View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0319_low_3 (Length: 495)

Name: NF0319_low_3
Description: NF0319
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0319_low_3
NF0319_low_3
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (5-409)||(38965819-38966223)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (5-409)||(35600303-35600707)
chr2 (5-409)||(40656105-40656509)
chr2 (16-409)||(37363980-37364373)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (5-409)||(18334405-18334809)
chr7 (142-411)||(38702721-38702990)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (5-411)||(4443493-4443899)
chr6 (5-411)||(13512217-13512623)
chr6 (182-409)||(28694555-28694782)
chr6 (295-409)||(10082242-10082356)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (5-411)||(33886905-33887311)
chr5 (5-409)||(37567320-37567703)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (5-411)||(33901449-33901855)
chr3 (149-409)||(26249191-26249451)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (16-409)||(34676480-34676872)
[»] scaffold0164 (1 HSPs)
scaffold0164 (64-409)||(1-346)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (16-409)||(9764086-9764478)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 38966223 - 38965819
Alignment:
Q  5 gtgagatgacgaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 104  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966223 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 38966124  T
Q  105 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966123 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 38966024  T
Q  205 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38966023 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 38965924  T
Q  305 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatga 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  38965923 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 38965824  T
Q  405 tgatg 409  Q
    |||||    
T  38965823 tgatg 38965819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 389; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Original strand, 35600303 - 35600707
Alignment:
Q  5 gtgagatgacgaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 104  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600303 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 35600402  T
Q  105 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600403 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 35600502  T
Q  205 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35600503 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 35600602  T
Q  305 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatga 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35600603 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 35600702  T
Q  405 tgatg 409  Q
    |||||    
T  35600703 tgatg 35600707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 389; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Original strand, 40656105 - 40656509
Alignment:
Q  5 gtgagatgacgaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 104  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656105 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 40656204  T
Q  105 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656205 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 40656304  T
Q  205 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40656305 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 40656404  T
Q  305 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatga 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  40656405 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 40656504  T
Q  405 tgatg 409  Q
    |||||    
T  40656505 tgatg 40656509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 342; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 37364373 - 37363980
Alignment:
Q  16 aaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37364373 aaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctc 37364274  T
Q  116 ggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatga 215  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37364273 ggcaacctgagctcactcccaaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgtttcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatga 37364174  T
Q  216 ggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagt 315  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37364173 ggtggttaggaagcaacaagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaataggaatgagcaaggtgttgggcagcagagt 37364074  T
Q  316 ggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 409  Q
    ||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37364073 ggaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagatgatgatgatg 37363980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 18334809 - 18334405
Alignment:
Q  5 gtgagatgacgaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 104  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334809 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 18334710  T
Q  105 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334709 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 18334610  T
Q  205 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18334609 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagatcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 18334510  T
Q  305 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatga 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  18334509 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 18334410  T
Q  405 tgatg 409  Q
    |||||    
T  18334409 tgatg 18334405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 142 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 38702990 - 38702721
Alignment:
Q  142 cgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcc 241  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702990 cgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcc 38702891  T
Q  242 tagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacc 341  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  38702890 tagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcc 38702791  T
Q  342 tccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatgatgatgtc 411  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38702790 tccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatgatgatgtc 38702721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 383; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 4443899 - 4443493
Alignment:
Q  5 gtgagatgacgaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 104  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443899 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 4443800  T
Q  105 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443799 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 4443700  T
Q  205 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4443699 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 4443600  T
Q  305 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatga 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4443599 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 4443500  T
Q  405 tgatgtc 411  Q
    |||||||    
T  4443499 tgatgtc 4443493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 411
Target Start/End: Original strand, 13512217 - 13512623
Alignment:
Q  5 gtgagatgacgaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 104  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512217 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 13512316  T
Q  105 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13512317 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggac 13512416  T
Q  205 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13512417 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 13512516  T
Q  305 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatga 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13512517 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 13512616  T
Q  405 tgatgtc 411  Q
    |||||||    
T  13512617 tgatgtc 13512623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 182 - 409
Target Start/End: Original strand, 28694555 - 28694782
Alignment:
Q  182 cccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctg 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694555 cccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctg 28694654  T
Q  282 gaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactg 381  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  28694655 gaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtg 28694754  T
Q  382 tatggtgagggcgaagaggatgatgatg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    
T  28694755 tatggtgagggcgaagaggatgatgatg 28694782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 295 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 10082356 - 10082242
Alignment:
Q  295 caaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcg 394  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10082356 caaggtgttgggcagcggagtggaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcg 10082257  T
Q  395 aagaggatgatgatg 409  Q
    |||| ||||||||||    
T  10082256 aagatgatgatgatg 10082242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 33887311 - 33886905
Alignment:
Q  5 gtgagatgacgaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 104  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887311 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacctagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 33887212  T
Q  105 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  33887211 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccagcaggac 33887112  T
Q  205 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33887111 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 33887012  T
Q  305 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatga 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33887011 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 33886912  T
Q  405 tgatgtc 411  Q
    |||||||    
T  33886911 tgatgtc 33886905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 5 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 37567703 - 37567320
Alignment:
Q  5 gtgagatgacgaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 104  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567703 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaacttccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 37567604  T
Q  105 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 204  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37567603 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 37567504  T
Q  205 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 304  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||    
T  37567503 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagca---------------------aggtgttg 37567425  T
Q  305 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatga 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37567424 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 37567325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 33901855 - 33901449
Alignment:
Q  5 gtgagatgacgaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 104  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33901855 gtgagaagaagaaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctgggga 33901756  T
Q  105 gggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggac 204  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  33901755 gggttcttctcggcaacctgagctcactccagaaatccgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggag 33901656  T
Q  205 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttg 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  33901655 ctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtggtg 33901556  T
Q  305 ggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatga 404  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33901555 ggcagcatagtggaagccgagagagtgtgagggctcctctagtgtgtgatgatgatgcggaagacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatga 33901456  T
Q  405 tgatgtc 411  Q
    |||||||    
T  33901455 tgatgtc 33901449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 149 - 409
Target Start/End: Original strand, 26249191 - 26249451
Alignment:
Q  149 tgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactc 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249191 tgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactc 26249290  T
Q  249 tcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtg 348  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  26249291 tcagttggacacatttaggcaagagcaaggcttgaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccaggg 26249390  T
Q  349 tgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 409  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26249391 tgtgatgatgatgcggatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 26249451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 354; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 34676872 - 34676480
Alignment:
Q  16 aaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34676872 aaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgttggggagggctcttctc 34676773  T
Q  116 ggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatga 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676772 ggcaacctgagctcactcccgaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatga 34676673  T
Q  216 ggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagt 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34676672 ggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggaca-atttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagt 34676574  T
Q  316 ggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 409  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34676573 ggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtttgtgctgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagatgatgatgatg 34676480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0164 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0164
Description:

Target: scaffold0164; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 64 - 409
Target Start/End: Original strand, 1 - 346
Alignment:
Q  64 ggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttga 163  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1 ggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctcggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttga 100  T
Q  164 ctcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatt 263  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  101 ctcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatgaggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatt 200  T
Q  264 taggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcg 363  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  201 taggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtattaggcagcagagtggaagccgagagagtgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcg 300  T
Q  364 gacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 409  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  301 gatgacccctatgaagtgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 310; Significance: 1e-174; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 16 - 409
Target Start/End: Original strand, 9764086 - 9764478
Alignment:
Q  16 aaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttctc 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9764086 aaggggcgattgtacggtgcaggaaacttagctggaaactaccgcaagggtgttgctaccactctaaagttgacccttaatgctggggagggctcttgtc 9764185  T
Q  116 ggcaacctgagctcactccagaaatgcgggatctgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccatatgcaaacccaacaggacctgatccatga 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||  |    
T  9764186 ggcaacctgagctcactcccgaaatgcgggatatgatcactaggttgactcaagaacagcttgctgcccaaatgcaaacccaacaagagctgatccagaa 9764285  T
Q  216 ggtggttaggaagcaacgagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagagcaaggctggaatatgaatgagcaaggtgttgggcagcagagt 315  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||    
T  9764286 ggtggttaggaagcaacaagaattcctagactctcagttggacacatttaggcaagaacaaggctggaataggaatgagcaaggtgttgggcagcatagt 9764385  T
Q  316 ggaagccgagagagtgtgagggcacctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaactgtatggtgagggcgaagaggatgatgatg 409  Q
     |||||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  9764386 agaagccgacaaaatgtgagggctcctccagtgtgtgatgatgatgcggacgacccctatgaagtgtatggtga-ggcgaagatgatgatgatg 9764478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 423 times since January 2019
Visitors: 2762