View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0436_low_3 (Length: 536)

Name: NF0436_low_3
Description: NF0436
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0436_low_3
NF0436_low_3
[»] chr6 (16 HSPs)
chr6 (1-246)||(33042895-33043140)
chr6 (1-174)||(11982261-11982434)
chr6 (1-174)||(14500149-14500323)
chr6 (17-159)||(478995-479138)
chr6 (346-445)||(33050068-33050167)
chr6 (1-174)||(1101337-1101511)
chr6 (26-159)||(4229647-4229781)
chr6 (1-174)||(1558750-1558924)
chr6 (1-174)||(13041497-13041670)
chr6 (26-174)||(4174019-4174168)
chr6 (28-160)||(17156400-17156533)
chr6 (1-174)||(34858277-34858452)
chr6 (28-124)||(32187135-32187232)
chr6 (24-154)||(27797548-27797680)
chr6 (26-158)||(7458877-7459010)
chr6 (15-100)||(32158168-32158254)
[»] chr3 (27 HSPs)
chr3 (1-174)||(22523552-22523725)
chr3 (1-160)||(31405735-31405895)
chr3 (1-174)||(25593474-25593648)
chr3 (1-174)||(24133905-24134079)
chr3 (1-158)||(41129540-41129698)
chr3 (1-174)||(41636432-41636606)
chr3 (26-174)||(42294283-42294432)
chr3 (28-164)||(43010046-43010183)
chr3 (15-174)||(51302512-51302672)
chr3 (17-159)||(54447729-54447872)
chr3 (1-160)||(46136179-46136339)
chr3 (1-174)||(9338062-9338237)
chr3 (1-174)||(7046574-7046748)
chr3 (15-159)||(26020180-26020325)
chr3 (17-174)||(45387649-45387807)
chr3 (17-174)||(50638648-50638806)
chr3 (28-160)||(4356839-4356972)
chr3 (26-174)||(36265634-36265783)
chr3 (14-133)||(26994603-26994723)
chr3 (1-117)||(39889470-39889587)
chr3 (18-133)||(14751970-14752086)
chr3 (1-95)||(35761390-35761484)
chr3 (17-159)||(24120113-24120243)
chr3 (80-173)||(52274479-52274572)
chr3 (262-306)||(41129308-41129352)
chr3 (26-87)||(4481823-4481885)
chr3 (181-229)||(35761258-35761306)
[»] chr2 (26 HSPs)
chr2 (16-174)||(22439715-22439874)
chr2 (1-158)||(6283512-6283670)
chr2 (1-174)||(25879547-25879721)
chr2 (1-160)||(7298975-7299133)
chr2 (1-174)||(6431665-6431839)
chr2 (1-174)||(29768438-29768612)
chr2 (1-160)||(35959478-35959638)
chr2 (1-174)||(2182520-2182694)
chr2 (1-174)||(2994844-2995018)
chr2 (1-174)||(31452685-31452858)
chr2 (15-174)||(38446140-38446300)
chr2 (28-174)||(29044274-29044421)
chr2 (1-174)||(2611426-2611600)
chr2 (26-174)||(6419754-6419907)
chr2 (26-174)||(44092609-44092758)
chr2 (24-159)||(38086777-38086911)
chr2 (17-133)||(17740395-17740512)
chr2 (17-159)||(1834162-1834305)
chr2 (2-174)||(26260084-26260258)
chr2 (1-174)||(42517032-42517195)
chr2 (77-174)||(45434762-45434859)
chr2 (2-145)||(12465813-12465957)
chr2 (1-100)||(42077098-42077198)
chr2 (78-158)||(18681596-18681673)
chr2 (127-174)||(42077176-42077223)
chr2 (1-64)||(43639122-43639186)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (1-160)||(46903708-46903868)
chr4 (1-159)||(34553731-34553890)
chr4 (1-159)||(5258869-5259028)
chr4 (1-174)||(50636976-50637150)
chr4 (16-160)||(22270229-22270374)
chr4 (1-159)||(48659469-48659627)
chr4 (1-174)||(12582248-12582422)
chr4 (1-174)||(17981100-17981274)
chr4 (1-174)||(33239784-33239958)
chr4 (1-174)||(49389581-49389755)
chr4 (26-174)||(31843020-31843169)
chr4 (17-159)||(20392740-20392884)
chr4 (17-159)||(4422225-4422368)
chr4 (28-174)||(42431558-42431705)
chr4 (1-154)||(3095335-3095489)
chr4 (1-174)||(29590272-29590446)
chr4 (17-159)||(35041658-35041801)
chr4 (17-174)||(45783711-45783868)
chr4 (1-160)||(29525254-29525414)
chr4 (54-174)||(36488925-36489045)
chr4 (92-174)||(517777-517859)
[»] chr7 (25 HSPs)
chr7 (1-174)||(27595438-27595612)
chr7 (1-174)||(21441764-21441938)
chr7 (1-174)||(41902639-41902813)
chr7 (1-160)||(2940939-2941099)
chr7 (1-174)||(10228007-10228181)
chr7 (1-174)||(15757451-15757625)
chr7 (2-174)||(45470162-45470335)
chr7 (17-174)||(2196209-2196367)
chr7 (1-174)||(13391203-13391377)
chr7 (24-160)||(28489356-28489493)
chr7 (28-160)||(31377541-31377674)
chr7 (2-174)||(43341329-43341502)
chr7 (1-174)||(5667225-5667400)
chr7 (15-149)||(44848167-44848302)
chr7 (1-174)||(23670952-23671126)
chr7 (19-159)||(34002609-34002749)
chr7 (26-174)||(48829313-48829462)
chr7 (1-174)||(46191469-46191643)
chr7 (2-174)||(32584968-32585134)
chr7 (29-174)||(43595974-43596120)
chr7 (1-149)||(41631393-41631542)
chr7 (1-95)||(44409926-44410020)
chr7 (1-174)||(21806649-21806811)
chr7 (36-100)||(35709775-35709840)
chr7 (26-87)||(33450136-33450198)
[»] chr1 (31 HSPs)
chr1 (1-174)||(18342707-18342881)
chr1 (2-160)||(23555896-23556055)
chr1 (1-174)||(5499761-5499935)
chr1 (1-174)||(38671933-38672107)
chr1 (1-160)||(10312139-10312299)
chr1 (1-174)||(15849962-15850136)
chr1 (1-174)||(16452534-16452708)
chr1 (1-174)||(16461686-16461860)
chr1 (1-160)||(27090635-27090796)
chr1 (1-160)||(13077443-13077603)
chr1 (1-160)||(15321713-15321873)
chr1 (1-159)||(39919753-39919912)
chr1 (1-159)||(42649853-42650011)
chr1 (26-174)||(19507231-19507380)
chr1 (2-174)||(44912747-44912920)
chr1 (1-160)||(47367313-47367473)
chr1 (2-160)||(5616644-5616803)
chr1 (17-159)||(44779294-44779436)
chr1 (1-174)||(12298283-12298457)
chr1 (1-160)||(34049818-34049982)
chr1 (1-158)||(26257539-26257697)
chr1 (1-133)||(5506743-5506876)
chr1 (28-160)||(10805193-10805326)
chr1 (1-159)||(29522881-29523041)
chr1 (1-133)||(42384349-42384482)
chr1 (1-160)||(7329736-7329896)
chr1 (1-159)||(17386125-17386285)
chr1 (67-160)||(37536122-37536215)
chr1 (17-159)||(6305189-6305320)
chr1 (26-158)||(46313799-46313932)
chr1 (34-160)||(18700938-18701053)
[»] chr8 (23 HSPs)
chr8 (1-174)||(14921515-14921689)
chr8 (1-174)||(32983002-32983176)
chr8 (14-159)||(40680511-40680657)
chr8 (26-174)||(24580615-24580764)
chr8 (1-174)||(16364782-16364956)
chr8 (17-174)||(23444548-23444706)
chr8 (26-174)||(7960352-7960501)
chr8 (28-160)||(38600642-38600775)
chr8 (1-149)||(41478256-41478405)
chr8 (28-174)||(7382972-7383119)
chr8 (1-159)||(13450825-13450984)
chr8 (2-136)||(40860809-40860943)
chr8 (1-174)||(44710225-44710399)
chr8 (1-133)||(8000165-8000298)
chr8 (17-133)||(35056344-35056461)
chr8 (1-174)||(44755652-44755838)
chr8 (1-159)||(4158168-4158327)
chr8 (46-160)||(2121007-2121121)
chr8 (18-93)||(12638150-12638226)
chr8 (1-102)||(4377040-4377142)
chr8 (61-158)||(39506442-39506539)
chr8 (36-87)||(26106561-26106613)
chr8 (26-65)||(41478585-41478625)
[»] chr5 (21 HSPs)
chr5 (1-174)||(18295326-18295500)
chr5 (2-174)||(17869847-17870020)
chr5 (17-174)||(31624306-31624464)
chr5 (1-160)||(14949339-14949499)
chr5 (26-174)||(15397731-15397880)
chr5 (1-160)||(34855464-34855624)
chr5 (1-174)||(27054298-27054472)
chr5 (28-160)||(10017939-10018072)
chr5 (29-160)||(13916585-13916717)
chr5 (17-159)||(28210127-28210270)
chr5 (1-174)||(18158527-18158701)
chr5 (1-160)||(15677992-15678152)
chr5 (15-174)||(36113276-36113436)
chr5 (1-159)||(38254842-38255001)
chr5 (1-158)||(40084132-40084291)
chr5 (17-139)||(370321-370444)
chr5 (15-159)||(11877613-11877758)
chr5 (1-100)||(3880946-3881046)
chr5 (26-102)||(27332370-27332447)
chr5 (37-102)||(24427741-24427806)
chr5 (127-160)||(3880935-3880968)
[»] scaffold0275 (1 HSPs)
scaffold0275 (2-160)||(9274-9433)
[»] scaffold0422 (1 HSPs)
scaffold0422 (1-129)||(10756-10885)
[»] scaffold0886 (1 HSPs)
scaffold0886 (26-90)||(1672-1737)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 16)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 246
Target Start/End: Original strand, 33042895 - 33043140
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33042895 gaaagcctacttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 33042994  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggactatattgtttaataaatagatattaata 200  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33042995 tttagtacaagtaaattttaactaaattaaagcctacttaaaaacctataacaacaaagcttatgaagagactatattgtttaataaatagatattaata 33043094  T
Q  201 tgctggcctattaagcttaagagacttttagcttgacctattaaaa 246  Q
     |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  33043095 ggctgacctattaggcttaacagacttttagcttgacctattaaaa 33043140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 11982434 - 11982261
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    |||||||| |||| | |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  11982434 gaaagcctacttcaaggcctactttacattaaggtcatcaaatagtcatttgacctactaaataagctaaacatgccttaaagtctacttaaaagactat 11982335  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    | |||||||| ||||||||||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||    
T  11982334 tccagtacaaataaattttaactagattatagcctacttaaaagtctataacaacaaagcttattaagggacta 11982261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 14500149 - 14500323
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  14500149 gaaagcctacttacaggtctacatcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 14500248  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  14500249 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcatattaaaagacta 14500323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 479138 - 478995
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||| |||||||| || |||||||    
T  479138 gcctacttaacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaggctttaaagcatacttaaaagcctatttcactataagtaaa 479039  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  479038 ttttaactagattaaagcttaattaaaagcctataacaacaaag 478995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 346 - 445
Target Start/End: Original strand, 33050068 - 33050167
Alignment:
Q  346 acatgtcgaaaaacccttactttctcaaatcgtagaaaaacgttaatccgcttattcaactcccaattcacttagccaaacctcaattaatgacttagtt 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  33050068 acatgtcgaaaaacccttactttctcaaatcgtagaaaaacgttaatccgcttattcaactcccgattcacttagccaaacctcaattaataacttagtt 33050167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 1101337 - 1101511
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||| |||    
T  1101337 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacttgtcttaaagcctacttaaaagccta 1101436  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  1101437 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 1101511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 26 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 4229781 - 4229647
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  4229781 acattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgccttaaatcctacttaaaagtctatttcactacaagtaaatttcaacta 4229682  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
     |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  4229681 gattaaagcctacataaaagcctataacaacaaag 4229647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 1558750 - 1558924
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  1558750 gaaagcctacttccaggcctactacacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 1558849  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||| |||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  1558850 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaaacctacataaaagtctataacaacaaagcctattaagggacta 1558924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 13041670 - 13041497
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  13041670 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggc-tactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagtcta 13041572  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  13041571 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaatcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 13041497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 4174168 - 4174019
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||    
T  4174168 acattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagtctctttcactacaagtaaatttcaacta 4174069  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     |||||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  4174068 gattaaagtctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 4174019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 28 - 160
Target Start/End: Original strand, 17156400 - 17156533
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||  |    
T  17156400 attaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctatttaacaacaagtaaattttaactgga 17156499  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  17156500 ttaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 17156533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 34858277 - 34858452
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgac-ctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtct 98  Q
    |||||||| ||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||| ||    
T  34858277 gaaagcctacttacagacctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttgacactactaaataggttaaacatgtcttaaagcttacttaaaaggct 34858376  T
Q  99 atttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  34858377 atttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcatattaagggacta 34858452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 28 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 32187232 - 32187135
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  32187232 attaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaatttcaacta 32187135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 24 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 27797680 - 27797548
Alignment:
Q  24 ttacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta-tttcagtacaagtaaattttaa 121  Q
    ||||||||||| |||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||   |||  |||||||||    
T  27797680 ttacattaaggtcatctaatagttcattttacctactaaataggctaaacaagccttaaaacctacttaaaagtctattttcaccgcaaacaaattttaa 27797581  T
Q  122 ctaaattaaagcttacttaaaagcctataacaa 154  Q
    | | |||||| | ||| ||||||| ||||||||    
T  27797580 caacattaaaccctacctaaaagcatataacaa 27797548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 158
Target Start/End: Original strand, 7458877 - 7459010
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | || ||  |||||||||| |    
T  7458877 acattatggtcatcaaatagttcattttacatactaaataggctaaacaggccttaaagcctacttaaaagcctattttactaaaaacaaattttaacaa 7458976  T
Q  125 aatta-aagcttacttaaaagcctataacaacaaa 158  Q
     || | |||| |  |||||||||||||||||||||    
T  7458977 cataacaagc-tgtttaaaagcctataacaacaaa 7459010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 15 - 100
Target Start/End: Original strand, 32158168 - 32158254
Alignment:
Q  15 aagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    |||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||  | ||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  32158168 aagcttactttacatcaaggccatcaaatagttcatttagcttactaaataagttaaacagaccttaaagcctacttaaaagcctat 32158254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 106; Significance: 8e-53; HSPs: 27)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 22523552 - 22523725
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    |||||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |    
T  22523552 gaaagcctacttccaggcctactttacattaaggctatcaaatagtcatttggcctactaaataggcttaacaagccttaaagcctacttaaaagcctct 22523651  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    || |||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||||||| ||| || ||||||    
T  22523652 tttagtacatgtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagtcaataacaacaaagcatattaagggacta 22523725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 31405895 - 31405735
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  31405895 gaaagcctacttacaggcctactttatattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaaaagccta 31405796  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31405795 tttaactacaagtaaattttaactaaattaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 31405735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 25593648 - 25593474
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  25593648 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttgacctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 25593549  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  25593548 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 25593474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 24133905 - 24134079
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  24133905 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 24134004  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  24134005 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 24134079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 41129698 - 41129540
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  41129698 gaaagcctacttacaggcctactttatattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaaaagccta 41129599  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaa 158  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  41129598 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagtctacttaaaagcctataacaacaaa 41129540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 41636432 - 41636606
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  |||    
T  41636432 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaaaccta 41636531  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  41636532 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 41636606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Original strand, 42294283 - 42294432
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  42294283 acattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaatttcaacta 42294382  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  42294383 gattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctatcaagggacta 42294432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 28 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 43010183 - 43010046
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||  ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  43010183 attaaggtcatcaaatagttcatttgacctactaaataggctaaacagaccttaaaatctacttaaaaacctatttcactacaagtaaattttaactaga 43010084  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttat 164  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43010083 ttaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagcttat 43010046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 174
Target Start/End: Original strand, 51302512 - 51302672
Alignment:
Q  15 aagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagta 113  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  51302512 aagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactagaagta 51302611  T
Q  114 aattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  51302612 aatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcatattaagggacta 51302672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Original strand, 54447729 - 54447872
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  54447729 gcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaa 54447828  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  54447829 tttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaag 54447872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 46136339 - 46136179
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||||||||| |||    
T  46136339 gaaagcctacttacatgcctactttatattaaggtcatcaaatagttcatttgacctactaaataaactaaacatgccttaaaacttacttaaaagccta 46136240  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  46136239 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagcatataacaacaaagc 46136179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 9338237 - 9338062
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctact-aaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtct 98  Q
    |||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||| ||    
T  9338237 gaaagcctacttacaagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctacttaaataggttaaacttgtcttaaagcctacttaaaagcct 9338138  T
Q  99 atttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||  || |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  9338137 atttcactacaagtaaatttcaactagattaaagccgacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 9338062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 7046748 - 7046574
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  7046748 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcgtactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 7046649  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  7046648 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaatcctataacaacaaagcctattaagggacta 7046574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 15 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 26020325 - 26020180
Alignment:
Q  15 aagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagta 113  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| ||| |  ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  26020325 aagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatatagcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagta 26020226  T
Q  114 aattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  26020225 aatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaag 26020180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 45387649 - 45387807
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| ||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||| |||||||| ||||||||||    
T  45387649 gcctactttaaattaaggcaatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacatgccttaaaacctagctaaaagcctatttcactacaagtaaa 45387748  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||||| || ||||| || |||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||    
T  45387749 ttttaattagattaaggcctacttaaaagactataacaacgaagcttattaagggacta 45387807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 50638648 - 50638806
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||| | |||| |||||    
T  50638648 gcctactttacattaaggtcatcaaatagttcatttgacctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttaactacaggtaaa 50638747  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||| ||||| |||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||| ||| || ||||||    
T  50638748 tttcaactagattaaagcctacataaaagtctacaacaacaaagcctattaagggacta 50638806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 28 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4356972 - 4356839
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |  |||||||||||||||||  |    
T  4356972 attaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataaactaaacatgccttaaagcctacttaaaatcctatttaacaacaagtaaattttaactgga 4356873  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4356872 ttaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 4356839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 36265783 - 36265634
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  36265783 acattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttatagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaatttcaacta 36265684  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||    
T  36265683 gattaaagcctacataaaagcctatagcaacaaagcctattaagggacta 36265634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 14 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 26994723 - 26994603
Alignment:
Q  14 caagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagt 112  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||    
T  26994723 caagcctacttaacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaggccttaaagcctacttaaaagcctatttcaccataagt 26994624  T
Q  113 aaattttaactaaattaaagc 133  Q
    |||||||||||| ||||||||    
T  26994623 aaattttaactagattaaagc 26994603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 117
Target Start/End: Original strand, 39889470 - 39889587
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    ||||||||  || ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  39889470 gaaagcctaattacaagcctacttaacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaggccttaaagcctacttaaaagccta 39889569  T
Q  100 tttcagtacaagtaaatt 117  Q
    |||||  | |||||||||    
T  39889570 tttcaccataagtaaatt 39889587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 14751970 - 14752086
Alignment:
Q  18 cctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaat 116  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||    
T  14751970 cctactttatattaaggccatcaaatagttcatttggcatactaaataagctaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttaactacaagtaaat 14752069  T
Q  117 tttaactaaattaaagc 133  Q
    |||||||| ||||||||    
T  14752070 tttaactagattaaagc 14752086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 35761484 - 35761390
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaag 95  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||||||||||    
T  35761484 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggttaaacatgtcataaagcctacttaaaag 35761390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 24120243 - 24120113
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||            ||||| || |||||||    
T  24120243 gcctacttaacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaggc-ttaaagccta------------tttcactataagtaaa 24120157  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  24120156 ttttaactagattaaagcctaattaaaagcctataacaacaaag 24120113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 80 - 173
Target Start/End: Original strand, 52274479 - 52274572
Alignment:
Q  80 aaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggact 173  Q
    ||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||| || |||||    
T  52274479 aaagcctacttaaaagcttatttcactgcaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcttataacaacaaagcctattaagggact 52274572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 41129352 - 41129308
Alignment:
Q  262 aagcctatctactaaacaggtcagaccaaacgaggccaaaacagg 306  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||    
T  41129352 aagcctatctactaaacaggtcaggccagaccaggccaaaacagg 41129308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 26 - 87
Target Start/End: Original strand, 4481823 - 4481885
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagccta 87  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  4481823 acattatggtcatcaaatagttcattttacgtactaaataggctaaacaggcctttaagccta 4481885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 181 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 35761306 - 35761258
Alignment:
Q  181 ttaataaatagatattaatatgctggcctattaagcttaagagactttt 229  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||||| |||||| ||||||||    
T  35761306 ttaataaataggtattaataggccggcctattaggcttaacagactttt 35761258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 104; Significance: 1e-51; HSPs: 26)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 16 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 22439874 - 22439715
Alignment:
Q  16 agcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaa 114  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  22439874 agcctactttacgttaaggtcatcaaatagttcatttgacctattaaataggctaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaa 22439775  T
Q  115 attttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  22439774 attttaactagattaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 22439715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Original strand, 6283512 - 6283670
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  6283512 gaaagcctacttacaggcctactttatattaagaccatcaaatagttcatttgacctactaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaaatgtcta 6283611  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaa 158  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  6283612 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagcctgtaacaacaaa 6283670  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 25879721 - 25879547
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  25879721 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagtcta 25879622  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||    
T  25879621 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacagcaaagcctattaagggacta 25879547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 7298975 - 7299133
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  | |||    
T  7298975 gaaagcctacttacaagcctactttatattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaa--gccta 7299072  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7299073 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 7299133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 6431665 - 6431839
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  6431665 gaaagcctacttacaggtctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 6431764  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  6431765 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcttacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 6431839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 29768438 - 29768612
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||| |||    
T  29768438 gaaagcctacttacatgcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagactacttaaaagccta 29768537  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  29768538 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 29768612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 35959478 - 35959638
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| | ||||||  ||| |||||||||||||||| |||    
T  35959478 gaaagcctacttacaggcctactttatattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataagttaaacatacctcaaagcctacttaaaagccta 35959577  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35959578 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagcatacttaaaagcctataacaacaaagc 35959638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 2182694 - 2182520
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||| |||    
T  2182694 gaaagcctacttacagacctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagtctacttaaaagccta 2182595  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  2182594 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 2182520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 2995018 - 2994844
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| |||    
T  2995018 gaaagcctacttacaagcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcatactaaataggttaaacatatcttaaagcctacttaaaagccta 2994919  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  2994918 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 2994844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 31452858 - 31452685
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    |||||||| ||| || || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||   | ||| | |||||||||||| ||||    
T  31452858 gaaagcctactttcaggcttactttacattaaggccatcaaatagtcatttggcctattaaattggctaaacggacattacatcctacttaaaagcctat 31452759  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  31452758 ttcactacaagtaaattttaactagattaaagtctacttaaaagcctataacaacaaagcctatcaagggacta 31452685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 15 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 38446300 - 38446140
Alignment:
Q  15 aagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagta 113  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  38446300 aagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttgacctactaaataggttaaacatgtcttaaagactacttaaaagcctatttcactacaagta 38446201  T
Q  114 aattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||| |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  38446200 aatttcaactagattatagcctacataaaagtctataacaacaaagcctattaagggacta 38446140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 174
Target Start/End: Original strand, 29044274 - 29044421
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  29044274 attaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaatttcaactaga 29044373  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  29044374 ttaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 29044421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 2611426 - 2611600
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||| | ||| |||||||||||||||  ||    
T  2611426 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggtctactaaataggttaaacatgtcttcaagcctacttaaaagctta 2611525  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  2611526 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcatattaagggacta 2611600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 6419907 - 6419754
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-----catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaatttta 120  Q
    |||||||||||||||||||||     |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |    
T  6419907 acattaaggccatcaaatagttagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaatttca 6419808  T
Q  121 actaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  6419807 actagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 6419754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 44092758 - 44092609
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||    
T  44092758 acattaaggccatcaaataattcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagtttatttcactacaagtaaatttcaacta 44092659  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  44092658 gattcaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 44092609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 24 - 159
Target Start/End: Original strand, 38086777 - 38086911
Alignment:
Q  24 ttacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaact 123  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||  |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  38086777 ttacattaaggccgtcaaatagtcattttgcctgttaaattggctaaacaagccttaaagcctacttaaaag-ctatttcactacaagtaaattttaact 38086875  T
Q  124 aaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    | |||||| | |||||||||||  ||||||||||||    
T  38086876 agattaaaacctacttaaaagctgataacaacaaag 38086911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 17740512 - 17740395
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagtc-atttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||||||    
T  17740512 gcctactttacattaaggccatcaaatagtttatttggcctactaaataggctatacaagccttaaaacctacttaaaagcctatatcactacaagtaaa 17740413  T
Q  116 ttttaactaaattaaagc 133  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  17740412 ttttaactagattaaagc 17740395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 1834305 - 1834162
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||| | || |||||||    
T  1834305 gcctacttaacaataaggccatcaaatagttcatttggcctactgaataggctaaacaggccttaaagtctacctaaaagcctatttgactataagtaaa 1834206  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||| ||||||||    
T  1834205 ttttaactagattaaagcctaattaaaagcctatagcaacaaag 1834162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 2 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 26260258 - 26260084
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaa-gtcta 99  Q
    ||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||    ||||||| |||||||||| | |||    
T  26260258 aaagcctgcttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttagcctactaaataggttaaacttatcttaaaggctacttaaaaagccta 26260159  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  26260158 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcatacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 26260084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 42517032 - 42517195
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    |||||||| ||||||  ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||| ||          || ||||||||||| ||||||||  |||    
T  42517032 gaaagcctacttccagacctactttacattaaggccaacaaataatcatttggcctacttaa----------aaaccttaaagcctgcttaaaagcttat 42517121  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||| || ||||||    
T  42517122 ttcagtacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaaacctaaaacaacaaagcctattaagggacta 42517195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 77 - 174
Target Start/End: Original strand, 45434762 - 45434859
Alignment:
Q  77 cttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  45434762 cttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 45434859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 145
Target Start/End: Original strand, 12465813 - 12465957
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtc-atttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||| ||| || | |||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |  | ||||| |||||||||||||||||    
T  12465813 aaagcctacttacaggtctactttacattaaggtcatcaaatagtttatttgacctactaaataggataaatagactttaaaacctacttaaaagtctat 12465912  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagc 145  Q
    |||| || |||||||| ||||||| |||||||   ||||||||||    
T  12465913 ttcactataagtaaatgttaactagattaaagtcaacttaaaagc 12465957  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 1 - 100
Target Start/End: Original strand, 42077098 - 42077198
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  42077098 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcttactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 42077197  T
Q  100 t 100  Q
    |    
T  42077198 t 42077198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 78 - 158
Target Start/End: Original strand, 18681596 - 18681673
Alignment:
Q  78 ttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaa 158  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| | |||| |||||||||| | ||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  18681596 ttaaagcct-cttaaaattctatttcactgcaagcaaattttaacaacat--aagcctacttaaaagcctataacaacaaa 18681673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 174
Target Start/End: Original strand, 42077176 - 42077223
Alignment:
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  42077176 ttaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 42077223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 1 - 64
Target Start/End: Original strand, 43639122 - 43639186
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatag-tcatttgacctactaaata 64  Q
    |||||||| ||||||| ||||  ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  43639122 gaaagcctacttccaaacctagtttaaattaaggtcatcaaatagttcatttgacctaataaata 43639186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 8e-50; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 46903868 - 46903708
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  46903868 gaaagcctacttacaggcctactttatattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaaaagccta 46903769  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  46903768 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 46903708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 34553890 - 34553731
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  34553890 gaaagcctacttacatgcctactttacatcaagaccatcaaatagttcatttgacccactaaataggctaaacatgccttaaagcctacttaaaagtcta 34553791  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  34553790 tttcactacaactaaattttaactagattaaagcatacttaaatgcctataacaacaaag 34553731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 5258869 - 5259028
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||  ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||    
T  5258869 gaaagcctacttacagacctactttacattaaggtcatcaaatagtgcatttggcctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaaactta 5258968  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5258969 tttcaatacaggtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagcctataacaacaaag 5259028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 50637150 - 50636976
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  50637150 gaaagcctacttacatgcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 50637051  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  50637050 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 50636976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 16 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 22270374 - 22270229
Alignment:
Q  16 agcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaa 114  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||    
T  22270374 agcctactttatattaaggccatcaaatagttcatttgacctactaaataggctaaacaggccttaaagtctgcttaaaagcctatttcactacaagtaa 22270275  T
Q  115 attttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||| |||||    
T  22270274 attttaactagattaaaacatacttaaaagcctataacaataaagc 22270229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 48659469 - 48659627
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    ||||||||  || ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||    
T  48659469 gaaagcctaattacaagcctacttgacattaaggccatcaaatagttcatttgacctactaaataggctaaacaagc-ttaaaacctacttaaaagccta 48659567  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| || |||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  48659568 tttcactataagtaaattttaactagattaaagcctaattagaagcctataacaacaaag 48659627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 12582248 - 12582422
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  12582248 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatctggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 12582347  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| || || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  12582348 tttcactacaagtaaatttcaattagattaaagcatacataaaagcctataacaacaaagcctattaaaggacta 12582422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 17981274 - 17981100
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||   ||||||||||||||||||| |||    
T  17981274 gaaagcctacttacaagcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcatactaaataggttaaacatatcttaaagcctacttaaaagccta 17981175  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  17981174 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 17981100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 33239784 - 33239958
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||  | ||||||||||||||||||| |||    
T  33239784 gaaagcctacttacagacctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttgacctacaaaataggttaaacttgtcttaaagcctacttaaaagccta 33239883  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  33239884 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 33239958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 49389581 - 49389755
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtc-atttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  49389581 gaaagcctacttacaagcctacttcacattaaggccatcaaatagtttatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 49389680  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||  ||| ||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||    
T  49389681 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagtctacataaaagcttataacaacaaagcctattaagggacta 49389755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Original strand, 31843020 - 31843169
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  31843020 acattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaaacctatttcactacaagtaaatttcaacta 31843119  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  31843120 gattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 31843169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 20392884 - 20392740
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaa-gtctatttcagtacaagtaa 114  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||    
T  20392884 gcctacttaacaataaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaagcattaaagcctacttaaaaagcctatttcactataagtaa 20392785  T
Q  115 attttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    |||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  20392784 attttaactagattaaagcctaattaaaagcctataacaacaaag 20392740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Original strand, 4422225 - 4422368
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | | ||||||||    
T  4422225 gcctactttatattaaggtcatcaaatagttcacttggcctactaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctatttaactgcaagtaaa 4422324  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  4422325 ttttaactagattaaagcatacttaaaagcctataacaacaaag 4422368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 28 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 42431705 - 42431558
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | |    
T  42431705 attaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagtctatttcactacaagtaaatttcaacaaga 42431606  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  42431605 ttaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcatattaagggacta 42431558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 3095489 - 3095335
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  3095489 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 3095390  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaa 154  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  3095389 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaa 3095335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 29590446 - 29590272
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  29590446 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcatactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagtcta 29590347  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||  ||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  29590346 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctatataaaaacctataacaacaaagcctattaagggacta 29590272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 35041801 - 35041658
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||| | | ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  35041801 gcctactttatattaaggtcatcaaatagttcatttggcctattaaataagctaaacatgtcctaaagcctacttaaaagcctatttaactacaagtaaa 35041702  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35041701 ttttaactagattaaagcctacttaaaagcctataacaacaaag 35041658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 45783868 - 45783711
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaat 116  Q
    |||||| | ||||||||| |||||||   ||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  45783868 gcctacttcacattaaggtcatcaaaagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaat 45783769  T
Q  117 tttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    || ||||| |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  45783768 ttcaactagattaaagcctacataaaatcctataacaacaaagcctattaagggacta 45783711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 29525254 - 29525414
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    ||||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||  |||||||||||||| |||||  ||    
T  29525254 gaaagcctatttccaagcctactttacattaaggtcatcaaatagttcatttgatctactaaataggttaaacagaccttaaagcctactaaaaagctta 29525353  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||| | |||| |||||||||| | ||||||| ||||||||||| |||| || |||||||    
T  29525354 tttcactgcaagcaaattttaacaagattaaagtttacttaaaagtctattacgacaaagc 29525414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 54 - 174
Target Start/End: Original strand, 36488925 - 36489045
Alignment:
Q  54 cctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataaca 153  Q
    ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||    
T  36488925 cctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataaca 36489024  T
Q  154 acaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||||| ||| || ||||||    
T  36489025 acaaagcctattaagggacta 36489045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 92 - 174
Target Start/End: Original strand, 517777 - 517859
Alignment:
Q  92 aaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||    
T  517777 aaagtctatttcactgcaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaataaagcctattaagggacta 517859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 25)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27595612 - 27595438
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| ||||    
T  27595612 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaattcta 27595513  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  27595512 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcttacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 27595438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 21441938 - 21441764
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || | |||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  21441938 gaaagcctacttacaggtctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagtcta 21441839  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  21441838 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 21441764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 41902813 - 41902639
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  41902813 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttgacatactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagtcta 41902714  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||| | ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  41902713 ttttactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 41902639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 2941099 - 2940939
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||| |||    
T  2941099 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcctaaagcctacttaaaagccta 2941000  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  2940999 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagc 2940939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 10228007 - 10228181
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  10228007 gaaagcctacttacaggactacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 10228106  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  10228107 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagtctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 10228181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 15757625 - 15757451
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| |||||| ||||||   ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  15757625 gaaagcctacttccaggcctactacacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 15757526  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||| | ||| |||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  15757525 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaaacctacataaaagtctataacaacaaagcctattaagggacta 15757451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 45470335 - 45470162
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  45470335 aaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctat 45470236  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  45470235 ttcactacaagtagatttcaactaaattaaatcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 45470162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 2196209 - 2196367
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||    
T  2196209 gcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacttgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagttaa 2196308  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  2196309 tttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 2196367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 13391203 - 13391377
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || ||||||   ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  13391203 gaaagcctacttacaggcctactacacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagacta 13391302  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||| | ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  13391303 tttaactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaatgcctataacaacaaagcctattaagggacta 13391377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 24 - 160
Target Start/End: Original strand, 28489356 - 28489493
Alignment:
Q  24 ttacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaac 122  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||| | |||| ||||||||||    
T  28489356 ttacatcaaggtcatcaaatagttcatttgacctactaaataggctaaacatgccttaaagcctactaaaaagtttatttcacttcaagcaaattttaac 28489455  T
Q  123 taaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
     | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  28489456 aacattaaagcctacttaaaagcctattacaacaaagc 28489493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 160
Target Start/End: Original strand, 31377541 - 31377674
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  |    
T  31377541 attaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataaactaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctatttaactacaagtaaattttaactgga 31377640  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  31377641 ttaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 31377674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 174
Target Start/End: Original strand, 43341329 - 43341502
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||  ||||    
T  43341329 aaagcctgcttccagacctactttacattaaggccatcggatagttcatttggcctactaaataggttaaataggccttaaagcctacttaaaatcctat 43341428  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||  | |||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  43341429 ttcactacaagtaaattttaactagattaaagtcttcttataagcctataacaacaaagcctattaagggacta 43341502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 5667225 - 5667400
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaa-gtct 98  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||    |||||||||||||||||| | ||    
T  5667225 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacttatcttaaagcctacttaaaaagcct 5667324  T
Q  99 atttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  5667325 atttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcatacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 5667400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 15 - 149
Target Start/End: Original strand, 44848167 - 44848302
Alignment:
Q  15 aagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagta 113  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  44848167 aagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagta 44848266  T
Q  114 aattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctat 149  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  44848267 aatttcaactagattaaagcctacataaaagcctat 44848302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 23671126 - 23670952
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | | |||||||  |||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  23671126 gaaagcctacttacaggcctacttcatattaaggttatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 23671027  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  23671026 tttcactacaggtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 23670952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 19 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 34002749 - 34002609
Alignment:
Q  19 ctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaatt 117  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||||    
T  34002749 ctactttacatttaggccatcaaatagttcatttgacctactaaataggctaaacaggccttaaagcctacttaaaagcctatttcact-caagcaaatt 34002651  T
Q  118 ttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| | |||||||| |||||||||| |  |||||||||||    
T  34002650 ttaacaacattaaagcctacttaaaagtccgtaacaacaaag 34002609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Original strand, 48829313 - 48829462
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  48829313 acattaaagccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtattaaagcctacttaaaagtctatttcactacaagtaaatttcaacta 48829412  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     |||||||| ||| |||||  ||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  48829413 gattaaagcctacataaaaatctataacaacaaagcctattaagggacta 48829462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 46191643 - 46191469
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | || | |  |||||||||||||||||| |||    
T  46191643 gaaagcctacttacaagcctacttcacattaaagccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttgaatatgttttaaagcctacttaaaagccta 46191544  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||| | ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  46191543 ttttactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagtctataacaacaaagcatattaagggacta 46191469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 2 - 174
Target Start/End: Original strand, 32584968 - 32585134
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  32584968 aaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctat 32585067  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||| ||||||||||||| ||||       ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  32585068 ttcactacaagtaaatttcaact-------agcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 32585134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 71; E-Value: 6e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 43596120 - 43595974
Alignment:
Q  29 ttaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaat 127  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| ||||| ||    
T  43596120 ttaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacttgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcaccacaactaaatttcaactagat 43596021  T
Q  128 taaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||    
T  43596020 taaagcctacataaaagcttataacaacaaagcctattaagggacta 43595974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 41631542 - 41631393
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||| ||||| |||    
T  41631542 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagtctactcaaaagccta 41631443  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctat 149  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| | |||||||| ||| |||||||||||    
T  41631442 tttcactacaagtaaatttcaacaagattaaagcctacataaaagcctat 41631393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 44410020 - 44409926
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaag 95  Q
    |||||||| |||||| |||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  44410020 gaaagcctacttccaggcctacttttcattaaggtcatcaaatagtcatttgacctactaaatagactaaacaagccttaaaacatacttaaaag 44409926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 21806649 - 21806811
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||                
T  21806649 gaaagcctacttacatgcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagccta------------ 21806736  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  21806737 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaatggacta 21806811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 36 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 35709840 - 35709775
Alignment:
Q  36 catcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||    
T  35709840 catcaaatagttcatttgacatactaaataggctaaacaggtcttaaagcctacttaaaagtctat 35709775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 26 - 87
Target Start/End: Complemental strand, 33450198 - 33450136
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagccta 87  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  33450198 acattatggtcatcaaatagttcattttacatactaaataggctaaacaggccttaaaaccta 33450136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 99; Significance: 1e-48; HSPs: 31)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 18342707 - 18342881
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  18342707 gaaagcctacttacaagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 18342806  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  18342807 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 18342881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 160
Target Start/End: Original strand, 23555896 - 23556055
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||| ||| || |||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  23555896 aaagcctacttacaggcctactttatattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctat 23555995  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    || | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23555996 ttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 23556055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 5499935 - 5499761
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  5499935 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 5499836  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  5499835 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 5499761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 38672107 - 38671933
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  38672107 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 38672008  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  38672007 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 38671933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 10312139 - 10312299
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  10312139 gaaagcctacttacaggcctactttatattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataagctaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 10312238  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  10312239 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagcctgtaacaacaaagc 10312299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 15849962 - 15850136
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || | |||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  15849962 gaaagcctacttacaggactacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 15850061  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  15850062 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 15850136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 16452534 - 16452708
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  16452534 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 16452633  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  16452634 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 16452708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 16461686 - 16461860
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  16461686 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 16461785  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  16461786 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 16461860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 27090796 - 27090635
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaa-gtct 98  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||| ||||    
T  27090796 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttgacctactaaataggttaaacatgtcttaaaacctacttaaaaagtct 27090697  T
Q  99 atttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  27090696 atttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagc 27090635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 13077443 - 13077603
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  13077443 gaaagcctacttacaagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttaacctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 13077542  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | ||||||||| ||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  13077543 ttttactacaagtaattttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagc 13077603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 15321873 - 15321713
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  15321873 gaaagcctacttacaggcctactttatattaaggccatcaaatagttcatttggcttactaaataagctaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 15321774  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  15321773 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagtctataacaacaaagc 15321713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 39919753 - 39919912
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  39919753 gaaagcctacttacatgcctacttcacattaaagccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 39919852  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  39919853 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaag 39919912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 42650011 - 42649853
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    ||||||||  || ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||    
T  42650011 gaaagcctaattacaagcctacttgacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaagc-ttaaaacctacttaaaagccta 42649913  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| || |||||||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||||    
T  42649912 tttcactataagtaaattttaactagattaaagcctaattagaagcctataacaacaaag 42649853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Original strand, 19507231 - 19507380
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  19507231 acattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaatttcaacta 19507330  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||    
T  19507331 gattaaagcctacataaaagcttataacaacaaagcctattaagggacta 19507380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 174
Target Start/End: Original strand, 44912747 - 44912920
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||| ||||||||||||||| ||||    
T  44912747 aaagcctacttacatgcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttcaagcctacttaaaagcctat 44912846  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  44912847 ttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 44912920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 47367473 - 47367313
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||| |||||||||||| |||    
T  47367473 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaagaccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaaacctacttaaaagccta 47367374  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  47367373 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagc 47367313  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 2 - 160
Target Start/End: Original strand, 5616644 - 5616803
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| | |||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  5616644 aaagcctacttacaagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctacaaaatacgttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctat 5616743  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    |||| ||||| ||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  5616744 ttcactacaaataaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagc 5616803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 44779436 - 44779294
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  44779436 gcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttgacctactaaatagattaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaa 44779337  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  44779336 tttcaactagattaaagc-tacataaaagcctataacaacaaag 44779294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 12298283 - 12298457
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||   ||    
T  12298283 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaaactta 12298382  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||| | ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  12298383 tttaactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 12298457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 34049982 - 34049818
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtc-atttgacctactaaataggc----taaacaagccttaaagcctacttaaaag 95  Q
    |||||||| ||| ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||    |||||| |||||||||||||||||||||    
T  34049982 gaaagcctacttacaagcatactttatattaaggccatcaaatagttgatttggcctactaaataagcctactaaacatgccttaaagcctacttaaaag 34049883  T
Q  96 tctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
     |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34049882 cctatttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagcctataataacaaagc 34049818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Original strand, 26257539 - 26257697
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||||| |||    
T  26257539 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcataaagcctacttaaaagccta 26257638  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaa 158  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  26257639 tttcactacaagtaaatttcaactagattacagtctacataaaagcctataacaacaaa 26257697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 5506876 - 5506743
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  5506876 gaaagcctacttacaagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 5506777  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagc 133  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  5506776 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagc 5506743  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 28 - 160
Target Start/End: Original strand, 10805193 - 10805326
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||  |||||| |  |||||||||||||||||  |    
T  10805193 attaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataaactaaacatgccttaaagcctacttaaaaacctatttaacaacaagtaaattttaactgga 10805292  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10805293 ttaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 10805326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 29523041 - 29522881
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||  ||    
T  29523041 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagctta 29522942  T
Q  100 tttcagta-caagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  29522941 tttcactaccaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagtctataacaacaaag 29522881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Original strand, 42384349 - 42384482
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  42384349 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 42384448  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagc 133  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  42384449 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagc 42384482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 7329736 - 7329896
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| |||| ||||| || ||||||| |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  7329736 gaaagcctacttcaaagcccactttacatttaggccatcaagtagttcatttgacctgctaaataggctaaacaagctttaaagcctacttaaaagccta 7329835  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    |||   | |||| ||||||||||   |||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||    
T  7329836 ttttgctccaagcaaattttaacagcattaaagcctacctaaaagcctgtaacaacaaagc 7329896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 17386285 - 17386125
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| | | |||||||||||||||||||  ||    
T  17386285 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaatatgtcttaaagcctacttaaaagctta 17386186  T
Q  100 tttcagtac-aagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  17386185 tttcactacaaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagtctataacaacaaag 17386125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 67 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 37536215 - 37536122
Alignment:
Q  67 ctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  37536215 ctaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctatttaactacaagtaaattttaactggattaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 37536122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Original strand, 6305189 - 6305320
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || |||||||            |||||||| || |||||||    
T  6305189 gcctacttaacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaggctttaaagc------------ctatttcactataagtaaa 6305276  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  6305277 ttttaactagattaaagcctaattaaaagcctataacaacaaag 6305320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #30
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 26 - 158
Target Start/End: Original strand, 46313799 - 46313932
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | || ||  |||||||||| |    
T  46313799 acattatggtcatcaaatagttcattttacatactaaataggttaaacaggccttaaagcctacttaaaagcctattttactaaaaacaaattttaacaa 46313898  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaa 158  Q
     || ||||  |  |||||||||||||||||||||    
T  46313899 cataaaaggctgtttaaaagcctataacaacaaa 46313932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #31
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 34 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 18701053 - 18700938
Alignment:
Q  34 gccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaag 132  Q
    ||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||| | |||||||||||||||            | ||||||||||||| |||||||||||||    
T  18701053 gccatcaaatagttcatttggactactaaataggttaaacatgtcttaaagcctactta------------actacaagtaaatttcaactaaattaaag 18700966  T
Q  133 cttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    | ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  18700965 cctacataaaagcatataacaacaaagc 18700938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 23)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 14921515 - 14921689
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  14921515 gaaagcctacttacatgcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttgacctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 14921614  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  14921615 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 14921689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 32983176 - 32983002
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  32983176 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 32983077  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  32983076 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 32983002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 159
Target Start/End: Original strand, 40680511 - 40680657
Alignment:
Q  14 caagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagt 112  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| || ||||    
T  40680511 caagcctacttaacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaagctttaaagcctacttaaaagcttatttcactataagt 40680610  T
Q  113 aaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    |||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  40680611 aaattttaactagattaaagcctaattaaaaggctataacaacaaag 40680657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Original strand, 24580615 - 24580764
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  24580615 acattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagtctatttcactacaagtaaatttcaacta 24580714  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  24580715 gattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 24580764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 16364956 - 16364782
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||| ||||||||||| |||    
T  16364956 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagactacttaaaagccta 16364857  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  16364856 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcttataacaacaaagcctattaaaggacta 16364782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 23444548 - 23444706
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||    
T  23444548 gcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttgacctactaaataggttaaacttgtcttaaagcctacttaaaaacctatttcactacaagtaaa 23444647  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  23444648 tttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 23444706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 7960501 - 7960352
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| |||||| ||||||||||||    
T  7960501 acattaaggtcatcaaatagttcatttcgcctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttagaagcctttttcactacaagcaaattttaacta 7960402  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     |||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||    
T  7960401 tattaaagcctacttaaaagcctatagcaacaaagcctattaagggacta 7960352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 38600775 - 38600642
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||  |    
T  38600775 attaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataaactaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctatttaacaacaagtaaattttaactgga 38600676  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  38600675 ttaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 38600642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 41478405 - 41478256
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||  ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  41478405 gaaagcctacttacagacctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 41478306  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctat 149  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||    
T  41478305 tttcactacaagtaaattttaactagattaaagcctacataaaagcctat 41478256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 28 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 7383119 - 7382972
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |    
T  7383119 attaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaatcctacttaaaagtctatttcactacaagtaaatttcaactaga 7383020  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||    
T  7383019 ttaaagcctacataaaagcatataacaacaaagcctattaagggacta 7382972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 13450825 - 13450984
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || | |||| | ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | | |||||| |||| |||||||||||    
T  13450825 gaaagcctacttacatgtctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttgacctacaaaataggctaaataggtcttaaaacctaattaaaagtcta 13450924  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||    
T  13450925 tttcagtacaagtaatttttaactagattaaaacctacttaaaaacctataacaacaaag 13450984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 136
Target Start/End: Original strand, 40860809 - 40860943
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatt 101  Q
    ||||||| |||||||  |||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||| |||||    
T  40860809 aaagcctacttccaattctaatttacattaaggtcatcaaatagttatttggcctactaaataggcgaaacaagtcttaaagcatacttaaaagcctatt 40860908  T
Q  102 tcagtacaagtaaattttaactaaattaaagctta 136  Q
    |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  40860909 tcagtataagtaaattttaactagattaaagctta 40860943  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 44710225 - 44710399
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||| | ||||||||||| |||||| |||||||| |||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  44710225 gaaagcctacttacatgcctacttcacattaaagtcatcaaatagttcatttggcctactaattaggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 44710324  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||    
T  44710325 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaaaaaagcctattaagggacta 44710399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Original strand, 8000165 - 8000298
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  8000165 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 8000264  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagc 133  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  8000265 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagc 8000298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 133
Target Start/End: Original strand, 35056344 - 35056461
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  35056344 gcctacttaacaataaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaggccttaaagcctacttaaaagcctatttcactataagtaaa 35056443  T
Q  116 ttttaactaaattaaagc 133  Q
    ||||||||| ||||||||    
T  35056444 ttttaactagattaaagc 35056461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 44755652 - 44755838
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctac----------- 88  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||               
T  44755652 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 44755751  T
Q  89 -ttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     ||||||| |||||||| ||||| ||||||| || || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  44755752 tttaaaagcctatttcactacaaataaatttcaattagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 44755838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 4158168 - 4158327
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || | |||| ||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||   |     
T  4158168 gaaagcctactttcatgtctactttacattaaagtcatcaaatagttcatttgacatactaaataggctaaacatgtcgtaaagcctacttaaaaacatg 4158267  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||  | |||| |||||||||  | |||||||| | ||||||||| ||||| |||||||    
T  4158268 tttcgctgcaagcaaattttaagaacattaaagcatgcttaaaagcatataaaaacaaag 4158327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 46 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 2121121 - 2121007
Alignment:
Q  46 tcatttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagc 145  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||| | |||||| | ||||||||| |    
T  2121121 tcatttgttctactaaataggttaaacaaactttaatacctacttaaaagtctatttcactccaagcaaattttaacaacattaaaacctacttaaaatc 2121022  T
Q  146 ctataacaacaaagc 160  Q
     | ||||||||||||    
T  2121021 ttgtaacaacaaagc 2121007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 93
Target Start/End: Original strand, 12638150 - 12638226
Alignment:
Q  18 cctacattacattaaggccatcaaatagtca-tttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaa 93  Q
    ||||| ||||||| ||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  12638150 cctactttacatttaggtcatcaaatagttaatttgacctactaaataggctaaacaacccttaaagtctacttaaa 12638226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 102
Target Start/End: Original strand, 4377040 - 4377142
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| |||  |||||||  | |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  4377040 gaaagcctactttgaagcctatttaacattatggtcatcaaatagttcattttacatactaaatatgctaaacaggccttaaagcctacttaaaagccta 4377139  T
Q  100 ttt 102  Q
    |||    
T  4377140 ttt 4377142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 61 - 158
Target Start/End: Complemental strand, 39506539 - 39506442
Alignment:
Q  61 aataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaa 158  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | || || ||||||||||| | || | ||  |  |||||||||||||||||||||    
T  39506539 aataggctaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctattttactaaaaataaattttaacaacataacaggctgtttaaaagcctataacaacaaa 39506442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 36 - 87
Target Start/End: Original strand, 26106561 - 26106613
Alignment:
Q  36 catcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagccta 87  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  26106561 catcaaatagttcattttacatactaaataggctaaataggccttaaagccta 26106613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #23
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 26 - 65
Target Start/End: Complemental strand, 41478625 - 41478585
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatag-tcatttgacctactaaatag 65  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  41478625 acattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaatag 41478585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 95; Significance: 3e-46; HSPs: 21)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 18295326 - 18295500
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  18295326 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 18295425  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  18295426 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctatgaagggacta 18295500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 2 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 17870020 - 17869847
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  17870020 aaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctat 17869921  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  17869920 ttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 17869847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 174
Target Start/End: Original strand, 31624306 - 31624464
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  31624306 gcctactttacattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctagttaaaagtctatttcactacaagtaaa 31624405  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  31624406 tttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 31624464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 14949499 - 14949339
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  14949499 gaaagcctacttacatgcctactttatattaaggccatcaaatagttcatttggcatactaaataagctaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 14949400  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  14949399 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagtctataacaacaaagc 14949339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 26 - 174
Target Start/End: Original strand, 15397731 - 15397880
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaacta 124  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||    
T  15397731 acattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagcctatttcactacaagtaaatttcaacta 15397830  T
Q  125 aattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
     |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||    
T  15397831 gattaaagcctacataaaagcctataacaaaaaagcctattaagggacta 15397880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 3e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Original strand, 34855464 - 34855624
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagtc-atttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| ||| ||||||| |||||||||||  ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||  ||    
T  34855464 gaaagcctacttacaggcctactttatattaaggtcatcaaatagtttatttggcctactaaataagctaaacatgccttaaagtctacttaaaagctta 34855563  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  34855564 tttaactacaagtaaattttaactagattaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 34855624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27054472 - 27054298
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | |||||||| | |||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  27054472 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaagactatcaaatagttcattttgcctactaaataggttaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 27054373  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  27054372 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 27054298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 28 - 160
Target Start/End: Original strand, 10017939 - 10018072
Alignment:
Q  28 attaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaa 126  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||  |    
T  10017939 attaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataaactaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctatttaacaacaagtaaattttaactgga 10018038  T
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10018039 ttaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 10018072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 29 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 13916717 - 13916585
Alignment:
Q  29 ttaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaattttaactaaat 127  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||||||||||| ||    
T  13916717 ttaaggtcatcaaatagttcatttgacctattaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaaaagcctatttaactacaaataaattttaactagat 13916618  T
Q  128 taaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    |||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  13916617 taaagcctacttaaaagtctataacaacaaagc 13916585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 28210270 - 28210127
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||||||  | ||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||    
T  28210270 gcctacttaacattaaggccatcaaatcgttcatttggcctactaaataggctaaacagactttaaaacctacttaaaagcctatttcactataagtaaa 28210171  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  28210170 ttttaactagattaaagcctaattaaaagcctataacaacaaag 28210127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 18158527 - 18158701
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||     ||||||||||||||||||| |||    
T  18158527 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaatttatcttaaagcctacttaaaagccta 18158626  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||| | ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  18158627 ttttactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagcctattaagggacta 18158701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 15678152 - 15677992
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || || ||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||| ||| ||||||| |||    
T  15678152 gaaagcctacttacaggcttacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacatgtcttaaagtctatttaaaagccta 15678053  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  15678052 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaaacctataacaacaaagc 15677992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 15 - 174
Target Start/End: Original strand, 36113276 - 36113436
Alignment:
Q  15 aagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagta 113  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  | ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  36113276 aagcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacttgtcttaaagtctacttaaaagcctatttcactacaagta 36113375  T
Q  114 aattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagcttatgaaaggacta 174  Q
    ||||| ||||| |||| ||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||| || ||||||    
T  36113376 aatttcaactagattatagcctacataaaagtctataacaacaaagcctattaagggacta 36113436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 159
Target Start/End: Original strand, 38254842 - 38255001
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| || |||||| | | ||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  38254842 gaaagcctacttacatgcctacttcatattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggataaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 38254941  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||| |||||||  ||| |||||||| ||||||||||||    
T  38254942 tttcactacaagtaaatttcaactagattaaagtctacataaaagccaataacaacaaag 38255001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Original strand, 40084132 - 40084291
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaa-gtct 98  Q
    |||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    ||||||| |||||||||| | ||    
T  40084132 gaaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcatttgacctactaaataggttaaacttatcttaaagtctacttaaaaagcct 40084231  T
Q  99 atttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaa 158  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  40084232 atttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcatacataaaagcctataacaacaaa 40084291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 139
Target Start/End: Original strand, 370321 - 370444
Alignment:
Q  17 gcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagtaaa 115  Q
    |||||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||||| || |||||||    
T  370321 gcctacttaacattaagaccatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacagaccttaaagcctacttaaaagcatatttcactataagtaaa 370420  T
Q  116 ttttaactaaattaaagcttactt 139  Q
    ||||||||| |||||||| |||||    
T  370421 ttttaactatattaaagcctactt 370444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 159
Target Start/End: Original strand, 11877613 - 11877758
Alignment:
Q  15 aagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctatttcagtacaagta 113  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||  | ||||||| ||||||||||  |||||||| ||||| ||    
T  11877613 aagcctacttcacattaagaccatcaaatagttcatttggcctactaaataggttaaacttgtcttaaagtctacttaaaaacctatttcactacaaata 11877712  T
Q  114 aattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaag 159  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||    
T  11877713 aatttcaactagattaaagcctacataaaagtctataacaacaaag 11877758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 1 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 3881046 - 3880946
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||| |||    
T  3881046 gaaagcctacttacaagcctactttatattaagaccatcaaatagttcatttggcctactaaataagctaaacatgtcttaaagcctacttaaaagccta 3880947  T
Q  100 t 100  Q
    |    
T  3880946 t 3880946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 27332447 - 27332370
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctattt 102  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  27332447 acattatggtcatcaaatagttcattttacatactaaataggttaaacaggccttaaagcctacttaaaagcctattt 27332370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 37 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 24427806 - 24427741
Alignment:
Q  37 atcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctattt 102  Q
    |||||||||| ||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  24427806 atcaaatagttcattttacatactaaataggctaaaca-gacttaaagcctacttaaaagtctattt 24427741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 127 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 3880968 - 3880935
Alignment:
Q  127 ttaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  3880968 ttaaagcctacttaaaagcctataacaacaaagc 3880935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0275 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0275
Description:

Target: scaffold0275; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 2 - 160
Target Start/End: Original strand, 9274 - 9433
Alignment:
Q  2 aaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtctat 100  Q
    ||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||||||| ||||    
T  9274 aaagcctacttacaggcctacttcacattaaggccatcaaatagttcattcggcctactaaataggttaaacatgttttaaagcctacttaaaagcctat 9373  T
Q  101 ttcagtacaagtaaattttaactaaattaaagcttacttaaaagcctataacaacaaagc 160  Q
    |||| ||||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  9374 ttcactacaagtaaatttcaactagattaaagcctacataaaagcctataacaacaaagc 9433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0422 (Bit Score: 66; Significance: 6e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0422
Description:

Target: scaffold0422; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 129
Target Start/End: Original strand, 10756 - 10885
Alignment:
Q  1 gaaagccttcttccaagcctacattacattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctacttaaaagtcta 99  Q
    |||||||| ||| ||  ||||| ||| ||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10756 gaaagcctacttacagacctactttatattaaggtcatcaaaaagttcatttggcctactaaataagctaaacatgccttaaagcctacttaaaagtcta 10855  T
Q  100 tttcagtacaagtaaattttaactaaatta 129  Q
    ||| | ||||||||||||||||||| ||||    
T  10856 tttaactacaagtaaattttaactagatta 10885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0886 (Bit Score: 46; Significance: 5e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0886
Description:

Target: scaffold0886; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 26 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 1737 - 1672
Alignment:
Q  26 acattaaggccatcaaatagt-catttgacctactaaataggctaaacaagccttaaagcctactt 90  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1737 acattaaggtcatcaaatagttcatttggcctactaaataggctaaacaggccttaaagcctactt 1672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 1861 times since January 2019
Visitors: 3238