View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0288_low_3 (Length: 599)

Name: NF0288_low_3
Description: NF0288
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0288_low_3
NF0288_low_3
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (8-547)||(28567920-28568459)
chr3 (10-547)||(28574750-28575299)
chr3 (10-549)||(28579802-28580354)
chr3 (25-548)||(26315819-26316358)
chr3 (220-549)||(28586185-28586511)
chr3 (10-188)||(28585949-28586127)
chr3 (228-515)||(20618387-20618671)
chr3 (32-150)||(20617136-20617254)
[»] scaffold0870 (1 HSPs)
scaffold0870 (208-540)||(4639-4969)
[»] scaffold0889 (1 HSPs)
scaffold0889 (236-540)||(4435-4737)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (221-539)||(24071657-24071972)
chr6 (11-188)||(24071371-24071548)
chr6 (11-156)||(24079220-24079365)
[»] scaffold1029 (1 HSPs)
scaffold1029 (380-548)||(3156-3324)
[»] scaffold1033 (1 HSPs)
scaffold1033 (434-548)||(3156-3270)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (37-154)||(2601425-2601542)
chr2 (245-315)||(2600805-2600875)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 444; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 444; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 547
Target Start/End: Original strand, 28567920 - 28568459
Alignment:
Q  8 cagcagagatatcgtacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatt 107  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28567920 cagcagagatatcctacatcgttaagactatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtt 28568019  T
Q  108 tttcttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaaatatatatattcaaatgtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| | |     
T  28568020 tttcttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcattttattactaaatatatatattcaattttg 28568119  T
Q  208 gagaggatctgtattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagttcatggttactcaca 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  28568120 gagaggatctgtattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagagttcatggctactcaca 28568219  T
Q  308 aaatcaattataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  28568220 aaatcaattataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgctcaataccaaacctttggataa 28568319  T
Q  408 tatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctg 507  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||     
T  28568320 tatccatcaaataaaaactctccatcggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatattaaagcttgtttgacatatacaacatccta 28568419  T
Q  508 aaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaa 547  Q
    ||| ||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  28568420 aaattgtaagagtgcagattgatcagaatattgaaataaa 28568459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 547
Target Start/End: Original strand, 28574750 - 28575299
Alignment:
Q  10 gcagagatatcgtacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttt 109  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||    
T  28574750 gcagagatatcctacatcgttaagactatcttctccgtcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagggcaatgaggcctttcaaatcctcaccatgtttt 28574849  T
Q  110 tcttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaaata---------------tat 194  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||               |||    
T  28574850 tcttcaaacattcttttgttgcacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaaatactcctatagtaaaattat 28574949  T
Q  195 atattcaaatgttgagaggatctgtattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagttc 294  Q
     ||||||||||| |||||| |  | ||||||| |||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  28574950 gtattcaaatgtagagagggtacgaattaaactaacctgcattgacatagtggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgaaaattcatagagttc 28575049  T
Q  295 atggttactcacaaaatcaattataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaatacca 394  Q
    |||| || |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  28575050 atggctattcacaaaatcaat---aggattggtgttcaatatcaaatgtagcttttcaagagccactttgatctcctcagcaaaatagtgttcaatgcca 28575146  T
Q  395 aacctttggataatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacat 494  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  28575147 aacctttggatgatatcgatcaaataaaaactctccatcgaatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgcttaacat 28575246  T
Q  495 atgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaa 547  Q
    ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  28575247 atgtaacatcctgaaaaagtcaaagtgcagattgatcagaacattgaaataaa 28575299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 549
Target Start/End: Original strand, 28579802 - 28580354
Alignment:
Q  10 gcagagatatcgtacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttt 109  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| || || || |||| ||||    
T  28579802 gcagagatatcctacatcgttaagactatcttctccttcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagtgtaattagaccttttacttcttctccatgtttt 28579901  T
Q  110 tcttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaaata----------------ta 193  Q
    ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||                ||    
T  28579902 tctttcaacattcttttgttccacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactcctagtaaatta 28580001  T
Q  194 tatattcaaatgttgagaggatctgtattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagtt 293  Q
    ||||||||||||| |||||| |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  28580002 tatattcaaatgtggagagggtacgtattaaactaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagagtt 28580101  T
Q  294 catggttactcacaaaatcaattataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaatacc 393  Q
    ||||| |||| |||||||||||   ||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||||||||||| ||    
T  28580102 catggctacttacaaaatcaat---aggattgttgttcaatatcaaatgtagtttttcaagagccactttgatctcctcggtaaagtagtgttcaatgcc 28580198  T
Q  394 aaacctttggataatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgaca 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28580199 aaacctttggataatatcaatcaaataaaaactttccatcggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttgaatatcaaagcttgtttgaca 28580298  T
Q  494 tatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaaaa 549  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  28580299 tatgtaacgtcctgaaaatgtaaaagtgtagattgatcagaacattgcaataaaaa 28580354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 25 - 548
Target Start/End: Original strand, 26315819 - 26316358
Alignment:
Q  25 atcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacattctt 124  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||    
T  26315819 atcgttaagactatcttctccttcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagggcaacgagacctttcacatcctcgccatgtttttcttcgaacattctt 26315918  T
Q  125 ttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaat--tatagttagtcactatattactaaata-----------------tatatattcaaatg 205  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||                 ||||||||||||||    
T  26315919 ttgttacacttcaagctgtcaaataaatctgcaaaacaatattatagttagtcactatattactaactaaaatacttatagtaaaatatatattcaaatg 26316018  T
Q  206 ttgagaggatctgtattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagttcatggttactca 305  Q
    | |||||  |  ||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  26316019 tggagagtgtaagtattaaactaacctgcatttacataatgtcctccttgtctgagcaagcggaatgcaagtgcaacttcgtagagttcatggatactca 26316118  T
Q  306 caaaatcaattataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggat 405  Q
     ||||||| |   ||||||||||||||||||| |||  || || |||||||||||||| || || ||| |||| |||||||||||   || |||||||||    
T  26316119 taaaatcatt---aggattggtgttcaatatcgaatatagcttctcaagagccactttgatctcttcaacaaagtagtgttcaatgttaagcctttggat 26316215  T
Q  406 aatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcc 505  Q
     ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26316216 gatatcgatcaaataaaaactctccatcggatattcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtaacatcc 26316315  T
Q  506 tgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaaa 548  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||||||||| |||||||    
T  26316316 tgaaaatgtaaaagtgcagaatgatgagaacattgaaataaaa 26316358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 220 - 549
Target Start/End: Original strand, 28586185 - 28586511
Alignment:
Q  220 attaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagttcatggttactcacaaaatcaattata 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||       
T  28586185 attaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagatttcatggctactcgcaaaatcaatt--- 28586281  T
Q  320 ggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaaat 419  Q
    | ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  28586282 gaattggtgttcaatgtcaaatgtagcttttcaagagccactttgatctcctcagcaaaatagtgttcaatgccaaacctttggataatatcgatcaaat 28586381  T
Q  420 aaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaag 519  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  28586382 aaaaactttccatcggatcttcaattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtaacatcctgaaaatgtaaaag 28586481  T
Q  520 tgcagattaatcagaacattgcaataaaaa 549  Q
    |||||||| ||||||| |||| ||||||||    
T  28586482 tgcagattgatcagaatattgaaataaaaa 28586511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 188
Target Start/End: Original strand, 28585949 - 28586127
Alignment:
Q  10 gcagagatatcgtacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttt 109  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||| ||||    
T  28585949 gcagagatatcctacatcgttaagactatcttctccttcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagagcaataagacctttgacatcctcgccatgtttt 28586048  T
Q  110 tcttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaa 188  Q
    ||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  28586049 tctttcaacattcttttgttccacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttggtcactatattactaa 28586127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 228 - 515
Target Start/End: Original strand, 20618387 - 20618671
Alignment:
Q  228 aacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagttcatggttactcacaaaatcaattataggattggt 327  Q
    |||||||||| || |||| |||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||   |||||| |    
T  20618387 aacctgcattgacataatagcctccttgtctgagcaaacggaatgcaagtgcaacttcatagagttcatggctactaacaaaatcaatt---ggattgct 20618483  T
Q  328 gttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaaataaaaactc 427  Q
    | |||||||||||    | || |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||| |||| ||    
T  20618484 gctcaatatcaaaaattgtttctcaagagccactttgatttcctcaacaaagtagtgttcaataccaagcctttggatgatgtcaatcaaatgaaaattc 20618583  T
Q  428 tccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgta 515  Q
    ||  | ||||||||  |  ||||||||||||| | |||||||||| | ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||    
T  20618584 tcagttggatcttcactagtaacaagtttcttgtgaacttgcttacacatcaaagcttgcttgacataaatagcatcctgaaaatgta 20618671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 32 - 150
Target Start/End: Original strand, 20617136 - 20617254
Alignment:
Q  32 agacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttct-tcaaacattcttttgtta 130  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  ||| ||||| ||    
T  20617136 agaccatcttctccttcaatacttagttgggatgcttcatacaaggcaatgagacctttcacatcctcaccatattttactctcaatgatt-ttttgcta 20617234  T
Q  131 cacttcaagctgtcaaataa 150  Q
    |||||||||| |||||||||    
T  20617235 cacttcaagcagtcaaataa 20617254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0870 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: scaffold0870
Description:

Target: scaffold0870; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 208 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 4969 - 4639
Alignment:
Q  208 gagaggatctgtattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagttcatggttactcaca 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4969 gagaggatctgtattaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagagttcatggctactcaca 4870  T
Q  308 aaatcaattataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4869 aaatcaattataggattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacatttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataa 4770  T
Q  408 tatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctg 507  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||     
T  4769 tatcgatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaactttcttaaatatcaaagcttgtttgacatataaaacatccta 4670  T
Q  508 aaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattg 540  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||    
T  4669 aaaatgtaaaagtgc--attgatcagaacattg 4639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0889 (Bit Score: 254; Significance: 1e-141; HSPs: 1)
Name: scaffold0889
Description:

Target: scaffold0889; HSP #1
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 236 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 4737 - 4435
Alignment:
Q  236 tttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagttcatggttactcacaaaatcaattataggattggtgttcaata 335  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4737 tttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtgcaacttcatagagttcatggctactcacaaaatcaattataggattggtgttcaata 4638  T
Q  336 tcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaaataaaaactctccatggg 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4637 tcaaatgcagattttcaagagccacatttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcgatcaaataaaaactctccatggg 4538  T
Q  436 atcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaa 535  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||  ||| |||||||    
T  4537 atcttcgattttaacaagtttcttataaactttcttaaatatcaaagcttgtttgacatataaaacatcctaaaaatgtaaaagtgc--attgatcagaa 4440  T
Q  536 cattg 540  Q
    |||||    
T  4439 cattg 4435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 221 - 539
Target Start/End: Original strand, 24071657 - 24071972
Alignment:
Q  221 ttaaacaaacctgcatttacgtaatggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagttcatggttactcacaaaatcaattatag 320  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||   ||    
T  24071657 ttaaacatacctgcatttacataatggcctccttgtctgagcaagcggaatgcaagtgcaacttgatagagttcatggctactcacaaaatcaat---ag 24071753  T
Q  321 gattggtgttcaatatcaaatgcagattttcaagagccacttttatttcctcagcaaaatagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaaata 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| || || ||| |||| |||||||||||  ||||| ||||||| ||||| ||||||||    
T  24071754 gattggtgttcaatatcaaatgcaagttttcaagagccgctttgatctcgtcaacaaagtagtgttcaatgtcaaacttttggatgatatcgatcaaata 24071853  T
Q  421 aaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagt 520  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  24071854 aaaacactccatcggatcttcgattttaacaagtttctcataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacataagtaacatcctgaaaatgtaaaagt 24071953  T
Q  521 gcagattaatcagaacatt 539  Q
    ||| ||| |||||||||||    
T  24071954 gcatattgatcagaacatt 24071972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 11 - 188
Target Start/End: Original strand, 24071371 - 24071548
Alignment:
Q  11 cagagatatcgtacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatattttt 110  Q
    ||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  24071371 cagaggtatcctacatcgttaagatgatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtgttt 24071470  T
Q  111 cttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacgcaacaattatagttagtcactatattactaa 188  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24071471 cttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactacattactaa 24071548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 1e-64
Query Start/End: Original strand, 11 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 24079365 - 24079220
Alignment:
Q  11 cagagatatcgtacatcgttaagacaatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatattttt 110  Q
    ||||| |||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24079365 cagaggtatcctacatcgttaagatgatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgttttt 24079266  T
Q  111 cttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctac 156  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24079265 cttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatctac 24079220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1029 (Bit Score: 141; Significance: 1e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold1029
Description:

Target: scaffold1029; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 1e-73
Query Start/End: Original strand, 380 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 3324 - 3156
Alignment:
Q  380 tagtgttcaataccaaacctttggataatatcaatcaaataaaaactctccatgggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatca 479  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3324 tagtgttcaatgccaaacctttggataatatcaatcaaataaaaactttccatcggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatca 3225  T
Q  480 aagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcagaacattgcaataaaa 548  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||    
T  3224 aagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattgatcagtactttgaaataaaa 3156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1033 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold1033
Description:

Target: scaffold1033; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 434 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 3270 - 3156
Alignment:
Q  434 ggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattaatcag 533  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3270 ggatcttcgattttaacaagtttcttataaacttgcttaaatatcaaagcttgtttgacatatgtagcatcctgaaaatgtaaaagtgcagattgatcag 3171  T
Q  534 aacattgcaataaaa 548  Q
     || ||| |||||||    
T  3170 tactttgaaataaaa 3156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 37 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 2601542 - 2601425
Alignment:
Q  37 atcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatatttttcttcaaacattcttttgttacacttc 136  Q
    ||||||||| ||||||||||| || || ||||| || |  ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||   |||  |||| |||||| || ||    
T  2601542 atcttctccctcaatacttagctgggaggcttcatacatagcaatgagactcttcacatcctcaccaaatttttcactaaaatttctcttgttaaacatc 2601443  T
Q  137 aagctgtcaaataaatct 154  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  2601442 aagctgtcaaatatatct 2601425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 245 - 315
Target Start/End: Complemental strand, 2600875 - 2600805
Alignment:
Q  245 tggcctccttgtctcagcaagcggaatgcaagtccaacttcatagagttcatggttactcacaaaatcaat 315  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||| |||  ||||||||| |||||||||| ||   |||||||||||    
T  2600875 tggcctccttgtcttagcaagcgaaatgtaagcgcaacttcatggagttcatggctatggacaaaatcaat 2600805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 452 times since January 2019
Visitors: 2566