View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0428_1D_low_23 (Length: 244)

Name: NF0428_1D_low_23
Description: NF0428_1D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0428_1D_low_23
NF0428_1D_low_23
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (2-232)||(28425250-28425480)
chr4 (11-232)||(26423064-26423285)
chr4 (10-232)||(51260431-51260653)
chr4 (2-232)||(56063057-56063287)
chr4 (2-232)||(55734065-55734295)
chr4 (5-232)||(49950381-49950608)
chr4 (78-232)||(40360594-40360749)
chr4 (2-232)||(28538685-28538916)
chr4 (5-198)||(2063830-2064023)
chr4 (117-232)||(2064026-2064140)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (11-232)||(7126287-7126508)
chr8 (2-232)||(478956-479186)
chr8 (11-232)||(8451950-8452171)
chr8 (2-232)||(40589599-40589829)
chr8 (5-232)||(43318929-43319141)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (34-232)||(3746337-3746535)
chr7 (2-232)||(16096394-16096624)
chr7 (150-232)||(9329503-9329585)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (10-232)||(15606903-15607125)
chr6 (11-232)||(19364838-19365060)
chr6 (77-232)||(29368937-29369092)
chr6 (10-232)||(11732547-11732769)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (2-230)||(8387136-8387364)
chr5 (10-232)||(20204023-20204246)
chr5 (152-232)||(30223700-30223780)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (10-229)||(87420-87639)
chr2 (114-232)||(39826757-39826875)
chr2 (2-119)||(39828942-39829059)
chr2 (134-229)||(87746-87841)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (2-232)||(5608376-5608606)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 163; Significance: 4e-87; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 163; E-Value: 4e-87
Query Start/End: Original strand, 2 - 232
Target Start/End: Original strand, 28425250 - 28425480
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    ||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| |||    
T  28425250 caggttaacttgatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaggccaagatgtgcatagtttgcgtgtgtctgatt 28425349  T
Q  102 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcgga 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||    
T  28425350 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttccgatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcgga 28425449  T
Q  202 agttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  28425450 agttcagaatgatataatagcgtggatgatg 28425480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 3e-84
Query Start/End: Original strand, 11 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 26423285 - 26423064
Alignment:
Q  11 gtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagctg 110  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  26423285 gtgatgaatgatccgtgagttcgaggtgttcacggtagttggattcaatccccacaaggccaatacgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttgatagttg 26423186  T
Q  111 acgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcataa 210  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |  ||||| |||||||||||||| ||    
T  26423185 acgaggaaagagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaaactattctcgatacaccactgtttgcggaagttcagaa 26423086  T
Q  211 tgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  26423085 tgatagaataacgtggatgatg 26423064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 51260653 - 51260431
Alignment:
Q  10 cgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagct 109  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||  ||| |  |  |||||||||||||||||| || |||  || |||||||||   |||| | ||||||||| |    
T  51260653 cgtgatgaatgatccatgggttcgaggtactcatggaaactggattcaatccccacaaagcgaaggtgtccatagtttgcatgtgtttgatttgatagtt 51260554  T
Q  110 gacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcata 209  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51260553 gacgaggaacgagtttgagatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacaggccactatttgcggaagttcata 51260454  T
Q  210 atgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    ||||||||||| |||||||||||    
T  51260453 atgatagaatagcgtggatgatg 51260431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 2 - 232
Target Start/End: Original strand, 56063057 - 56063287
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||  ||  |  |  |||||||||||||||||| ||||||  ||  |||||||| | |||||| |||    
T  56063057 caggtcagcgtgatgaatgatccatgggttcgaggtactcgtggaaactggattcaatccccacaaagccaaggtgtctatagtttgcgtgtgtctgatt 56063156  T
Q  102 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcgga 201  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| || |||    
T  56063157 tgatagttgacgaggaacgagtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacgccactatctgtgga 56063256  T
Q  202 agttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  56063257 agttcataatgatagaatagcgtggatgatg 56063287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 232
Target Start/End: Original strand, 55734065 - 55734295
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    ||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| | ||||  || ||||||||  | |||||  |||    
T  55734065 caggtcagcgtgatgaatgatccatgggtacgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcaaggtgtacatagtttaagtgtgtccgatt 55734164  T
Q  102 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcgga 201  Q
    |||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||    
T  55734165 tgatagttgtcgtggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcgga 55734264  T
Q  202 agttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  55734265 agttcaaaatgatagaatagcatggatgatg 55734295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 5 - 232
Target Start/End: Original strand, 49950381 - 49950608
Alignment:
Q  5 gtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttga 104  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||   |||||| ||||||    
T  49950381 gtcaacgtgatgaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagcaaagatgtgcatagtttgaatgtgtctgatttga 49950480  T
Q  105 tagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagt 204  Q
    ||| |  ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||| |||  ||||||    
T  49950481 tagttaccgacgaacgggtttgggatattaataagattgaatctttgtttcctgatgatatggtgcaaactattctcgacacaccactgtttagggaagt 49950580  T
Q  205 tcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
     |||||||||||||||  ||||||||||    
T  49950581 ccataatgatagaatagtgtggatgatg 49950608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 78 - 232
Target Start/End: Original strand, 40360594 - 40360749
Alignment:
Q  78 tgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctat 177  Q
    ||||||||||| | |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40360594 tgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgacgaagaacgagtttgggacattgataagattgcatctttgttttcagatgatatggtgcaagctat 40360693  T
Q  178 tatcgacaggccactatttgcggaa-gttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    | ||||||  ||| | ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||    
T  40360694 tctcgacacaccattgtttgcggaaggttcataatgatagaatatcatggatgatg 40360749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 28538916 - 28538685
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| |  |   | | |||||||||||||||| | ||||| ||| |||||||| | |||||| |||    
T  28538916 caggtcagcgtgatgaatgatccatgggttcgaggtgtccgtggatgctagattcaatccccacaaagtcaagatgtgtatagtttgagtgtgtctgatt 28538817  T
Q  102 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttg-ttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcgg 200  Q
    | ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| | ||||||  ||||| |||||||    
T  28538816 taatagctgtcgaggaacgggtttgggatattgataagattgaatttttgttttttagatgatatggtgcaagctactctcgacacaccactgtttgcgg 28538717  T
Q  201 aagttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    ||||||| ||||||| |||| | |||||||||    
T  28538716 aagttcagaatgatataatagcatggatgatg 28538685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 5 - 198
Target Start/End: Original strand, 2063830 - 2064023
Alignment:
Q  5 gtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttga 104  Q
    |||| |||||| |||||||  ||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| ||||||   ||| ||||||  | ||||||   ||||    
T  2063830 gtcagcgtgataaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagttggatccaatccccacaaagccaaggtttgcctagttttagtgtgtctgccttga 2063929  T
Q  105 tagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgc 198  Q
    ||||    || ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||    
T  2063930 tagcatctgatgaacgggtttgggatattaataagattaaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactatttgc 2064023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 117 - 232
Target Start/End: Original strand, 2064026 - 2064140
Alignment:
Q  117 aacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcataatgatag 216  Q
    |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  2064026 aacgggtttgggatattgataagattaaatctttgttttcagatgatatggtgcaggctattctcgacacaccactatttgcagaagttcagaa-gatag 2064124  T
Q  217 aataacgtggatgatg 232  Q
    |||  |||||| ||||    
T  2064125 aatcgcgtggacgatg 2064140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 11 - 232
Target Start/End: Original strand, 7126287 - 7126508
Alignment:
Q  11 gtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagctg 110  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||| | | |||| ||||||||||||    
T  7126287 gtgatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccaagatgtacatagtttgcgtgggtctgatttgatagctg 7126386  T
Q  111 acgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcataa 210  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | |||||||||||| | ||    
T  7126387 acgatgaacgagtttggaacattgataagattgaatctttgttttaagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttgcggaagtttagaa 7126486  T
Q  211 tgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||||||| |||||||||||    
T  7126487 tgatagaatagcgtggatgatg 7126508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 479186 - 478956
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    ||||||| ||| || |||||||  ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||| |||||| |||    
T  479186 caggtcagcgttataaatgatccatgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaagccagggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatt 479087  T
Q  102 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcgga 201  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||| |||    
T  479086 tgatatctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctgttttcaaatgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgtgga 478987  T
Q  202 agttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||| ||||||||||||  ||||||||||    
T  478986 agttcagaatgatagaatagtgtggatgatg 478956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 11 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 8452171 - 8451950
Alignment:
Q  11 gtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagctg 110  Q
    ||||||||||||   ||| ||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| |||| || ||||||| ||||   |||||| ||||||||||||    
T  8452171 gtgatgaatgattcatggattcgaggtgttcatggcagttggattcaatccccacaaagccacgatgtgcataatttgcatgtgtctgatttgatagctg 8452072  T
Q  111 acgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcataa 210  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||| ||| |||||||||| ||    
T  8452071 atgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttacagatgatatggtgcaagctattcttgacacaccactgttttcggaagttcagaa 8451972  T
Q  211 tgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  8451971 tgatagaataacgtggatgatg 8451950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 40589829 - 40589599
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    ||||||| |||||||||||| |  ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| | || |  |||||||| ||| | |||||| |||    
T  40589829 caggtcagcgtgatgaatgacccatgggttcgaggtgttcaaggtagctggattcaatccccacaaagtcatggtgtgcatagcttgagtgtgtctgatt 40589730  T
Q  102 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcgga 201  Q
    |||||| ||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||   |   ||||||||| ||||||  ||||| |||  |||    
T  40589729 tgatagatgacgagaatcgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttcgagatgacgagaatcaagctattctcgacacaccactgtttatgga 40589630  T
Q  202 agttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40589629 agttcataatgatagaataacgtggatgatg 40589599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 5 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 43319141 - 43318929
Alignment:
Q  5 gtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttga 104  Q
    |||| ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||  || ||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  43319141 gtcagcgttatgaatgatccatgggttcgaggtgttcacggcagctggattcaatccc-acaaagccaaggtgtgcatagtttgtgtgtgtctgatttga 43319043  T
Q  105 tagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagt 204  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||              ||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||    
T  43319042 tagctaacgaggaacgagtttgggacattaataagattgaatctctatttt--------------caagctattctcgacacaccactgtttgcggaagt 43318957  T
Q  205 tcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||    
T  43318956 tcataatgatagaatagtgtggatgatg 43318929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 34 - 232
Target Start/End: Original strand, 3746337 - 3746535
Alignment:
Q  34 aggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagctgacgaggaacgagtttgggacatt 133  Q
    |||||| |||| ||| |||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  3746337 aggtgtccacggtagctggattcaatccccacaaagtcaaggtgtgcatagtttgcgtgtgtctgatttgatagctgacgaggaacgagtttgagacatt 3746436  T
Q  134 gataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | |||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||    
T  3746437 gataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttgtggaagttcagaatgatagaatatcatggatgatg 3746535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 2 - 232
Target Start/End: Original strand, 16096394 - 16096624
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    ||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||| | ||| || |||||||| |||||| ||||||  ||||| ||||||   || ||| |||    
T  16096394 caggtcagcgtgatgaaagatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctgaattcaatctccacaaagccaaggtgtgcaaagtttgaatgtatctgatt 16096493  T
Q  102 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcgga 201  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  ||| | ||| || |    
T  16096494 tgatagctgccgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttctagatgatatggtgcaagctattctcgacacaccattgtttacgaa 16096593  T
Q  202 agttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16096594 agttcagaatgatagaataacgtggatgatg 16096624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 150 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 9329585 - 9329503
Alignment:
Q  150 tgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9329585 tgttttcagatgatatggtgcaagctattctcgacacactactttatgcggaagttcagaatgatagaataacgtggatgatg 9329503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 119; Significance: 6e-61; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 15607125 - 15606903
Alignment:
Q  10 cgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagct 109  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||  |||||   ||||||||||||| |||||| ||||||||| |    
T  15607125 cgtgatgaatgatccatgggttcgaggtgttcatggtagctggattcaatccccacaaatccaagttttgcatagtttgtgtgtgtcttatttgatagtt 15607026  T
Q  110 gacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcata 209  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||| |||||||||||||| |    
T  15607025 gacgaggaacgggtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaacctattctcgacaccccactgtttgcggaagttcaga 15606926  T
Q  210 atgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||| ||||  ||||||||||    
T  15606925 atgataaaatagtgtggatgatg 15606903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 11 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 19365060 - 19364838
Alignment:
Q  11 gtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatcccc-acaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagct 109  Q
    |||||||||||||  | ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||||| |||| | |||||| |||||||||||    
T  19365060 gtgatgaatgatccattggttcgaggtgttcaaggtagttggattcaatcccccacaaagccaaggtgtgcataatttgagtgtgtctgatttgatagct 19364961  T
Q  110 gacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcata 209  Q
    | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||| |    
T  19364960 gtcgaggaacgagtttgggatattgataagattgaatctttgtttctggttgatatggtgcaagctattctcgacacaccactgtttgcggaagttcaaa 19364861  T
Q  210 atgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    ||||||||||||| || ||||||    
T  19364860 atgatagaataacatgaatgatg 19364838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 77 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 29369092 - 29368937
Alignment:
Q  77 gtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagcta 176  Q
    |||||||||||| |||| ||| |||||||| |||  |||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  29369092 gtgcatagtttgagcgtatctgatttgataactgttgaggaacgagtttgagataatgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagcta 29368993  T
Q  177 ttatcgacaggccactatttgcggaagttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    || ||||||  ||| | |||||||| ||||| ||||||| |||| |||||||||||    
T  29368992 ttctcgacacaccattgtttgcggatgttcagaatgataaaatagcgtggatgatg 29368937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 11732769 - 11732547
Alignment:
Q  10 cgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagct 109  Q
    |||||||||||||   ||||||||||||||||  | | | ||||||||||||||| || | ||||  ||||||| |||    |||||| ||||||||| |    
T  11732769 cgtgatgaatgattaatgggttcgaggtgttctaggttgctggattcaatccccataaaggcaagttgtgcataatttaattgtgtctgatttgatagtt 11732670  T
Q  110 gacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcata 209  Q
    |  |||||||| |||||||  |||| ||||||| ||| |||  ||||| || ||||||| |||||||||  |||||   |||  |||||||||| ||| |    
T  11732669 gttgaggaacgggtttggggtattgctaagattaaatattttctttcaaataatatggttcaagctattcccgacacatcacggtttgcggaaggtcaga 11732570  T
Q  210 atgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||| |||| |||||||||||    
T  11732569 atgatataatagcgtggatgatg 11732547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 230
Target Start/End: Original strand, 8387136 - 8387364
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    |||||||  |||||||||||||  ||||||||||||  ||  || |  |||||||||||||||||| ||||||  || | ||||||| | |||||| |||    
T  8387136 caggtcagtgtgatgaatgatccatgggttcgaggtactcgtgaaaagtggattcaatccccacaaagccaaggtgttcgtagtttgcgtgtgtctgatt 8387235  T
Q  102 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcgga 201  Q
    |||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  8387236 tgatagttgacgaggaacgggtttgggatattgataagcttgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagctattctcgacacgccactatttgcgga 8387335  T
Q  202 agttcataatgatagaataacgtggatga 230  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||    
T  8387336 agttcataatgatagaatagcatggatga 8387364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 10 - 232
Target Start/End: Original strand, 20204023 - 20204246
Alignment:
Q  10 cgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatcccc-acaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagc 108  Q
    ||||||||||||||  |||||| |||||||| | | |||||||||| ||||||| |||| | ||||  | |||||| ||| | |||||| ||||||||||    
T  20204023 cgtgatgaatgatccatgggttagaggtgttgaaggtagttggatttaatcccccacaaagtcaaggtgcgcatagcttgagtgtgtctgatttgatagc 20204122  T
Q  109 tgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcat 208  Q
    || |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||  | | | ||||||||||||||     
T  20204123 tgccgaggaacaagtttgggatattgataagattgaatctctatttccagatgatatggtgtaagctattctcggcacactattgtttgcggaagttcaa 20204222  T
Q  209 aatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||||||||  |||||||||||    
T  20204223 aatgatagaatcgcgtggatgatg 20204246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 152 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30223780 - 30223700
Alignment:
Q  152 ttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||| || |||  ||| | |||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||||||    
T  30223780 tttttagatgagatggtgcaagctattctcaacacaccattgtttgcggaagttcagaatgaaagaatagagtggatgatg 30223700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 10 - 229
Target Start/End: Original strand, 87420 - 87639
Alignment:
Q  10 cgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatttgatagct 109  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||| | ||| || ||||||||||||||| | ||||  |||||||  ||| | |||||| |||||||||||    
T  87420 cgtgatgaatgatccatgggttcgaggtgttcaaggtagctgtattcaatccccacaaagtcaaggtgtgcatatcttgagtgtgtctgatttgatagct 87519  T
Q  110 gacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcata 209  Q
    |||||||| || ||||||||  | ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |  ||| | ||||||||||||||||    
T  87520 gacgaggatcgtgtttgggatgtcgataagattgaatctttgttcccagatgatatggtgcaagctattctcgatacaccattgtttgcggaagttcata 87619  T
Q  210 atgatagaataacgtggatg 229  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  87620 atgatagaataacatggatg 87639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 114 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 39826875 - 39826757
Alignment:
Q  114 aggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcataatga 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||||| |||||||||||||| |||||    
T  39826875 aggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattcttgacacaccactgtttgcggaagttcaaaatga 39826776  T
Q  214 tagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||||||||||||||||    
T  39826775 tagaataacgtggatgatg 39826757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 2 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 39829059 - 39828942
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    |||||| |||    
T  39829059 caggtcagcgtgatgaatgatccgtgggttcgaggtgttcacggtagctggattcaatccccacaaggtcaagatgtgcatagtttacctgtgtctgatt 39828960  T
Q  102 tgatagctgacgaggaac 119  Q
    ||||||||||||||||||    
T  39828959 tgatagctgacgaggaac 39828942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 134 - 229
Target Start/End: Original strand, 87746 - 87841
Alignment:
Q  134 gataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcggaagttcataatgatagaataacgtggatg 229  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |  ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  87746 gataagattgaatctttgttcccagatgatatggtgcaagctattctcgatacaccattgtttgcggaagttcataatgatagaataacatggatg 87841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 232
Target Start/End: Original strand, 5608376 - 5608606
Alignment:
Q  2 caggtcaacgtgatgaatgatctgtgggttcgaggtgttcacgatagttggattcaatccccacaaggccaagaggtgcatagtttgtgcgtgtctcatt 101  Q
    ||||||| |||||||||||| |  |||||||| || ||||| | ||| | |||||||||||||||| | || |  ||||||||  |  | |||| | |||    
T  5608376 caggtcagcgtgatgaatgacccatgggttcgtggagttcaaggtagctagattcaatccccacaaagtcagggtgtgcatagcctaagtgtgtttgatt 5608475  T
Q  102 tgatagctgacgaggaacgagtttgggacattgataagattgaatctttgttttcagatgatatggtgcaagctattatcgacaggccactatttgcgga 201  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||  ||||| ||||||||    
T  5608476 tgataactgacgaggatcgagtttggaatgttgataagattgaatctttgtttccagatgatatggtgcaagttattctcgacacaccactgtttgcgga 5608575  T
Q  202 agttcataatgatagaataacgtggatgatg 232  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5608576 agttcagaatgatagaataacatggatgatg 5608606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 64 times since January 2019
Visitors: 3244