View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0328_low_6 (Length: 437)

Name: NF0328_low_6
Description: NF0328
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0328_low_6
NF0328_low_6
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (4-305)||(16613844-16614145)
chr3 (1-305)||(4713273-4713577)
chr3 (1-305)||(14055501-14055805)
chr3 (101-305)||(22045205-22045409)
chr3 (1-305)||(13929184-13929487)
chr3 (1-305)||(16363044-16363344)
chr3 (101-305)||(13927545-13927749)
chr3 (2-249)||(22159232-22159475)
chr3 (1-249)||(21974662-21974902)
chr3 (1-249)||(21997093-21997333)
chr3 (27-305)||(14482047-14482329)
chr3 (199-305)||(14063098-14063204)
chr3 (1-261)||(17790328-17790590)
chr3 (1-261)||(19098770-19099032)
chr3 (27-72)||(4713261-4713306)
chr3 (27-72)||(16614115-16614160)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (1-304)||(14980739-14981042)
chr6 (1-305)||(8404237-8404539)
chr6 (1-302)||(21083790-21084087)
chr6 (114-272)||(21038863-21039021)
chr6 (5-305)||(10641781-10642079)
chr6 (186-305)||(10907427-10907545)
chr6 (1-125)||(21038169-21038292)
chr6 (154-259)||(977177-977282)
chr6 (27-72)||(14980727-14980772)
chr6 (1-67)||(10641703-10641768)
chr6 (78-135)||(9190579-9190635)
[»] scaffold0239 (1 HSPs)
scaffold0239 (1-305)||(21615-21919)
[»] scaffold0063 (2 HSPs)
scaffold0063 (1-305)||(28735-29037)
scaffold0063 (27-72)||(28723-28768)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (1-305)||(130127-130431)
scaffold0003 (27-72)||(130398-130443)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (1-304)||(13882743-13883047)
chr1 (9-305)||(51659140-51659434)
chr1 (182-305)||(1567336-1567459)
chr1 (27-72)||(13882731-13882776)
chr1 (1-34)||(51659170-51659203)
[»] scaffold0218 (2 HSPs)
scaffold0218 (4-304)||(13717-14017)
scaffold0218 (27-72)||(13987-14032)
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (1-305)||(48376139-48376435)
chr7 (1-304)||(9079686-9079989)
chr7 (135-305)||(16059889-16060060)
chr7 (5-305)||(4532176-4532477)
chr7 (72-305)||(20025335-20025573)
chr7 (72-305)||(37946347-37946581)
chr7 (4-98)||(16060060-16060154)
chr7 (1-87)||(16074756-16074842)
chr7 (1-135)||(13477893-13478026)
chr7 (75-305)||(22615223-22615460)
chr7 (1-135)||(11655051-11655183)
chr7 (1-67)||(13477855-13477921)
chr7 (4-95)||(11252037-11252129)
chr7 (4-95)||(11254541-11254633)
chr7 (4-95)||(11257046-11257138)
chr7 (4-95)||(11259552-11259644)
chr7 (172-258)||(13486390-13486476)
chr7 (27-72)||(48376402-48376447)
chr7 (27-72)||(9079956-9080001)
chr7 (2-67)||(11655155-11655219)
chr7 (1-30)||(16060090-16060119)
chr7 (1-29)||(22615112-22615140)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (2-210)||(23658012-23658220)
chr8 (1-98)||(17862509-17862606)
chr8 (234-305)||(24505503-24505574)
chr8 (1-34)||(23658150-23658183)
chr8 (27-72)||(17862497-17862542)
[»] scaffold0385 (1 HSPs)
scaffold0385 (1-305)||(13590-13890)
[»] chr4 (17 HSPs)
chr4 (1-305)||(15873346-15873648)
chr4 (73-305)||(17335060-17335291)
chr4 (78-209)||(12136565-12136696)
chr4 (1-98)||(17418306-17418403)
chr4 (1-98)||(19728710-19728807)
chr4 (1-305)||(11555365-11555671)
chr4 (5-305)||(16285498-16285800)
chr4 (154-302)||(20874225-20874373)
chr4 (1-305)||(12228379-12228687)
chr4 (27-72)||(17418370-17418415)
chr4 (194-305)||(9563751-9563862)
chr4 (72-135)||(11331363-11331426)
chr4 (1-56)||(11936130-11936185)
chr4 (1-67)||(11555643-11555709)
chr4 (1-67)||(16285420-16285485)
chr4 (34-67)||(16285415-16285448)
chr4 (27-72)||(19728698-19728743)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (27-305)||(24832462-24832742)
chr5 (194-305)||(24562598-24562709)
chr5 (194-305)||(24603632-24603743)
chr5 (34-135)||(24614921-24615021)
chr5 (34-135)||(24711319-24711419)
chr5 (34-135)||(24744315-24744415)
chr5 (34-135)||(24757081-24757181)
chr5 (4-101)||(19019478-19019578)
chr5 (70-135)||(22486047-22486112)
chr5 (1-34)||(24832474-24832507)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (1-305)||(44586859-44587166)
chr2 (1-98)||(23907469-23907566)
chr2 (186-305)||(23661457-23661576)
chr2 (4-98)||(23247503-23247597)
chr2 (4-137)||(21246505-21246636)
chr2 (172-303)||(24786072-24786203)
chr2 (5-132)||(23656836-23656962)
chr2 (23-127)||(16858353-16858456)
chr2 (1-39)||(22521438-22521476)
chr2 (1-67)||(44586821-44586887)
chr2 (1-93)||(13361405-13361497)
chr2 (182-270)||(32252722-32252809)
chr2 (27-98)||(22521414-22521489)
[»] scaffold0092 (1 HSPs)
scaffold0092 (9-230)||(20070-20287)
[»] scaffold1043 (2 HSPs)
scaffold1043 (1-98)||(1690-1787)
scaffold1043 (27-73)||(1678-1724)
[»] scaffold0010 (2 HSPs)
scaffold0010 (1-98)||(141939-142036)
scaffold0010 (27-72)||(142003-142048)
[»] scaffold0170 (1 HSPs)
scaffold0170 (1-121)||(16907-17028)
[»] scaffold0145 (1 HSPs)
scaffold0145 (1-305)||(11916-12222)
[»] scaffold0061 (2 HSPs)
scaffold0061 (1-98)||(18378-18476)
scaffold0061 (27-72)||(18366-18411)
[»] scaffold1001 (2 HSPs)
scaffold1001 (1-135)||(966-1098)
scaffold1001 (1-67)||(1070-1135)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (76-167)||(40624-40716)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 4 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 16614145 - 16613844
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaatta 103  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16614145 cagtaacatatctctggcaaattatgacgatgaaagtctagtaacatacctctggcaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatataggttatta 16614046  T
Q  104 gaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagt 203  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16614045 ggagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgctgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagt 16613946  T
Q  204 aactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctcacc 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  16613945 aactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttggtatttatttaatgtgcatgcttttccctattattttattatggcaggatttctcacc 16613846  T
Q  304 cc 305  Q
    ||    
T  16613845 cc 16613844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 4713273 - 4713577
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  4713273 gtccagtaacatatctctggcaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctctggcaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatataggtca 4713372  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4713373 ttaggagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtatggggtgtttgagtgtgaatatgatgtgttgctgtgacatgtaaaatgaagagattatacat 4713472  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||    
T  4713473 agtaactgttgagaatgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctattattttgttatggcatgatttctc 4713572  T
Q  301 acccc 305  Q
    |||||    
T  4713573 acccc 4713577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 14055501 - 14055805
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  14055501 gtccagtaacatatctctttcaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctcaggaaacttatgaagataggtgtggtaccacaatcatataggtca 14055600  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  14055601 ttaggagagtccataggcatatatatgatgatgttaatttgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgctgttgtgacatgtaaaatgaagatatcatacat 14055700  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| | |||| || |||||||||    
T  14055701 agtaactgttgagaatcatgagatagtggagactatattattttggtatttatttaatgtgcatgcttttccatattattatgttattgctggatttctc 14055800  T
Q  301 acccc 305  Q
    |||||    
T  14055801 acccc 14055805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 101 - 305
Target Start/End: Original strand, 22045205 - 22045409
Alignment:
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22045205 ttaggagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgctgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 22045304  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22045305 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttggtatttatttaatgtgcatgcttttccctattattttattatggcaggatttctc 22045404  T
Q  301 acccc 305  Q
    |||||    
T  22045405 acccc 22045409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 13929184 - 13929487
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| |||||| |||  |||| || |||| |||||||||||||| || ||||     
T  13929184 gtccagtaacatacctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgatgagtaggagtggtaccacaatcttataggtc 13929281  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||| ||| |||  ||| |||||||| |||||||||    
T  13929282 gttagaagagtccatatgcatatatgtgatgatgttgtattggatgtttgagtgtgaaaatgatgtgctgctatgatatgttaaatgaagggattataca 13929381  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttct 299  Q
    || ||| |||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| | |||||  |||||||||    
T  13929382 taataattgttgagagtgatgagacagtgtggattatattcttttgatatttaattaatgtgcttgtttttccctattattatgttatgataggatttct 13929481  T
Q  300 cacccc 305  Q
    ||||||    
T  13929482 cacccc 13929487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 16363044 - 16363344
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||  |||||   |||||| |||  |||| || |||| ||||||||||||||||| ||||     
T  16363044 gtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccattaacaa--ctctggcaaa--atgatgagtaggagtggtaccacaatcatataggtc 16363139  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
     |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||| |  |||||||||||||||    
T  16363140 gttaggagagtacatatgcatatatatgatgattttgtattgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgctgctgtgatatgtgatctgaagagattataca 16363239  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttct 299  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |  || | | ||||||| ||||||||    
T  16363240 tagtaactgctgagagagatgagatagtggagactatattccttttatatttatttaatgtgcatgcttttcc-taataatatgttatggctggatttct 16363338  T
Q  300 cacccc 305  Q
    ||||||    
T  16363339 cacccc 16363344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 101 - 305
Target Start/End: Original strand, 13927545 - 13927749
Alignment:
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | ||| |  ||| |||||||||||||||||||    
T  13927545 ttaggagagtccatatgcatatatgtgacgatgttgtattgggtgtttgagtgtgaaaatgatgtgctgttgttatatgtgaaatgaagagattatacat 13927644  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    | |||||||||||| |||||||| ||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| | ||||| || ||||||||    
T  13927645 aataactgttgagagtgatgagacagtgtggattatattcttttgatatttaattaatgtgcgtgtttttccctattattatgttatgacaagatttctc 13927744  T
Q  301 acccc 305  Q
    |||||    
T  13927745 acccc 13927749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 2 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 22159475 - 22159232
Alignment:
Q  2 tccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||  |||||||| ||||||  ||  |||| || || | ||||||||||||||||| ||||      
T  22159475 tccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtca-gtaacataactctggcgaa--atgatgagtatgagtggtaccacaatcatataggttg 22159379  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||  ||| | |||||||||||||||||    
T  22159378 ttaggagagtccatatgcatatatatgatgattttgtattgggtgtttgagtgtgaagatgatgtgctgctgtgatatgtgatatgaagagattatacat 22159279  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatat 249  Q
    |||||||  |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22159278 agtaactactgaga--gatgagatagtggagactatattctttttatat 22159232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 21974902 - 21974662
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| |||||| |||  |||| || |||| || |||||||||||||| ||||     
T  21974902 gtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgatgagtaggagttgtaccacaatcatataggtc 21974805  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |       |||| | |||||||||||||||     
T  21974804 gttaggagagtccatatgcatatatatgatgattttgtattgggtgtttgagtgtgaagatgatgtgctg-------ttgtgatatgaagagattatacg 21974712  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatat 249  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  21974711 tagtaactgttgagagagatgagatagtggagactatattatttttatat 21974662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 21997333 - 21997093
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| |||||| |||  |||| || |||| || |||||||||||||| ||||     
T  21997333 gtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgatgagtaggagttgtaccacaatcatataggtc 21997236  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |       |||| | |||||||||||||||     
T  21997235 gttaggagagtccatatgcatatatatgatgattttgtattgggtgtttgagtgtgaagatgatgtgctg-------ttgtgatatgaagagattatacg 21997143  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatat 249  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  21997142 tagtaactgttgagagagatgagatagtggagactatattatttttatat 21997093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 27 - 305
Target Start/End: Original strand, 14482047 - 14482329
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatat 126  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   ||| ||||||||||| |||||||||    
T  14482047 atgacgatgaaagtccagtaacatatctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacattcatataggtcgataggagagtccatatacatatatat 14482146  T
Q  127 gatgatg--ttgtattgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgag 222  Q
    |||||||  ||||  | |||| |||  ||| |||| ||||||||| |  |||| |||| ||| ||||||||||| |||| |||||||||| | ||| ||     
T  14482147 gatgatgttttgtgcttggtggttgaaagtgtgaagatgatgtgctgtagtgatttgtgaaaagaagagattatgcataataactgttgacagtgaagat 14482246  T
Q  223 atagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    || ||| ||| |||||| | |||||||||||||||| ||  || |||||||| |||||   ||||| ||| ||||||||||||    
T  14482247 atggtgaagattatattatcttgatatttatttaatatgtgtgtttttccctattattacgttatgacagaatttctcacccc 14482329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 199 - 305
Target Start/End: Original strand, 14063098 - 14063204
Alignment:
Q  199 atagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttc 298  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||||||    
T  14063098 atagtaactgttgagaatcatgagaaagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgtttttccctattattatgttatggcaggatttc 14063197  T
Q  299 tcacccc 305  Q
    |||||||    
T  14063198 tcacccc 14063204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 17790590 - 17790328
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||  ||||||||| |||||||| || |||||||  ||||||| ||||||||||||| || ||||| | ||     
T  17790590 gtccagtaatatacctctgccaaaatat-acagtgaaagtccagtaacataactttggaaaa--atgacgagtaggtgtggtaccgcattcatataagtc 17790494  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtat--tgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagatta 195  Q
      ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |  | |||| |||  ||| |||| || |||||| |  |||| |||||||| ||||||||||    
T  17790493 gataggagagtccatatacatatatatgatgatgttttgtgcttggtggttgtaagtgtgaaaataatgtgctgtagtgatttgtaaaaagaagagatta 17790394  T
Q  196 tacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtg 261  Q
    | |||| |||||||||||| ||| || || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  17790393 tgcataataactgttgagagtgaagatatggtggagattatattattttgatatttatttaatgtg 17790328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 19099032 - 19098770
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||  ||||||||| |||||||| || |||||||  ||||||| ||||||||||||| || ||||| | ||     
T  19099032 gtccagtaatatacctctgccaaaatat-acagtgaaagtccagtaacataactttggaaaa--atgacgagtaggtgtggtaccgcattcatataagtc 19098936  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtat--tgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagatta 195  Q
      ||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |  | |||| |||  ||| |||| || |||||| |  |||| |||||||| ||||||||||    
T  19098935 gataggagagtccatatacatatatatgatgatgttttgtgcttggtggttgtaagtgtgaaaataatgtgctgtagtgatttgtaaaaagaagagatta 19098836  T
Q  196 tacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtg 261  Q
    | |||| |||||||||||| ||| || || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  19098835 tgcataataactgttgagagtgaagatatggtggagattatattattttgatatttatttaatgtg 19098770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Original strand, 4713261 - 4713306
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  4713261 atgacgatgaaagtccagtaacatatctctggcaaattatgacgat 4713306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 16614160 - 16614115
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  16614160 atgacgatgaaagttcagtaacatatctctggcaaattatgacgat 16614115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 14980739 - 14981042
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  14980739 gtccagtaacatatctctggcaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctctggcaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatataggtca 14980838  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14980839 ttaggagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgctgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 14980938  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  14980939 agtaaatgttgagaatgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttctctattattttattatggcaggatttctc 14981038  T
Q  301 accc 304  Q
    ||||    
T  14981039 accc 14981042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 8404237 - 8404539
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| |||||| |||  |||| || |||| ||||||||||||||||| ||||     
T  8404237 gtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgatgagtaggagtggtaccacaatcatataggtc 8404334  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
     |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||    
T  8404335 gttaggagagaccatatgcatatatatgatgattttgtattgggtgtttgagtgtgaagatgatgtgctgctgtgatatgtgaaatgaagagattataca 8404434  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttct 299  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || | | ||||||| ||||||||    
T  8404435 tagtaactgctgagagtgatgagatagtggagaccatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttcc-tactaatatgttatggctggatttct 8404533  T
Q  300 cacccc 305  Q
    ||||||    
T  8404534 cacccc 8404539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 302
Target Start/End: Original strand, 21083790 - 21084087
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| ||||| ||  ||||| |||  |||| || || | ||||||||||||||||| ||||     
T  21083790 gtccagtaacatacctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaac-taattctggcaaa--atgatgagtaagagtggtaccacaatcatataggtc 21083886  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||  | | ||||||||||||||||      
T  21083887 gttaggagagtccatatgcatatatatgatgattttgtattgggtgtttgagtgtgaagatgatgtgctgctatgatatttgaaatgaagagattatatg 21083986  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttct 299  Q
    ||||||||   |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||| ||  || ||| ||| ||||||| ||||||||    
T  21083987 tagtaactaccgagagtgattagatagtggagactatattcttttaatattt-tttaaagttcatgctctt-tctattaatttgttatggctggatttct 21084084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 114 - 272
Target Start/End: Original strand, 21038863 - 21039021
Alignment:
Q  114 tatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgag 213  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| ||| |||  | | ||||||||||||||||  ||||||||  ||      
T  21038863 tatgcatatatatgatgattttgtattgggtgtttgagtgtgaagatgatgtgctgctatgatatttgaaatgaagagattatatgtagtaactactgga 21038962  T
Q  214 actgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttcc 272  Q
    | |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||    
T  21038963 agtgattagagagtggagactatattcttttaatatttatttaaagttcatgcttttcc 21039021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 305
Target Start/End: Original strand, 10641781 - 10642079
Alignment:
Q  5 agtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaatta 103  Q
    ||||| |||||||||| ||| ||||  | ||||||| | |||||||| ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||| ||||| ||||   ||    
T  10641781 agtaatatacctctggtaaaatatgcag-tgaaagttcagtaacataactctggaaaa--atgacaagtaggtgtggtaccacattcatataggtcgata 10641877  T
Q  104 gaagagtccatatgcatatatatgatgatg--ttgtattgggtg--tttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  | ||||  | | ||| |||| ||||||||| |  |||| |||| |||  ||||||||    |    
T  10641878 ggagagtccatatgcatatatatgatgatgttttgtgcttggtggttctaagtgtgaaaatgatgtgctgtagtgatttgtgaaaataagagatt----a 10641973  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttct 299  Q
    || |||||||||| | ||| || || ||||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| | ||||| || |||||||    
T  10641974 taataactgttgaaagtgaagatatggtggagattatattattttgatatttatttaatatgcgtgtttttccctattattatgttatgacaagatttct 10642073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 186 - 305
Target Start/End: Original strand, 10907427 - 10907545
Alignment:
Q  186 gaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttatt 285  Q
    ||||||||||| || | |||||||||||| ||| || || ||||||| |||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||  | ||    
T  10907427 gaagagattatgcaaaataactgttgagagtgaagatattgtggagattatattattt-gatatttatttaatatgcgtgcttttccctattatcatgtt 10907525  T
Q  286 atggcaggatttctcacccc 305  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  10907526 atggcaggatttctcacccc 10907545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 1 - 125
Target Start/End: Original strand, 21038169 - 21038292
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctgg-aaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||   || | ||| ||||||||||||| ||||     
T  21038169 gtccagtaacatacctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggcaaaatgatga--gtaagagtgataccacaatcatataggtc 21038266  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatata 125  Q
     |||| ||||||||||||||||||||    
T  21038267 gttaggagagtccatatgcatatata 21038292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 154 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 977282 - 977177
Alignment:
Q  154 tgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattctt-ttgatattta 252  Q
    |||| ||||||||  | |||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||| ||||||  ||||| || ||||||||||    
T  977282 tgaaaatgatgtgttgttgtgacatgtgaaatgaagagattatacataatgactgttgagac-gatgtgataatggagatcatattattcttgatattta 977184  T
Q  253 tttaatg 259  Q
    |||||||    
T  977183 tttaatg 977177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Original strand, 14980727 - 14980772
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14980727 atgacgatgaaagtccagtaacatatctctggcaaattatgacgat 14980772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 10641703 - 10641768
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatg 67  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||| ||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  10641703 gtccattaacatacctctgaaaaattat-acagtgaaagtccagtaacatacctctggcaaattatg 10641768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 78 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 9190635 - 9190579
Alignment:
Q  78 tggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgatgtt 135  Q
    |||||||||| ||||| |||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9190635 tggtaccacattcatataggtcat-aggagagtccatatgcatgtatatgatgatgtt 9190579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0239 (Bit Score: 233; Significance: 1e-128; HSPs: 1)
Name: scaffold0239
Description:

Target: scaffold0239; HSP #1
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 21615 - 21919
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    ||||||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      
T  21615 gtccagttacatatctctgaaaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctctggcaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatataggtct 21714  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21715 ttaggagagtccatatgtatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgctgctgtgacttgtaaactgaagagattatacat 21814  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  21815 agtaactgttgagactgatgaaatagtggagactatattcttttgatatgtatttaatgtgcatgcttttccctattatttttttatggcaggatttctc 21914  T
Q  301 acccc 305  Q
    |||||    
T  21915 acccc 21919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063 (Bit Score: 230; Significance: 1e-127; HSPs: 2)
Name: scaffold0063
Description:

Target: scaffold0063; HSP #1
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 28735 - 29037
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  28735 gtccagtaacatatctctggaaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatagaggtca 28834  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28835 ttaggagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattcggcgtttgagtgtgaatatgatgtgctgttgtgacatgtaaaatgaagagattatacat 28934  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  28935 agtaactgttgagaatgatgagatagtggagac--tattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctattattttgttatggtaggatttctc 29032  T
Q  301 acccc 305  Q
    |||||    
T  29033 acccc 29037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0063; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Original strand, 28723 - 28768
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  28723 atgacgatgaaagtccagtaacatatctctggaaaattatgacgat 28768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 130431 - 130127
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |    
T  130431 gtccaataacatatctctggcaaattatgacgatgaaagcccagtaacatacctctggcgaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatatagatca 130332  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  130331 ttaggagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttaagtgtaaatatgatgtgctgctgtgacatgtaaaatgaagagattatacat 130232  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  130231 agtaactgttgagaatgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgctttttcctattattttgttatggcaggatttctc 130132  T
Q  301 acccc 305  Q
    |||||    
T  130131 acccc 130127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 130443 - 130398
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  130443 atgacgatgaaagtccaataacatatctctggcaaattatgacgat 130398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Original strand, 13882743 - 13883047
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    ||||| ||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||      
T  13882743 gtccaataacatatctctagaaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctctggtaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatataggttt 13882842  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13882843 ttaggagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgctgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 13882942  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgtta-ttttattatggcaggatttct 299  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  13882943 agtaattgttgagtctgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgtttttccctattatttttattatggtaggatttct 13883042  T
Q  300 caccc 304  Q
    |||||    
T  13883043 caccc 13883047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 214; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 9 - 305
Target Start/End: Original strand, 51659140 - 51659434
Alignment:
Q  9 acatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaaga 108  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||    
T  51659140 acatatctctggcaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctctgacaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatataggtcattaggaga 51659239  T
Q  109 gtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactg 208  Q
    ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51659240 gtccat--gcttatatatgatgatgttgtattgggtgtttaagtgtgaatatgacgtgctgctgtgacatgtaaaatgaagagattatacatagtaactg 51659337  T
Q  209 ttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  51659338 ttgagaatgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgtttttccctattattatgttatggcaggatttctcacccc 51659434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 182 - 305
Target Start/End: Original strand, 1567336 - 1567459
Alignment:
Q  182 aaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattt 281  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||| || ||| |  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||     
T  1567336 aaatgaagagattatacataataactattgatagtgatgcgacagtaggaattatattctttttatatttatttaatgtgcatgtgtttccctattatta 1567435  T
Q  282 tattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    | |||| |||||||||||||||||    
T  1567436 tgttatagcaggatttctcacccc 1567459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Original strand, 13882731 - 13882776
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  13882731 atgacgatgaaagtccaataacatatctctagaaaattatgacgat 13882776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 51659170 - 51659203
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgat 34  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  51659170 gtccagtaacatacctctgacaaattatgacgat 51659203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0218 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 2)
Name: scaffold0218
Description:

Target: scaffold0218; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 4 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 14017 - 13717
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaatta 103  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||    
T  14017 cagtaacatatctctggcaaattatgacgatgaaagtccagtaatatagctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatatacgtcatta 13918  T
Q  104 gaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagt 203  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13917 ggagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgttgctgtgacatgtaaaatgaagagattatacatagt 13818  T
Q  204 aactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctcacc 303  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||    
T  13817 aactattgagaatgatgagatagtggagaatgtattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctattattttgttatggcaggatttcttacc 13718  T
Q  304 c 304  Q
    |    
T  13717 c 13717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0218; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 14032 - 13987
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  14032 atgacgatgaaagttcagtaacatatctctggcaaattatgacgat 13987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 48376435 - 48376139
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |    
T  48376435 gtccagtaacatatctctggcaaattatgacgatgaaagtcaagtaacatacttctggcaaattatgacgataggtgtggtaccacagtcatataggtca 48376336  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    ||||||||||||||||||||        ||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  48376335 ttagaagagtccatatgcat--------tgatgttatattgggtgttttagtgtgaatatgatgtgttgctctgacatgtaaaatgaagagattatacat 48376244  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  48376243 agtaactgttgagaatgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttgttatggcaggatttctc 48376144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 304
Target Start/End: Complemental strand, 9079989 - 9079686
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| || | |    
T  9079989 gtccaataacatatctctggcaaattatgacgatgaaaatccagtaacatacctctggcaaattatgacgataggtgtgggaccacaatcatatagctca 9079890  T
Q  101 ttagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacat 200  Q
    |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||   |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9079889 ttaagagagtccatatgcttatatatgatgatgttaatttgggtgtttgaatgtgaatatgatgtgcagctgtgacatgtaaaatgaagagattatacat 9079790  T
Q  201 agtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctc 300  Q
    |||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | |||||||| ||||||||    
T  9079789 agtaactgttgagaatcttgagatagtggaaactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttctctattattatgttatggcatgatttctc 9079690  T
Q  301 accc 304  Q
    ||||    
T  9079689 accc 9079686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 9e-71
Query Start/End: Original strand, 135 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 16060060 - 16059889
Alignment:
Q  135 tgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagact 234  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  16060060 tgtattgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgctgctgtgacatgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagaatgatgagatagtggagact 16059961  T
Q  235 atattcttttgatattta-tttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  16059960 atattcttttgatatttattttaatgtgcatgtttttccctattattttgttatggcaggatttctcacccc 16059889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 5 - 305
Target Start/End: Original strand, 4532176 - 4532477
Alignment:
Q  5 agtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaatta 103  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||  ||||||| |||||||| || ||| |||  |||| || |||| ||||||||||||||||| |||   |||    
T  4532176 agtaacatacctctggcaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactatggcaaa--atgatgagtaggagtggtaccacaatcatataggccgtta 4532273  T
Q  104 gaagagtccatatgcatatatatg--atgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacata 201  Q
    | ||| |||||||| |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||  |||||||  || |||||| | ||||||||||||    
T  4532274 ggagattccatatggatatatatgtgatgatgttgtatttggtgtttgagtgtgaagatgatgtgttgctgtgatatggaaaatggaaagattatacata 4532373  T
Q  202 gtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctca 301  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||| ||| ||||| | ||||| ||||||  ||||    
T  4532374 gtaactgctgagagtgatgagatagtggagaatatattcttttaatatttatttaacgtgcatgcattttcctattattatgttatgacaggatacctca 4532473  T
Q  302 cccc 305  Q
    ||||    
T  4532474 cccc 4532477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 72 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 20025573 - 20025335
Alignment:
Q  72 taggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgatgtt-gta-ttgggtgtttg---agtttgaatatgatgtg 166  Q
    |||||||||||||||| | ||| ||||   ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||| ||||    ||| |||| ||||||||    
T  20025573 taggtgtggtaccacattaatataggtctataggagagtccatatgcatgtatatgatgatgtttgtgcttgggggttttttcagtgtgaaaatgatgtg 20025474  T
Q  167 ccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgc 266  Q
    | | |||||  ||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||  || ||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||     
T  20025473 ctgatgtgatatgtgaaaagaagagattatacataataattgttgagagtggagatatgttggagattatattattttgatatttatttaatatgcatgt 20025374  T
Q  267 ttttccctgttattttattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||| |||||    
T  20025373 ttttccctattattatgttatggcaggatttcttacccc 20025335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 72 - 305
Target Start/End: Original strand, 37946347 - 37946581
Alignment:
Q  72 taggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtat--tgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccg 169  Q
    |||||||| ||||||| ||||||| ||  |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| |||  |   |||||  || | || |||| |||  |    
T  37946347 taggtgtgttaccacattcatacatgtcgttaggagagtccatatgcatgtatatgttgatgtt-tatgataaatgtttatgtgtaaaaatgaagtgttg 37946445  T
Q  170 ctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttt 269  Q
    ||||||  ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  37946446 ctgtgatatgtgaaatgaagagattatacataataactgtggagagtgatgagacggtggagattatattcttttgatatttatttaaggtgcatacttt 37946545  T
Q  270 tccctgttattttattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    | ||| ||||| | ||||| || ||||| |||||||    
T  37946546 ttcctattattatgttatgacatgatttatcacccc 37946581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 4 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 16060154 - 16060060
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  16060154 cagtaacatatctctggcaaattatgacaatgaaagtccagtaacatacctctggcaaattatgatgataggtgtggtactacaatcatataggt 16060060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 87
Target Start/End: Original strand, 16074756 - 16074842
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccaca 87  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  16074756 gtccagtaacatatctctagcaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctctggcaaattatgacgagaggtgtggtaccaca 16074842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Original strand, 13477893 - 13478026
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||| |||||||| ||||||||||  |||| || |||||||||||||||| ||||| ||||     
T  13477893 gtccagtaacatacctctagcaaattatgtaggtgaaagtccagtaacataactctggaaaa--atgatgagtaggtgtggtaccacattcatataggtc 13477990  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgtt 135  Q
      ||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  13477991 gataggagagttcatatgcatatatataatgatgtt 13478026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 75 - 305
Target Start/End: Original strand, 22615223 - 22615460
Alignment:
Q  75 gtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtat--tgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgc 170  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||| | |  | |||| |||  ||| |||| ||||| |||       
T  22615223 gtgtggtaccacattcatataggtagataagagagtccatatgcatatatatgatgatgttttgtgcttggtggttgtaagtgtgaaaatgatatgcttt 22615322  T
Q  171 tgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgag---atagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgct 267  Q
     |||| |||| ||| ||||||||||| |||| ||||| |||||| ||| ||    |||||||||| |||||| |||||||||||||||| | |   || |    
T  22615323 agtgatttgtgaaaagaagagattatgcataataactattgagagtgaagaagatatagtggagattatattattttgatatttatttagtatatgtgtt 22615422  T
Q  268 tttccctgttattttattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  22615423 tttccctattattatgttatggcaggatttctcacccc 22615460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 11655183 - 11655051
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||  | |||||||||  ||||||| || ||| |||  ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||     
T  11655183 gtccagtaatatacctctggcaaaatatgcag-tgaaagtccaataacataactttggcaaa--atgacgagtaggtgtggtaccacattcatataggtc 11655087  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgtt 135  Q
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11655086 gataggagagtccatatgcatatatatgatgatgtt 11655051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 13477855 - 13477921
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatg 67  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||    
T  13477855 gtccagtaacatacctctggaaaattatgcaggtgaaagtccagtaacatacctctagcaaattatg 13477921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 95
Target Start/End: Original strand, 11252037 - 11252129
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctgg-aaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcataca 95  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||| ||||| ||||| |||||||    
T  11252037 cagtaacatatctctagcaaattatgacgacgagagtccagtaacataactctggcaaaatgatgaagttaggagtggtgccacattcataca 11252129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 95
Target Start/End: Original strand, 11254541 - 11254633
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctgg-aaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcataca 95  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||| ||||| ||||| |||||||    
T  11254541 cagtaacatatctctagcaaattatgacgacgagagtccagtaacataactctggcaaaatgatgaagttaggagtggtgccacattcataca 11254633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 95
Target Start/End: Original strand, 11257046 - 11257138
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctgg-aaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcataca 95  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||| ||||| ||||| |||||||    
T  11257046 cagtaacatatctctagcaaattatgacgacgagagtccagtaacataactctggcaaaatgatgaagttaggagtggtgccacattcataca 11257138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 4 - 95
Target Start/End: Original strand, 11259552 - 11259644
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctgg-aaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcataca 95  Q
    |||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||| |||| | |||| ||||| ||||| |||||||    
T  11259552 cagtaacatatctctagcaaattatgacgacgagagtccagtaacataactctggcaaaatgatgaagttaggagtggtgccacattcataca 11259644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 172 - 258
Target Start/End: Original strand, 13486390 - 13486476
Alignment:
Q  172 gtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaat 258  Q
    |||| |||| ||| ||||| ||||| |||| |||||||||||| ||| || ||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  13486390 gtgatttgtgaaaagaagatattatgcataataactgttgagagtgaagatatattagagattatattattttgatatttatttaat 13486476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 48376447 - 48376402
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  48376447 atgacgatgaaagtccagtaacatatctctggcaaattatgacgat 48376402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 9080001 - 9079956
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| |||||| |||||||||||||    
T  9080001 atgacgatgaaagtccaataacatatctctggcaaattatgacgat 9079956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 11655219 - 11655155
Alignment:
Q  2 tccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatg 67  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |  ||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||    
T  11655219 tccagtaacatacctctgacaaattatg-cagtgaaagtccagtaatatacctctggcaaaatatg 11655155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 30
Target Start/End: Complemental strand, 16060119 - 16060090
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatga 30  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16060119 gtccagtaacatacctctggcaaattatga 16060090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 29
Target Start/End: Original strand, 22615112 - 22615140
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatg 29  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  22615112 gtccagtaacatacctctggcaaattatg 22615140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 2 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 23658220 - 23658012
Alignment:
Q  2 tccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaat 101  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |    
T  23658220 tccagtaacatatctctgtcaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctctggcaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatataggtcgt 23658121  T
Q  102 tagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacata 201  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23658120 taggagagtccatatgcatatatatgatgaagttgtattgggtgtttgagtgtgaataggatgtgctgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacata 23658021  T
Q  202 gtaactgtt 210  Q
    |||||||||    
T  23658020 gtaactgtt 23658012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Original strand, 17862509 - 17862606
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  17862509 gtccagtaacatatctctggcaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctatggcaaattatgacgataggtgtggtaccacattcatataggt 17862606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 234 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 24505574 - 24505503
Alignment:
Q  234 tatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||| | ||||   |||||||||||||||    
T  24505574 tatattattttgatatttatttaatatgcatgctttttcctattattatgttattataggatttctcacccc 24505503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Complemental strand, 23658183 - 23658150
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgat 34  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23658183 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgat 23658150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Original strand, 17862497 - 17862542
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    ||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  17862497 atgacgacgaaagtccagtaacatatctctggcaaattatgacgat 17862542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0385 (Bit Score: 132; Significance: 2e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0385
Description:

Target: scaffold0385; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 13890 - 13590
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||  |||||   |||||| |||  |||| || |||| ||||||||||||||||| || |     
T  13890 gtccagtaacatatctctggcaaactatgatgagaaaagtccattaacaa--ctctggcaaa--atgatgagtaggagtggtaccacaatcatatagatc 13795  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
     |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||| | ||||||||||||||||    
T  13794 gttaggagagtacatatgcatatatatgatgattttgtattgggtgtttgagtgtgaatatgatgtgctgctgtgatatgtgatatgaagagattataca 13695  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttct 299  Q
    ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  || | | ||||||| ||||||||    
T  13694 tagtaactgctgagagagatgagatagtggagactatattctttttatatttatttaatgtgcatgcttttcc-taataatatgttatggctggatttct 13596  T
Q  300 cacccc 305  Q
    ||||||    
T  13595 cacccc 13590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 17)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 15873346 - 15873648
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||||| ||  ||||||| |||||||| ||||||  ||  |||| || |||| ||||||||||||||||| ||||     
T  15873346 gtccagtaacatatctctgacaaactatgatgagaaaagtccagtaacataactctggctaa--atgatgagtaggagtggtaccacaatcatataggtc 15873443  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
     |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   |||||| |||| ||| ||||| | |||||  ||| ||||||||| ||||||||    
T  15873444 gttaggagagtccatatgcatatatatgatgattttgtattgggcccttgagtgtgaagatgttgtgctgttgtgatatgtgaaatgaagacattataca 15873543  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttct 299  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  || | | ||||||| ||||||||    
T  15873544 tagtaactgctgagagtgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgaatgcttttcc-taataatatgttatggctggatttct 15873642  T
Q  300 cacccc 305  Q
    ||||||    
T  15873643 cacccc 15873648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 73 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 17335291 - 17335060
Alignment:
Q  73 aggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctg 172  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||   ||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||    
T  17335291 aggtgtggtaccacattcatataggttgataggagagtccacgtgcatatatatgatgatgttgtatttggtgtttgattgtgaatatgatgtgctgctg 17335192  T
Q  173 tgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttcc 272  Q
    |||  ||| |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| |    
T  17335191 tgatatgtgaaatgaggagattatatataataactgttgagagtgatgggataatggagattatattcttttgatatttatttaat-tgtgtgctttttc 17335093  T
Q  273 ctgttattttattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    || ||||| | |||||| |||||||| ||||||    
T  17335092 ctattattatgttatggaaggatttcccacccc 17335060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 78 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 12136696 - 12136565
Alignment:
Q  78 tggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgact 177  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||| |||||||      
T  12136696 tggtaccacaatcatataggtcgttaggagattccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtgtgaagacgatgtgctgctgtgata 12136597  T
Q  178 tgtaaaatgaagagattatacatagtaactgt 209  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12136596 tgtgaaatgaagagattatacatagtaactgt 12136565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 17418403 - 17418306
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  17418403 gtccagtaacatatctctggtaaattatgacgatgaaagtctagtaacatacctctggcaaattatgacgataggtgtggtaccacattcatataggt 17418306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Original strand, 19728710 - 19728807
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  19728710 gtccagtaacatatctctgacaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctttggcaaattatgacgataggtgtggtaccacattcatataggt 19728807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 11555671 - 11555365
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||| |||| | ||||||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||| |||  |||| || ||||||||||||| || |||||  |||     
T  11555671 gtccagtaaaatacttttggcaaattatgtaggtgaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgatgagtaggtgtggtaccgcattcatattggtc 11555574  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatg--ttgtattgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagatta 195  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  | |||| |||  | | |||| ||||||||  || ||||  ||| ||| ||||||||||    
T  11555573 aataggagagtccatatgcatatatatgatgatgttttgtgcttggtggttgcaattgtgaaaatgatgtgttgcagtgatatgtgaaa-gaagagatta 11555475  T
Q  196 tacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggat 295  Q
    |  ||| ||| | |||||| ||| || || ||||| | |||||| |||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||| | ||||| ||||||    
T  11555474 tgaataataattattgagagtgaagatatggtggaaattatattattttgatatttatttaatatgcgtgtttttccctattattatgttatgacaggat 11555375  T
Q  296 ttctcacccc 305  Q
    ||||||||||    
T  11555374 ttctcacccc 11555365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 5 - 305
Target Start/End: Original strand, 16285498 - 16285800
Alignment:
Q  5 agtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaatta 103  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||    |    
T  16285498 agtaatatacctctggcaaaatatgaag-tgaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgacgagtaggtgtggtaccacattcatataggtcgaaa 16285594  T
Q  104 gaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtat--tgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattataca 199  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||| |||  | |||| |||  ||| |||| ||||||||     ||||  ||| ||| ||||| ||||| ||    
T  16285595 ggagagtccatatgcatatacatgatgatgttttatgcttggtggttgtaagtgtgaaaatgatgtgttttagtgatctgtgaaaagaagatattatgca 16285694  T
Q  200 tagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttct 299  Q
    || |||| |||| || ||| || || ||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||| || |||||||| || || | |||||| |||||||||    
T  16285695 taataaccgttgggagtgaagatatggtggagattattttattttgatatttatttaatatgcgtgtttttccctattcttatgttatggtaggatttct 16285794  T
Q  300 cacccc 305  Q
    ||||||    
T  16285795 cacccc 16285800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 154 - 302
Target Start/End: Original strand, 20874225 - 20874373
Alignment:
Q  154 tgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttat 253  Q
    |||| ||||||||  || |||| |||| ||| |||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||| | |||||   ||| ||||||    
T  20874225 tgaaaatgatgtgttgccgtgatttgtgaaaagaagagattatacataataattgttgagagtgatgcgatagtagagattgtattccaatgaaatttat 20874324  T
Q  254 ttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctcac 302  Q
    ||||||||| || |||| ||| ||||| | | |||||||||||||||||    
T  20874325 ttaatgtgcgtgttttttcctattattatgtcatggcaggatttctcac 20874373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12228687 - 12228379
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||| |||||||||| ||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||||||| ||  |||| |||| || |||||||| ||||| ||||     
T  12228687 gtccagtaaaatacctctggaaaattatgcag-tgaaagtccagtaacataactctggaaaaata--acgagtaggcgttgtaccacattcatataggtc 12228591  T
Q  100 at-tagaagagtccatatgcat--atatatgatgatgtt--gtattgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagaga 192  Q
       ||| ||||| |||||||||  ||||||||| || ||  || || |||| |||  ||| ||||  |||||||  | |||||  ||| ||| |||||||    
T  12228590 cgataggagagttcatatgcatctatatatgattattttttgtgtttggtggttgtaagtgtgaaggtgatgtgttgttgtgatctgtgaaaagaagaga 12228491  T
Q  193 ttatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcag 292  Q
    |||| | || |||||||||||| ||| || || |||| || ||| || ||||| |||||||||||  ||| ||||||||||| ||||| | ||||| |||    
T  12228490 ttatgcgtaataactgttgagagtgaagatatggtgg-gattattttattttgttatttatttaacatgcgtgcttttccctattattatgttatgtcag 12228392  T
Q  293 gatttctcacccc 305  Q
    ||||| |||||||    
T  12228391 gatttatcacccc 12228379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 17418415 - 17418370
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  17418415 atgacgatgaaagtccagtaacatatctctggtaaattatgacgat 17418370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 194 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 9563862 - 9563751
Alignment:
Q  194 tatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcagg 293  Q
    |||| ||| |||| ||||||| ||||| |||  |||| | | ||||||||  |||| |||||| ||||||||  ||||| | ||||| | ||||||||||    
T  9563862 tatatataataaccgttgagaatgatgtgatgatggaaattttattctttctatatgtatttattgtgcatgtgtttccatattattatgttatggcagg 9563763  T
Q  294 atttctcacccc 305  Q
    ||||||||||||    
T  9563762 atttctcacccc 9563751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 11331426 - 11331363
Alignment:
Q  72 taggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgatgtt 135  Q
    ||||||||||| |||| ||||| ||||  |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  11331426 taggtgtggtatcacattcatataggttgttaggagaatccatatgcatgtatatgatgatgtt 11331363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 56
Target Start/End: Complemental strand, 11936185 - 11936130
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctct 56  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||| |||| ||| ||||    
T  11936185 gtccagtaacatacctctggcaaattatgtaggtgaaagtccagtaatataactct 11936130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 11555709 - 11555643
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatg 67  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||| |||| |||| | ||| ||||||||    
T  11555709 gtccagtaatatacctctggcaaattatgtaggtgaaagtccagtaaaatacttttggcaaattatg 11555643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 16285420 - 16285485
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatg 67  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |  ||||||||| |||||||| |||| | ||||||||    
T  16285420 gtccagtaacatacctctggaaaattatg-cagtgaaagtccagtaacatatctctagcaaattatg 16285485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 67
Target Start/End: Original strand, 16285415 - 16285448
Alignment:
Q  34 tgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatg 67  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16285415 tgaaagtccagtaacatacctctggaaaattatg 16285448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Original strand, 19728698 - 19728743
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||  |||||||||||||    
T  19728698 atgacgatgaaagtccagtaacatatctctgacaaattatgacgat 19728743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 27 - 305
Target Start/End: Original strand, 24832462 - 24832742
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatat 126  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||   ||| |||||||||||||||||||||    
T  24832462 atgacgatgaaagtccagtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacattcatataggtcgataggagagtccatatgcatatatat 24832561  T
Q  127 gatgatg--ttgtattgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgag 222  Q
    |||||||  ||||  | |||| |||  | | |||| |||| |||| |  |||| |||| |||  | ||||||||  ||| |||||||||||| ||| ||     
T  24832562 gatgatgttttgtgcttggtggttgaaaatgtgaaaatgacgtgctgtagtgatttgtgaaa--aggagattatgtataataactgttgagagtgaagat 24832659  T
Q  223 atagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggatttctcacccc 305  Q
    || ||||||| |||||| | |||||||| ||||||| ||   | |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  24832660 atggtggagattatattatcttgatattgatttaatatgtgcgtttttccctattattatgttatggcaggatttctcacccc 24832742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 194 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 24562709 - 24562598
Alignment:
Q  194 tatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcagg 293  Q
    |||||||  |||| ||||||| ||||| |||||| || | | ||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  24562709 tatacatgataaccgttgagagtgatgcgatagtagaaattgtattcctatgaaatttatttaatgtgcgtgcttttccctattattatgttatggcagg 24562610  T
Q  294 atttctcacccc 305  Q
    ||||||||||||    
T  24562609 atttctcacccc 24562598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 194 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 24603743 - 24603632
Alignment:
Q  194 tatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcagg 293  Q
    |||||||  |||| ||||||| ||||| |||||| || | | ||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  24603743 tatacatgataaccgttgagagtgatgcgatagtagaaattgtattcctatgaaatttatttaatgtgcgtgcttttccctattattatgttatggcagg 24603644  T
Q  294 atttctcacccc 305  Q
    ||||||||||||    
T  24603643 atttctcacccc 24603632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 24615021 - 24614921
Alignment:
Q  34 tgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgat 132  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||| |||||||||||  ||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  24615021 tgaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgacgagtaggtgtggtatgacattcatataggtcgttaggagagtccatatgcatgtatatgatgat 24614924  T
Q  133 gtt 135  Q
    |||    
T  24614923 gtt 24614921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 24711419 - 24711319
Alignment:
Q  34 tgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgat 132  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||| |||||||||||  ||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  24711419 tgaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgacgagtaggtgtggtatgacattcatataggtcgttaggagagtccatatgcatgtatatgatgat 24711322  T
Q  133 gtt 135  Q
    |||    
T  24711321 gtt 24711319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 24744415 - 24744315
Alignment:
Q  34 tgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgat 132  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||| |||||||||||  ||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  24744415 tgaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgacgagtaggtgtggtatgacattcatataggtcgttaggagagtccatatgcatgtatatgatgat 24744318  T
Q  133 gtt 135  Q
    |||    
T  24744317 gtt 24744315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 24757181 - 24757081
Alignment:
Q  34 tgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgat 132  Q
    ||||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||| |||||||||||  ||| ||||| ||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  24757181 tgaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgacgagtaggtgtggtatgacattcatataggtcgttaggagagtccatatgcatgtatatgatgat 24757084  T
Q  133 gtt 135  Q
    |||    
T  24757083 gtt 24757081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 4 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 19019578 - 19019478
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatg---acgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    |||||||||| || || |||||||| | ||  ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  19019578 cagtaacatatctttgacaaattattaggacaaaattccagtaacatacctttggaaaattatgacgacgataggtgtagtaccacattcatataggtaa 19019479  T
Q  101 t 101  Q
    |    
T  19019478 t 19019478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 135
Target Start/End: Original strand, 22486047 - 22486112
Alignment:
Q  70 gataggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgatgtt 135  Q
    |||||||||||||||||  ||||| ||||| |  ||||||||||||||||| || || ||||||||    
T  22486047 gataggtgtggtaccactttcatataggtattaggaagagtccatatgcatttaaattatgatgtt 22486112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 24832474 - 24832507
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgat 34  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24832474 gtccagtaacatacctctggaaaattatgacgat 24832507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Original strand, 44586859 - 44587166
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||  | ||||||||| |||||||| |||||| |||  |||| || |||||||||||||||| ||||| ||||     
T  44586859 gtccagtaacatacttctgacaaattatgtaggtgaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgatgagtaggtgtggtaccacattcatataggtt 44586956  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatg--ttgtattgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagatta 195  Q
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||  | |||| |||  ||| |||| ||||||||| |  |||| |||| ||| ||||||||||    
T  44586957 gataggagagtccatatgcatatatatgatgatgttttgtgcttggtggttgtaagtgtgaaaatgatgtgctgtagtgatttgtgaaaagaagagatta 44587056  T
Q  196 tacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggat 295  Q
      |||| || |  |||||| |||||| || ||||||| |||||| |||||||| ||||||||| ||  || |||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  44587057 agcataatacccattgagagtgatgatatggtggagattatattattttgataattatttaatatgtgtgtttttccctattattttgttatggcaggat 44587156  T
Q  296 ttctcacccc 305  Q
    || |||||||    
T  44587157 ttatcacccc 44587166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 23907566 - 23907469
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    |||||||||| || |||||  ||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  23907566 gtccagtaacttatctctgaaaaattatgacgatgatagtcgagtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtactacattcatataggt 23907469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 186 - 305
Target Start/End: Original strand, 23661457 - 23661576
Alignment:
Q  186 gaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttatt 285  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| || || ||  ||| |||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||| | ||    
T  23661457 gaagagattatgcataataactgttgagagtgaagatatggtaaagattatattattttgatatttatttaatatgcgttcttttccctattattatgtt 23661556  T
Q  286 atggcaggatttctcacccc 305  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  23661557 atggcaggatttctcacccc 23661576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 4 - 98
Target Start/End: Original strand, 23247503 - 23247597
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    |||||||||| ||||   ||||||||||||| ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  23247503 cagtaacatatctctaaaaaattatgacgataaaagtccagtaatatacctttggaaaattatgacgataggtgtggtaccacattcatataggt 23247597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 21246636 - 21246505
Alignment:
Q  4 cagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaatta 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||| |||||||||   ||||| ||||  |||    
T  21246636 cagtaacatacctctggcaaattatgacga-gaaaatccagtaacataactctggaaaatgatga-gataggagtggtaccatgttcatataggtcttta 21246539  T
Q  104 gaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgt 137  Q
    | ||||||||| |||||  || ||| ||||||||    
T  21246538 ggagagtccatgtgcattgatgtgaagatgttgt 21246505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 172 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 24786203 - 24786072
Alignment:
Q  172 gtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttc 271  Q
    |||| |||| ||| ||||||||||||||||  ||||||||||| ||| || || ||||||| |||||| || |||||||||||| || ||  || |||||    
T  24786203 gtgaattgtgaaaagaagagattatacataaaaactgttgagagtgaagatatggtggagattatattattctgatatttatttgatatgtgtgtttttc 24786104  T
Q  272 cctgttattttattatggcaggatttctcacc 303  Q
    ||  ||||| | ||||||||||||||||||||    
T  24786103 ccaattattatgttatggcaggatttctcacc 24786072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 5 - 132
Target Start/End: Original strand, 23656836 - 23656962
Alignment:
Q  5 agtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaatta 103  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| ||  |||| || |||||||| ||||||||||  | || || |||| ||||||||||| ||||| ||||   ||    
T  23656836 agtaacatacctctggaaaactatgatgagaaaagcccagtaacataactctggaaaa--acgatgagtaggagtggtaccacattcatataggttgata 23656933  T
Q  104 gaagagtccatatgcatatatatgatgat 132  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||    
T  23656934 ggagagtccatatgcatatatatgatgat 23656962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 16858456 - 16858353
Alignment:
Q  23 aattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcata 121  Q
    |||||||||||  |||||||  ||||||| || ||| |||  ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||  |||| |||||||||||||||     
T  16858456 aattatgacgagaaaagtccgataacataactttggcaaa--atgacgaataggtgtggtaccacattcatataggtcgttaggagagtccatatgcatg 16858359  T
Q  122 tatatg 127  Q
    ||||||    
T  16858358 tatatg 16858353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 39
Target Start/End: Complemental strand, 22521476 - 22521438
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaag 39  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  22521476 gtccagtaacatatctctggcaaattatgacgatgaaag 22521438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Original strand, 44586821 - 44586887
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatg 67  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||    
T  44586821 gtccagtaatatacctctggcaaattatgcaggtgaaagtccagtaacatacttctgacaaattatg 44586887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 93
Target Start/End: Complemental strand, 13361497 - 13361405
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcata 93  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  ||  ||||||| |||||||| |||||| ||| | ||| || |||||||||||||||| |||||    
T  13361497 gtccagtaacatacctctggcaaactatgtagagaaaagtccagtaacataactctggcaaaat-tgaagagtaggtgtggtaccacattcata 13361405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 270
Target Start/End: Original strand, 32252722 - 32252809
Alignment:
Q  182 aaatgaagagattatacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgctttt 270  Q
    |||||||||||||||| || || |||||||||  ||| ||||| || |||| |||||||  |||||||||||||||||||  |||||||    
T  32252722 aaatgaagagattatatatggtgactgttgagggtgaagagatggtagagattatattc-cttgatatttatttaatgtgtgtgctttt 32252809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 22521489 - 22521414
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaa-gtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat---aggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||||||   ||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  22521489 atgacgatgaaaagtccagtaacatatctctggcaaattatgacgatgaaaggcgtggtaccacattcataaaggt 22521414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0092 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0092
Description:

Target: scaffold0092; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 9 - 230
Target Start/End: Original strand, 20070 - 20287
Alignment:
Q  9 acatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggtaattagaag 107  Q
    |||||||| ||||||| ||||| ||  |||  || |||||||| |||||| |||  |||| || |||| ||||||||||||||||||||||  |||| ||    
T  20070 acatacctatggcaaactatgatgagaaaatcccagtaacataactctggcaaa--atgatgagtaggagtggtaccacaatcatacaggtcgttaggag 20167  T
Q  108 agtccatatgcatatatatgatgatgttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagattatacatagtaact 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||| ||||||||  |||||||   || ||||||||||   | |||||||||||    
T  20168 agtccatatgcatatatatgatgataatgtattgggtgtttgagtgtgaagatgatgtgttgctgtgatacgtgaaatgaagag---aaacatagtaact 20264  T
Q  208 gttgagactgatgagatagtgga 230  Q
    | ||||| |||||||||||||||    
T  20265 gctgagagtgatgagatagtgga 20287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1043 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold1043
Description:

Target: scaffold1043; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Original strand, 1690 - 1787
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  1690 gtccagtaacatatctctggcaaattatgacgataaaagtccagtaacatacctctggcaaattatgacgataggtgtggtaccacattcatataggt 1787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1043; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 73
Target Start/End: Original strand, 1678 - 1724
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgata 73  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  1678 atgacgatgaaagtccagtaacatatctctggcaaattatgacgata 1724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010 (Bit Score: 74; Significance: 8e-34; HSPs: 2)
Name: scaffold0010
Description:

Target: scaffold0010; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Complemental strand, 142036 - 141939
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  142036 gtccagtaatatatctctggcaaattatgacgatgaaagtccagtaacatacctctggcaaattatgacgataggtgtggtaccacattcatataggt 141939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0010; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 142048 - 142003
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  142048 atgacgatgaaagtccagtaatatatctctggcaaattatgacgat 142003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0170 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0170
Description:

Target: scaffold0170; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 17028 - 16907
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggtaa 100  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||      
T  17028 gtccagtaacttatctctggcaaattatgacgatgatagtcgagtaacatacctctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacattcatataggt-c 16930  T
Q  101 ttagaa--gagtccatatgcata 121  Q
    ||||||  |||||||||||||||    
T  16929 ttagaaatgagtccatatgcata 16907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0145 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 1)
Name: scaffold0145
Description:

Target: scaffold0145; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 305
Target Start/End: Complemental strand, 12222 - 11916
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| |||||| |||  ||||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||     
T  12222 gtccagtaaaatacctctggcaaaatatgaag-tgaaagtccagtaacataactctggcaaa--atgacgagtaggtttggtaccacattcatataggtc 12126  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgttgtat--tgggtgtttg--agtttgaatatgatgtgccgctgtgacttgtaaaatgaagagatta 195  Q
       || |||||||||||||||||| ||||||||||  |||  | |||| |||  ||| |||| ||||||||  |  ||||  ||| ||| ||||| ||||    
T  12125 gaaaggagagtccatatgcatatacatgatgatgtattatgcttggtggttgtaagtgtgaaaatgatgtgttgtagtgatctgtgaaaagaagatatta 12026  T
Q  196 tacatagtaactgttgagactgatgagatagtggagactatattcttttgatatttatttaatgtgcatgcttttccctgttattttattatggcaggat 295  Q
    | |||| |||| |||| || ||| || || ||||||| ||| || |||||||||||||||||| ||| || |||||||| || || | |||||| |||||    
T  12025 tgcataataaccgttgggagtgaagatatggtggagattattttattttgatatttatttaatatgcgtgtttttccctattcttatgttatggtaggat 11926  T
Q  296 ttctcacccc 305  Q
    ||||||||||    
T  11925 ttctcacccc 11916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 59; Significance: 8e-25; HSPs: 2)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 98
Target Start/End: Original strand, 18378 - 18476
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacc-tctggaaaattatgacgataggtgtggtaccacaatcatacaggt 98  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  18378 gtccagtaacatatctctggcaaattatgacgatgatagtccagtaacataccttctgacaaattatgacgataggtgtggtacgacattcatataggt 18476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 27 - 72
Target Start/End: Original strand, 18366 - 18411
Alignment:
Q  27 atgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacgat 72  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  18366 atgacgatgaaagtccagtaacatatctctggcaaattatgacgat 18411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1001 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 2)
Name: scaffold1001
Description:

Target: scaffold1001; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 1098 - 966
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatgacga-taggtgtggtaccacaatcatacaggta 99  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||| | || ||| |||||  |||  ||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||     
T  1098 gtccagtaacatacatctggcaaaatatgcag-tgaaagtccaggaatataactctgacaaa--atgacgagtaggtgtggtaccacattcatataggtc 1002  T
Q  100 attagaagagtccatatgcatatatatgatgatgtt 135  Q
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1001 gataggagagtccatatgcatatatatgatgttgtt 966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1001; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 1 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 1135 - 1070
Alignment:
Q  1 gtccagtaacatacctctggcaaattatgacgatgaaagtcctgtaacatacctctggaaaattatg 67  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||    
T  1135 gtccagtaaaatacctctggcaaattatg-cagtgaaagtccagtaacatacatctggcaaaatatg 1070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 76 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 40716 - 40624
Alignment:
Q  76 tgtggtaccacaatcatacaggtaattagaagagtccatatgcatatatatgatgatg-ttgtattgggtgtttgagtttgaatatgatgtgc 167  Q
    |||||||||||| ||||| ||||  |||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||| ||  |||||| ||| |||| |||||||||    
T  40716 tgtggtaccacattcatataggtcgttaggagagttcatatgcatgtatatgatgatgtttgtttttagtgtttaagtgtgaaaatgatgtgc 40624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University