View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0365_1D_low_13 (Length: 222)

Name: NF0365_1D_low_13
Description: NF0365_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0365_1D_low_13
NF0365_1D_low_13
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (58-218)||(21966567-21966726)
chr3 (58-218)||(21989003-21989162)
chr3 (55-218)||(21966981-21967144)
chr3 (55-218)||(21989417-21989580)
chr3 (55-147)||(45421100-45421192)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (59-218)||(20487202-20487361)
chr6 (55-216)||(20481638-20481799)
chr6 (59-145)||(22970091-22970177)
chr6 (59-145)||(23818217-23818303)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (56-218)||(24860167-24860329)
chr8 (59-215)||(24858944-24859099)
chr8 (57-145)||(42127358-42127446)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (53-145)||(11384186-11384278)
chr4 (58-145)||(44491718-44491805)
[»] scaffold0625 (1 HSPs)
scaffold0625 (55-121)||(8000-8066)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (55-121)||(18993631-18993697)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (58-145)||(48678058-48678145)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (59-145)||(28240793-28240879)
chr2 (55-92)||(3833504-3833541)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 141; Significance: 4e-74; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 58 - 218
Target Start/End: Original strand, 21966567 - 21966726
Alignment:
58 aggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtc 157  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21966567 aggcttaattatatatttggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcctttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtc 21966666  T
158 catcgtttatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 218  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
21966667 catcgtttatgtcctttccgtcaaacattaattaagaaatg-taagtctcacacatggtcg 21966726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 58 - 218
Target Start/End: Original strand, 21989003 - 21989162
Alignment:
58 aggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtc 157  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
21989003 aggcttaattatatatttggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcctttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtc 21989102  T
158 catcgtttatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 218  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
21989103 catcgtttatgtcctttccgtcaaacattaattaagaaatg-taagtctcacacatggtcg 21989162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 55 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 21967144 - 21966981
Alignment:
55 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
21967144 tttaggcttaattatatatctggtccctcaaataattaccaatattcattttggtcccttaattaatttaagtttcattttggtcctttaattaagattc 21967045  T
155 gtccatcgtttatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 218  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
21967044 gtccatcgtttatgtcctttccgtcaaacattaattaagaaacgttaagtctcacacatggtcg 21966981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 55 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 21989580 - 21989417
Alignment:
55 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
21989580 tttaggcttaattatatatctggtccctcaaataattaccaatattcattttggtcccttaattaatttaagtttcattttggtcctttaattaagattc 21989481  T
155 gtccatcgtttatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 218  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
21989480 gtccatcgtttatgtcctttccgtcaaacattaattaagaaacgttaagtctcacacatggtcg 21989417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 55 - 147
Target Start/End: Original strand, 45421100 - 45421192
Alignment:
55 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaatt 147  Q
    |||||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||| | ||  |||  ||||||||| ||||||||   |||||| |||| |||||||||||    
45421100 tttaggctaaattacatatttggtcccttaattaatttctaagtttcactttggtcccctaattaataaaagtttcgttttagtcctttaatt 45421192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 140; Significance: 2e-73; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 59 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 20487361 - 20487202
Alignment:
59 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtcc 158  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||    
20487361 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtctcattttggtcctttaattaagatccgtcc 20487262  T
159 atcgtttatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 218  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
20487261 atcgtttatgtcctttccgtcaaactttaattaagaaacgttaagtctcacacatggtcg 20487202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 55 - 216
Target Start/End: Original strand, 20481638 - 20481799
Alignment:
55 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattc 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
20481638 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcggtttggtcccttatttaattttagtctcattttggtcctttaattaagattc 20481737  T
155 gtccatcgtttatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggt 216  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||    
20481738 gtccatcgtttatgtcctttccgtcaaactttaattaagaaacgctaagtctcacacatggt 20481799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 145
Target Start/End: Original strand, 22970091 - 22970177
Alignment:
59 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 145  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||  ||||| ||| | ||||||||| | | || |||||||||||||    
22970091 ggcttaattatataaatggtcccttaaataattatgaaatttcaatttggcccccttattaattttcgctccaatttggtcctttaa 22970177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 23818303 - 23818217
Alignment:
59 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 145  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||| |||  ||||| ||| | ||||||||| | | || |||||||||||||    
23818303 ggcttaattatataaatggtcccttaaataattatgaaatttcaatttggcccccttattaattttcgctccaatttggtcctttaa 23818217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 111; Significance: 3e-56; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 56 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 24860329 - 24860167
Alignment:
56 ttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcg 155  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||| | ||    
24860329 ttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattatttttagactcattttggtcctttaattaagctccg 24860230  T
156 tccatcgtttatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatggtcg 218  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||  ||||||  |||| ||||||||||||| |||||||    
24860229 tccatcgtttatgccctttccgtcaaattttaattttgaaacgttaagtctcacatatggtcg 24860167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 59 - 215
Target Start/End: Original strand, 24858944 - 24859099
Alignment:
59 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaattaagattcgtcc 158  Q
    ||||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||    
24858944 ggcttaattatatatctaggcc-ttaaataattatcaaaattcgttttggtcccttaattatttttaggttcattttggtcctttaattaagctccgtcc 24859042  T
159 atcgtttatgtccttttcgtcaaacattaattaagaaatgttaagtctcacacatgg 215  Q
    ||||||| ||| |||| ||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
24859043 atcgtttttgttctttccgttaaaaatttattaagaaatgttaagtctcacacatgg 24859099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 145
Target Start/End: Original strand, 42127358 - 42127446
Alignment:
57 taggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 145  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  | | |||  ||||||||| | | ||||||| ||| ||||| ||||||||||    
42127358 taggcttaattacataaatggtcccttaaataattatgagatttcaatttggtccccttaataattttcgttccatttcggtcctttaa 42127446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000005; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 53 - 145
Target Start/End: Original strand, 11384186 - 11384278
Alignment:
53 aatttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 145  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  | | |||  ||||||||| | | ||||||| ||| ||||| ||||||||||    
11384186 aatttaggcttaattatataaatggtcccttaaataattatgagatttcaatttggtcccattaataattttcgttccatttcggtcctttaa 11384278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 58 - 145
Target Start/End: Original strand, 44491718 - 44491805
Alignment:
58 aggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 145  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  | | |||  ||||||||| | ||||||||| |  |||||||||||||||||    
44491718 aggcttaattacataaatggtcccttaaataattatgagatttcaatttggtcccattattaattttcgcctcattttggtcctttaa 44491805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0625 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0625
Description:

Target: scaffold0625; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 55 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 8066 - 8000
Alignment:
55 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaat 121  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||  ||| |||  ||||||||||||||||||    
8066 tttaggcttaattacatctttggtcccttaaataattatgaaatttcactttggtcccttaattaat 8000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 55 - 121
Target Start/End: Original strand, 18993631 - 18993697
Alignment:
55 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaat 121  Q
    |||||||||||||| || | ||||||||||||||||||  ||| |||  ||||||||||||||||||    
18993631 tttaggcttaattacatctttggtcccttaaataattatgaaatttcactttggtcccttaattaat 18993697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 58 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 48678145 - 48678058
Alignment:
58 aggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 145  Q
    |||||| ||||||||  |||| |||||||||||||  | | |||| ||||||||||| ||||||||| | | |||||||||| |||||    
48678145 aggctttattatataattggttccttaaataattatgagatttcgatttggtccctttattaattttcgctccattttggtcatttaa 48678058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 59 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 28240879 - 28240793
Alignment:
59 ggcttaattatatatctggtcccttaaataattaccaaaattcgttttggtcccttaattaattttagtttcattttggtcctttaa 145  Q
    |||||||||| |||  ||||||||||||||||||  ||| ||   ||||||||| | ||||||||| ||  ||||||||||||||||    
28240879 ggcttaattacataaatggtcccttaaataattatgaaattttaatttggtccccttattaattttcgtcccattttggtcctttaa 28240793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 55 - 92
Target Start/End: Original strand, 3833504 - 3833541
Alignment:
55 tttaggcttaattatatatctggtcccttaaataatta 92  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
3833504 tttaggcttaattatataattggtcccttaaataatta 3833541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University