View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0410_low_8 (Length: 341)

Name: NF0410_low_8
Description: NF0410
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0410_low_8
NF0410_low_8
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (9-253)||(24729903-24730147)
chr6 (9-253)||(24890953-24891197)
chr6 (9-232)||(24711207-24711430)
chr6 (9-192)||(29072872-29073055)
chr6 (9-192)||(29105445-29105628)
chr6 (10-253)||(29367129-29367372)
chr6 (11-245)||(29349307-29349541)
chr6 (32-253)||(29928321-29928542)
chr6 (29-250)||(29893604-29893825)
chr6 (9-158)||(29084161-29084310)
chr6 (29-202)||(29904752-29904925)
chr6 (32-205)||(30119062-30119235)
chr6 (24-192)||(34785525-34785694)
chr6 (9-208)||(24264459-24264658)
chr6 (38-253)||(28927718-28927933)
chr6 (32-205)||(29908687-29908860)
chr6 (26-198)||(29211802-29211974)
chr6 (11-202)||(29115360-29115551)
chr6 (11-202)||(29098442-29098633)
chr6 (32-101)||(29881635-29881704)
chr6 (32-110)||(29897273-29897351)
chr6 (32-110)||(29834406-29834484)
chr6 (32-110)||(29865840-29865918)
chr6 (32-78)||(29886520-29886566)
chr6 (58-117)||(29358450-29358509)
chr6 (40-88)||(24272617-24272665)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (14-253)||(24219947-24220186)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (9-212)||(54408-54611)
[»] scaffold0237 (2 HSPs)
scaffold0237 (32-101)||(326-395)
scaffold0237 (32-110)||(21534-21612)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (14-204)||(10129234-10129424)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (4-161)||(15063578-15063735)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 225; Significance: 1e-124; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 9 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 24730147 - 24729903
Alignment:
Q  9 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24730147 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagttcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 24730048  T
Q  109 ggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24730047 ggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagacccaattgagaaaagcaattgatgaggatgttgaaa 24729948  T
Q  209 gtgaagaaatctgactgaattccatttaattccatttgttgatga 253  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24729947 gtgaagaaatctgacacaattccatttaattccatttgttgatga 24729903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 9 - 253
Target Start/End: Original strand, 24890953 - 24891197
Alignment:
Q  9 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24890953 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 24891052  T
Q  109 ggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaa 208  Q
    |||| |||||| | |||||||||| ||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24891053 ggcagttgggtgataaccctttttgagaatcttggcgaatatagaaaaagaaagagagtttagacccaattgagaaaagcaattgatgaggatgttgaaa 24891152  T
Q  209 gtgaagaaatctgactgaattccatttaattccatttgttgatga 253  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24891153 gtgaagaaatctgactcaattccatttaattccatttgttgatga 24891197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 9 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 24711430 - 24711207
Alignment:
Q  9 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 108  Q
    |||||||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  24711430 ccaaatgaaaacccaatgctaccaccttattatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacacagacgcttgatgagtgtagtgaatgttat 24711331  T
Q  109 ggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaa 208  Q
    |||| |||||| | |||||||||| ||||||||| | || | ||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  24711330 ggcagttgggtgataaccctttttgagaatcttggccaatatagaaaaagaaagagagttttgtcccaattgagaaaagcaattgatgaggatattgaaa 24711231  T
Q  209 gtgaagaaatctgactgaattcca 232  Q
    ||||| |||||||| | |||||||    
T  24711230 gtgaataaatctgattcaattcca 24711207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29073055 - 29072872
Alignment:
Q  9 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 108  Q
    ||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||    
T  29073055 ccaaatgaaatcccatcgcaaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttaatgaatctgacctttgagacagagacccttgatgagtgtagttaaagttat 29072956  T
Q  109 ggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaatt 192  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||    
T  29072955 gacatttgggtcataaccctttttaagaatgttagcaaatacagaaaaagaaagagggttttgacccaattgagaaaaacaatt 29072872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 9 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29105628 - 29105445
Alignment:
Q  9 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 108  Q
    ||||||||||||||   || |||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||    
T  29105628 ccaaatgaaatcccatcgcaaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttaatgaatctgacctttgagacagagacccttgatgagtgtagttaaagttat 29105529  T
Q  109 ggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaatt 192  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||    
T  29105528 gacatttgggtcataaccctttttaagaatgttagcaaatacagaaaaagaaagagggttttgacccaattgagaaaaacaatt 29105445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 253
Target Start/End: Original strand, 29367129 - 29367372
Alignment:
Q  10 caaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatg 109  Q
    ||||||||||||  | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||| | || ||||||    
T  29367129 caaatgaaatccaagcgcaaccaccttatcatgaaactgcaaggcttgatgaatctgacctttgagacacagacccttaatgagtgtagttaaagttatg 29367228  T
Q  110 gcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaag 209  Q
     ||||||| ||| ||||| | |||||||||||  | ||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| ||||| || | |||||| |||     
T  29367229 acatttggctcataacccatcttaagaatcttagccaaaacagaaaaagaaagagggttttgacccaattgagaaaaacaattaatcaagatgctcaaaa 29367328  T
Q  210 tgaagaaatctgactgaattccatttaattccatttgttgatga 253  Q
    |||  || |||||   |||||| || |||||||||||| |||||    
T  29367329 tgaccaagtctgaagtaattccgttgaattccatttgtcgatga 29367372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 11 - 245
Target Start/End: Original strand, 29349307 - 29349541
Alignment:
Q  11 aaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatgg 110  Q
    |||||||||||  | || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||  | || |||||||    
T  29349307 aaatgaaatccaagcgcaaccaccttatcatgaaagtgcaaggcttgatgaatctgacctttgagacacagacccttaatgagtgtggttaaagttatgg 29349406  T
Q  111 catttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaagt 210  Q
    ||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| | || ||||||||||||| |  | |  |||| ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  29349407 catttggttcataaccctttttgagaatgttggcaaatacagaaaaagaaaaatgggtatgacccaattgagaaaaacaattgatgaggatgttgaaagt 29349506  T
Q  211 gaagaaatctgactgaattccatttaattccattt 245  Q
    ||  || |||||   |||||| || ||||||||||    
T  29349507 gaccaagtctgaagcaattccgttgaattccattt 29349541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 29928542 - 29928321
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgggtcaaaaccctttt 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||| ||  |||| ||||    
T  29928542 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggttatggtatctggctcgtaaccgtttt 29928443  T
Q  132 taagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaagtgaagaaatctgactgaattcc 231  Q
    | ||||||||  | ||||||||||||| || || | |  |||| |||||| | ||  ||||||||||||||||| ||||||  || |||||   ||||||    
T  29928442 tgagaatctttgccaaaacagaaaaagcaaaagggatgtgacccaattgacagaaagaattgatgaggatgctgcaagtgaccaagtctgaagcaattcc 29928343  T
Q  232 atttaattccatttgttgatga 253  Q
     ||||||||||||||| |||||    
T  29928342 gtttaattccatttgtggatga 29928321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 29 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 29893825 - 29893604
Alignment:
Q  29 accaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgggtcaaaaccct 128  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| || | | |||||     
T  29893825 accacattatcatgaaagagcaatgcttgatggatctgacctttaagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggttatggtattgggatgataaccca 29893726  T
Q  129 ttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaagtgaagaaatctgactgaat 228  Q
    || | ||||||||  |||||||||| |||| || || | | ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || || |  | |||    
T  29893725 ttctgagaatctttgcgaaaacagagaaagcaaaagggataagacccaattgacaaaagcaattgatgaggatgttgaaagtgaaaaagtcaggattaat 29893626  T
Q  229 tccatttaattccatttgttga 250  Q
    ||| |  |||||||||||||||    
T  29893625 tccctcaaattccatttgttga 29893604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 9 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 29084310 - 29084161
Alignment:
Q  9 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 108  Q
    |||||||||||||  | ||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  29084310 ccaaatgaaatccaagcgctaccagcttgtcatgaaagagaaatgcttgatggatctgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattcaatgttat 29084211  T
Q  109 ggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaag 158  Q
    || ||| || | | ||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  29084210 ggtattgggatgataacccattttgagaatctttgcgaaaacagaaaaag 29084161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 29 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29904925 - 29904752
Alignment:
Q  29 accaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgggtcaaaaccct 128  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||  || ||  |||||     
T  29904925 accagcttgtcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacagagacccttgatgagtgtattcaatgttatggtatccggctcgtaaccca 29904826  T
Q  129 ttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatg 202  Q
    | |||||||||||  | |||||||||||||||| || | | ||||| |||||| | || |||||| ||||||||    
T  29904825 tcttaagaatcttagccaaaacagaaaaagaaaaagggataagacccaattgacagaaacaattggtgaggatg 29904752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 32 - 205
Target Start/End: Original strand, 30119062 - 30119235
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgggtcaaaaccctttt 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||| ||  |||| ||||    
T  30119062 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggttatggtatctggctcgtaaccgtttt 30119161  T
Q  132 taagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctg 205  Q
    | ||||||||  | ||||||||||||| || || |||  |||| |||||| | ||  |||||||||||||||||    
T  30119162 tgagaatctttgccaaaacagaaaaagcaaaagggttgtgacccaattgacagaaagaattgatgaggatgctg 30119235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 24 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 34785694 - 34785525
Alignment:
Q  24 gtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgggtcaaa 123  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||| |    
T  34785694 gtgctaccagcttgtcatgaaagtgcaatgcttgatcaatacgacccttgagacagagacccttgatgagtgtagttaaagttatgacatttgggtcata 34785595  T
Q  124 acc-ctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaatt 192  Q
    ||| |||||||||||| ||  | || |||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||    
T  34785594 acctctttttaagaatgttagcaaatacagaaaaagaaagagggttttgacccaattgagaaaaacaatt 34785525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 9 - 208
Target Start/End: Original strand, 24264459 - 24264658
Alignment:
Q  9 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 108  Q
    |||||||||||||  | ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||    
T  24264459 ccaaatgaaatccaagcgctaccagcttgtcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtattcaatgttat 24264558  T
Q  109 ggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaa 208  Q
    || || ||| ||| ||||| |||| ||||||||  | |||||||| |||| || || | | ||||| |||||| | || ||||||||||||||| |||||    
T  24264559 ggtatctggctcataacccattttgagaatctttgctaaaacagagaaagcaaaagggatgagacccaattgacagaaacaattgatgaggatgttgaaa 24264658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 38 - 253
Target Start/End: Original strand, 28927718 - 28927933
Alignment:
Q  38 tcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgggtcaaaaccctttttaagaa 137  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||| | | || |||||||||| ||||||| ||||||| || | ||    
T  28927718 tcatgaaagtgcaatgcttgatgaatctgacctttaagacacagacccttgatgagtgaagttaaagttatggcatctgggtcataacccttcttgaaaa 28927817  T
Q  138 tcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaagtgaagaaatctgactgaattccatttaa 237  Q
    ||||| |||  || ||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| | ||| || | |||||| |||||||  || | |||   || ||| |||||    
T  28927818 tcttggcgagtacggaaaaagaaagagggttttgacccaattgagaaaaactattaatcaagatgctcaaagtgactaagtttgaaacaaatccgtttaa 28927917  T
Q  238 ttccatttgttgatga 253  Q
    ||||||||||||||||    
T  28927918 ttccatttgttgatga 28927933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 32 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 29908860 - 29908687
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgggtcaaaaccctttt 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| || ||| ||  |||| ||||    
T  29908860 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggttatggtatctggctcgtaaccgtttt 29908761  T
Q  132 taagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctg 205  Q
    | ||||||||  | ||||||||||||| || || | |  |||| |||||| | ||  |||||||||||||||||    
T  29908760 tgagaatctttgccaaaacagaaaaagcaaaagggatgtgacccaattgacagaaagaattgatgaggatgctg 29908687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 26 - 198
Target Start/End: Original strand, 29211802 - 29211974
Alignment:
Q  26 gctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgggtcaaaac 125  Q
    ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| || | | |||    
T  29211802 gctaccagcttgtcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggttatggtattgggattataac 29211901  T
Q  126 cctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgag 198  Q
    || |||| ||||||||  ||||||||||||||| || || | | ||||| |||||| | || |||||||||||    
T  29211902 ccattttgagaatctttgcgaaaacagaaaaagcaaaagggataagacccaattgacagaaacaattgatgag 29211974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 11 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29115551 - 29115360
Alignment:
Q  11 aaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatgg 110  Q
    |||||||||||  | || |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  29115551 aaatgaaatccaagcgccaccaccttatcatgaaagagaaatgcttgctggatctgacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtgaaggttatgg 29115452  T
Q  111 catttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatg 202  Q
     || |||  |  ||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||| || || | | ||||| |||||| | || |||||||| ||||||    
T  29115451 tatctggcacgtaacccattttgagaatctttgcgaaaacagaaaaagcaaaagggataagacccaattgacagaaacaattgataaggatg 29115360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 11 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 29098633 - 29098442
Alignment:
Q  11 aaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatgg 110  Q
    |||||||||||  | || |||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  29098633 aaatgaaatccaagcgccaccaccttatcatgaaagagaaatgcttgctggatctgacctttgagacaaagacccttgctgagtgtagtgaaggttatgg 29098534  T
Q  111 catttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatg 202  Q
     || |||  |  ||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||| || || | | ||||| |||||| | || |||||||| ||||||    
T  29098533 tatctggcacgtaacccattttgagaatctttgcgaaaacagaaaaagcaaaagggataagacccaattgacagaaacaattgataaggatg 29098442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 32 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 29881704 - 29881635
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattga 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29881704 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtattga 29881635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 32 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 29897351 - 29897273
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatgg 110  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||||||||    
T  29897351 accttgtcatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacagagaaccttgatgaatgtagtcaatgttatgg 29897273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 29834484 - 29834406
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatgg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||| | || |||||||    
T  29834484 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtagtcaacgttatgg 29834406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 29865918 - 29865840
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatgg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||| | || |||||||    
T  29865918 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtagtcaacgttatgg 29865840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 29886566 - 29886520
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagaca 78  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  29886566 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagaca 29886520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 117
Target Start/End: Original strand, 29358450 - 29358509
Alignment:
Q  58 atggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcatttgg 117  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  29358450 atggatcttaccattgagacagagacccttgatgagtgtattcaatgttatggtatttgg 29358509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 40 - 88
Target Start/End: Original strand, 24272617 - 24272665
Alignment:
Q  40 atgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttg 88  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  24272617 atgaaagtgcaatgcttgatgtatctgacctttgagacagtgacccttg 24272665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 14 - 253
Target Start/End: Original strand, 24219947 - 24220186
Alignment:
Q  14 tgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcat 113  Q
    ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||    
T  24219947 tgaaatccaagtgctaacaccttatcatgaaagtgcaatgctttatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtagtcaaagttatggcat 24220046  T
Q  114 ttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaagtgaa 213  Q
      || ||| |||||||||| ||||| |||   || || ||||| |||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| | |||||| |||||||     
T  24220047 ccggctcataaccctttttgagaatgttggaaaatactgaaaatgaaagagagttatgacccaattgagaaaaacaattgatcaagatgctcaaagtgac 24220146  T
Q  214 gaaatctgactgaattccatttaattccatttgttgatga 253  Q
     || | |||    |||||||| |||||||||||| |||||    
T  24220147 caagtttgatgcgattccattgaattccatttgtcgatga 24220186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 84; Significance: 7e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 7e-40
Query Start/End: Original strand, 9 - 212
Target Start/End: Original strand, 54408 - 54611
Alignment:
Q  9 ccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttat 108  Q
    |||||||||||||  | ||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||    
T  54408 ccaaatgaaatccaagcgctaccagcttgtcatgaaagttcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtattcaatgttat 54507  T
Q  109 ggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgctgaaa 208  Q
    |  || ||| ||| ||||| |||| ||||||||  | |||||||| |||| || || | | ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  54508 gatatctggctcataacccattttgagaatctttgccaaaacagagaaagcaaaagggataagacccaattgacaaaagcaattgatgaggatgttgaaa 54607  T
Q  209 gtga 212  Q
    ||||    
T  54608 gtga 54611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 62; Significance: 9e-27; HSPs: 2)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 32 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 395 - 326
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattga 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  395 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtcacctttgagacaaagacccttgatgagtgtattga 326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 32 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 21612 - 21534
Alignment:
Q  32 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatgg 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| |||| | || |||||||    
T  21612 accttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatctgacctttgagacagaaacccttaatgaatgtagtcaacgttatgg 21534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 14 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 10129424 - 10129234
Alignment:
Q  14 tgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaatgttatggcat 113  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | | |  |  ||||| |||||||||||||| |||| |||| | ||  ||||| |||    
T  10129424 tgaaatccctgtgctaccaccttgtcatgaaagtgcaatgcttcacgaacctcgcctttaagacagagacccttaatgattgtagtcaaaattatgacat 10129325  T
Q  114 ttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaagagagtttagaccgaattgagaaaagcaattgatgaggatgct 204  Q
    |||| ||  ||||| | || ||||||||| | || || ||||| ||||||| |||| |||| || ||| |||| |||||||| | ||||||    
T  10129324 ttggctcgtaacccatcttgagaatcttggcaaacactgaaaaggaaagagggttttgacccaaatgacaaaaacaattgatcaagatgct 10129234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 46; Significance: 3e-17; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 4 - 161
Target Start/End: Original strand, 15063578 - 15063735
Alignment:
Q  4 ttgacccaaatgaaatccctgtgctaccaccttatcatgaaagtgcaatgcttgatggatgtgacctttgagacagagacccttgatgagtgtattgaat 103  Q
    |||| |||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |  |  ||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||     
T  15063578 ttgatccaactgaaacccctgcgctaccaccttatcgtgaaagtacaatgctttatgaacctcgcctttaagacaaagacccttgatgagtatagtgaaa 15063677  T
Q  104 gttatggcatttgggtcaaaaccctttttaagaatcttgccgaaaacagaaaaagaaa 161  Q
    ||||  ||||  |||| | |||||||||| ||||||||| |||| || ||||| ||||    
T  15063678 gttacagcatcagggtgataaccctttttgagaatcttggcgaatacggaaaatgaaa 15063735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 366 times since January 2019
Visitors: 3059