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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0297_low_2 (Length: 417)
Name: NF0297_low_2
Description: NF0297
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0297_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 316; Significance: 1e-178; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 17 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 33995368 - 33994992
Alignment:
| Q |
17 |
catatatattattttataaattaatatttatacattactcagtaagctctaacatataccccagtgttcatttagcattttacaatttgattgtacttac |
116 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
33995368 |
catatatattattttataaattaatatttatacattactcagtaagctctaacacat----------tcatttagcattttacaatttgattgtacttac |
33995279 |
T |
|
| Q |
117 |
gggacaaattcttatatgatgttgatatttgatatttatgcatgtgtagttttcaagtatgatgctccaaatgcaacaagtttcccacacagcgtataca |
216 |
Q |
| |
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| T |
33995278 |
gggacaaattattatatgatgttgatatttgatatttatccatgtgtagttttcaaatatgatgctccaaatgcaacaagtttcccacacagcgtataca |
33995179 |
T |
|
| Q |
217 |
tgtttccaacttgggaaagcttcatgaaatgtgatgtgaagaaggctaagatggtggcaaatcacacacaaggtgttggagagggattcaagttcgtgtt |
316 |
Q |
| |
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|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
33995178 |
tgtttccaacttggcaaagcttcatgaaatgtgatgtgaagaaggctaagatggtggcaaatcacacacaaggtgttggagagggattcaagttcgtgtt |
33995079 |
T |
|
| Q |
317 |
aaacaaatggaagccttattacttttcatgtggtgagaaaaatggattacattgcaacctcggacaaatgaagttcgctgttatgcc |
403 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
33995078 |
aaacaaatggaagccttattacttttcatgtggtgagaaaaatggattacattgcaacgttggacaaatgaagtttgctattatgcc |
33994992 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 17 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 34007916 - 34007528
Alignment:
| Q |
17 |
catatatattattttataaatt-aatatttatacattactcagtaagctctaacatataccccagtgttcatttagcattttacaatttgattgtactta |
115 |
Q |
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| T |
34007916 |
catacatattattttataaatttaatatttatacacta----gtaaaccctaacatatactccaatgttgatttagcatttcacaattcgattgtactta |
34007821 |
T |
|
| Q |
116 |
cgggacaaattcttatatgatgttgatatttgatatttatgcatgtgtagttttcaagtatgatgctccaaatgcaacaagtttcccacacagcgtatac |
215 |
Q |
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|
| T |
34007820 |
cggcatgaat-cttatataatgttgatatttgatatttatgcatgtgtagttttcaagtatgatgctccaaatgcaacaagtttcccacacagcgtatac |
34007722 |
T |
|
| Q |
216 |
atgtttccaacttgggaaagcttcatgaaatgtgatgtgaagaaggctaagatggtggcaaatcacacacaaggtgttggagagggattcaagttcgtgt |
315 |
Q |
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| T |
34007721 |
atgtttccaacttggcaaagcttcatgaaatgtgatgtgaagaaggctaagatggtggcaaatcacacacaaggtgttggagagggattcaagttcgtgt |
34007622 |
T |
|
| Q |
316 |
taaacaaatggaagccttattacttttcatgtggtgagaaaaatggattacattgcaacctcggacaaatgaagttcgctgttatgcctatgct |
409 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
34007621 |
taaacaagtggaagccttattacttttcatgtggtgagaaaaatggattacattgcaacgtcggacaaatgaagttcgctgttatgccaatgct |
34007528 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 58 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 34000099 - 33999749
Alignment:
| Q |
58 |
gtaagctctaacatataccccagtgttcatttagcattttacaatttgattgtacttacgggacaaattcttatatgatgttgatatttgatatttatgc |
157 |
Q |
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|
|
| T |
34000099 |
gtaagctctaacatatactccaatgttcatttagcattttacaattcgattgtacttacggcatgaat-cttatataatgttgatatttgatatttatgc |
34000001 |
T |
|
| Q |
158 |
atgtgtagttttcaagtatgatgctccaaatgcaacaagtttcccacacagcgtatacatgtttccaacttgggaaagcttcatgaaatgtgatgtgaag |
257 |
Q |
| |
|
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|
| T |
34000000 |
atgtgtagttttcaagtatgatgctccaaatgcaacaagtttcccacacagtgtatacatgtttccaacttggcagagcttcatgaaatgtgatgtgaag |
33999901 |
T |
|
| Q |
258 |
aaggctaagatggtggcaaatcacacacaaggtgttggagagggattcaagttcgtgttaaacaaatggaagccttattacttttcatgtggtgagaaaa |
357 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33999900 |
aaggctaagatggtggcaaatcacacacaaggtgttggagagggattcaagttcgtgttaaacaaatggaagccttattacttttcatgtggtgagaaaa |
33999801 |
T |
|
| Q |
358 |
atggattacattgcaacctcggacaaatgaagttcgctgttatgcctatgct |
409 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||| ||||| |
|
|
| T |
33999800 |
atggattacattgcaacgttggacaaatgaagtttacggttatgccaatgct |
33999749 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 145 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 34003381 - 34003117
Alignment:
| Q |
145 |
ttgatatttatgcatgtgtagttttcaagtatgatgctccaaatgcaacaagtttcccacacagcgtatacatgtttccaacttgggaaagcttcatgaa |
244 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |
|
|
| T |
34003381 |
ttgatatttatgcatgtgtagttttcaaatatgatgctccaaatgcgacgagtttcccacacagcgtatacatgtttccaacttggcagagcttcatgaa |
34003282 |
T |
|
| Q |
245 |
atgtgatgtgaagaaggctaagatggtggcaaatcacacacaaggtgttggagagggattcaagttcgtgttaaacaaatggaagccttattacttttca |
344 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34003281 |
atgtgatgtgaagaaggctaagatggtggcaaatcacacacaaggtgttggagagggattcaagttcgtgttaaacaagtggaagccttattacttttca |
34003182 |
T |
|
| Q |
345 |
tgtggtgagaaaaatggattacattgcaacctcggacaaatgaagttcgctgttatgcctatgct |
409 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| | |||||||| ||||| |
|
|
| T |
34003181 |
tgtggtgagaaaaatggattacattgcaacgttggacaaatgaagtttacggttatgccaatgct |
34003117 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 152 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 33989253 - 33989002
Alignment:
| Q |
152 |
ttatgcatgtgtagttttcaagtatgatgctccaaatgcaacaagtttcccacacagcgtatacatgtttccaacttgggaaagcttcatgaaatgtgat |
251 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
33989253 |
ttatccatgtgtagttttcaaatatgatgctccaaatgcaaagagtttcccacacaacgtatacatgtttccaacttggcagagcttcatgaaatgtgat |
33989154 |
T |
|
| Q |
252 |
gtgaagaaggctaagatggtggcaaatcacacacaaggtgttggagagggattcaagttcgtgttaaacaaatggaagccttattacttttcatgtggtg |
351 |
Q |
| |
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| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
33989153 |
cttaaaatggctaagatgttggcaaatcacacacaaggtgttggagaggggttcaagttcgtgttaaacaagtggaagccctattactttgcatgtggtg |
33989054 |
T |
|
| Q |
352 |
agaaaaatggattacattgcaacctcggacaaatgaagttcgctgttatgcc |
403 |
Q |
| |
|
|||||||| | || |||||||| | |||||||||||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
33989053 |
agaaaaataggttgcattgcaatgttggacaaatgaagtttgctattatgcc |
33989002 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 17 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 34003470 - 34003383
Alignment:
| Q |
17 |
catatatattattttataaatt-aatatttatacattactcagtaagctctaacatataccccagtgttcatttagcattttacaatttgat |
107 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
34003470 |
catatatattattttataaatttaatattaatacacta----gtaagccctaacatatactccaatgttcatttagccttttacaatttgat |
34003383 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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