View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF0321_low_5 (Length: 373)
Name: NF0321_low_5
Description: NF0321
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0321_low_5 |
 | |
|
| [»] scaffold0091 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0218 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0319 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold1269 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0003 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0737 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0166 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0290 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0063 (1 HSPs) |
| | |
|
| [»] scaffold0057 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 8 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 16642644 - 16642300
Alignment:
| Q |
8 |
gagcagagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtcta |
107 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16642644 |
gagcggagactttgcatgtaatgatagcgaataagaaaacaacttgagaccaagaatgaggaatatggtatgatattaggaataaagtttatagagtcta |
16642545 |
T |
|
| Q |
108 |
gaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtg |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16642544 |
gaatagatgagagaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatatagggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtg |
16642445 |
T |
|
| Q |
208 |
aagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatacatgtaatt- |
306 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
16642444 |
aagagatacaatggtgatataaacagttgatagagatgaataatgaggaatccataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatatatgtaatta |
16642345 |
T |
|
| Q |
307 |
aataaatacgatgagaaatgataatgtttatatgttggtgatgat |
351 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
16642344 |
aataaatacgatgagaaatgataatgtttatatgttagtgatgat |
16642300 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 18 - 352
Target Start/End: Original strand, 4712578 - 4712913
Alignment:
| Q |
18 |
tttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtctagaatagatga |
117 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4712578 |
tttgcatgtaatgatagcgaataagaaaacaacttgagaccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtctataatagatga |
4712677 |
T |
|
| Q |
118 |
gaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagataca |
217 |
Q |
| |
|
|| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4712678 |
gagaatattgtatgttcgtaaaaggaataataaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagataca |
4712777 |
T |
|
| Q |
218 |
atggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatacatgtaatt-aataaatacg |
316 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
4712778 |
atggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatccataatgtgacgaagagtgatgacgaagataatatatatatgtaattaaataaatacg |
4712877 |
T |
|
| Q |
317 |
atgagaaatgataatgtttatatgttggtgatgatg |
352 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
4712878 |
atgagaaatgataatgtttatatgttagtgatgatg |
4712913 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Original strand, 14062554 - 14062891
Alignment:
| Q |
13 |
gagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtctagaata |
112 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
14062554 |
gagactttgtatgtaatgatagcgaataagaaaaaaacttgagaccaagaatgaggaatatggcatgatatcaggaataaagtttatagagcctagaata |
14062653 |
T |
|
| Q |
113 |
gatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagag |
212 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
14062654 |
gatgagaggataatgtatgttcgtaaaatgaatat---actaaaatatagggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattaatgaagat |
14062750 |
T |
|
| Q |
213 |
atacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatacatgtaatt-aataa |
311 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |
|
|
| T |
14062751 |
atacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggattccataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatacatatgtaattaaataa |
14062850 |
T |
|
| Q |
312 |
atacgatgagaaatgataatgtttatatgttggtgatgatg |
352 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |
|
|
| T |
14062851 |
atacgatgagaaatgataatgtttatatgttagttatgatg |
14062891 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 16 - 348
Target Start/End: Original strand, 14054828 - 14055146
Alignment:
| Q |
16 |
actttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtctagaatagat |
115 |
Q |
| |
|
|||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
14054828 |
actttgtatgtaatggtagcgaataagaaaacaacttgagaccaagaatgaagaatatggtatgatatcaggaataaagtttatagagccta-------- |
14054919 |
T |
|
| Q |
116 |
gagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagata |
215 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |
|
|
| T |
14054920 |
-------taatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatatagggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattaatgaagagata |
14055012 |
T |
|
| Q |
216 |
caatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatacatgtaatt-aataaata |
314 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |
|
|
| T |
14055013 |
caatggtgatataaacggttaatagagatgaataatgaggattctataatgcgacgaagagtgatgacgaagatattatacatatgtaattaaataaata |
14055112 |
T |
|
| Q |
315 |
cgatgagaaatgataatgtttatatgttggtgat |
348 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
14055113 |
cgatgagaaatgataatgtttatatgttagtgat |
14055146 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 127 - 350
Target Start/End: Original strand, 13926735 - 13926960
Alignment:
| Q |
127 |
gtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatggtgata |
226 |
Q |
| |
|
|||||| | ||| |||| || |||||||||||| | ||| | |||||||| | || |||||||||||||||| |||| |||||| ||| | |||| ||| |
|
|
| T |
13926735 |
gtatgtccataagatgattaataaaataaaatagagggatgatgacgtaggaatgtgttacgcgtaagggttgaattaatgaagaaataaagtggttata |
13926834 |
T |
|
| Q |
227 |
taaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacga-agatattatatacatgt-aattaataaatacgatgagaaa |
324 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13926835 |
taaacggttgatagagagtaacgatgaggaatccataatgtgatgaagagtgatgacaattgatattatatatatttaaataaataaatacgatgagaaa |
13926934 |
T |
|
| Q |
325 |
tgataatgtttatatgttggtgatga |
350 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| || ||||||| |
|
|
| T |
13926935 |
tgataatgtttatattttagtgatga |
13926960 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 23 - 256
Target Start/End: Original strand, 14481408 - 14481642
Alignment:
| Q |
23 |
atgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagag--tctagaatagatgagaa |
120 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||| ||||||| ||||| || | |||||| |||| | |||||||| ||| ||||||| |||| || ||| |||||||||||| |
|
|
| T |
14481408 |
atgtaatgataatgaataggaaaacatcttgagactaggaatgaaaaataagatatgatatcagggataaagtatatatagggtcttgaatagatgagag |
14481507 |
T |
|
| Q |
121 |
aataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatg |
220 |
Q |
| |
|
|||| |||||| || | ||||||| |||||||||||| | ||| |||| |||||||| || | |||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
14481508 |
aatagagtatgtctgtgagatgaataataaaataaaataaagggatgttggcgtagaat-gagtcacgcgtaaggagtggattaatgaagagatacaatg |
14481606 |
T |
|
| Q |
221 |
gtgatataaacggttgatagagatgaataatgagga |
256 |
Q |
| |
|
||||| ||| ||| ||||||||| ||| ||||||| |
|
|
| T |
14481607 |
gtgatgtaagcggatgatagagagtaatgatgagga |
14481642 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 37 - 174
Target Start/End: Original strand, 5943740 - 5943879
Alignment:
| Q |
37 |
aataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagt--ctagaatagatgagaaaataatgtatgttc |
134 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||| | |
|
|
| T |
5943740 |
aataagaaaacatcttgagactaagaatgaggaatagggaatgatatcggaaataaagtttatatatatcctagaatagatgagaaaatagagtatgtcc |
5943839 |
T |
|
| Q |
135 |
gtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgt |
174 |
Q |
| |
|
||| ||||||| |||||||||||| | ||| |||||||| |
|
|
| T |
5943840 |
ataagatgaataataaaataaaatagagggatgttgacgt |
5943879 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 136 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 21975418 - 21975296
Alignment:
| Q |
136 |
taaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatggtgatataaacggtt |
235 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||| |||||| ||| | | | | || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21975418 |
taaaatgaataataaaataaaatagagggatgttgatgtagaaatgagtcatgtgcaaaggttggattaatcaagagaataaatggtgatataaacggtt |
21975319 |
T |
|
| Q |
236 |
gatagagatgaataatgaggaat |
258 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
21975318 |
gatagagagtaatgatgaggaat |
21975296 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 136 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 21997849 - 21997727
Alignment:
| Q |
136 |
taaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatggtgatataaacggtt |
235 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||| | ||| ||||| |||||| ||| | | | | || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
21997849 |
taaaatgaataataaaataaaatagagggatgttgatgtagaaatgagtcatgtgcaaaggttggattaatcaagagaataaatggtgatataaacggtt |
21997750 |
T |
|
| Q |
236 |
gatagagatgaataatgaggaat |
258 |
Q |
| |
|
|||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
21997749 |
gatagagagtaatgatgaggaat |
21997727 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 138 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 22160012 - 22159892
Alignment:
| Q |
138 |
aaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatggtgatataaacggttga |
237 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||| | ||| |||| |||||| | | | | | | || |||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
22160012 |
aaatgaataataaaataaaatagagggattttgatgtagaaattagtcatgtgcaaaggttggattaatcaagagaataaatggtgatataaacggttga |
22159913 |
T |
|
| Q |
238 |
tagagatgaataatgaggaat |
258 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
22159912 |
tagagagtaatgatgaggaat |
22159892 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 16060859 - 16060514
Alignment:
| Q |
8 |
gagcagagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtcta |
107 |
Q |
| |
|
|||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16060859 |
gagcggagactttgcatgtaatgatagcgaataagaaaacaacttgagaccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtcta |
16060760 |
T |
|
| Q |
108 |
gaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtg |
207 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
16060759 |
gaatagatgagagaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatatagggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtg |
16060660 |
T |
|
| Q |
208 |
aagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatacatgtaatt- |
306 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
16060659 |
aagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatctataatgtgatgaggagtgatgacgaagatattatatatatgtaatta |
16060560 |
T |
|
| Q |
307 |
aataaatacgatgagaaatgataatgtttatatgttggtgatgatg |
352 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
16060559 |
aataaatatgatgagaaatgataatgtttatatgttagtgatgatg |
16060514 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 48377130 - 48376789
Alignment:
| Q |
13 |
gagactttgcatgtaatgataga-aaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtctagaat |
111 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |
|
|
| T |
48377130 |
gagaatttgcatttaatgatagcgaaataagaaaacaacttgagaccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagttcatagagcctagaat |
48377031 |
T |
|
| Q |
112 |
agatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaaga |
211 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
48377030 |
agatgagagaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatatagggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaaga |
48376931 |
T |
|
| Q |
212 |
gatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatacatgtaatt-aata |
310 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |
|
|
| T |
48376930 |
gatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatctataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatatatgtaattaaata |
48376831 |
T |
|
| Q |
311 |
aatacgatgagaaatgataatgtttatatgttggtgatgatg |
352 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
48376830 |
aatacgatgagaaatgataatgtttatatgttattgatgatg |
48376789 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 136 - 352
Target Start/End: Original strand, 4531645 - 4531863
Alignment:
| Q |
136 |
taaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatggtgatataaacggtt |
235 |
Q |
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4531645 |
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4531744 |
T |
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| Q |
236 |
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333 |
Q |
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| T |
4531745 |
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4531844 |
T |
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| Q |
334 |
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352 |
Q |
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| T |
4531845 |
ttatattttattgatgatg |
4531863 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 37 - 258
Target Start/End: Original strand, 37945618 - 37945841
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37 |
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134 |
Q |
| |
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| T |
37945618 |
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37945717 |
T |
|
| Q |
135 |
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234 |
Q |
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| T |
37945718 |
gtaagatgaataataaattaaaatagaggaatgttgacgtagaaatgagtcacgcataagggtttgattaatgaagagatttagtggtggtataaagggt |
37945817 |
T |
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| Q |
235 |
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258 |
Q |
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| T |
37945818 |
tgatagatagtaatgatgaggaat |
37945841 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
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Target Start/End: Original strand, 15867051 - 15867110
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| Q |
13 |
gagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaata |
72 |
Q |
| |
|
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| T |
15867051 |
gagactttgtatataatgatagcgaataaaaaaacaacttgagaccaagaatgaggaata |
15867110 |
T |
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Target: chr7; HSP #6
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Target Start/End: Complemental strand, 9080375 - 9080340
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| Q |
317 |
atgagaaatgataatgtttatatgttggtgatgatg |
352 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
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9080375 |
atgagaaatgataatgtttatatgttagtgatgatg |
9080340 |
T |
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Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 59 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 20026280 - 20026124
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| Q |
59 |
aagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagt--ctagaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaa |
156 |
Q |
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| T |
20026280 |
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20026182 |
T |
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| Q |
157 |
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215 |
Q |
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| T |
20026181 |
ataaagggatgttgacgt-caaatgagtcacgcgtaaggtgttgattaatgaagagata |
20026124 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0091 (Bit Score: 283; Significance: 1e-158; HSPs: 1)
Name: scaffold0091
Description:
Target: scaffold0091; HSP #1
Raw Score: 283; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 29405 - 29059
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| Q |
8 |
gagcagagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaa-caacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtct |
106 |
Q |
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| T |
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29306 |
T |
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| Q |
107 |
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206 |
Q |
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| T |
29305 |
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29206 |
T |
|
| Q |
207 |
gaagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatacatgtaatt |
306 |
Q |
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| T |
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29106 |
T |
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| Q |
307 |
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352 |
Q |
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| T |
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29059 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 280; Significance: 1e-157; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 18 - 352
Target Start/End: Original strand, 14980041 - 14980376
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18 |
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117 |
Q |
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| T |
14980041 |
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14980140 |
T |
|
| Q |
118 |
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217 |
Q |
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| T |
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14980240 |
T |
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| Q |
218 |
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316 |
Q |
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| T |
14980241 |
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14980340 |
T |
|
| Q |
317 |
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352 |
Q |
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| T |
14980341 |
atgagaaatgataatgtttatatgttagtgatgatg |
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T |
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Back To:
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Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Original strand, 14989143 - 14989488
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8 |
gagcagagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtcta |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
14989143 |
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14989242 |
T |
|
| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
14989243 |
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14989342 |
T |
|
| Q |
208 |
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306 |
Q |
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| T |
14989343 |
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14989442 |
T |
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| Q |
307 |
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352 |
Q |
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| T |
14989443 |
aataaatacgatgagaaatgataatgtttatatgttagtgatgatg |
14989488 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 8e-46
Query Start/End: Original strand, 13 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 9191382 - 9191065
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| Q |
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110 |
Q |
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||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||| | |
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| T |
9191382 |
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9191283 |
T |
|
| Q |
111 |
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210 |
Q |
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| T |
9191282 |
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9191183 |
T |
|
| Q |
211 |
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306 |
Q |
| |
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| T |
9191182 |
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9191083 |
T |
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324 |
Q |
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| T |
9191082 |
aataaatacgatgagaaa |
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T |
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Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 148 - 258
Target Start/End: Original strand, 8403703 - 8403813
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| Q |
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247 |
Q |
| |
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| T |
8403703 |
taaaataaaatagagggatgttgatgtagaaatgagtcacgcgtaagggttggattaatgaagagaataagtggtgatataaacggttaatagagagtaa |
8403802 |
T |
|
| Q |
248 |
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258 |
Q |
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| T |
8403803 |
tgatgaggaat |
8403813 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 103 - 237
Target Start/End: Original strand, 10906588 - 10906722
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| Q |
103 |
gtctagaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggat |
202 |
Q |
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| T |
10906588 |
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10906687 |
T |
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203 |
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237 |
Q |
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| T |
10906688 |
taatgaataggtaaggtggtgatataaacggttga |
10906722 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0218 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 1)
Name: scaffold0218
Description:
Target: scaffold0218; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 13 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 14719 - 14379
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112 |
Q |
| |
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| T |
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14620 |
T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
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| T |
14619 |
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14520 |
T |
|
| Q |
213 |
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311 |
Q |
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| T |
14519 |
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14420 |
T |
|
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312 |
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352 |
Q |
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| T |
14419 |
atacgatgagaaatgataatgtttatatgttagtgatgatg |
14379 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 23658881 - 23658528
Alignment:
| Q |
8 |
gagcagagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtcta |
107 |
Q |
| |
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| T |
23658881 |
gagcggagactttgcatgtaatgatagtgaataagaaaagaacttgagatcaagaatgaggaatatggtatgatattaggaataaagtttatagattcta |
23658782 |
T |
|
| Q |
108 |
gaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtg |
207 |
Q |
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| T |
23658781 |
gaatagatgagagaataatgtatgttcgtaaaatgaatagtaaaataaaatatagggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtg |
23658682 |
T |
|
| Q |
208 |
aagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatataca-------- |
299 |
Q |
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| T |
23658681 |
aagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatccataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatatatatgtgtg |
23658582 |
T |
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| Q |
300 |
tgtaatt-aataaatacgatgagaaatgataatgtttatatgttggtgatgatg |
352 |
Q |
| |
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| T |
23658581 |
tgtaattaaataaatacgatgagaaattataatgtttatatgttagtgatgatg |
23658528 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 114 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 23658010 - 23657827
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114 |
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213 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
23658010 |
atgagagaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatatagggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagaga |
23657911 |
T |
|
| Q |
214 |
tacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatata |
297 |
Q |
| |
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| T |
23657910 |
tacaattttgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatccataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatata |
23657827 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 29294196 - 29293929
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23 |
atgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagt--ctagaatagatgagaa |
120 |
Q |
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| T |
29294196 |
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29294097 |
T |
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| Q |
121 |
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217 |
Q |
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| T |
29294096 |
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29293997 |
T |
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| Q |
218 |
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285 |
Q |
| |
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|
|
| T |
29293996 |
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29293929 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 299 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 23657807 - 23657753
Alignment:
| Q |
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atgtaattaa-taaatacgatgagaaatgataatgtttatatgttggtgatgatg |
352 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
23657807 |
atgtaattaaataaatacgatgagaaattataatgtttatatgttagtgatgatg |
23657753 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0319 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 1)
Name: scaffold0319
Description:
Target: scaffold0319; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 308
Target Start/End: Original strand, 13338 - 13638
Alignment:
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8 |
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107 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
13338 |
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13437 |
T |
|
| Q |
108 |
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207 |
Q |
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| T |
13438 |
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13537 |
T |
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| Q |
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307 |
Q |
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| T |
13538 |
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13637 |
T |
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| Q |
308 |
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308 |
Q |
| |
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| |
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| T |
13638 |
a |
13638 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1269 (Bit Score: 240; Significance: 1e-133; HSPs: 1)
Name: scaffold1269
Description:
Target: scaffold1269; HSP #1
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 331
Target Start/End: Complemental strand, 320 - 1
Alignment:
| Q |
13 |
gagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtctagaata |
112 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |
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| T |
320 |
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221 |
T |
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| Q |
113 |
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212 |
Q |
| |
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| T |
220 |
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121 |
T |
|
| Q |
213 |
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311 |
Q |
| |
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| T |
120 |
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21 |
T |
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| Q |
312 |
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331 |
Q |
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| T |
20 |
atacgatgagaaatgataat |
1 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0003 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:
Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 131129 - 130797
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| Q |
8 |
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107 |
Q |
| |
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|
|
| T |
131129 |
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131030 |
T |
|
| Q |
108 |
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207 |
Q |
| |
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| T |
131029 |
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130930 |
T |
|
| Q |
208 |
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306 |
Q |
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| T |
130929 |
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130843 |
T |
|
| Q |
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352 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
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| T |
130842 |
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130797 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 222; Significance: 1e-122; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 8 - 352
Target Start/End: Original strand, 13882025 - 13882349
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| Q |
8 |
gagcagagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtcta |
107 |
Q |
| |
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|||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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| T |
13882025 |
gagcggagactttgcatgtaatgatagcgaataagaaaacaacttgagaccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagattcta |
13882124 |
T |
|
| Q |
108 |
gaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtg |
207 |
Q |
| |
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|
| T |
13882125 |
gaatagatgagagaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatatagggaagttgacgtagaattgaattacgcttaagggttggattagtg |
13882224 |
T |
|
| Q |
208 |
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306 |
Q |
| |
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| T |
13882225 |
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13882303 |
T |
|
| Q |
307 |
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352 |
Q |
| |
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| T |
13882304 |
aataaatacgatgagaaatgataatgtttatatgttagtgatgatg |
13882349 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 13 - 244
Target Start/End: Original strand, 51626767 - 51626999
Alignment:
| Q |
13 |
gagactttgcatgtaatgatagaaaataagaaaa-caacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagtctagaat |
111 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
51626767 |
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51626866 |
T |
|
| Q |
112 |
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211 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
51626867 |
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51626966 |
T |
|
| Q |
212 |
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244 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
51626967 |
gatacaatggtgatataaattgttgatagagat |
51626999 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 239 - 352
Target Start/End: Original strand, 51658661 - 51658775
Alignment:
| Q |
239 |
agagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatacatgtaatt-aataaatacgatgagaaatgataatgtttat |
337 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
51658661 |
agagatgaataatgaggaatccataatgtgacgaagagtgatgacgaagatattatatatatgtaattaaataaatacgatgagaaatgataatatttat |
51658760 |
T |
|
| Q |
338 |
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352 |
Q |
| |
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||||| ||||||||| |
|
|
| T |
51658761 |
atgttagtgatgatg |
51658775 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 37 - 339
Target Start/End: Original strand, 1566863 - 1567166
Alignment:
| Q |
37 |
aataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagt--ctagaatagatgagaaaataatgtatgttc |
134 |
Q |
| |
|
||||||||| || ||||| || |||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||| |||||| | |
|
|
| T |
1566863 |
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1566962 |
T |
|
| Q |
135 |
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234 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||| || ||||||||||| ||| | || |||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||| |
|
|
| T |
1566963 |
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1567057 |
T |
|
| Q |
235 |
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330 |
Q |
| |
|
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| T |
1567058 |
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1567157 |
T |
|
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339 |
Q |
| |
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| T |
1567158 |
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1567166 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 102; Significance: 1e-50; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 1e-50
Query Start/End: Original strand, 23 - 339
Target Start/End: Original strand, 23656241 - 23656561
Alignment:
| Q |
23 |
atgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagt--ctagaatagatgagaa |
120 |
Q |
| |
|
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| T |
23656241 |
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23656340 |
T |
|
| Q |
121 |
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220 |
Q |
| |
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|||| || | | ||||||||||| | |||||||||| | ||| |||||||||||| ||| | | | ||||||||||||||| | |||||||| || |
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| T |
23656341 |
aatagagtgttcccataaaatgaataatgaaataaaatagatggatgttgacgtagaaatgagtcatgtgtaagggttggattaataaagagataaggtg |
23656440 |
T |
|
| Q |
221 |
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318 |
Q |
| |
|
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|
| T |
23656441 |
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23656540 |
T |
|
| Q |
319 |
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339 |
Q |
| |
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|
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| T |
23656541 |
gagaaatgataatatttatat |
23656561 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 37 - 285
Target Start/End: Original strand, 44586255 - 44586505
Alignment:
| Q |
37 |
aataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagag--tctagaatagatgagaaaataatgtatgttc |
134 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||| | || ||||||||| ||||| |||| |||| | |||| |||| |||| | | |
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|
| T |
44586255 |
aataagaaaacatcttgagcctaagaatgaggaataggatatgatgtcagagataaagtttttagagagtctataataaaggagagaatagagtatttcc |
44586354 |
T |
|
| Q |
135 |
gtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatggtgatataaacggt |
234 |
Q |
| |
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| T |
44586355 |
ataaaatgaataatgaaataaaatagagggatgttgacatagaaatgagtcatgcgtaagggttggattaataaagagataaggtggtgatataaacggt |
44586454 |
T |
|
| Q |
235 |
tgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacga |
285 |
Q |
| |
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|
|
| T |
44586455 |
tgatagagagtaatgatgaggaatccatactgtaacaaagagtgatgacga |
44586505 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 24786454 - 24786333
Alignment:
| Q |
59 |
aagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttataga--gtctagaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaa |
156 |
Q |
| |
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|
| T |
24786454 |
aagaatgaggaatagagtatgatatca-gaataaagtatatagattgcctagaatagatgagagaatagagcacgtctgtgagatgaataataaaataaa |
24786356 |
T |
|
| Q |
157 |
atataaggaagttgacgtagaat |
179 |
Q |
| |
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||| | ||| ||||||||||||| |
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| T |
24786355 |
ataaagggatgttgacgtagaat |
24786333 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0737 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0737
Description:
Target: scaffold0737; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 23 - 334
Target Start/End: Original strand, 3451 - 3760
Alignment:
| Q |
23 |
atgtaatgatagaaaataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaagtttatagagt--ctagaatagatgagaa |
120 |
Q |
| |
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||||||||||| ||| |||||||| ||||| || | |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||| ||| |
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| T |
3451 |
atgtaatgataatgaatgagaaaacatcttgacactaggaatgaggaataggatatgatatcagggataaagtttatagagaacctagaatagagcagag |
3550 |
T |
|
| Q |
121 |
aataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatg |
220 |
Q |
| |
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|||| ||||| | |||||| |||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||| | |||| || ||| ||| | |||||||||| || |
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| T |
3551 |
aatagagtatgcccataaaataaataataaaataaaatataggggtgttgacgtagaaatgagtcacgcacaaaagttcgatgaatgaagagataaggtg |
3650 |
T |
|
| Q |
221 |
gtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacga-agatattatatacatgtaattaataaatacgatg |
319 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||| || ||||||||| |
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| T |
3651 |
gtgatataaacggtagatagagagtaatgatgaggaaaccataatgtgacgaagagtgacgacaattgatattatata-----aataaacgaatacgatg |
3745 |
T |
|
| Q |
320 |
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334 |
Q |
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| T |
3746 |
agaaatgataatgtt |
3760 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0166 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0166
Description:
Target: scaffold0166; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 320 - 162
Alignment:
| Q |
100 |
agagtctagaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttg |
199 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||| || |||||||||||| | ||| |||||||||||| ||| | ||||||||| ||| |
|
|
| T |
320 |
agagcctagaatagatgagagaataaaatatgtccttaatatgattaataaaataaaatagagggatgttgacgtagaaatgagtcacgcgtaagagtta |
221 |
T |
|
| Q |
200 |
gattagtgaagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaat |
258 |
Q |
| |
|
|| || |||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
220 |
gaataatgaagaaataaagtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaat |
162 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 100 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 24757841 - 24757683
Alignment:
| Q |
100 |
agagtctagaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttg |
199 |
Q |
| |
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|||| ||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||| || |||||||||||| | ||| |||||||||||| ||| | ||||||||| ||| |
|
|
| T |
24757841 |
agagcctagaatagatgagagaataaaatatgtccttaatatgattaataaaataaaatagagggatgttgacgtagaaatgagtcacgcgtaagagtta |
24757742 |
T |
|
| Q |
200 |
gattagtgaagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaat |
258 |
Q |
| |
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|| || |||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
24757741 |
gaataatgaagaaataaagtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaat |
24757683 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 24615676 - 24615523
Alignment:
| Q |
105 |
ctagaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggatta |
204 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||| || |||||||||||| | ||| |||||||||||| ||| | ||||||||| ||| || || |
|
|
| T |
24615676 |
ctagaatagatgagagaataaaatatgtccttaatatgattaataaaataaaatagagggatgttgacgtagaaatgagtcacgcgtaagagttagaata |
24615577 |
T |
|
| Q |
205 |
gtgaagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaat |
258 |
Q |
| |
|
|||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
24615576 |
atgaagaaataaagtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaat |
24615523 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 24712074 - 24711921
Alignment:
| Q |
105 |
ctagaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggatta |
204 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| |||| || |||||||||||| | ||| |||||||||||| ||| | ||||||||| ||| || || |
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|
| T |
24712074 |
ctagaatagatgagagaataaaatatgtccttaatatgattaataaaataaaatagagggatgttgacgtagaaatgagtcacgcgtaagagttagaata |
24711975 |
T |
|
| Q |
205 |
gtgaagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaat |
258 |
Q |
| |
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|||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
24711974 |
atgaagaaataaagtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaat |
24711921 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 105 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 24745070 - 24744917
Alignment:
| Q |
105 |
ctagaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggatta |
204 |
Q |
| |
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|
|
| T |
24745070 |
ctagaatagatgagagaataaaatatgtccttaatatgattaataaaataaaatagagggatgttgacgtagaaatgagtcacgcgtaagagttagaata |
24744971 |
T |
|
| Q |
205 |
gtgaagagatacaatggtgatataaacggttgatagagatgaataatgaggaat |
258 |
Q |
| |
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|||||| ||| | |||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||| |
|
|
| T |
24744970 |
atgaagaaataaagtggtgatataaatggttgatagagagtaatgatgaggaat |
24744917 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 256
Target Start/End: Original strand, 24831927 - 24832042
Alignment:
| Q |
140 |
atgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatggtgatataaacggttgata |
239 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
24831927 |
atgaataataaaataaaataaagggatgttggcgtagaat-gagtcacgcgtaaggagttgactaatgaagagatacgatggtgatgtaagcggatgata |
24832025 |
T |
|
| Q |
240 |
gagatgaataatgagga |
256 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
24832026 |
gagagtaatgatgagga |
24832042 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 54; Significance: 6e-22; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 6e-22
Query Start/End: Original strand, 136 - 285
Target Start/End: Original strand, 18231373 - 18231522
Alignment:
| Q |
136 |
taaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatggtgatataaacggtt |
235 |
Q |
| |
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|
| T |
18231373 |
taaaatgaataatgaaataaaatagagggatcttggtgtagaaatgagtcatgcgtaagggttggattaataaagagataaggtggtgatataaacggtt |
18231472 |
T |
|
| Q |
236 |
gatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacga |
285 |
Q |
| |
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|
|
| T |
18231473 |
gatagagagtaatgatgaggaatccatactgtaacaaagagtgatgacga |
18231522 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 136 - 285
Target Start/End: Complemental strand, 11556146 - 11555997
Alignment:
| Q |
136 |
taaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagagatacaatggtgatataaacggtt |
235 |
Q |
| |
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|
| T |
11556146 |
taaaatgaataatgaattaaaatagagggatgttgacgtagaaatgagtcatgcgtaagggttggattgataaagagataaggtggtgatataaatggtt |
11556047 |
T |
|
| Q |
236 |
gatagagatgaataatgaggaatacataatgtgacgaagagtgatgacga |
285 |
Q |
| |
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|||||||| ||| |||| |||| |||| ||| || |||||||||||||| |
|
|
| T |
11556046 |
gatagagagtaatgatgatgaatccatactgtcacaaagagtgatgacga |
11555997 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 264 - 333
Target Start/End: Original strand, 3576240 - 3576311
Alignment:
| Q |
264 |
atgtgacgaagagtgatgacga-agatattatatacatgta-attaataaatacgatgagaaatgataatgt |
333 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| || |||||||||||||||| ||||| |||| |
|
|
| T |
3576240 |
atgtgacgaagagtgatgacgattgattttatataaatgtatataaataaatacgatgagagatgatgatgt |
3576311 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 135 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 12229116 - 12229038
Alignment:
| Q |
135 |
gtaaaatgaatactaaaataaaatataaggaagttgacgtagaattgaattacgcgtaagggttggattagtgaagaga |
213 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||| ||| | ||||||||||||||| ||| |||||||| |
|
|
| T |
12229116 |
gtaagatgaataataaaataaaatagtgggatgttgatgtagaaatgagtcacgcgtaagggttggtttaatgaagaga |
12229038 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0290 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0290
Description:
Target: scaffold0290; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 124
Target Start/End: Original strand, 13900 - 13988
Alignment:
| Q |
37 |
aataagaaaacaacttgataccaagaatgaggaatagggtatgatattaggaataaag--tttatagagtctagaatagatgagaaaata |
124 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||| | |||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
13900 |
aataagtaaacaacttaagaccaagaatgaggaatatggtatgatatca-taataaagtatatatagatactagaatagatgagaaaata |
13988 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0063 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0063
Description:
Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 316 - 352
Target Start/End: Original strand, 28342 - 28378
Alignment:
| Q |
316 |
gatgagaaatgataatgtttatatgttggtgatgatg |
352 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
28342 |
gatgagaaatgatgatgtttatatgttagtgatgatg |
28378 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0057 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:
Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 107 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 41074 - 41022
Alignment:
| Q |
107 |
agaatagatgagaaaataatgtatgttcgtaaaatgaatactaaaataaaata |
159 |
Q |
| |
|
||||||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
41074 |
agaatagatgagagaatagagtatgtccgtaaaacgaataataaaataaaata |
41022 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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