View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0342_2D_low_4 (Length: 1303)

Name: NF0342_2D_low_4
Description: NF0342_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0342_2D_low_4
NF0342_2D_low_4
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (10-1303)||(36427619-36428906)
chr4 (107-1194)||(36417752-36418850)
chr4 (323-921)||(36374896-36375493)
chr4 (313-878)||(36405979-36406544)
chr4 (337-889)||(36388640-36389202)
chr4 (337-860)||(36369721-36370239)
chr4 (281-587)||(36434835-36435138)
chr4 (322-587)||(36398499-36398764)
chr4 (639-926)||(36434526-36434812)
chr4 (647-900)||(36398223-36398476)
chr4 (994-1147)||(36405468-36405620)
chr4 (1204-1303)||(36427478-36427579)
chr4 (123-178)||(36406691-36406746)
chr4 (34-97)||(36406741-36406803)
chr4 (213-282)||(36406594-36406663)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (330-392)||(47640295-47640357)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 1098; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 1098; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 1303
Target Start/End: Complemental strand, 36428906 - 36427619
Alignment:
Q  10 agtttggtgttatgtcccttttagatgtttaaggcctaaattttataatagatatttttacgagaataggaataggcttgacctgtaacttgttctccaa 109  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  36428906 agtttgatgttatgtctcttttagatgtttaaggcctaaattttatgatagatatttttacgagaataggaataggtttgacctgtaacttgttctccaa 36428807  T
Q  110 aattgcgttcttactgtaaaaaattgaactaatgttaattgtttacaattatgtgacgtttgagtttgtgacattgagtagnnnnnnnnnnnnnnnnnna 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  |    
T  36428806 aattgcgttcttactgtaaaaaattgaactaatgttaattgtttacaattatgtgacgtttgagtttgtgacattgagtagcttttttttttt------a 36428713  T
Q  210 aacaggttacattgagtagctataagccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtcactatgcttgtctaaatacaagtttgttcag 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36428712 aacaggttacattgagtagctataagccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtcactatgcttgtctaaatacaagtttattcag 36428613  T
Q  310 gctagtgagtcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaac 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36428612 gctagtgagtcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtagatattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaac 36428513  T
Q  410 aaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatct 509  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36428512 aaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactcttctttgccttgacctgaatctctggacaatct 36428413  T
Q  510 tttcactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccagttttaaatgatgcaattg 609  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  36428412 tttcactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccatttttaaatgatgcgattg 36428313  T
Q  610 aaatgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtcc 709  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  36428312 aaatgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagaaccaaatccaccttgtcc 36428213  T
Q  710 aagcttattctcatgaccacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgtgttgctttgggtatcgttctct 809  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  36428212 aagcttattctcatgaccacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtgtgttgctttgggtatcattctct 36428113  T
Q  810 tctgcagaggaatcttggtttggtttctgcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaacttaaatattttggtaaggtat 909  Q
    ||  ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  36428112 tccccagaggaatcttggtttggttgcggcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaacttaaacattttgataaggtat 36428013  T
Q  910 atttctttttggttctccnnnnnnntcttatattttacatttttccagtgttgtacatgtaatattctctcaacaacaacaacaattatttgcagttgct 1009  Q
    |||||||||||| ||||        |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36428012 atttctttttggctctcaaaaaaaatcttatattttacatttttctagtgttgtacgtgtaatattctctcaacaacaacaacaattatttgcagttgct 36427913  T
Q  1010 aaggaaatttggagagattgtttgtataacattgatagacaaaaacttaatcaaaacatggttagaactgctgataaaacacttcagtctggattggcac 1109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36427912 aaggaaatttggagagattgtttgtataacattgatagacaaaaacttaatcaaaacatggttagaactgctgataaaacacttcagtctggattggcac 36427813  T
Q  1110 acagagaatatccaaatgacaaaagaattggcataaatcggccccctctaaagactcgtcatttctgtggcgtgtgtttctaagtttatgtgttggtatg 1209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36427812 acagagaatatccaaatgacaaaagaattgacataaatcttccccctttaaagactcgtcatttctgtggcgtgtgtttctaagtttatgtgttggtatg 36427713  T
Q  1210 caatactcaatcagttaagaatttagccgttcattctaaacaacataacaatgtggacatacagctagaccaatttgctggattgctaggaggt 1303  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  36427712 caatattcaatcagttaagaatttagccgttcattctaaacaacataacaatgtggacatacagcaagatcaatttgctggattgctaggaggt 36427619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 718; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 107 - 1194
Target Start/End: Complemental strand, 36418850 - 36417752
Alignment:
Q  107 caaaattgcgttcttactgtaaaaaattgaactaatgttaattgtttacaattatgtgacgtttgagtttgtgacattgagtagnnnnnnnnnnnnnnnn 206  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||                    
T  36418850 caaaattgcattcttactttaaaaaattgaattaatgttaattgtttacaattatgtgaagtttgagtttgtcaccttgagtagtttttttttttgta-- 36418753  T
Q  207 nnaaacaggttacattgagtagctataagccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtca-------ctatgcttgtctaaatacaa 299  Q
      |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||| |||||    
T  36418752 --aaacaatttacattgagtagctatatgccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtctatatgctctatgcttgtctaactacaa 36418655  T
Q  300 gtttgttcaggctagtgag------------tcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatc 387  Q
    |||| |||||| ||| |||            ||  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  36418654 gtttattcaggttagagagacaatgattgattcagagagaggcataccgaatataaagaagtctaggcttttgtttgataggtattcgtaaactagcatc 36418555  T
Q  388 ctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgcctt 487  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36418554 ctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactcttctttgcctt 36418455  T
Q  488 gacctgaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca 587  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36418454 gaccagaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccattttccaaaaagccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca 36418355  T
Q  588 ccagttttaaatgatgcaattgaaatgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttataga 687  Q
    | | |||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36418354 ctattttttaataatgcaagtgaaatgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttataga 36418255  T
Q  688 cagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgt 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36418254 cagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcaagatcacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgt 36418155  T
Q  788 gttgctttgggtatcgttctcttctgcagaggaatcttggtttggtttctgcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaa 887  Q
    ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36418154 gttgctttgggtatcattctcttccccagaggaatcttggtttggttgcggcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaa 36418055  T
Q  888 cttaaatattttggtaaggtatatttctttttggttctccnnnnnnntcttatattttacatttttccagtgttgtacatgtaatattctctcaacaaca 987  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  || ||||||||||    
T  36418054 cttaaacattttgataaggtatatttctttttggttctccaaaaaaatcttatattttacatttttctagtgttgtacgtgtaatggtcgctcaacaaca 36417955  T
Q  988 acaacaattatttgcagttgctaaggaaatttggagagattgtttgtataacattgatagacaaaaacttaatcaaaacatggttagaactgctgataaa 1087  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36417954 acaacaattattagcagttgctaaggaaatttgaagagattgtttgtataacattgatagac--caacttaatcaaaacatggttagaactgctgataaa 36417857  T
Q  1088 acacttcagtctggattggcacacagagaatatccaaatgacaaaagaattggcataaatcggccccctctaaagactcgtcatttctgtggcgtgtgtt 1187  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  36417856 acacttcagtctggattggcacac--agaatatccaaatgaccaaagaattggcataaatcggccccctttaaagtctcatcatttgtgtggcgtgtgtt 36417759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 323 - 921
Target Start/End: Complemental strand, 36375493 - 36374896
Alignment:
Q  323 agagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacct 422  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  36375493 agagagagataccaaatataaagaaatctaggcttttgtttggtaagtattcataaaccagcatcctttcttccttttcaaagcaacaacctagcaacct 36375394  T
Q  423 cactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctatc 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||    
T  36375393 cactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaacttcagttttaaactcttcttttccttgacctgaatttttcgacaatcttttcactgctatc 36375294  T
Q  523 tcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccagttttaaatgatgcaattgaaatgaatataaa 622  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||    
T  36375293 tcttgtccattaaccaagcaaccctgaaatatttctctcttaaatcccatttcattatttttgcaccattttttaataatgcgattgaaatgaatataaa 36375194  T
Q  623 gaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctca 722  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  36375193 gaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctga 36375094  T
Q  723 tgaccacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgtgttgctttgggtatcgttctcttctgcagaggaat 822  Q
    |||| | ||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | | | ||||||||| |||||||||    
T  36375093 tgactaaaatctcttgtagctgttataatcgttttaaagctgaaaaagggaagatttggatgtgtgttgctttgagcaccattctcttcttcagaggaat 36374994  T
Q  823 cttggtttggtttctgcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaacttaaatattttggtaaggtatatttctttttgg 921  Q
    |||||||   || | ||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||  | |||||| | ||||||||||||||||||    
T  36374993 cttggttaaattgccgcatcattttatctgaagttacaaatggcacgaggtaagatttcaatcaacttgcaaattttgat-aggtatatttctttttgg 36374896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 313 - 878
Target Start/End: Complemental strand, 36406544 - 36405979
Alignment:
Q  313 agtgagtcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaac 412  Q
    ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36406544 agtgagtcagagagagacataccgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactaacatcctttcttctttttcaaagcaacaac 36406445  T
Q  413 cgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatctttt 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  36406444 cgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtgtaatttcatttttaaactctactttgccttgaccagaatctctggacaatctttt 36406345  T
Q  513 cactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccagttttaaatgatgcaattgaaa 612  Q
     ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||| |||  |||||||    
T  36406344 aactgcaatctcttgtccattaaccaagcaaccctgaaatatttatctcttaaatcatatttcattatttttgcaccattttttaataatgtgattgaaa 36406245  T
Q  613 tgaatataaagaggctaaggatattgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaag 712  Q
    ||||||||||||||  |  ||| ||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36406244 tgaatataaagaggtgactgatgttgtcacttcttgcatcagtagcttaatgtagagtttcactcaccttgtagacagagccaaatccaccttgtccaag 36406145  T
Q  713 cttattctcatgaccacaatttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgtgttgctttgggtatcgttctcttct 812  Q
    |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || | | | | |||||||||    
T  36406144 cttattcttatgatcacaattttttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtctgttgtttggagcaccattctcttct 36406045  T
Q  813 gcagaggaatcttggtttggtttctgcatcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagat 878  Q
     | ||||| || ||||||  || | |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  36406044 actgaggagtcatggtttatttgccgcatcattttatctaaagttacaaatgacatgaggtaagat 36405979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 319; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 337 - 889
Target Start/End: Complemental strand, 36389202 - 36388640
Alignment:
Q  337 aatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgt 436  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  36389202 aatataaaaaggtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaactgagcaaccttactagatttctgt 36389103  T
Q  437 gttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccactaac 536  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||| |||| ||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36389102 gttggagtttaactaaaagtttaacttcagttttaaactcttcttttccttgacctgaattttgcgacaatcttttcactgctatctcttgtccattaac 36389003  T
Q  537 caagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgcaccagttttaaatgatgcaattgaaatgaatataaagaggctaaggatat 636  Q
    ||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||  || |||| |||||||||||||||||||||  |||||| |    
T  36389002 caagctaccctgaaatatttctctcttaaatcccatttcattattcttgcatcatttttttataatgctattgaaatgaatataaagaggtgaaggatgt 36388903  T
Q  637 tgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcac----ttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaat 732  Q
      |||||| |||  | |||| |||||||||||||| |||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36388902 attcacttcttgattcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaat 36388803  T
Q  733 ttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgtgttgctttgggtatcgttctcttctgcagaggaatcttggtttgg 832  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |   ||||||||| |||||||||||||||||      
T  36388802 ttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtgtgttgctttgagcaatattctcttctccagaggaatcttggtttaa 36388703  T
Q  833 tttctgcatca------ttttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaact 889  Q
    || |  |||||      ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  36388702 ttgcatcatcaatttattttcatctgaagttacaaatggcatgaggtaagatttcaatcaact 36388640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 235; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 337 - 860
Target Start/End: Complemental strand, 36370239 - 36369721
Alignment:
Q  337 aatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgt 436  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36370239 aatataaagaagtctaggcttttgtttggtaagtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaaacaacaaccaagcaacctcactagatttctgt 36370140  T
Q  437 gttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccactaac 536  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  36370139 gttgaagtttgactaaaagtttaacttcatttttaaactcttctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgcaatctcttttccactaac 36370040  T
Q  537 caagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca-ccagttttaaatgatgcaattgaaatgaatataaagaggctaaggata 635  Q
    |||||||||||||||| ||| || |||     | || ||| |||||||||| |||  || | || ||| |||||||||||||||||||||   ||||||     
T  36370039 caagcaaccctgaaatttttatcactt-----caatatcactatttttgcagcca--ttaatataatgtaattgaaatgaatataaagagatgaaggatg 36369947  T
Q  636 ttgtcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcac----ttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaa 731  Q
    || |||||| ||| || |||| |||||||||||||| |||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  36369946 ttttcacttcttgaatcagtagctcaatgtagagttgcacttaattaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgactaaaa 36369847  T
Q  732 tttcttgtagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgtgttgctttgggtatcgttctcttctgcagaggaatcttggtttg 831  Q
    ||| |||||||||| || || ||| |||||||||| || ||  |||||| ||| |||| |||||| | | |  ||   ||| |||| |||| ||||||||    
T  36369846 tttgttgtagctgttataattgttctaaagctgaagaatggatgatttgaatgtgtgtagctttgagcaccaatc---tctccagacgaatattggtttg 36369750  T
Q  832 gtttctgcatcattttatctgaagttaca 860  Q
     ||  |||| |||||||||||||||||||    
T  36369749 attgatgcagcattttatctgaagttaca 36369721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 281 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 36435138 - 36434835
Alignment:
Q  281 tatgcttgtctaaatacaagtttgttcaggctagtgagtcgcagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaac 380  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36435138 tatgcttgtctaaatacaagtttat-caggctagtgagtcacagagagacataccgaatataaagaagtccaggcttttgtttggtaggtattcataaac 36435040  T
Q  381 tagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcct 480  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| | ||||||||| ||    
T  36435039 taacatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacctcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagcgtaacttcagttttaaactcttct 36434940  T
Q  481 ttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctatctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattat 580  Q
    || ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||  ||| | ||||| ||||||||||| |||    
T  36434939 tttccttgacctgaatttttggacaatcttttcactgctatctcttgtccattagccaagcaaccctgcaa--tttctatcttagatcccatttcactat 36434842  T
Q  581 ttttgca 587  Q
    |||||||    
T  36434841 ttttgca 36434835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 190; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 322 - 587
Target Start/End: Complemental strand, 36398764 - 36398499
Alignment:
Q  322 cagagagacataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttcttctttttcaaagcaacaaccgagcaacc 421  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  36398764 cagagagacataccgaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcattctttcttctttttcgaagcaacaaccaagcaacc 36398665  T
Q  422 tcactagatttctgtgttggagtttaactaaaagtttaatttcattcttaaactctcctttgccttgacctgaatctctggacaatcttttcactgctat 521  Q
    | |||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  36398664 ttactagatttctgtgctggagcttaactaaaagtgtaatttcatttttaaactctactttgccttgacctgattctttggacaatcttttcactgctat 36398565  T
Q  522 ctcttgtccactaaccaagcaaccctgaaatgtttgtctcttaaatcccatttcattatttttgca 587  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| || |||| |||||||||    
T  36398564 ctcttgtccattaaccaagcaaccctgcaatttttatctcttaaatcctatgtcataatttttgca 36398499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 176; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 639 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 36434812 - 36434526
Alignment:
Q  639 tcactttttgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaatttcttg 738  Q
    |||||| |||||  |||| |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36434812 tcacttcttgcaatagtagctcaatgtagggtctcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaatttcttg 36434713  T
Q  739 tagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgtgttgctttgggtatcgttctcttctgcagaggaatcttggtttggtttctg 838  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   | |||||| |||| || ||||||||||||||  || | |    
T  36434712 tagctgtcattatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgtgtgttgctttgaacaccgttcttttctccaaaggaatcttggtttaattgccg 36434613  T
Q  839 catcattttatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaacttaaatattttggtaaggtatatttctttttggttctc 926  Q
    || ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | | ||| ||||||||||||| ||||    
T  36434612 caccattttatctgaagttacaaatggcatgaggtaagatttcaatcaacttaaacatttt-gaagggtgtatttctttttggctctc 36434526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 6e-62
Query Start/End: Original strand, 647 - 900
Target Start/End: Complemental strand, 36398476 - 36398223
Alignment:
Q  647 tgcatgagtatctcaatgtagagtttcacttaccttatagacagagccaaatccaccttgtccaagcttattctcatgaccacaatttcttgtagctgtc 746  Q
    |||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| |    
T  36398476 tgcatgagtagctcaatgtagaggtttacttaccttataaacagagccaaatccacctttcccaagcttattctgatgactgcaatatcttgtagctgac 36398377  T
Q  747 attatcgttttaaagctgaaaaagggtagatttggatgcgtgttgctttgggtatcgttctcttctgcagaggaatcttggtttggtttctgcatcattt 846  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||||  |||| || |||||||| ||    
T  36398376 attatcgttttaaggctgaaaaagggtagatttggatgtgtggtgctttgagcatcattctcttctgcagagtaatcttcttttgattgctgcatcactt 36398277  T
Q  847 tatctgaagttacaaatgacataaggtaagatttcaatcaacttaaatattttg 900  Q
    ||| |||||| |||||| ||||  ||||||| | ||||| ||||| | ||||||    
T  36398276 tatttgaagtcacaaataacatgcggtaagactccaatctacttacacattttg 36398223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 994 - 1147
Target Start/End: Complemental strand, 36405620 - 36405468
Alignment:
Q  994 attatttgcagttgctaaggaaatttggagagattgtttgtataacattgatagacaaaaacttaatcaaaacatggttagaactgctgataaaacactt 1093  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||| |||||| ||||    
T  36405620 attattagcagttgataaggaaatttggagtgattgtttgtctaacattgatagaccaaaacttaa-caaaacttggttcgaactgctaataaaatactt 36405522  T
Q  1094 cagtctggattggcacacagagaatatccaaatgacaaaagaa-ttggcataaat 1147  Q
     |||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  36405521 -agtctggattggcacacacattatatccaaatgacaaaagaatttggcataaat 36405468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 1204 - 1303
Target Start/End: Complemental strand, 36427579 - 36427478
Alignment:
Q  1204 ggtatgcaatactcaatcagttaagaatttagccgttcattctaaacaacat--aacaatgtggacatacagctagaccaatttgctggattgctaggag 1301  Q
    ||||||||||| |||||  |||| ||| ||||  ||||||| || |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36427579 ggtatgcaatattcaattggttaggaacttaggtgttcattttacacaacatgtaacaatgtggacatacagctagatcaatttgctggattgctaggag 36427480  T
Q  1302 gt 1303  Q
    ||    
T  36427479 gt 36427478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 123 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 36406746 - 36406691
Alignment:
Q  123 ctgtaaaaaattgaactaatgttaattgtttacaattatgtgacgtttgagtttgt 178  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  36406746 ctgtaaaaaatttaactaatgttaattgtttacaattatgtgaagtttgaatttgt 36406691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 34 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 36406803 - 36406741
Alignment:
Q  34 atgtttaaggcctaaattttataatagatatttttacgagaataggaataggcttgacctgtaa 97  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||    
T  36406803 atgttgaaggcctaaatttg-taatagatatttttaagagaatagaaataggtttgacctgtaa 36406741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 213 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 36406663 - 36406594
Alignment:
Q  213 aggttacattgagtagctataagccagaattagcatatgcccttaagttacaggttacattaagtcacta 282  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| || |    |||||| |||||||||||||||||    
T  36406663 aggttacattaagtatctataagccagaattagcataagctcgagcgttacatgttacattaagtcacta 36406594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 330 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 47640357 - 47640295
Alignment:
Q  330 cataccaaatataaagaagtctaggcttttgtttggtaggtattcataaactagcatcctttc 392  Q
    ||||||||||| ||||   || |||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||    
T  47640357 cataccaaatagaaagtgatcgaggcttttgtttggtatgtattcataaacaagcatcttttc 47640295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University