View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0360_low_13 (Length: 330)

Name: NF0360_low_13
Description: NF0360
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0360_low_13
NF0360_low_13
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (48-163)||(25955943-25956058)
chr5 (48-163)||(42250117-42250232)
chr5 (48-164)||(38280256-38280372)
chr5 (48-163)||(1501352-1501467)
chr5 (56-163)||(7886356-7886463)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (48-159)||(2286463-2286574)
chr7 (48-163)||(25185916-25186031)
chr7 (48-163)||(496684-496799)
chr7 (48-163)||(11765708-11765823)
chr7 (48-163)||(48057682-48057797)
chr7 (48-157)||(23844642-23844751)
chr7 (48-160)||(7527247-7527359)
chr7 (48-163)||(42535197-42535312)
chr7 (48-163)||(31427243-31427360)
chr7 (48-163)||(40855134-40855250)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (48-163)||(52055131-52055246)
chr4 (48-163)||(1158238-1158353)
chr4 (48-144)||(49866670-49866766)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (48-159)||(47940831-47940942)
chr3 (48-160)||(49786397-49786509)
chr3 (64-163)||(29836769-29836867)
chr3 (48-163)||(8152978-8153095)
chr3 (48-163)||(8436879-8436994)
chr3 (63-158)||(48778971-48779066)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (48-163)||(4076927-4077042)
chr8 (48-164)||(3780342-3780458)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (165-285)||(2354650-2354770)
chr2 (48-163)||(13922186-13922301)
chr2 (48-161)||(11828960-11829073)
chr2 (165-219)||(2353013-2353067)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (48-159)||(33594502-33594613)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (48-163)||(20186824-20186939)
chr1 (48-163)||(30339637-30339752)
chr1 (48-163)||(51787273-51787388)
chr1 (51-163)||(43740393-43740505)
chr1 (48-158)||(9672955-9673062)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 5e-47; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 25955943 - 25956058
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  25955943 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtg 25956042  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    ||||||||||||||||    
T  25956043 tgcatgtatcaccact 25956058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 42250232 - 42250117
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||    
T  42250232 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtg 42250133  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    ||||||||||||||||    
T  42250132 tgcatgtatcaccact 42250117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 38280256 - 38280372
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  38280256 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatg 38280355  T
Q  148 tgcatgtatcaccactt 164  Q
    | |||||||||||||||    
T  38280356 tacatgtatcaccactt 38280372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 1501352 - 1501467
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||||||||  | |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |     
T  1501352 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatc 1501451  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    ||||||||||||||||    
T  1501452 tgcatgtatcaccact 1501467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 56 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 7886463 - 7886356
Alignment:
Q  56 atgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgta 155  Q
    |||||| |||||||| ||||| | | |||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| |    
T  7886463 atgaaagggaagagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaa 7886364  T
Q  156 tcaccact 163  Q
    ||||||||    
T  7886363 tcaccact 7886356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 48 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 2286574 - 2286463
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  2286574 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtg 2286475  T
Q  148 tgcatgtatcac 159  Q
    ||||||||||||    
T  2286474 tgcatgtatcac 2286463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 25185916 - 25186031
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  25185916 agagatggatgaaaaggaagagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtg 25186015  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    |||||| |||||||||    
T  25186016 tgcatgcatcaccact 25186031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 496799 - 496684
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  496799 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 496700  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||||||||||||||    
T  496699 tacatgtatcaccact 496684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 11765823 - 11765708
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11765823 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 11765724  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||||||||||||||    
T  11765723 tacatgtatcaccact 11765708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 48057682 - 48057797
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||    
T  48057682 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtg 48057781  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||||||||||||||    
T  48057782 tacatgtatcaccact 48057797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 48 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 23844751 - 23844642
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||  |||||||| ||    
T  23844751 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatg 23844652  T
Q  148 tgcatgtatc 157  Q
    ||||||||||    
T  23844651 tgcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 48 - 160
Target Start/End: Original strand, 7527247 - 7527359
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    |||||||||||||||  || ||| ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |     
T  7527247 agagatggatgaaaaaaaaaagagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaata 7527346  T
Q  148 tgcatgtatcacc 160  Q
    |||||||||||||    
T  7527347 tgcatgtatcacc 7527359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 42535197 - 42535312
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| | || | ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  42535197 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtg 42535296  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||| ||||| ||||    
T  42535297 tacatatatcatcact 42535312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 31427243 - 31427360
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgc--cacctatggg 145  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||   || ||||||||| ||| || |||||||||| | |||||||  |||||||||     
T  31427243 agagatggatgagagggaagagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatgga 31427342  T
Q  146 tgtgcatgtatcaccact 163  Q
    ||||||||||||||||||    
T  31427343 tgtgcatgtatcaccact 31427360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 40855134 - 40855250
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtc-atatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggt 146  Q
    ||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||  | | | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| |    
T  40855134 agagatgaatgaaagggaaaagagacaaagtgtttgtgaggtctagacccacaggtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtatataccacatatggat 40855233  T
Q  147 gtgcatgtatcaccact 163  Q
     |||||| |||| ||||    
T  40855234 atgcatgcatcatcact 40855250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 52055131 - 52055246
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  52055131 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatg 52055230  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    ||||||||||||||||    
T  52055231 tgcatgtatcaccact 52055246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 1158238 - 1158353
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| | ||    
T  1158238 agagatgaatgaaagggaagagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatg 1158337  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    ||||||||||| ||||    
T  1158338 tgcatgtatcatcact 1158353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 49866766 - 49866670
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgg 144  Q
    |||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  49866766 agagatcgatgaaagagaagagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaagcgtgtataccacctatgg 49866670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 48 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 47940942 - 47940831
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  47940942 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtg 47940843  T
Q  148 tgcatgtatcac 159  Q
    ||||||||||||    
T  47940842 tgcatgtatcac 47940831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 49786509 - 49786397
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49786509 agagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 49786410  T
Q  148 tgcatgtatcacc 160  Q
    | |||||||||||    
T  49786409 tacatgtatcacc 49786397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 64 - 163
Target Start/End: Original strand, 29836769 - 29836867
Alignment:
Q  64 gaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccact 163  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29836769 gaagagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcaccact 29836867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 8153095 - 8152978
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    |||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8153095 agagatggataaaagagaagagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggtg 8152996  T
Q  148 tgc--atgtatcaccact 163  Q
    |||  |||||||||||||    
T  8152995 tgcatatgtatcaccact 8152978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 8436879 - 8436994
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||  ||||| || ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8436879 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtg 8436978  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||| ||||||||||    
T  8436979 tacatatatcaccact 8436994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 63 - 158
Target Start/End: Original strand, 48778971 - 48779066
Alignment:
Q  63 ggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatca 158  Q
    |||||||| | ||||||||| ||| ||||||  || ||||||||| ||| |||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48778971 ggaagagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 4076927 - 4077042
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4076927 agagatggatgaaaaggaagagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggta 4077026  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    ||||||||||| ||||    
T  4077027 tgcatgtatcatcact 4077042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 3780342 - 3780458
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  3780342 agagatggatgaaagggaagagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatg 3780441  T
Q  148 tgcatgtatcaccactt 164  Q
    | |||||||||| ||||    
T  3780442 tacatgtatcactactt 3780458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 165 - 285
Target Start/End: Original strand, 2354650 - 2354770
Alignment:
Q  165 attgataaaattgaaactaaaaatacaattttattcagaagttaataacaataaatgaagaaggaattaacaaatatccccatcacttgaatctggattt 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||     
T  2354650 attgataaaattgaaactaaaaatactattttatacaaaagttaataacgataaaagaagaaggaattaacatctatccccatcacttgaatcttgattc 2354749  T
Q  265 ctttgttattttgtgatcagt 285  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2354750 ctttgttattttgtgatcagt 2354770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 13922301 - 13922186
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13922301 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 13922202  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||||||||||||||    
T  13922201 tacatgtatcaccact 13922186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 48 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 11829073 - 11828960
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  | |||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11829073 agagatggatgaaagaggagagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtg 11828974  T
Q  148 tgcatgtatcacca 161  Q
    ||||||| ||||||    
T  11828973 tgcatgtctcacca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 165 - 219
Target Start/End: Original strand, 2353013 - 2353067
Alignment:
Q  165 attgataaaattgaaactaaaaatacaattttattcagaagttaataacaataaa 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  2353013 attgataaaattgaaactaaaaataccattttattcagaagttaacaacaataaa 2353067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 48 - 159
Target Start/End: Original strand, 33594502 - 33594613
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  33594502 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatg 33594601  T
Q  148 tgcatgtatcac 159  Q
    ||||||||||||    
T  33594602 tgcatgtatcac 33594613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 2e-37; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 20186824 - 20186939
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20186824 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 20186923  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||||||||||||||    
T  20186924 tacatgtatcaccact 20186939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 30339752 - 30339637
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339752 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 30339653  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||||||||||||||    
T  30339652 tacatgtatcaccact 30339637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 51787388 - 51787273
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  51787388 agagatgcatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 51787289  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||||||||||||||    
T  51787288 tacatgtatcaccact 51787273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 9e-24
Query Start/End: Original strand, 51 - 163
Target Start/End: Original strand, 43740393 - 43740505
Alignment:
Q  51 gatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgc 150  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||| ||| |    
T  43740393 gatggatgataaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttc 43740492  T
Q  151 atgtatcaccact 163  Q
    ||| |||||||||    
T  43740493 atggatcaccact 43740505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 158
Target Start/End: Original strand, 9672955 - 9673062
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 147  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||  ||||||||||  |||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9672955 agagatggatgaaagagaagagagaca--gtgtttgtgga-tctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctataggtg 9673051  T
Q  148 tgcatgtatca 158  Q
    | |||||||||    
T  9673052 tacatgtatca 9673062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1328 times since January 2019
Visitors: 3081