View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0351-Insertion-1 (Length: 521)

Name: NF0351-Insertion-1
Description: NF0351
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0351-Insertion-1
NF0351-Insertion-1
[»] chr1 (15 HSPs)
chr1 (7-521)||(9466797-9467311)
chr1 (85-516)||(9299702-9300133)
chr1 (98-516)||(9257577-9257994)
chr1 (62-516)||(9363982-9364436)
chr1 (62-516)||(9337123-9337577)
chr1 (143-507)||(9242617-9242981)
chr1 (185-459)||(8962012-8962286)
chr1 (185-459)||(8939085-8939359)
chr1 (160-459)||(8926634-8926933)
chr1 (224-455)||(9437898-9438129)
chr1 (224-455)||(9420815-9421046)
chr1 (359-495)||(8861890-8862026)
chr1 (362-456)||(9377603-9377697)
chr1 (326-444)||(8979341-8979459)
chr1 (362-456)||(9236536-9236630)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (62-507)||(9171082-9171527)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (64-507)||(1192-1636)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (64-495)||(15910482-15910913)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 515; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 515; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 9467311 - 9466797
Alignment:
Q  7 agcatctttattcctgtcccttaatttcatttttattaaataactgcgatgagttaggatattgaatgtttaatttgtaggtggaatcatcggttcaact 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9467311 agcatctttattcctgtcccttaatttcatttttattaaataactgcgatgagttaggatattgaatgtttaatttgtaggtggaatcatcggttcaact 9467212  T
Q  107 ttgctattacttgttctcggcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatgaaaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattata 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9467211 ttgctattacttgttctcggcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatgaaaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattata 9467112  T
Q  207 aggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaa 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9467111 aggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaa 9467012  T
Q  307 aggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9467011 aggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaa 9466912  T
Q  407 atccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttaccgcggtttagtctacgatctttttccaagtggttctttgcagaaat 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9466911 atccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttaccgcggtttagtctacgatctttttccaagtggttctttgcagaaat 9466812  T
Q  507 ttctttctccaccaa 521  Q
    |||||||||||||||    
T  9466811 ttctttctccaccaa 9466797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 85 - 516
Target Start/End: Original strand, 9299702 - 9300133
Alignment:
Q  85 aggtggaatcatcggttcaactttgctattacttgttctcggcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatgaaaggcgaagatcatgtaagaatc 184  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||||| | ||| | |||||  | ||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9299702 aggtgtaataatcggtttaactttgctagtgcttatgctcggtgctattattcgaattcatcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatc 9299801  T
Q  185 gaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaag 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9299802 gaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaag 9299901  T
Q  285 gagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaa 384  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||    
T  9299902 gagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagtcaaattcaagttgctgttaagatgctcaataacgctgaaggagatgggaaggagttcataaa 9300001  T
Q  385 tgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttaccgcggtttagtctacgatcttttt 484  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| | || | | ||||||| ||  | ||     
T  9300002 tgaagtgggaacaatgggcaaaatccaccatctcaatgttgtccgtttgcttggcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttc 9300101  T
Q  485 ccaagtggttctttgcagaaatttctttctcc 516  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  9300102 ccaagtggttcgttgcagaaattcatttctcc 9300133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 98 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 9257994 - 9257577
Alignment:
Q  98 ggttcaactttgctattacttgttctcggcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatgaaaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttga 197  Q
    ||||||||||| ||| | ||||| || ||  | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9257994 ggttcaactttactagtgcttgtacttggtgctattgttcgaattcatcgccatttcaagatgaaaggcgaagatcatgaaagaatcgaaaactttttga 9257895  T
Q  198 aggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagc 297  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9257894 aggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacatcaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcaaggagc 9257795  T
Q  298 tgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaact 397  Q
    ||||||||||||  |||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||||||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  9257794 tgtttacaaagg-caattatcaagtcaaattctagttgctgttaagatgatcaataacgcagaaggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaact 9257696  T
Q  398 atgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttaccgcggtttagtctacgatctttttccaagtggttctt 497  Q
    ||||| |||||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||| || || ||||||||| | || | | ||||||| ||  | || |||| |||||| |    
T  9257695 atgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgcttggcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatggttcgt 9257596  T
Q  498 tgcagaaatttctttctcc 516  Q
    ||||||||||  |||||||    
T  9257595 tgcagaaattcatttctcc 9257577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 163; E-Value: 8e-87
Query Start/End: Original strand, 62 - 516
Target Start/End: Original strand, 9363982 - 9364436
Alignment:
Q  62 aggatattgaatgtttaatttgtaggtggaatcatcggttcaactttgctattacttgttctcggcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatga 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||| ||||  | |||||  | ||    ||| ||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  9363982 aggatattgaatgtttaatttgtaggtgcaatgattggctcaactgtgcttgttcttgtatttggatttatttttcaaatatatcgctattttaagatga 9364081  T
Q  162 aaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaa 261  Q
    || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||    
T  9364082 aaagcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttaaagagaattacaaataa 9364181  T
Q  262 atttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgag 361  Q
    |||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || | ||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||  ||    
T  9364182 atttaaagataagataggcgaaggggctcatggagctgtttataaaggtaagttatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatacaaag 9364281  T
Q  362 ggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttacc 461  Q
    | |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||   |    
T  9364282 gaagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaattcaccatctcaatgtcgttcgtttgcttggcttctgcgcagatggttttcgtc 9364381  T
Q  462 gcggtttagtctacgatctttttccaagtggttctttgcagaaatttctttctcc 516  Q
    | | ||||||||| ||  ||||| ||| |||||| |||||||||||  |||||||    
T  9364382 gtgctttagtctatgactttttttcaaatggttcgttgcagaaattcatttctcc 9364436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 62 - 516
Target Start/End: Original strand, 9337123 - 9337577
Alignment:
Q  62 aggatattgaatgtttaatttgtaggtggaatcatcggttcaactttgctattacttgttctcggcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatga 161  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| || || |||||| ||||  | |||||  | ||    ||| ||| ||| ||||||||||| |||||||    
T  9337123 aggatattgaatgtttaatttgtaggtgcaatgattggctcaactgtgcttgttcttgtatttggatttatttttcaaatatatcgctattttaagatga 9337222  T
Q  162 aaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaa 261  Q
    || |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||||||||||||||| ||    
T  9337223 aaagcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagtgctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttaaagagaattacaaataa 9337322  T
Q  262 atttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgag 361  Q
    |||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || | ||||||||| || ||||| ||||| || ||||| ||  ||    
T  9337323 atttaaagataagataggcgaaggggctcatggagctgtttataaaggtaagttatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatacatag 9337422  T
Q  362 ggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttacc 461  Q
    | |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||||| |||   |    
T  9337423 gaagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaattcaccatctcaatgtcgttcgtttgctcggcttctgcgcagatggttttcgtc 9337522  T
Q  462 gcggtttagtctacgatctttttccaagtggttctttgcagaaatttctttctcc 516  Q
    | | ||||||||| ||  ||||| ||| |||||| |||||||||||  |||||||    
T  9337523 gtgctttagtctatgactttttttcaaatggttcgttgcagaaattcatttctcc 9337577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 143 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 9242981 - 9242617
Alignment:
Q  143 tatcgctatttcaagatgaaaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgaca 242  Q
    |||| |||||| ||||||||| | |||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||    
T  9242981 tatcactattttaagatgaaaagtgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagaca 9242882  T
Q  243 taaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaa 342  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||||||| || |||||  |||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| || ||||| ||    
T  9242881 taaagagaattacaaataaatttgaagataagataggcgaagggactcatggagctgtttataaaggtaaattatcgaaccaaattctagtagccgtgaa 9242782  T
Q  343 gatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttc 442  Q
    ||| || |||||  | |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||| || ||||||||||||| |    
T  9242781 gattcttaataatgcagaggaagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaagattcatcatctaaatgtcgttcgtttgcttggctac 9242682  T
Q  443 tgcgctgatggattttaccgcggtttagtctacgatctttttccaagtggttctttgcagaaatt 507  Q
    ||||| |||||||||  ||| | ||||||||| ||  |||| |||| |||||| |||||||||||    
T  9242681 tgcgcggatggatttcgccgtgctttagtctatgactttttcccaaatggttcgttgcagaaatt 9242617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 185 - 459
Target Start/End: Original strand, 8962012 - 8962286
Alignment:
Q  185 gaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaag 284  Q
    ||||||||||||||||||||| | || | ||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||  |  |||| ||||| ||| | || ||||    
T  8962012 gaaaactttttgaaggattatgaagcgtcaaagccaactagattttcttatgccgatatcaagagaattactgatcaattcaaggaaaagctgggcgaag 8962111  T
Q  285 gagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaa 384  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||||||| ||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| |  |||||||||||    
T  8962112 gagctcatggagctgtctacaaaggtaaattatcgagtcaaattcttgttgctgtgaagatgcttaataatacagaaggagatgggagagagttcataaa 8962211  T
Q  385 tgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggatttta 459  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||    
T  8962212 tgaagtaggaactatgggaaaaatccatcatgttaatgttgtccggttacttggcttttgcgctgatggatttta 8962286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 185 - 459
Target Start/End: Original strand, 8939085 - 8939359
Alignment:
Q  185 gaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaag 284  Q
    ||||||||||||||||||||  | || | ||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||| |  |||| || || ||| | || ||||    
T  8939085 gaaaactttttgaaggattacgaagcgtcaaagccaacaagattttcttatgcagatatcaagagaattacagatcaattcaaagaaaagctaggggaag 8939184  T
Q  285 gagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaa 384  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||| | ||| || ||||||||||| |  |||||||||||    
T  8939185 gagctcatggagctgtctataaaggtaaattatcgagtcaaattcttgttgccgtgaagatgcttagtaataccgagggagatgggagagagttcataaa 8939284  T
Q  385 tgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggatttta 459  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||    
T  8939285 tgaagtgggaactatgggaaaaattcatcatgttaatgttgtccggttgcttggcttttgtgccgatggatttta 8939359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 160 - 459
Target Start/End: Original strand, 8926634 - 8926933
Alignment:
Q  160 gaaaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaac 259  Q
    |||||| ||||||||  | ||| | ||||||||||||||||||||| | || | ||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||||||  |     
T  8926634 gaaaggggaagatcaaatgagacttgaaaactttttgaaggattatgaagcgtcaaagccaactagattttcttatgcagatatcaagagaattacggat 8926733  T
Q  260 aaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactg 359  Q
     | || || || ||| | || |||||||||||||||||||| || ||||||||||| || |  |||||| | ||||| || |||||||| | ||| || |    
T  8926734 cagttcaaagaaaagctaggcgaaggagctcatggagctgtctataaaggtaaattatcgaatcaaattatggttgctgtgaagatgcttagtaatacag 8926833  T
Q  360 agggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggatttta 459  Q
    |||||||||| |  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||| || || |||||||||||    
T  8926834 agggagatgggagtgagttcataaatgaggtgggaactatgggaaaaatccatcatgttaatgttgttcggttgcttggcttttgtgccgatggatttta 8926933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 224 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 9438129 - 9437898
Alignment:
Q  224 agattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagcc 323  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||| |||  || | || |||||||||||||| || |||| |||||||||||| || |       
T  9438129 agattctcttatgctgatataaagaggattacaaataattttagggaagagttaggtgaaggagctcatggtgcagttttcaaaggtaaattatctaatg 9438030  T
Q  324 aaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgt 423  Q
    ||||||| || || || |||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||||  | ||||||||||||| |||||  | |||||    
T  9438029 aaattcttgtggctgtgaagatgcttaaaaacaccgagggcgatggaaaagagttcattaacgaagtgaaagctatgggaaaaattcatcacatcaatgt 9437930  T
Q  424 tgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggat 455  Q
    ||| || ||| |||| || ||||| |||||||    
T  9437929 tgttcgcttggttggattttgcgccgatggat 9437898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 224 - 455
Target Start/End: Complemental strand, 9421046 - 9420815
Alignment:
Q  224 agattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagcc 323  Q
    |||||||| |||| ||| |||||||| |||||||| || |||| |||  || | || |||||||||||||| || |||| |||||||||||| || |       
T  9421046 agattctcttatgttgatataaagaggattacaaataattttagggaagagttaggtgaaggagctcatggtgcagttttcaaaggtaaattatctaatg 9420947  T
Q  324 aaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgt 423  Q
    ||||||| || || || |||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||||  | ||||||||||||| |||||  | |||||    
T  9420946 aaattcttgtggctgtgaagatgcttaaaaacaccgagggcgatggaaaagagttcattaacgaagtgaaagctatgggaaaaattcatcacatcaatgt 9420847  T
Q  424 tgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggat 455  Q
    ||| || ||| |||| || ||||| |||||||    
T  9420846 tgttcgcttggttggattttgcgccgatggat 9420815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 359 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 8862026 - 8861890
Alignment:
Q  359 gagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggatttt 458  Q
    |||||||| || || |||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||  | || || || |||||||||||||||||||| |||||| ||     
T  8862026 gagggagaagggaaagagttcatcaatgaagtgggaattatgggcaaaatccaccacatcaacgtggttcgtttgcttggcttctgcgcagatggaattc 8861927  T
Q  459 accgcggtttagtctacgatctttttccaagtggttc 495  Q
    |||||| | | |||||| || | ||||||| ||||||    
T  8861926 accgcgctcttgtctacaatttatttccaaatggttc 8861890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 362 - 456
Target Start/End: Original strand, 9377603 - 9377697
Alignment:
Q  362 ggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggatt 456  Q
    |||||||| || || ||||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||| | |||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||    
T  9377603 ggagatggaaacgatttcatcaatgaagtccgaactatgggaaaaattcatcatttcaatgttgttcgcttgctcggattctgtgctgatggatt 9377697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 326 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 8979459 - 8979341
Alignment:
Q  326 attctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttg 425  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||| || || || ||||| || || |||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||| ||  | |||||||    
T  8979459 attctggttgctgtgaagattctcaacaatacagaaggagacgggaaagagttcattagcgaagtgggaattatgggaaaaatccaccacatcaatgttg 8979360  T
Q  426 tccgtttgcttggcttctg 444  Q
    | || ||||||||||||||    
T  8979359 ttcgattgcttggcttctg 8979341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 362 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 9236630 - 9236536
Alignment:
Q  362 ggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggatt 456  Q
    |||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||| || || || || || || |||||||||||    
T  9236630 ggagatggaaacgatttcatcaacgaagtcggaactatgggaaaaattcatcatgtcaatgttgttcgcttactcggattttgtgctgatggatt 9236536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 62 - 507
Target Start/End: Original strand, 9171082 - 9171527
Alignment:
Q  62 aggatattgaatgtttaatttgtaggtggaatcatcggttcaactttgctattacttgttctcggcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatga 161  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| || ||||||||||||||| | ||||| |||||  | ||||||| | |  |||   ||||||||||||    
T  9171082 aggatattgaatgttaaatttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtgcttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcatcatttcaagatga 9171181  T
Q  162 aaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaa 261  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  9171182 aaggcgaagatcataaaagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaatcacaaataa 9171281  T
Q  262 atttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgag 361  Q
    ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||| |||    
T  9171282 atttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagttggtgttaagatgctaaataacacagag 9171381  T
Q  362 ggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttacc 461  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | |    
T  9171382 ggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatc 9171481  T
Q  462 gcggtttagtctacgatctttttccaagtggttctttgcagaaatt 507  Q
    | | | ||||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||||||    
T  9171482 gtgctctagtctatgattttttcccaaatggttctttgcagaaatt 9171527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 64 - 507
Target Start/End: Original strand, 1192 - 1636
Alignment:
Q  64 gatattgaatgtttaatttgtaggtggaatcatcggttcaactttgctat-tacttgttctcggcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatgaa 162  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||| |||  | | ||| |  | ||  ||||| ||| ||| ||| | ||| | || |||||    
T  1192 gatattgaatgtttaatttgtaggtgtaatcattggctcaactctgccttgttcttctatttggttccatttttcaaatatatagatatgttaaaatgaa 1291  T
Q  163 aggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaa 262  Q
    |||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| | |||||||||||||| |||    
T  1292 aggcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttgaagagaattacaaataaa 1391  T
Q  263 tttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagg 362  Q
    ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| || ||||| ||||| || |||||  | ||||    
T  1392 tttaaagataagataggggaaggggctcatggagctgtttataaaggtaaattatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatgcagagg 1491  T
Q  363 gagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttaccg 462  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||   ||    
T  1492 gagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaatccaccatctcaatgtcgttcgtttgcttggcttttgcgcagatggttttcgtcg 1591  T
Q  463 cggtttagtctacgatctttttccaagtggttctttgcagaaatt 507  Q
     | |||||| || ||  ||||||||| |||||| || ||||||||    
T  1592 tgctttagtttatgacttttttccaaatggttcgttacagaaatt 1636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 64 - 495
Target Start/End: Complemental strand, 15910913 - 15910482
Alignment:
Q  64 gatattgaatgtttaatttgtaggtggaatcatcggttcaactttgctattacttgttctcggcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatgaaa 163  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||  | ||| |  | ||  ||||| ||| ||| ||| | ||| | || ||||||    
T  15910913 gatattgaatgtttaatttgtaggtgtaatcattggctcaacttttcttgttcttctatttggttccatttttcaaatatatagatatgttaaaatgaaa 15910814  T
Q  164 ggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaat 263  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| | |||||| ||||||| ||||    
T  15910813 ggcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttgaagagatttacaaataaat 15910714  T
Q  264 ttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaaattctcgttgccgttaagatgctcaataacactgaggg 363  Q
    |||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || | ||||||||| || ||||| ||||| || |||||  | |||||    
T  15910713 ttaaagataagataggggaaggggctcatggagctgtttataaaggtaaattatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatgcagaggg 15910614  T
Q  364 agatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttgtccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttaccgc 463  Q
    |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||| ||| | ||||| ||| | ||     
T  15910613 agatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaatccaccatctcaatgtcgttcgtttgctcggcttttgctcagatggttttcatcgt 15910514  T
Q  464 ggtttagtctacgatctttttccaagtggttc 495  Q
    | |||||| || ||  ||||||||| ||||||    
T  15910513 gctttagtttatgacttttttccaaatggttc 15910482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 334 times since January 2019
Visitors: 2756