View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0438_2D_low_50 (Length: 248)

Name: NF0438_2D_low_50
Description: NF0438_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0438_2D_low_50
NF0438_2D_low_50
[»] chr3 (28 HSPs)
chr3 (1-229)||(9838323-9838551)
chr3 (1-229)||(9849201-9849429)
chr3 (1-229)||(10076728-10076956)
chr3 (1-229)||(10376224-10376452)
chr3 (1-229)||(10580063-10580291)
chr3 (1-227)||(10088252-10088478)
chr3 (1-227)||(10195135-10195361)
chr3 (1-229)||(10434423-10434651)
chr3 (40-166)||(10085609-10085735)
chr3 (40-166)||(10192529-10192655)
chr3 (11-229)||(8860758-8860976)
chr3 (1-197)||(10364209-10364405)
chr3 (1-207)||(11768696-11768902)
chr3 (11-208)||(10888778-10888975)
chr3 (11-208)||(11149254-11149451)
chr3 (17-208)||(11160417-11160608)
chr3 (11-229)||(11131405-11131623)
chr3 (58-207)||(10126435-10126584)
chr3 (58-207)||(13170550-13170699)
chr3 (58-207)||(13332423-13332572)
chr3 (148-207)||(13289274-13289333)
chr3 (58-207)||(10260205-10260354)
chr3 (148-207)||(13160589-13160648)
chr3 (109-204)||(10526929-10527024)
chr3 (148-207)||(13343698-13343757)
chr3 (109-165)||(10517058-10517114)
chr3 (109-165)||(10541544-10541600)
chr3 (109-165)||(11782422-11782478)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (1-227)||(50186-50412)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-229)||(26906359-26906587)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (53-208)||(31680139-31680294)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (53-208)||(44958109-44958264)
chr8 (74-207)||(11484552-11484685)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (58-207)||(136289-136438)
scaffold0002 (148-207)||(146340-146399)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 229; Significance: 1e-126; HSPs: 28)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 9838323 - 9838551
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838323 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 9838422  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838423 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 9838522  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9838523 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 9838551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 9849201 - 9849429
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9849201 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 9849300  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9849301 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 9849400  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9849401 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 9849429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 10076728 - 10076956
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||| || || ||||| |||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10076728 caaaaacacaaatctgaatgtatcactcttcagacagttacaaacaaccatgctcaatcttcaggctgtactagatgatgcagaggagaagcagatcagc 10076827  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  10076828 aatccccatgtcagacagtggcttgataacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggacttgctcaacgaaatcagttacgattcactgcgatgcaagg 10076927  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 229  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10076928 tggagaatgcacaagctcaaaacaaaact 10076956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 10376452 - 10376224
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||| |||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||| |    
T  10376452 caaaaacaccaaactcaatgtctcactcttgaggcagttaaaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgatgcagaggagaagcagatcatc 10376353  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    |||||   |||||| || ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10376352 aatccttctgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttatgattccctgcgatgcaagg 10376253  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 229  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10376252 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 10376224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 10580063 - 10580291
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||  |||||| |||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||      
T  10580063 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagcttaaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgatgcagaggagaagcagatcaat 10580162  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    |||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10580163 aatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctatcattgatgctgaggacttgctcaatgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 10580262  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 229  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||    
T  10580263 tggagaatacacaagctcaaaacaaaact 10580291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 10088252 - 10088478
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||| |  || ||||  |||||| |||||| | ||| || |||||||| |||||||||||||||| |    
T  10088252 caaaaacaccaagttgaatgtctcactctcgaggcagctgaaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgatgcggaggagaagcagatcaac 10088351  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    |||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  10088352 aatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgctcagcgaaatcagttatgattcccttcgatgcaagg 10088451  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaa 227  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  10088452 tggagaatgcacaagctcaaaacaaaa 10088478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Original strand, 10195135 - 10195361
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |  || ||||  |||||| |||||| | ||| || |||||||| |||||||||||||||| |    
T  10195135 caaaaacaccaagttgaatgtctcactcttgaggcagctgaaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgatgcggaggagaagcagatcaac 10195234  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    |||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  10195235 aatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgttcagcgaaatcagttatgattcccttcgatgcaagg 10195334  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaa 227  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||    
T  10195335 tggagaatgcacaagctcaaaacaaaa 10195361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 10434651 - 10434423
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |  || ||||  | |||| |||||| | ||| || ||||||||||||||||||||||||| |    
T  10434651 caaaaacaccaagctcaatgactcactcttgaggcagctgaaaacaacacttctcactcttcaagttgtgctggatgatgcagaggagaagcagatcaac 10434552  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    || ||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||    
T  10434551 aaacctgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggacttgctcaacgaaatcagttatgattcccttcgatccaagg 10434452  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 229  Q
    |||||||| || | |||||||||||||||    
T  10434451 tggagaatacacatgctcaaaacaaaact 10434423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 40 - 166
Target Start/End: Original strand, 10085609 - 10085735
Alignment:
Q  40 acaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagat 139  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10085609 acaaacaaccatgctcaatcttcaggctgtactagatgatgcaaaggagaagcagatcagtaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagat 10085708  T
Q  140 gttgtctttgatgctgaggatttgctc 166  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  10085709 gttttctttgatgctgaagatttgctc 10085735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 40 - 166
Target Start/End: Original strand, 10192529 - 10192655
Alignment:
Q  40 acaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagat 139  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10192529 acaaacaaccatgctcaatcttcaggctgtactagatgatgcaaaggagaagcagatcagtaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagat 10192628  T
Q  140 gttgtctttgatgctgaggatttgctc 166  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||    
T  10192629 gttttctttgatgctgaagatttgctc 10192655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 11 - 229
Target Start/End: Original strand, 8860758 - 8860976
Alignment:
Q  11 aagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatg 110  Q
    ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||  ||||   |||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||    ||    
T  8860758 aagctgaacgtctcactcttgaagcagttacaagcaacgctgctggttcttcaagctgtgctggatgatgcagaggagaagcagatcaacaatcgtgctg 8860857  T
Q  111 tcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaatgc 210  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||  | ||||||||||||||| || |    
T  8860858 tcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctctctttgatgctgaggatttgctcaaccaaatcagttatgattcattacgatgcaaggtggaggatac 8860957  T
Q  211 aaaagctcaaaacaaaact 229  Q
    | |||||  ||||||||||    
T  8860958 acaagctgcaaacaaaact 8860976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 10364405 - 10364209
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||| | ||| || ||||| ||||| ||||||||||||| |    
T  10364405 caaaaacaccaaactcaatgactcactcttgaggcagttacaaacaacactgctcactcttcaagttgtgctggatgacgcagaagagaagcagatcaac 10364306  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgca 197  Q
    |||||   ||||||||| |||||||||  ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10364305 aatcctgctgtcaaacaatggcttgatggcttgaaagatgctgtctttgatgccgaggatttgcttcacgaaatcagttatgattccctgcgatgca 10364209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 207
Target Start/End: Original strand, 11768696 - 11768902
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| | |    
T  11768696 caaaaacaccaagctgaatgtctcactcttgaggcaattaaaaacaaccctgctcacacttcaggctgtactggatgatgcggaggagaagcagatgaac 11768795  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    ||||    ||||||||| ||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||| |  |||| ||||| || ||||| |||||||||     
T  11768796 aatcttgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagacgctatctttgatgctgaggatttactcgatcaaataagttatgactccctccgatgcaaga 11768895  T
Q  201 tggagaa 207  Q
    |||||||    
T  11768896 tggagaa 11768902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 11 - 208
Target Start/End: Original strand, 10888778 - 10888975
Alignment:
Q  11 aagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatg 110  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||   |||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||| |    ||    
T  10888778 aagctgaatgtctcactcttgaagcagttacaaacaacgctgctggttcttcaagctgtgctggatgatgctgaggagaagcagatcaacaaccgtgctg 10888877  T
Q  111 tcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaat 208  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| || ||  ||||||||||||||||||||    
T  10888878 tcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgcggaggatttgctgaaccaaattagttatgaatcattgcgatgcaaggtggagaat 10888975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 11 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 11149451 - 11149254
Alignment:
Q  11 aagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatg 110  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||   |||||| ||||| || |||||||| || ||||||||||||| ||||||   ||    
T  11149451 aagctgaatgtctcactcttgaagcagttacaaacaacactgctggttcttcaagctgtgctggatgatgctgatgagaagcagatcaacaatcctgctg 11149352  T
Q  111 tcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaat 208  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||  |||| ||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  11149351 tcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgccgaggatttgctgaatcaaattagttatgaatcactgcgatgcaaggtggagaat 11149254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 11160608 - 11160417
Alignment:
Q  17 aatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaac 116  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||   ||| || ||||| || |||||||||||||||||| |||||| ||| |    ||||||||    
T  11160608 aatgtctcactcttgaagcagttacaaacaacgttgctggttctacaagctgtgctggatgatgcagaggagaagtagatcaacaaccgtgctgtcaaac 11160509  T
Q  117 agtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaat 208  Q
    | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||  |||| ||||| || || |||||||||||||||||||||    
T  11160508 aatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgccgaggatttgctgaatcaaattagttatgaatcactgcgatgcaaggtggagaat 11160417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 11 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11131623 - 11131405
Alignment:
Q  11 aagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatg 110  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||   |||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||| |    ||    
T  11131623 aagctgaatgtctcactcttgaagcagttacaaacaacactgctggttcttcaagctgtgctggatgatgctgaggagaagcagatcaacaaccgtgctg 11131524  T
Q  111 tcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaatgc 210  Q
    ||||| | ||| ||||| |||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| ||  |||| ||||| || || ||||||||||||||||||||| |    
T  11131523 tcaaaaaatgggttgatgacttgaaagatgctatctttgatgcggaggatttgctgaatcaaattagttatgagtcactgcgatgcaaggtggagaatac 11131424  T
Q  211 aaaagctcaaaacaaaact 229  Q
    | |||||  ||||||||||    
T  11131423 acaagctgcaaacaaaact 11131405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 58 - 207
Target Start/End: Original strand, 10126435 - 10126584
Alignment:
Q  58 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 157  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||    ||||||| ||||| |||   || |||||||   ||| ||||||||||    
T  10126435 tcttgaggttgtactagatgatgcagaggagaagcagatcctcaaacccagaatcaaacaatggctggatcggttaaaagatgcaatctatgatgctgag 10126534  T
Q  158 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||||||||||  ||||||| ||| || |||| ||||||||| |||||||    
T  10126535 gatttgctcaatcaaatcagctacaatgccctacgatgcaagctggagaa 10126584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 58 - 207
Target Start/End: Original strand, 13170550 - 13170699
Alignment:
Q  58 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 157  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| |||| |||  |   ||||||||| ||| | ||| |  |||||||||   ||| ||||||||||    
T  13170550 tcttcaggcggttcttgatgatgcagaacagaagcaaatcaccaacactgctgtcaaacaatggatggatcaactgaaagatgcaatctatgatgctgag 13170649  T
Q  158 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  13170650 gatttgcttaaccaaatcaattacgactccctccgatgtaaggtggagaa 13170699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 58 - 207
Target Start/End: Original strand, 13332423 - 13332572
Alignment:
Q  58 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 157  Q
    ||||||||| || || |||||||||||  ||||||| |||| |||  |   ||||||||| ||| | ||| |  |||||||||   ||| ||||||||||    
T  13332423 tcttcaggcggtgctggatgatgcagaacagaagcaaatcaccaacactgctgtcaaacaatggttggatcagctgaaagatgcaatctatgatgctgag 13332522  T
Q  158 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13332523 gatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaa 13332572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 148 - 207
Target Start/End: Original strand, 13289274 - 13289333
Alignment:
Q  148 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  13289274 tgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtaaggtggagaa 13289333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 207
Target Start/End: Original strand, 10260205 - 10260354
Alignment:
Q  58 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 157  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||    ||||||| ||| | |||   || |||||||   ||| ||||||||||    
T  10260205 tcttgaggttgtactagatgatgcagaggagaagcagatcctcaaacccagaatcaaacaatggttggatcggttaaaagatgcaatctatgatgctgag 10260304  T
Q  158 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||||||||||  ||||||| ||| || |||| ||||||||| |||||||    
T  10260305 gatttgctcaataaaatcagctacaatgccctacgatgcaagctggagaa 10260354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 148 - 207
Target Start/End: Original strand, 13160589 - 13160648
Alignment:
Q  148 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  13160589 tgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtacggtggagaa 13160648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 109 - 204
Target Start/End: Original strand, 10526929 - 10527024
Alignment:
Q  109 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtgga 204  Q
    ||||||||| |||||| || ||||||||||||   | ||||||||||| ||||||||  ||  |||||| |||||| | ||||| |||||||||||    
T  10526929 tgtcaaacaatggcttcatgacttgaaagatgcaatatttgatgctgaagatttgcttgacttaatcagctacgatgctctgcggtgcaaggtgga 10527024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 148 - 207
Target Start/End: Original strand, 13343698 - 13343757
Alignment:
Q  148 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||  ||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  13343698 tgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaactacgactccctgcgatgtacggtggagaa 13343757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 165
Target Start/End: Original strand, 10517058 - 10517114
Alignment:
Q  109 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgct 165  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||   |||||||| |||| ||||||||    
T  10517058 tgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgcaatctttgattctgaagatttgct 10517114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 165
Target Start/End: Original strand, 10541544 - 10541600
Alignment:
Q  109 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgct 165  Q
    |||||| || ||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||    
T  10541544 tgtcaagcaatggcttgatgacttgaaagatgcaatctttgatgctgaagatttgct 10541600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 109 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 11782478 - 11782422
Alignment:
Q  109 tgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgct 165  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||   | ||||||||||| ||||||||    
T  11782478 tgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgcaatatttgatgctgaagatttgct 11782422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 50412 - 50186
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||  | |||| |||||| | ||| || |||||||| |||||||||||||||| |    
T  50412 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagctgaaaacaacacttctcactcttcaagttgtgctggatgatgctgaggagaagcagatcaac 50313  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    |||||   ||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  50312 aatcctgctgtcaaactatggcttgatgacttgaaagatgctgtctttgatgctgaggacttgctcagcgaaatcagttatgattccctgcgatgcaagg 50213  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaa 227  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||    
T  50212 tggagaatgcaaaagctcaaagcaaaa 50186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 229
Target Start/End: Original strand, 26906359 - 26906587
Alignment:
Q  1 caaaaacactaagctcaatgtctcactcttgaggcagttacaagcaaccatgctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagc 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||  |||||| ||| |||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||| |    
T  26906359 caaaaacaccaagctcaatgtctcactcttgaggcagctaaaaacaacactgctcactctgcaggttgtgctggatgatgcagaggagaaacagatcaac 26906458  T
Q  101 aatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaagg 200  Q
    |||||   ||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |    
T  26906459 aatcctgctgtcaaacaatggcttgatgacttgaaagatgctatctttgatgttgaggacttgctcaacgaaattagttatgattccctgcgatgcaaag 26906558  T
Q  201 tggagaatgcaaaagctcaaaacaaaact 229  Q
    | |||||| || |||||||||||||||||    
T  26906559 tcgagaatacacaagctcaaaacaaaact 26906587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 53 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 31680294 - 31680139
Alignment:
Q  53 ctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatg 152  Q
    |||| |||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||||| |||||  | ||||||||| ||||||||| | ||||||||||   | | |||||    
T  31680294 ctcactcttcatgctgttcttgatgatgctgagaagaagcagatcaacaatcttcctgtcaaacaatggcttgatgagttgaaagatgcaatatatgatg 31680195  T
Q  153 ctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaat 208  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| |||| |||  || ||||||||||||||    
T  31680194 ctgaggatttgctcaaccagatcagttatgattgccttagaagcaaggtggagaat 31680139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 53 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 44958264 - 44958109
Alignment:
Q  53 ctcaatcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatg 152  Q
    |||| |||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||| ||| |    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||    | |||||||    
T  44958264 ctcactcttcaggttgtgcttgatgatgcagaggagaagcaaatcaccaaccttactgtcaaacaatggcttgatgacttgaaaaatacaatatttgatg 44958165  T
Q  153 ctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaat 208  Q
    | ||||||||||||||| |||| || || ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  44958164 ccgaggatttgctcaaccaaattagctatgattccctgcgttgcaaagtggagaat 44958109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 74 - 207
Target Start/End: Original strand, 11484552 - 11484685
Alignment:
Q  74 gatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgaggatttgctcaacgaaa 173  Q
    ||||||||||| ||||||||||||    | ||| |  ||||||| |||||||||   ||||||||||   |||||||||||||||||||||| || ||||    
T  11484552 gatgatgcagaagagaagcagatccttcaacccaaaatcaaacaatggcttgatcggttgaaagatgcaatctttgatgctgaggatttgcttaatgaaa 11484651  T
Q  174 tcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||| || ||| || ||||||||||||| |||||    
T  11484652 tcagctatgatgccttgcgatgcaaggtagagaa 11484685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 58 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 136438 - 136289
Alignment:
Q  58 tcttcaggctgttctagatgatgcagaggagaagcagatcagcaatccccatgtcaaacagtggcttgataacttgaaagatgttgtctttgatgctgag 157  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| |||| |||  |   ||||||||| ||| | ||| |  |||||||||   ||| ||||||||||    
T  136438 tcttcaggcggttcttgatgatgcagaacagaagcaaatcaccaacactgctgtcaaacaatggatggatcaactgaaagatgcaatctatgatgctgag 136339  T
Q  158 gatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||||||| ||| |||||| |||||| ||||| ||||| |||||||||||    
T  136338 gatttgcttaaccaaatcaattacgactccctccgatgtaaggtggagaa 136289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 148 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 146399 - 146340
Alignment:
Q  148 tgatgctgaggatttgctcaacgaaatcagttacgattccctgcgatgcaaggtggagaa 207  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||    
T  146399 tgatgctgaggatttgcttaaccaaatcaattacgactccctgcgatgtacggtggagaa 146340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University

This website was viewed 162 times since January 2019
Visitors: 3259