View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0352-INSERTION-13 (Length: 749)

Name: NF0352-INSERTION-13
Description: NF0352
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0352-INSERTION-13
NF0352-INSERTION-13
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-749)||(40412537-40413268)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 658; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 658; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 749
Target Start/End: Original strand, 40412537 - 40413268
Alignment:
Q  8 tcatcatcattattgacttccttgaaatataagtcaggataatctggcagaagaatgacattgggtggatttgctgtgccaatggctagaattgtggcca 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40412537 tcatcatcattattgacttccttgaaatataagtcaggataatctggctgaaggatgacattgggtggatttgctgtgccaatggctagaattgtggcca 40412636  T
Q  108 cacctttgcctcttggtgccatttggatgctaatattctcgttgaagaattttacttcgagtccaaatccaattatataaataagggcaaaatccaatta 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40412637 cacctttgcctcttggtgccatttggatgctaatattctcgttgaagaattttacttcgagtccaaatccaattatataaataagggcaaaatccaatta 40412736  T
Q  208 tataaataagggcaaaattgctcattgtttctaggttacagggtccatcatcagttaatatcggatatggactgctgccttttatgtttctatatctctt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40412737 tataaataagggcaaaattgctcattgtttctaggtaacaggctccatcatcagttaatatcggatatggactgctgccttttatgtttctatatctctt 40412836  T
Q  308 atcatagccggtgaaccaaatcctcctaatatttaggcgttctcttgtcgtttttctgtcttaaattatttgttctttatataacagtatcaatacaata 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40412837 atcatagccggtgaaccaaatcctcctaatatttaggcgttctcttgtcgtttttctgtcttaaattatttgttctttatataacagtatcaatacaata 40412936  T
Q  408 ttttacattttatcatattaatatactcatattcacttcaattaactaactattcaactaactacaactatccttaataaccctattaaggtgttttagt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40412937 ttttacattttatcatattaatatactcatattcacttcaattaactaactattcaactaactacaactatccttaataaccctattaaggtgttttagt 40413036  T
Q  508 taaaagaaacacattttgcaattaaattaacattattaatttcttaataaacctatacaactnnnnnnnctgaatttgagatgggagtagtaggaacata 607  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||          ||||||||    
T  40413037 taaaagcaacacattttgcaattaaattaacattattaatttcttaataaacctatacaactaaaaaaactgaatttgagat----------ggaacata 40413126  T
Q  608 tttgcaatcaatgtcatgttgctaaatggttgctgcaaacttcacttgtgttaatgtgttaagtgtgaatcaaagttcaaaattggatgcaaaagtagat 707  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40413127 tttgcaatcaatgtcatgttgctaaatggttgctgcaaacttcacttgtgttaatgtgttaagtgtgaatcaaagttcaaaattggatgcaatagtagat 40413226  T
Q  708 atattgaataatatataagtgatatgatccatacttaattcc 749  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40413227 atattgaacaatatataagtgatatgatccatacttaattcc 40413268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University