View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0288_high_1 (Length: 683)

Name: NF0288_high_1
Description: NF0288
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0288_high_1
NF0288_high_1
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (28-676)||(47529057-47529705)
chr3 (95-657)||(47523704-47524263)
chr3 (188-522)||(47550888-47551222)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (163-668)||(44870228-44870733)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (162-660)||(9819380-9819878)
chr5 (208-660)||(9854102-9854554)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 604; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 604; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 28 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 47529705 - 47529057
Alignment:
Q  28 caaaatgtatttgcaaagtaaatcattaaaaatccctcnnnnnnngtaaataattagaacatatcctaaagaaattatacaatcataaacatttttatga 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47529705 caaaatgtatttgcaaagtaaatcattaaaaatccctcaaaaaaagtaaataattagaacatatcctaaagaaattatacaatcataaacatttttatga 47529606  T
Q  128 ctgtcataaaactataactacagccacgcagtgtaaggccatttaggtttcttcagtggtttaaggcacatgacagtgtcctgaaattctaagaaagtaa 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47529605 ctgtcataaaactataactacagccacgcagtgtaaggccatttaggtttcttcagtggtttaaggcacatgacagtgtcctgaaattctaagaaagtaa 47529506  T
Q  228 tatcaacaaattgacgcttgtcattacctgtcatcatctcaaaaccaaaagattttgtccatgtgtctatagcatcctcggatgaatgcaaaaccatgct 327  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47529505 tatcaacaaattgacgcttgtctttacctgtcatcctctcaaaaccaaaagattttgtccatgtgtctatagcatcctcggatgaatgcaaaaccatgct 47529406  T
Q  328 ttctagtcctaagcgagtcaattgtttctcaagttcatccatcaacaaacgacacattccttgtcctcgatgttctttcttggtggccacgaaaactatc 427  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47529405 ttctactcctaagcgagtcaattgtttctcaagttcatccatcaacaaacgacacattccttgtcctcgatgttctttcttggtggccaagaaaactatc 47529306  T
Q  428 tcagcaaccttgtgaccataaatccttatggtagccaccgaaatcacttcctccattttctccaaaatcacattatagaaaccacaaaagttcaagcgct 527  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47529305 tcagcaaccttgtgaccataaatccttatagtagccaccgaaatcacttcctccattttctccaaaatcacattatagaaaccacaaaagttcaagcgct 47529206  T
Q  528 tatgtaccgagtctctactaaaaacaatgtctctaatcaactctcttccagataaagcatcaatagttggataaaaactctcatacaatacatgaagagc 627  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47529205 tatgtaccgagtctctactaaaaacaatgtctctaatcaactctcttccagataaagcatcaatagttggataaaaactctcatacaatacatgaagagc 47529106  T
Q  628 cacatttaacttacgcttcttttgactaaactcatcagaagaataatct 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  47529105 cacatttaacttacgcttcttttgactaaactcatcagaagaaaaatct 47529057  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 95 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 47524263 - 47523704
Alignment:
Q  95 aaagaaattatacaatcataaacatttttatgactgtcataaaactataactacagccacgcagtgtaaggccatttaggtttcttcagtggtttaaggc 194  Q
    ||||||| ||||| |||| | ||||||||||||||||| |||   |||||||||   || ||| |  ||||||||  |||| | ||||| | |||| |||    
T  47524263 aaagaaactataccatcaaagacatttttatgactgtcgtaa---tataactaccatcaagcaatacaaggccatacaggtctattcagggatttatggc 47524167  T
Q  195 acatgacagtgtcctgaaattctaagaaagtaatatcaacaaattgacgcttgtcattacctgtcatcatctcaaaaccaaaagattttgtccatgtgtc 294  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| |  || || ||| |  |||||||||| | ||||||||| |||||    
T  47524166 acatgatagtgttctgaaattctaagaaagttttatcaacaaattgacacttgtcttctccggttatcctagcaaaaccaaacgcttttgtccacgtgtc 47524067  T
Q  295 tatagcatcctcggatgaatgcaaaaccatgctttctagtcctaagcgagtcaattgtttctcaagttcatccatcaacaaacgacacattccttgtcct 394  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | | ||||||||| ||||| |||| |||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |    
T  47524066 tatagcatcctcggaggaatgcaaaaccaagcttccaactcctaagcgtgtcaactgttcctcaagctcgtgcatcaacaaacgacacattccttgtctt 47523967  T
Q  395 cgatgttctttcttggtggccacgaaaactatctcagcaaccttgtgaccataaatccttatggtagccaccgaaatcacttcctccattttctccaaaa 494  Q
    |||| || || |||||| || || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||| ||||   |||||||||| ||||    
T  47523966 cgatattgttccttggtagctacaaaaactatctctgcaaccttttgaccataaatccttatagttgcaaccgaaatgactttacccattttctctaaaa 47523867  T
Q  495 tcacattatagaaaccacaaaagttcaagcgcttatgtaccgagtctctactaaaaacaatgtctctaatcaactctcttccagataaagcatcaatagt 594  Q
    ||||||||||||||| |  |||||||||||| ||||||   ||| |||||||||||||||  ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  47523866 tcacattatagaaactatgaaagttcaagcgtttatgttgtgagcctctactaaaaacaacatctttaatcaattctcttccggataaagcatcaatagt 47523767  T
Q  595 tggataaaaactctcatacaatacatgaagagccacatttaacttacgcttcttttgactaaa 657  Q
    ||| | |||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||   |||||||||||||||    
T  47523766 tgggttaaaactctcatacaatacatcaagagccatattcaactttatcttcttttgactaaa 47523704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 188 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 47551222 - 47550888
Alignment:
Q  188 ttaaggcacatgacagtgtcctgaaattctaagaaagtaatatcaacaaattgacgcttgtcattacctgtcatcatctcaaaaccaaaagattttgtcc 287  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||  || |||||||| || |||||| | |   ||||||    |||||  ||| |||||| |||    
T  47551222 ttaagacacatgatagtgtcctgaaattcaaagaaagtataatgaacaaatttacacttgtcttcattcgtcatctcaacaaaatgaaatgattttttcc 47551123  T
Q  288 atgtgtctatagcatcctcggatgaatgcaaaaccatgctttctagtcctaagcgagtcaattgtttctcaagttcatccatcaacaaacgacacattcc 387  Q
    | |||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||  | | |||||||  | ||||||||| ||||||  | | ||||||||||| |||||||||    
T  47551122 aagtgtctatagcatccttggaggaatgcaaaaccaagctcccaactcctaagttaatcaattgttcctcaagccccttcatcaacaaacaacacattcc 47551023  T
Q  388 ttgtcctcgatgttctttcttggtggccacgaaaactatctcagcaaccttgtgaccataaatccttatggtagccaccgaaatcacttcctccattttc 487  Q
    ||||| ||||| || ||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||  || ||||||   ||  ||||    
T  47551022 ttgtcttcgatatttttttttggtggccatgaaaacaatctcagcaaccttttgaccataaatccttacggttgccacataactcactttaccccctttc 47550923  T
Q  488 tccaaaatcacattatagaaaccacaaaagttcaa 522  Q
    || | ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  47550922 tctataatcacagtatagaaaccacgaaagttcaa 47550888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 163 - 668
Target Start/End: Original strand, 44870228 - 44870733
Alignment:
Q  163 aggccatttaggtttcttcagtggtttaaggcacatgacagtgtcctgaaattctaagaaagtaatatcaacaaattgacgcttgtcattacctgtcatc 262  Q
    ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||| |||||| || || || |||||| | ||  ||||||    
T  44870228 aggccatataggtatattcagtggtttaaggcacatgatagagttgtgaaattctaagaaagtattatcaataagtttacacttgtcttcactcgtcatc 44870327  T
Q  263 atctcaaaaccaaaagattttgtccatgtgtctatagcatcctcggatgaatgcaaaaccatgctttctagtcctaagcgagtcaattgtttctcaagtt 362  Q
     |  |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||| || ||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||||| |||| |||||| |    
T  44870328 ctagcaaaaccaaacgattttgtccaagtgtttatagcatcttcagatgaatgcaaaaccaatcttcctactcctaagcgagtcaactgttcctcaagct 44870427  T
Q  363 catccatcaacaaacgacacattccttgtcctcgatgttctttcttggtggccacgaaaactatctcagcaaccttgtgaccataaatccttatggtagc 462  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | |||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| || ||    
T  44870428 catccatcaacaaacgacacattcctcgtcctcgatgttgctccttggtagccacaaaaactatctctgcaaccttttgaccaaaaatccttatagttgc 44870527  T
Q  463 caccgaaatcacttcctccattttctccaaaatcacattatagaaaccacaaaagttcaagcgcttatgtaccgagtctctactaaaaacaatgtctcta 562  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||| | || ||||||||||||||||  ||| ||    
T  44870528 caccgaaatcacttcccccattttctccaaaatcacagtatagaaaccacggaagttcaagcgtttatgttctgaatctctactaaaaacaagatcttta 44870627  T
Q  563 atcaactctcttccagataaagcatcaatagttggataaaaactctcatacaatacatgaagagccacatttaacttacgcttcttttgactaaactcat 662  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||||||  |||| |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  44870628 atcaactctcttccagataaagcatcaatagttggattaaaaccctcatacaatacaccaagagctgcattcaacttatgcttctcttgactaaactcat 44870727  T
Q  663 cagaag 668  Q
     |||||    
T  44870728 tagaag 44870733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 179; Significance: 3e-96; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 162 - 660
Target Start/End: Original strand, 9819380 - 9819878
Alignment:
Q  162 aaggccatttaggtttcttcagtggtttaaggcacatgacagtgtcctgaaattctaagaaagtaatatcaacaaattgacgcttgtcattacctgtcat 261  Q
    |||||||||||||| | ||||||| ||| || ||||||  | | | |||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||| ||| || ||||  | |||    
T  9819380 aaggccatttaggtgttttcagtgctttgagacacatggtactattctgaaattctaaaaaagtatgatcaataaactgacacttatctttactggccat 9819479  T
Q  262 catctcaaaaccaaaagattttgtccatgtgtctatagcatcctcggatgaatgcaaaaccatgctttctagtcctaagcgagtcaattgtttctcaagt 361  Q
    | |  |||||||||| ||| ||||||| ||||  ||||||||||| || ||||||| ||  |   | || | |||||||||||| || ||||||||||      
T  9819480 cctggcaaaaccaaatgatcttgtccaagtgttcatagcatcctctgaggaatgcagaagtaatttctcaactcctaagcgagttaactgtttctcaatc 9819579  T
Q  362 tcatccatcaacaaacgacacattccttgtcctcgatgttctttcttggtggccacgaaaactatctcagcaaccttgtgaccataaatccttatggtag 461  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||  || |    
T  9819580 tcatccatcaacaaatgacacattccttgtcgtcgatattgttccttggtggccacgaaaactacctctgcaaccttttgaccataaatccttacagttg 9819679  T
Q  462 ccaccgaaatcacttcctccattttctccaaaatcacattatagaaaccacaaaagttcaagcgcttatgtaccgagtctctactaaaaacaatgtctct 561  Q
    |||| |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| | || ||||| ||||||||||  ||| |    
T  9819680 ccactgaaatcacttcacccattttctccaaaattacattatagaaaccacaaaagtttaagcgattgtgttctgattctctgctaaaaacaacatcttt 9819779  T
Q  562 aatcaactctcttccagataaagcatcaatagttggataaaaactctcatacaatacatgaagagccacatttaacttacgcttcttttgactaaactc 660  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| ||| ||||||| || ||||||| |||||||    
T  9819780 aatcaactctcttcctgataaagcatcaaaagttggattaaaaccctcatacaatacaccaagagccatattcaacttactctccttttgattaaactc 9819878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 3e-90
Query Start/End: Original strand, 208 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 9854554 - 9854102
Alignment:
Q  208 ctgaaattctaagaaagtaatatcaacaaattgacgcttgtcattacctgtcatcatctcaaaaccaaaagattttgtccatgtgtctatagcatcctcg 307  Q
    |||||||||||| ||||||  ||||| ||| |||| ||| || ||||  | |||| |  |||||||||| |||||||||||  |||  |||||||||||     
T  9854554 ctgaaattctaaaaaagtatgatcaataaactgacacttatctttactggccatcctggcaaaaccaaatgattttgtccaaatgttcatagcatcctct 9854455  T
Q  308 gatgaatgcaaaaccatgctttctagtcctaagcgagtcaattgtttctcaagttcatccatcaacaaacgacacattccttgtcctcgatgttctttct 407  Q
    || ||||||| ||  |   | || | |||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| || || ||    
T  9854454 gaggaatgcagaagtaatttctcaactcctaagcgagttaactgtttctcaatctcatccatcaacaaatgacagattccttgtcgtcgatattgttcct 9854355  T
Q  408 tggtggccacgaaaactatctcagcaaccttgtgaccataaatccttatggtagccaccgaaatcacttcctccattttctccaaaatcacattatagaa 507  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||  || ||||| |||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||    
T  9854354 tggtggccacgaaaactacctctgcaaccttttgaccataaatccttacagttgccactgaaatcacttcacccattttctccaaaattacattatagaa 9854255  T
Q  508 accacaaaagttcaagcgcttatgtaccgagtctctactaaaaacaatgtctctaatcaactctcttccagataaagcatcaatagttggataaaaactc 607  Q
    |||||||||||| ||||| || ||| | || ||||| ||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  9854254 accacaaaagtttaagcgattgtgttctgattctctgctaaaaacaacatctttaatcaactctcttcctgataaagcatcaaaagttggattaaaaccc 9854155  T
Q  608 tcatacaatacatgaagagccacatttaacttacgcttcttttgactaaactc 660  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||| ||||||| || ||||||| |||||||    
T  9854154 tcatacaatacaccaagagccatattcaacttactctccttttgattaaactc 9854102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 569 times since January 2019
Visitors: 2567