View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0394-INSERTION-4 (Length: 459)

Name: NF0394-INSERTION-4
Description: NF0394
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0394-INSERTION-4
NF0394-INSERTION-4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (26-450)||(3790801-3791220)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (26-450)||(12811238-12811657)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (26-450)||(1654734-1655153)
chr4 (26-450)||(9129049-9129468)
chr4 (26-450)||(45222708-45223127)
chr4 (26-450)||(37152390-37152810)
chr4 (26-112)||(26650836-26650922)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (26-450)||(23780662-23781081)
chr1 (26-450)||(52635862-52636281)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 26 - 450
Target Start/End: Original strand, 3790801 - 3791220
Alignment:
Q  26 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3790801 tgaagaggagttggcaaaccatgaaaa------ggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 3790894  T
Q  126 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnatcccctaatgtactagct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  3790895 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagct 3790994  T
Q  226 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc-nnnnnnnn 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  3790995 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccttttttttt 3791094  T
Q  325 nnngcctttcataaaataatataaagaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 424  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3791095 tttgcctttcataaaataatataaagaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 3791194  T
Q  425 aagatagctacgagatatgagaataa 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  3791195 aagatagctacgagatatgagaataa 3791220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 26 - 450
Target Start/End: Original strand, 12811238 - 12811657
Alignment:
Q  26 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12811238 tgaagaggagttggcaaaccatgaaaa------ggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 12811331  T
Q  126 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnatcccctaatgtactagct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  12811332 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagct 12811431  T
Q  226 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc-nnnnnnnn 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  12811432 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccttttttttt 12811531  T
Q  325 nnngcctttcataaaataatataaagaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 424  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12811532 tttgcctttcataaaataatataaagaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 12811631  T
Q  425 aagatagctacgagatatgagaataa 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  12811632 aagatagctacgagatatgagaataa 12811657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 26 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 1655153 - 1654734
Alignment:
Q  26 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1655153 tgaagaggagttggcaaaccatgaaaa------ggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 1655060  T
Q  126 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnatcccctaatgtactagct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  1655059 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagct 1654960  T
Q  226 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc-nnnnnnnn 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  1654959 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccttttttttt 1654860  T
Q  325 nnngcctttcataaaataatataaagaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 424  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1654859 tttgcctttcataaaataatataaagaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 1654760  T
Q  425 aagatagctacgagatatgagaataa 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  1654759 aagatagctacgagatatgagaataa 1654734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 26 - 450
Target Start/End: Original strand, 9129049 - 9129468
Alignment:
Q  26 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9129049 tgaagaggagttggcaaaccatgaaaa------ggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 9129142  T
Q  126 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnatcccctaatgtactagct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  9129143 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagct 9129242  T
Q  226 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc-nnnnnnnn 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  9129243 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccttttttttt 9129342  T
Q  325 nnngcctttcataaaataatataaagaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 424  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9129343 tttgcctttcataaaataatataaagaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 9129442  T
Q  425 aagatagctacgagatatgagaataa 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  9129443 aagatagctacgagatatgagaataa 9129468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 26 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 45223127 - 45222708
Alignment:
Q  26 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45223127 tgaagaggagttggcaaaccatgaaaa------ggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 45223034  T
Q  126 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnatcccctaatgtactagct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  45223033 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagct 45222934  T
Q  226 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc-nnnnnnnn 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  45222933 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccttttttttt 45222834  T
Q  325 nnngcctttcataaaataatataaagaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 424  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45222833 tttgcctttcataaaataatataaagaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 45222734  T
Q  425 aagatagctacgagatatgagaataa 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  45222733 aagatagctacgagatatgagaataa 45222708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 26 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 37152810 - 37152390
Alignment:
Q  26 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37152810 tgaagaggagttggcaaaccatgaaaa------ggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 37152717  T
Q  126 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnatcccctaatgtactagct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  37152716 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagct 37152617  T
Q  226 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc-nnnnnnnn 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  37152616 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccttttttttt 37152517  T
Q  325 nnngcctttcataaaat-aatataaagaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacaca 423  Q
       |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37152516 tttgcctttcataaaataaatataaagaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctatggaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacaca 37152417  T
Q  424 aaagatagctacgagatatgagaataa 450  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  37152416 aaagatagctacgagatatgagaataa 37152390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 26 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 26650922 - 26650836
Alignment:
Q  26 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaa 112  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||| ||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||    
T  26650922 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggaggggattcataaaaatgaagagttaaagaaagggattgatgatatgctgaa 26650836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 295; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 26 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 23781081 - 23780662
Alignment:
Q  26 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23781081 tgaagaggagttggcaaaccatgaaaa------ggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 23780988  T
Q  126 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnatcccctaatgtactagct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  23780987 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagct 23780888  T
Q  226 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc-nnnnnnnn 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  23780887 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccttttttttt 23780788  T
Q  325 nnngcctttcataaaataatataaagaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 424  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23780787 tttgcctttcataaaataatataaagaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 23780688  T
Q  425 aagatagctacgagatatgagaataa 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  23780687 aagatagctacgagatatgagaataa 23780662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 26 - 450
Target Start/End: Original strand, 52635862 - 52636281
Alignment:
Q  26 tgaagaggagttggcaaaccatgacaatgaagaggatgaggttcagaaaaatgaagagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 125  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52635862 tgaagaggagttggcaaaccatgaaaa------ggatgaggttcagaaaaatgaaaagttaaagaaatgggttcatgatatgctgaagatttatatagct 52635955  T
Q  126 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcnnnnnnnnnnnnnnnnnatcccctaatgtactagct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||    
T  52635956 gggtttccatgattttgttcgacaatgataagaacaagtgaaaaactacaacttttgctgctgcttttattttttgtctttatcccctaatgtactagct 52636055  T
Q  226 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttcc-nnnnnnnn 324  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  52636056 tatgttaacaatttggagaagcaacgtgaagtactcttttttgtctttatccatgtactagcttatgccaatcggttactttaatatttccttttttttt 52636155  T
Q  325 nnngcctttcataaaataatataaagaagtttctaccaccaaaaacaaaactgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 424  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52636156 tttgcctttcataaaataatataaagaagtttctatcaccaaaaacaaaattgctttctattgaataaaatacttgacgtacacaatgcataaaacacaa 52636255  T
Q  425 aagatagctacgagatatgagaataa 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  52636256 aagatagctacgagatatgagaataa 52636281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 444 times since January 2019
Visitors: 3060