View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0301-INSERTION-2 (Length: 507)

Name: NF0301-INSERTION-2
Description: NF0301
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0301-INSERTION-2
NF0301-INSERTION-2
[»] chr3 (22 HSPs)
chr3 (1-368)||(3723010-3723373)
chr3 (1-368)||(3355591-3355958)
chr3 (1-354)||(3219696-3220049)
chr3 (1-363)||(3302170-3302532)
chr3 (1-368)||(3308855-3309225)
chr3 (29-368)||(3202478-3202817)
chr3 (29-309)||(3215152-3215432)
chr3 (1-368)||(3320454-3320827)
chr3 (1-244)||(3196593-3196836)
chr3 (364-497)||(3357776-3357912)
chr3 (364-496)||(3200537-3200672)
chr3 (366-423)||(30990068-30990125)
chr3 (364-443)||(3304352-3304431)
chr3 (366-423)||(22104357-22104414)
chr3 (366-423)||(22179051-22179108)
chr3 (364-423)||(3221878-3221937)
chr3 (364-423)||(3280660-3280719)
chr3 (366-425)||(22052378-22052437)
chr3 (366-423)||(21936787-21936844)
chr3 (366-423)||(22010468-22010525)
chr3 (366-423)||(22034163-22034220)
chr3 (366-423)||(22186634-22186691)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (372-467)||(41947633-41947731)
chr1 (194-237)||(11116170-11116213)
chr1 (364-423)||(49386842-49386901)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 311; Significance: 1e-175; HSPs: 22)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 311; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 3723373 - 3723010
Alignment:
Q  1 cttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3723373 cttcaaagagtctagtggatcactgactaagttagataagccaggtcttaacttcacaagatacttgagatttggagtccaatcaggcaactttgttagt 3723274  T
Q  101 cttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3723273 cttcctttcaagttgagcacaataagatcaggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgttttgagattcaa 3723174  T
Q  201 ggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattcttcgcgcatacaacgtatgcctaatttccttaattgtgtcagcattttgagctc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||| ||||||||    
T  3723173 ggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattctcggcgcatacaacgtatgccta----ccttaattgtgtcagcatcttgagctc 3723078  T
Q  301 ctggataaggtctattccacctcgatttgcttccaaaaagtaaagcttctgtaatgacttcaaacatc 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3723077 ctggataaggtctattccacctcgatttgcttccaaaaagtaaagtttctgtaatgacttcaaacatc 3723010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Original strand, 3355591 - 3355958
Alignment:
Q  1 cttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagt 100  Q
    ||||||||| | || ||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3355591 cttcaaagagtttaatggatcagtggctatgttagataagccaagtcttaacttcacaaggtacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagt 3355690  T
Q  101 cttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaa 200  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  3355691 cttcctttcaagttgagcacaataagatcgggtggtgctgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtgatgtttagagattcaa 3355790  T
Q  201 ggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattcttcgcgcatacaacgtatgcctaatttccttaattgtgtcagcattttgagctc 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3355791 ggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattctcggcgcatacaacgtatgcctaacttccttaattgtgtcagcatcttgagctc 3355890  T
Q  301 ctggataaggtctattccacctcgatttgcttccaaaaagtaaagcttctgtaatgacttcaaacatc 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  3355891 ctggataaggtctattccacctcgatttgcttccaaaaagtaaagtttctgtaatgacttcaaacatc 3355958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 354
Target Start/End: Original strand, 3219696 - 3220049
Alignment:
Q  1 cttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||    | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3219696 cttcaaagagtctagtggatcatgttcgaagttagataagccaagccttaacttcacaagatattggagttttggaatccaattaggcaactttgttagt 3219795  T
Q  101 cttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaa 200  Q
    || |||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||   | ||||||||||| ||  |||||||||    
T  3219796 ctacctttcaagttgagcactttaagattaggtggagttgatataaaatccaagtcaagaatttcatcctccgctatagcagtaatattcagagattcaa 3219895  T
Q  201 ggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattcttcgcgcatacaacgtatgcctaatttccttaattgtgtcagcattttgagctc 300  Q
    | || ||||||| |||||||| |   ||||||||||| ||||||||    |||| ||  | ||||||||| |||||||| ||| ||| | ||||||||||    
T  3219896 gatggttcatctgttgtattgtattgcataatgcattaccatattcactccgcacacgccttatgcctaacttccttaactgtttcaactttttgagctc 3219995  T
Q  301 ctggataaggtctattccacctcgatttgcttccaaaaagtaaagcttctgtaa 354  Q
     | ||||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  3219996 ttcgataaggtctattccaccatgatctgcttccaaaaagtaaagcttttgtaa 3220049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Original strand, 3302170 - 3302532
Alignment:
Q  1 cttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||    | ||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||    
T  3302170 cttcaaagagtctagtggatcatcttcgaagttagataaaccaagtcttagcttcacaagagacttgagatttggaatccaattgggcaacttggttagt 3302269  T
Q  101 cttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaa 200  Q
    || | |||||||||||||||  |||||  || ||||| ||||   | |||||||||||||||||| ||||||   ||||||  ||| ||  |||||||||    
T  3302270 ctacatttcaagttgagcactctaagacgggatggagctgatgcaagatccaagtcaaggatttcatccttagttatagcaccaatattaagagattcaa 3302369  T
Q  201 ggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattcttcgcgcatacaacgtatgcctaatttccttaattgtgtcagcattttgagctc 300  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||  |||| | |   |||||| || |||||||| ||| ||| ||||||||||||    
T  3302370 gttgtttcatctcttgtattgcagcagataatgcagttcgatattcttgccgcacagactttatgcccaacttccttaactgtttcaacattttgagctc 3302469  T
Q  301 ctggataaggtctattccacctcgatttgcttccaaaaagtaaagcttctgtaatgacttcaa 363  Q
     |||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||    
T  3302470 ttggataagctttattccaccatgatttgcttccaaaaagtaaagcttttgtaaagatttcaa 3302532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Original strand, 3308855 - 3309225
Alignment:
Q  1 cttcaaagaatctagtggatcactgact-aagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttag 99  Q
    ||||||||| |||||||||||| | | | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||     
T  3308855 cttcaaagagtctagtggatca-tcattgaagttagataaaccaagtcttaacttcacaagatactggaggtttggaatccaatcaggcaaccttgttaa 3308953  T
Q  100 tcttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtgg---agttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagat 196  Q
    ||  |||||||||||||| ||  | ||||  |||||   ||||||||| |||||||||||||||||||| | || | |  || ||||||||||  ||| |    
T  3308954 tccgcctttcaagttgagaactcttagattaggtggtggagttgatataaaatccaagtcaaggatttcattctcatctttaacagtaatgttaagaggt 3309053  T
Q  197 tcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattcttcgcgcatacaacgtatgcctaatttccttaattgtgtcagcattttga 296  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||| ||   |||  || ||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||    
T  3309054 tcaaggtttttcatctcttgtattgcatcgcatagtgcatttccatattgttgctgcacgcatcgtatgcctaacttccttaactgtgtcaacattttga 3309153  T
Q  297 gctcctggataaggtctattccacctcgatttgcttccaaaaagtaaagcttctgtaatgacttcaaacatc 368  Q
    ||||   ||||||| ||| | ||||  |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  3309154 gctctctgataaggcctaatgcaccatgatcggcttccaaaaagtaaagcttctgtaatgacttcaagcatc 3309225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 29 - 368
Target Start/End: Complemental strand, 3202817 - 3202478
Alignment:
Q  29 aagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagtcttcctttcaagttgagcacagtaagat 128  Q
    ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||  ||||||    
T  3202817 aagttagataagctaagccttagcttcacaagatattggagttttggaatccaattaggcaactttgttagtctaccttccaagttgagtactttaagat 3202718  T
Q  129 cgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcaca 228  Q
      ||||||| |||||  |||||||||||||| ||| | |||| | | ||||||||||| | | |||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||    
T  3202717 taggtggagctgatacaaaatccaagtcaagaattacttcctcatctatagcagtaatatatagagattcaagatggttcatcttttgtattgtagcaca 3202618  T
Q  229 taatgcatttccatattcttcgcgcatacaacgtatgcctaatttccttaattgtgtcagcattttgagctcctggataaggtctattccacctcgattt 328  Q
    |||| |||||||||||||||  |||| ||  | ||||||||| |||||||| | | ||| |||||||||||| || |||||||||||||||||  ||| |    
T  3202617 taattcatttccatattcttgccgcacacgtcttatgcctaacttccttaactttctcaacattttgagctcttgaataaggtctattccaccatgatct 3202518  T
Q  329 gcttccaaaaagtaaagcttctgtaatgacttcaaacatc 368  Q
    || || |||||||||||||  || || || ||||||||||    
T  3202517 gcatctaaaaagtaaagctgttgcaaagatttcaaacatc 3202478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 113; E-Value: 5e-57
Query Start/End: Original strand, 29 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 3215432 - 3215152
Alignment:
Q  29 aagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagtcttcctttcaagttgagcacagtaagat 128  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||| ||||||||  |||||     
T  3215432 aagttagataaaccaagtcttagcttcacaagatactggagatttggaatccaattaggcaactttgttagtctacatttcaaattgagcactctaagac 3215333  T
Q  129 cgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcaca 228  Q
      | ||||| ||||   | |||||||||||||||||| ||||||   ||||||  ||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |    
T  3215332 gagatggagctgatgcaagatccaagtcaaggatttcatccttagttatagcaccaatattaagagattcaagttgtttcatctcttgtattgcagcaga 3215233  T
Q  229 taatgcatttccatattcttcgcgcatacaacgtatgcctaatttccttaattgtgtcagcattttgagctcctggataag 309  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||   |   ||||||||| |||||||| ||| ||| |||||||||||| ||||||||    
T  3215232 taatgcatttccatattcttgccgcacggactttatgcctaacttccttaactgtttcaacattttgagctcttggataag 3215152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 368
Target Start/End: Original strand, 3320454 - 3320827
Alignment:
Q  1 cttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||    | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  3320454 cttcaaagagtctagtggatcatcttcgaagttagataaaccaagccttaacttcacaagatattggagttttggaatccaattaggaaactttgttaat 3320553  T
Q  101 cttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtgg------agttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggag 194  Q
    || |||||||||||||| ||  ||||||  |||||      ||||||||  ||||||||||||||||| || | || |    || ||||||||||  |||    
T  3320554 ctacctttcaagttgagaactctaagattaggtggtggatcagttgatacaaaatccaagtcaaggatatcattctcatttttaacagtaatgttgagag 3320653  T
Q  195 attcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatattcttcgcgcatacaacgtatgcctaatttccttaattgtgtcagcatttt 294  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||| | ||||||| || ||   | |  || | ||||||||| |||||||| ||||||| | ||||    
T  3320654 attcaagatgtttcatctcttgtactgcatcgcataattcgtttccatgttgttgctgtacgcatcttatgcctaacttccttaactgtgtcaacctttt 3320753  T
Q  295 gagctcctggataaggtctattccacctcgatttgcttccaaaaagtaaagcttctgtaatgacttcaaacatc 368  Q
    ||||||  ||||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||    
T  3320754 gagctctcggataaggtctattccatcatgatctgcttccaaaaagtaaagcttttgtaaagatatcaaacatc 3320827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 244
Target Start/End: Original strand, 3196593 - 3196836
Alignment:
Q  1 cttcaaagaatctagtggatcactgactaagttagataagccaagtcttaacttcacaagatacttgagatttggaatccaatcaggcaactttgttagt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||  | | || ||| | ||||||||   || |||||||| ||| |  || |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  3196593 cttcaaagagtctagtggatcatggtcaaatttacaaaagccaagcactagcttcacaatatattcaagttttggaatccaatcgggaaactttgttagt 3196692  T
Q  101 cttcctttcaagttgagcacagtaagatcgggtggagttgatatgaaatccaagtcaaggatttcctccttaacgatagcagtaatgtttggagattcaa 200  Q
    ||  ||||||| ||||||||  |||||| |||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |||| |   ||||||||||| ||| |||||||||    
T  3196693 ctagctttcaaattgagcactttaagatagggtggagctgatacaaaatccaagtcaaggatttcttcctcagttatagcagtaatatttagagattcaa 3196792  T
Q  201 ggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatttccatat 244  Q
    |||   |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||    
T  3196793 ggttgatcatctcttgtactgcagtacatactgcatttccatat 3196836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 364 - 497
Target Start/End: Original strand, 3357776 - 3357912
Alignment:
Q  364 acatcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttcatttgctccccctctt---tcatctgcagcctttgtgtctg 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||| ||||||| |||||| || ||||| |||| |   ||||| |||||| |||||||||    
T  3357776 acatcttctatgcgaaaagatgcttctcttagctgcttcacccaagttttgattccttcgttggctcctcctcctccttcatcagcagcccttgtgtctg 3357875  T
Q  461 catccttaagtgataattggatgttctcaagttcatc 497  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  3357876 catccttgagtgagaattggatgatctcaagttcatc 3357912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 364 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 3200672 - 3200537
Alignment:
Q  364 acatcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttcatttgctccccctctt---tcatctgcagcctttgtgtctg 460  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| | ||||| ||||||| |||||| || ||||| |||| |   ||||| ||||||||||||||||    
T  3200672 acatcttctatgcgaaaagatgcttctcttagctgcttcacccaagttttgattccttcgttggctcctcctcctccttcatcagcagcctttgtgtctg 3200573  T
Q  461 catccttaagtgataattggatgttctcaagttcat 496  Q
    ||||||| ||||| | ||| ||| ||||||||||||    
T  3200572 catccttgagtgaaacttgaatgctctcaagttcat 3200537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 366 - 423
Target Start/End: Original strand, 30990068 - 30990125
Alignment:
Q  366 atcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||| | |||||||||||||||||||||    
T  30990068 atcttctatgcgaaaagctgcttccctaacctgcttcacccatgttttgactccttca 30990125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 364 - 443
Target Start/End: Original strand, 3304352 - 3304431
Alignment:
Q  364 acatcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttcatttgctccccctctttcatc 443  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| || |  ||| | ||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||    
T  3304352 acatcttctatgcgaaaagatacttctcttacttgcttcacccatgttttgactccttcattggttcctcctccttcatc 3304431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 366 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22104414 - 22104357
Alignment:
Q  366 atcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| || ||| | |||||||||||||||||||||    
T  22104414 atcttctatgcgaaaagctgctaccctaagttgcttcacccatgttttgactccttca 22104357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 366 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22179108 - 22179051
Alignment:
Q  366 atcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| || ||| | |||||||||||||||||||||    
T  22179108 atcttctatgcgaaaagctgctaccctaagttgcttcacccatgttttgactccttca 22179051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 364 - 423
Target Start/End: Original strand, 3221878 - 3221937
Alignment:
Q  364 acatcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || |||||| | ||||| ||||| |||||||||    
T  3221878 acatcttctatgtgaaaagatgcttctcttagctgcttcacccaagttttaactccttca 3221937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 364 - 423
Target Start/End: Original strand, 3280660 - 3280719
Alignment:
Q  364 acatcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| | ||||| ||||| |||||||||    
T  3280660 acatcttctatacgaaaagatgcttctcttagctgcttcacccaagttttaactccttca 3280719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 366 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 22052437 - 22052378
Alignment:
Q  366 atcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttcatt 425  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| || ||| | |||||| ||||||||||||||||    
T  22052437 atcttctatgcgaaaagctgcctccctaagttgcttcacccatattttgactccttcatt 22052378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 366 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 21936844 - 21936787
Alignment:
Q  366 atcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| | ||||| ||||| |||||||||    
T  21936844 atcttctatgcaaaaagctgcttccctaagctgcttcacccaagttttaactccttca 21936787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 366 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22010525 - 22010468
Alignment:
Q  366 atcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| || ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  22010525 atcttctatgtgaaaagctgcttccctaagttgcttcacccatattttgactccttca 22010468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 366 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22034220 - 22034163
Alignment:
Q  366 atcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| || ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  22034220 atcttctatgcgaaaagctgcctccctaagttgcttcacccatattttgactccttca 22034163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 366 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 22186691 - 22186634
Alignment:
Q  366 atcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| || ||| | |||||| ||||||||||||||    
T  22186691 atcttctatgtgaaaagctgcttccctaagttgcttcacccatattttgactccttca 22186634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 372 - 467
Target Start/End: Original strand, 41947633 - 41947731
Alignment:
Q  372 tatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca---tttgctccccctctttcatctgcagcctttgtgtctgcatcctt 467  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| | |||||||||||||||||||||   | | ||||  ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  41947633 tatgcgaaaagatgcttctttcagctgcttcacccatgttttgactccttcagcatatcctccttctccttcatcaacagcccttgtgtctgcatcctt 41947731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 237
Target Start/End: Original strand, 11116170 - 11116213
Alignment:
Q  194 gattcaaggtgtttcatctcttgtattgcagcacataatgcatt 237  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  11116170 gattcaaggtgttgcatctcttctattgcagcacttaatgcatt 11116213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 364 - 423
Target Start/End: Original strand, 49386842 - 49386901
Alignment:
Q  364 acatcttctatgcgaaaagatgcttccctcagctgccttacccatgttttgactccttca 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| | | ||||| ||| |||||||||||    
T  49386842 acatcttctatgcgaaaagatgcttctctaagctacttcacccaagttatgactccttca 49386901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 200 times since January 2019
Visitors: 2563