View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0365_2D_low_1 (Length: 1528)

Name: NF0365_2D_low_1
Description: NF0365_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0365_2D_low_1
NF0365_2D_low_1
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-1507)||(40635083-40636601)
chr1 (537-1195)||(40629067-40629728)
chr1 (865-1135)||(40656049-40656319)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1394; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1507
Target Start/End: Complemental strand, 40636601 - 40635083
Alignment:
Q  1 gtggaaaatacaattggaatatgagtactacctgaagagggagatacagggacagtatgagaaccggtaaattaatacaagtgtaatagatgatgctccg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  40636601 gtggaaaatacaattggaatatgagtactacctgaagagggagatacagggacagtatgagaaccggtaaattaatataagtgtaatagatgatgctccg 40636502  T
Q  101 gatcagccttcttagtattgctattccttttctccccgtcttctcattggtcttctccagtttacgccttgttttggtaatgttatactctcttgctcct 200  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  40636501 gatcagccttcttagtattgctcttccttttctccccgtcttctcattggtcttctccagtttacgccttgttttggtaatgttacactctcttgctcct 40636402  T
Q  201 tgttctgcaataacttcgaaaatttgagagagcaatacatacaagatgtcccatttgttgccactattatcaggaaccaaaaaagaagcagcaaaagaaa 300  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40636401 tgttctgcaacaacttcgaaagtttgagagagaaatacatacaagaagttccatgtgttgccactattatcaggaaccaaaaaagaagcagcaaaagaaa 40636302  T
Q  301 tagcgaaaggaatgagttcccatactatcaagctctccacggacaagtttggaatgggtacagttgatctttgtgtttttatttcatgagtgtctcccac 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40636301 tagcgaaaggaatgagttcccatactatcaagctctccacggacaagtttggaacgggtacagttgatctttgtgtttttatttcatgagtgtctcccac 40636202  T
Q  401 aactccataagttatccctctttgaagtgtatctccaatttcacaactcctaatatacctcatctgactcttaaactcccatactgaagcatatccttca 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40636201 aactccataagttatccctctttgaagtgtatctccaatttcacaactcctaatatacctcatctgactcttaaactcccatactgaagcatatccttca 40636102  T
Q  501 taaagataaaggaccttcttccaaccatacattttcaaccatttttctcttgttgaaatgaaatttccagcaactttttccgagtaattacaaacttcgt 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  40636101 taaagataaaggaccttcttccaaccatacattttcaaccatttttctcttgttgaaatgaaatttccagcaactttttccgagtaattacagacttcgt 40636002  T
Q  601 tcacctcttccaaccacacagtttctctttgatttgttgacttcaatttagacacaatgtttttcaggtctttgagcccatcttttacttcttccaccat 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40636001 tcacctcttccaaccacacagtttctctttgatttgttgacttcaatttagacacaatgtttttcaggtctttgagcccatcttttacttcttccaccat 40635902  T
Q  701 ctcaatcaccttattactggttattaaattttgacgactccgaatttgatcaagcttctccatagctacttctacgatggtggaacaggaaggtggcggt 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40635901 ctcaatcaccttattactggttattaaattttgacgactccgaatttgatcaagcttctccatagctacttctacgatggtggaacaggaaggtggcagt 40635802  T
Q  801 gcttctcctcttacaacgggagtttcaacagagacactaacatccaagtttaaattcattattttctgagagatgtctctcatcctctttcggatctcct 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40635801 gcttctcctcttacaacgggagtttcaacagagacactaacatccaagtttaaattcattattttctgagagatgtctctcatcctctttcggatctcct 40635702  T
Q  901 ccagctcttttccaactttgtatttatcataccaatgcaaaacaccccacctcctcctcttgactgattttatgacgaacgtttctatcacattctttgc 1000  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40635701 ccagctcttttccaactttgtatttatcataccaatgcaaaacaccccacctcctcctcttgactgatttgatgacgaacgtttctatcacattctttgc 40635602  T
Q  1001 atctagagcaacatccttcaacttctccgcccattctttcaactcttgttcctgttctccatccccgcgctgctcaacctgttctaacaatccccgcatt 1100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40635601 atctagagcaacatccttcaacttctccgcccattctttcaactcttgttcctgttctccatccccgcgctgctcaacctgttctaacaatccccgcatt 40635502  T
Q  1101 gacctcagctctttctcaatccactctacgtgcctcgctgtagcccccaaaactgcatactcttcaaccaggaattttgcaaccactgataccacaacat 1200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40635501 gacctcagctctttctcaatccattctacgtgcctcgctgtagcccccaaaactgcatactcttcaaccaggaattttgcaaccactgataccacaacat 40635402  T
Q  1201 cgactgcaacgccagcagccatgtgaa--------------ctctgcttaattaatttgtttatcttttggttttggttttccaaatgattaaggaacta 1286  Q
    |||||||||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  40635401 cgactgcaacgccagcagccatgtgaagtcttctctgctagctctgcttaattaatttgtttatcttttggttttcgttttccaaatgattaaggaacta 40635302  T
Q  1287 ctcttcatgcttccaaccctcctttttgaattttatttgcacacacttttttgtatgataataaaccataaggaaatactttggaatatgaagaagttag 1386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40635301 ctcttcatgcttccaaccctcctttttgaattttatttgcacacacttttttgtatgataat-aaccataaggaaatactttggaatatgaagaagttag 40635203  T
Q  1387 gaagaagaggacaaaacgtgtatgtcctcctaattattaatatcaacatagtccaaaatatcaaagttaagtactttctcttgtctcgtagaagatgaca 1486  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40635202 gaagaagaggacaaaacgtgtatgtcctcctaattattaatatcaacatagtccaaaa-atcaaagtaaagtactttctcttgtctcgtagaagatgaca 40635104  T
Q  1487 aaaataaaattatacgagtat 1507  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  40635103 aaaataaaattatacgagtat 40635083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 537 - 1195
Target Start/End: Original strand, 40629067 - 40629728
Alignment:
Q  537 aaccatttttctcttgttgaaatgaaatttccagcaactttttccgagtaattacaaacttcgttcacctcttccaaccacacagtttctctttgatttg 636  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||| | ||||||||| | ||  ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||    
T  40629067 aaccatttttctcttcttgcaatgaaatcttcagcaacttctgccatgtaatcacaaacttcgttcacctgttccaaccacacaatttctctttcatttg 40629166  T
Q  637 ttgacttcaatttagacacaatgtttttcaggtctttgagcccatcttttacttcttccaccatctcaatcaccttattactggttattaaattttgacg 736  Q
    |||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  40629167 ttgacttcaatttagacacagtattttgcaggtctttgagcccatcttttacttcctccaccatcttgatcaccttattactggttattaaattttgaca 40629266  T
Q  737 actccgaatttgatcaagcttctccatagctacttctacgatggtggaaca---ggaaggtggcggtgcttctcctcttacaacgggagtttcaacagag 833  Q
     ||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| | |   ||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||    
T  40629267 tctcagaatgtgatcaagcttctccatagctactactactatgatggcagaattggaaggtgttggtgcttctcctcctacaactggagtttcaacggag 40629366  T
Q  834 acactaacatccaagtttaaattcattattttctgagagatgtctctcatcctctttcggatctcctccagctcttttccaactttgtatttatcatacc 933  Q
    | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  40629367 atactaacatccaaatttaagttcattattttctgagagatatctctcatcctctttcggatcttctccagctcttttccaaccttgtatttgtcatacc 40629466  T
Q  934 aatgcaaaacaccccacctcctcctcttgactgattttatgacgaacgtttctatcacattctttgcatctagagcaacatccttcaacttctccgccca 1033  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| | ||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  40629467 aatgcaaaactccccacctcctcctcttcactgattttatcacaaacgtatctatcacgtcctttgcatccaaagcaacatctttcaacttctctgccca 40629566  T
Q  1034 ttctttcaactcttgttcctgttctccatccccgcgctgctcaacctgttctaacaatccccgcattgacctcagctctttctcaatccactctacgtgc 1133  Q
    ||||  |||| ||||||||||||| || |||||||| || |||| ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  40629567 ttctcgcaacgcttgttcctgttcgccttccccgcgttgttcaatctgctctaacaatcccatcattgacctcagctctttctcaatccattctacgtgt 40629666  T
Q  1134 ctcgctgtagcccccaaaactgcatactcttcaaccaggaattttgcaaccactgataccac 1195  Q
    ||||||| | ||||||| || ||||||||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||    
T  40629667 ctcgctgcatcccccaacaccgcatactcttcaatcaggattttagcaacccctgataccac 40629728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 865 - 1135
Target Start/End: Complemental strand, 40656319 - 40656049
Alignment:
Q  865 tctgagagatgtctctcatcctctttcggatctcctccagctcttttccaactttgtatttatcataccaatgcaaaacaccccacctcctcctcttgac 964  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||| || || |||||| ||||| |||| ||| |||  ||||| || ||| ||||| |||||||| || ||    
T  40656319 tctgagagatgtctctcatcctcctgcggatcttctgcaactctttcccaaccttgtgtttgtcaatccaatacagaactccccatctcctccttttcac 40656220  T
Q  965 tgattttatgacgaacgtttctatcacattctttgcatctagagcaacatccttcaacttctccgcccattctttcaactcttgttcctgttctccatcc 1064  Q
     ||||| || || |||||||||||||||| || ||||||   |||||| ||||||||||||||  |||| || || ||||||||||| |||||||| | |    
T  40656219 cgatttgatcacaaacgtttctatcacatcctctgcatcaccagcaacttccttcaacttctcttcccactcattaaactcttgttcttgttctccgtac 40656120  T
Q  1065 ccgcgctgctcaacctgttctaacaatccccgcattgacctcagctctttctcaatccactctacgtgcct 1135  Q
     | |||||| |  ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  40656119 gcacgctgcccggcctgttccaacaatccctgcattgacctcagctctctttcaatccattctacgtgcct 40656049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 868 times since January 2019
Visitors: 3135