View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0420_high_1 (Length: 429)

Name: NF0420_high_1
Description: NF0420
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0420_high_1
NF0420_high_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (29-415)||(12540247-12540633)
chr5 (29-373)||(28384938-28385282)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (29-283)||(3417758-3418012)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (30-342)||(13454468-13454781)
chr2 (30-249)||(13448091-13448310)
chr2 (30-347)||(13439829-13440147)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (91-266)||(48965040-48965215)
chr4 (93-277)||(48957844-48958028)
chr4 (93-274)||(48960994-48961175)
chr4 (83-220)||(48967215-48967352)
[»] scaffold0536 (1 HSPs)
scaffold0536 (59-139)||(6772-6852)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (93-277)||(12641776-12641960)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (84-224)||(12590455-12590595)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 12540633 - 12540247
Alignment:
Q  29 aggtgcaacagaatggtgtacaaatggaaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggt 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12540633 aggtgcaacagaatggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggt 12540534  T
Q  129 tatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttgttatctt 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12540533 tatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttgttatctt 12540434  T
Q  229 tgatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagccacatgattaattaaaggagtattgcatgtgttttctgaatttatcctaataacgtcgttgttt 328  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12540433 tgatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagccacatgattaattaaaggagtattgcatgtgttttctgaatttatcctaataacgtcgttgttt 12540334  T
Q  329 cgttaagaagaagtgtgaatgttaaggattcggttgatgaatttcaagtctgatttgaggtggtcggtgctatcggttttctggttc 415  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12540333 cgttaagaagaagtgtgaatgctatggattcggttgatgaatttcaagtctgatttgaggtggtcggtgctatcggttttctggttc 12540247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 29 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 28385282 - 28384938
Alignment:
Q  29 aggtgcaacagaatggtgtacaaatggaaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggt 128  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||     
T  28385282 aggtgtaacggaatggtgtacaaatggtaatggggagagaaagaagttggtgagcagagataacatagagaaggctatgaggaaattgatggacggtggc 28385183  T
Q  129 tatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttgttatctt 228  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||    
T  28385182 gatgaagctgaaaatatgagacaacgtgctcgagagttaggagagaaggctacacgagctgttaaagaaggtggttcctcttataataatttgttagctt 28385083  T
Q  229 tgatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagccacatgattaattaaaggagtattgcatgtgttttctgaatttatcctaataacgtcgttgttt 328  Q
    | ||||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||| || ||| | ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  28385082 taatcgacgaacttaaaagattgagagacagcaaaccacatgattaatcaaatgaatatggtatgagttttttgaacttatcctaataacgtcgttgttt 28384983  T
Q  329 cgttaagaagaagtgtgaatgttaaggattcggttgatgaatttc 373  Q
    ||| ||| | |||| | ||||||| | ||| ||| ||||||||||    
T  28384982 cgtcaagcacaagtattaatgttatgtatttggtcgatgaatttc 28384938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 143; Significance: 6e-75; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 29 - 283
Target Start/End: Original strand, 3417758 - 3418012
Alignment:
Q  29 aggtgcaacagaatggtgtacaaatggaaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggt 128  Q
    |||||||||||||||| || || |||| | |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||  || ||    
T  3417758 aggtgcaacagaatggcgtgcacatggtattggggagagaaagaagttggtgagcagagatgacatagagaaggcaatgaggagattgatggacagtagt 3417857  T
Q  129 tatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttgttatctt 228  Q
     |||| ||||||  ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||    
T  3417858 gatgaggctgaaggtatgagactacgtgctcgagagcttggagagaaggctaaacgagctattcaagaaggtggttcctcacatcataatttgttaactt 3417957  T
Q  229 tgatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagccacatgattaattaaagga 283  Q
    ||||||||||| ||||||  || |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  3417958 tgatcgacgaacttaaaaagttgagagactgcaagccacttgattaattaaagga 3418012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 30 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 13454781 - 13454468
Alignment:
Q  30 ggtgcaacagaatggtgtacaaatggaaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggtt 129  Q
    |||||||||||||||||||||| |||   || ||||||| ||||||||||  ||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||     
T  13454781 ggtgcaacagaatggtgtacaagtggtgttgcggagagagagaagttggtgagcaaagatagcatagagaaggctgtgaggagattgatgggcggtggtg 13454682  T
Q  130 atgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttgttatcttt 229  Q
    |||||||| ||||||| ||  ||||||| |||||| ||||||| ||||||| || |||| ||||| ||||||| || ||| |||||||||||||  ||||    
T  13454681 atgaagctaaaaatatcagggtacgtgctcgagagtttggagaaaaggctacacaagctattcaaaaaggtggctcatcttataataatttgttggcttt 13454582  T
Q  230 gatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagccacatgattaatt-aaaggagtattgcatgtgttttctgaatttatcctaataacgtcgttgttt 328  Q
    ||| || ||| |||||||||| ||| ||  |||||| ||||||||||| ||||||| ||||  |  ||||| | || || | |||||||| | |||||||    
T  13454581 gattgatgaacttaaaagattgagaaacctcaagccgcatgattaattcaaaggagcattgtgtaagttttttcaactttttctaataacattgttgttt 13454482  T
Q  329 cgttaagaagaagt 342  Q
    ||| ||| ||||||    
T  13454481 cgtcaagcagaagt 13454468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 6e-47
Query Start/End: Original strand, 30 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 13448310 - 13448091
Alignment:
Q  30 ggtgcaacagaatggtgtacaaatggaaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggtt 129  Q
    |||||||||||||||||||| | |||    | ||||||||||||||| ||  |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||     
T  13448310 ggtgcaacagaatggtgtacgagtggtgtcgcggagagaaagaagttagtgagcagagatagcatagagaaggctgtaaggagattgatggacggtggtg 13448211  T
Q  130 atgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttgttatcttt 229  Q
    |||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||| || |||| || |||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||||  ||||    
T  13448210 atgaagctgaaaatatcaggctacgtgctcgagagtttggagaaaaagctatacaagctattcaagaaggtggctcgtcttataataatttgttggcttt 13448111  T
Q  230 gatcgacgaaattaaaagat 249  Q
    ||| |||||| |||||||||    
T  13448110 gattgacgaacttaaaagat 13448091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 30 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 13440147 - 13439829
Alignment:
Q  30 ggtgcaacagaatggtgtacaaatggaaatggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggtt 129  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||   || ||||||| ||||||||||  |||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||   ||||     
T  13440147 ggtgcaacggaatggtgtaagaatggtgttgcggagagagagaagttggtgagcagggataacatagagaaggctgtgaggagattgatggagaatggtg 13440048  T
Q  130 atgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttgttatcttt 229  Q
    |||||||| |||||||||| |||| ||| | |||| ||||||| ||||||| || |||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||||  ||||    
T  13440047 atgaagctaaaaatatgaggctacttgctcaagagtttggagaaaaggctacacaagctattcaagaaggtggctcgtcttataataatttgttggcttt 13439948  T
Q  230 gatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagccacatgattaatt-aaaggagtattgcatgtgttttctgaatttatcctaataacgtcgttgttt 328  Q
     || || ||| |||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||| |||||| |||||  | |||||| | ||  |||||||||||  | |||| ||    
T  13439947 aattgaagaacttaaaagattgagagaccccaagcgacatgattaattcaaaggactattgtctatgttttttcaacctatcctaataatattgttggtt 13439848  T
Q  329 cgttaagaagaagtgtgaa 347  Q
    ||| ||| |||||||||||    
T  13439847 cgtcaagcagaagtgtgaa 13439829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 60; Significance: 2e-25; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 91 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 48965215 - 48965040
Alignment:
Q  91 gcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgt 190  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| || || |||   ||||| | |||| ||||||| ||||||||||||||  |    
T  48965215 gcatagagaaggctgtgaggagattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaattagaagtcgtgctcaagagtttggagaaaaggctagacgagccat 48965116  T
Q  191 tcaagaaggtggttcctctcataataatttgttatctttgatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagcca 266  Q
    |||||||||||| || |||||||| ||||||||| | ||||| || ||  | |||||||| |||||  ||||||||    
T  48965115 tcaagaaggtggctcgtctcataagaatttgttagccttgattgatgatctcaaaagattgagagatagcaagcca 48965040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 93 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 48958028 - 48957844
Alignment:
Q  93 atagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttc 192  Q
    ||||| |||||| ||| |||||||||||| |||||| ||||||||||  | || | ||  ||||| | |||| | ||||| ||||||| |||||||||||    
T  48958028 atagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggtgatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagagttcggagaaaaggctacacgagctgttc 48957929  T
Q  193 aagaaggtggttcctctcataataatttgttatctttgatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagccacatgattaatt 277  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||| || ||  |||||  | | ||| |||||||| ||| |||||||||    
T  48957928 aagaaggtggatcatctcataacaatttgttgtctttgattgatgatcttaaacaaatgagaaactgcaagacacttgattaatt 48957844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 93 - 274
Target Start/End: Complemental strand, 48961175 - 48960994
Alignment:
Q  93 atagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttc 192  Q
    |||||||||||  |||| | ||| ||||| |||||| ||||||| ||| |||| ||||  ||||| |||||| |||| || ||||||| | |||||||||    
T  48961175 atagagaaggcagtgagaaaattaatggacggtggtgatgaagccgaagatataagacggcgtgctcgagagtttggggataaggctatatgagctgttc 48961076  T
Q  193 aagaaggtggttcctctcataataatttgttatctttgatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagccacatgatta 274  Q
    ||| ||| || || |||||||||||||||||  |||| || || ||  |||||||||| |||||| | ||||||| ||||||    
T  48961075 aagtaggcggctcatctcataataatttgttggctttaattgatgatcttaaaagattgagagacaggaagccacttgatta 48960994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 83 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 48967352 - 48967215
Alignment:
Q  83 cagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctaga 182  Q
    |||||||  ||||||||| ||||| || |||||||||||   ||   |||||||||| || || |||| |||||| |||||  ||||||| ||||||| |    
T  48967352 cagagataacatagagaaagctataagaagattgatggacaatgacgatgaagctgagaagatcagacaacgtgctcgagactttggagaaaaggctaca 48967253  T
Q  183 cgagctgttcaagaaggtggttcctctcataataattt 220  Q
    |||||  ||||||||||||| |  ||| ||||||||||    
T  48967252 cgagcacttcaagaaggtggcttgtcttataataattt 48967215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 139
Target Start/End: Original strand, 6772 - 6852
Alignment:
Q  59 tggggagagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagctga 139  Q
    |||||||||| ||||| |||| || || ||| | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  6772 tggggagagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagctga 6852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 93 - 277
Target Start/End: Original strand, 12641776 - 12641960
Alignment:
Q  93 atagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagacgagctgttc 192  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| | |||| |||||||| |  | || |||| |||||| | |||| ||||  | ||||||| ||  ||||||     
T  12641776 atagagaaagctgtgaggagattgatggacgatggtgatgaagctaaggaaatcagacaacgtgctcaagagtttgggaaaaaggctacacatgctgttg 12641875  T
Q  193 aagaaggtggttcctctcataataatttgttatctttgatcgacgaaattaaaagatttagagactgcaagccacatgattaatt 277  Q
    ||||||| || || |||||||| ||||||||  |||||||  ||||  |||||||||  |||||| |||| |||| ||| |||||    
T  12641876 aagaaggcgggtcgtctcataacaatttgttggctttgattaacgatcttaaaagatcgagagaccgcaaaccacttgaataatt 12641960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 84 - 224
Target Start/End: Original strand, 12590455 - 12590595
Alignment:
Q  84 agagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagagattggagagaaggctagac 183  Q
    |||||| ||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||||   |||||||||  | || |||| ||||   | |||| | || || || |||||||    
T  12590455 agagatagcataaagaatgctgtgagaagattgatggatggtggcattgaagctgaggaaatcagacgacgtagtcaagagttaggggaaaaagctagac 12590554  T
Q  184 gagctgttcaagaaggtggttcctctcataataatttgtta 224  Q
     |||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  12590555 tagctgttcaacaaggtggctcctctaataataatttgtta 12590595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University