View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0412_high_48 (Length: 366)

Name: NF0412_high_48
Description: NF0412
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0412_high_48
NF0412_high_48
[»] chr3 (11 HSPs)
chr3 (30-358)||(26750865-26751193)
chr3 (31-353)||(26698542-26698864)
chr3 (31-353)||(26733705-26734027)
chr3 (30-353)||(26743940-26744263)
chr3 (30-351)||(26736929-26737250)
chr3 (30-351)||(26713693-26714014)
chr3 (40-353)||(26731740-26732053)
chr3 (40-353)||(26690429-26690742)
chr3 (40-353)||(26675339-26675652)
chr3 (40-353)||(26694590-26694903)
chr3 (44-236)||(47193583-47193775)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (39-232)||(21108331-21108524)
chr7 (169-232)||(18658593-18658656)
chr7 (136-242)||(21123270-21123376)
chr7 (136-232)||(21098712-21098808)
chr7 (169-232)||(21130431-21130494)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (136-232)||(39132242-39132338)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 301; Significance: 1e-169; HSPs: 11)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 30 - 358
Target Start/End: Original strand, 26750865 - 26751193
Alignment:
Q  30 gatttgcatattgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttg 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26750865 gatttgcatgttgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttg 26750964  T
Q  130 gacagaccaaaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgt 229  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26750965 gacagaccaaaatcagctaccttcggttggtaatcggagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgt 26751064  T
Q  230 gtaaatacgcaagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttc 329  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26751065 gtaaatacgcaagtccctttgcagttcccatagcaatgttatacctcttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacccttttc 26751164  T
Q  330 catgtactcataaaccaacaatctctgct 358  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26751165 catgtactcataaaccaacaatctatgct 26751193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 31 - 353
Target Start/End: Original strand, 26698542 - 26698864
Alignment:
Q  31 atttgcatattgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttgg 130  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  26698542 atttgcatgttgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttag 26698641  T
Q  131 acagaccaaaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtg 230  Q
    ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26698642 acaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcgtg 26698741  T
Q  231 taaatacgcaagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttcc 330  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26698742 taaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttcc 26698841  T
Q  331 atgtactcataaaccaacaatct 353  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  26698842 atgtactcataaaccaacaatct 26698864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 31 - 353
Target Start/End: Original strand, 26733705 - 26734027
Alignment:
Q  31 atttgcatattgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttgg 130  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  26733705 atttgcatgttgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcattcctattcaatagcttag 26733804  T
Q  131 acagaccaaaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtg 230  Q
    ||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  26733805 acaaaccaaaatctgctaccttaggttgataatccgagtcaacaagtatgttttgtggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcgtg 26733904  T
Q  231 taaatacgcaagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttcc 330  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  26733905 taaataagcaagaccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttaccccaatcaagttcacttgatgagagattatcagctaaagtaccattttcc 26734004  T
Q  331 atgtactcataaaccaacaatct 353  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  26734005 atgtactcataaaccaacaatct 26734027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 30 - 353
Target Start/End: Original strand, 26743940 - 26744263
Alignment:
Q  30 gatttgcatattgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttg 129  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |||||||| |||||||||    
T  26743940 gatttccatgttgaaaacccactcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaattttgaatgatcaaagtcgtccctatttaatagcttg 26744039  T
Q  130 gacagaccaaaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgt 229  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26744040 gacaaaccaaaatccgctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcgt 26744139  T
Q  230 gtaaatacgcaagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttc 329  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||    
T  26744140 gtaaataagcaaggccctttgcagttcccatagcaatgttataccttttactccaatcaagtttatttgatgaaagattatcggctaaagtaccgttttc 26744239  T
Q  330 catgtactcataaaccaacaatct 353  Q
    |||| |||| ||||||||||||||    
T  26744240 catgcactcgtaaaccaacaatct 26744263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 30 - 351
Target Start/End: Original strand, 26736929 - 26737250
Alignment:
Q  30 gatttgcatattgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttg 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||| ||| |||||||||||     
T  26736929 gatttgcatgttgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcgtgtccctcgaatccttgagaagtttgaattatcatgctcattcctgttcaatagctta 26737028  T
Q  130 gacagaccaaaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgt 229  Q
    |||| ||||||||| || ||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  26737029 gacaaaccaaaatctgcaaccttaggtcgataatcagagtcaacaagtatgttttgcggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcat 26737128  T
Q  230 gtaaatacgcaagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttc 329  Q
    ||||||| ||||| |  ||||||||||  ||||||||   |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  26737129 gtaaataagcaagacattttgcagttcctatagcaataccatatctctttccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtaccattttc 26737228  T
Q  330 catgtactcataaaccaacaat 351  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  26737229 catgtactcataaaccaacaat 26737250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 30 - 351
Target Start/End: Original strand, 26713693 - 26714014
Alignment:
Q  30 gatttgcatattgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttg 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||| ||| |||||||||||     
T  26713693 gatttgcatgttgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcgtgtccctcgaatccttgagaagtttgaattatcatgctcattccttttcaatagctta 26713792  T
Q  130 gacagaccaaaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgt 229  Q
    |||| ||||||||| || ||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  26713793 gacaaaccaaaatctgcaaccttaggtcgataatcatagtcaacaagtatgttttgcggctttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacactcttcat 26713892  T
Q  230 gtaaatacgcaagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttc 329  Q
    ||||||| ||||| |  ||||||||||  ||||||||   |||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  26713893 gtaaataagcaagacattttgcagttcctatagcaataccatatctctttccccaatcaagttcatttgataagagattatcagctaaagtaccattttc 26713992  T
Q  330 catgtactcataaaccaacaat 351  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  26713993 catgtactcataaaccaacaat 26714014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 40 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 26732053 - 26731740
Alignment:
Q  40 ttgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttggacagaccaa 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||||||| |  | ||| |  | || ||| ||||  ||||    
T  26732053 ttgaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatcaagattgttcctttgtagtaacttagacaacccaa 26731954  T
Q  140 aatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaatacgc 239  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  26731953 aatccgctaccttgggttggtaatcagagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgc 26731854  T
Q  240 aagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttccatgtactca 339  Q
    ||| | |||||||||||  | |||||| ||||| || |||||||||| |||| |||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  26731853 aagacactttgcagttccgagagcaattttatacctcttaccccaattaagtgcatttgatgacaaattatccgctaaagaacctttttccatgtactca 26731754  T
Q  340 taaaccaacaatct 353  Q
     |||| ||||||||    
T  26731753 aaaactaacaatct 26731740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 40 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 26690742 - 26690429
Alignment:
Q  40 ttgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttggacagaccaa 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||||||| |  | ||| |  | || ||| ||||  ||||    
T  26690742 ttgaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatcaagattgttcctttgtagtaacttagacaacccaa 26690643  T
Q  140 aatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaatacgc 239  Q
    |||| |||||||| ||||||||||  |||||||  |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  26690642 aatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgc 26690543  T
Q  240 aagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttccatgtactca 339  Q
    ||| | |||||||||||  | |||||| ||||| || |||||||||| |||| |||||||||| | |||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  26690542 aagacactttgcagttccgagagcaattttatacctcttaccccaattaagtgcatttgatgacaaattatccgctaaagaacctttttccatgtactca 26690443  T
Q  340 taaaccaacaatct 353  Q
     |||| ||||||||    
T  26690442 aaaactaacaatct 26690429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 40 - 353
Target Start/End: Original strand, 26675339 - 26675652
Alignment:
Q  40 ttgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttggacagaccaa 139  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||| ||| |  | |||||  |||||||| ||||  ||||    
T  26675339 ttgaaaatccattcaggtgccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattattaagattgttcctatgtaatagcttagacaacccaa 26675438  T
Q  140 aatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaatacgc 239  Q
    ||||  |||  || ||| ||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  26675439 aatctactattttgggtcggtaatcagagtcaataagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaatatgc 26675538  T
Q  240 aagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttccatgtactca 339  Q
    |||  ||||||| ||||  | |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||| ||| ||||| | | ||||     
T  26675539 aagagcctttgcggttcctagagcaatgttatacctcttaccccaatcaagtgcatttgatgagaggttttcagctaaagaacccttttctacgaactct 26675638  T
Q  340 taaaccaacaatct 353  Q
     |||||||||||||    
T  26675639 aaaaccaacaatct 26675652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 118; E-Value: 4e-60
Query Start/End: Original strand, 40 - 353
Target Start/End: Complemental strand, 26694903 - 26694590
Alignment:
Q  40 ttgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttggacagaccaa 139  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||  ||||| |||||| ||||||||||||  |  | ||| |  | || ||| ||||  ||||    
T  26694903 ttgaaaatccattcaggtcccatgtaacctcttgttcctctcatccttgagaaacttgaattatcaaaattgttcctttgtactaacttagacaacccaa 26694804  T
Q  140 aatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaatacgc 239  Q
    |||| |||||||| ||||||||||  |||||||  |||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  26694803 aatccgctaccttgggttggtaattggagtcaattagtatgttttgcggctttatgtcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgtaaataggc 26694704  T
Q  240 aagtccctttgcagttctcatagcaatgttatatcttttaccccaatcaagttcatttgatgagagattatcagctaaagtacctttttccatgtactca 339  Q
    ||| | |||||||||||  | |||||| || || || |||||||||| |||  |||||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  26694703 aagacactttgcagttccgagagcaattttgtacctcttaccccaattaagcgcatttgatgacaaattatcagttaaagaacctttttccatgtactca 26694604  T
Q  340 taaaccaacaatct 353  Q
     |||| ||||||||    
T  26694603 aaaactaacaatct 26694590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 44 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 47193775 - 47193583
Alignment:
Q  44 aaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttggacagaccaaaatc 143  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  || || || |||   ||| ||||| | ||||| ||||||||||| || || | |||||||||    
T  47193775 aaacccattcaggtgccatataacctcttgtccctcttattcttgaaaaagcagaactatcacgttcatctctattcaatagttttgataaaccaaaatc 47193676  T
Q  144 agctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaata 236  Q
    ||| ||||| |||||  |||  | |||||  |  || ||||| ||||| | ||| ||||| |||| ||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  47193675 agcaacctttggttgaaaatttgtgtcaagtaaaatattttgaggtttcacatcacaatgtaaaacccattccaaacactcttcatgtaaata 47193583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 39 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 21108524 - 21108331
Alignment:
Q  39 attgaaaacccattcaggtgccatgtaacctcttgtccctcgaatcctcgagaaatttgaattatcaaggtcatccctattcaatagcttggacagacca 138  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || |||||||| |||| |||| | ||||    |||||||| |||||  | ||| ||    ||||| ||||  |||    
T  21108524 attgaaaatccattcaggtgccatataccctcttgttcctctaatcattgagatgcatgaattattaaggttgttcctgttttgcagctttgacaatcca 21108425  T
Q  139 aaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgta 232  Q
    ||||| |||| ||| || ||| | | ||| |||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21108424 aaatcggctaacttgggctggaagttagaatcaagaagtatgttttgtggctttatatcacaatgcaaaatccactccaaacattcttcatgta 21108331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 169 - 232
Target Start/End: Original strand, 18658593 - 18658656
Alignment:
Q  169 tcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgta 232  Q
    |||| |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  18658593 tcaagaagtatgttttgaggctttatatcacaatgcaaaatccattccaaacattcttcatgta 18658656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 136 - 242
Target Start/End: Original strand, 21123270 - 21123376
Alignment:
Q  136 ccaaaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgtaaat 235  Q
    |||||||| |||| ||| |||||  | | ||| |||| |||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||    
T  21123270 ccaaaatctgctaacttgggttgaaagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaaaatccactccatacattcttcatgtagat 21123369  T
Q  236 acgcaag 242  Q
    | |||||    
T  21123370 aagcaag 21123376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 136 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 21098808 - 21098712
Alignment:
Q  136 ccaaaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgta 232  Q
    |||||||| |||| ||| |||| | | | ||| |||| |||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21098808 ccaaaatccgctaacttgggttcgaagttagaatcaagaagtatattttgcggctttatatcacaatgtaaaatccattccaaacattcttcatgta 21098712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 169 - 232
Target Start/End: Original strand, 21130431 - 21130494
Alignment:
Q  169 tcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgta 232  Q
    |||| |||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  21130431 tcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgcaaaatccattccaaacattcttcatgta 21130494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000008; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 136 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 39132338 - 39132242
Alignment:
Q  136 ccaaaatcagctaccttcggttggtaatcagagtcaacaagtatgttttgcggttttatatcgcaatgcaaaatccactccaaacattcttcgtgta 232  Q
    ||||| || |||| ||| ||||| || | ||| |||| |||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39132338 ccaaagtctgctaacttgggttgatagttagaatcaagaagtatattttgaggctttatatcacaatgtaaaatccactccaaacattcttcatgta 39132242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1443 times since January 2019
Visitors: 3084