View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0313_low_1 (Length: 472)

Name: NF0313_low_1
Description: NF0313
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0313_low_1
NF0313_low_1
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (60-443)||(29425835-29426204)
chr5 (60-443)||(29567570-29567939)
chr5 (60-201)||(27919178-27919319)
chr5 (60-370)||(29168734-29169041)
chr5 (60-135)||(1758667-1758742)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (60-443)||(25519010-25519381)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (60-443)||(27462585-27462959)
chr4 (63-362)||(18986609-18986894)
chr4 (60-443)||(27482659-27483013)
chr4 (60-192)||(27520779-27520910)
chr4 (279-373)||(27520633-27520727)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (360-405)||(10608354-10608399)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 60 - 443
Target Start/End: Original strand, 29425835 - 29426204
Alignment:
Q  60 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattggcttgactattgtaatcttcaatg 159  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||  |||||||||||||||||     
T  29425835 ctctcttgactcttttgttgctgatgatgaaaaagtcatatctcaggtacatgtcttgaatattcagctgtgattgtcttttctattgtaatcttcaatc 29425934  T
Q  160 tatttggttcttgaattggtgcttacaagttatgctcataaatttataagttttctcttatttatatgtatatcctggttgtacttgcttaattacgtag 259  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||    
T  29425935 tatttggttctttaattggtacttacaagttatgctcataaatttataagttttttcttatttttatgtatatcctagttgtgctttcttaattacgtag 29426034  T
Q  260 gatctgcaacaatttaattgggggttatgggagggtattgcatttgatcatagtttcgcttataatcatagtttgtgtgcaacaattttaacaactcaat 359  Q
    ||||  ||            |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |  || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  29426035 gatc--ca------------ggggttatgggaaggtattgaatttgatcatagttgcatttgtaatcataatttgtgtgcaaaaattttaacaattcaat 29426120  T
Q  360 tatgtaggatctgggatttaggggaaggtatttaatgtttccttgcttgttcacataatttctcttctgtagttaagcaatagt 443  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  29426121 tatgtaggatctgggatttatgggaagtaattgaatgtttccttggttattcacataatttctcttctggggttaagcaatagt 29426204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 60 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 29567939 - 29567570
Alignment:
Q  60 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattggcttgactattgtaatcttcaatg 159  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||  ||||||||||||||||||    
T  29567939 ctctcctgactctcttgttgctgaagatgaaaaagtcatatctcaggtatatgtcttgaatcttggactgtgactgtcttttctattgtaatcttcaatg 29567840  T
Q  160 tatttggttcttgaattggtgcttacaagttatgctcataaatttataagttttctcttatttatatgtatatcctggttgtacttgcttaattacgtag 259  Q
     ||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  29567839 aatttggttctttaattgctacttacaagttatgctcataaagttataagtttttccttattgatatgtatctcctagttgtacttgcttgattatgtag 29567740  T
Q  260 gatctgcaacaatttaattgggggttatgggagggtattgcatttgatcatagtttcgcttataatcatagtttgtgtgcaacaattttaacaactcaat 359  Q
    ||||              | || ||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29567739 gatc--------------taggagttatgggaaggtattgaatttgatcatagttgcacttgtaatcctagtttatgtgcaacaattttaacaactcaat 29567654  T
Q  360 tatgtaggatctgggatttaggggaaggtatttaatgtttccttgcttgttcacataatttctcttctgtagttaagcaatagt 443  Q
    |||||||||| |||||| || | ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29567653 tatgtaggatttgggatatatgagaaggtattgaatgcttcctagcttgttcacataatttctcttccgtagttaagcaatagt 29567570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 60 - 201
Target Start/End: Original strand, 27919178 - 27919319
Alignment:
Q  60 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattggcttgactattgtaatcttcaatg 159  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  27919178 ctctcttgactcttttattactgaagatgaaaaagtcatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattgacttttctattgtaatcttcaatg 27919277  T
Q  160 tatttggttcttgaattggtgcttacaagttatgctcataaa 201  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27919278 tatttggttcttgaattggttcttacaagttatgctcataaa 27919319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 8e-56
Query Start/End: Original strand, 60 - 370
Target Start/End: Original strand, 29168734 - 29169041
Alignment:
Q  60 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattggcttgactattgtaatcttcaatg 159  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||    
T  29168734 ctctcttgactctcttgttgctgaagatgaaaatgtcatatctcaggtatatgtcttgaatcttcgactgtgattgtcttttctattgtaatcttcaatg 29168833  T
Q  160 ta--tttggttcttgaa-------ttggtgcttacaagttatgctcataaatttataag--ttttctcttatttatatgtatatcctggttgtacttgct 248  Q
    ||  |||||||||| ||       ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||||||||| | |||  ||||||     
T  29168834 tacttttggttctttaattgttagttgttacttaaaagttatgctcataaatttataagttttttttcatatttatatgtatatcttagtttcacttgca 29168933  T
Q  249 taattacgtaggatctgcaacaatttaattgggggttatgggagggtattgcatttgatcatagtttcgcttataatcatagtttgtgtgcaacaatttt 348  Q
    |||||| ||||| ||               ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||| |||| |||||||||    
T  29168934 taattatgtagggtc--------------cgggggttatgggaaggtattgaatttgatcatagttgcacttgtaatcatagtttatgtgtaacaatttt 29169019  T
Q  349 aacaactcaattatgtaggatc 370  Q
    ||||||||||||||| ||||||    
T  29169020 aacaactcaattatgcaggatc 29169041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 60 - 135
Target Start/End: Original strand, 1758667 - 1758742
Alignment:
Q  60 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattg 135  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  1758667 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtcatatctcaggtgcatgtcttgaatcttcaactgtgattg 1758742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 60 - 443
Target Start/End: Original strand, 25519010 - 25519381
Alignment:
Q  60 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattggcttgactattgtaatcttcaatg 159  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||    
T  25519010 ctctcttaactcttttgttgctgaagatgaaaaagtcatatctcaggtatatgtcttgaatcttggactgtgattgtcttttctattgtaatcttgaatg 25519109  T
Q  160 tatttggttcttgaattggtgcttacaagttatgctcataaatttataagttttctcttatttatatgtatatcctggttgtacttgcttaattacgtag 259  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||||| ||||    
T  25519110 tatttggttctttaattggtacttacaagttatgctcataaatttatcaattttttcttatttatatgaatatcctagttgcacttacttaattatgtag 25519209  T
Q  260 gatctgcaacaatttaattgggggttatgggagggtattgcatttga--tcatagtttcgcttataatcatagtttgtgtgcaacaattttaacaactca 357  Q
    |||              ||||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  25519210 gat--------------ttgggggttatgggaaggtattgaatttgatctcatagtttcaattgtaatcatagtttatgtgcaacaattttaacagctca 25519295  T
Q  358 attatgtaggatctgggatttaggggaaggtatttaatgtttccttgcttgttcacataatttctcttctgtagttaagcaatagt 443  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  25519296 attatgcaggatctgggatttaagggaaggtattgaatgtttccttgtttgttcacttaatttcttttttgtagttaagcaatagt 25519381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 60 - 443
Target Start/End: Original strand, 27462585 - 27462959
Alignment:
Q  60 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattggcttgactattgtaatcttcaatg 159  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||  ||  ||||||||||||||||||    
T  27462585 ctctcttgactcttttgtttctgaagatgaaaaagtcatatctcaggtacatatcttgaatattcaactgtgattgagttttctattgtaatcttcaatg 27462684  T
Q  160 tatttggttcttgaattggtgcttacaagttatgctcataaatttataagttttctcttatttatatgtatatcctggttgtacttgcttaattacgtag 259  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  27462685 tatttggttctttaattggtacttacaagttatgctcataaatttataagttttttcttgtttttatgtatatcctagttgcacttgcttaattacgtag 27462784  T
Q  260 gatctgcaacaatttaattgggggttatggg-----agggtattgcatttgatcatagtttcgcttataatcatagtttgtgtgcaacaattttaacaac 354  Q
     |||               ||||||||||||     |  |||||| |||||||||||||| |  || |||| ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  27462785 aatc--------------cgggggttatgggaaattaaagtattgaatttgatcatagttgcatttgtaattatagtttatgtgcagcaattttaacaac 27462870  T
Q  355 tcaattatgtaggatctgggatttaggggaaggtatttaatgtttccttgcttgttcacataatttctcttctgtagttaagcaatagt 443  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27462871 tcaattatataggatctgggatttatgggaagttattgaatgtttcgttgcttgttcacataatttctcttctgtagttaagcaatagt 27462959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 63 - 362
Target Start/End: Original strand, 18986609 - 18986894
Alignment:
Q  63 tcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattggcttgactattgtaatcttcaatgtat 162  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||| |||||    
T  18986609 tcttgactcttttgttgctaaagatgaaaaagtcatatctcaggtacatgtcttgaatcttcaactgtgattgtcttttctattgtaatcttcagtgtat 18986708  T
Q  163 ttggttcttgaattggtgcttacaagttatgctcataaatttataagttttctcttatttatatgtatatcctggttgtacttgcttaattacgtaggat 262  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||    
T  18986709 ttggttctttaattggtacttacaagttatactcataaatttataagttttttcttgtttttatgtatatcctagttgcacttgcttaattacgtagaat 18986808  T
Q  263 ctgcaacaatttaattgggggttatgggagggtattgcatttgatcatagtttcgcttataatcatagtttgtgtgcaacaattttaacaactcaattat 362  Q
    |               ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |  || |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  18986809 c--------------cgggggttatgggaaggtattgaatttgatcatagttgcatttctaatcatagtttatgtgcagcaattttaacaactcaattat 18986894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 60 - 443
Target Start/End: Original strand, 27482659 - 27483013
Alignment:
Q  60 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattggcttgactattgtaatcttcaatg 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||  ||  ||||||||||||||||||    
T  27482659 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtcatatctcaggtacatatcttgaatctttaacggtgattgtgttttctattgtaatcttcaatg 27482758  T
Q  160 tatttggttcttgaattggtgcttacaagttatgctcataaatttataagttttctcttatttatatgtatatcctggttgtacttgcttaattacgtag 259  Q
    |||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||| | ||   ||||| ||||||||||||    
T  27482759 tatttggttctttaattggtacttataagttatgctcataaatttataagttttttcttgtttttatgtatatcgtagtcacacttgtttaattacgtag 27482858  T
Q  260 gatctgcaacaatttaattgggggttatgggagggtattgcatttgatcatagtttcgcttataatcatagtttgtgtgcaacaattttaacaactcaat 359  Q
     |||               ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  || ||             |||||| ||||||||||||||||||    
T  27482859 aatc--------------cgggggttatgggaaggtattgaatttgatcatagtt--gcata-------------tgtgcagcaattttaacaactcaat 27482929  T
Q  360 tatgtaggatctgggatttaggggaaggtatttaatgtttccttgcttgttcacataatttctcttctgtagttaagcaatagt 443  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  27482930 tatataggatctgggatttatgggaaggtgttgaatgtttccttgcttgttcacataagttgtcttctgtagttaagaaatagt 27483013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 60 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 27520910 - 27520779
Alignment:
Q  60 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtgatatctcaggtacatgtcttgaatcttcgactgtgattggcttgactattgtaatcttcaatg 159  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||  ||| ||||||||||||||    
T  27520910 ctctcttgactcttttgttgctgaagatgaaaaagtcatatcgcaggtacatgtcttgaatcttcaactgtgattgtcttttcta-tgtaatcttcaatg 27520812  T
Q  160 tatttggttcttgaattggtgcttacaagttat 192  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  27520811 tagttggttctttaattggtacttacaagttat 27520779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 279 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 27520727 - 27520633
Alignment:
Q  279 gggggttatgggagggtattgcatttgatcatagtttcgcttataatcatagtttgtgtgcaacaattttaacaactcaattatgtaggatctgg 373  Q
    |||||||| |||| ||||||| |||||||||||||| |  || |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  27520727 gggggttacgggaaggtattgaatttgatcatagttgcatttgtaatcatagtttatgtgcagcaattttaacaactcaattatataggatctgg 27520633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 360 - 405
Target Start/End: Original strand, 10608354 - 10608399
Alignment:
Q  360 tatgtaggatctgggatttaggggaaggtatttaatgtttccttgc 405  Q
    ||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10608354 tatgtaggatccgggggttatgggaaggtatttaatgtttccttgc 10608399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1776 times since January 2019
Visitors: 2843