View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0302_1D_low_26 (Length: 212)

Name: NF0302_1D_low_26
Description: NF0302_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0302_1D_low_26
NF0302_1D_low_26
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-212)||(11485844-11486055)
chr8 (1-212)||(44956741-44956952)
[»] chr3 (32 HSPs)
chr3 (1-212)||(10501380-10501591)
chr3 (1-212)||(10032809-10033020)
chr3 (1-212)||(10127734-10127945)
chr3 (1-212)||(11770040-11770251)
chr3 (1-212)||(11781034-11781245)
chr3 (1-212)||(10664332-10664543)
chr3 (1-212)||(9839667-9839878)
chr3 (1-212)||(9850545-9850756)
chr3 (1-212)||(10261504-10261715)
chr3 (1-196)||(10433096-10433291)
chr3 (4-212)||(10185048-10185256)
chr3 (4-212)||(10518291-10518499)
chr3 (1-212)||(10374897-10375108)
chr3 (1-212)||(10581416-10581627)
chr3 (4-212)||(10078075-10078283)
chr3 (1-212)||(10528164-10528375)
chr3 (1-212)||(13853732-13853943)
chr3 (1-212)||(10362850-10363061)
chr3 (1-212)||(10089596-10089807)
chr3 (1-212)||(10196479-10196690)
chr3 (1-212)||(10672488-10672699)
chr3 (1-212)||(13344895-13345106)
chr3 (8-180)||(8862124-8862299)
chr3 (8-184)||(11130082-11130261)
chr3 (1-212)||(13161786-13161997)
chr3 (1-212)||(13333710-13333921)
chr3 (8-180)||(11159073-11159248)
chr3 (1-212)||(13171837-13172048)
chr3 (1-175)||(11245673-11245847)
chr3 (8-175)||(10890149-10890319)
chr3 (35-212)||(13290471-13290648)
chr3 (8-184)||(11147910-11148089)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-212)||(26907703-26907911)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (1-212)||(17851975-17852186)
[»] scaffold0083 (2 HSPs)
scaffold0083 (1-212)||(56654-56865)
scaffold0083 (1-212)||(57463-57674)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (1-178)||(31678782-31678962)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (1-212)||(144991-145202)
scaffold0002 (1-212)||(153296-153507)
scaffold0002 (1-212)||(134940-135151)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-212)||(29837446-29837660)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (3-196)||(826724-826920)
[»] scaffold0267 (1 HSPs)
scaffold0267 (140-169)||(19311-19340)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 204; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 11486055 - 11485844
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11486055 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcacgcacttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 11485956  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11485955 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 11485856  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
    ||||||||||||    
T  11485855 gattgttgaatt 11485844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 44956741 - 44956952
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||||||||     
T  44956741 agcttcgcaaggatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatactcttcttggttatatgacaaatggcgaacattttcagagatgtg 44956840  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  44956841 accacattcaagcctagaacaacattttcctgatatgaatgtagctaaatcgttgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagtatcatcactt 44956940  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  44956941 aattgttgaatt 44956952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 32)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10501591 - 10501380
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||| | ||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||    
T  10501591 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttcaacttcatgaaattgtcatactccttttggttatatgacaaatggcggatatttttagaaatgtt 10501492  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||    
T  10501491 accacattcaaacctgcaacaactttttcctgatatgaatgttgctaaatcattaacaaggtcatgcatgacatacttttctccacaagcatcatcattt 10501392  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
    ||||||||||||    
T  10501391 gattgttgaatt 10501380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10033020 - 10032809
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||||||| ||||| ||||||||     
T  10033020 agcttcgcaagcatttgaaattgtataatttctcaaacttcatgaaaatgtcatagtattcttggttatatgagaagtgacgaacattttcagagatgtc 10032921  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||    
T  10032920 accacattcaagcctgcaacaactttttcctaatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcatcgctt 10032821  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  10032820 aattgttgaatt 10032809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10127945 - 10127734
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||||||| ||||| ||||||||     
T  10127945 agcttcgcaagcatttgaaattgtataatttctcaaacttcatgaaaatgtcatagtattcttggttatatgagaagtgacgaacattttcagagatgtc 10127846  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||    
T  10127845 accacattcaagcctgcaacaactttttcctgatacgaatgtagataaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcatcgctt 10127746  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  10127745 aattgttgaatt 10127734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 120; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 11770251 - 11770040
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||  | || || |||| |||||| |||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||||||| |||||||  |||||     
T  11770251 agcttcgcaagcatttgaagctatataatttctcaaacttgatgaaaatgtcatagtattcttggttatatgagaagtgacgaacatttttatggatgtc 11770152  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  11770151 accacattcaagcctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcatttacaaggtcatgcataacaaacttttctccacgagcatcatcactt 11770052  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  11770051 aattgttgaatt 11770040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 11781034 - 11781245
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||  |||| || |||| |||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||| || || |||| |||||||| |||||     
T  11781034 agcttcgcaagcatttgaagctgtataatttctcaaacttaatgaaaatgtcatggtattcttggttatatgagaagtgtcgaacatttttagggatgtc 11781133  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||   ||    
T  11781134 accacattcaagtctacaacaactttttgctgatacgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttctcttcatgagcatcattgctt 11781233  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  11781234 aattgttgaatt 11781245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 8e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10664543 - 10664332
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||| ||||| || |  || |||| ||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| || ||||||| ||||| ||  ||||     
T  10664543 agcttcgcaagcagttgaagttttttaatttctcaaacttcatgaaaatgtcatagtcttcttggttatatgagaagtgacgaacattttcaggcatgtc 10664444  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||  ||    
T  10664443 accacattcaagcctgcaacaaatttttcctgatacgaatgtagctaaatcattgataaggtcatgcatcacaaacttttcgccatgagcatcatcgctt 10664344  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
    ||||||||||||    
T  10664343 gattgttgaatt 10664332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 9839878 - 9839667
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||  || |||| |||||||||||||||||| |  | |||||| |||||||| || ||||||| ||||| || |||||     
T  9839878 agcttcgcaaacatttaaaattgtgtaatttctcaaacttcatgaaaatgtcgtagttttcttggttatatgagaagtgacgaacattttcagggatgtc 9839779  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||  ||    
T  9839778 accacattcaagcctgcaacaactttttcctgatacgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgctt 9839679  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  9839678 aattgttgaatt 9839667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 9850756 - 9850545
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||  || |||| |||||||||||||||||| |  | |||||| |||||||| || ||||||| ||||| || |||||     
T  9850756 agcttcgcaaacatttaaaattgtgtaatttctcaaacttcatgaaaatgtcgtagttttcttggttatatgagaagtgacgaacattttcagggatgtc 9850657  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||  ||    
T  9850656 accacattcaagcctgcaacaactttttcctgatacgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgctt 9850557  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  9850556 aattgttgaatt 9850545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10261715 - 10261504
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  || |||| ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||||||| ||||| || |||||     
T  10261715 agcttcgcaagcatttgaagttgtgtaatttctcaaacttcatgaaaatgtcatagtattcttggttatatgagaagtgacgaacattttcagtgatgtc 10261616  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||    
T  10261615 accacattcaagcctgcagcaactttttcccgatacaactgtagctaaatcactgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcatcgctt 10261516  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  10261515 aattgttgaatt 10261504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 196
Target Start/End: Original strand, 10433096 - 10433291
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||  || |||| |||||||||||||||||||||   |||||| |||||||| || ||||||| ||||| |  |||||     
T  10433096 agcttcgcaggcatttgaaattgtgtaatttctcaaacttcatgaaaatgtcatggatttcttggttatatgagaagtgacgaacattttcaaggatgtc 10433195  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatc 196  Q
     ||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  10433196 cccacattcaagtctggaacaactttttcctgatacgaatgtagataaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgatcatcatc 10433291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10185256 - 10185048
Alignment:
Q  4 ttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgttacc 103  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||  | |  ||||||| |||||||||| ||||||| | |||||||| ||||| |||||| |||||    
T  10185256 ttcgcaagcatttcaaattgtggaaaggcttaaactttgttacgatgtcatactcttcttgaatatatgaaacatgacgaacattttcagagatattacc 10185157  T
Q  104 acattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcatttgat 203  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  10185156 acattcaaacctgcaacaactttttccagatacgactgtagccaaatcattgacaaggtcatgcatgaaaaacttttctccacgaccattatcatttgat 10185057  T
Q  204 tgttgaatt 212  Q
    |||||||||    
T  10185056 tgttgaatt 10185048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 4 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10518499 - 10518291
Alignment:
Q  4 ttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgttacc 103  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||| || |||||||  |||| || ||||| |||    
T  10518499 ttcgcaagcatttgaaattgtataatttctcaaacttcatgaaaatgtcatagtattcttggttatatgagaagtgacgaaccttttcagggatgtcacc 10518400  T
Q  104 acattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcatttgat 203  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||   || ||    
T  10518399 acattcaagcctgcaacaactttttcctgagacgaatgtagctaaatcgtggacaaggtcatgcatgacacactttttttcatgagcatcattgcttaat 10518300  T
Q  204 tgttgaatt 212  Q
    |||||||||    
T  10518299 tgttgaatt 10518291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 10374897 - 10375108
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    || ||| |||||||| || ||||||| ||||| || |||||     
T  10374897 agcttcgcaagcatttgaaattgtataatttctcaaacttcatgaaaatgtcatagaatttttggttatatgagaagtgacgaacattttcagggatgtc 10374996  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    | | |||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||  ||    
T  10374997 atcgcattcaagcctgtaacaactttttcctgatacgaatgtagataaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttttccacaagcatcatcgctt 10375096  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  10375097 aattgttgaatt 10375108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10581627 - 10581416
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||| |||||  ||||||  || |||| |||||||||||||||||||   | |||||| |||||||| || ||||||| ||||| || |||||     
T  10581627 agcttcgcaaacatttacaattgtgtaatttctcaaacttcatgaaaatgtcaaagtattcttggttatatgagaagtgacgaacattttcagggatgtc 10581528  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||  ||    
T  10581527 accacattcaagcctgcaacaactttttcctgatacgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgctt 10581428  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  10581427 aattgttgaatt 10581416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 4 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10078283 - 10078075
Alignment:
Q  4 ttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgttacc 103  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||  | | ||| |||| |||||||||| ||||||| | |||||||| ||||| |||||| | |||    
T  10078283 ttcgcaagcatttcaaattgtggaaaggcttaaactttgttacaatatcatactcttcttgaatatatgaaacatgacgaacattttcagagatatcacc 10078184  T
Q  104 acattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcatttgat 203  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  10078183 acattcaaacctgcaacaactttttccagatacgactgtagccaaatcattgacaaggtcatgcatgaaaaacttttctccacgaccattatcatttgat 10078084  T
Q  204 tgttgaatt 212  Q
    |||||||||    
T  10078083 tgttgaatt 10078075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10528375 - 10528164
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||  | | |||||||||||  ||    
T  10528375 agcttcacaagcatttaaaattgttgaaacttttaaacttcatgaaaatgtcatacacttcttgggtatatgacaaatggaggacatttttagagacatt 10528276  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| || || ||| ||||    
T  10528275 accacattcaagcctgtaacaactttttccagatacgattgtagctaaatcgttgacaaggtcatgcatgaaaaacttttttccacgaccaacatgattt 10528176  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
    ||||| ||||||    
T  10528175 gattgctgaatt 10528164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 13853732 - 13853943
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||  |||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||| | |||| |||||||     
T  13853732 agcttcgcaagcatttgaaattgtagattttctcaaactttctgaaaatgtcatacacttcttggttatatgagaaatgacgaacagttttggagatgtc 13853831  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||| |||||   |||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||||| |||  ||| ||||  | |||||||||||    
T  13853832 accaaattcacacctgcaacaactttttcctgatacgactgtagctaagtcgttgacaaggtcatgcatgaaaaagatttttccaaaaccatcatcattt 13853931  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
    ||||||||||||    
T  13853932 gattgttgaatt 13853943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 10362850 - 10363061
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||| || ||||||| ||||| |  |||||     
T  10362850 agcttcgcaaacatttaaaattgtgtaatttctcaaacttcatgaaaatgtcatagtattcttggttatatgagaagtgacgaacattttcaaggatgtc 10362949  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||   ||    
T  10362950 accacattcaagcctgcaacaactttttcctgatacgaatgttgctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcattgctt 10363049  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  10363050 aattgttgaatt 10363061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10089807 - 10089596
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||||  |||||| ||| | || |||  |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| | ||||||||  |||| || |||||     
T  10089807 agcttcgcaagactttgaagttgaataatttcgcaaacttcatgaaaatgtcatacagttcttgattatatgaaacatgacgaaccttttcagggatgtc 10089708  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||    
T  10089707 accacatccaagtctgaaacaactttgtccagatatgactgtagccaaatcgttgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcattgctt 10089608  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  10089607 aattgttgaatt 10089596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10196690 - 10196479
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||||  |||||| ||| | || |||  |||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| | ||||||||  |||| || |||||     
T  10196690 agcttcgcaagactttgaagttgaataatttcgcaaacttcatgaaaatgtcatacagttcttgattatatgaaacatgacgaaccttttcagggatgtc 10196591  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   ||    
T  10196590 accacatccaagtctgaaacaactttgtccagatatgactgtagccaaatcgttgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccacgagcatcattgctt 10196491  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  10196490 aattgttgaatt 10196479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 92; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 10672699 - 10672488
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||| ||||||||| ||||||| |||| | |||||||||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||  | | |||||||||||  ||    
T  10672699 agcttcacaagcatttaaaattgttgaaacttttaaacttcatgaaaatgtcatacacttcttgggtatatgacaaatggaggacatttttagagacatt 10672600  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| || ||||| |||||| |||| ||||||||| |||| |||||||| |||| || || ||||||||    
T  10672599 accacattcaagcctggaacaactttttccagatacgactgtagttaaatcgttgataaggtcatgtatgaaaaacttttttccacgaccaacatcattt 10672500  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
    ||||| ||||||    
T  10672499 gattgctgaatt 10672488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 63; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 13345106 - 13344895
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |  || ||||||| |||||| ||| |  | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  13345106 agcttcgcaagcacttgaaattgtagagaacctcaaacttcttgaaaaagtcgtaatttccttgattatatgacaaatgacgaacatttttagacatgtt 13345007  T
Q  101 ---accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatca 197  Q
       |||||||||||| ||| | |||||| ||||||| |  | |   |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |   ||||||||    
T  13345006 accaccacattcaagcctgaagcaacttgttcctgacaccactaacgctaaatcattgacaaggtcgtgcataacaaatttttct---tttccatcatca 13344910  T
Q  198 tttgattgttgaatt 212  Q
    |||||||||||||||    
T  13344909 tttgattgttgaatt 13344895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 8862299 - 8862124
Alignment:
Q  8 caagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgttaccac-- 105  Q
    |||||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||| |||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||| ||| || ||| | | |||||      
T  8862299 caagcatttgaatttgtagaaaattttaaacttcttgacaatgtcatactcttcttgactatatgagcaatgacgaacattcttggaggtatcaccacca 8862200  T
Q  106 -attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaactttt 180  Q
     ||||||  ||  ||||  ||||||| |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8862199 aattcaaccctagaacatgtttttccagatacgattgtagctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaactttt 8862124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 62; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 8 - 184
Target Start/End: Original strand, 11130082 - 11130261
Alignment:
Q  8 caagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgttaccac-- 105  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||| | |||||| || |||||||||||||||  ||||||||| |||||| |||  || |||||      
T  11130082 caagcatttgaatttgtagaaaatcttaaacttcttgacagtgtcatacttttcttgattatatgagcaatgacgaacatttttggaggcgtcaccacca 11130181  T
Q  106 -attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctcc 184  Q
     ||||||  ||| ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||| ||||  || |||||||||||| |||||||    
T  11130182 aattcaaccctgtaacaactttttccagatacgagtgtagctaagtcattaacaaaatcgtgcatgacaaacctttctcc 11130261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 13161997 - 13161786
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |  || ||||||| |||||| ||| |  ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  13161997 agcttcgcaagcacttgaaatcgtagagaacctcaaacttcttgaaaaagtcgtaatctccttgattatatgaaaaatgacgaacatttttagacatgtt 13161898  T
Q  101 accac---attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatca 197  Q
    |||||   ||||||| ||| | |||||| ||||||| |  | |   |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |   ||||||||    
T  13161897 accaccaaattcaagcctgaagcaacttgttcctgacaccactaaggctaaatcattgacaaggtcgtgcataacaaatttttct---tttccatcatca 13161801  T
Q  198 tttgattgttgaatt 212  Q
    |||||||||||||||    
T  13161800 tttgattgttgaatt 13161786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 13333921 - 13333710
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |  || ||||||| |||||| ||| |  ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  13333921 agcttcgcaagcacttgaaatcgtagagaacctcaaacttcttgaaaaagtcgtaatctccttgattatatgaaaaatgacgaacatttttagacatgtt 13333822  T
Q  101 accac---attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatca 197  Q
    |||||   ||||||| ||| | |||||| ||||||| |  | |   |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |   ||||||||    
T  13333821 accaccaaattcaagcctgaagcaacttgttcctgacaccactaaggctaaatcattgacaaggtcgtgcataacaaatttttct---tttccatcatca 13333725  T
Q  198 tttgattgttgaatt 212  Q
    |||||||||||||||    
T  13333724 tttgattgttgaatt 13333710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 58; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 8 - 180
Target Start/End: Original strand, 11159073 - 11159248
Alignment:
Q  8 caagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgttaccac-- 105  Q
    |||||||||||| ||||||||| | ||||||||| | | |||||||| |||||||||| |||||||  ||||||||| ||| || ||| | | |||||      
T  11159073 caagcatttgaatttgtagaaaattttaaacttcttcacaatgtcatactcttcttgactatatgagcaatgacgaacattcttggaggtatcaccacca 11159172  T
Q  106 -attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaactttt 180  Q
     ||||||  ||  ||||| |||| || |||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  11159173 aattcaaccctataacaagttttcccagatacgattgtagctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaactttt 11159248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 13172048 - 13171837
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||| |  || ||||||| |||||| ||| |  | | |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  13172048 agctccgcaaccatttgaaatcgtagagaacctcaaacttcttgaaaaagtcgtaatatccttgattatatgacaaatgacgtacatttttagacatgtt 13171949  T
Q  101 ---accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatca 197  Q
       |||||||||||| ||| | |||||| ||||||| |  | |   |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||   |   ||||||||    
T  13171948 accaccacattcaagcctgaagcaacttgttcctgacaccactaaggctaaatcattgacaaggtcatgcataacaaatttttct---tttccatcatca 13171852  T
Q  198 tttgattgttgaatt 212  Q
    |||||||||||||||    
T  13171851 tttgattgttgaatt 13171837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 175
Target Start/End: Original strand, 11245673 - 11245847
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||| | ||| ||||||| ||| |||||||| |||||   ||||||||||||||||||||  ||||| |||| | |     
T  11245673 agcttctcaagcatttgaatttgtagagaatctgaaacttcttgacaatgtcatactctt---gattatatgacaaatgacgaccattttcagagttatc 11245769  T
Q  101 accac---attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaa 175  Q
    ||| |   ||| |||  ||  ||||||||||||||||| || | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11245770 accgccaaatttaagcttgtgacaactttttcctgatacgactatagctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaa 11245847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 8 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 10890319 - 10890149
Alignment:
Q  8 caagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgttaccac-- 105  Q
    |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||  ||| | |||||| || |||||||||||||||  ||||||||| |||||| | |  || |||||      
T  10890319 caagaatttgaacttgtagaaaatcttaaactttttgacagtgtcatacttttcttgattatatgagcaatgacgaacatttttgggggcgtcaccacca 10890220  T
Q  106 -attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaa 175  Q
     ||||||  ||  ||||| ||||||| |||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10890219 aattcaaccctataacaagtttttccagatacgattgtagctaaatcattaacaaggtcatgcatgacaaa 10890149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 35 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 13290648 - 13290471
Alignment:
Q  35 aaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt---accacattcaagtctgcaacaactttttcct 131  Q
    ||||||| ||| || ||||| | || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||   |||||||||||| ||| | |||||| |||||    
T  13290648 aaacttcttgagaaagtcatacactccttgattatatgaaaaatgacgaacatttttagacatgttaccaccacattcaagcctgaagcaacttgttcct 13290549  T
Q  132 gatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcatttgattgttgaatt 212  Q
    || |  | |   |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |   |||||||||||||||||||||||    
T  13290548 gacaccactaaggctaaatcattgacaaggtcgtgcataacaaatttttct---tttccatcatcatttgattgttgaatt 13290471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 184
Target Start/End: Original strand, 11147910 - 11148089
Alignment:
Q  8 caagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgttaccac-- 105  Q
    |||||||||||  |||| ||||  |||||||||| ||  |||||||| ||  |||||||| |||||  ||||||||| ||| || ||   || |||||      
T  11147910 caagcatttgagtttgtggaaaagcttaaacttcttggcaatgtcatactgctcttgattgtatgagcaatgacgaacattcttggaagcgtcaccacca 11148009  T
Q  106 -attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctcc 184  Q
     ||||||  ||| ||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||| ||||  || |||||||||||| |||||||    
T  11148010 aattcaaccctgtaacaactttttccagatacgagtgtagctaactcattaacaaaatcgtgcatgacaaacctttctcc 11148089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 118; Significance: 2e-60; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 26907911 - 26907703
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||  |||| ||   |||     
T  26907911 agcttcgcaagcatttgaaactgtagaaaggcttaaacttcgtgaaatggtcatactcttcttgattatatgaaacatgacgaaccttttcag---tgtc 26907815  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  26907814 accacattcaaacctgcaacaactttttccagatacgattgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttccccacgagcatcatcattt 26907715  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
    ||||||||||||    
T  26907714 gattgttgaatt 26907703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 104; Significance: 5e-52; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 5e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 17851975 - 17852186
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||| |||| ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||     
T  17851975 agcttcgcaggcgtttgaaattgtataaattcttaaacttcatgaagatatcatactctccttgattgtatgacaaatgacggatattttcagagatgtc 17852074  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||| |||| || ||||||||| || | ||||||| | ||||||| ||||||||   |||||| ||||||||||    
T  17852075 accacattcaaacctgcaacaactttttccagatacgactgtagctaagtcgtagacaaggccgtgcatgaaaaactttttctcatgagaatcatcattt 17852174  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
    | ||||||||||    
T  17852175 gtttgttgaatt 17852186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 56654 - 56865
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||||||||||||||  |  ||||| |||||||| || ||||||| ||||| |  |||||     
T  56654 agcttcgcaaacatttaaaattgtgtaatttctcaaacttcatgaaaatgtcatagtactcttggttatatgagaagtgacgaacattttcaaggatgtc 56753  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||  ||    
T  56754 accacattcaagcctgcaacaactttttcctgatacgaatgtagctaaatcattgataaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgctt 56853  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  56854 aattgttgaatt 56865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 57463 - 57674
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||| ||||| |||||||  || |||| ||||||||||||||||||||  |  ||||| |||||||| || ||||||| ||||| |  |||||     
T  57463 agcttcgcaaacatttaaaattgtgtaatttctcaaacttcatgaaaatgtcatagtactcttggttatatgagaagtgacgaacattttcaaggatgtc 57562  T
Q  101 accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatcattt 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||  ||    
T  57563 accacattcaagcctgcaacaactttttcctgatacgaatgtagctaaatcattgaaaaggtcatgcatgacaaatttttccccacgatcatcatcgctt 57662  T
Q  201 gattgttgaatt 212  Q
     |||||||||||    
T  57663 aattgttgaatt 57674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 2e-32; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 178
Target Start/End: Original strand, 31678782 - 31678962
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||  || ||| | | ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || | ||||| |||||||||    
T  31678782 agcttcgcaagcatttgaaatcataaaaaatttcaaacttcttgaaaatgtcatactcttcttggttatatgaaaaatggcggacattttcagagatgtt 31678881  T
Q  101 ---accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaactt 178  Q
       ||||  |||| | ||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  31678882 gccaccatgttcacgcctgcaacaactttttccagatacaattgtagctaaatcattgacaagatcatgcatgagaaactt 31678962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 59; Significance: 4e-25; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 144991 - 145202
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |  || ||||||| |||||| ||| |  ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  144991 agcttcgcaagcacttgaaatcgtagagaacctcaaacttcttgaaaaagtcgtaatctccttgattatatgaaaaatgacgaacatttttagacatgtt 145090  T
Q  101 accac---attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatca 197  Q
    |||||   ||||||| ||| | |||||| ||||||| |  | |   |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |   ||||||||    
T  145091 accaccaaattcaagcctgaagcaacttgttcctgacaccactaaggctaaatcattgacaaggtcgtgcataacaaatttttct---tttccatcatca 145187  T
Q  198 tttgattgttgaatt 212  Q
    |||||||||||||||    
T  145188 tttgattgttgaatt 145202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 153296 - 153507
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||| |  || ||||||| |||||| ||| |  ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  153296 agcttcgcaagcacttgaaatcgtagagaacctcaaacttcttgaaaaagtcgtaatctccttgattatatgaaaaatgacgaacatttttagacatgtt 153395  T
Q  101 accac---attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatca 197  Q
    |||||   ||||||| ||| | |||||| ||||||| |  | |   |||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||   |   ||||||||    
T  153396 accaccaaattcaagcctgaagcaacttgttcctgacaccactaaggctaaatcattgacaaggtcgtgcataacaaatttttct---tttccatcatca 153492  T
Q  198 tttgattgttgaatt 212  Q
    |||||||||||||||    
T  153493 tttgattgttgaatt 153507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 9e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 134940 - 135151
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||| ||||| |||||||||| ||||| |  || ||||||| |||||| ||| |  | | |||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||    
T  134940 agctccgcaaccatttgaaatcgtagagaacctcaaacttcttgaaaaagtcgtaatatccttgattatatgacaaatgacgtacatttttagacatgtt 135039  T
Q  101 ---accacattcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatca 197  Q
       |||||||||||| ||| | |||||| ||||||| |  | |   |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||   |   ||||||||    
T  135040 accaccacattcaagcctgaagcaacttgttcctgacaccactaaggctaaatcattgacaaggtcatgcataacaaatttttct---tttccatcatca 135136  T
Q  198 tttgattgttgaatt 212  Q
    |||||||||||||||    
T  135137 tttgattgttgaatt 135151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 49; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Complemental strand, 29837660 - 29837446
Alignment:
Q  1 agcttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgtt 100  Q
    |||||||||||  |||||||| || |||| ||| | ||||  |  |||||||||||| |||  | |||||||| |||| ||||| |||| ||||||| ||    
T  29837660 agcttcgcaagactttgaaatcgtggaaaatctcacacttgctagaaatgtcatgcttttcacggttatatgataaataacgaacatttctagagatttt 29837561  T
Q  101 accac---attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatca 197  Q
    ||| |   ||| ||| |  ||||||||| ||||||||| |||||  ||||| ||| ||| | |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||    
T  29837560 acctccatatttaaggcaacaacaacttgttcctgatacgaatgccgctaagtcactgatacggtcatgcatgacaaatttttctccatcagtatcatca 29837461  T
Q  198 tttgattgttgaatt 212  Q
    | || ||||||||||    
T  29837460 tatgcttgttgaatt 29837446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 3 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 826920 - 826724
Alignment:
Q  3 cttcgcaagcatttgaaattgtagaaattcttaaacttcatgaaaatgtcatgctcttcttgattatatgacaaatgacgaatatttttagagatgttac 102  Q
    |||||||||| ||||||||  |||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||  ||| || |||||||||  |||    
T  826920 cttcgcaagcttttgaaatcatagaaagtctcaaacttcttgaaaatgtcatactcctcttgattgtatgaaaaatggtgaacatctttagagattctac 826821  T
Q  103 cac---attcaagtctgcaacaactttttcctgatatgaatgtagctaaatcattgacaaggtcatgcatgacaaacttttctccatgagcatcatc 196  Q
    |||   ||||||   |||||||| |||| || ||||  | ||| |||| ||||| ||||||||| |||| ||||||   ||||| || |||||||||    
T  826820 caccaaattcaaacttgcaacaatttttcccggatacaattgttgctagatcatagacaaggtcgtgcaagacaaatacttctctatcagcatcatc 826724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0267 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000007; HSPs: 1)
Name: scaffold0267
Description:

Target: scaffold0267; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 140 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 19340 - 19311
Alignment:
Q  140 tgtagctaaatcattgacaaggtcatgcat 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19340 tgtagctaaatcattgacaaggtcatgcat 19311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 936 times since January 2019
Visitors: 2569