:
Q  396 ttgcagtcattaatatatatagatgaaaggatatgtaataaa-cagtcagcaacttgaatgatcaatgaaggaggaccacgagat 479  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||| || | ||||||||||  |||||||||||||||||| ||| |||||    
T  27469254 ttgcagccattaatatatatagatgaa-ggataaataatgaatccgtcagcaactacaatgatcaatgaaggagggccatgagat 27469171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #59
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 53 - 209
Target Start/End: Original strand, 27497322 - 27497478
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||  | ||||| |||||||| || | |||||| |||||| |||| || | ||||||  ||| |||| | |||||||| ||    
T  27497322 tgcaaggaatggtgaggccacctgtgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcaacaaatattgaaacaatggttggtttaagtatgagat 27497421  T
Q  153 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
     ||||||||||||| |||   ||  |||||||| || ||||||| ||| ||||||||    
T  27497422 agggatcacaaaccgcttttgtttatctccaacatacactgcaacatagccctttgg 27497478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #60
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 27527281 - 27527145
Alignment:
Q  73 cccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttca 172  Q
    ||||| ||||| |||||||| || | |||||| |||||| |||  || ||| |||| |||| |||| | |||| ||||||||||||||||||||  |||     
T  27527281 cccatgggatgatcatatccaaactcttcctcagcttgactcagcaactctagaaacgatggttggtttaagtgtgatattgggatcacaaaccgtttct 27527182  T
Q  173 tttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttgg 209  Q
     ||  |||||||| || || |||||||| ||||||||    
T  27527181 gtttatctccaacatacaccgcaagatagccctttgg 27527145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #61
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 27508987 - 27508896
Alignment:
Q  58 ggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatga 149  Q
    ||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||| || | |||||| || |||||||| || ||||||||||| | |||| |||| |||||    
T  27508987 ggaatggtgaggccacccgttggatgatcatatccaaactcttcctcagcctgattcaacaagtcttgaaatgaaggttggttcaaatatga 27508896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #62
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 375 - 417
Target Start/End: Original strand, 27570382 - 27570424
Alignment:
Q  375 atttgagttggttcttaatgcttgcagtcattaatatatatag 417  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  27570382 atttgtgttggttctaaatgcttgcagtcatgaatatatatag 27570424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #63
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 375 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 27466637 - 27466584
Alignment:
Q  375 atttgagttggttcttaatgcttgcagtcattaatatatatagatgaaaggata 428  Q
    ||||| |||||| || || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27466637 atttgtgttggtgctaaaggcttgcagccatgaatatatatagatgaaaggata 27466584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #64
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 244 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 27412610 - 27412566
Alignment:
Q  244 gcccttctgatgataccggttaaacgaaaacccattcttgtatgt 288  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||||||||    
T  27412610 gcccttctgatgataccagagaaacgaaaacccatttttgtatgt 27412566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #65
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 34 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 27446306 - 27446250
Alignment:
Q  34 tctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatat 90  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| | ||||||| ||||| |||| ||||||    
T  27446306 tctaagaaaacatcttcactgcaaggaatcgagagaccatccattcgatgatcatat 27446250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 4e-49; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 23 - 214
Target Start/End: Original strand, 38040051 - 38040242
Alignment:
Q  23 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattc 122  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |  |     
T  38040051 gagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaggtt 38040150  T
Q  123 ttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||||  | ||||| ||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  38040151 ttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcacat 38040242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 23 - 214
Target Start/End: Original strand, 38028736 - 38028927
Alignment:
Q  23 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattc 122  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |  |     
T  38028736 gagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaacaggtt 38028835  T
Q  123 ttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||||  | ||||| ||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  38028836 ttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcacat 38028927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 23 - 214
Target Start/End: Original strand, 38036763 - 38036954
Alignment:
Q  23 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattc 122  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| || |     
T  38036763 gagaagtaatatgcaagaaaacgtattctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatccgaattcttcctcggcttgactcaacaaatt 38036862  T
Q  123 ttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    ||||||||| | |||| |||||||||  || ||||  |||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  38036863 ttgaaatgaagcttggttcaagtatggcatggggacaacaaaccgtttcatttgctctccaacgtacactgcaagatagccctttggcacat 38036954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 6e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 214
Target Start/End: Original strand, 50904761 - 50904953
Alignment:
Q  22 cgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataatt 121  Q
    |||||||| ||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||| || |||| || |    
T  50904761 cgagaagtgatatgcaaaaaaacctcttctctgcaaggaatggtgaggccacccattggatgatcatatccgaattcatcctctgctcgactcaacaagt 50904860  T
Q  122 cttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    |||||||||| | |||| ||||||| || ||  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  50904861 cttgaaatgaagtttggttcaagtaggacatatggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacgtacactgcaagatatccctttggcacat 50904953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 237
Target Start/End: Original strand, 38024844 - 38025059
Alignment:
Q  22 cgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataatt 121  Q
    ||||||||||| || | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||| ||||||| |    
T  38024844 cgagaagtaatttccatgaaaatgtcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagt 38024943  T
Q  122 cttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgcc 221  Q
     |||||| || | |||| |||||||||| || ||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||  |    
T  38024944 tttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagc 38025043  T
Q  222 ttttgaagatgtttgg 237  Q
    |||||| |||| ||||    
T  38025044 ttttgatgatgcttgg 38025059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 237
Target Start/End: Original strand, 38031296 - 38031511
Alignment:
Q  22 cgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataatt 121  Q
    ||||||||||| || | ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||| ||||||| |    
T  38031296 cgagaagtaatttccatgaaaatgtcttctgtgcaaggaatcgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagt 38031395  T
Q  122 cttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgcc 221  Q
     |||||| || | |||| |||||||||| || ||||| ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| |||  |    
T  38031396 tttgaaaggaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatatactgcaagatagccctttggtacattcacagc 38031495  T
Q  222 ttttgaagatgtttgg 237  Q
    |||||| |||| ||||    
T  38031496 ttttgatgatgcttgg 38031511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 22 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 55084957 - 55084742
Alignment:
Q  22 cgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataatt 121  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| |||| |||||| ||  || |||| || |    
T  55084957 cgagaagtaatatgaaagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccaaattcttcctccgcccgactcaacaagt 55084858  T
Q  122 cttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgcc 221  Q
    |||||||||||| |||| ||||||| || || ||||||||||||| |||||||| ||||||||| || ||||||||| | || |||||||||| |||       
T  55084857 cttgaaatgatggttggttcaagtaagacatagggatcacaaaccgcttcattttctctccaacatacactgcaagacacccttttggcacattcacaga 55084758  T
Q  222 ttttgaagatgtttgg 237  Q
    |||||| |||||||||    
T  55084757 ttttgatgatgtttgg 55084742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 8e-38
Query Start/End: Original strand, 22 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 50910131 - 50909939
Alignment:
Q  22 cgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataatt 121  Q
    ||||||||||| |  ||||| || |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| ||||||  |||||||||| || |    
T  50910131 cgagaagtaatttgcaagaagacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattcttcctccacttgattcaacaagt 50910032  T
Q  122 cttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
     ||||||||| | |||| |||||||||| || ||||| ||||||| |  ||||| ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  50910031 tttgaaatgaagcttggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcagcatttgctctccaacatacactgcaagataaccctttggcacat 50909939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 214
Target Start/End: Original strand, 38033744 - 38033940
Alignment:
Q  22 cgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccaccc----attggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaat 117  Q
    |||||||||||||  |||||||| |||||| |||| ||||||||||  || |||    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||     
T  38033744 cgagaagtaatatgcaagaaaacatcttctgtgcagggaattgtgatgccgcccattaattggatggtcatatccaaattcttcctcggcttgactcaac 38033843  T
Q  118 aattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    || | ||||||||| | |||| ||||||||||  | ||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  38033844 aagttttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaaccgcttcatttgctctccaatgtacactgcaagatagccctttggcacat 38033940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 53 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 38044043 - 38043882
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||||| |||  || |||||||| || | |||  |||||||||| ||    
T  38044043 tgcaaggaattgtgaggccgcccattggatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaacgaagtttgattcaagtatgacat 38043944  T
Q  153 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||    
T  38043943 agggatcacaaaccgcttcatttcctctccaaagtacactgcaagatagctctttggcacat 38043882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 37 - 215
Target Start/End: Original strand, 48840696 - 48840873
Alignment:
Q  37 aagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgatt 136  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||| || |||  ||| | |||| || ||||||||||| | ||    
T  48840696 aagaaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcatatccaaattctttctccactt-actcaacaagtcttgaaatgaggctt 48840794  T
Q  137 ggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatc 215  Q
    || |||||||||  || ||||| ||||| | |||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  48840795 ggttcaagtatggcatggggattacaaatcgcttcatctcctctccgacgtacaatgcaagatatccctttggcacatc 48840873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 37 - 237
Target Start/End: Original strand, 50911853 - 50912053
Alignment:
Q  37 aagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgatt 136  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||| || ||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||| |||| || | ||||||||| | ||    
T  50911853 aagaaaacaccttctgtgcaaggaattgttaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaacaagttttgaaatgaagctt 50911952  T
Q  137 ggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgccttttgaagatgtttg 236  Q
    || ||||||||||  | |||||||||||||  ||||| |  |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| |||  ||||||| |||| |||    
T  50911953 ggttcaagtatgacttggggatcacaaaccgtttcatcttgtctccaacatataccgcaagatagccctttggcacattcacaacttttgatgatgcttg 50912052  T
Q  237 g 237  Q
    |    
T  50912053 g 50912053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 50913549 - 50913471
Alignment:
Q  140 tcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccac 218  Q
    ||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| || ||||| || |||||    
T  50913549 tcaagaatgatattggaatcaagaacctcttcattttctctccaacatacactgcaagatagccttttgggacttccac 50913471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 36 - 83
Target Start/End: Complemental strand, 38035212 - 38035165
Alignment:
Q  36 taagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatg 83  Q
    |||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38035212 taagaatacgtcttccttgcagggaattgtgagaccacccattggatg 38035165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 23 - 214
Target Start/End: Original strand, 21604724 - 21604915
Alignment:
Q  23 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattc 122  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| |||| |  |     
T  21604724 gagaagtaatatgcaagaaaacgtcttctgtgcaaggaattgtgaggccgcccattggatggtcatatcctaattcttcctcgtcttgactcaacatgtt 21604823  T
Q  123 ttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    ||||||||| | |||| ||||||||||  | ||||| ||||| | |||||||| |||||| || || ||||||||||| |||||||||||||    
T  21604824 ttgaaatgaagcttggttcaagtatgacgtggggataacaaatcgcttcatttgctctcctacttacactgcaagatagccctttggcacat 21604915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 22 - 237
Target Start/End: Original strand, 21607265 - 21607480
Alignment:
Q  22 cgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataatt 121  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||| |||||||||  ||||| ||||||||||| || |||||||| |||| |||||| |||||| ||||||| |    
T  21607265 cgagaagtaatttccatgaaaatatcttctgtgcaaggaaccgtgaggccacccattgggtgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcaataagt 21607364  T
Q  122 cttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatccacgcc 221  Q
     |||||| || | | || |||||||||| || ||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||  |    
T  21607365 tttgaaaggaagctcggttcaagtatgacatggggataacaaaccgcttcatttgctctccaacatataccgcaagatatccctttggtacattcacaac 21607464  T
Q  222 ttttgaagatgtttgg 237  Q
    |||||| |||| ||||    
T  21607465 ttttgatgatgcttgg 21607480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 21634699 - 21634608
Alignment:
Q  37 aagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaa 128  Q
    |||||||| |||||  |||||||||||||||  || |||||| |||| |||||||| |||| |||||| |||||| |||  || ||||||||    
T  21634699 aagaaaacatcttcggtgcaaggaattgtgaagccgcccattcgatgatcatatccaaattcttcctctgcttgactcagcaagtcttgaaa 21634608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 40 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 3073722 - 3073548
Alignment:
Q  40 aaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggc 139  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||| ||  || |||  || | ||||||||| | ||||     
T  3073722 aaaacatcttctgtgcaaggaattgtgaggccacccattggatgatcgtatccgaattcttcctctgcccgactcagcaagtattgaaatgaagtttggt 3073623  T
Q  140 tcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacat 214  Q
    ||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  3073622 tcaagtatgacgtagggatcacaaaccgcttcatttcctctccaacgtacaccgcaagatatccctttggcacat 3073548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 226
Target Start/End: Original strand, 1754206 - 1754414
Alignment:
Q  17 tcaaacgagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaa 116  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||| || |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| | || |||||||| | ||  || |     
T  1754206 tcaagcgagaagtgatatctaagaaaaggt-ttctctacaaggaatagtgagaccacccatcggatgatcatattcaaactgttcctcagatttgtttag 1754304  T
Q  117 taattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatcc 216  Q
     |||| ||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||| | |||    
T  1754305 caatttttgaaatgacgattggttcaagtatgatacggggatcacaaaccgcttcatttcttctccaacatatacagctagatatccttttggctcgtcc 1754404  T
Q  217 acgccttttg 226  Q
    ||||||||||    
T  1754405 acgccttttg 1754414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 23 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 1759422 - 1759253
Alignment:
Q  23 gagaagtaatatctaagaaaacgtcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgat----tcaata 118  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  ||| | ||||||||||| ||||| |    |||| |    
T  1759422 gagaagtgatatctaagaaaacttcttctctgcaaagaatggtgagaccacccattggatggttgtattcaaattgttcctcagcttgcttggctcaaca 1759323  T
Q  119 attcttgaaatgatgattggctcaagtatgatattgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgta 188  Q
    ||||||| ||||||| |||| | || |||||||  || |||||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  1759322 attcttggaatgatgtttggtttaaatatgatacaggaatcacaaaccgcttcattttctctcctacgta 1759253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 53 - 215
Target Start/End: Original strand, 1756757 - 1756919
Alignment:
Q  53 tgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagtatgatat 152  Q
    |||||||||| ||||| |||||||| || || |||||||| |||| ||| || |||||| |||| || | |||||| |||| |||| |||||||||||||    
T  1756757 tgcaaggaatggtgaggccacccatggggtgatcatatccaaattcttcttcagcttgactcaacaagtattgaaacgatggttggttcaagtatgatat 1756856  T
Q  153 tgggatcacaaacctcttcatttcctctccaacgtatactgcaagatatccctttggcacatc 215  Q
    |||||||||||||| ||||  || ||||||||| |  ||||||||||| |||||||| |||||    
T  1756857 tgggatcacaaaccgcttctgtttctctccaacattcactgcaagatagccctttggtacatc 1756919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 1754835 - 1754719
Alignment:
Q  46 tcttctctgcaaggaattgtgagaccacccattggatggtcatatccgaattgttcctcggcttgattcaataattcttgaaatgatgattggctcaagt 145  Q
    |||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || | |||| | |||||| |||| ||   |||||| |||| |||  ||||||    
T  1754835 tcttctgtgcaaagaatggtgaggccacccattggatgatcatatccaaactcttccgcagcttgactcaacaaggattgaaacgatggttgattcaagt 1754736  T
Q  146 atgatattgggatcaca 162  Q
    |||||||||||||||||    
T  1754735 atgatattgggatcaca 1754719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 340 - 442
Target Start/End: Original strand, 1754522 - 1754624
Alignment:
Q  340 gtttctgaatctcaaattctttgaactgtgaataaatttgagttggttcttaatgcttgcagtcattaatatatatagatgaaaggatatgtaataaaca 439  Q
    |||||||||| |||||| | ||| | ||||||| | |||| |||||| || |||||||  || ||| | ||||||||||||||||| || |||| |||||    
T  1754522 gtttctgaatttcaaatgccttggaatgtgaatgattttgtgttggtcctaaatgcttcaaggcatgactatatatagatgaaaggttaagtaacaaaca 1754621  T
Q  440 gtc 442  Q
    |||    
T  1754622 gtc 1754624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 390 times since January 2019
Visitors: 2564