View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0360_low_25 (Length: 289)

Name: NF0360_low_25
Description: NF0360
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0360_low_25
NF0360_low_25
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (48-164)||(4076927-4077043)
chr8 (48-159)||(3780342-3780453)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (48-164)||(52055131-52055247)
chr4 (48-164)||(1158238-1158354)
chr4 (48-144)||(49866670-49866766)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (48-164)||(25955943-25956059)
chr5 (48-168)||(1501352-1501472)
chr5 (48-164)||(42250116-42250232)
chr5 (48-163)||(38280256-38280371)
chr5 (56-165)||(7886354-7886463)
chr5 (48-164)||(38951381-38951497)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (48-165)||(2286457-2286574)
chr7 (48-164)||(25185916-25186032)
chr7 (48-166)||(7527247-7527365)
chr7 (48-165)||(11765706-11765823)
chr7 (48-157)||(23844642-23844751)
chr7 (48-164)||(496683-496799)
chr7 (48-164)||(48057682-48057798)
chr7 (48-165)||(31427243-31427362)
chr7 (48-164)||(40855134-40855251)
chr7 (48-164)||(42535197-42535313)
chr7 (102-165)||(4649474-4649537)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (48-165)||(47940825-47940942)
chr3 (48-165)||(49786392-49786509)
chr3 (48-164)||(8152977-8153095)
chr3 (65-164)||(29836770-29836868)
chr3 (48-164)||(8436879-8436995)
chr3 (65-158)||(48778973-48779066)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (48-164)||(33594502-33594618)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (165-289)||(44642064-44642178)
chr1 (48-164)||(20186824-20186940)
chr1 (48-164)||(30339636-30339752)
chr1 (51-164)||(43740393-43740506)
chr1 (48-164)||(51787272-51787388)
chr1 (48-158)||(9672955-9673062)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (48-164)||(13922185-13922301)
chr2 (48-161)||(11828960-11829073)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 4076927 - 4077043
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  4076927 agagatggatgaaaaggaagagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggta 4077026  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    ||||||||||| |||||    
T  4077027 tgcatgtatcatcactc 4077043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 48 - 159
Target Start/End: Original strand, 3780342 - 3780453
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||| ||||| |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3780342 agagatggatgaaagggaagagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatg 3780441  T
Q  148 tgcatgtatcac 159  Q
    | ||||||||||    
T  3780442 tacatgtatcac 3780453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 93; Significance: 3e-45; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 52055131 - 52055247
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52055131 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatg 52055230  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    |||||||||||||||||    
T  52055231 tgcatgtatcaccactc 52055247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 1158238 - 1158354
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||    
T  1158238 agagatgaatgaaagggaagagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatg 1158337  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    ||||||||||| |||||    
T  1158338 tgcatgtatcatcactc 1158354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 48 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 49866766 - 49866670
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgg 144  Q
    |||||| |||||||   |||||||||||| ||||| || |||||| |  ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  49866766 agagatcgatgaaagagaagagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaagcgtgtataccacctatgg 49866670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 89; Significance: 6e-43; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 25955943 - 25956059
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||    
T  25955943 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtg 25956042  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    |||||||||||||||||    
T  25956043 tgcatgtatcaccactc 25956059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 48 - 168
Target Start/End: Original strand, 1501352 - 1501472
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  1501352 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatc 1501451  T
Q  148 tgcatgtatcaccactcaaaa 168  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  1501452 tgcatgtatcaccactcaaaa 1501472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 42250232 - 42250116
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||| ||    
T  42250232 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtg 42250133  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    |||||||||||||||||    
T  42250132 tgcatgtatcaccactc 42250116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 163
Target Start/End: Original strand, 38280256 - 38280371
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38280256 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatg 38280355  T
Q  148 tgcatgtatcaccact 163  Q
    | ||||||||||||||    
T  38280356 tacatgtatcaccact 38280371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 56 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 7886463 - 7886354
Alignment:
Q  56 atgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtgcatgta 155  Q
    |||||| | |||||||||||||| | |||| | | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||   | |||||| |    
T  7886463 atgaaagggaagagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaa 7886364  T
Q  156 tcaccactca 165  Q
    ||||||||||    
T  7886363 tcaccactca 7886354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 38951497 - 38951381
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||| | | || | ||| ||| |||||||||  | || || |||| |||||| ||||||| ||| ||||||| | ||||||| ||||| |||    
T  38951497 agagatggatgatagggaaaaaagataaagtgtttgtgaaatttaagccacatatcacatatttgtgttgagatttaagtatatatgccatctatgaatg 38951398  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    ||||||||||| |||||    
T  38951397 tgcatgtatcatcactc 38951381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 48 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 2286574 - 2286457
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  2286574 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtg 2286475  T
Q  148 tgcatgtatcaccactca 165  Q
    |||||||||||| |||||    
T  2286474 tgcatgtatcactactca 2286457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 25185916 - 25186032
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  25185916 agagatggatgaaaaggaagagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtg 25186015  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    |||||| ||||||||||    
T  25186016 tgcatgcatcaccactc 25186032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 48 - 166
Target Start/End: Original strand, 7527247 - 7527365
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||     
T  7527247 agagatggatgaaaaaaaaaagagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaata 7527346  T
Q  148 tgcatgtatcaccactcaa 166  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  7527347 tgcatgtatcacccctcaa 7527365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 48 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 11765823 - 11765706
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| |||| |||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11765823 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 11765724  T
Q  148 tgcatgtatcaccactca 165  Q
    | ||||||||||||||||    
T  11765723 tacatgtatcaccactca 11765706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 48 - 157
Target Start/End: Complemental strand, 23844751 - 23844642
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||    
T  23844751 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatg 23844652  T
Q  148 tgcatgtatc 157  Q
    ||||||||||    
T  23844651 tgcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 496799 - 496683
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||  || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  496799 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 496700  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    | |||||||||||||||    
T  496699 tacatgtatcaccactc 496683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 48057682 - 48057798
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||| ||    
T  48057682 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtg 48057781  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    | |||||||||||||||    
T  48057782 tacatgtatcaccactc 48057798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 48 - 165
Target Start/End: Original strand, 31427243 - 31427362
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgc--cacctatgga 145  Q
    |||||||||||| | | |||||||||||| ||||||||  |||||  | ||||||||||| ||| || |||||||||| | |||||||  ||||||||||    
T  31427243 agagatggatgagagggaagagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatgga 31427342  T
Q  146 tgtgcatgtatcaccactca 165  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  31427343 tgtgcatgtatcaccactca 31427362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 40855134 - 40855251
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggct-acatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggat 146  Q
    ||||||| |||||| | || ||||||||| |||||||||||||||| |  ||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||    
T  40855134 agagatgaatgaaagggaaaagagacaaagtgtttgtgaggtctagacccacaggtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtatataccacatatggat 40855233  T
Q  147 gtgcatgtatcaccactc 164  Q
     |||||| |||| |||||    
T  40855234 atgcatgcatcatcactc 40855251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 42535197 - 42535313
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| | | || |  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  42535197 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtg 42535296  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    | ||| ||||| |||||    
T  42535297 tacatatatcatcactc 42535313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 102 - 165
Target Start/End: Original strand, 4649474 - 4649537
Alignment:
Q  102 tcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtgcatgtatcaccactca 165  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||    
T  4649474 tcacatatttatgtggagttttaaatgtgtatgccacttatgaatttgcatctatcaccactca 4649537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 48 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 47940942 - 47940825
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||    
T  47940942 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtg 47940843  T
Q  148 tgcatgtatcaccactca 165  Q
    |||||||||||| |||||    
T  47940842 tgcatgtatcactactca 47940825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 48 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 49786509 - 49786392
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  49786509 agagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 49786410  T
Q  148 tgcatgtatcaccactca 165  Q
    | ||||||||||| ||||    
T  49786409 tacatgtatcaccgctca 49786392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 8153095 - 8152977
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaaga-aagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggat 146  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |    
T  8153095 agagatggat-aaaagagaagagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggt 8152997  T
Q  147 gtgc--atgtatcaccactc 164  Q
    ||||  ||||||||||||||    
T  8152996 gtgcatatgtatcaccactc 8152977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 65 - 164
Target Start/End: Original strand, 29836770 - 29836868
Alignment:
Q  65 aagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtgcatgtatcaccactc 164  Q
    |||||||||||| | |||||| ||| ||||  | |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  29836770 aagagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcaccactc 29836868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 8436879 - 8436995
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| |||||| |  || ||||| || ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  8436879 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtg 8436978  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    | ||| |||||||||||    
T  8436979 tacatatatcaccactc 8436995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 65 - 158
Target Start/End: Original strand, 48778973 - 48779066
Alignment:
Q  65 aagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtgcatgtatca 158  Q
    |||||||| ||| ||||| ||  |||||| | ||||||||||| ||| |||||| |||||| || ||||||||||||| | |||||||||||||    
T  48778973 aagagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 33594502 - 33594618
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  33594502 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatg 33594601  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    |||||||||||| ||||    
T  33594602 tgcatgtatcactactc 33594618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 165 - 289
Target Start/End: Original strand, 44642064 - 44642178
Alignment:
Q  165 aaaagtgtatttt-ctgctgtgtactttcaacctgattttggaaggtgtgaaaacatcccctctttatttacttatttatttattttcaacttgctaatt 263  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44642064 aaaagtgtatttttctgctgtgtactttcaacctgatt-----------gaaaacatcccctctttatttacttatttatttattttcaacttgctaatt 44642152  T
Q  264 ggcttaaaatatattagagcaaaatt 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  44642153 ggcttaaaatatattagagcaaaatt 44642178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Original strand, 20186824 - 20186940
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| | ||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20186824 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 20186923  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    | |||||||||||||||    
T  20186924 tacatgtatcaccactc 20186940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 30339752 - 30339636
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30339752 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 30339653  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    | |||||||||||||||    
T  30339652 tacatgtatcaccactc 30339636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 51 - 164
Target Start/End: Original strand, 43740393 - 43740506
Alignment:
Q  51 gatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatgtgc 150  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||||||| |    
T  43740393 gatggatgataaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttc 43740492  T
Q  151 atgtatcaccactc 164  Q
    ||| ||||||||||    
T  43740493 atggatcaccactc 43740506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 51787388 - 51787272
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||| ||||||   |||||||||||| |||||||| |||||||   || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51787388 agagatgcatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 51787289  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    | |||||||||||||||    
T  51787288 tacatgtatcaccactc 51787272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 48 - 158
Target Start/End: Original strand, 9672955 - 9673062
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   ||||||||||   |||||||| | ||||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  9672955 agagatggatgaaagagaagagagacag--tgtttgtg-gatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctataggtg 9673051  T
Q  148 tgcatgtatca 158  Q
    | |||||||||    
T  9673052 tacatgtatca 9673062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 48 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 13922301 - 13922185
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||| |||||||| ||||||||  || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13922301 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 13922202  T
Q  148 tgcatgtatcaccactc 164  Q
    | |||||||||||||||    
T  13922201 tacatgtatcaccactc 13922185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 48 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 11829073 - 11828960
Alignment:
Q  48 agagatggatgaaaagaaagagagacaaaatgtttgtgaggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 147  Q
    ||||||||||||||    |||||| |||| |||||||| ||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  11829073 agagatggatgaaagaggagagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtg 11828974  T
Q  148 tgcatgtatcacca 161  Q
    ||||||| ||||||    
T  11828973 tgcatgtctcacca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 556 times since January 2019
Visitors: 3061