View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0304_1D_low_2 (Length: 867)

Name: NF0304_1D_low_2
Description: NF0304_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0304_1D_low_2
NF0304_1D_low_2
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-785)||(3809183-3809965)
chr4 (55-829)||(3919875-3920646)
chr4 (1-829)||(3816767-3817589)
chr4 (1-818)||(3986164-3986977)
chr4 (49-732)||(3800804-3801482)
chr4 (55-785)||(4024454-4025175)
chr4 (55-834)||(3933094-3933867)
chr4 (49-785)||(4009212-4009945)
chr4 (49-731)||(3955723-3956396)
chr4 (49-785)||(4217856-4218592)
chr4 (49-785)||(4001522-4002248)
chr4 (133-529)||(4018017-4018413)
chr4 (55-529)||(3963695-3964166)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (10-785)||(13397124-13397899)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (55-227)||(7074733-7074905)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 609; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 609; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 785
Target Start/End: Original strand, 3809183 - 3809965
Alignment:
Q  1 gaaaggcacatttttaaccaacatgacaaatattaatctaaaaatgacatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattcc 100  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3809183 gaaaggcacctttttaac-aacatgacaaatgtta-tctaaaaatgacatactttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattcc 3809280  T
Q  101 ataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  3809281 ataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatattc 3809380  T
Q  201 agaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3809381 agaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccact 3809480  T
Q  301 ttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaactt 400  Q
     ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809481 ctcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaactt 3809580  T
Q  401 cttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatt 500  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  3809581 cttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttattttttccacgaagcatattagccaaaactttaagaactaatggaat 3809680  T
Q  501 tcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgct 600  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||    
T  3809681 tcctttggcatattcggtcaccctctttgatacatcacaaaactgatcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagttct 3809780  T
Q  601 tcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaacttcattatcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactat 700  Q
    ||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  3809781 tcagtaggacccaataccccaacctcaaacagatcatctttatcaacttcattagcaataagtacttgcttatctctggctgttaaaattattctactat 3809880  T
Q  701 ccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgatctctacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcat 785  Q
    |  || |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3809881 catattgaaaccaatcacaacttccaaataatttttccagctgatctgtacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcat 3809965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 441; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 829
Target Start/End: Complemental strand, 3920646 - 3919875
Alignment:
Q  55 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3920646 tttaccttgtcatttttcaatacatcacaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 3920547  T
Q  155 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |    
T  3920546 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaagctttctaacccaccagccacgta 3920447  T
Q  255 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 354  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3920446 attatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct 3920347  T
Q  355 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 454  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  3920346 aaacgatcaagatcatcataactgagtttcactacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgt 3920247  T
Q  455 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatcaacttc 554  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||| |  ||   || | |||    
T  3920246 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtac---tccatttc 3920150  T
Q  555 aagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaacttcatta 654  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||| | |||||||||||||    
T  3920149 aggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctcatatagaccatcatgatcaacttcatta 3920050  T
Q  655 tcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactatccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgatctctaccct 754  Q
        | || | ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||| |  |||    
T  3920049 gtccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatctcgagctgatctgtctcct 3919950  T
Q  755 tgacgtcatcaagaacgataagaaccttcatttgaccgattcgtctcttaacatcattggacaattctttcacag 829  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||  | |  || |||||||| | ||||  |||||||||||||||||    
T  3919949 tgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatccgtctctttatatcaccggacaattctttcacag 3919875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 829
Target Start/End: Original strand, 3816767 - 3817589
Alignment:
Q  1 gaaaggcacatttttaaccaacatgacaaatattaatctaaaaatgacatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattcc 100  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  3816767 gaaaggcacatttttaatcgacatgacaaatattaatctaaaaatgacatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatcaggattcc 3816866  T
Q  101 ataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttt 200  Q
    ||||||||||||||||| || |||   | ||||||||||| ||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3816867 ataatcgactgcgttttccaaggt---cactagattcttgccgaacaatctcccaacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttc 3816963  T
Q  201 agaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaat 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||  |||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| ||| |    
T  3816964 agaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgtaattatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccact 3817063  T
Q  301 ttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaactt 400  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | | || |||||    
T  3817064 ttcaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattgcatcataaactt 3817163  T
Q  401 cttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatt 500  Q
     |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |    
T  3817164 tttgaactggcagtcttctaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagctaaaaccttaagaactaacggaat 3817263  T
Q  501 tcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgct 600  Q
     ||||||||||||| || ||| ||||||| ||  ||| |  ||   || | |||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||    
T  3817264 ccctttggcataattgaccacactctttgatagctcatagtac---tccatttcaagatgactttgtttaaaggcattcgaattgaaaagcacaagtgct 3817360  T
Q  601 tcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaacttcattatcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || |||||||||||||   | || | ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||    
T  3817361 tcactagaatccaataccccaacctcatatatatcatcatcttcaacttcattattccttagtacttgcttatctctggatgttagaattattctactat 3817460  T
Q  701 ccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgatctctacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcatttgaccgattcgtct 800  Q
    | ||| ||||||||||| |||||||||||||| | || ||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  | |  || |||||    
T  3817461 cagattgaaaccaatcaagagttccaaataacatctcgagctgatctgtctccttgacatcatcaagaacgataagaaccttcatgcggctaatccgtct 3817560  T
Q  801 cttaacatcattggacaattctttcacag 829  Q
    ||| | ||||  |||||||||||||||||    
T  3817561 ctttatatcaccggacaattctttcacag 3817589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 408; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 818
Target Start/End: Original strand, 3986164 - 3986977
Alignment:
Q  1 gaaaggcacatttttaaccaacatgacaaatattaatctaaaaatgacatattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattcc 100  Q
    ||||| |||||||| |||||| || |||||| ||| | |||| |||  ||||||| ||||||||||||||| || |||||  ||||||||||  ||| ||    
T  3986164 gaaagacacattttaaaccaaaataacaaatgtta-tgtaaagatgctatattttataccttgtcattttttaagacatcgcaaatttcatcatgatccc 3986262  T
Q  101 ataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatcttt 200  Q
    |||||||||||||||| |  |||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3986263 ataatcgactgcgtttgtttgggtattcactagattcttggcgaacaacctcccgacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttc 3986362  T
Q  201 agaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaat 300  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||  | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| |    
T  3986363 agaaatagttatgagagctttatctttcaacctttctatcccaacagccactgaattatcaccttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccact 3986462  T
Q  301 ttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaactt 400  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||| ||| | || |||||    
T  3986463 ttcaaactcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctctaaacgatcaagatcatcgtaactgagtttcactacatcatgaactt 3986562  T
Q  401 cttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatt 500  Q
     || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3986563 ttttaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttgttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatt 3986662  T
Q  501 tcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgct 600  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| ||  |||  ||||   |||  |||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||     
T  3986663 tcctttggcataattgaccaccctctttgatatttcatcaaac---tcagtttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagtgcaagtgca 3986759  T
Q  601 tcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaacttcattatcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactat 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| || |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||  |||||| ||||||||||||||    
T  3986760 tcactagaatccaataccccaacctcatatcgatcatcatcgtcaacttcattatcaaaaagtacttgcttatctctggctgttagaattattctactat 3986859  T
Q  701 ccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgatctctacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcatttgaccgattcgtct 800  Q
    | ||| ||||||| ||| ||||| | |||||| | || |||||||||    |||| || |||||||||| |||||||||||||||  | || ||||||||    
T  3986860 ctgattgaaaccagtcaagagtttcgaataacatctctagctgatcttcgtccttaacatcatcaagaatgataagaaccttcatgcgtccaattcgtct 3986959  T
Q  801 cttaacatcattggacaa 818  Q
    || || |||| |||||||    
T  3986960 ctcaatatcactggacaa 3986977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 732
Target Start/End: Original strand, 3800804 - 3801482
Alignment:
Q  49 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||| ||||||  |||||| ||||  ||||| ||| ||| ||||||||||||| |    
T  3800804 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggatcccataaatgactgcattttctagggtcttcactatattcttggcgaacaa 3800903  T
Q  149 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 248  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||    
T  3800904 cctcccgacccatttctcatagaatgtcatgcatagatataacattatcg--agaaatagttataagagctttatcttttaacctttctaacccaacagc 3801001  T
Q  249 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 348  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||| ||||| | | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3801002 cactgaattatcactttcacaatctttcagtaaaattttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 3801101  T
Q  349 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 448  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3801102 ttctctaaatgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcatgaacttcttgaattggcagtcttttaagtttgtctagcagactttcccatactt 3801201  T
Q  449 ctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatc 548  Q
    ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||  ||| |  ||   ||    
T  3801202 ctttacattttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctttgatagctcatagtac---tc 3801298  T
Q  549 aacttcaagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaact 648  Q
     | |||| ||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||    
T  3801299 catttcaggatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatatagatcatcgtcatacact 3801398  T
Q  649 tcattatcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactatccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataac 732  Q
    ||||||  |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  3801399 tcattaggaataagtacttgcttatctctacttgttacaattattctactatcagattgaaaccaatcaagagttccaaataac 3801482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 785
Target Start/End: Original strand, 4024454 - 4025175
Alignment:
Q  55 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 154  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||  ||| |||||||||||||||||||  ||||| | | ||||||||||||||||| |||||||    
T  4024454 tttaccttgtcattttccaatacatcacaaatgtcatcatgatcccataatcgactgcgttttctagggtctgcactagattcttggcgaacaacctccc 4024553  T
Q  155 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 254  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  4024554 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataatattatcttcagaaatagttataagagctttatctctcaacctttctaaaccaacagccactga 4024653  T
Q  255 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 354  Q
    |||||| || | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4024654 attatcgctttcacaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatactttttctct 4024753  T
Q  355 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 454  Q
    ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4024754 aaacgatcaagatcatcataacttagtctcattacatcatgaactttttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttat 4024853  T
Q  455 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatcaacttc 554  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  ||   ||| |   |   |||    
T  4024854 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgatagctc---aaagtacaccgtttc 4024950  T
Q  555 aagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaacttcatta 654  Q
    ||||| || ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |      | | |||||||||||||    
T  4024951 aagatgacgttgtttaaatgcattcaagttgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatata------catgatcaacttcatta 4025044  T
Q  655 tcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactatccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgatctctaccct 754  Q
      |||||| | |||| | ||||||  ||| |||||||| |||||||| ||| ||| ||||||| | |||||||||||| | || | |||| ||    |||    
T  4025045 caaataagtacttgcatgtctctagttgtgacaattatcctactatcagatagaagccaatcaagtgttccaaataacatctctatctgaccttcttcct 4025144  T
Q  755 tgacgtcatcaagaacgataagaaccttcat 785  Q
    | |||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  4025145 taacgtcatcaagaacaataaggaccttcat 4025175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 834
Target Start/End: Complemental strand, 3933867 - 3933094
Alignment:
Q  55 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||   || |||||||||||||| |||| || |||   | ||||||||||| ||||| |||||||    
T  3933867 tttaccttgtcatttttcaatacatcaaaaatgtcatcaacatcccataatcgactgcattttccaaggt---cactagattcttgccgaacaacctccc 3933771  T
Q  155 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 254  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||  |    
T  3933770 aacccatttcttgaagaatgtcatgcatagatataacattatcttcagaaatagttataagagctttatctttcaacgtttctaacccaccagccacgta 3933671  T
Q  255 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 354  Q
    ||||||||| | | |||||||||||||| || | |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  3933670 attatcactatcacaatctttcaataaatgtttcatgtaatccaattccaaatccaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttttgctct 3933571  T
Q  355 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 454  Q
    ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| | || ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      
T  3933570 aaacgatcaagatcatcataactaagcctcattacatcatgaacttttggaattggcagtcttttaagtttgtctagcttactttcccatacttctttac 3933471  T
Q  455 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatcaacttc 554  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| || ||  ||| |  ||   || | |||    
T  3933470 attttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggaactcctttggcatattcgatcaccctctctgatagctcatagtac---tccatttc 3933374  T
Q  555 aagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaacttcatta 654  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| | ||||||||||||     
T  3933373 aagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccctaacctcacatagatcatcattatcaacttcattg 3933274  T
Q  655 tcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactatccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgatctctaccct 754  Q
      || ||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||| | || ||| ||||| |  | |    
T  3933273 gtaacaagcacttgcttatttctactggttacaattattctactatctaatcgaaaccaatcaagagatccaaataacatctctagcagatctgtttcat 3933174  T
Q  755 tgacgtcatcaagaacgataagaaccttcatttgaccgattcgtctcttaacatcattggacaattctttcacaggttct 834  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||  | ||||| ||||||| || | || ||||||||||||| |||| ||||    
T  3933173 tgacatcatcaagaacaataagaactttcatgcggccgatccgtctctcaataccactggacaattctttaacagattct 3933094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 49 - 785
Target Start/End: Original strand, 4009212 - 4009945
Alignment:
Q  49 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 148  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||   ||| |||| ||||| | |||||| ||||  ||| | ||| ||||||||||  ||||| |    
T  4009212 atatattttaccttgtcgtttttcaatacatcatagataatatcaggatcccatagttgactgcattttataggatcttcactagattcttaacgaacaa 4009311  T
Q  149 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||  |||    
T  4009312 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatattacattatcttcagaaattgttataagagctttatcttttaacctttctaacccaatagc 4009411  T
Q  249 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 348  Q
    ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| | ||| || ||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4009412 cactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgcaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 4009511  T
Q  349 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 448  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |  | || || || |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  4009512 tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaatttttttattcggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattctt 4009611  T
Q  449 ctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatc 548  Q
    | || | |||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||  |||||| || |||| |  ||   ||    
T  4009612 ccttgtcttttccacgaagtagatgagccaaaacttcaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccactttctttgatagatcatagtac---tc 4009708  T
Q  549 aacttcaagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaact 648  Q
     | |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||    
T  4009709 catttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctgatatagatcatcatcttcaact 4009808  T
Q  649 tcattatcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactatccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgatctc 748  Q
    |||||| ||||||| | |||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| | || |||||| ||     
T  4009809 tcattagcaataagtacttgcttatctctagttgttaaaattattctactatcggatcgaaaccaatcaagagttctaaataacatctctagctgacctt 4009908  T
Q  749 tacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcat 785  Q
       |||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  4009909 cttccttaacatcatcaagaacaataagaaccttcat 4009945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 49 - 731
Target Start/End: Complemental strand, 3956396 - 3955723
Alignment:
Q  49 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| |||||  |||||||||||| ||||  ||||| ||| || |||||||||||||| |    
T  3956396 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcatagataatatcaggattggataatcgactgcattttctagggtcttcactggattcttggcgaacaa 3956297  T
Q  149 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||| |||||||| ||| ||||    
T  3956296 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatggatataacattatcttcagaaattgttataagagatttatctttcaacctttctaaaccaacagc 3956197  T
Q  249 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 348  Q
    ||||| ||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3956196 cactgcattatcactttcaaaatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaacctcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 3956097  T
Q  349 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 448  Q
    | ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |  | || || || |  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  3956096 tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagcctcattacatcttgaaattttttatttggcagtcttttaagtttgtccagctgactttcccattctt 3955997  T
Q  449 ctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatc 548  Q
    | || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  |  ||| |  ||   ||    
T  3955996 ccttgtcttttccacgaagcagatgagccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgatcaccttctttgaaagctcatagtac---tc 3955900  T
Q  549 aacttcaagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaact 648  Q
     | |||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||| ||| || ||||||||| ||||| | |      |||||||||    
T  3955899 catttcaagatgactttgattaaaggcattcaaattgaaaagctcaagtgcttcgctataattcagtaccccaacttcatatata------tcatcaact 3955806  T
Q  649 tcattatcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactatccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataa 731  Q
    ||||||  |||||| | |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3955805 tcattagtaataagtacttgcttgtctctaattgttacaattattctactatcagatcgaaaccaatcaagagttccaaataa 3955723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 49 - 785
Target Start/End: Original strand, 4217856 - 4218592
Alignment:
Q  49 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 148  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||   |||| ||||| |||| |||||| |||||  ||||   ||||| ||   |||||||| ||||||| |    
T  4217856 atattttttaccttgtcattttccaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgactttgtttactagggtctttaatagattctaggcgaacaa 4217955  T
Q  149 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 248  Q
    ||||||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| | ||    
T  4217956 cctcccgacccatcttttgttgaaagtcatgcatagatattacattatcttcagaaatagtaataagagctttatctttcaacctttctaacccaacggc 4218055  T
Q  249 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 348  Q
    ||||||||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4218056 cactgaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtaatccactttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 4218155  T
Q  349 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 448  Q
    | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||  ||||| ||||| |||    ||||   ||    
T  4218156 tgctctaagagatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaatttcttgaattggcactttttccagtttttctagttgataaacccacgttt 4218255  T
Q  449 ctttctt---ttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactg 545  Q
      || ||   ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||| || |||  |  ||      
T  4218256 tcttattatgttttccacgaaacatatgacccaaaactttaagaactaatggaattcctttggcataatcgaccaccttctttgatagatcgtagtac-- 4218353  T
Q  546 atcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatca 645  Q
     | || |||||||| ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||| ||||| | |||||| ||||||    
T  4218354 -ttaatttcaagatgactttctttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcatcgctagaattcaataccccaacttcatatacatcatcatcatca 4218452  T
Q  646 acttcattatcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactatccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgat 745  Q
    ||||||||| ||||||| | |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | || ||| ||     
T  4218453 acttcattagcaataagtacttgcttatctctagatgttacaatgattctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctagcagac 4218552  T
Q  746 ctctacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcat 785  Q
    ||    |||| |  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  4218553 cttcttccttaatatcatcaagaacaataagaaccttcat 4218592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 49 - 785
Target Start/End: Original strand, 4001522 - 4002248
Alignment:
Q  49 atattttttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaacta 148  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||| |||| |||||| ||||| |||||   ||||| ||| ||||||||||||||||| |    
T  4001522 atattttttaccttgtcatttttcaatacatagcaaatgtcatcaggatcccataaccgacttcgtttactagggtcttcactagattcttggcgaacaa 4001621  T
Q  149 cctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagc 248  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| || |    
T  4001622 cctcccgacccatttcttgtaaaatgtcatgcatagatacaacattatatttcgaaatagttataagagctttatctttcaacctttctaaaccaacaac 4001721  T
Q  249 cactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttc 348  Q
    ||||||||| ||||| | ||  ||| | |||| | || | |||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4001722 cactgaattgtcactttcag--tctcttaatagatgtttcatgtaatccactttcaaattcaacccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttt 4001819  T
Q  349 ttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatactt 448  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||| || |  ||| ||| |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  4001820 tgctctaaacgatcaagatcatcataactgagtctcattacatcataaacttttttacttggaagttttttaagtttatcaagctgactttcccatactt 4001919  T
Q  449 ctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatc 548  Q
    | ||   |||||||||||| | ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||| |||||  | | ||||||||||| ||  ||| |  ||   ||    
T  4001920 ccttaacttttccacgaagtaaatgagccaaaactttaacacctaatggaattccttttgcatacgcaaccaccctctttgatagctcatagtac---tc 4002016  T
Q  549 aacttcaagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgcttcactagaatccaataccccaacctcatacagatcatcctcatcaact 648  Q
     | |||||||| ||||||||||||||||||||  |  |||||| ||||||| |||||||  | ||| |||||||| ||||| | ||||     |||||||    
T  4002017 catttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaatgaaaaagctcaagtgcctcactaggtttcaacaccccaacttcatatatatca-----atcaact 4002111  T
Q  649 tcattatcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactatccgatcgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgatctc 748  Q
    ||||||  |||||| | |||||| ||||||   ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| | || |  ||| ||     
T  4002112 tcattagtaataagtacttgcttgtctctagtcgttacaattatcctactatcggatcgaaaccaatcaagagttccaaataacatctctatttgacctt 4002211  T
Q  749 tacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcat 785  Q
       |||| || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  4002212 cttccttaacatcatcaagaacaataagaaccttcat 4002248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 133 - 529
Target Start/End: Original strand, 4018017 - 4018413
Alignment:
Q  133 gattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagc 232  Q
    |||||||||||||| |  |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| |||||||| |    
T  4018017 gattcttggcgaacaatttccctacccatttcttgtataatgtcatgcatggatataacattatctttagaaaaagatataagacctttatctttcaacc 4018116  T
Q  233 tttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaat 332  Q
    |||||||||||   || |||||||||||||| | |||||||||||| |||| | |||||||  ||| |||||||||  | |||||||| ||||||||||     
T  4018117 tttctaacccactggctactgaattatcactttcagaatctttcaacaaaaattttatgtagtccactttcaaatttgatccattgaaaaaacatgcaag 4018216  T
Q  333 atctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagc 432  Q
    |||| |||||  ||| ||||||    |||| |||||||||||||| | |||| |||| |  | ||||| || |  ||||| | ||||||| ||||||||     
T  4018217 atctgaaaaaatctttttctctttgcgatccagatcatcataactcaatctcgttacatcttgaacttttttacttggcatttttttaagcttgtctagt 4018316  T
Q  433 tgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttg 529  Q
    |||||||||||||||   || | |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| || |||||||||||    
T  4018317 tgactttcccatactagcttatcttttccgcgaagaagatgagccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattgaccaccctctttg 4018413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 55 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 3964166 - 3963695
Alignment:
Q  55 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 154  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   || |||||||||||| ||  || |||||| | | || |||||||||||||| | |||||    
T  3964166 tttaccttgtcattttttaatacttcataaatgtcatc---atcccataatcgactacggcttccagggtctccacttgattcttggcgaacaatctccc 3964070  T
Q  155 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactga 254  Q
     |||||| ||||||| |||  ||||||||||||||||||||| |||||||| ||  | |||| |||| |||||||| ||||||||||||   || |||||    
T  3964069 tacccatgtcttgtataattccatgcatagatataacattatgtttagaaacagaaacaagatctttatctttcaacctttctaacccactggctactga 3963970  T
Q  255 attatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaattcaacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctct 354  Q
    ||||||||| | |||||||||| | || ||| ||| |||  ||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| | ||||    
T  3963969 attatcactttcagaatctttccacaatagttttaggtagtccactttcaaattcgacccattgaaaaaacatgcaatatctaaaaaaatcttttgctct 3963870  T
Q  355 aaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaactggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttct 454  Q
        |||| |||||||||||||| | ||||||||| |  | ||||| || |  ||||| | || |||| |||||||| |||||||||||||||   || |    
T  3963869 tcgcgatctagatcatcataactcaatctcattacatcttgaacttttttacttggcatttttctaagcttgtctagttgactttcccatactagcttat 3963770  T
Q  455 tttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttggcataatcgatcaccctctttg 529  Q
     |||||| || |  | ||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  | |||||||||||    
T  3963769 cttttccgcggacaagatgcgccaaaactttaagaactaatggaatgcctttggcataattcaccaccctctttg 3963695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 388; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 388; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 785
Target Start/End: Original strand, 13397124 - 13397899
Alignment:
Q  10 atttttaaccaacatgacaaatattaatctaaaaatgacatatttt-ttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcga 108  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||| ||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||   ||| |||| ||||||||||    
T  13397124 attttttaccaaaatgacaaatgtta-tctaaaattgccaaatttttttaccttgtcatttttcaatacatcgtagataatatcaggatcccataatcga 13397222  T
Q  109 ctgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctcccgacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatag 208  Q
    |||| ||||  ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13397223 ctgcattttctagggtcttcactagattcttggcgaacaacctcgcgacccatttcctgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatag 13397322  T
Q  209 ttataagagctttgtctttcaagctttctaacccagcagccactgaattatcactgttagaatctttcaataaaagtgttatgtaacccaatttcaaatt 308  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| || ||||||||||| | | ||||||||||||||||| | |||||  ||| ||||||| |    
T  13397323 ttataagagctttatctttcaacctttctaacccaatagctacagaattatcactttcataatctttcaataaaagtttcatgtactccactttcaaact 13397422  T
Q  309 caacccattgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttcttctctaaaggatcaagatcatcataactgagtctcattactttatcaacttcttgaact 408  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| | || ||||| ||||| |    
T  13397423 catcccgttgaagaaacatgcaatatctaaaaaatacttctgctctaaacgatcaagatcatcaaaactgagtctcattacatcatgaactttttgaatt 13397522  T
Q  409 ggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatacttctttcttttttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatggatttcctttgg 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  13397523 ggcagtcttttaagtttgtctagctgactttcccatagttctttattctttccacgaagcatatgagccaaaactttaagaactaatgggattcctttgg 13397622  T
Q  509 cataatcgatcaccctctttgctaaatcacaaaactgatcaacttcaagatcactttgtttaaaggcattcatgttgaaaagcgcaagtgcttcactaga 608  Q
    ||||||||| ||||||||||| || |||| |||||   ||   |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  13397623 cataatcgaccaccctctttgatacatcataaaac---tcgttttcaagatgactttgtttaaaggcattcaaattgaaaagcgcaagtgcttcactaga 13397719  T
Q  609 atccaataccccaacctcataca---gatcatcctcatcaacttcattatcaataagcaattgcttatctctacctgttacaattattctactatccgat 705  Q
    ||||||||||| ||||||||| |    |||||| ||| ||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||   ||||| ||||||||||||||| |||    
T  13397720 atccaataccctaacctcatataaagcatcatcatcaacaacttcattagcaataagtacttgcttatccctggttgttataattattctactatcagat 13397819  T
Q  706 cgaaaccaatcacgagttccaaataacttttccagctgatctctacccttgacgtcatcaagaacgataagaaccttcat 785  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||    || | || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  13397820 cgaaaccaatcaagagttccaaataacatctccagctgaccttcttccgtaacatcatcaagaacaataagaaccttcat 13397899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000008; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Original strand, 7074733 - 7074905
Alignment:
Q  55 tttaccttgtcatttttcaatacatcataaatttcatctggattccataatcgactgcgtttttcagggtgttctctagattcttggcgaactacctccc 154  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||| | ||| ||| || || ||| |||| | |||   ||||||||||||||| | |||||    
T  7074733 tttaccttgtcatctttcaatacatgataaatgtcatcaggatccaatagtcggcttcggtttccaggttcttcaacagattcttggcgaacaatctccc 7074832  T
Q  155 gacccatttcttgtagaatgtcatgcatagatataacattatctttagaaatagttataagagctttgtcttt 227  Q
     | |  ||||||||| |||||||||||| |||| ||   | | || ||||||||||| ||||||||| |||||    
T  7074833 tagctgtttcttgtataatgtcatgcattgatacaatgctttgttgagaaatagttacaagagctttatcttt 7074905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University