View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0355_low_6 (Length: 343)

Name: NF0355_low_6
Description: NF0355
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0355_low_6
NF0355_low_6
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (12-270)||(2621897-2622155)
chr6 (12-270)||(2590342-2590600)
chr6 (16-254)||(2642494-2642732)
chr6 (12-261)||(2674327-2674576)
chr6 (12-254)||(2570839-2571081)
chr6 (16-269)||(2449689-2449942)
chr6 (23-241)||(2436514-2436732)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 12 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2622155 - 2621897
Alignment:
Q  12 cagaacctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 111  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2622155 cagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 2622056  T
Q  112 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2622055 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 2621956  T
Q  212 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacac 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2621955 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacac 2621897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 12 - 270
Target Start/End: Complemental strand, 2590600 - 2590342
Alignment:
Q  12 cagaacctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 111  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2590600 cagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttggaaaacattcgttctctaaccctcttagtcaagtattctcc 2590501  T
Q  112 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2590500 catgtaagcaaagctataatgttgaagtacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 2590401  T
Q  212 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaacac 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  2590400 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaaagaatacac 2590342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 16 - 254
Target Start/End: Original strand, 2642494 - 2642732
Alignment:
Q  16 acctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatg 115  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  2642494 acctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttggaaaacattcgttctctaaccctcttagtcaagtattctcccatg 2642593  T
Q  116 taagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctcat 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  2642594 taagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaaatgcatagatcctaatttgcctcttgatctcat 2642693  T
Q  216 catggttctccaaaaaataaaccgatataaccgacccca 254  Q
    ||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  2642694 catggtcttccaaaaaataaactgatataactgacccca 2642732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 174; E-Value: 1e-93
Query Start/End: Original strand, 12 - 261
Target Start/End: Original strand, 2674327 - 2674576
Alignment:
Q  12 cagaacctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 111  Q
    |||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2674327 cagaacctgtagaatttcgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaaaacatcctttctctaaccctcttagtcaagtactctcc 2674426  T
Q  112 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||||||| |||    
T  2674427 catgtaagcaaagctataatgttgaagtacattaacaaccaatgagataacagccaaccctagaaaacaaaacacatagatcctaatttgcttcttaatc 2674526  T
Q  212 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaa 261  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||    
T  2674527 tcatcatggtcctccagaaaataaactgatacaaccgaccccaatgcaaa 2674576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 171; E-Value: 9e-92
Query Start/End: Original strand, 12 - 254
Target Start/End: Original strand, 2570839 - 2571081
Alignment:
Q  12 cagaacctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcc 111  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  2570839 cagaacctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacattttttctctaaccctcttagtcaaatactctcc 2570938  T
Q  112 catgtaagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatc 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||| |||||||||    
T  2570939 catgtaagcaaagctataatgttgaagcatattaataaccattgaaataacagccagccctagaaaacaaaaaccataaatcctaatttgtttcttgatc 2571038  T
Q  212 tcatcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgacccca 254  Q
    ||||| |||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  2571039 tcatcgtggtcctcaataaaataaactgatataaccgacccca 2571081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 16 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 2449942 - 2449689
Alignment:
Q  16 acctgtggaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatg 115  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  2449942 acctgtagaattttgatcttcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaaaacactctttctctaaccctcttagttaagtactctcccatg 2449843  T
Q  116 taagcaaagctataatgttgaagcacattaacaaccattga-gataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctca 214  Q
    || ||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||  || |||||||||||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||    
T  2449842 tatgcaaaacaataatgctgaagcacattaaaaaccattgaggataa-ggctaaccctagaaaacaaagcatataaatcctaatctgcttcttgatctca 2449744  T
Q  215 tcatggttctccaaaaaataaaccgatataaccgaccccaatccaaatgaaaaca 269  Q
    |||||||| |  | ||||||||| || |||   ||||||| | ||||||||||||    
T  2449743 tcatggttgttaagaaaataaacagaaatagttgaccccattgcaaatgaaaaca 2449689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 23 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 2436732 - 2436514
Alignment:
Q  23 gaattttgatcttcttcaaaccaaccaacttcaaatgtgagtatcttagaaaacatcttttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaa 122  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436732 gaattttgatcctcatcaaaccaaccaacttcaaaagtgagtatcttggaaaacattctttctctaatcctcttagtcaagtactctcccatgtaagcaa 2436633  T
Q  123 agctataatgttgaagcacattaacaaccattgagataacagccaaccctagaaaacaaagtgcataaatcctaatttgcttcttgatctcatcatggtt 222  Q
    ||||||| |||| ||||| ||| | ||| || |||   | ||||||||||||||||||||  ||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||     
T  2436632 agctatactgttcaagcatattgaaaacaatagaggccaaagccaaccctagaaaacaaaaagcatacatcctaatctgcttcttcatctcatcacggtc 2436533  T
Q  223 ctccaaaaaataaaccgat 241  Q
     | || |||||||||||||    
T  2436532 attcagaaaataaaccgat 2436514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University