View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0328_low_8 (Length: 359)

Name: NF0328_low_8
Description: NF0328
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0328_low_8
NF0328_low_8
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (62-346)||(16176668-16176952)
chr2 (62-329)||(16154947-16155217)
chr2 (62-343)||(16146315-16146596)
chr2 (62-203)||(16271107-16271248)
chr2 (94-185)||(16289243-16289334)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 62 - 346
Target Start/End: Original strand, 16176668 - 16176952
Alignment:
62 cacaaaaattgttggtagttgtgcaaaagaagattgtgcaactcattgtcaatcatatgcaaaaggtgttgctgttttaggatcctcatgttcatactac 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
16176668 cacaaaaattgttggtagttgtgcaaaagaagattgtgcaactcattgtcaatcatatgcaaaaggtgttgctgttttaggatcatcatgttcatactac 16176767  T
162 aacttatgcacttgtacttttgataagccaccaccaggattaacaccacctggtaattgtattattgggatgggaatttgcaatggtgactgtcaagatg 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
16176768 aacttatgcacttgtacttttgataagccaccaccaggattaacaccacctggtaattgtattattgggatgggaatttgcaatggtgactgtcaagatg 16176867  T
262 aatgttgcaacaaaaggtgtgttagtcgatatagtaaaacgggttctgggaactgtgttgatgcctttggtatgattctttgtct 346  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||    
16176868 aatgttgcaacaaaaggtgtgttagtcgatatagtaaaacgggttctgggaattgtgtcgatgcctttggtatgattctttgtct 16176952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 62 - 329
Target Start/End: Original strand, 16154947 - 16155217
Alignment:
62 cacaaaaattgttggtagttgtgcaaaagaagattgtgcaactcattgtcaatcatatgcaaaaggtgttgctgttttaggatcctcatgttcatactac 161  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
16154947 cacaataattgttggtagttgtgcaaaaatagattgtgcaactcattgtcaagcatatggaaaaggtgttgctgttttaggatcctcatgttcattctac 16155046  T
162 aacttatgcacttgtacttttgataagccaccaccaggatt---aacaccacctggtaattgtattattgggatgggaatttgcaatggtgactgtcaag 258  Q
    |||||||||||||||| || |||| |||||||||||| |||   | ||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||| || |||||||| |     
16155047 aacttatgcacttgtagttatgatcagccaccaccagcattatcatcaccaactggtcattgtgatattgggatgggaatttgcactgatgactgtctaa 16155146  T
259 atgaatgttgcaacaaaaggtgtgttagtcgatatagtaaaacgggttctgggaactgtgttgatgccttt 329  Q
     ||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||  ||||||| ||||||||    
16155147 gtgattgttgcaacaaaaagtgtgttagtagatatagtaaaacaggtgctggggtctgtgttaatgccttt 16155217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 138; E-Value: 4e-72
Query Start/End: Original strand, 62 - 343
Target Start/End: Original strand, 16146315 - 16146596
Alignment:
62 cacaaaaattgttggtagttgtgcaaaagaagattgtgcaactcattgtcaatcatatgcaaaaggtgttgctgttttaggatcctcatgttcatactac 161  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| |    || ||| | || | ||||| ||| |||  |||||||||||| |||||||||| |||     
16146315 cacaaaaattgttggtagctgtgcaagacaagattgttctgaacactgtaattcctttgcaagaggcgttcgtgttttaggatcgtcatgttcattctat 16146414  T
162 aacttatgcacttgtacttttgataagccaccaccaggattaacaccacctggtaattgtattattgggatgggaatttgcaatggtgactgtcaagatg 261  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
16146415 aacttatgcacttgtacttatgatcagccaccacctggattgacaccacctggtaactgtggtattgggatgggaatttgcactggtgactgtcaagatg 16146514  T
262 aatgttgcaacaaaaggtgtgttagtcgatatagtaaaacgggttctgggaactgtgttgatgcctttggtatgattctttg 343  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||| |||||||||||| ||| ||||| ||||||    
16146515 attgttgcaacaaaaggtgtgttagtagatatagtaaaacgggtgttgggaagtgtgttgatgcccttgatatgagtctttg 16146596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 62 - 203
Target Start/End: Original strand, 16271107 - 16271248
Alignment:
62 cacaaaaattgttggtagttgtgcaaaagaagattgtgcaactcattgtcaatcatatgcaaaaggtgttgctgttttaggatcctcatgttcatactac 161  Q
    |||||||||| | ||||| ||||  |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
16271107 cacaaaaattataggtagatgtgataaagcaaattgtgcaactcattgtcaatcatatgcaaaaggtgttgctgttttaggatcttcatgttcattctac 16271206  T
162 aacttatgcacttgtacttttgataagccaccaccaggatta 203  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||  | | ||||||||||||    
16271207 aacttatgcacctgtgcttttgatcggtctccaccaggatta 16271248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 94 - 185
Target Start/End: Original strand, 16289243 - 16289334
Alignment:
94 attgtgcaactcattgtcaatcatatgcaaaaggtgttgctgttttaggatcctcatgttcatactacaacttatgcacttgtacttttgat 185  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||| |||| ||||||||    
16289243 attgtgcagttcattgtcaatcatatgcaaaagatgttgctgttttaggatcatcatgttcattctacgacttatgcatttgtgcttttgat 16289334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University