View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0357-Insertion-3 (Length: 731)

Name: NF0357-Insertion-3
Description: NF0357
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0357-Insertion-3
NF0357-Insertion-3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (7-731)||(35296299-35297013)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 654; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 654; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 731
Target Start/End: Original strand, 35296299 - 35297013
Alignment:
Q  7 acatggtaaacaaaggcttcactagcactactcttcattactcttcttcgctctcacaactggagggttcacattacgattactcaccgagaagaaaatg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35296299 acatggtaaacaaaggcttcactagcactact----------cttcttcgctctcacaactggagggttcacattacgattactcaccgagaagaaaatg 35296388  T
Q  107 gttgtgcagatttacttgcgtctcatgggcattcgacgtcattctctttaactgttattgatagtttcttccctttattagatgctattatgttaaatac 206  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35296389 gttgtgcatatttacttgcgtctcatgggcattcgacatcattctctttaactgttattgatagttccttccctttattagatgctattatgttaaatac 35296488  T
Q  207 tctgataactgtgttatggatgttgcaactatatattgtaatccaatatttatttggtgccatgttttggtctaaaaccctcaactatgaaggataggta 306  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35296489 tctgataactgtgttatggatgttacaactatatattgtaatgcaatatttatttggtgccatgttttggtctaaaaccctcagctatgaaggataggta 35296588  T
Q  307 cttgacttttgatggacgacaataattctctttcatcatggagtccattctcttcaatgaaaggaaggactaatggcgagtgagaacgtaatatcaataa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35296589 cttgacttttgatggacgacaataattctctttcatcatggagtccattctcttcaatgaaaggaaggactaatggcgagtgagaacgtaatatcaataa 35296688  T
Q  407 ttgtgtgtgcacgattaacagcattgactaaaacagaaccaatggtatttacactaagaatagtagtaccaaactataattaatcggtacaaaactaaaa 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35296689 ttgtgtgtgcacgattaacagcattgactaaaacagaaccaatggtatttacactaagaatagtagtaccaaactataattaatcggtacaaaactaaaa 35296788  T
Q  507 tagtaaaatataatctgtagtagctagcagtattgtaacttgtttctgacacttaaacattcttcttaaaaaggtaaaaaggcttcattgtgaccactgt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35296789 tagtaaaatataatctgtagtagctagcagtattgtaacttgtttctgacacttaaacattcttcttaaaaaggtaaaaaggcttcattgtgaccactgt 35296888  T
Q  607 tgtatttacaagtagtttggaatgatatcaccgaagacacatagccttgaatgacttaaagtttagaaaatttgaataccatttaattcacgttttcagt 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35296889 tgtatttacaagtagtttggaatgacatcaccgaagacacatggccttgaatgacttaaagtttagaaaatttgaataacatttaattcacgttttcagt 35296988  T
Q  707 actcgtacagaaatttcaatatgag 731  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  35296989 actcgtacagaaatttcaatatgag 35297013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University