View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0427_low_2 (Length: 481)

Name: NF0427_low_2
Description: NF0427
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0427_low_2
NF0427_low_2
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (22-475)||(1660325-1660778)
chr6 (22-475)||(16103651-16104104)
chr6 (22-475)||(21412008-21412461)
chr6 (154-475)||(17786674-17786996)
chr6 (22-475)||(16646451-16646904)
chr6 (22-451)||(16378879-16379308)
chr6 (213-475)||(18421101-18421363)
chr6 (22-469)||(22364852-22365299)
chr6 (24-319)||(14149746-14150040)
chr6 (24-193)||(19982365-19982534)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (22-475)||(21847117-21847570)
chr8 (22-475)||(20649135-20649588)
chr8 (22-323)||(16415634-16415934)
chr8 (22-475)||(21193332-21193785)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (22-475)||(15000128-15000588)
chr4 (22-475)||(15289495-15289948)
chr4 (22-286)||(12339400-12339664)
chr4 (106-388)||(18272652-18272934)
chr4 (197-266)||(28266083-28266152)
[»] scaffold0225 (1 HSPs)
scaffold0225 (22-475)||(26907-27360)
[»] scaffold1140 (1 HSPs)
scaffold1140 (21-475)||(101-555)
[»] scaffold0266 (1 HSPs)
scaffold0266 (22-472)||(6200-6653)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (22-472)||(15943174-15943624)
chr3 (21-475)||(6149429-6149883)
chr3 (22-475)||(13963931-13964384)
chr3 (22-451)||(30150468-30150897)
chr3 (22-475)||(8270975-8271428)
chr3 (22-467)||(17201747-17202192)
chr3 (119-475)||(25768423-25768779)
chr3 (22-418)||(22149379-22149775)
chr3 (25-469)||(17321176-17321620)
chr3 (415-475)||(5224953-5225013)
chr3 (111-175)||(22259971-22260035)
chr3 (111-175)||(22268464-22268528)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (22-472)||(20928551-20929001)
chr1 (22-471)||(20528550-20528999)
chr1 (22-451)||(20827825-20828254)
chr1 (22-319)||(22129004-22129301)
chr1 (24-475)||(41214270-41214721)
chr1 (22-132)||(23312571-23312681)
chr1 (37-174)||(20172643-20172780)
chr1 (22-175)||(21200280-21200433)
[»] scaffold0022 (1 HSPs)
scaffold0022 (47-475)||(7776-8204)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (21-472)||(22281217-22281668)
chr2 (24-475)||(25131574-25132026)
[»] scaffold0467 (2 HSPs)
scaffold0467 (22-475)||(12671-13124)
scaffold0467 (22-435)||(1-414)
[»] scaffold0218 (1 HSPs)
scaffold0218 (22-451)||(315-744)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (22-475)||(23509071-23509524)
chr5 (22-475)||(24584596-24585049)
chr5 (21-475)||(21828202-21828655)
chr5 (147-218)||(33314011-33314082)
[»] scaffold0008 (2 HSPs)
scaffold0008 (22-472)||(130829-131282)
scaffold0008 (22-475)||(27287-27740)
[»] scaffold0120 (1 HSPs)
scaffold0120 (21-475)||(25689-26142)
[»] scaffold0462 (1 HSPs)
scaffold0462 (23-475)||(3215-3675)
[»] scaffold0673 (1 HSPs)
scaffold0673 (22-475)||(4711-5163)
[»] scaffold0610 (1 HSPs)
scaffold0610 (22-475)||(3266-3719)
[»] scaffold0615 (1 HSPs)
scaffold0615 (21-472)||(8732-9175)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (22-475)||(97038-97489)
[»] scaffold0465 (2 HSPs)
scaffold0465 (22-316)||(12124-12418)
scaffold0465 (353-475)||(11999-12121)
[»] scaffold0021 (4 HSPs)
scaffold0021 (22-329)||(91013-91320)
scaffold0021 (21-475)||(8667-9121)
scaffold0021 (24-388)||(20303-20667)
scaffold0021 (24-388)||(29879-30243)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (22-451)||(27104144-27104573)
chr7 (22-418)||(27173752-27174148)
chr7 (22-451)||(7827371-7827800)
chr7 (20-231)||(4443392-4443603)
chr7 (24-289)||(13459484-13459749)
chr7 (374-475)||(16575119-16575220)
chr7 (374-475)||(16590442-16590543)
chr7 (22-128)||(14218525-14218631)
[»] scaffold0124 (1 HSPs)
scaffold0124 (22-395)||(4226-4599)
[»] scaffold0162 (2 HSPs)
scaffold0162 (22-248)||(16412-16638)
scaffold0162 (359-475)||(16637-16753)
[»] scaffold0302 (2 HSPs)
scaffold0302 (269-475)||(3168-3374)
scaffold0302 (22-70)||(1722-1770)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (22-201)||(24474-24653)
[»] scaffold0011 (5 HSPs)
scaffold0011 (289-475)||(73065-73251)
scaffold0011 (289-475)||(77446-77632)
scaffold0011 (22-169)||(73280-73427)
scaffold0011 (22-169)||(77661-77808)
scaffold0011 (21-141)||(182500-182620)
[»] scaffold0138 (1 HSPs)
scaffold0138 (21-475)||(25041-25494)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (24-475)||(35513-35963)
[»] scaffold0561 (1 HSPs)
scaffold0561 (22-388)||(5440-5806)
[»] scaffold0151 (1 HSPs)
scaffold0151 (24-289)||(32401-32665)
[»] scaffold0170 (1 HSPs)
scaffold0170 (22-126)||(35587-35691)
[»] scaffold0112 (1 HSPs)
scaffold0112 (20-181)||(3999-4160)
[»] scaffold0058 (1 HSPs)
scaffold0058 (24-193)||(77934-78103)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (22-178)||(49170-49326)
[»] scaffold0193 (1 HSPs)
scaffold0193 (117-231)||(2182-2296)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 410; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 410; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 1660778 - 1660325
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  1660778 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgaccggcctaagcccactctcaaa 1660679  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1660678 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttcctcaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 1660579  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1660578 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 1660479  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  1660478 catcaccgcccaactcaagcctgcccttggcattgatccaccagtactctgcttcctcagcaaacatatgagtcgctagtctgaccttctggtcatctcc 1660379  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1660378 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 1660325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Original strand, 16103651 - 16104104
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16103651 catcatcaaacatacgacacttttgcaccaaagtatgaaagtctcggatctcctagacgcacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 16103750  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  16103751 cttcacacacttcgaaaccatagcatcttcagcattgatgtagggaaaaaacctggaaagctcctcaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgctt 16103850  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  16103851 ccttgattcaaattcagaaactcaacctccttcttagtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcagctttgaacttagcccaggtcacca 16103950  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||| |||  ||||| || || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16103951 catcacctcccatttcaagtcttcctttggcattagtccaccagtgctccgcttcctcagcaagcacatgagtcgctagtctgaccttctggtcatctcc 16104050  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||    
T  16104051 cgtcaccatagcttggaaaatccgctccataccctgcacccaagtttgtactcc 16104104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 21412461 - 21412008
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  21412461 catcaacaaacatgcaacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatatactgatagatatccggcctaagcccactttcaaa 21412362  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||| |     
T  21412361 cttcacacacttcgaaaccatagcatcttcagcattgatgtacggacaaaacttcgaaagctcctcaaacttcgcctcatactcggctacagacatgctt 21412262  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    || || ||||| |||||||| || ||||||||| | || ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||  | |||||||| ||||||||||| |    
T  21412261 ccctgcttcaggttcagaaattccacctccttcctagttctcaaatcttcagggaaatacttccttaagaattctgctttgaacttcgcccaggtcacaa 21412162  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||| ||| |||||  || || ||| |||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| | |||  |||| |||||||||||    
T  21412161 cttctcctcccatctcaaatcttcctttgacattagtccaccagtactcagcctcctcagcaagcatatgagtcgccaatctggccttttggtcatctcc 21412062  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||| |||||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  21412061 cgtcaccatagcacgaaatatccgctccatgccctgcacccaagtctgagctcc 21412008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 154 - 475
Target Start/End: Original strand, 17786674 - 17786996
Alignment:
Q  154 cattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatcccttgtttcagattcagaaactcaacctcctt 253  Q
    |||| ||||| ||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17786674 catttatgtaaggataaaacctcgaaagttcctcgaacttcgccgcatattcggctacagacatgcttccttgtttcagattcagaaactcaatctcctt 17786773  T
Q  254 cttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggca 353  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||| |||||| || || ||||||    
T  17786774 cttggtcctcaagtcttcagggaaatatttcctcaagaattcgaccttgaacttagcctaggtcaccacatcacctcccatctcaagtcttcctttggca 17786873  T
Q  354 ttggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctca-ccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccatt 452  Q
    || |||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  17786874 ttagtccaccagtgcccttcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctgagccttctggtcatttcccgtaaccatagctcggaaaatccgttccata 17786973  T
Q  453 ccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  17786974 ccctgcacccaagtctgtgctcc 17786996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 16646904 - 16646451
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16646904 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctccttaacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 16646805  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  16646804 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacggacatactc 16646705  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || |||  ||||||| | | ||| ||||| |    
T  16646704 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagtcttgaacgttgtccaagtcacaa 16646605  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    | || || || | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  16646604 cccctccatcaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcagcaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgatcatcact 16646505  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
     || |||||||| || || || | |||||| || |||| ||| ||||| |||||    
T  16646504 agtcaccatagcacgaaagattctctccatgccttgcaaccatgtctgagctcc 16646451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 16379308 - 16378879
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16379308 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactttcaaa 16379209  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  16379208 cttcacacacttggaaaccatagcatcctccgcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacagacatactc 16379109  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | | ||| ||||| |    
T  16379108 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaaccttgtccaagtcacaa 16379009  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  16379008 cctctccaccaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcagcaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgatcatcact 16378909  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccat 451  Q
     || |||||||| || || |||| ||||||    
T  16378908 agtcaccatagcacgaaagatcctctccat 16378879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 213 - 475
Target Start/End: Original strand, 18421101 - 18421363
Alignment:
Q  213 gacatgatcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggccc 312  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  18421101 gacatgatcccttgttatagattcagaaactcaatctccttgttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcaacctggaacttagccc 18421200  T
Q  313 aggtcaccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctg 412  Q
    ||||||| ||| ||||| ||| |||||| || || |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  18421201 aggtcacaacatcacctcccatctcaagtcttcctttggcattagtccaccagtgctctgcttccttagcaagcatatgagtcgctagtctgaccttctg 18421300  T
Q  413 gtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    |||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18421301 gtcatccctcgtcaccatagatcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 18421363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 22 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 22365299 - 22364852
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||    
T  22365299 catcatcaaacatacgacacttatacaccaaagtatcaaaatctcggatctcctgaacacacatatactgatagatatccggcctaagctcactttcaaa 22365200  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||||||| ||| |||| |||||||| || | ||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||    
T  22365199 cttcacacacttcgaaaccattgcatcttcaacattgatgtatggaaaaaatctcgaaagctcttcaaacttcgccgtatactcagctacagacatgctc 22365100  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| | ||  ||||  ||||| || |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| |    
T  22365099 ccttgctacaagttcaagaactctacttccttcctggtcctcaaaccttcagggaaatacttcctcaagaactcaactttgaactttgcccaagtcacaa 22365000  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| | ||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| |||||  | |  || ||||||| |||||| |     
T  22364999 cttctccaccaatctcaagtcttcccttagaattagtccaccaatactcggcctcctcagcaagcatgtgagtaaccaacctgaccttctagtcatcact 22364900  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctg 469  Q
     || |||||||| ||||| |||| ||| || |||||||||||||||||    
T  22364899 tgtcaccatagcacggaatatcctctctatgccctgcacccaagtctg 22364852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 319
Target Start/End: Original strand, 14149746 - 14150040
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||  ||| ||||||||||||| ||||| |    
T  14149746 tcatcaaacatacgacactgatgcac-aaggtatcaaaatctcggatctcttgaacacacatatacagatagaaatccagcctaagcccactttcaaatt 14149844  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatccc 223  Q
    |||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| |||| ||||||||||||| || || |||||  ||||    
T  14149845 tcacacacttggacaccatcgcatcctcagcattgatgtacggacaaaacctcgacagctcctcaaacatcgccgcatactcagccacggacatactccc 14149944  T
Q  224 ttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcac 319  Q
    ||| ||||  ||||  ||||| ||||||||| | |||||||| || ||  | || ||||||||||| || ||   ||||||||| ||||| |||||    
T  14149945 ttgcttcaagttcaagaactccacctccttcctagtcctcaaatcctctagaaagtacttcctcaaaaactcggtcttgaacttagcccaagtcac 14150040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 24 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 19982534 - 19982365
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    ||||||||||||||| |||| || |||||||||| ||| ||||||||||| |||| ||  ||||||||||| || || ||||| |  | |||||||||||    
T  19982534 tcatcaaacatacgatacttgtgtaccaaagtataaaaatctcggatctcatgaaaacgtatgtactgataaatctcgggcctcaaacgactctcaaact 19982435  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaactt 193  Q
    || |||| || |||| ||||||||||||| |||| || || | ||||||||| || || |||||||||||    
T  19982434 tctcacattttgaaaccatagcatcctcaacattaatatacgaacaaaaccttgatagctccttaaactt 19982365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 398; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 398; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 21847570 - 21847117
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21847570 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcgaatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 21847471  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  21847470 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcaccgcatactcggctaccgacatgatc 21847371  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  21847370 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacaa 21847271  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||    
T  21847270 caccaccttccaactcaagtctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgccaatctgaccttctggtcatcacc 21847171  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
     |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21847170 agtaaccatagcttggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 21847117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 20649588 - 20649135
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20649588 catcattaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgtacatacatttactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 20649489  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |     
T  20649488 cttcacacacttcgaaaccatagcatcttcaacattgatgtagggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcggctacagacatgctt 20649389  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  20649388 ccttgttttaaattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaacacttcctcaagaattcaactttgaacttcgcccaggtcacaa 20649289  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||| |||||||||| || || |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  20649288 catcacctcccaactcaagtcttcctttggcattagtccacaagtgctctgcttcctcagcaagcatatgagtcgccagtctgaccttctggtcatctcc 20649189  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20649188 cgtcaccatagctcgaaaaacccgctccatgccctgcacccaagtctgtgctcc 20649135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 22 - 323
Target Start/End: Original strand, 16415634 - 16415934
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16415634 catcatcaaacat-caacagttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatcccctggacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 16415732  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  16415733 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttcctcaaacttcgccgcatattcggctacagacatgatc 16415832  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  16415833 cattgtttcagattcagaaactcaatctccttcttggtcctcaagtcttcggggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagccgaggtcacca 16415932  T
Q  322 ca 323  Q
    ||    
T  16415933 ca 16415934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 21193785 - 21193332
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  21193785 catcatcaaacttacgacacttatgcaccaaagtatcaaaatctcggatctcctgaacacacatatactgatagatatccggcctaagcccactttcaaa 21193686  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||||||| || ||| ||    
T  21193685 cttcacacacttcgaaaccatcgcatcttcagcaatgatgtacggacaaaacctcgaaagcttctcgaacttcgccgcatactcggctacagagatgctc 21193586  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||  ||||  ||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| ||||| |    
T  21193585 ccttacttcaagttcagaaacgctacctccttcctggtcctcaaatcttcagggaaatacttcctcaagaactcagctttgaacttcgcccaagtcacga 21193486  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || |||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||  | ||| |||||||||||||| |     
T  21193485 cttccccaacaatctcaagtcttcccttggcattggtccaccaatattcggcctcctcagcaagcatatgagtcgtcaatctgaccttctggtcatcact 21193386  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||| |||||||| |  || |||| |||||| |||||||||||||| || |||||    
T  21193385 cgtcaccatagcacaaaatatcctctccatgccctgcacccaagtttgagctcc 21193332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Original strand, 15000128 - 15000588
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaa--------gtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagccca 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15000128 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagccca 15000227  T
Q  114 ctctcaaacttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccg 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  15000228 ctctcaaacttcacacacttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttcctcaaacttcgccgtatactcggctaccg 15000327  T
Q  214 acatgatcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggccca 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15000328 acatgatcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccggg-aatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggccca 15000426  T
Q  314 ggtcaccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctgg 413  Q
    |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |    
T  15000427 ggtcaccacatcaccccccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctaacatatgagtcgctagtctgaccttctag 15000526  T
Q  414 tcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15000527 tcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 15000588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 15289948 - 15289495
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15289948 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcagatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccattctcaaa 15289849  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  15289848 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacggacatactc 15289749  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||  |||| |||||  ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | | ||| ||||| |    
T  15289748 ccttacttcaaattcaagaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaaccttgtccaagtcacaa 15289649  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| |||||||||| ||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  15289648 cctctccaccaatctcaagtcttcccttagcattggtccgccaatactcagcctcctcagcaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgatcatcact 15289549  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
     || |||||||| || || |||| |||||| || |||| ||| ||||| |||||    
T  15289548 agtcaccatagcacgaaagatcctctccatgccttgcaaccatgtctgagctcc 15289495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 22 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 12339664 - 12339400
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| || || | |||||| ||||||||||| ||||  |  || || ||||| |  |||||||||||    
T  12339664 catcatcaaacatacgaaacttaggcaccaaggtatcgaaatccctgatctcctgaacacacatatactagtgaatctctggcctcaaaccactctcaaa 12339565  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||| || ||||| ||  | || |||| | ||    
T  12339564 cttcacacatttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtaaggacaaaacctcgaaagtttctcgaacttagctgcatattccacaacagacaagttc 12339465  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcct 286  Q
     | || ||||||||||  ||||  || ||||||||||||||||| |  || || |||||||||||    
T  12339464 tcctgcttcagattcaagaacttcacttccttcttggtcctcaaattctctggaaaatacttcct 12339400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 106 - 388
Target Start/End: Original strand, 18272652 - 18272934
Alignment:
Q  106 taagcccactctcaaacttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactc 205  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| |  | ||| |||||||||||||| ||||| | |||||||||||| || |||| |||| |||||||||||||    
T  18272652 taagcccaccttcaaacttcacacacttgggcaccattgcatcctcagcattaatgtacgaacaaaacctcgatagctcctcaaacgtcgccgcatactc 18272751  T
Q  206 ggctaccgacatgatcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaac 305  Q
     ||||  |||||| ||||||| ||||  ||||  ||||| || | |||| | ||||| || ||||| || |||||||||||||| || ||| | ||||||    
T  18272752 agctatggacatgctcccttgcttcaagttcaagaactccactttcttcctagtccttaaatcttctggaaaatacttcctcaaaaactcagctttgaac 18272851  T
Q  306 ttggcccaggtcaccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcat 388  Q
    || ||||| ||||| ||  | ||  | | |||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||    
T  18272852 tttgcccaagtcacaacctctccaccaatctcaagtcttcccttagcattagtccaccaatactcggcctcctcagcaagcat 18272934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 197 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 28266152 - 28266083
Alignment:
Q  197 cgcatactcggctaccgacatgatcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaag 266  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28266152 cgcatactcggctacagacatgatcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaag 28266083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0225 (Bit Score: 374; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0225
Description:

Target: scaffold0225; HSP #1
Raw Score: 374; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Original strand, 26907 - 27360
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26907 catcaacaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 27006  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27007 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcaacattgatgtagggacaaaacctagaaagttcctcaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 27106  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  27107 ccttgtttcagattcagaaactcaatctccttcttggtcctcaagtctttcgggaaataattcctcaagaattcaaacttgaacttagcccaggtcacca 27206  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||| ||| |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  27207 catcacctcccatctcaagtcttcctttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctaatctgaccttctggtcatctcc 27306  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  27307 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccatcccctgcacccaagtctgtcctcc 27360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1140 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold1140
Description:

Target: scaffold1140; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Original strand, 101 - 555
Alignment:
Q  21 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  101 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactaatagatatccggcctaagcccactctcaa 200  T
Q  121 acttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgat 220  Q
    |||||| ||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  201 acttcaaacacttcgagatcataccatcctcaacattgatgtagggacaaaacctcgaaagttcctcgaacttcgccgcatactcggctacagacatgat 300  T
Q  221 cccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacc 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  301 cccttgtttcagattcagaaactcaatctccttcttggtcctcaagtcttacgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccacgtcacc 400  T
Q  321 acaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctc 420  Q
    |||  |||| ||||||||||||| || |||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  401 acataacctcccaactcaagccttcctttggcattagtccatcagtgctctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctgaccttctggtcatctc 500  T
Q  421 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  501 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccataccctgcacccaagtatgtgctcc 555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0266 (Bit Score: 340; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0266
Description:

Target: scaffold0266; HSP #1
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 6653 - 6200
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  6653 catcatcaaacatacgacacttatgcactaaagtatcaaagtctcggatctcttgaacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 6554  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagt---tccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||   ||||  |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  6553 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcaacattaatgtagggacagaacctcgaaagtaattcctcgaacttcgccgcatactcggccacagacatg 6454  T
Q  219 atcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtca 318  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  6453 attccttgcttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccaggtca 6354  T
Q  319 ccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatc 418  Q
    ||||| ||  | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6353 ccacatcatttcccaactcaagccttcccttggcattggtccactagtgctctgcttcctcagtcaacatatgagtcgctagtctgaccttctggtcatc 6254  T
Q  419 tcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgc 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6253 tcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgc 6200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 15943624 - 15943174
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15943624 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 15943525  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||| |||     
T  15943524 cttcacgcacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttcctcgaacttcgccgcatactcggccactgacaagatt 15943425  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| || |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15943424 ccttgctttagattcagaaactcaatctcattcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttccttaagaattcaaccttgaacttagcccaggtcacca 15943325  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||  | |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  15943324 catcaccttccaactcaagccttcccttggcattggtccaccagtgctccgcttcctcagtcaacatatgagtcgccagtctaaccttttggtcatctcc 15943225  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgc 472  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||    
T  15943224 tgtaaccatagctcggaaaatctgctccatcccttgcacccaagtctgtgc 15943174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 6149883 - 6149429
Alignment:
Q  21 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaa 120  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  6149883 acatcatcaaacatacaacactaatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatattcggcctaagcccactctcaa 6149784  T
Q  121 acttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgat 220  Q
    |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||| |    
T  6149783 acttcacatacttcaaaaccatagcatcctcagcattgatgtaggggcaaaacctcgaaagttcctcaaacttcgccgcatactcggccacagacatgct 6149684  T
Q  221 cccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacc 320  Q
     ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  6149683 tccttgtttcagattcagaaactcaatctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcaaccttaaacttcgcccaggtcacc 6149584  T
Q  321 acaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctc 420  Q
    ||| ||||| ||| |||||| || || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||| |||    
T  6149583 acatcacctcccatctcaagtcttcctttggcattagtccaccagtgctctgcttcctcagcaagcatatgagtcgctagcctgaccttctggtcacctc 6149484  T
Q  421 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    | || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  6149483 ctgtcaccatagctcggaaaatccgctccataccctgcacccaagtttgtgctcc 6149429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 13964384 - 13963931
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13964384 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 13964285  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  13964284 cttcacacacttggaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacggacatactc 13964185  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| | |||||| | | ||| ||||| |    
T  13964184 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagctttgaaccttgtccaagtcacaa 13964085  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | || || | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| | ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  13964084 cctctccatcaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcaacaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgatcatcact 13963985  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
     || |||||||| || || ||||  ||||| || |||| ||| ||||| |||||    
T  13963984 agtcaccatagcacgaaagatcctttccatgccttgcaaccatgtctgagctcc 13963931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 451
Target Start/End: Original strand, 30150468 - 30150897
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30150468 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactttcaaa 30150567  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  30150568 cttcacacacttggaaaccatagcatcctccgcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacagacatactc 30150667  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | | ||| ||||| |    
T  30150668 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaaccttgtccaagtcacaa 30150767  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  30150768 cctctccaccaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcagcaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgatcatcact 30150867  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccat 451  Q
     || |||||||| || || |||| ||||||    
T  30150868 agtcaccatagcacgaaagatcctctccat 30150897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 8271428 - 8270975
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  8271428 catcatcaaacatacgacacttattcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactttcaaa 8271329  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  8271328 cttcacacactttgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacggacatactc 8271229  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | | ||| ||||| |    
T  8271228 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaaccttgtccaagtcacaa 8271129  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| |||||  |||| || |  |||||||| || ||||| |     
T  8271128 cctctccaccaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcagcaagcatgcgagtagccaacctcaccttttgatcatcact 8271029  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
     || |||||||| || || |||| |||||| || |||| ||| ||||| |||||    
T  8271028 agtcaccatagcacgaaagatcctctccatgccttgcaaccatgtctgagctcc 8270975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 22 - 467
Target Start/End: Original strand, 17201747 - 17202192
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  17201747 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaaatctaggatctcctaaacacacatatactgatagatatccggcctaagcccactttcaaa 17201846  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||| | ||||  |||||| ||    
T  17201847 cttcacacacttggaaaccatcgcatcctcagcattgatgtacggacaaaacctcaaaagctcctcaaacttcgccacatacacagctatggacatgctc 17201946  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| ||||  ||||| ||||| || |||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||| ||||| |    
T  17201947 ccttgcttcaagttcaggaactccacttccttcctggtcctcaaatcttcaggaaaatacttcctcaagaactcagctttgaactttgcccaagtcacaa 17202046  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| ||||| |||||| | ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  17202047 cttctccaccaatctcaagtcttcccttagcattagtccactaatactcggcctcctcagcaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgttcatcact 17202146  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtc 467  Q
    ||| |||||||| || || |||| |||||| |||||||||||||||    
T  17202147 cgtcaccatagcacgaaatatcctctccatgccctgcacccaagtc 17202192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 119 - 475
Target Start/End: Original strand, 25768423 - 25768779
Alignment:
Q  119 aaacttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatg 218  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||| ||||||  | ||||||   ||||| || |||    
T  25768423 aaacttcacacactttgaaaccatagcatcttcagcattgatgtacggacaaaaccttgaaagctcctcaaacttttctgcatacgtagctacagatatg 25768522  T
Q  219 atcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtca 318  Q
     | ||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| ||||||||||    
T  25768523 cttccttgtttcaagttcagaaactcaacctccttcctggtcctcaaatcttcagggaaatacttcctcaagaactcagctttgaacttcgcccaggtca 25768622  T
Q  319 ccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatc 418  Q
    | ||  | ||| |||||||||| || || |||||||| |||||||| |  || || |||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  25768623 caacttctcctcccaactcaagtcttcctttggcattagtccaccaatgttcggcctcctcagcaagcatatgagtcgccaatctgaccttttggtcatc 25768722  T
Q  419 tcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
     | ||| |||||||| ||||| |||| ||| || |||||||||||||| || |||||    
T  25768723 actcgtcaccatagcacggaatatcctctctatgccctgcacccaagtatgagctcc 25768779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 22 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 22149775 - 22149379
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||  ||  ||| |||||||||||||||    
T  22149775 catcatcaaacatatgacacttgtgcaccaaagtgtcaaaatcacggatctcttgcacacacatgtactgatagacatctagccaaagcccactctcaaa 22149676  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| || | ||| |||| |||  ||||||||||  |||||||||| | ||  || | ||||||||||||||||||||| || |||||  |     
T  22149675 cttcacacacttggacaccattgcattctcgacattgatgtacagacaaaaccttgcaaactcttcaaacttcgccgcatactcggccacagacatactt 22149576  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| ||||  || |  || || ||| ||||| | |||||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||| | ||||| |||||||    
T  22149575 ccttgcttcaagtttaagaattctaccaccttccttgtcctcaaatcttccgaaaaatacttcctcaagaactcggccttgaaccttgcccaagtcacca 22149476  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatc 418  Q
    |  | || |||| |||||| || || |||||||| |||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||| || |  || ||||||||||||||    
T  22149475 cctccccctccatctcaagtcttcctttggcattagtccactaatactctgcctcctcagcaagcatatgagtagccaacctaaccttctggtcatc 22149379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 25 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 17321620 - 17321176
Alignment:
Q  25 catcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaactt 124  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  17321620 catcaaacatacgacacttatgcaccaaggtatcaaactctcgaatctcctgaacacacatatactgatagatatccggcctaagtccactttcaaattt 17321521  T
Q  125 cacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatccct 224  Q
    ||||||||| || | ||| ||||||||| |||| ||||| |   ||||||||||||| || | |||||| || |||||||| || || |||||| |||||    
T  17321520 cacacacttggacaccatcgcatcctcaacattaatgtacgagaaaaacctcgaaagctcttcaaactttgctgcatactcagccacggacatgctccct 17321421  T
Q  225 tgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccacac 324  Q
    |  | ||  ||||  ||||| || |||||  | || ||||| || || || || ||||||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||| ||      
T  17321420 tactgcaagttcaagaactccacttcctttctagttctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcaaccttgaaccttgcccaagtcacaacct 17321321  T
Q  325 caccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccgt 424  Q
    | ||  | | ||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||| ||| ||||| ||  | || |  || |||||||| ||||| |  ||    
T  17321320 ctccacctatctcgagtctccccttagcattcgtccaccaatactcagcctccttagcaagcatgtggttagccaacctgaccttctgatcatcactagt 17321221  T
Q  425 aaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctg 469  Q
     |||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||| |||||    
T  17321220 caccatagcacggaagatcctctccatgccttgcacccatgtctg 17321176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 415 - 475
Target Start/End: Original strand, 5224953 - 5225013
Alignment:
Q  415 catctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
T  5224953 catctcccgtaaccatagcttggaaaatccgctccatcccctgcacccaagtctatgctcc 5225013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 111 - 175
Target Start/End: Original strand, 22259971 - 22260035
Alignment:
Q  111 ccactctcaaacttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacct 175  Q
    |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||    
T  22259971 ccactctcaaacttaacacacttggacaccatagcatcttcaacattgatataaggacaaaacct 22260035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 111 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 22268528 - 22268464
Alignment:
Q  111 ccactctcaaacttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacct 175  Q
    |||||||||||||| |||||||| || | ||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||    
T  22268528 ccactctcaaacttaacacacttggacaccatagcatcttcaacattgatataaggacaaaacct 22268464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 472
Target Start/End: Original strand, 20928551 - 20929001
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20928551 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 20928650  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  20928651 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctgagcattgatgtagggacaaaaccttgaaagttcctcgaacttcgccgcatactcggctacagacatgatt 20928750  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20928751 cctttcttcagattcagaaactcaatctccttcttggtcctcaagtcttcggggaaatacttccttaagaattcaaccttgaacttagcccaggtcacca 20928850  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || || || ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  | | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  20928851 catcatctcccatctcaagccttcccttggcattggtccaccaatgctctgcttcctcagtcaacttatgagtcgccagtctgaccttctggtcatctcc 20928950  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgc 472  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  20928951 cgtaaccatagctcggaaaatccgttccattccctacacccaagtctgtgc 20929001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 310; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 22 - 471
Target Start/End: Original strand, 20528550 - 20528999
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20528550 catcatcaaacatacgatacttattcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacatatgtactggtagatctccggcctaagcccactctcaaa 20528649  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||     
T  20528650 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcaacattgatgtagggaaaaaacctcgaaagttcctcgaacttcgccgcatactcggctatagacatgatt 20528749  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20528750 ccttacttcagattcagaaactcaatgtccttcttggtcctcaagtcttcggggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccaggtcacca 20528849  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || || || ||| ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  20528850 catcatctcccatctcaagccttcctttggcattagtccaccagtgctctgcttcctcagtcaacatatgagtcgctagtctaaccttctggtcatcttc 20528949  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtg 471  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  20528950 cgtaaccatagcttggaaaatccgctccatcctctgcacccaagtctgtg 20528999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 20828254 - 20827825
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20828254 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactttcaaa 20828155  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  20828154 cttcacacacttggaaaccatagcatcctccgcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacagacatactc 20828055  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | | ||| ||||| |    
T  20828054 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaaccttgtccaagtcacaa 20827955  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  20827954 cctctccaccaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcagcaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgatcatcact 20827855  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccat 451  Q
     || |||||||| || || |||| ||||||    
T  20827854 agtcaccatagcacgaaagatcctctccat 20827825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 6e-72
Query Start/End: Original strand, 22 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 22129301 - 22129004
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  22129301 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctaggatctcctaaacacacatatactgatagatatccggcctaagcccactttcaaa 22129202  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
     |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||  | || |||||| ||    
T  22129201 tttcacacacttcgaaaccatcgcatcctcagcattgatgtacgaacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcaaccacggacatgctc 22129102  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcac 319  Q
    ||||| ||||  ||||  ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| | |||||||| ||||| |||||    
T  22129101 ccttgcttcaagttcaagaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagctttgaacttagcccaagtcac 22129004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 41214721 - 41214270
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||||| || ||||    
T  41214721 tcatcaaacatgcgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatatactgatagatatccagcctgagcccactttcgaact 41214622  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatccc 223  Q
    ||||||||||||||| |||  |||| |||||||| || || |||||||||||| |||| || | |||| |||| |||||||| || || |||||| ||||    
T  41214621 tcacacacttcgaaaccatcccatcttcagcattaatatacggacaaaacctcaaaagctcttcaaacatcgcagcatactcagccacagacatgctccc 41214522  T
Q  224 ttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccaca 323  Q
    ||| ||||  ||||  ||||| || |||||  | |||||||| || || || ||  |||||||||| || |||  ||||||| | ||||| ||||| ||     
T  41214521 ttgcttcaagttcaagaactccacttcctttctagtcctcaaatcctcaggaaaggacttcctcaaaaactcagtcttgaaccttgcccaagtcacaacc 41214422  T
Q  324 ccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccg 423  Q
     | ||  | | ||| || || ||||| ||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||||| || || || |  || |||||||| ||||| |  |    
T  41214421 tctccaccgatctcgagtctccccttagcattcgtctaccaatactcagcctcctcagcaagcatgtgggtagccaacctgaccttctgatcatcactag 41214322  T
Q  424 taaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    | |||||||| ||||| |||| ||||||||| |||||| | ||||| |||||    
T  41214321 tcaccatagcacggaagatcctctccattccttgcacctatgtctgagctcc 41214270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 22 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 23312681 - 23312571
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  23312681 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaaatctcggatctcatgaacacacatatactgatagatatccggcctaagcccactttcaaa 23312582  T
Q  122 cttcacacact 132  Q
    |||||||||||    
T  23312581 cttcacacact 23312571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 37 - 174
Target Start/End: Original strand, 20172643 - 20172780
Alignment:
Q  37 gacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaacttcacacacttcga 136  Q
    ||||||| |||| |||||||||||| |||| |||||| ||||  || ||||||||||  || || || || || |||||||||| |||||||||||| ||    
T  20172643 gacacttgtgcatcaaagtatcaaaatctcagatctcatgaaagcagatgtactgatgaatctcgggactcagaccactctcaaccttcacacacttaga 20172742  T
Q  137 aatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacc 174  Q
     | |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||    
T  20172743 caccatagcatcctcaatattgatgaagggacaaaacc 20172780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 21200433 - 21200280
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| || | |||||| |||| ||| |||||| |||| || || || || |   |  |||||||    
T  21200433 catcatcaaacatgcggcacttgtgcaccaatgtatcaaaatccctgatctcatgaaaacagatgtacggataaatctcgggtctcaaatcgttctcaaa 21200334  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacct 175  Q
    |||||| || || || | ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  21200333 cttcacgcattttgataccatagtatcctccgcattgatgtagggacaaaacct 21200280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0022 (Bit Score: 329; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0022
Description:

Target: scaffold0022; HSP #1
Raw Score: 329; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 47 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 8204 - 7776
Alignment:
Q  47 caccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaacttcacacacttcgaaatcatagca 146  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8204 caccaaaatatcaaagtctgggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcgcactctcaaacttcacacacttcgaaatcatagca 8105  T
Q  147 tcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatcccttgtttcagattcagaaactcaa 246  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  8104 tcctcagcattgatgtagggacaaaacctcaaaagttcctcgaacttcgccacatactcggctaccgacatgatcccttgtttcagattcagaaacttca 8005  T
Q  247 cctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccacaccaccttccaactcaagcctgcc 346  Q
     ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||    
T  8004 tctccttcttggccctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacatagcccaggtcacctcatcacctcccaactcaagcctgcc 7905  T
Q  347 cttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgc 446  Q
     ||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7904 tttggcattggtccactagtgctatgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtttgaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgc 7805  T
Q  447 tccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  7804 tccatcccctacacccaagtctgtgctcc 7776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 328; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 472
Target Start/End: Original strand, 22281217 - 22281668
Alignment:
Q  21 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  22281217 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtataaaagtctcggatctcctgaacaaacatgtactgataaatatccggcctaagcccactctcaa 22281316  T
Q  121 acttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||| |||| ||||||||    
T  22281317 acttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacttcgaaagttcctcgaacttcgctgcatactcgactacagacatgat 22281416  T
Q  221 cccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacc 320  Q
     ||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  22281417 tccttacttcagattcaaaaactcaatctccttcttggtcctcaagtctttcgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccaggttacc 22281516  T
Q  321 acaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctc 420  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  22281517 acatcacctcccatctcaagccttcctttggcattggtccaccagtgctctgcttcctcagtcaacatatgagtcgccagtctgaccttctggtcatctc 22281616  T
Q  421 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgc 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22281617 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccatcccctgcacccaagtctgtgc 22281668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 475
Target Start/End: Original strand, 25131574 - 25132026
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |    
T  25131574 tcatcaaacatacgacacttttgcaccaaggtatcaaaatctcgaatctcctgaacacacatatactgataaatatccggcctaagtccactttcaaatt 25131673  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaac-ttcgccgcatactcggctaccgacatgatcc 222  Q
    |||||||||  || | ||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||| || | ||||||||| || || |||||  |||    
T  25131674 tcacacactgtgacaccatcgcatcctcaacattaatgtacggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttttgtcgcatactcagccacggacatactcc 25131773  T
Q  223 cttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccac 322  Q
    |||| ||||  || |  ||||| || |||||  | |||||||| || ||  | || |||||||| || || |||  ||||||| | ||||| ||||| ||    
T  25131774 cttgcttcaagtttaagaactctacttcctttctagtcctcaaatcctcttgaaagtacttcctaaaaaactcagtcttgaaccttgcccaagtcacaac 25131873  T
Q  323 accaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctccc 422  Q
      | ||  | | ||| || || ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| || || ||||  || |||||||| ||||| |      
T  25131874 ctctccgccgatctcgagtctccccttagcatttgtccaccaatactcggcctcctcagcaagcatgtgggtagctaacctgaccttctgatcatcacta 25131973  T
Q  423 gtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    || |||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  25131974 gtcaccatagcacggaagatcctctccatgccttgcacccatgtctgagctcc 25132026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0467 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0467
Description:

Target: scaffold0467; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 13124 - 12671
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  13124 catcatcaaacatacgacacttatgaaccaaagtatcaaaatctcggatctcctaaacacacatgtactgattgatatccggcctaagcccactctcaaa 13025  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |     
T  13024 cttcacacatttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcggctacagacatgttt 12925  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  12924 ccttgtttcagattcagaaactcaatttccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccagttcacca 12825  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||| ||| |||||| || || |||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  12824 catcacctcccatctcaagtcttcctttggcattagcccaccagtgctctgcttcctcagctagcatatgagtcgccagtctgaccttctggtcatctcc 12725  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  12724 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccatcccctagacccaagtctgtgctcc 12671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0467; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 22 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 414 - 1
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  414 catcatcaaacatacgacacttatgaaccaaagtatcaaaatctcggatctcctaaacacacatgtactgattgatatccggcctaagcccactctcaaa 315  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |     
T  314 cttcacacatttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcggctacagacatgttt 215  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  214 ccttgtttcagattcagaaactcaatttccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccagttcacca 115  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||| ||| |||||| || || |||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  114 catcacctcccatctcaagtcttcctttggcattagcccaccagtgctctgcttcctcagctagcatatgagtcgccagtctgaccttctggtcatctcc 15  T
Q  422 cgtaaccatagctc 435  Q
    ||||||||||||||    
T  14 cgtaaccatagctc 1  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0218 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0218
Description:

Target: scaffold0218; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 744 - 315
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  744 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 645  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  644 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctccgcattgatgtagagacaaaacctcgaaagttcctcgaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatt 545  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  544 ccttgcttcagatttagaaactcaatctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacgtagcccaggtcacca 445  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||| ||||||||||||| || ||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || ||| | ||||||| |||||||||    
T  444 catcacctcccaactcaagccttcctttggcgtttgtccaccagtgctctgcttcttcagctagcatatgagttgcaagtttgaccttctagtcatctcc 345  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccat 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  344 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccat 315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 326; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Original strand, 23509071 - 23509524
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23509071 catcatcaaacatacgacacttatgcatcaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 23509170  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||  |||||| || ||| || |||||| ||||||||     
T  23509171 cttcgcacacttcgaaatcatagcatccttagcattgatgtatggacaaaacctcaaaagttcctcgaacttcaccacatgcttggctacagacatgatt 23509270  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  23509271 ccttgcttcagattcagaaactcaatcgccttcttggtcctcaagtcttcggggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccaggtcacca 23509370  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||| |||||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  23509371 catcacctcccaacttaagccttcctttggcattggtccaccagtgctctgcttcctcagtcaacatatgagtcgccagtctgaccttctggtcatctcc 23509470  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  23509471 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccatcccctgcacccaagtctgtgctcc 23509524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Original strand, 24584596 - 24585049
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||    
T  24584596 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaactctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatatccgacctaagcccactctccaa 24584695  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  24584696 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctcaacattgatgtagggacaaaaccttgcaagctccttaaacttcgccgcatactcggccacggacatactc 24584795  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || |||   |||||| | | ||| ||||| |    
T  24584796 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagttttgaacattgtccaagtcacaa 24584895  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | || || | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  24584896 cctctccatcaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcagcaagcatctgagtagccaacctcaccttctgatcatcact 24584995  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
     || |||||||| || || |||| |||||| || |||| ||| ||||| |||||    
T  24584996 agtcaccatagcacgaaagatcctctccatgccttgcaaccatgtctgagctcc 24585049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Original strand, 21828202 - 21828655
Alignment:
Q  21 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |    
T  21828202 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaag-atcgaaatctctaatctcctgaacacacatatactgatagatatccggcctaagcccactttcga 21828300  T
Q  121 acttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgat 220  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||| || || |||||  |    
T  21828301 acttcacacacttcgaaaccatcgcatcttcagcattaatgtacgtacaaaacctcgaaagctcctcaaactttgctgcatactcagcgacagacatact 21828400  T
Q  221 cccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacc 320  Q
    |||||  ||||  ||||  ||||| || |||||  | |||||||| || || || || || ||| |||| || ||   ||||||| | ||||| |||||     
T  21828401 cccttacttcaagttcaagaactccacttcctttctagtcctcaaatcctcaggaaagtatttcatcaaaaactcggtcttgaacctagcccaagtcaca 21828500  T
Q  321 acaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctc 420  Q
    ||  | ||  | | |||||| || ||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || || || |  || |||||||| ||||| |    
T  21828501 acctctccaccgacctcaagtctccccttagcattagtccaccaaaactcagcttcctcagcaagcatgtgggtagccaacctgaccttctgatcatcac 21828600  T
Q  421 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
      || |||||||| ||||| |||| |||||| || |||| ||| ||||| |||||    
T  21828601 tagtcaccatagcacggaagatcctctccatgccttgcagccatgtctgagctcc 21828655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 147 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 33314082 - 33314011
Alignment:
Q  147 tcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatg 218  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  33314082 tcctctgcattaatgtacggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcagctactgacatg 33314011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 22 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 131282 - 130829
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  131282 catcatcaaacatacgacacttatgcactaaagtatcaaagtctcggatctcttgaacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 131183  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagt---tccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatg 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||   ||||  |||||||||||||||||||| || ||||||    
T  131182 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcaacattaatgtagggacagaacctcgaaagtaattcctcgaacttcgccgcatactcggccacagacatg 131083  T
Q  219 atcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtca 318  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  131082 attccttgcttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccaggtca 130983  T
Q  319 ccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatc 418  Q
    ||||| || || |||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  130982 ccacatcatctcccaattcaagccttcccttggcattggtccactagtgctctgcttcctcagtcaacatatgagtcgccagtctaaccttttggtcatc 130883  T
Q  419 tcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgc 472  Q
    | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  130882 ttccgtaacaatagctcagaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgc 130829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Original strand, 27287 - 27740
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  27287 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtataaaagtctaggatctactgaacacacatgtattgatagatatccggcctaagtccactctcaaa 27386  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |     
T  27387 cttcacacacttcgaaaccacagcatcctcagcattgatatagggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcggctacagacatgctt 27486  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||| |||    
T  27487 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaatttgactttgaacttagcccaggtcccca 27586  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||| ||| |||||| || || |||||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||     
T  27587 catcacctcccatctcaagtcttcctttggcattagtccaccagtgctttgcttcctcagcaagcatataagtcgctagtctgaccttctggtcatctct 27686  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  27687 cgtgaccgtagctcggaaaatccgctccatcccctgcacccaagtttgtgctcc 27740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0120 (Bit Score: 303; Significance: 1e-170; HSPs: 1)
Name: scaffold0120
Description:

Target: scaffold0120; HSP #1
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Original strand, 25689 - 26142
Alignment:
Q  21 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25689 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctcaacacacatatactgatagatatccggcctaagcccactctcaa 25788  T
Q  121 acttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgat 220  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  25789 acttcacacacttcgaaaccatagcatcttcagcattgatgtaaggacaaaacctcgaaagcttcttaaacttcgccgcatactcggctacaaacatgct 25888  T
Q  221 cccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacc 320  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  25889 tccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttagttctcaagtcttcagggaaatacttcc-caagaattcaactttgaacttagcccaagtcacc 25987  T
Q  321 acaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctc 420  Q
    |||  |||| ||| |||||| || || |||||||| |||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  25988 acattacctcccatctcaagtcttcctttggcattagtccaccagtgctctgcttcctcaacaagcatatgagtcgctagtctgaccttctggtcatctc 26087  T
Q  421 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    | || ||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||    
T  26088 ctgtcaccatagctcggaaaatccaccccataccctgcacccaagtctgtgctcc 26142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0462 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: scaffold0462
Description:

Target: scaffold0462; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 23 - 475
Target Start/End: Original strand, 3215 - 3675
Alignment:
Q  23 atcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaa--------agtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccac 114  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||| || | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3215 atcaacaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcaaagtctcggatctcttggatacacatatactgatagatatccggcctaagcccac 3314  T
Q  115 tctcaaacttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccga 214  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  3315 tctcaaacttcacacacttcgaaaccatatcatcttcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcggctacaga 3414  T
Q  215 catgatcccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccag 314  Q
    |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| | | |||||||| ||||||    
T  3415 catgcttccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaataattaagctttgaacttagcccag 3514  T
Q  315 gtcaccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggt 414  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||| || || |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  3515 gtcaccacatcacctcccatctcaagtcttcctttggcattagtccactagttctctgcttcctcagcaagcatatgagtcgctagtctgaccttctggt 3614  T
Q  415 catctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  3615 catctcccgtcaccatagctcggaaaatccgctccataccctgcacccaagtttgtgctcc 3675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0673 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 1)
Name: scaffold0673
Description:

Target: scaffold0673; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 5163 - 4711
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  5163 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctggacacacatgtactgatagatatccggtctaagcccactctcaaa 5064  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||||    
T  5063 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtaggggcaaaacctcgaaggttcctcaaacttcgccgcatactcggcgaaagacatgatc 4964  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4963 ccttgtttcagattcagaaactcaatctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctctagaattcaaccttgaacttagcccaggtcacca 4864  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    || ||||| ||| ||||| ||| || ||| |||| ||| || ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  4863 catcacctcccatctcaa-ccttcctttgacattagtcaactagtgctctgcttcctcagcaagcatttgagtcgccagtctgaccttctggtcatctcc 4765  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
     || |||| ||||| ||||||| | ||||| ||||||||||||||  |||||||    
T  4764 tgtgaccacagctcagaaaatctgttccatgccctgcacccaagttcgtgctcc 4711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0610 (Bit Score: 290; Significance: 1e-162; HSPs: 1)
Name: scaffold0610
Description:

Target: scaffold0610; HSP #1
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 3719 - 3266
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  3719 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctggacacacatgtactgatagatatctggcctaagcccactatcaaa 3620  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  |||||| |     
T  3619 cttcacacacttcgaaaccataacatcttcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcggctatagacatgctt 3520  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||| |    
T  3519 ccttgtttcagattcaaaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcagctttgaacttttcccaggtcacaa 3420  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  ||||| |||  ||||| || ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||  |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  3419 cttcacctcccatatcaagtcttcccttggcattagtccaccagtgctccgcttcctcagtaagcatatgagtcgccaatctaaccttctggtcatctcc 3320  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||| ||||||||  |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3319 cgtcaccatagcatggaatatccgctccatgccctgcacccaagtctgtgctcc 3266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0615 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 1)
Name: scaffold0615
Description:

Target: scaffold0615; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 21 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 9175 - 8732
Alignment:
Q  21 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||        |||||| | |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  9175 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtctca--------gatctccttaacacacatgtattgatagatatccggcctaagtccactctcaa 9084  T
Q  121 acttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgat 220  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  9083 acttcacacacttcgaaaccatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctagacagctcctcaaacttcgccgcatactcggctacagacatgct 8984  T
Q  221 cccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacc 320  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8983 tccttgtttcagattcagaaactcaacctccttattggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccaggtcacc 8884  T
Q  321 acaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctc 420  Q
    ||| ||||| |||||||| | || || |||||  | |||||||||| |||||| |||||||  | ||||||||||||||| || |||||||||||||||     
T  8883 acatcacctcccaactcatgtcttcctttggcgctagtccaccagtgctctgcctcctcagtcaacatatgagtcgctagcctgaccttctggtcatctt 8784  T
Q  421 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgc 472  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  8783 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccataccctgcatccaagtctgtgc 8732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 22 - 475
Target Start/End: Original strand, 97038 - 97489
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  97038 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacatat--actgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 97135  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| |||||| |     
T  97136 cttcacacacttcgaaaccataacatcttcaacattgatgtacggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcgcctcatactcggctacagacatgctt 97235  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||| | ||||||||| |    
T  97236 ccttgtttcagattcaaaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatatttcctcaagaattcagctttgaactttgtccaggtcacaa 97335  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  |  |  | |||||||| || |  |||||||| |||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  97336 cttcttcaccaaactcaagtcttcttttggcattagtccaccactgctcagcttcctcagcaagcatatgagtcgccaatctgaccttctggtcatctcc 97435  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||| |||||||| ||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||| |||||    
T  97436 cgtcaccatagcacggaatatccgctccatgctctgtacccaagtctgggctcc 97489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0465 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 2)
Name: scaffold0465
Description:

Target: scaffold0465; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 22 - 316
Target Start/End: Complemental strand, 12418 - 12124
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  12418 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatatctggcctaagcccactctcaaa 12319  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||     
T  12318 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttgctcgaacttcgccgcatactcggctacagacatgatt 12219  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggt 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  12218 ccttgtttcagattcagaaactcaatctccttcttggtcctcaagtcttcggggaaatacttcctcaataattcaaccttgaacttagcccaggt 12124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0465; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 353 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 12121 - 11999
Alignment:
Q  353 attggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccatt 452  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  12121 attggtccaccagtgctctgcttcctcagtcaacatatgagtcgccagtctgaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccatc 12022  T
Q  453 ccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  12021 ccctgcacccaagtccgtgctcc 11999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 4)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 22 - 329
Target Start/End: Original strand, 91013 - 91320
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||| | || ||||||||||||||||||    
T  91013 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtttcaaagtctctgatctcctgaacacacatttattgatagattttcgtcctaagcccactctcaaa 91112  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  91113 cttcacatacttcgaaatcttagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcggctacagacatgatc 91212  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  91213 ccatgtttcagattcagaaactcaatctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccaggtcacca 91312  T
Q  322 caccacct 329  Q
    || |||||    
T  91313 catcacct 91320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021; HSP #2
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Original strand, 8667 - 9121
Alignment:
Q  21 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaa 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||||||  |||||||| || | ||||||||||||||| ||||    
T  8667 acatcatcaaacatacgacacttatgtaccaaagtatcaaagtctcggatctcctggacacacaaatactgataaatattcggcctaagcccactttcaa 8766  T
Q  121 acttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgat 220  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |    
T  8767 actttacacacttcgaaaccatagcatctttagcattgatgtacggataaaacctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcggctacagacatgct 8866  T
Q  221 cccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacc 320  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||||||     
T  8867 tccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttcagggaaatacttcatcaagaattcagctttgaacttcgcccaggtcaca 8966  T
Q  321 acaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctc 420  Q
    ||   |||| ||| |||||  || || |||||||| |||||  ||| ||| ||||||||| | |||||| ||||||| ||| | |||||||| ||| |||    
T  8967 actttacctcccatctcaattcttcctttggcattagtccaatagtgctcagcttcctcaacaagcatacgagtcgccagtttgaccttctgatcacctc 9066  T
Q  421 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    |||| |||||||| | ||| ||||||||| | ||||||||||| || ||||||||    
T  9067 ccgtcaccatagcaccgaatatccgctccgtgccctgcacccacgtttgtgctcc 9121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 24 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 20667 - 20303
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  20667 tcatcaaacatatgacacctatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatatactggtagatatccggcctaagcccactttcaaact 20568  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatccc 223  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||| || || |||||  ||||    
T  20567 tcacacacttggaaaccatcgcatccttagcattaatgtacggacaaaacctcacaagctcctcaaacttcgccgcatactcagccacggacatactccc 20468  T
Q  224 ttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccaca 323  Q
    ||| ||||  ||||  ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | ||||| | ||||||     
T  20467 ttgcttcaagttcaagaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaacctagcccaaggcaccac- 20369  T
Q  324 ccaccttccaa-ctcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcat 388  Q
    | | |  |||| |||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||    
T  20368 ctatccaccaatctcaagtcttcccttagcattagtccaccaatactcggcctcctcagcaagcat 20303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 24 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 30243 - 29879
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  30243 tcatcaaacatatgacacctatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatatactggtagatatccggcctaagcccactttcaaact 30144  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatccc 223  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||||||| || || |||||  ||||    
T  30143 tcacacacttggaaaccatcgcatccttagcattaatgtacggacaaaacctcacaagctcctcaaacttcgccgcatactcagccacggacatactccc 30044  T
Q  224 ttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccaca 323  Q
    ||| ||||  ||||  ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | ||||| | ||||||     
T  30043 ttgcttcaagttcaagaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaacctagcccaaggcaccac- 29945  T
Q  324 ccaccttccaa-ctcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcat 388  Q
    | | |  |||| |||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||    
T  29944 ctatccaccaatctcaagtcttcccttagcattagtccaccaatactcggcctcctcagcaagcat 29879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 186; Significance: 1e-100; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 27104573 - 27104144
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27104573 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactttcaaa 27104474  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  27104473 cttcacacacttggaaaccatagcatcctccgcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacagacatactc 27104374  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | | ||| ||||| |    
T  27104373 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaaccttgtccaagtcacaa 27104274  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  27104273 cctctccaccaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcagcaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgatcatcact 27104174  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccat 451  Q
     || |||||||| || || |||| ||||||    
T  27104173 agtcaccatagcacgaaagatcctctccat 27104144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 22 - 418
Target Start/End: Original strand, 27173752 - 27174148
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27173752 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactttcaaa 27173851  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  27173852 cttcacacacttggaaaccatagcatcctccgcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacagacatactc 27173951  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | | ||| ||||| |    
T  27173952 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaaccttgtccaagtcacaa 27174051  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatc 418  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| |||||    
T  27174052 cctctccaccaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcagcaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgatcatc 27174148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 22 - 451
Target Start/End: Original strand, 7827371 - 7827800
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7827371 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactttcaaa 7827470  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  7827471 cttcacacacttggaaaccatagcatcctccgcattgatgtaggggcaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacagacatactc 7827570  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | |||||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| | | ||| ||||| |    
T  7827571 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaaccttgtccaagtcacaa 7827670  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcc 421  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| || |  ||||||||||| ||||| |     
T  7827671 cctctccaccaatctcaagtcttcccttagcattggtccaccaatactcagcctcctcagcaagcatgtgagtagccaacctcaccttctgatcatcact 7827770  T
Q  422 cgtaaccatagctcggaaaatccgctccat 451  Q
     || |||||||| || || |||| ||||||    
T  7827771 agtcaccatagcacgaaagatcctctccat 7827800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 231
Target Start/End: Original strand, 4443392 - 4443603
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||    
T  4443392 gacatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctccttaacacacatatactgatagatatccggcctatgtccactttca 4443491  T
Q  120 aacttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatga 219  Q
    || ||||||||||| || | ||| ||||||||| |||| ||||| | | ||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||| || || ||||||     
T  4443492 aatttcacacacttggacaccattgcatcctcaacattaatgtacgcataaaacctcgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcagccacagacatgc 4443591  T
Q  220 tcccttgtttca 231  Q
    ||||||| ||||    
T  4443592 tcccttgcttca 4443603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 24 - 289
Target Start/End: Original strand, 13459484 - 13459749
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||  || || | ||||||||  ||||||||||| ||| || |||||||||  |||||||    
T  13459484 tcatcgaatatacgacacttgtgcaccaaagtatcgaagtctctaatatcctaaacacacacatactgatagatatccagcttaagcccacgttcaaact 13459583  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatccc 223  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| ||  |||| ||||||||| ||||||||| |||||||| |||||| || |||||||  |  || |||| | ||||    
T  13459584 tcacacacttcgaaaccattgcatcttcgacattaatgtagggataaaacctcggaagttcctcaaactttgcagcatacttagtgacagacaagctccc 13459683  T
Q  224 ttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaa 289  Q
    ||| ||||  ||||  || || || |||||| || ||||||| || || || ||||||||||||||    
T  13459684 ttgcttcaagttcaagaattccacttccttcctgctcctcaaatcctctggaaaatacttcctcaa 13459749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 374 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 16575220 - 16575119
Alignment:
Q  374 ttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgct 473  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  16575220 ttcctcagcaagcatatgagttgccagtctgaccttctggtcatctcccatcaccatggcatggaatatccgctccatgccctgcacctaagtctgtgct 16575121  T
Q  474 cc 475  Q
    ||    
T  16575120 cc 16575119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 54; E-Value: 8e-22
Query Start/End: Original strand, 374 - 475
Target Start/End: Original strand, 16590442 - 16590543
Alignment:
Q  374 ttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgct 473  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| | ||||| ||  |||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  16590442 ttcctcagcaagcatatgagttgccagtctgaccttctggtcatctcccatcaccatggcatggaatatccgctccatgccctgcacctaagtctgtgct 16590541  T
Q  474 cc 475  Q
    ||    
T  16590542 cc 16590543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 128
Target Start/End: Original strand, 14218525 - 14218631
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||| | |||||| |||||||||||||| || || | |||||| || | ||| |||||||| || || || ||||| || ||| |||||||    
T  14218525 catcatcaaacatgcaacacttgtgcaccaaagtatcgaaatccctgatctcatgcaaacaaatgtactggtaaatctctggcctcagaccattctcaaa 14218624  T
Q  122 cttcaca 128  Q
    |||||||    
T  14218625 cttcaca 14218631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 178; Significance: 8e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 8e-96
Query Start/End: Original strand, 22 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 4599 - 4226
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4599 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactttcaaa 4500  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||| || |||||  ||    
T  4499 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctccgcattgatgtagggacaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacagacatactc 4400  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| |||| |||||| ||||| || |||||| | || ||||| || || || || ||||||||||| || ||| |||||||| |   ||| ||||| |    
T  4399 ccttgcttcaaattcaggaactccacttccttcctagttctcaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagccttgaaccttatccaagtcacaa 4300  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtc 395  Q
    |  | ||  | | |||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||||    
T  4299 cctccccaccaatctcaagtcttcccttagcattagtccaccaatactctgcttccttagctaccatgtgagtc 4226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162 (Bit Score: 167; Significance: 3e-89; HSPs: 2)
Name: scaffold0162
Description:

Target: scaffold0162; HSP #1
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 22 - 248
Target Start/End: Original strand, 16412 - 16638
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||    
T  16412 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcttgaacacacatgtactgatagatatccggcccaagtccactctcaaa 16511  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |     
T  16512 cttcacacgcttcgaaaccatagcatcctcaagattgatgtagggacaaaacctagacagctcctgaaacttcgccgcatactcggctacagacatgctt 16611  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  16612 ccttgtttcagattcagaaactcaacc 16638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 6e-38
Query Start/End: Original strand, 359 - 475
Target Start/End: Original strand, 16637 - 16753
Alignment:
Q  359 ccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgc 458  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16637 ccaccagtgctccgccttctcacctagcatatgagttgctagtctgaccttatggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccataccctgc 16736  T
Q  459 acccaagtctgtgctcc 475  Q
    |||||||||||||||||    
T  16737 acccaagtctgtgctcc 16753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0302 (Bit Score: 159; Significance: 2e-84; HSPs: 2)
Name: scaffold0302
Description:

Target: scaffold0302; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 269 - 475
Target Start/End: Original strand, 3168 - 3374
Alignment:
Q  269 ttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtac 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |    
T  3168 ttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttagcccaggtcaccacatcacctcccaactcaagccttcccttggcattggtccaccaatgc 3267  T
Q  369 tctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtct 468  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3268 tctgcttcctcagtcaacatatgagtcgccagtctaaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccatcccctgcacccaagtct 3367  T
Q  469 gtgctcc 475  Q
    |||||||    
T  3368 gtgctcc 3374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0302; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 22 - 70
Target Start/End: Original strand, 1722 - 1770
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggat 70  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1722 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggat 1770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 22 - 201
Target Start/End: Original strand, 24474 - 24653
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24474 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactttcaaa 24573  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcat 201  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||| |||| ||||||||||||||    
T  24574 cttcacacacttcgaaaccatagcatcctccgcattgatgtaggggcaaaaccttgcaagctcctcaaacttcgccgcat 24653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 5)
Name: scaffold0011
Description:

Target: scaffold0011; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 289 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 73251 - 73065
Alignment:
Q  289 agaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcat 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  73251 agaattcaaccttgaacttagcccaggtcaccacatcacctcccaactcaagccttcctttggcgttagtccaccagtgctctgcttcctcggctagcat 73152  T
Q  389 atgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  73151 atgagtcgctagtctgaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgcgctataccctgcacccaagtctgtgctcc 73065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 289 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 77632 - 77446
Alignment:
Q  289 agaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccacaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcat 388  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||| || |||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  77632 agaattcaaccttgaacttagcccaggtcaccacatcacctcccaactcaagccttcctttggcgttagtccaccagtgctctgcttcctcggctagcat 77533  T
Q  389 atgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||    
T  77532 atgagtcgctagtctgaccttctggtcatctcccgtaaccatagctcggaaaatccgcgctataccctgcacccaagtctgtgctcc 77446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 22 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 73427 - 73280
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  73427 catcatcaaacatacgacatttttgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 73328  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggaca 169  Q
     |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  73327 attcacacacttcgagatcatagcgtcctcaacattgaagtagggaca 73280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011; HSP #4
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 22 - 169
Target Start/End: Complemental strand, 77808 - 77661
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  77808 catcatcaaacatacgacatttgtgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactgatagatatccggcctaagcccactctcaaa 77709  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggaca 169  Q
     |||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  77708 attcacacacttcgagatcatagcgtcctcaacattgaagtagggaca 77661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0011; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 21 - 141
Target Start/End: Original strand, 182500 - 182620
Alignment:
Q  21 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  182500 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatgtactaatagatatccggcctaagcccactctcaa 182599  T
Q  121 acttcacacacttcgaaatca 141  Q
    |||||| ||||||||| ||||    
T  182600 acttcaaacacttcgagatca 182620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0138 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0138
Description:

Target: scaffold0138; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 21 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 25494 - 25041
Alignment:
Q  21 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaa 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||| |||||| ||||    
T  25494 acatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaaatcttgaatctcttgaacacacatatactgatagacatccggcctaatcccactttcaa 25395  T
Q  121 acttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgat 220  Q
    ||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||  ||||| |    
T  25394 acttcgcgcacttggaaaccatcgcatcctcagcattgatgtacggacaaaacctcggaagctcctcaaacttcgccgcatactcggccacgaacatgct 25295  T
Q  221 cccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacc 320  Q
    |||||| ||||  ||||  ||||| || |||||| | ||||| || || || || || ||||||||||| || ||| | |||||||| ||||| ||||      
T  25294 cccttgcttcaagttcaagaactccacttccttcctagtccttaaatcctctggaaagtacttcctcaaaaactcagctttgaacttagcccaagtca-a 25196  T
Q  321 acaccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctc 420  Q
    ||  | ||  | | |||||| || || || |||||||||||||| ||||| || ||||| || |||||  |||| || |  ||||||||||| ||||| |    
T  25195 acttctccaccaatctcaagtcttccattagcattggtccaccaatactcggcctcctcggcaagcattagagtagccaacctcaccttctgatcatcac 25096  T
Q  421 ccgtaaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
      || | |||||| ||||| |||| | |||| || |||||||| ||||| |||||    
T  25095 tagtcatcatagcacggaagatccaccccatgccttgcacccatgtctgagctcc 25041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 24 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 35963 - 35513
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||    
T  35963 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaag-atcgaaatctctaatctcctgaacacacatatactgatagatatccgggctaagcccactttcaaact 35865  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatccc 223  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| || |||||||| || || |||||  ||||    
T  35864 tcacacacttcgaaaccatcgcatcttcagcattaatgtatggacaaaacctcgaaagctcctcaaactttgctgcatactcagccacagacatactccc 35765  T
Q  224 ttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcaccaca 323  Q
    ||| |||| |||||  ||||| || |||||  | || ||||| || || || || || ||| |||| || ||   ||||||| | ||||| ||||| ||     
T  35764 ttgcttcaaattcaagaactccacttcctttctagtactcaaatcctcaggaaagtatttcgtcaaaaactcggtcttgaacctagcccaagtcacaacc 35665  T
Q  324 ccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcatatgagtcgctagtctcaccttctggtcatctcccg 423  Q
     | ||  | | |||||| || ||||| ||||| ||||||||  |||| ||||||||||| ||||| || || || |  || |||||||| ||||| |  |    
T  35664 tctccaccgacctcaagtctccccttagcattagtccaccaaaactcagcttcctcagcaagcatgtgggtagccaacctgaccttctgatcatcactag 35565  T
Q  424 taaccatagctcggaaaatccgctccattccctgcacccaagtctgtgctcc 475  Q
    | |||||||| ||||| |||| |||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  35564 tcaccatagcacggaagatcctctccatgccttgcacccatgtctgagctcc 35513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0561 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0561
Description:

Target: scaffold0561; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 22 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 5806 - 5440
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||    
T  5806 catcttcaaacatacgacgcttatgcaccaagatatcaaaatctcaaatctcctgaacacacatatactgatagatatccggcctaagcccactttcaaa 5707  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatc 221  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||| || || |||||||||| |||||| || | |||||| | ||||||||| || || |||||| ||    
T  5706 cttcacacacttcgaaaccattgcatcttcaacattaatatacggacaaaaccacgaaagctcttcaaactttggcgcatactcagccactgacatgctc 5607  T
Q  222 ccttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaagaattcaaccttgaacttggcccaggtcacca 321  Q
    ||||| ||||  ||||  ||||| || |||||  | || ||||| || || || || || |||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||| |    
T  5606 ccttgcttcaagttcaagaactccacttcctttctagttctcaaatcctctggaaagtatttcctcaaaaactcaaccttgaaccttgcccaagtcacga 5507  T
Q  322 caccaccttccaactcaagcctgcccttggcattggtccaccagtactctgcttcctcagctagcat 388  Q
    |  | ||  | |  ||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| || |||||||| |||||    
T  5506 cctctccaccgacttcaagtctccccttagcattcgtccaccaatactcagcctcctcagcaagcat 5440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0151 (Bit Score: 98; Significance: 4e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0151
Description:

Target: scaffold0151; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 24 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 32665 - 32401
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  32665 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtcttggatctcctaaacacacatatactgatagatatccggcctaagcccactttcaaaat 32566  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgacatgatccc 223  Q
    |||||||||| || | |||  |||||||| |||| ||||| | ||||||||||| ||| |||| ||| || ||||||||||| || ||  ||||| ||||    
T  32565 tcacacacttggaca-catcacatcctcaacattaatgtacgaacaaaacctcgcaagctcctcaaattttgccgcatactcagccacgaacatgctccc 32467  T
Q  224 ttgtttcagattcagaaactcaacctccttcttggtcctcaagtcttccgggaaatacttcctcaa 289  Q
    ||| ||||  ||||  ||||| || || ||||  |||||||| || || || || |||||||||||    
T  32466 ttgcttcaagttcaagaactccacttctttctgagtcctcaaatcctctggaaagtacttcctcaa 32401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0170 (Bit Score: 93; Significance: 4e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0170
Description:

Target: scaffold0170; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 126
Target Start/End: Original strand, 35587 - 35691
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35587 catcatcaaacatacgacacttgtgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcctgaacacacatatactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 35686  T
Q  122 cttca 126  Q
    |||||    
T  35687 cttca 35691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0112 (Bit Score: 86; Significance: 6e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0112
Description:

Target: scaffold0112; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 181
Target Start/End: Original strand, 3999 - 4160
Alignment:
Q  20 gacatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctca 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||| || ||||| || |||||||| || ||| ||||||||| ||| |||    
T  3999 gacatcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaaatcttcgatctcctggacacaaatatactgatacatatccagcctaagcctactttca 4098  T
Q  120 aacttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaag 181  Q
    |||||||||||||| |||| |||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||||    
T  4099 aacttcacacacttggaaaccataacatcctccgcattgatgtacgggcaaaacctggaaag 4160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0058 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0058
Description:

Target: scaffold0058; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 24 - 193
Target Start/End: Original strand, 77934 - 78103
Alignment:
Q  24 tcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaact 123  Q
    ||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| |  ||||| ||||  || || |||||||| || || ||||| |  |||||||||||||    
T  77934 tcatcaaacaggcgacacttgtgcaccaaagtatcaaagtcacaaatctcatgaaagcagatatactgataaatctcgggcctcaatccactctcaaact 78033  T
Q  124 tcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaactt 193  Q
    ||||||| ||||| | ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| || || |||| ||||||    
T  78034 tcacacatttcgacaccatagcatcctcaacattaatgtagcgacaaaaccttgatagctcctcaaactt 78103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 61; Significance: 5e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 22 - 178
Target Start/End: Original strand, 49170 - 49326
Alignment:
Q  22 catcatcaaacatacgacacttatgcaccaaagtatcaaagtctcggatctcgtgaacacacatgtactgatagatgtccggcctaagcccactctcaaa 121  Q
    |||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| |||| ||| ||||| ||||| || || ||||| |  |||||||||||    
T  49170 catcattaaacatgtgacacttgtgcaccaaagtatcaaaatctctgatctcatgaaaacagatgtattgataaatctcaggcctcaaaccactctcaaa 49269  T
Q  122 cttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcga 178  Q
    ||||||||| || || ||||||||||||||| |||| ||||| || |||||| ||||    
T  49270 cttcacacatttagatatcatagcatcctcaacattaatgtacgggcaaaacatcga 49326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0193 (Bit Score: 59; Significance: 8e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0193
Description:

Target: scaffold0193; HSP #1
Raw Score: 59; E-Value: 8e-25
Query Start/End: Original strand, 117 - 231
Target Start/End: Original strand, 2182 - 2296
Alignment:
Q  117 tcaaacttcacacacttcgaaatcatagcatcctcagcattgatgtagggacaaaacctcgaaagttccttaaacttcgccgcatactcggctaccgaca 216  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||| ||||| ||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||| || || ||||    
T  2182 tcaaacttcacacacttcgaaaccatcgcatcttcaacattaatgtacggacaaatcctcgaaagctcctcaaacttcgccgcatactcagccacggaca 2281  T
Q  217 tgatcccttgtttca 231  Q
    || ||||||| ||||    
T  2282 tgctcccttgcttca 2296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 9 times since January 2019
Visitors: 3242