View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF0355_low_2 (Length: 615)
Name: NF0355_low_2
Description: NF0355
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF0355_low_2 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 465; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 465; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 571
Target Start/End: Original strand, 6147666 - 6148218
Alignment:
| Q |
17 |
ttgcctcgaaacttacttt----tgttaacggtattaagcaggtatcttgggttggtgttttttagcctattttgcttattannnnnnncaattgtttaa |
112 |
Q |
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| T |
6147666 |
ttgcctcgaaacttactttcaattgttaacggtattaagcgggtatcttgggttggtgttttttagcctattttgcttattatttttttcaattgtttaa |
6147765 |
T |
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| Q |
113 |
ggcctttataattggatttgaatgatagaaattcattccaaacatttttcttatttcaaccggacacattatttttcttgtttcgttaccatcaatatct |
212 |
Q |
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| T |
6147766 |
ggcctttataattggatttgaatgatagaaattcattccaaacatttttcttatttcaaccagacacattatttttcttgttttgttaccatcaatatct |
6147865 |
T |
|
| Q |
213 |
caaagatatatatattgtatctgaaccaacttcattcttattaaacctatatataaagatagggttgcaccaagttattcctacatgtattatgacttgt |
312 |
Q |
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| T |
6147866 |
caaagatat--atattgtatctgaaccaacttcgttcttattaaacctatatatgaagatagggttgcaccaagttattcctacatgtattatgacttgt |
6147963 |
T |
|
| Q |
313 |
ttccttttaccaaaagggctatgcaaatgcaatcatatagaaagtatgatatgcaaattttggtgaggcagcaagaatatttagcttaaaatccattcga |
412 |
Q |
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| T |
6147964 |
ttccttttaccaaaagggctatgcaaatgcaatcatatagaaagtatgatatgcaaattttggtgaggcagcaagaacatttagcttaaaatccattcga |
6148063 |
T |
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| Q |
413 |
caaactagaataaactttgtataacaaagttacatatggattacgcttcagatatttaagggctttcaaataagcattttattatgacagttagtaaatc |
512 |
Q |
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| T |
6148064 |
caaactagaataaactttgtataacaaagttacatatggattacgcttcagatatttaagggctttcaaataagcattttattatgacagttagtaaata |
6148163 |
T |
|
| Q |
513 |
cataattgagatggataattcgttgatatatatagggaatttggattgcaagaaacaac |
571 |
Q |
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| T |
6148164 |
cataattgagatggataattcgttgatatat----ggaatttggattgcaagaaacaac |
6148218 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 184 - 571
Target Start/End: Original strand, 6128630 - 6129004
Alignment:
| Q |
184 |
tttttcttgtttcgttaccatcaatatctcaaagatatatatattgtatctgaaccaacttcattcttattaaacctatatataaagatagggttgcacc |
283 |
Q |
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| T |
6128630 |
tttttcttgttttgttaccatcaatatttcaaatatatatatattgtatctgaaccaacttcgttcttattaaacccttata--aaggtag--ttgctcc |
6128725 |
T |
|
| Q |
284 |
aagttattcctacatgtattatgacttgtttccttttaccaaaagggctatgcaaatgcaatcatatagaaagtatgatatgcaaattttggtgaggcag |
383 |
Q |
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| T |
6128726 |
aagttatttctacgtgtattatgacttgtttccttttaccaaaaagggtt-----atgcaatcatatagaaagtatgatatgcaaattttggtgaggtag |
6128820 |
T |
|
| Q |
384 |
caagaatatttagcttaaaatccattcgacaaactagaataaactttgtataacaaagttacatatggattacgcttcagatatttaagggctttcaaat |
483 |
Q |
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|
| T |
6128821 |
caagaatatttagcttaaaatccattcgacaaactagaataaactttgtataataaagttacatatggattacgcttcagatatttaagggcttttaaat |
6128920 |
T |
|
| Q |
484 |
aagcattttattatgacagttagtaaatccataattgagatggataattcgttgatatatatagggaatttggattgcaagaaacaac |
571 |
Q |
| |
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|
| T |
6128921 |
aagccttttattatgacagttagtaaatacataattgagatggctaattcgttgatatat----ggaatatggattgcaagaaacaac |
6129004 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 173 - 573
Target Start/End: Original strand, 6141582 - 6141965
Alignment:
| Q |
173 |
cggacacattatttttcttgtttcgttaccatcaatatctcaaagatatatatattgtatctgaaccaacttcattcttattaaacctatatataaagat |
272 |
Q |
| |
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|
| T |
6141582 |
cggacacattgtttctcttgttttgttaccatcaatatctcatagatatatat--tgtatctgaaccaacttcgttcttattaaacccttaca--aaggt |
6141677 |
T |
|
| Q |
273 |
agggttgcaccaagttattcctacatgtattatgacttgtttccttttaccaaaagggctatgcaaatgcaatcatatagaaagtatgatatgcaaattt |
372 |
Q |
| |
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|
| T |
6141678 |
ag--ttgcac-aagttattcctacgtgtattatgagttgtttccttctaccaaaagagctatgc------aatcatatagaaagtatgatatgcaaattt |
6141768 |
T |
|
| Q |
373 |
tggtgaggcagcaagaatatttagcttaaaatccattcgacaaactagaataaactttgtataacaaagttacatatggattacgcttcagatatttaag |
472 |
Q |
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| T |
6141769 |
ttgtggggcagcaagaatatttagcttgaaatctattcgacaaactggaaaaagctttgtatgacaaaattacatatggattacgcttcagaaatttaag |
6141868 |
T |
|
| Q |
473 |
ggctttcaaataagcattttattatgacagttagtaaatccataattgagatggataattcgttgatatatatagggaatttggattgcaagaaacaact |
572 |
Q |
| |
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|||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |
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|
| T |
6141869 |
ggcttttaattaagctttttattacgacagttagtaaatacataattgagatggctaattcgttgatatat----ggaattcggattgcaagaaagaact |
6141964 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 9884713 - 9884671
Alignment:
| Q |
44 |
gtattaagcaggtatcttgggttggtgttttttagcctatttt |
86 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
9884713 |
gtattaagcaggtctcttgggctagtgttttttagcctatttt |
9884671 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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