View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF0342_2D_low_1 (Length: 1756)
Name: NF0342_2D_low_1
Description: NF0342_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0342_2D_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 871; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 871; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 784 - 1739
Target Start/End: Complemental strand, 40853400 - 40852446
Alignment:
| Q |
784 |
gtacgaatgtggatatgggtacagggtaccttgaggtccacacatttccattataaaaaataattgtatatttagttgatagtactttggttttatcttc |
883 |
Q |
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| T |
40853400 |
gtacgaatgtggatatgggtacagggtaccttgaggtccacacatttccattataaaaaataattgtatatttagttgatagtactttggttttatcttc |
40853301 |
T |
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| Q |
884 |
ctgcacatgctctgtcagcaatgcttcttgcatgaagaggacttatttcactgcttcttgtgattgcctcactatcttcagttttggatgagactttgat |
983 |
Q |
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| T |
40853300 |
ctgcacatgctctgtcagcaatgcttcttgcatgaagaggacttatttcactgctttttgtgattgcctcactatcttcagttttggatgagactttgat |
40853201 |
T |
|
| Q |
984 |
tatcctttgtggccgggttttctcttggattctgagaattctttctttacttttgagatggccccggtgattgtgattggtgggacgctttttgacattg |
1083 |
Q |
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| T |
40853200 |
tatcctttgtggccgggttttctcttggattctgagaattctttctttacttttgagatggccccggtgattgtgattggtgggacgctttttgacattg |
40853101 |
T |
|
| Q |
1084 |
gtgtttggggcggttgtcttcggatctggagaaacataannnnnnnnnatatcatgtcctcgaagtgattaatgtttgttagagaacctgtaagacacat |
1183 |
Q |
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| T |
40853100 |
gtgtttggggcggttgtctttggatctggagaaacataatttttttt-atatcatgtcctcgaagtgattaatgtttgttagagaacctgtgagacacat |
40853002 |
T |
|
| Q |
1184 |
aaggcaaattctcctctcccaacaaaatatttttcacacgcaagagtcggtcatcgaacatatatgaaattgagttcttatctttatatttggtttgtta |
1283 |
Q |
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|
|
| T |
40853001 |
aagacgaattctcctctcccaacaaaatatttttcacacgcaagagttggtcatcgaacatatatgaaattgagttctcatctttatatttggtttgtta |
40852902 |
T |
|
| Q |
1284 |
gagagtaagactatattaatataaattttgtaaaataaagaaccatttttaaacnnnnnnntggagcatattgttatataacttttgtggtccttttcta |
1383 |
Q |
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|
| T |
40852901 |
gagagtaagactatattaatataaattttgtaaaataaagaaccatttttaaacaaaaaaatggagcatattgttatataacttttgtggtccttttcta |
40852802 |
T |
|
| Q |
1384 |
tagcacaatcttttttcttccattcatttatcaatttatggacttctacttgttagccaccaatacaagatacttgtcatggatttatccttacacattt |
1483 |
Q |
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|
| T |
40852801 |
tagcacaatcttttttcttccattcatttatcaatttatggacttctacttgttagccaccaatacaagatacttgtcatggatttatccttacacattt |
40852702 |
T |
|
| Q |
1484 |
cctttttgagcaattatttacaagtaaactatatatataactaaataggaagaaaaatatatcaaaagtaagtgctcataaaagcatatattcagttata |
1583 |
Q |
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| T |
40852701 |
cctttttgagcaattatttacaagtaaactatatatataactaaataggaagaaaaataaatcaaaagtaagtgctcataaaagcatatattcagttata |
40852602 |
T |
|
| Q |
1584 |
ggtctgcttcagtgtatgttgttagttttgagtattgagcactcaattatgatgaaagtgctagttcagcccaagctaaagatgatgacttgagctccac |
1683 |
Q |
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| T |
40852601 |
ggtctgcttcagtgtatgttgttagttttgagtattgagcactcaattatgatgaaagtgctagttcagcccaagctaaagatgatgacttgagctccac |
40852502 |
T |
|
| Q |
1684 |
acttatcgatgtgtcgattctgctttcgagcatgctgcacaactcttgcattgatg |
1739 |
Q |
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|
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| T |
40852501 |
acttatcgatgtgtcgattctgctttcgagcatgctgcacaactcttgcattgatg |
40852446 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 588; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 40854190 - 40853489
Alignment:
| Q |
25 |
aagagaaaagcaaataacaaaagctagacgtagtattatgttgcattatccagtaatcaaagtatggaagaaagcctggatggtagtgtttgtgaagatg |
124 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40854190 |
aagagaaaagcaaataacaaaagctagacgtagtatcatgttgcattatccagtaatcaaagtatggaagaaagcctggatggtagtgtttgtgaagatg |
40854091 |
T |
|
| Q |
125 |
acaaggctatgatatttgcaaacaatgaaacccagctggaagaagtttgcgattgctggtacttggaggatcacagatacaggtaattgttt-gcttctt |
223 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
40854090 |
acaaggctatgatatttgcaaacaatgaaacccagctggaagaagtttgcgattgctggtacttggaggatcacagatacaggtaattgttttgcttctt |
40853991 |
T |
|
| Q |
224 |
caatattcaccattttattatagatcacctttccttgctatttgaagtaaatttttgtacgtgtgtgtgaagggattgaaacttgtatgttttattaaac |
323 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40853990 |
caatattcaccattttattatagatcacctttccttgctatttgaagtaaatttttgtacgtgtgtgtgaagggattgaaacttgtatgttttattaaac |
40853891 |
T |
|
| Q |
324 |
attgtgcactattttgcttatgcaatttcacaagcccatttcttctaatctctatgatgctatcctatgaatcaaaatatgacattgtattctatgtgc- |
422 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40853890 |
attgtgcactattttgcttatgcaatttcacaagcccatttcttctaatctctatgatgctaccctatgaatcaaaatatgacattgtattctatgtgct |
40853791 |
T |
|
| Q |
423 |
--ttatatttaataatttgcattccagatggatacttaagtgtcatgcctgcttcactgttactgctgaaattgagaggattttatctgtccaaaatgtg |
520 |
Q |
| |
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||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40853790 |
tattatatttattaatttgcattccagatggatacttaagtgtcatgcctgcttcactgttactgctgaaattgagaggattttatctgtccaaaatgtg |
40853691 |
T |
|
| Q |
521 |
gaaatggtggcacctagaggagctgtcacttttagtccattttcattagtagaggatgttcaaaactttggttggc---------------------ttg |
599 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
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| T |
40853690 |
gaaatggtggcaccttgaggaactgtcacttttagtccattttcattagtagaggatgttcaaaactttggttggctggcttttctgcccctcaattttg |
40853591 |
T |
|
| Q |
600 |
tttcttattgctgttggaatagaagaacgtgatttaaagcatgcttcatctgtataagattcacgttattatataactaatttaaaaacttatttcttca |
699 |
Q |
| |
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|
| T |
40853590 |
tttcttattgctgttggaatagaagaacgtaatttaaagcatgcttcatctgtataagattcacgttattatataactaatttaaaaacttatttcttca |
40853491 |
T |
|
| Q |
700 |
cg |
701 |
Q |
| |
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|| |
|
|
| T |
40853490 |
cg |
40853489 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 159; E-Value: 7e-84
Query Start/End: Original strand, 217 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 40858402 - 40858085
Alignment:
| Q |
217 |
gcttcttcaatattcaccattttattatagatcacctttccttgctatttgaagtaaatttttgtacgtgtgtgtgaagggattgaaacttgtatgtttt |
316 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
40858402 |
gcttctacaatattcaccatgttattatagatcacctgtccttgctatttggagtaaattttttaa----tgtgtgacgggattgaaacttgtatgtttt |
40858307 |
T |
|
| Q |
317 |
attaaacattgtgcactattttgcttatgcaatttcacaagcccatttcttctaatctctatgatgctatcctatgaatcaaaatatgacattgtattct |
416 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||| ||| || |||||| ||||||| | |
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|
| T |
40858306 |
gttaaacattgtgcagtattatgctcatgcaatttcacatgcctatttcttataatctct--gatactatcctacgaagcacaatatgctgttgtatttt |
40858209 |
T |
|
| Q |
417 |
atgtgcttatattt-aataatttgcattccagatggatacttaagtgtcatgcctgcttcactgttactgctgaaattgagaggattttatctgtccaaa |
515 |
Q |
| |
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| |||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |
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| T |
40858208 |
acgtgcttatcttttaattatttgcattccagatggatactcaagtgtcatgcctgcttcactgttactgctgaaattgggaggattt--tctgtccaaa |
40858111 |
T |
|
| Q |
516 |
atgtggaaatggtggcacctagagga |
541 |
Q |
| |
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||| |||||||| ||||||| ||||| |
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|
| T |
40858110 |
atgcggaaatggcggcaccttgagga |
40858085 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 1667 - 1739
Target Start/End: Original strand, 2791823 - 2791895
Alignment:
| Q |
1667 |
gatgacttgagctccacacttatcgatgtgtcgattctgctttcgagcatgctgcacaactcttgcattgatg |
1739 |
Q |
| |
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| T |
2791823 |
gatgacttgagatccgcgcttactgatgtgtcgattctgctctccagcatgctgcacaattcttgcatagatg |
2791895 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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