View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0290-Insertion-3 (Length: 1040)

Name: NF0290-Insertion-3
Description: NF0290
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0290-Insertion-3
NF0290-Insertion-3
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (344-1009)||(33974106-33974771)
chr8 (344-965)||(33991025-33991646)
chr8 (364-965)||(33951525-33952126)
chr8 (8-277)||(33950935-33951205)
chr8 (5-277)||(33990417-33990689)
chr8 (55-277)||(33973577-33973800)
chr8 (515-794)||(33941128-33941407)
chr8 (519-794)||(33912393-33912668)
chr8 (29-222)||(33911721-33911914)
[»] scaffold0391 (2 HSPs)
scaffold0391 (507-934)||(11325-11752)
scaffold0391 (31-217)||(10474-10660)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (483-727)||(8278516-8278766)
chr7 (151-269)||(8278802-8278920)
chr7 (566-692)||(2764118-2764246)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 415; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 344 - 1009
Target Start/End: Original strand, 33974106 - 33974771
Alignment:
Q  344 ttgtaggcatcttatattaactgcaaatgctgatttaagatattaaagaagcattttcctttgaattggattgattaattttcttttctgttaactgttc 443  Q
    ||||||||||||| |||   ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||| || |||||    
T  33974106 ttgtaggcatcttctatcctctgcaaatgttgatttaacatattaaagaagcatttttctttgaattagattaattaactttcttttctgtcaagtgttc 33974205  T
Q  444 atttagttgtgcatgttaaatgtacaggacattaattagtttttgtctgacaaactgtctttggttttaacaggtaaattcaaggaaaacattatagttc 543  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| | |||||||| |  ||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||     
T  33974206 atttagttgagcatattaaatgtaaaagacattaactt-tttttgtcttacaatctgtctttggttttactaggtaaattcaaggaaaacattatatttg 33974304  T
Q  544 tcaccttctcaaaaacacccatgttgaagactattgtagagagaataattgaacattgtgaatatccagtgcctgagtttcaaagtgatgaagatgctgt 643  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33974305 tcaccttctcaaaaacacccatgctgaagactattgtagagagaatacatcaacattgtggatattcagtgcctgagtttcaaagtgatgaagatgcagt 33974404  T
Q  644 caataagttaggacttttgttgaagaaagttgacggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggccaacctcagaatctcttgttgagaaactt 743  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33974405 caataagttaggacttttgttgaagaaagttgagggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggccaagctcagaatctcttgttgagaaactt 33974504  T
Q  744 caattccagatgacagatttcaaaattctggtgacttcaagggttgcatttccgatgtttagcacaacatgtattttaaaacctcttgctcacgagaaga 843  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||   |||||    
T  33974505 caattccagatgacaggtttcaaaattctggtgacttcaagggttgcatttccgaggtttagcacaacatgtatcttaaaacctcttgctca--tgaaga 33974602  T
Q  844 cgcagtaacgcttttccatcactatgctcaaatgg-aaaaaatagttcagatattatctac-aaaatcttgtagaaaaggtacttgttcttactttc-ta 940  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33974603 cgcagtaacgcttttccatcactatgctcaaatggaaaaaaacagttcagatattatcgacaaaaatcttgtagaaaaggtacttgttcttactttctta 33974702  T
Q  941 ctattgagtgttatctattatgtaggcatcgac-cccctccgaatgaagtcaaatagaaggacgcctagt 1009  Q
    |   |||| ||||||||||||||| |||||||| | | || || |||||||| |||||| ||||||||||    
T  33974703 catatgagcgttatctattatgta-gcatcgacacacttcagattgaagtcacatagaaagacgcctagt 33974771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 402; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 344 - 965
Target Start/End: Original strand, 33991025 - 33991646
Alignment:
Q  344 ttgtaggcatcttatattaactgcaaatgctgatttaagatattaaagaagcattttcctttgaattggattgattaattttcttttctgttaactgttc 443  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||  ||||||||||| || |||||    
T  33991025 ttgtaggcatcttctattctctgcaaatgttgatttaacatattaaagaagcatttttctttgaattagattaattaaccttcttttctgtcaagtgttc 33991124  T
Q  444 atttagttgtgcatgttaaatgtacaggacattaattagtttttgtctgacaaactgtctttggttttaacaggtaaattcaaggaaaacattatagttc 543  Q
    ||||||||| |||||||||||||| | || ||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||     
T  33991125 atttagttgagcatgttaaatgtaaaagagattaacta-tttttgtcttacaatctgtctttggttttactaggtaaattcaaggaaaacattatatttg 33991223  T
Q  544 tcaccttctcaaaaacacccatgttgaagactattgtagagagaataattgaacattgtgaatatccagtgcctgagtttcaaagtgatgaagatgctgt 643  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33991224 tcaccttctcaaaaacacccatgttgaagactattgtagagagaataattgaacattgcggatatccagtgcctgagtttcaaagtgatgaagatgctgt 33991323  T
Q  644 caataagttaggacttttgttgaagaaagttgacggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggccaacctcagaatctcttgttgagaaactt 743  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33991324 caataagttagaacttttgttgaagaaagttgagggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggccaacctcagaatctcttgttaagaaactt 33991423  T
Q  744 caattccagatgacagatttcaaaattctggtgacttcaagggttgcatttccgatgtttagcacaacatgtattttaaaacctcttgctcacgagaaga 843  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   |||||    
T  33991424 caattcgagatatcagatttcaaaattctggtgacttcaagggtttcatttccaaggtttaggacaacatgtatcttaaaacctcttgctca--tgaaga 33991521  T
Q  844 cgcagtaacgcttttccatcactatgctcaaatgg-aaaaaatagttcagatattatctac-aaaatcttgtagaaaaggtacttgttcttactttctac 941  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||      
T  33991522 tgcagtaacgcttttccatcactatgctcagatggaaaaaaatagttcagatattatcgacaaaaatcttgtcgaaaaggtacttgttcttactttcttg 33991621  T
Q  942 tat-tgagtgttatctattatgtag 965  Q
     || |||| ||||||||||||||||    
T  33991622 catatgagcgttatctattatgtag 33991646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 364 - 965
Target Start/End: Original strand, 33951525 - 33952126
Alignment:
Q  364 ctgcaaatgctgatttaagatattaaagaagcattttcctttgaattggattgattaattttcttttctgttaactgttcatttagttgtgcatgttaaa 463  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||  ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  33951525 ctgcaaatgacgatttaacatattaaagaagcatttttctttgaattagattaattaaccttcttttctgtcaagtgttcatttagttgagcatgttaaa 33951624  T
Q  464 tgtacaggacattaattagtttttgtctgacaaactgtctttggttttaacaggtaaattcaaggaaaacattatagttctcaccttctcaaaaacaccc 563  Q
    |||| | |||||||| |  |||| |||| |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  33951625 tgtaaaagacattaacttctttt-gtcttacaatctgtctttggttttactaggtaaattcaaggaaaacattatatttgtcaccttctcaaaaacaccc 33951723  T
Q  564 atgttgaagactattgtagagagaataattgaacattgtgaatatccagtgcctgagtttcaaagtgatgaagatgctgtcaataagttaggacttttgt 663  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  33951724 atgctgaagactattgtagagagaatacatcaacattgtggatatccagtgcctgagtttcaaagtgatgaagatgctgtcaataggttaggacttctgt 33951823  T
Q  664 tgaagaaagttgacggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggccaacctcagaatctcttgttgagaaacttcaattccagatgacagattt 763  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||||||| |||||||||||||  |||||||    
T  33951824 tgaagaaagttgagggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggccaatctcagagccccttgttgagaaaattcaattccagatatcagattt 33951923  T
Q  764 caaaattctggtgacttcaagggttgcatttccgatgtttagcacaacatgtattttaaaacctcttgctcacgagaagacgcagtaacgcttttccatc 863  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||   ||||| ||||| |||||||||||||    
T  33951924 caaaattctggtgacctcaagagttgcatttccaaggtttagcacaacatgtatcttaaaacctcttgctca--tgaagaagcagtgacgcttttccatc 33952021  T
Q  864 actatgctcaaatgg-aaaaaatagttcagatattatctac-aaaatcttgtagaaaaggtacttgttcttactttctactat-tgagtgttatctatta 960  Q
    | |||||||| |||| |||||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  || |||| |||||||||||    
T  33952022 attatgctcagatggaaaaaaatagttcagatatcatcaacaaaaatcttgtcgaaaaggtacttgttcttactttctaacatatgagcgttatctatta 33952121  T
Q  961 tgtag 965  Q
    |||||    
T  33952122 tgtag 33952126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 8 - 277
Target Start/End: Original strand, 33950935 - 33951205
Alignment:
Q  8 aattcaatgaagatggacaacttttcaagcgtcctttcgatgttcctgaaaatccaaaattcactgttgggttggatataccatttagcatgttgaaaat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33950935 aattcaatgaagatggacaacttttcaagcgtcctttcaatgttcctgaaaatcaaaaattcactgttgggttggatataccatttagcaagttgaaaat 33951034  T
Q  108 ggagcttctgaggggtggtagctccacacttgtcttaactggtttagaaggattggggaaaaccactttggctacaaagctttgttgggatgaacgagtt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  33951035 ggagcttctgaggggtggtagctccacacttgtgttgactggtttaggaggattggggaaaaccactctggctacaaagctttgttgggatgaagaagtt 33951134  T
Q  208 aagggtaagtcataaatcctctttggc-tctctaaagcatgtttgaattagcggtgtgttagacagaatca 277  Q
    || ||||||||||||||||| |||| | | ||| | ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  33951135 aatggtaagtcataaatcctttttgccttatctcatgcatgtttggattagcagtgtgttagacagaatca 33951205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 5 - 277
Target Start/End: Original strand, 33990417 - 33990689
Alignment:
Q  5 acaaattcaatgaagatggacaacttttcaagcgtcctttcgatgttcctgaaaatccaaaattcactgttgggttggatataccatttagcatgttgaa 104  Q
    ||||||||||||||| |  || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33990417 acaaattcaatgaagctaaaccacctttcaagcgtcctttcgatgttcctgaaaatccaaaattcactgttgggttggatataccatttagcaagttgaa 33990516  T
Q  105 aatggagcttctgaggggtggtagctccacacttgtcttaactggtttagaaggattggggaaaaccactttggctacaaagctttgttgggatgaacga 204  Q
    |||||||||| | |||| |||||||||||| ||||| || || || |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |    
T  33990517 aatggagcttataagggatggtagctccacccttgtgttgacgggcttaggaggattagggaaaaccactttggctacaaagctttgttgggatcaagaa 33990616  T
Q  205 gttaagggtaagtcataaatcctctttggctctctaaagcatgtttgaattagcggtgtgttagacagaatca 277  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  33990617 gttaatggtaagtcataaatcctctttggctctctcatgcatgtttggattagcggtgtgttagacataatca 33990689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 55 - 277
Target Start/End: Original strand, 33973577 - 33973800
Alignment:
Q  55 gaaaatccaaaattcactgttgggttggatataccatttagcatgttgaaaatggagcttctgaggggtggtagctccacacttgtcttaactggtttag 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  33973577 gaaaatccaaaattcactgttgggttggatataccatttagcaagttgaaaatggagcttctgaggggtggtagctccacacttgtgttgactggtttag 33973676  T
Q  155 aaggattggggaaaaccactttggctacaaagctttgttgggatgaacgagttaagggtaagtcataaatcctctttggc-tctctaaagcatgtttgaa 253  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||| |||| | | ||| | ||||||||| |    
T  33973677 gaggattggggaaaaccactctggctacaaagctttgttgggatgaagaagttaatggtaagtcataaatcctttttgccttatctcatgcatgtttgga 33973776  T
Q  254 ttagcggtgtgttagacagaatca 277  Q
    ||||| ||||||||||||||||||    
T  33973777 ttagcagtgtgttagacagaatca 33973800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 515 - 794
Target Start/End: Original strand, 33941128 - 33941407
Alignment:
Q  515 aggtaaattcaaggaaaacattatagttctcaccttctcaaaaacacccatgttgaagactattgtagagagaataattgaacattgtgaatatccagtg 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||| | |||||| |||    
T  33941128 aggtaaattcaaggaaaacattatatttgtaaccttctcaaaaacacccatgctgaagattattgtagagagattatttgaacattgcggatatccggtg 33941227  T
Q  615 cctgagtttcaaagtgatgaagatgctgtcaataagttaggacttttgttgaagaaagttgacggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggc 714  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| || |||   || ||||||||| ||| |||| |||| ||||||||| ||||||| || |||||||| |||||||    
T  33941228 cctgagtaccaaagtgatgaagatgcggtaaatggattgggacttttgctgaggaaaattgagggaagtccaatattgttagtcctggatgacgtttggc 33941327  T
Q  715 caacctcagaatctcttgttgagaaacttcaattccagatgacagatttcaaaattctggtgacttcaagggttgcattt 794  Q
    |    ||||||   || || |||||| || |||| |||||  ||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  33941328 ccggatcagaagacctagtcgagaaatttaaatttcagatatcagattataaaattttggtcacttcaagggttgcattt 33941407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 88; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 519 - 794
Target Start/End: Original strand, 33912393 - 33912668
Alignment:
Q  519 aaattcaaggaaaacattatagttctcaccttctcaaaaacacccatgttgaagactattgtagagagaataattgaacattgtgaatatccagtgcctg 618  Q
    ||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| || |||||||| ||| |||||| |||||||    
T  33912393 aaattcaaggaaaacattatatttgtaaccttctcaaaaacacccatgttgaagattatggtacagagactatttgaacatggtggatatccggtgcctg 33912492  T
Q  619 agtttcaaagtgatgaagatgctgtcaataagttaggacttttgttgaagaaagttgacggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggccaac 718  Q
    ||| ||||||||| ||||| || || |||    | |||  |||  ||| |||| |||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||       
T  33912493 agtatcaaagtgacgaagaagcagttaatggaatgggaaatttactgaggaaaattgagggaagtccaatattgttagtcctggatgatgtttggcccgg 33912592  T
Q  719 ctcagaatctcttgttgagaaacttcaattccagatgacagatttcaaaattctggtgacttcaagggttgcattt 794  Q
    |||||||   || || |||||| || ||||||||||  ||||||  |||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  33912593 ctcagaagacctagtcgagaaatttaaattccagatatcagattataaaattttggtcacttcaagggttgcattt 33912668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 29 - 222
Target Start/End: Original strand, 33911721 - 33911914
Alignment:
Q  29 ttttcaagcgtcctttcgatgttcctgaaaatccaaaattcactgttgggttggatataccatttagcatgttgaaaatggagcttctgaggggtggtag 128  Q
    |||| ||| ||||||| | |||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||   | ||| |  | |  ||| ||||| ||||| |||| ||||||    
T  33911721 tttttaagggtccttttggtgttcctgaaaatcctgaatttactgttggtttggattcgcaattgattaagccgaagatggaacttctcagggatggtag 33911820  T
Q  129 ctccacacttgtcttaactggtttagaaggattggggaaaaccactttggctacaaagctttgttgggatgaacgagttaagggtaagtcataa 222  Q
     || || ||| | || ||||||||||  ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||    
T  33911821 atctactcttttgttgactggtttaggtggaatgggaaaaaccactttggctacaaagctgtgtttggatcaacaagttaagggtaagtcataa 33911914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391 (Bit Score: 195; Significance: 1e-105; HSPs: 2)
Name: scaffold0391
Description:

Target: scaffold0391; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 507 - 934
Target Start/End: Original strand, 11325 - 11752
Alignment:
Q  507 gttttaacaggtaaattcaaggaaaacattatagttctcaccttctcaaaaacacccatgttgaagactattgtagagagaataattgaacattgtgaat 606  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||| || ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||    
T  11325 gttttaacaggaaaattcaaggaaaatattatatttgtcaccttatcgaaaacacccatgttgaagactattgtagagagactatttgaacattgtggat 11424  T
Q  607 atccagtgcctgagtttcaaagtgatgaagatgctgtcaataagttaggacttttgttgaagaaagttgacggaagtccactattgttggttctggatga 706  Q
    |||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||  || | ||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  11425 atccagggcctgaatttcaaagagatgaagatgctgtccatagattggaacttttgctgaaaaaatttgagggaagtccactattgttggttctagatga 11524  T
Q  707 tgtttggccaacctcagaatctcttgttgagaaacttcaattccagatgacagatttcaaaattctggtgacttcaagggttgcatttccgatgtttagc 806  Q
     |||||||| | ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||    
T  11525 cgtttggccgaactcagaaacctttgttgagaaacttcaattccagatgtcagatttcaaaattctggtgacttcaagggttgcatttccaagacttagc 11624  T
Q  807 acaacatgtattttaaaacctcttgctcacgagaagacgcagtaacgcttttccatcactatgctcaaatgga-aaaaatagttcagatattatctacaa 905  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||   ||||| |||  ||  ||||||   ||||||||| | ||||| |||||  ||||||||| |||| ||||    
T  11625 acaacatgtatcttaaaatctcttgttca--ggaagatgcatcaatacttttctgccactatgctgagatggagaaaaacggttcagatactatcaacaa 11722  T
Q  906 a-atcttgtagaaaaggtacttgttcttac 934  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11723 agatcttgtggaaaaggtacttgttcttac 11752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0391; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 217
Target Start/End: Original strand, 10474 - 10660
Alignment:
Q  31 ttcaagcgtcctttcgatgttcctgaaaatccaaaattcactgttgggttggatataccatttagcatgttgaaaatggagcttctgaggggtggtagct 130  Q
    |||||| ||||||| | |||||| ||||||||| |||||| ||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| | ||| ||||    
T  10474 ttcaagggtccttttggtgttccagaaaatccagaattcattgttgggattgatataccatttagcaagttgaaaatggagctattgagagatggaagct 10573  T
Q  131 ccacacttgtcttaactggtttagaaggattggggaaaaccactttggctacaaagctttgttgggatgaacgagttaagggtaagt 217  Q
    | || ||||| || |||||||| | ||| ||||| ||||||||| ||||||| || |||||||||||||||| | | ||||||||||    
T  10574 caacccttgtgttgactggtttgggagggttgggaaaaaccactctggctaccaatctttgttgggatgaacaaatcaagggtaagt 10660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 134; Significance: 3e-69; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 483 - 727
Target Start/End: Complemental strand, 8278766 - 8278516
Alignment:
Q  483 tttttgtctgacaaactgtctttggttttaacaggtaaattcaaggaaaacattat---agttctcaccttctcaaaaacacccatgttgaagactattg 579  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||||   | || |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||    
T  8278766 tttttgtctgacaaactgtctttggttttactaggtaaatccatggaaaacattattatatttgtcaccttctcaaaaatgcccacgttgaagactattg 8278667  T
Q  580 tagagagaataat-tgaacattgtgaatatccagtgcctgagtttcaaagtgatgaagat--gctgtcaataagttaggacttttgttgaagaaagttga 676  Q
    ||||||  |||   |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||    
T  8278666 tagagaagatatgatgaacactgtggatatccagtgcctgagtttcaaagtgatgaagatatggtgtcaataggttaggacttctgttcaagaaagttga 8278567  T
Q  677 cggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggccaacctcagaatc 727  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8278566 gggaagtccactattgttggttctggatgatgtttggccaagctcagaatc 8278516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 151 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 8278920 - 8278802
Alignment:
Q  151 ttagaaggattggggaaaaccactttggctacaaagctttgttgggatgaacgagttaagggtaagtcataaatcctctttggctctctaaagcatgttt 250  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  8278920 ttaggaggattggggaaaaccactttggctacaaagctttgttgggatgaacaagttaagggtaagtgataaatcctctttggctctctcatgcatgttt 8278821  T
Q  251 gaattagcggtgtgttaga 269  Q
    | |||||| ||||||||||    
T  8278820 ggattagcagtgtgttaga 8278802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 566 - 692
Target Start/End: Original strand, 2764118 - 2764246
Alignment:
Q  566 gttgaagactattgtagagagaataattgaacattgtgaatatccagtgcc--tgagtttcaaagtgatgaagatgctgtcaataagttaggacttttgt 663  Q
    |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||| ||  |  ||||| |||| |||||||||| || ||||  || ||||||||      
T  2764118 gttgaagattattgtagagagactatttgaacattgtggatatcgagttcctatatgtttccaagtaatgaagatgcagttaatagatttggactttttc 2764217  T
Q  664 tgaagaaagttgacggaagtccactattg 692  Q
    |||||||| |||| |||||| || |||||    
T  2764218 tgaagaaaattgagggaagtacaatattg 2764246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 267 times since January 2019
Visitors: 2563