View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0268_low_11 (Length: 260)

Name: NF0268_low_11
Description: NF0268
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0268_low_11
NF0268_low_11
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (7-194)||(47146918-47147105)
chr3 (7-194)||(17469061-17469248)
chr3 (7-194)||(25788009-25788196)
chr3 (7-192)||(25829966-25830151)
chr3 (7-194)||(42598664-42598851)
chr3 (7-194)||(33935822-33936009)
chr3 (20-194)||(6045650-6045824)
chr3 (20-194)||(30415778-30415952)
chr3 (20-194)||(42563557-42563731)
chr3 (7-194)||(51429519-51429694)
chr3 (20-194)||(10424974-10425148)
chr3 (20-194)||(26157417-26157591)
chr3 (20-194)||(43475038-43475212)
chr3 (7-194)||(50019643-50019818)
chr3 (21-194)||(33188387-33188560)
chr3 (16-192)||(30689139-30689315)
chr3 (20-194)||(4874420-4874594)
chr3 (61-194)||(4852727-4852860)
chr3 (7-185)||(21227770-21227948)
chr3 (144-194)||(33751209-33751259)
chr3 (84-185)||(21229898-21229999)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (7-194)||(17958599-17958786)
chr6 (7-192)||(634317-634502)
chr6 (7-192)||(6377731-6377916)
chr6 (20-194)||(34841056-34841230)
chr6 (20-194)||(8221751-8221925)
chr6 (20-194)||(24916931-24917105)
chr6 (20-194)||(18641834-18642008)
chr6 (7-168)||(29952327-29952489)
chr6 (20-182)||(24114707-24114869)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (7-194)||(2212584-2212771)
chr4 (7-194)||(46914778-46914965)
chr4 (7-194)||(53181732-53181919)
chr4 (20-194)||(3530577-3530751)
chr4 (20-194)||(3615566-3615740)
chr4 (20-194)||(8994333-8994507)
chr4 (20-194)||(13113111-13113285)
chr4 (7-176)||(36658099-36658268)
chr4 (20-194)||(16172169-16172343)
chr4 (21-194)||(33606632-33606805)
chr4 (7-194)||(34434838-34435025)
chr4 (20-194)||(28900568-28900742)
chr4 (20-194)||(28446824-28446998)
chr4 (112-194)||(36564834-36564916)
[»] chr2 (10 HSPs)
chr2 (7-194)||(9073221-9073408)
chr2 (7-194)||(30819918-30820105)
chr2 (7-192)||(12857526-12857711)
chr2 (7-194)||(8854644-8854831)
chr2 (16-194)||(5145682-5145860)
chr2 (20-194)||(7585851-7586025)
chr2 (7-192)||(31185544-31185729)
chr2 (16-194)||(31205267-31205446)
chr2 (7-194)||(4278714-4278901)
chr2 (51-133)||(2779425-2779507)
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (7-194)||(31470833-31471020)
chr1 (7-194)||(45241685-45241872)
chr1 (7-194)||(17785890-17786077)
chr1 (20-194)||(2475441-2475615)
chr1 (20-194)||(48385497-48385671)
chr1 (20-194)||(47297866-47298040)
chr1 (20-194)||(17676628-17676802)
chr1 (20-194)||(33166834-33167008)
chr1 (7-194)||(51522887-51523074)
chr1 (20-194)||(38837005-38837179)
chr1 (20-173)||(8470899-8471051)
chr1 (28-181)||(18318078-18318231)
chr1 (20-194)||(48406975-48407137)
chr1 (122-194)||(10265804-10265876)
chr1 (112-168)||(45978665-45978721)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (8-194)||(35101042-35101228)
chr8 (7-194)||(13816684-13816871)
chr8 (7-194)||(5213430-5213617)
chr8 (8-175)||(26749200-26749367)
chr8 (20-194)||(1955601-1955775)
chr8 (20-194)||(15056194-15056368)
chr8 (20-194)||(38205538-38205712)
chr8 (20-194)||(30529944-30530118)
chr8 (16-194)||(17744217-17744395)
chr8 (7-89)||(5735767-5735849)
chr8 (123-194)||(1633962-1634033)
chr8 (130-184)||(27359720-27359774)
chr8 (130-184)||(27369077-27369131)
chr8 (11-49)||(27392271-27392309)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (7-192)||(22193863-22194048)
chr7 (20-194)||(36521076-36521250)
chr7 (22-194)||(22659494-22659666)
chr7 (20-194)||(32127561-32127735)
chr7 (20-194)||(26814712-26814886)
chr7 (20-113)||(40301220-40301313)
[»] scaffold1240 (1 HSPs)
scaffold1240 (7-194)||(17-204)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (7-168)||(31012330-31012491)
chr5 (7-194)||(4579654-4579829)
chr5 (20-194)||(32973672-32973846)
chr5 (20-194)||(27945201-27945375)
chr5 (20-194)||(40891371-40891545)
chr5 (20-194)||(30646179-30646353)
chr5 (20-194)||(29616839-29617013)
chr5 (122-194)||(34710648-34710720)
chr5 (7-54)||(21365263-21365310)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (20-194)||(105423-105597)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (20-180)||(110521-110681)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (51-185)||(166670-166804)
[»] scaffold1454 (1 HSPs)
scaffold1454 (20-51)||(1-32)
[»] scaffold0658 (1 HSPs)
scaffold0658 (130-185)||(6549-6604)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 47147105 - 47146918
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47147105 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 47147006  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47147005 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 47146918  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 17469248 - 17469061
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17469248 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 17469149  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17469148 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 17469061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 25788009 - 25788196
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25788009 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 25788108  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25788109 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 25788196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 192
Target Start/End: Original strand, 25829966 - 25830151
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25829966 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 25830065  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgat 192  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25830066 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 25830151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 42598664 - 42598851
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42598664 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgctgaaaccgtttta 42598763  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42598764 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 42598851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 33936009 - 33935822
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  33936009 cagagaggagaaacatattagggtaaaattgttgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgtttta 33935910  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33935909 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 33935822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 6045650 - 6045824
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  6045650 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 6045749  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  6045750 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 6045824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 30415778 - 30415952
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  30415778 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 30415877  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30415878 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 30415952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 42563731 - 42563557
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  42563731 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 42563632  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42563631 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 42563557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 51429694 - 51429519
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51429694 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattg------------ctcattcgattctccacgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 51429607  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  51429606 attatatgaacaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaaaatgatgt 51429519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 10424974 - 10425148
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  10424974 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 10425073  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  10425074 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcatatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 10425148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 26157417 - 26157591
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26157417 catattggggtaaaattgctgagtattgcaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 26157516  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26157517 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagtgctaagcgtctgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 26157591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 43475212 - 43475038
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  43475212 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 43475113  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  43475112 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcactaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaaaatgatgt 43475038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 50019818 - 50019643
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||            |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  50019818 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctaagtattg------------ctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgtttta 50019731  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  50019730 attatatgaacaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtctgaagatgatgt 50019643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 21 - 194
Target Start/End: Original strand, 33188387 - 33188560
Alignment:
Q  21 atattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33188387 atattggggtaaaattgctgagtattgtaatgaacattgctaattcgattctccgcgcgatgcagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaaa 33188486  T
Q  121 ataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33188487 ttaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 33188560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 16 - 192
Target Start/End: Original strand, 30689139 - 30689315
Alignment:
Q  16 gaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatga 115  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| | ||||| |||||| |    
T  30689139 gaaatatattggggtgaaattgctgagtattgtaatgagtatggctcatttgattctccgcgggatctagttgcatgccgaaatcattttaattatataa 30689238  T
Q  116 gcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgat 192  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  30689239 gcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgatgccgctaagcgtttgcaaggaagtggttggtcggaagatgat 30689315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 4874420 - 4874594
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||   |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4874420 catattgggttaaaattgttgagtattgtaatgagcatcgctcattcgattctccgcgcgactcagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 4874519  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  4874520 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggtgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcgaaagatgatgt 4874594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 61 - 194
Target Start/End: Original strand, 4852727 - 4852860
Alignment:
Q  61 tcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagc 160  Q
    |||||||||||||| |||||   || ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||    
T  4852727 tcattcgattctccgcgcgactcaggtgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaaattaataaataaatgggttggtgcttatgatggtgctaagc 4852826  T
Q  161 gtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    || |||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  4852827 gtttgcaaggaagcggttggtcgaaagatgatgt 4852860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 21227948 - 21227770
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    |||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||| || ||||||| ||| |||| | ||||  |||||| || |||||||||| ||    
T  21227948 cagaaaggtgaaacatattggggtagaattgttgattattgtaatgagaattgctcatttgatcctccgcacgatggagttgcatgtcgaaaccgttata 21227849  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcgga 185  Q
     |||||||| ||||||| ||  |||||||||||| |||||||| |||  ||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  21227848 attatatgaacaaaatactaggtaaatggattggcgcttatgatagcattaatcgttttcaaggaagcggttggtcgga 21227770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 144 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 33751259 - 33751209
Alignment:
Q  144 ttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  33751259 ttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcagaagatgatgt 33751209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 84 - 185
Target Start/End: Original strand, 21229898 - 21229999
Alignment:
Q  84 agttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcg 183  Q
    |||||| || |||||| ||| || |||||||| ||||||| |   |||||||||||| |||||||| || |||| || | |||||| |||| ||||||||    
T  21229898 agttgcatgtcgaaactgttataattatatgaacaaaatactgggtaaatggattggcgcttatgatagtgctatgcatttgcaagcaagcagttggtcg 21229997  T
Q  184 ga 185  Q
    ||    
T  21229998 ga 21229999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 17958599 - 17958786
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17958599 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 17958698  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17958699 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 17958786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 634502 - 634317
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  634502 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 634403  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgat 192  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  634402 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 634317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 192
Target Start/End: Original strand, 6377731 - 6377916
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6377731 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 6377830  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgat 192  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  6377831 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 6377916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34841230 - 34841056
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  34841230 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 34841131  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34841130 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 34841056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 8221925 - 8221751
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  8221925 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagaattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgcaaccgttttaattatatgagcaa 8221826  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||| | | |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8221825 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcattttcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 8221751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 24916931 - 24917105
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  24916931 catattggggtaaaattgctgagtattgcaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccattttaattatatgagcaa 24917030  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24917031 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaaacgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 24917105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 18642008 - 18641834
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  18642008 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccattttaattatatgagcaa 18641909  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||    
T  18641908 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaatcgctaagcgtttgcaaagaagcggttggttggaagatgatgt 18641834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 7 - 168
Target Start/End: Original strand, 29952327 - 29952489
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatatt-ggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttt 105  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||    
T  29952327 cagagaggagaaacatattaggggtaaatttgctgagtattgtaatgaatattgctcatttaattatccccgcgatctagttgtatgccgaaaccgtttt 29952426  T
Q  106 atttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaa 168  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| |||||    
T  29952427 aattatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaaacattaagcgtttgcaa 29952489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 24114869 - 24114707
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| | | |||| || |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  24114869 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattactcattcgattctgcgctcgatgtaattgcatgccaaaaccgttttaattatatgagcaa 24114770  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtc 182  Q
    ||||   |||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| |||||||||| | ||||||    
T  24114769 aataccgaataaatggattggcgcttatgaaggtgctaaacgtttgcaaggaagtgcttggtc 24114707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 2212584 - 2212771
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2212584 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 2212683  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2212684 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 2212771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 46914778 - 46914965
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  46914778 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaactgtttta 46914877  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  46914878 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 46914965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 53181732 - 53181919
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53181732 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 53181831  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  53181832 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagtgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 53181919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 3530577 - 3530751
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  3530577 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 3530676  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3530677 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 3530751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 3615566 - 3615740
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  3615566 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 3615665  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3615666 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 3615740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 8994507 - 8994333
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  8994507 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 8994408  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8994407 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 8994333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 13113285 - 13113111
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  13113285 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 13113186  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13113185 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 13113111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 7 - 176
Target Start/End: Complemental strand, 36658268 - 36658099
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  36658268 cagagaggaaaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtgttgctcatttgattctccccgggatctagttgcatgcagaaaccgtttta 36658169  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcgg 176  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  36658168 attatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgttaagcgtttgcaaggaagcgg 36658099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 16172169 - 16172343
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| | || | ||||||||||    
T  16172169 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccggtataataatatgagcaa 16172268  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16172269 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 16172343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 21 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 33606805 - 33606632
Alignment:
Q  21 atattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaaa 120  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||  |||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  33606805 atattggggtaaaattgttgagtattgtaatgaacattactcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaatcattttaattatatgagcaaa 33606706  T
Q  121 ataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33606705 gtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 33606632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 34434838 - 34435025
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    |||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||| || ||| || |||| ||||||||||||||||    
T  34434838 cagacaggtgaagcatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgcaaattcgatcctccgcgtgatgtaattgcatgccgaaaccgtttta 34434937  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  34434938 attatatgagcaaagtaataaataaatggattgatgtttatgaaagcgctaagcatttgcaaggaagcggttggttggaagatgatgt 34435025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28900742 - 28900568
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||  | ||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  28900742 catattggggtaaaattgttgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgtgtgatgtagttgcatgccgaaaccattttaattatatgagcaa 28900643  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | ||||||||||||   |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28900642 attaataaataaatttgttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 28900568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 28446998 - 28446824
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || | | || |||| ||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  28446998 catattggggtaaaattgttgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccacgtggtgtaattgcatgcagaaaccgttttaattatatgagcaa 28446899  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    |||| |  ||||||||||||  ||||||||| |||||||| || |||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  28446898 aatactgtataaatggattgacgcttatgaaggcgctaagagtttgcaaggaagtggttggtcggaggctgatgt 28446824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 112 - 194
Target Start/End: Original strand, 36564834 - 36564916
Alignment:
Q  112 atgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||  |||||| ||||||||  |||||||    
T  36564834 atgaacaaaatacttaataaatggattggcgcttatgatagcgctaaacgtatgcaacaaagcgggtggtcggagaatgatgt 36564916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 10)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 9073221 - 9073408
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9073221 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 9073320  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  9073321 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 9073408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 30819918 - 30820105
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30819918 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 30820017  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30820018 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 30820105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 12857711 - 12857526
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12857711 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 12857612  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgat 192  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12857611 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 12857526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 8854831 - 8854644
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8854831 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 8854732  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8854731 attatatgagtaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 8854644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 16 - 194
Target Start/End: Original strand, 5145682 - 5145860
Alignment:
Q  16 gaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  5145682 gaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcatttgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttaattatatga 5145781  T
Q  116 gcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5145782 gcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 5145860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 7585851 - 7586025
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  7585851 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 7585950  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7585951 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 7586025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 114; E-Value: 7e-58
Query Start/End: Original strand, 7 - 192
Target Start/End: Original strand, 31185544 - 31185729
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  31185544 cagaggggtgaaacatattggggtaaaattgatgagtattgtattgagtatggctcatttgattctccgcgggatctagttgcatgccaaaaccgtttta 31185643  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgat 192  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31185644 attatatgagcaaagtaataaataaatggattagtgcttatgatgccgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 31185729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 16 - 194
Target Start/End: Original strand, 31205267 - 31205446
Alignment:
Q  16 gaaacatattggggtaaaattgctgagtattg-taatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatg 114  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||  ||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||    
T  31205267 gaaacatattggggtaaaattgatgagtattggtaatgagtacggctcatttgattctccgcgggatctagttgcatgccgaaactgttttaattatatg 31205366  T
Q  115 agcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31205367 agcaaagtaataaataaatggattagtgcttatgatgccgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 31205446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 4278901 - 4278714
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| || | || ||| || |||| ||||||||||||||||    
T  4278901 cagacaggtgaagcatattggggtaaaattgttgagtattgtaatgagcattgctcattcgatccttcgcgtgatgtaattgcatgccgaaaccgtttta 4278802  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||  ||| ||||||||||| | ||||||    
T  4278801 attatatgagcaaagtactaaataaatggattggcgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaataagtggttggtcggaggctgatgt 4278714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 51 - 133
Target Start/End: Original strand, 2779425 - 2779507
Alignment:
Q  51 tgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaaaataataaataaat 133  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  2779425 tgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaaagtaataaataaat 2779507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 176; Significance: 7e-95; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 31471020 - 31470833
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31471020 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 31470921  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  31470920 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 31470833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 176; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 45241872 - 45241685
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45241872 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 45241773  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45241772 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 45241685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 17786077 - 17785890
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  17786077 cagagaggagaaacaaattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattatccccgcgatctagttgcatgccgaaatcgtttta 17785978  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17785977 attatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcactaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 17785890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 2475441 - 2475615
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  2475441 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 2475540  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2475541 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 2475615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 48385497 - 48385671
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  48385497 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 48385596  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  48385597 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 48385671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 47297866 - 47298040
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  47297866 catattggggtaaagttgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccacgcgatgtagttgcatgccgaaactgttttaattatatgagcaa 47297965  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  47297966 attaataaataaatggattggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 47298040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 17676628 - 17676802
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17676628 catattggggtaaaattgctgagtattataatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgcagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 17676727  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  || |||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  17676728 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcactaagcgtttgcaaggaagcagttggtcggaagatgatgt 17676802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 33167008 - 33166834
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||  || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  33167008 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgatcctctgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttagttatatgtgcaa 33166909  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33166908 agtaataaataattggattgatgcttatgaaatcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtaggaagatgatgt 33166834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 51523074 - 51522887
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  || ||| ||||||| |||| || ||| || |||| ||||||||||||||||    
T  51523074 cagacaggtgaagcatattggggtaaaattgatgagtattgtaatgatcattgcttattcgatcctccgcgtgatgtaattgcatgccgaaaccgtttta 51522975  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| | ||||||    
T  51522974 tttatatgagcaaaatactaaataaatggattggcgtttatgaaggcgctaagcgtttgcaaggaagtggttggtcggaggctgatgt 51522887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 38837005 - 38837179
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||| ||||||  || ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  38837005 catattggtgtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcaattctccgcgcgatgcagctgcatgccaaaaccgttttaattatatgagcaa 38837104  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||||    
T  38837105 attaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttcgtcagaagatgatgt 38837179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 8471051 - 8470899
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8471051 catatttgggtataattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccgcgcgaagtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 8470952  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaag 173  Q
    | |||||||||||||| || ||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||    
T  8470951 attaataaataaatgggtt-gtgcttaagatggcgctaagcgtttgcaaggaag 8470899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 28 - 181
Target Start/End: Original strand, 18318078 - 18318231
Alignment:
Q  28 ggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaaaataataa 127  Q
    |||||||||| | |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| || |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||    
T  18318078 ggtaaaattgttaagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtaattgcatgccgaaactgttttaattatatgagcaaaatactaa 18318177  T
Q  128 ataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggt 181  Q
    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  18318178 ataaatggattgacgcttatgaaggcgctaagcgtttgcaaggaagtggttggt 18318231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 48407137 - 48406975
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  48407137 catattggggtaaaattgttgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcaatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 48407038  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| |||||            ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  48407037 attaataaataaatgggttggt------------gctaagcgtatgcaaagaagcggttggtcggaagatgatgt 48406975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 122 - 194
Target Start/End: Original strand, 10265804 - 10265876
Alignment:
Q  122 taataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  10265804 taataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcagaagatgatgt 10265876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 112 - 168
Target Start/End: Complemental strand, 45978721 - 45978665
Alignment:
Q  112 atgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaa 168  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||    
T  45978721 atgaacaaaatacttaataaatggattgacgcttatgacggcgctaagcgtatgcaa 45978665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 175; Significance: 3e-94; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 8 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 35101228 - 35101042
Alignment:
Q  8 agagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35101228 agagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttaa 35101129  T
Q  108 ttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  35101128 ttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 35101042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 13816871 - 13816684
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  13816871 cagagaggagaaacatatttgggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgtttta 13816772  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13816771 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgaatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 13816684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 5213617 - 5213430
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213617 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 5213518  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  5213517 attatacgagcaaaataataaataaatggattggggcttatgaaagcgctaagcgtatgcaagtaagcggttggtcggaaaatgatgt 5213430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 8 - 175
Target Start/End: Original strand, 26749200 - 26749367
Alignment:
Q  8 agagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttat 107  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  26749200 agagaggagaaacatattggtgtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcatgccgaaaccgttttaa 26749299  T
Q  108 ttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcg 175  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  26749300 ttatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaaacgtttgcaaggaagcg 26749367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 1955601 - 1955775
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  1955601 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 1955700  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1955701 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 1955775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 15056368 - 15056194
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  15056368 catattggggtaaaattgttgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 15056269  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  15056268 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 15056194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 38205538 - 38205712
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38205538 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 38205637  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  38205638 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaaaagctaagcgtttgcaaggaagcggttgatcggaagatgatgt 38205712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 30529944 - 30530118
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30529944 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 30530043  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||| ||||  |||||| ||||||||    
T  30530044 agtaataaatgaatggattggtgcttatgaaaacgccaagcgtttgcaaggaaacggtaagtcggaagatgatgt 30530118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 16 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 17744395 - 17744217
Alignment:
Q  16 gaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatga 115  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |  ||||||||||| ||||  ||| |||||| ||||||||    
T  17744395 gaaacatattagggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatggctcatttgattctccactggatctagttgcatgccagaactgttttaattatatga 17744296  T
Q  116 gcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||||    
T  17744295 gcaaagtaataaataaatgggttggtgcttatgatgtcgctaagcgtttgcaagaaagtggttggtcggaagatgatgt 17744217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 7 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 5735849 - 5735767
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgc 89  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  5735849 cagaggggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcatttgattctccccgcgatcaagttgc 5735767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 123 - 194
Target Start/End: Original strand, 1633962 - 1634033
Alignment:
Q  123 aataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1633962 aataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagtgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 1634033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 130 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27359774 - 27359720
Alignment:
Q  130 aaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcgg 184  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  27359774 aaatggattggtgcttataaaggcgctaagcgtttacaaggaagcgattggtcgg 27359720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 130 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27369131 - 27369077
Alignment:
Q  130 aaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcgg 184  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||||||| ||||||||    
T  27369131 aaatggattggtgcttataaaggcgctaagcgtttacaaggaagcgattggtcgg 27369077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 49
Target Start/End: Complemental strand, 27392309 - 27392271
Alignment:
Q  11 gaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgta 49  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27392309 gaggtgaaacatattggggtaaaattgctgagtattgta 27392271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 174; Significance: 1e-93; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 7 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 22194048 - 22193863
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22194048 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 22193949  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgat 192  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22193948 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgat 22193863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 36521250 - 36521076
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  36521250 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 36521151  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  36521150 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 36521076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 22659666 - 22659494
Alignment:
Q  22 tattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaaaa 121  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||     
T  22659666 tattggggtaaaattgttgagtattttaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgagcaaat 22659567  T
Q  122 taataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22659566 taataaataaatgggttggtgcttatgatggcgttaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 22659494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 32127561 - 32127735
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32127561 catattggggtaaaattgctgagtattgcaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 32127660  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32127661 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagtgttaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 32127735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 26814886 - 26814712
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||||||  |||| || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26814886 catattggggtaaaattgctaagtattgcaatgagcattgctcattcgaccctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 26814787  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  26814786 agtaataaataaatggattgatgcttatgaaagtgctaagcgtttgcaaggaaacggttggtcggaagatgatgt 26814712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 20 - 113
Target Start/End: Original strand, 40301220 - 40301313
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  40301220 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgtgcgatgtagttgcatgccgaaaccattttaattatat 40301313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1240 (Bit Score: 156; Significance: 6e-83; HSPs: 1)
Name: scaffold1240
Description:

Target: scaffold1240; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 6e-83
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Original strand, 17 - 204
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctctccgcgatctagttgcatgccgaaaccgtttta 116  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  117 attatatgagcaaagtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcactaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 154; Significance: 9e-82; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 9e-82
Query Start/End: Original strand, 7 - 168
Target Start/End: Original strand, 31012330 - 31012491
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31012330 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtattgctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 31012429  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaa 168  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31012430 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaa 31012491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 7 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 4579829 - 4579654
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgtttta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4579829 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgt------------tcattcgattctccccgcgatctagttgtctgccgaaaccgtttta 4579742  T
Q  107 tttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4579741 attatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 4579654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 131; E-Value: 5e-68
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 32973672 - 32973846
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  32973672 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgcgcgatatagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 32973771  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  32973772 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 32973846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 27945375 - 27945201
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  27945375 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 27945276  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27945275 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 27945201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 40891545 - 40891371
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  40891545 catattggggtaaaattgctgagtattgtaacgagcattgctcattcgattctccgcgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 40891446  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  40891445 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 40891371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 30646179 - 30646353
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  30646179 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgattctccgctcgatgtagttgcatgccgaaactgttttaattatatgagcaa 30646278  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    |  ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30646279 atgaataaataaatgggttggtgcttatgatggcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 30646353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Original strand, 29616839 - 29617013
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| || | ||||||||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||    
T  29616839 catatttgggtaaaattcctgagtattgtaacgagcattgatcattcgattctccgtgcgatgtagttgcatgccgaaaccgttttaattatatgaacaa 29616938  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  29616939 attaataaataaatgggttggtgcttatgatagcgctaagcgtatgcaaggaagcggtttgtcggaagatgatgt 29617013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 122 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 34710720 - 34710648
Alignment:
Q  122 taataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34710720 taataaataaatggattggtgcttatgaaagtgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 34710648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 21365310 - 21365263
Alignment:
Q  7 cagagaggagaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgag 54  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21365310 cagataggtgaaacatattggggtaaaattgctgagtattgtaatgag 21365263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 20 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 105597 - 105423
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  105597 catattggggtaaaattgctgagtattgcaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatataattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 105498  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcggatgatgatgt 194  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  105497 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagtgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcggaagatgatgt 105423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 113; Significance: 3e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 20 - 180
Target Start/End: Original strand, 110521 - 110681
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaa 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||| || ||| || |||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  110521 catattggggtaaaattgctgagtattgtaatgagcattgctcattcgatcctccgcgtgatgtaattgcttgccgaaaccgttttaattatatgagcaa 110620  T
Q  120 aataataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttgg 180  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  110621 agtaataaataaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcttttgcaaggaagcggttgg 110681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 51 - 185
Target Start/End: Original strand, 166670 - 166804
Alignment:
Q  51 tgagtatagctcattcgattctccccgcgatctagttgcctgccgaaaccgttttatttatatgagcaaaataataaataaatggattggtgcttatgaa 150  Q
    ||||||| | ||||| ||| |||| ||||||  |||||| ||||||||||||| || |||||||| |  ||||||   |||||||||||| ||||||||     
T  166670 tgagtattgttcatttgatcctccgcgcgatggagttgcatgccgaaaccgttataattatatgaactgaataatgggtaaatggattggcgcttatgat 166769  T
Q  151 agcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcgga 185  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  166770 agcgctaagcgtttgcaaggaagcggttggtcgga 166804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1454 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold1454
Description:

Target: scaffold1454; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 51
Target Start/End: Complemental strand, 32 - 1
Alignment:
Q  20 catattggggtaaaattgctgagtattgtaat 51  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32 catattggggtaaaattgctgagtattgtaat 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0658 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0658
Description:

Target: scaffold0658; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 130 - 185
Target Start/End: Original strand, 6549 - 6604
Alignment:
Q  130 aaatggattggtgcttatgaaagcgctaagcgtatgcaaggaagcggttggtcgga 185  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||| |||||| |||||    
T  6549 aaatggattggtgcttatgaaggcgctaagcttttgcaatgaaacggttgatcgga 6604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1056 times since January 2019
Visitors: 2571