View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0412_low_149 (Length: 294)

Name: NF0412_low_149
Description: NF0412
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0412_low_149
NF0412_low_149
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (12-127)||(25955943-25956058)
chr5 (12-127)||(42250117-42250232)
chr5 (12-128)||(38280256-38280372)
chr5 (12-127)||(1501352-1501467)
chr5 (20-127)||(7886356-7886463)
[»] chr7 (10 HSPs)
chr7 (12-123)||(2286463-2286574)
chr7 (12-127)||(25185916-25186031)
chr7 (12-127)||(496684-496799)
chr7 (12-127)||(11765708-11765823)
chr7 (12-127)||(48057682-48057797)
chr7 (12-121)||(23844642-23844751)
chr7 (12-124)||(7527247-7527359)
chr7 (12-127)||(42535197-42535312)
chr7 (12-127)||(31427243-31427360)
chr7 (12-127)||(40855134-40855250)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (12-127)||(52055131-52055246)
chr4 (12-127)||(1158238-1158353)
chr4 (12-108)||(49866670-49866766)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (12-123)||(47940831-47940942)
chr3 (12-124)||(49786397-49786509)
chr3 (28-127)||(29836769-29836867)
chr3 (12-127)||(8152978-8153095)
chr3 (12-127)||(8436879-8436994)
chr3 (27-122)||(48778971-48779066)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (12-127)||(4076927-4077042)
chr8 (12-128)||(3780342-3780458)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (129-249)||(2354650-2354770)
chr2 (12-127)||(13922186-13922301)
chr2 (12-125)||(11828960-11829073)
chr2 (129-183)||(2353013-2353067)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (12-123)||(33594502-33594613)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (12-127)||(20186824-20186939)
chr1 (12-127)||(30339637-30339752)
chr1 (12-127)||(51787273-51787388)
chr1 (15-127)||(43740393-43740505)
chr1 (12-122)||(9672955-9673062)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 25955943 - 25956058
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  25955943 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaaatgtgtatgccacctatgagtg 25956042  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    ||||||||||||||||    
T  25956043 tgcatgtatcaccact 25956058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 42250232 - 42250117
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||    
T  42250232 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtctatgtcatttatgggtg 42250133  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    ||||||||||||||||    
T  42250132 tgcatgtatcaccact 42250117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 128
Target Start/End: Original strand, 38280256 - 38280372
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||    
T  38280256 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtataccacctatggatg 38280355  T
Q  112 tgcatgtatcaccactt 128  Q
    | |||||||||||||||    
T  38280356 tacatgtatcaccactt 38280372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 1501352 - 1501467
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||| | |||||||||||  | |||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |     
T  1501352 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtatatggggtctaggctacatgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatggatc 1501451  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    ||||||||||||||||    
T  1501452 tgcatgtatcaccact 1501467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 20 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 7886463 - 7886356
Alignment:
Q  20 atgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgta 119  Q
    |||||| |||||||| ||||| | | |||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| |    
T  7886463 atgaaagggaagagagacaaaatatatgtgggatttaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctataagtatgcatgaa 7886364  T
Q  120 tcaccact 127  Q
    ||||||||    
T  7886363 tcaccact 7886356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 10)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 2286574 - 2286463
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  2286574 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtg 2286475  T
Q  112 tgcatgtatcac 123  Q
    ||||||||||||    
T  2286474 tgcatgtatcac 2286463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 25185916 - 25186031
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  25185916 agagatggatgaaaaggaagagagataaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtg 25186015  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    |||||| |||||||||    
T  25186016 tgcatgcatcaccact 25186031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 496799 - 496684
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  496799 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcatatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 496700  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    | ||||||||||||||    
T  496699 tacatgtatcaccact 496684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 11765823 - 11765708
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  11765823 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtcaaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 11765724  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    | ||||||||||||||    
T  11765723 tacatgtatcaccact 11765708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 48057682 - 48057797
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||| |||||| | |||||||||||||||||||    
T  48057682 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaagtttaaatatgtatgccacctatgggtg 48057781  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    | ||||||||||||||    
T  48057782 tacatgtatcaccact 48057797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 121
Target Start/End: Complemental strand, 23844751 - 23844642
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||  |||||||| ||    
T  23844751 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtctagggcacatgtcacatgtttatgtggagatttgagtgtgtatgttacctatggatg 23844652  T
Q  112 tgcatgtatc 121  Q
    ||||||||||    
T  23844651 tgcatgtatc 23844642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 124
Target Start/End: Original strand, 7527247 - 7527359
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    |||||||||||||||  || ||| ||||||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |     
T  7527247 agagatggatgaaaaaaaaaagagacaaagtgtttatggagtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaatgaata 7527346  T
Q  112 tgcatgtatcacc 124  Q
    |||||||||||||    
T  7527347 tgcatgtatcacc 7527359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 42535197 - 42535312
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| | || | ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  42535197 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatataagacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgtcacctatgagtg 42535296  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    | ||| ||||| ||||    
T  42535297 tacatatatcatcact 42535312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 31427243 - 31427360
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgc--cacctatggg 109  Q
    |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||   || ||||||||| ||| || |||||||||| | |||||||  |||||||||     
T  31427243 agagatggatgagagggaagagagacaaagtgtttgtggagtctaaaccacatgtcacatatttatgcggaggtttaattatgtatgccacacctatgga 31427342  T
Q  110 tgtgcatgtatcaccact 127  Q
    ||||||||||||||||||    
T  31427343 tgtgcatgtatcaccact 31427360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 40855134 - 40855250
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtc-atatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggt 110  Q
    ||||||| |||||| |||| ||| |||||||||||||| |||||||  | | | ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||| |    
T  40855134 agagatgaatgaaagggaaaagagacaaagtgtttgtgaggtctagacccacaggtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtatataccacatatggat 40855233  T
Q  111 gtgcatgtatcaccact 127  Q
     |||||| |||| ||||    
T  40855234 atgcatgcatcatcact 40855250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 52055131 - 52055246
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  52055131 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgaatg 52055230  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    ||||||||||||||||    
T  52055231 tgcatgtatcaccact 52055246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 1158238 - 1158353
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| | ||    
T  1158238 agagatgaatgaaagggaagagagacaaaatgtttgtagggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtacgccttctatcgatg 1158337  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    ||||||||||| ||||    
T  1158338 tgcatgtatcatcact 1158353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 12 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 49866766 - 49866670
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgg 108  Q
    |||||| |||||||  ||||||| ||||||||||| || |||||| |||| ||||||||| |||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  49866766 agagatcgatgaaagagaagagagacaaagtgtttatgtggtctaagtcacatgtcacatatttgtgtgaaggtttaagcgtgtataccacctatgg 49866670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 12 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 47940942 - 47940831
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||    
T  47940942 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccaccaataggtg 47940843  T
Q  112 tgcatgtatcac 123  Q
    ||||||||||||    
T  47940842 tgcatgtatcac 47940831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 12 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 49786509 - 49786397
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49786509 agagatgaatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 49786410  T
Q  112 tgcatgtatcacc 124  Q
    | |||||||||||    
T  49786409 tacatgtatcacc 49786397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 28 - 127
Target Start/End: Original strand, 29836769 - 29836867
Alignment:
Q  28 gaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatcaccact 127  Q
    ||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29836769 gaagagagacaaagt-tttgtggggtgtaggtcatatgttacatatttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtgtgcatgtatcaccact 29836867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 8153095 - 8152978
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    |||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  8153095 agagatggataaaagagaagagagacaaagtgtttgtggagtctaggccacatgtcacatgtttatgtggaggtttaggtgtgtatgccacctataggtg 8152996  T
Q  112 tgc--atgtatcaccact 127  Q
    |||  |||||||||||||    
T  8152995 tgcatatgtatcaccact 8152978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 8436879 - 8436994
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| | ||  ||||| || ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8436879 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaagacacgtgtcatatatttatgtagaggtttaaatgtgtatgccacctatgggtg 8436978  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    | ||| ||||||||||    
T  8436979 tacatatatcaccact 8436994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 27 - 122
Target Start/End: Original strand, 48778971 - 48779066
Alignment:
Q  27 ggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgcatgtatca 122  Q
    |||||||| | ||||||||| ||| ||||||  || ||||||||| ||| |||||| |||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  48778971 ggaagagagataaagtgtttatggagtctagaccacatgtcacatatttatgtggatgtttaaatgagtatgccacctataggtgtgcatgtatca 48779066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 4076927 - 4077042
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4076927 agagatggatgaaaaggaagagagacaaattgtttgtggggtctaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggta 4077026  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    ||||||||||| ||||    
T  4077027 tgcatgtatcatcact 4077042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 128
Target Start/End: Original strand, 3780342 - 3780458
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | |||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  3780342 agagatggatgaaagggaagagagacaaagtgtttctcgggtttaggctacatgtcacatgtttgtgtggaggtttgagtgtgtatgccacctatggatg 3780441  T
Q  112 tgcatgtatcaccactt 128  Q
    | |||||||||| ||||    
T  3780442 tacatgtatcactactt 3780458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 129 - 249
Target Start/End: Original strand, 2354650 - 2354770
Alignment:
Q  129 attgataaaattgaaactaaaaatacaattttattcagaagttaataacaataaatgaagaaggaattaacaaatatccccatcacttgaatctggattt 228  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||     
T  2354650 attgataaaattgaaactaaaaatactattttatacaaaagttaataacgataaaagaagaaggaattaacatctatccccatcacttgaatcttgattc 2354749  T
Q  229 ctttgttattttgtgatcagt 249  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  2354750 ctttgttattttgtgatcagt 2354770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 13922301 - 13922186
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  13922301 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttacgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 13922202  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    | ||||||||||||||    
T  13922201 tacatgtatcaccact 13922186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 11829073 - 11828960
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  | |||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  11829073 agagatggatgaaagaggagagaggcaaagtgtttgtggggtctaggacacatgtcacatatttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgagtg 11828974  T
Q  112 tgcatgtatcacca 125  Q
    ||||||| ||||||    
T  11828973 tgcatgtctcacca 11828960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 129 - 183
Target Start/End: Original strand, 2353013 - 2353067
Alignment:
Q  129 attgataaaattgaaactaaaaatacaattttattcagaagttaataacaataaa 183  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  2353013 attgataaaattgaaactaaaaataccattttattcagaagttaacaacaataaa 2353067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 12 - 123
Target Start/End: Original strand, 33594502 - 33594613
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  33594502 agagatggatgaaaaggaagagagacaaagtatttgtggggtctaggccacatgtcacatgtttgtgtgaaggtttaagtgtgtatgccaccaatggatg 33594601  T
Q  112 tgcatgtatcac 123  Q
    ||||||||||||    
T  33594602 tgcatgtatcac 33594613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Original strand, 20186824 - 20186939
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| |||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20186824 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtgggatctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 20186923  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    | ||||||||||||||    
T  20186924 tacatgtatcaccact 20186939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 30339752 - 30339637
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30339752 agagatggatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctaggacacgtgtcacatgtttatgtagaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 30339653  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    | ||||||||||||||    
T  30339652 tacatgtatcaccact 30339637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 12 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 51787388 - 51787273
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  51787388 agagatgcatgaaagagaagagagacaaagtgtttgtggggtctagagcacgtgtcacatgtttatgtgaaggtttaagtgtgtatgccacctatggatg 51787289  T
Q  112 tgcatgtatcaccact 127  Q
    | ||||||||||||||    
T  51787288 tacatgtatcaccact 51787273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 15 - 127
Target Start/End: Original strand, 43740393 - 43740505
Alignment:
Q  15 gatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtgtgc 114  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| |||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||  | |||||| ||| |    
T  43740393 gatggatgataaggaagagagacaaagtgtttgtgaggtttaggccacatatcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgcatgtgatctatggatgttc 43740492  T
Q  115 atgtatcaccact 127  Q
    ||| |||||||||    
T  43740493 atggatcaccact 43740505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 12 - 122
Target Start/End: Original strand, 9672955 - 9673062
Alignment:
Q  12 agagatggatgaaaaggaagagaaacaaagtgtttgtggggtctaggtcatatgtcacatgtttgtgtggaggtttaagtgtgtatgccacctatgggtg 111  Q
    ||||||||||||||  ||||||| |||  ||||||||||  |||||| ||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  9672955 agagatggatgaaagagaagagagaca--gtgtttgtgga-tctaggacacgtgtcacatgtttatgtggaggtttaagtgtgtatgccacctataggtg 9673051  T
Q  112 tgcatgtatca 122  Q
    | |||||||||    
T  9673052 tacatgtatca 9673062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 701 times since January 2019
Visitors: 3064