View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0412_low_2 (Length: 710)

Name: NF0412_low_2
Description: NF0412
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0412_low_2
NF0412_low_2
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (20-691)||(20632667-20633335)
chr5 (20-688)||(20648763-20649428)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 574; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 574; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 691
Target Start/End: Original strand, 20632667 - 20633335
Alignment:
Q  20 gacatcatcaggagcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatctcataaagatgtaacca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| | |||||| |  |||||||||||||    
T  20632667 gacatcatcaggagcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcttattgaagtgtttaaaatcatatcccccaaagatgtaacca 20632766  T
Q  120 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632767 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 20632866  T
Q  220 tataaatgtaaacaacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 319  Q
    |||||||||||||||   ||| ||| |||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632867 tataaatgtaaacaa---ttgtatcgtggccagcgaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 20632963  T
Q  320 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggtgtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632964 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 20633063  T
Q  420 gctatgttaaagtaatctacatttagagaaacactacagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagt 519  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633064 gctaagttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccggcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagt 20633163  T
Q  520 ccaaataagaataagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 619  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20633164 ccaaataagaaaaagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 20633263  T
Q  620 ataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgatgtc 691  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  20633264 ataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttattgatgatgtc 20633335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 688
Target Start/End: Original strand, 20648763 - 20649428
Alignment:
Q  20 gacatcatcaggagcagtatactcgggaacatgatcagtatacaaaacttcaatgctcttattgaagcgtttaataccatatctcataaagatgtaacca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||| |||||||  ||| |  |  |||||||||||||    
T  20648763 gacatcatcaggagcagtatactccggaacatgatcagtatacaaaactttcatgctcctattgaagggtttaatttcatctaccccaaagatgtaacca 20648862  T
Q  120 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcaaatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20648863 tcatcgatatcccaattgcgaaacataccagtatcatatttcggtagaatttgttcccctcctacattcaatctatacaaagtttccatagctgaatcat 20648962  T
Q  220 tataaatgtaaacaacatttgcatcctggccaactaaagcaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 319  Q
    |||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20648963 tataaatgtaaacaacttttgtatcgtggccaactaaaggaataggggaatcatcaccaccaatgtataaaccatttggtattgaaacaacttcaatacc 20649062  T
Q  320 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggtgtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649063 attcacaaatgcatatgcatcagaatcatttgatgatggagtgaaagtaagttccaaactatttccttttacatgcacaatgaattctttcattaaatat 20649162  T
Q  420 gctatgttaaagtaatctacatttagagaaacactacagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatgttgaagt 519  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  20649163 gctaagttaaagtaatctacatttagagaaacactaaagttatgcagaagagtgaagttaccagcagtgacagataagaaagcttttgagatattgaaat 20649262  T
Q  520 ccaaataagaataagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 619  Q
     |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649263 tcaaataagaaaaagggtagaaatgaaggcgaatgaatttcggaccggaagttacattaaatctatatgtaaattgagattgaaagattctagctgtcat 20649362  T
Q  620 ataaggaacttcaggaatggattcaagatttgaagaaagtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat 688  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649363 ataaggaacttcaggaatggattgaagatttgaag---gtgcttttgctgttaaggacttgttgatgat 20649428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 724 times since January 2019
Visitors: 3064