View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0403_high_27 (Length: 331)

Name: NF0403_high_27
Description: NF0403
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0403_high_27
NF0403_high_27
[»] chr6 (64 HSPs)
chr6 (1-321)||(27604886-27605213)
chr6 (4-256)||(28780889-28781142)
chr6 (4-245)||(27228995-27229235)
chr6 (4-256)||(27725029-27725281)
chr6 (4-256)||(27698678-27698929)
chr6 (4-245)||(26802199-26802445)
chr6 (4-223)||(27611186-27611406)
chr6 (4-245)||(28786039-28786281)
chr6 (4-256)||(27718563-27718816)
chr6 (4-245)||(26655750-26655992)
chr6 (4-245)||(26761721-26761963)
chr6 (4-221)||(28792184-28792402)
chr6 (5-261)||(27338250-27338500)
chr6 (5-261)||(27398990-27399240)
chr6 (15-216)||(31284078-31284280)
chr6 (9-238)||(27427792-27428020)
chr6 (15-178)||(26622805-26622968)
chr6 (15-178)||(26728783-26728946)
chr6 (4-244)||(27678716-27678949)
chr6 (4-175)||(27593204-27593375)
chr6 (15-243)||(26823609-26823832)
chr6 (4-126)||(27531381-27531503)
chr6 (18-244)||(27706600-27706819)
chr6 (4-147)||(26884023-26884166)
chr6 (15-177)||(26861446-26861608)
chr6 (18-175)||(27677812-27677969)
chr6 (15-178)||(26646302-26646471)
chr6 (15-178)||(26752270-26752439)
chr6 (4-112)||(26848555-26848663)
chr6 (148-242)||(26055724-26055818)
chr6 (149-242)||(25481540-25481633)
chr6 (149-242)||(25538338-25538431)
chr6 (149-242)||(26048643-26048736)
chr6 (149-242)||(26069812-26069905)
chr6 (149-242)||(26075694-26075787)
chr6 (149-242)||(26142663-26142756)
chr6 (12-174)||(27665309-27665471)
chr6 (12-112)||(25071554-25071654)
chr6 (47-173)||(28098596-28098725)
chr6 (149-258)||(25579499-25579610)
chr6 (4-113)||(25481636-25481745)
chr6 (4-113)||(25579613-25579722)
chr6 (4-113)||(26055820-26055929)
chr6 (4-113)||(26075790-26075899)
chr6 (12-145)||(28325343-28325476)
chr6 (5-113)||(26048739-26048847)
chr6 (5-113)||(26069908-26070016)
chr6 (5-113)||(26142759-26142867)
chr6 (12-112)||(26635585-26635685)
chr6 (12-112)||(26741551-26741651)
chr6 (12-112)||(27214312-27214412)
chr6 (12-112)||(27234816-27234916)
chr6 (147-227)||(27531503-27531582)
chr6 (13-133)||(28234438-28234558)
chr6 (15-112)||(26949556-26949653)
chr6 (12-105)||(26959067-26959160)
chr6 (13-109)||(28242702-28242798)
chr6 (13-151)||(28185222-28185360)
chr6 (55-112)||(28226845-28226902)
chr6 (5-113)||(25538434-25538542)
chr6 (12-112)||(26974947-26975047)
chr6 (12-76)||(29825958-29826022)
chr6 (57-151)||(26342171-26342265)
chr6 (13-151)||(28180970-28181108)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (4-256)||(13816-14069)
scaffold0277 (4-245)||(4855-5102)
[»] scaffold1254 (1 HSPs)
scaffold1254 (4-261)||(101-352)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (4-261)||(7277-7528)
[»] scaffold0349 (3 HSPs)
scaffold0349 (4-256)||(3606-3858)
scaffold0349 (4-256)||(14539-14790)
scaffold0349 (81-256)||(8062-8238)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (14-255)||(18699581-18699821)
chr4 (14-255)||(18655658-18655898)
chr4 (14-245)||(18731685-18731915)
chr4 (14-245)||(18679748-18679978)
chr4 (14-180)||(18724266-18724432)
chr4 (9-238)||(17989226-17989454)
chr4 (9-238)||(18073535-18073763)
chr4 (13-106)||(5091147-5091240)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (9-238)||(59343-59571)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (15-203)||(28164544-28164733)
chr1 (15-200)||(28127862-28128042)
chr1 (15-180)||(268539-268704)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (15-173)||(29273965-29274123)
chr8 (18-130)||(31903728-31903840)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (13-133)||(58475-58595)
[»] scaffold0038 (4 HSPs)
scaffold0038 (12-145)||(116658-116791)
scaffold0038 (13-133)||(34599-34719)
scaffold0038 (13-109)||(42864-42960)
scaffold0038 (55-112)||(27343-27400)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (12-112)||(17993876-17993976)
chr2 (57-103)||(3279592-3279638)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 261; Significance: 1e-145; HSPs: 64)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 1 - 321
Target Start/End: Original strand, 27604886 - 27605213
Alignment:
Q  1 ttcgaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaa 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27604886 ttcgaagatcattttcatcaatgaaggtatgaattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaa 27604985  T
Q  101 actaaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagagga------aggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaa 194  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27604986 actaaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaaatgaagaggatgaggatgaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaa 27605085  T
Q  195 a-agagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtctttaatataacatggagaaattgttcttaagaaatggtta 293  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||    
T  27605086 aaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtctttaatataacaaggagaaattgttcttaataaatagtta 27605185  T
Q  294 tttttgtcataagtttttgcggtctgtg 321  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||    
T  27605186 ttttggtcataagtttttgcggtctgtg 27605213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 4 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 28781142 - 28780889
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28781142 gaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtggcgagtgtcagtgcccctaaaact 28781043  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagttt 202  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28781042 gaggaacacttggtaagtgaatgcagaggaaaatgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgataattgagagaaattggatgaaaaaagagttt 28780943  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtcttt 256  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  28780942 gagaattcagaatatgaatgagtttgtttttgtggtctgtgatttaaagtcttt 28780889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 4 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 27229235 - 27228995
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  27229235 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgagtgtcagtgcccctaaaact 27229136  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaaaagagtttg 203  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||     
T  27229135 aaggaacacttggtaagtgaatccaaaggaaaatgaagaggaagaggaaggtgattgtatagccatgagacttgagagaaattggatg-aaaagagtttt 27229037  T
Q  204 agaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 245  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  27229036 agaatgcagaatatgaatgagtatgtttttgtggtatgtgat 27228995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 4 - 256
Target Start/End: Original strand, 27725029 - 27725281
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  27725029 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtgccgagtgtcagtgcccctaaaact 27725128  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  27725129 aaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgacaattgagagaaataggatgaaaaaagagttt 27725228  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtcttt 256  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || || |||||||    
T  27725229 gagaatgcagaatatgaatg-gtaaatttttgtggtctgttatgtgaagtcttt 27725281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 4 - 256
Target Start/End: Original strand, 27698678 - 27698929
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  27698678 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtgccgagtgtcagtgcccctaaaact 27698777  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaaaagagtttg 203  Q
     | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27698778 gatgaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagtggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaataggatgaaaaagagtttg 27698877  T
Q  204 agaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtcttt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| || |||||||    
T  27698878 agaatgcagaatatgaatgagtaa-attttgtgttctgtgatgtgaagtcttt 27698929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 4 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 26802445 - 26802199
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  26802445 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcaataagagccttgtagagattgcccgtaaaaccgtaccgagtgtcagtgcccctaaaact 26802346  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-----aaaaga 198  Q
     ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||     ||||||    
T  26802345 gaggaacacttggtaagtgaatccataagaaaatgaagaggatgaggaaggagactgcatagccatgaaaattgtgagaaattggatgaaaaaaaaaaga 26802246  T
Q  199 gtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26802245 gtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 26802199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 173; E-Value: 5e-93
Query Start/End: Original strand, 4 - 223
Target Start/End: Original strand, 27611186 - 27611406
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  27611186 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgtcagtgcccctaaaact 27611285  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27611286 gaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaagaagaggaagctaattgcatagccatgaaaattgagagaaattggatgaaaaaagagttt 27611385  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatga 223  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  27611386 gagaatgcagaatatgaatga 27611406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 171; E-Value: 8e-92
Query Start/End: Original strand, 4 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 28786281 - 28786039
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28786281 gaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgtcagtgcccctaaaact 28786182  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagttt 202  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28786181 gaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccataagaattgagagaaattggatgaaaaaagagttt 28786082  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 245  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  28786081 gagaattcagaatatgaatgagtttgtttttgtggtctgtgat 28786039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 170; E-Value: 3e-91
Query Start/End: Original strand, 4 - 256
Target Start/End: Original strand, 27718563 - 27718816
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  27718563 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaactgtgccgagtgtcagtgcccctaaaact 27718662  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
     ||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  27718663 gaggaacacttggtaagtgaatccatgggagaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaataggatgaaaaaagagttt 27718762  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtcttt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| || |||||||    
T  27718763 gagaatgcagaatatgaatgagtgaatttttgtgttctgtgatgtgaagtcttt 27718816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 4 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 26655992 - 26655750
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||| |||||||||||||    
T  26655992 gaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaact 26655893  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
     ||||||||||||||  | ||  ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  26655892 gaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagttt 26655793  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 245  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26655792 gggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 26655750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 4 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 26761963 - 26761721
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||| |||||||||||||    
T  26761963 gaagatcattgtcatcaatgaaagtatggattcccttatcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtgccgggtgtcaatgcccctaaaact 26761864  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
     ||||||||||||||  | ||  ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  26761863 gaggaacacttggtatttaaacccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaaatggatgaaaaaagagttt 26761764  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 245  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26761763 gggaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 26761721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 4 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 28792402 - 28792184
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  28792402 gaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgtcagtgcccctaaaact 28792303  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagttt 202  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28792302 gaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccataagaattgagagaaattggatgaaaaaagagttt 28792203  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaat 221  Q
    |||||| ||||||||||||    
T  28792202 gagaattcagaatatgaat 28792184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 261
Target Start/End: Original strand, 27338250 - 27338500
Alignment:
Q  5 aagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaacta 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| || ||||||||||     
T  27338250 aagatcgttgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtaaagagtgtcaatgtccctaaaactg 27338349  T
Q  105 aggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagtttg 203  Q
    |||||||| |||||  ||||  || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||    
T  27338350 aggaacacatggtatttgaacccagaggaaattgaagaggaagaggaaagtgattgcatagccatgagaattgagagaaataagatgaaaaaaaagtttg 27338449  T
Q  204 agaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtctttaatat 261  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27338450 -------agaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatgtggagtctttaatat 27338500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 261
Target Start/End: Original strand, 27398990 - 27399240
Alignment:
Q  5 aagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaacta 104  Q
    |||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| || ||||||||||     
T  27398990 aagatcgttgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcaataagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtaaagagtgtcaatgtccctaaaactg 27399089  T
Q  105 aggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagtttg 203  Q
    |||||||| |||||  ||||  || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||||    
T  27399090 aggaacacatggtatttgaacccagaggaaattgaagaggaagaggaaagtgattgcatagccatgagaattgagagaaataagatgaaaaaaaagtttg 27399189  T
Q  204 agaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtctttaatat 261  Q
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  27399190 -------agaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatgtggagtctttaatat 27399240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 15 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 31284280 - 31284078
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||| | ||||| ||||||||||| ||||    
T  31284280 tcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtgaaaccataccgagtgtcacttcccctgaaactaaggaatactt 31284181  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaa-aaagagtttgagaatgcaga 213  Q
    ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  31284180 ggtatttgaatacataggaaattgaagaggaagaggaagatgattgcatagccatgagatttgagagaatatggatgaagaaagaatttgagaatgcaga 31284081  T
Q  214 ata 216  Q
    |||    
T  31284080 ata 31284078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 238
Target Start/End: Original strand, 27427792 - 27428020
Alignment:
Q  9 tcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaagga 108  Q
    |||| |||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||| || || | ||||    
T  27427792 tcatcgtcatcatggaaggtacgaattcccttgtcaataagagccttcaagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcggtgcccttacaaatgagga 27427891  T
Q  109 acacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaaaagagtttgagaat 208  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||    
T  27427892 acacatcgtaactgaatgcataggaaaatgaagaggaatagaaaggtaattgcatggccatgagaattgagagaaataagatg-agaagagtttgagaat 27427990  T
Q  209 gcagaatatgaatgagtaagtttttgtggt 238  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  27427991 gcagaatatgaatgaggatgtttttgtggt 27428020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26622968 - 26622805
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| || ||||| ||||||||||    
T  26622968 tcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccagtgaaaccgtaccgagtgtcactgcctctgaaacttaggaacactt 26622869  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattga 178  Q
    ||||  |||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  26622868 ggtatttgaattgataggaaattgaagaggaagaggatggtgattgcatagccatgataattga 26622805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26728946 - 26728783
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| || ||||| ||||||||||    
T  26728946 tcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccagtgaaaccgtaccgagtgtcactgcctctgaaacttaggaacactt 26728847  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattga 178  Q
    ||||  |||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||    
T  26728846 ggtatttgaattgataggaaattgaagaggaagaggatggtgattgcatagccatgataattga 26728783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 4 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 27678949 - 27678716
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||| |||| | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||| | || || |||||    
T  27678949 gaagaccattcttatcaatgaaggtgttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattcccggtgaaaccgtaccgagtgtcacttcctctgaaact 27678850  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
     ||||| ||||||||  || |  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| |||||||||||    
T  27678849 gaggaatacttggtatttgtactcataggaaattgaagtggaagaggaaggtgattgcatagccatgagattttagagaaattagatgaaaaaagagttt 27678750  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtga 244  Q
    |       |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27678749 g-------agaatatgaatgag-aagtttttgtggtctgtga 27678716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 4 - 175
Target Start/End: Original strand, 27593204 - 27593375
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| | || || |||||    
T  27593204 gaagaccattgtcatcaatgaaggtgttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcacttcctctgaaact 27593303  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaat 175  Q
     ||||| ||||||||  || |  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27593304 gaggaatacttggtatttgtaatcataggaaattgaagtggaagaggaaggtgattgcatagccatgagaat 27593375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 26823832 - 26823609
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||  | || |||||||||| ||| |||||||| || |||||||    
T  26823832 tcatcaaaaaaggtgtggattcccttgtctgtaagagccttgtagagattgccggtaaattcataccgagtgtcagcgcctctaaaactgagaaacactt 26823733  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaa-aaagagtttgagaatgcaga 213  Q
    ||||  ||||  |||| |||| |||||||||||  ||       ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  26823732 ggtatttgaaatcatatgaaactgaagaggaagttgac------tgcatagccatgagaattgagagaaattggacgaagaaagagtttgagaatgcaga 26823639  T
Q  214 atatgaatgagtaagtttttgtggtctgtg 243  Q
    ||||||||||||| |||  |||||| ||||    
T  26823638 atatgaatgagtatgttactgtggtgtgtg 26823609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 4 - 126
Target Start/End: Original strand, 27531381 - 27531503
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||| | ||||||||||||    
T  27531381 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatagattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgtccgcgcccctaaaact 27531480  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatg 126  Q
     ||||||||||||||||||||||    
T  27531481 gaggaacacttggtaagtgaatg 27531503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 244
Target Start/End: Original strand, 27706600 - 27706819
Alignment:
Q  18 tcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacacttggt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  || |||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||   || || ||||| ||||| |||||||    
T  27706600 tcaatgaaggtgtggattcccttgtcatcaaaagccttgtagagattgcctgtgaaaccgtaccgagtgtcacctcctctgaaactgaggaatacttggt 27706699  T
Q  118 aagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagtttgagaatgcagaata 216  Q
    |  || |  ||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||       ||||||    
T  27706700 atttgtactcataggaaattgaagtggaagagaaaggtgattgcatagccatgagattttagagaaattagatgaaaaaagagtttg-------agaata 27706792  T
Q  217 tgaatgagtaagtttttgtggtctgtga 244  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||    
T  27706793 tgaatgag-aagtttttgtggtctgtga 27706819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 4 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 26884166 - 26884023
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    |||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| | || || |||||    
T  26884166 gaagatgattatcatcaatgaaggtgtggattcccttgttagtaagagccttgtagagatttccagtgaaaccataccgagtgtcacttcctctgaaact 26884067  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaag 147  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  26884066 gaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggaag 26884023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 79; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 26861608 - 26861446
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||| | || || ||||| ||||| || |    
T  26861608 tcatccatgaaggtgtgaattcccttgtcagtaagagccttgtagagattaccggtaaaaccataccgagtgtcacttcctctgaaactgaggaatacct 26861509  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattg 177  Q
    ||||  ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  26861508 ggtatttgaatccataggaaatggaagaggaagagcaaggtgattgcatagccatcagaattg 26861446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 18 - 175
Target Start/End: Original strand, 27677812 - 27677969
Alignment:
Q  18 tcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacacttggt 117  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| | || || ||| | ||||| |||||||    
T  27677812 tcaatgaaggtgtggattcccttgtcatcaagagccttgtagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcacttcctctgaaattgaggaatacttggt 27677911  T
Q  118 aagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaat 175  Q
    |  || |  ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27677912 atttgtactcataggaaattgaagtggaagaggaaggtgattgcatagccatgagaat 27677969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26646471 - 26646302
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||  | ||||| || |    
T  26646471 tcatcaatgaaggtgtgaattcccttgtcagtaagagccttgtagagatgtccagtaaaaccgtcacgagtgtcactgcccctgaagttgaggaagacct 26646372  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaaga------ggaaggtaattgcatagccatgagaattga 178  Q
    |||| |||||| | ||||||||| ||||||||||      ||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  26646371 ggtaggtgaatccgtaggaaattaaagaggaagaggaataggaaggagattgcatagccatgagaattga 26646302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 15 - 178
Target Start/End: Complemental strand, 26752439 - 26752270
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||  | ||||| || |    
T  26752439 tcatcaatgaaggtgtgaattcccttgtcagtaagagccttgtagagatgtccagtaaaaccgtcacgagtgtcactgcccctgaagttgaggaagacct 26752340  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaaga------ggaaggtaattgcatagccatgagaattga 178  Q
    |||| |||||| | ||||||||| ||||||||||      ||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  26752339 ggtaggtgaatccgtaggaaattaaagaggaagaggaataggaaggagattgcatagccatgagaattga 26752270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 26848663 - 26848555
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||| || |||||||| ||||| |||| | ||| |||||| |||||||| |||||    
T  26848663 gaagatccttgtcatcaatgaaggttcggattccattgtcagaaagagctttatagagattaccagtgaaactgaatctagtgtcggtgcccctgaaact 26848564  T
Q  104 aaggaacac 112  Q
    || ||||||    
T  26848563 aatgaacac 26848555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 148 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26055818 - 26055724
Alignment:
Q  148 aggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 242  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26055818 aggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26055724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 25481633 - 25481540
Alignment:
Q  149 ggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 242  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||| | ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  25481633 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatttggatgaaaaaaaactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 25481540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 25538431 - 25538338
Alignment:
Q  149 ggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 242  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  25538431 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatttggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgattaa-tttgtgtggtctgt 25538338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26048736 - 26048643
Alignment:
Q  149 ggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 242  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26048736 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26048643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26069905 - 26069812
Alignment:
Q  149 ggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 242  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26069905 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26069812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26075787 - 26075694
Alignment:
Q  149 ggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 242  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26075787 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26075694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 149 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 26142756 - 26142663
Alignment:
Q  149 ggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgt 242  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  ||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26142756 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatatggatgaaaaaagactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tttgtgtggtctgt 26142663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 12 - 174
Target Start/End: Original strand, 27665309 - 27665471
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||||| || || || |||||  |||||||||| || ||||| ||||||| |||||    
T  27665309 ttgtcatcaatgaaggtgtggattcctttgtcagaaagagccttatagaggttaccggtgaaaccaaatcgagtgtcggtacccctgaaactaatgaaca 27665408  T
Q  112 cttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaa 174  Q
    | | | |  ||||  |||| || |  || ||||| || | |||||||||||||||||||||||    
T  27665409 catcgaagttgaaatcataagagagggaggaggaggaagtaggtaattgcatagccatgagaa 27665471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 12 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 25071654 - 25071554
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||| || || ||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||| |||||    
T  25071654 ttgtcatcaataaaggtgtggattcctttgtcagaaagagctttataaagattaccggtaaaaccgaatcgagtgtcggtacccctgaaactaatgaaca 25071555  T
Q  112 c 112  Q
    |    
T  25071554 c 25071554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 47 - 173
Target Start/End: Original strand, 28098596 - 28098725
Alignment:
Q  47 aagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaa 146  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||| ||||| |  || |||||| |||| || | ||||||| ||    
T  28098596 aagagctttgtagagatttccagtaaaaccataccgagtgtcggtgcccctaaaattaagaaacacgtcataggtgaatccataagagaatgaagagaaa 28098695  T
Q  147 gaggaaggtaatt---gcatagccatgaga 173  Q
    ||||||| | |||   ||||||||||||||    
T  28098696 gaggaagatgattggagcatagccatgaga 28098725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 149 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 25579610 - 25579499
Alignment:
Q  149 ggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg---aaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 245  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||   ||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||| | | ||||||||||||     
T  25579610 ggaaggtgattgcatagccatgagaattgaaagaatttggatgaataaaaaaactttgaaaatggagaatatgaatgagtaa-tgtgtgtggtctgtgag 25579512  T
Q  246 ttggagtctttaa 258  Q
     |||| |||||||    
T  25579511 gtggattctttaa 25579499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 4 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 25481745 - 25481636
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||  ||||||||| |||||||| || ||||||  ||  ||||||||| ||||||| ||| |    
T  25481745 gaagatcattttcatcaatgaaagtacgaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgtcactgcccctgaaatt 25481646  T
Q  104 aaggaacact 113  Q
     |||||||||    
T  25481645 gaggaacact 25481636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #42
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 4 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 25579722 - 25579613
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||| | ||||||||||||  ||||||||| |||||||| || ||||||  ||  ||||||||| |||| || |||||    
T  25579722 gaagatcattatcatcaaagaaggtacgaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaaagtgttgcgagtgtcactgcctctgaaact 25579623  T
Q  104 aaggaacact 113  Q
     |||||||||    
T  25579622 gaggaacact 25579613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #43
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 4 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 26055929 - 26055820
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||| || ||||||  ||  ||||||||| ||||||| ||| |    
T  26055929 gaagatcattttcatcaatgaaagtattaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgtcactgcccctgaaaat 26055830  T
Q  104 aaggaacact 113  Q
     |||||||||    
T  26055829 gaggaacact 26055820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #44
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 4 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 26075899 - 26075790
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||  ||||||||| |||||||| || ||||||  ||  ||||||||| ||||||| ||| |    
T  26075899 gaagatcattttcatcaatgaaagtattaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgtcactgcccctgaaatt 26075800  T
Q  104 aaggaacact 113  Q
     |||||||||    
T  26075799 gaggaacact 26075790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #45
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 28325476 - 28325343
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||   |  |||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  28325476 ttgtcatcaatgaaggtacgaattctcttcctacaaagatctttgtagagatttccagtaaaaccataacgagtgtcactacctctaaaactaaggaaca 28325377  T
Q  112 cttggtaagtgaatgcataggaaattgaagagga 145  Q
    | |  || |||||| |||||||||  ||||||||    
T  28325376 cgtcataggtgaatccataggaaaaggaagagga 28325343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #46
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 26048847 - 26048739
Alignment:
Q  5 aagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaacta 104  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||   |||||||||||| | |||||||| |||||||| || ||||||  ||  ||||||||| ||||||| |||||     
T  26048847 aagatcattatcatcaatgaaagtacaaattcccttgtcaatgagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgtcactgcccctgaaactg 26048748  T
Q  105 aggaacact 113  Q
    |||||||||    
T  26048747 aggaacact 26048739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #47
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 26070016 - 26069908
Alignment:
Q  5 aagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaacta 104  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||   |||||||||||| | |||||||| |||||||| || ||||||  ||  ||||||||| ||||||| |||||     
T  26070016 aagatcattatcatcaatgaaagtacaaattcccttgtcaatgagagccttatagagattaccggtaaaattgttgcgagtgtcactgcccctgaaactg 26069917  T
Q  105 aggaacact 113  Q
    |||||||||    
T  26069916 aggaacact 26069908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #48
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 26142867 - 26142759
Alignment:
Q  5 aagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaacta 104  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||  ||||||||| |||||||| || |||||   ||  ||||||||| ||||||| |||||     
T  26142867 aagatcattatcatcaatgaaagtacgaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaatttgttgcgagtgtcactgcccctgaaactg 26142768  T
Q  105 aggaacact 113  Q
    |||||||||    
T  26142767 aggaacact 26142759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #49
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 26635685 - 26635585
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||| || ||||| || || || |||||| || ||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  26635685 ttgtcatcaatgaaggtgttgattcctttgtcagaaagagctttatagaggttaccggtgaaaccgaattgagtgtcggtgcccctgaaactaatgaaca 26635586  T
Q  112 c 112  Q
    |    
T  26635585 c 26635585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #50
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 26741651 - 26741551
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||| || ||||| || || || |||||| || ||||||| |||||||| ||||||| |||||    
T  26741651 ttgtcatcaatgaaggtgttgattcctttgtcagaaagagctttatagaggttaccggtgaaaccgaattgagtgtcggtgcccctgaaactaatgaaca 26741552  T
Q  112 c 112  Q
    |    
T  26741551 c 26741551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #51
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 27214412 - 27214312
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| ||||||  |||||| || |||||||| || || ||||||| ||||||||| || ||||| ||||||| |||||    
T  27214412 ttgtcatcaatgaaggttcggattcctttgtcacaaagagctttatagagattaccggtgaaaccgtgtcgagtgtcggtacccctgaaactaatgaaca 27214313  T
Q  112 c 112  Q
    |    
T  27214312 c 27214312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #52
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 112
Target Start/End: Original strand, 27234816 - 27234916
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    |||||||||||||||||  ||||||| ||||||  |||||| || |||||||| || || ||||||| ||||||||| || ||||| ||||||| |||||    
T  27234816 ttgtcatcaatgaaggttcggattcctttgtcacaaagagctttatagagattaccggtgaaaccgtgtcgagtgtcggtacccctgaaactaatgaaca 27234915  T
Q  112 c 112  Q
    |    
T  27234916 c 27234916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #53
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 147 - 227
Target Start/End: Original strand, 27531503 - 27531582
Alignment:
Q  147 gaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaa 227  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| |  |||| || ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  27531503 gaggaaggtgattgcgtagccatgagaactgagagaaactt-atgacaaggagtttgagaatgcagaatgtgaatgagtaa 27531582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #54
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 28234558 - 28234438
Alignment:
Q  13 tgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacac 112  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||  | ||||||||  | |||||||| || ||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  28234558 tgtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtgacaaagagctctatagagattttcggtaaaaccatagcgagtgtcactacctctaaaactaaggaacac 28234459  T
Q  113 ttggtaagtgaatgcatagga 133  Q
     |  || |||||| |||||||    
T  28234458 gtcataggtgaatccatagga 28234438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #55
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 26949653 - 26949556
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacac 112  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||  ||||| || |||||||| || || |||||| |||||||||| || || || ||||||| ||||||    
T  26949653 tcatcaatgaaggttcggattcccttgtcagagagagctttatagagattaccggtgaaaccgaatcgagtgtcggtacctctgaaactaatgaacac 26949556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #56
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 26959160 - 26959067
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaa 105  Q
    ||||||||||||||||| | |||||| ||||||| |||||| || ||||| || || || |||| | |||||||||| |||||||| |||||||    
T  26959160 ttgtcatcaatgaaggtgtcgattcctttgtcagaaagagctttatagaggttaccggtgaaactgaatcgagtgtcggtgcccctgaaactaa 26959067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #57
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 13 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 28242798 - 28242702
Alignment:
Q  13 tgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaa 109  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||| | |  |||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||    
T  28242798 tgtcatcaatgaaggtgcgaattcccttcttacaaagatctttgtagagatttccagtaaaaccataacgagtgtcactacctctaaaactaaggaa 28242702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #58
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 13 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 28185360 - 28185222
Alignment:
Q  13 tgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacac 112  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||||||  ||||||  | | |||||| ||||||||||  || ||||||||| | || ||||| |||||||||||    
T  28185360 tgtcatccatgaaggttcggattcccttgtcacaaagagctctattgagatttccagtaaaacgataacgagtgtcactacctctaaagctaaggaacac 28185261  T
Q  113 ttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagagga 151  Q
     |  || |||||| ||||||| |  |||||||| |||||    
T  28185260 gtcataggtgaatccataggagaaggaagaggatgagga 28185222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #59
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 55 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 28226902 - 28226845
Alignment:
Q  55 tgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacac 112  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  28226902 tgtagagatttccagtaaaaccataacgagtgtcaatacctctaaaactaaggaacac 28226845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #60
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 25538542 - 25538434
Alignment:
Q  5 aagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaacta 104  Q
    ||||||||| ||||| ||||| |||   ||||||||||||  ||||||||| |||||||| || |||||   ||  ||||||||| ||||||| |||||     
T  25538542 aagatcattatcatctatgaaagtactaattcccttgtcaacaagagccttatagagattaccggtaaatttgttgcgagtgtcactgcccctgaaactg 25538443  T
Q  105 aggaacact 113  Q
    |||||||||    
T  25538442 aggaacact 25538434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #61
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 26975047 - 26974947
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    ||||||||||||||| | | |||||| ||||||| |||||| || ||||| || || || |||||| |||||||||| || || || ||||||| |||||    
T  26975047 ttgtcatcaatgaagatgttgattcctttgtcagaaagagctttatagaggttaccggtgaaaccgaatcgagtgtcggtacctctgaaactaatgaaca 26974948  T
Q  112 c 112  Q
    |    
T  26974947 c 26974947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #62
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 29826022 - 29825958
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaacc 76  Q
    |||||||||||||||||  | |||  ||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  29826022 ttgtcatcaatgaaggtgcgaattttcttgtcagttagagctttgtagagattgccggtaaaacc 29825958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #63
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 151
Target Start/End: Original strand, 26342171 - 26342265
Alignment:
Q  57 tagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagagga 151  Q
    |||| ||||||||||||||| || |||||| || ||||||||||| | |||||||| |  || |||||| |||| || | ||||||| |||||||    
T  26342171 tagatattgccagtaaaaccatagcgagtgccaatgcccctaaaattgaggaacacatcatatgtgaatccatatgagaatgaagagaaagagga 26342265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #64
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 28181108 - 28180970
Alignment:
Q  13 tgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacac 112  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||||||  ||||||  | | |||||| ||||||||||| || |||||||||   || ||||| ||||||||| |    
T  28181108 tgtcatccatgaaggttcggattcccttgtcacaaagagctctattgagatttccagtaaaaccataacgagtgtcaccacctctaaagctaaggaacgc 28181009  T
Q  113 ttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagagga 151  Q
     |  || |||||| ||||||| |  |||||||| |||||    
T  28181008 gtcataggtgaatccataggagaaggaagaggatgagga 28180970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 4 - 256
Target Start/End: Original strand, 13816 - 14069
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  13816 gaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtggcgagtgtcagtgcccctaaaact 13915  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  13916 gaggaacacttggtaagtgaatgcagaggaaaatgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgataattgagagaaattggatgaaaaaagagttt 14015  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtcttt 256  Q
    |||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  14016 gagaattcagaatatgaatgagtttgtttttgtggtctgtgatttaaagtcttt 14069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 4 - 245
Target Start/End: Original strand, 4855 - 5102
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  ||||||||| |||||||||||||    
T  4855 gaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtggcgagtgtcaatgcccctaaaact 4954  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaaaa-gagttt 202  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4955 gaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccataagaattgagagaaattggatgaaaaaagagttt 5054  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaat-----gagtaagtttttgtggtctgtgat 245  Q
    |||||| ||||||||||||     || |||||||||||||||||||||    
T  5055 gagaattcagaatatgaatttaatgaataagtttttgtggtctgtgat 5102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1254 (Bit Score: 181; Significance: 9e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold1254
Description:

Target: scaffold1254; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 4 - 261
Target Start/End: Original strand, 101 - 352
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  101 gaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtggcgagtgtcagtgcccctaaaact 200  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  201 aaggaacacttggtaagtgaatgcatatgaaaatgaagaggaagagggaggtgattgcatagccatgagaattgagagaaattagatgaaaaaagagttt 300  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtctttaatat 261  Q
    |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  301 g-------agaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatgtggagtctttaatat 352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 181; Significance: 9e-98; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 9e-98
Query Start/End: Original strand, 4 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 7528 - 7277
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  7528 gaagatcattgtcatcaatgaaggttttgattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccggtaaaaccgtggcgagtgtcagtgcccctaaaact 7429  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||    
T  7428 aaggaacacttggtaagtgaatgcatatgaaaatgaagaggaagagggaggtgattgcatagccatgagaattgagagaaattagatgaaaaaagagttt 7329  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtctttaatat 261  Q
    |       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  7328 g-------agaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatgtggagtctttaatat 7277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 178; Significance: 5e-96; HSPs: 3)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 4 - 256
Target Start/End: Original strand, 3606 - 3858
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  3606 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtgccgagtgtcagtgcccctaaaact 3705  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagttt 202  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  3706 aaggaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgacaattgagagaaataggatgaaaaaagagttt 3805  T
Q  203 gagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtcttt 256  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || || |||||||    
T  3806 gagaatgcagaatatgaatg-gtaaatttttgtggtctgttatgtgaagtcttt 3858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 4 - 256
Target Start/End: Original strand, 14539 - 14790
Alignment:
Q  4 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  14539 gaagatcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatttccggtaaaaccgtgccgagtgtcagtgcccctaaaact 14638  T
Q  104 aaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaaaagagtttg 203  Q
     | ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14639 gatgaacacttggtaagtgaatccataggaaaatgaagtggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgagagaaataggatgaaaaagagtttg 14738  T
Q  204 agaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtcttt 256  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| || |||||||    
T  14739 agaatgcagaatatgaatgagtaa-attttgtgttctgtgatgtgaagtcttt 14790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 81 - 256
Target Start/End: Original strand, 8062 - 8238
Alignment:
Q  81 cgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgaga 180  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  8062 cgagtgtcagtgcccctaaaactgaggaacacttggtaagtgaatccatgggagaatgaagaggatgaggaaggtgattgtatagccatgagaattgaga 8161  T
Q  181 gaaattggatg-aaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtcttt 256  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| || |||||||    
T  8162 gaaataggatgaaaaaagagtttgagaatgcagaatatgaatgagtgaatttttgtgttctgtgatgtgaagtcttt 8238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 18699581 - 18699821
Alignment:
Q  14 gtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacact 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  18699581 gtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagctttgtagagatggccagtaaaaccgtcacgagtgtcagtgcccctgaagctgaggaacact 18699680  T
Q  114 tggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagtttgagaatgcag 212  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||    
T  18699681 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgcatagccatgagaattgagagaaactagatgaaaaaagagtttgagaatgcag 18699780  T
Q  213 aatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtctt 255  Q
    |||||||  |  |||||||||||||||||  || |||||||||    
T  18699781 aatatga--ggttaagtttttgtggtctgaaatgtggagtctt 18699821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 18655658 - 18655898
Alignment:
Q  14 gtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacact 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||  ||||||||| ||||||| || || |||||||||    
T  18655658 gtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagctttgtagagatgcccagtaaaaccgttacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacact 18655757  T
Q  114 tggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagtttgagaatgcag 212  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  18655758 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgcctagccatgaaaattgagagaaactggatgaaaaaagagtttgagaatgcag 18655857  T
Q  213 aatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgatttggagtctt 255  Q
    |||||||  |  |||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  18655858 aatatga--gtttaagtttttgtggtatgtgatgtggagtctt 18655898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Original strand, 18731685 - 18731915
Alignment:
Q  14 gtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacact 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||| || || |||||||||    
T  18731685 gtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagctctgtagagatggccagtaaaaccgtcacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacact 18731784  T
Q  114 tggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagtttgagaatgcag 212  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  18731785 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgcatagccatgaaaatcgagagaaactggatgaaaaaagagtttgagaatgcag 18731884  T
Q  213 aatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 245  Q
    |||||||  |  |||||||||||||| ||||||    
T  18731885 aatatga--gtttaagtttttgtggtatgtgat 18731915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 126; E-Value: 6e-65
Query Start/End: Original strand, 14 - 245
Target Start/End: Original strand, 18679748 - 18679978
Alignment:
Q  14 gtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacact 113  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||| ||||||| || || |||||||||    
T  18679748 gtcatcaatgaaggtgtggattcctttgtcagtaagagccttgtagagatgaccagtaaaaccgttacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacact 18679847  T
Q  114 tggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatg-aaaaagagtttgagaatgcag 212  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  18679848 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagagaatgaggaaggtgattgcatagccatgaaaatagagagaaactggatgaaaaaagagtttgagaatgcag 18679947  T
Q  213 aatatgaatgagtaagtttttgtggtctgtgat 245  Q
    |||||||  |  |||||||||||||| ||||||    
T  18679948 aatatga--gtttaagtttttgtggtatgtgat 18679978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 180
Target Start/End: Original strand, 18724266 - 18724432
Alignment:
Q  14 gtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacact 113  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||  ||||||||| ||||||| || || |||||||||    
T  18724266 gtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatgaccagtaaaaccgttacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacact 18724365  T
Q  114 tggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgaga 180  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18724366 tggtaagtgaatcgataggaaaatgaagaggatgaggaaggtgattgcatagccatgagaattgaga 18724432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 238
Target Start/End: Original strand, 17989226 - 17989454
Alignment:
Q  9 tcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaagga 108  Q
    |||| |||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||| || || | ||||    
T  17989226 tcatcgtcatcatggaaggtacgaattcccttgtcaataagagccttcaagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcggtgcccttacaaatgagga 17989325  T
Q  109 acacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaaaagagtttgagaat 208  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||    
T  17989326 acacatcgtaactgaatgcataggaaaatgaagaggaatagaaaggtaattgcatggccatgagaattgagagaaataagatg-agaagagtttgagaat 17989424  T
Q  209 gcagaatatgaatgagtaagtttttgtggt 238  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  17989425 gcagaatatgaatgaggatgtttttgtggt 17989454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 18073763 - 18073535
Alignment:
Q  9 tcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaagga 108  Q
    |||| |||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||| || || | ||||    
T  18073763 tcatcgtcatcatggaaggtacgaattcccttgtcaataagagccttcaagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcggtgcccttacaaatgagga 18073664  T
Q  109 acacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaaaagagtttgagaat 208  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||    
T  18073663 acacatcgtaactgaatgcataggaaaatgaagaggaatagaaaggtaattgcatggccatgagaattgagagaaataagatg-agaagagtttgagaat 18073565  T
Q  209 gcagaatatgaatgagtaagtttttgtggt 238  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  18073564 gcagaatatgaatgaggatgtttttgtggt 18073535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 13 - 106
Target Start/End: Original strand, 5091147 - 5091240
Alignment:
Q  13 tgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaag 106  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||   ||||| |  |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||    
T  5091147 tgtcatcaatgaaggtgtgaattcccttgacacgtagagcttcatagagatttccagtaaaaccgtaacgagtgtcggtgcctctaaaactaag 5091240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 9 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 59571 - 59343
Alignment:
Q  9 tcattgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaagga 108  Q
    |||| |||||||  ||||||| | |||||||||||| ||||||||||  |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||| || || | ||||    
T  59571 tcatcgtcatcatggaaggtacgaattcccttgtcaataagagccttcaagagattgccggtgaaaccgtaccgagtgtcggtgcccttacaaatgagga 59472  T
Q  109 acacttggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatgaaaaagagtttgagaat 208  Q
    |||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| | ||||||||||||||    
T  59471 acacatcgtaactgaatgcataggaaaatgaagaggaatagaaaggtaattgcatggccatgagaattgagagaaataagatg-agaagagtttgagaat 59373  T
Q  209 gcagaatatgaatgagtaagtttttgtggt 238  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  59372 gcagaatatgaatgaggatgtttttgtggt 59343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 94; Significance: 7e-46; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 15 - 203
Target Start/End: Original strand, 28164544 - 28164733
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    ||||||||||| || || |||||||||||   ||| ||||| ||||||| |||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  28164544 tcatcaatgaatgtgtgaattcccttgtcgtcaagggccttatagagatggccagtgaaaccgtcacgagtgtcactgcccctaaaactgaggaacactt 28164643  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagtttg 203  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |  || | ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  28164644 ggtatgtgaatccataggaaattgaagaggaagaggaatgcgatcgtatagccatgagaattgacagaaattggatgagaaaagagtttg 28164733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 200
Target Start/End: Original strand, 28127862 - 28128042
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||||| ||||||| || || ||||||||||    
T  28127862 tcatcaatgaatgtgtggattcccttgtcataaagggccttgtagagatggccagtgaaaccgtcacgagtgtcactgcccctgaagctgaggaacactt 28127961  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgagagaaattggatga-aaaagagt 200  Q
    |||| |||||| |||||||||||      ||||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||    
T  28127962 ggtatgtgaatccataggaaatt------gaagaggaatgtgattgcatagccatgagaattgacaaaaattggatgagaaaagagt 28128042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 15 - 180
Target Start/End: Original strand, 268539 - 268704
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |  |||||||||  ||| || ||  | ||||| || |    
T  268539 tcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagccttgtagagatggccaataaaaccctcacgagtgtcaccgcctctgaagttgaggaagacct 268638  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgagaattgaga 180  Q
    |||| |  ||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  268639 ggtaggcaaatccatatgagattgaagaggaagaggaaggtgattgcatagccatgagaactgaga 268704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 15 - 173
Target Start/End: Original strand, 29273965 - 29274123
Alignment:
Q  15 tcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacactt 114  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||  ||| |||||  | ||||| || |    
T  29273965 tcatcaatgaaggtgtggattcccttgtcagtaagagtcttgtagagatggccaataaaaccgtcacgagtgtcaccgcctctaaagttgaggaagacct 29274064  T
Q  115 ggtaagtgaatgcataggaaattgaagaggaagaggaaggtaattgcatagccatgaga 173  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29274065 ggtaagtgaatccatatgagattgaagaggaagaggaaggtgattgcatagccatgaga 29274123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 18 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 31903840 - 31903728
Alignment:
Q  18 tcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacacttggt 117  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||   ||| ||||| || |||||||| | ||    
T  31903840 tcaataaaggtgtggattcccttatcataaagagctttgtagagatttccagtaaaaccatagcgagtgtctaagcctctaaagctgaggaacacatcgt 31903741  T
Q  118 aagtgaatgcata 130  Q
    | |||||| ||||    
T  31903740 aggtgaatccata 31903728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 13 - 133
Target Start/End: Original strand, 58475 - 58595
Alignment:
Q  13 tgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacac 112  Q
    ||||||| ||||||||  ||||||||||||||  ||||||  |||||||||| ||||||||||| || |||||||||   || ||||| |||||||||||    
T  58475 tgtcatccatgaaggttcggattcccttgtcacaaagagctctgtagagatttccagtaaaaccatagcgagtgtcacaacctctaaagctaaggaacac 58574  T
Q  113 ttggtaagtgaatgcatagga 133  Q
     || || |||||| |||||||    
T  58575 gtgataggtgaatccatagga 58595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000008; HSPs: 4)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 145
Target Start/End: Complemental strand, 116791 - 116658
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    |||||||||||||||||| | |||| |||   |  |||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  116791 ttgtcatcaatgaaggtacgaattctcttcctacaaagatctttgtagagatttccagtaaaaccataacgagtgtcactacctctaaaactaaggaaca 116692  T
Q  112 cttggtaagtgaatgcataggaaattgaagagga 145  Q
    | |  || |||||| |||||||||  ||||||||    
T  116691 cgtcataggtgaatccataggaaaaggaagagga 116658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 13 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 34719 - 34599
Alignment:
Q  13 tgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacac 112  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |  ||||||  | ||||||||  | |||||||| || ||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  34719 tgtcatcaatgaaggtgtggattcccttgtgacaaagagctctatagagattttcggtaaaaccatagcgagtgtcactacctctaaaactaaggaacac 34620  T
Q  113 ttggtaagtgaatgcatagga 133  Q
     |  || |||||| |||||||    
T  34619 gtcataggtgaatccatagga 34599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 13 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 42960 - 42864
Alignment:
Q  13 tgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaa 109  Q
    ||||||||||||||||  | |||||||| | |  |||| | ||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||||    
T  42960 tgtcatcaatgaaggtgcgaattcccttcttacaaagatctttgtagagatttccagtaaaaccataacgagtgtcactacctctaaaactaaggaa 42864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 55 - 112
Target Start/End: Complemental strand, 27400 - 27343
Alignment:
Q  55 tgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaacac 112  Q
    |||||||||| ||||||||||| || ||||||||| | || |||||||||||||||||    
T  27400 tgtagagatttccagtaaaaccataacgagtgtcaatacctctaaaactaaggaacac 27343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 12 - 112
Target Start/End: Original strand, 17993876 - 17993976
Alignment:
Q  12 ttgtcatcaatgaaggtatggattcccttgtcagtaagagccttgtagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaactaaggaaca 111  Q
    |||||||| ||||||||  | ||||||||||||| |||||| || |||||||| || || ||||| |||||||| || || ||||| ||||||| |||||    
T  17993876 ttgtcatcgatgaaggttcgaattcccttgtcagaaagagctttatagagattaccggtgaaaccatatcgagtatcggtacccctgaaactaatgaaca 17993975  T
Q  112 c 112  Q
    |    
T  17993976 c 17993976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 103
Target Start/End: Complemental strand, 3279638 - 3279592
Alignment:
Q  57 tagagattgccagtaaaaccgtatcgagtgtcagtgcccctaaaact 103  Q
    |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  3279638 tagagatttccagtaaaaccatagcgagtgtcagtgcccctaaaact 3279592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1456 times since January 2019
Visitors: 3084