View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF0440-8F-Insertion-2 (Length: 773)

Name: NF0440-8F-Insertion-2
Description: NF440-8F
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF0440-8F-Insertion-2
NF0440-8F-Insertion-2
[»] chr6 (22 HSPs)
chr6 (100-772)||(14112185-14112857)
chr6 (95-766)||(13890694-13891354)
chr6 (136-772)||(14016789-14017425)
chr6 (105-428)||(13860714-13861037)
chr6 (103-443)||(14027106-14027446)
chr6 (104-428)||(13943024-13943348)
chr6 (95-500)||(13470610-13471015)
chr6 (346-711)||(13873221-13873583)
chr6 (112-428)||(14086645-14086964)
chr6 (552-772)||(13861116-13861336)
chr6 (484-772)||(14086376-14086661)
chr6 (412-766)||(13470999-13471347)
chr6 (345-623)||(14026857-14027132)
chr6 (573-772)||(13942773-13942972)
chr6 (100-443)||(13872831-13873174)
chr6 (574-737)||(14048917-14049080)
chr6 (347-441)||(13873150-13873244)
chr6 (675-772)||(14026750-14026847)
chr6 (345-428)||(13471004-13471087)
chr6 (100-242)||(14049097-14049239)
chr6 (484-533)||(13861021-13861070)
chr6 (484-528)||(13942996-13943040)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 297; Significance: 1e-166; HSPs: 22)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 100 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 14112857 - 14112185
Alignment:
Q  100 ttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccat 199  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||  |   ||  |||| |||     
T  14112857 ttttatatcagtggtgatatccacaagtcactgatagagttgcagcaattaaagtatttgaacctcagtggaaataattttgaaggcaaagatatcccaa 14112758  T
Q  200 atttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaa 299  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||| |||  ||||||||||||||||| ||| || |||||||||||    
T  14112757 gtttctttggatctctaagaaacctaagaaaccttgatctttcaaattgttattttggcggacgaattcctattccattggggtctctttcacatttgaa 14112658  T
Q  300 atacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttg 399  Q
    |||| | ||||||||    |||  ||| |||||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   | |||  ||||    
T  14112657 atacataaatctttccaacaatcgtctagatggtgtgattcctaatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcaacaataatggtttg 14112558  T
Q  400 gaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagtatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaa 499  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | | | ||||| |     |||   ||  ||||||  || ||||||||| ||||||    
T  14112557 gaaggaagcattccatctcaacttggaaatctttccaacttgcaatttcttgatctcagcatcaatggttttgaaggaagcattccatctcaaattggaa 14112458  T
Q  500 agcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtc 599  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14112457 agcttacaaatctacaagagctttatcttggaagaagggatgctgatagtgctctgacaattggcaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtc 14112358  T
Q  600 taatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgata 699  Q
    |||||| || |||||||||||||||||  ||  ||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||| | |    
T  14112357 taatctaacctctttaacccatcttcatctgatgtcaatatctaatcttgataaatttaatagttggtttcaaatggttggtaagttaccaaaactaaga 14112258  T
Q  700 gaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatccattccttgagtcaatccaagttcagctttt 772  Q
    ||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  14112257 gaactaagtttaagaaattgtgacctttctgatcattttatccattcattgagtcaatccaagttcaactttt 14112185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 95 - 766
Target Start/End: Original strand, 13890694 - 13891354
Alignment:
Q  95 ataacttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatat 194  Q
    |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||   | | || |    
T  13890694 ataaattttatatcatgggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacagttacaatatttgaacctcaacagaaataattttagagggagtcatgt 13890793  T
Q  195 tccatatttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacat 294  Q
     |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| |||||||||||| ||| |||||||| |  |||    
T  13890794 cccaggtttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcttattgcggttttggaggacaaattcctattcaatttgagtcactttaccat 13890893  T
Q  295 ttgaaatacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatc 394  Q
    ||||||||||||||  ||||  | ||| |||| |||||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  13890894 ttgaaatacttgaaaatttccggcaatgatctggatggtttgattcctca---acttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatcttagccgcaatc 13890990  T
Q  395 atttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagtatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaact 494  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||  |||||||||  || || ||||||||||| || |||||    
T  13890991 ttttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctccttggaaattcttttaatggaaaaataccttcacaact 13891090  T
Q  495 tggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtgg 594  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||| || | ||| ||    ||  |  || | |||| |||||||  ||| |   ||||||||  |||||||  |||    
T  13891091 tggaaagcttaccaacctacaagagcttcatttcggagga---tatagtcttagttctctaacaattgacaacgg---agatcacaacggaggtc--tgg 13891182  T
Q  595 ttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaac 694  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||| ||  |||||||||||  ||| |||||||||| ||| |||||    
T  13891183 ttatctaatcttacttctttaacccatcttcacatgttgtcaatatctagtcttgataaatccaatagttggttgcaaatggttggtaagctactaaaac 13891282  T
Q  695 tgatagaacta-agtt--taagtgaatgtggcctttctgatcattttatccattccttgagtcaatccaagttca 766  Q
    ||| ||||||| ||||  |||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||    
T  13891283 tgagagaactagagttaataagt---tgtggcctttctgatcattttatccattctttgagtaaatcgaagttca 13891354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 136 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 14017425 - 14016789
Alignment:
Q  136 gagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatatttctttggatctttaagaaacctaagataccttg 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||| |||||||  |   |||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14017425 gagttgcaacaattacaatatttgaacttcagtagaattaattttgaaggcaattctataccaggtttctttggatctttaagaaacctaagataccttg 14017326  T
Q  236 atctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaatacttgaatctttcatggaattatctcgatggttt 335  Q
    ||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||    ||| |||| |||||| |    
T  14017325 atctttcaatttgcaatcttggaggacaaattcctattcaattggagtctctttcacatttgaaatacttggatctttccaacaatcatctagatggtgt 14017226  T
Q  336 gattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctcc 435  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14017225 gattcctcatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcaacaccaatgatttggatggaagcattccatctcaacttggaaatctctcc 14017126  T
Q  436 aacttgcagtatttggatcttattggaaattta---ttaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaa 532  Q
    |||||||| | | | ||||| |     ||  |    ||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |     
T  14017125 aacttgcaatttcttgatctcagccacaacattggtttggaaggaagaattccatctcaacttggaaagcttacaaacctacaagagctttatcttgaag 14017026  T
Q  533 gaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtg 632  Q
    || |  | | |  ||    ||| ||| |||  |||   || || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  14017025 gaggatacgtttttagatttctaacagttgacaac--gac-gaacccagtggaggtcagtggttgtctaatcttaattctttaacccatcttcacatgtc 14016929  T
Q  633 gtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgat 732  Q
    ||||||||||||| || ||| || ||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  14016928 gtcgatatctaatcttaataaatctaatagttggttgcaaatggttggtaagttaccaaaactgagagaactaagtttaagagattgtggcctttctgat 14016829  T
Q  733 cattttatccattccttgagtcaatccaagttcagctttt 772  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  14016828 cattttatccattcattgagtcaatccaagttcaactttt 14016789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 105 - 428
Target Start/End: Original strand, 13860714 - 13861037
Alignment:
Q  105 tatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatatttc 204  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |  | | |||  ||||    
T  13860714 tatcaggggtgatatccacaagtcattggtggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaagagtattctaccaggtttc 13860813  T
Q  205 tttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaatact 304  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||| || || |||||||||||||    
T  13860814 tttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgtcattttggaggacaaattcatattcaatttgagtctctttcgcatttgaaatact 13860913  T
Q  305 tgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaagg 404  Q
    |||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||    
T  13860914 tgaatctttcgtggaatcatctagatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctacaattttttggaagg 13861013  T
Q  405 aagcattccatctcaacttggaaa 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  13861014 aagcattccatctcaacttggaaa 13861037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 103 - 443
Target Start/End: Complemental strand, 14027446 - 14027106
Alignment:
Q  103 tatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatatt 202  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||  |   |||| ||| | |  ||    
T  14027446 tatatcagtggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagtagaaataattttgaaggcaattctatactaggtt 14027347  T
Q  203 tctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaata 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  14027346 tctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcatattgtcattttggaggacaaattcctattcaattggagtctctttcacatttgaaata 14027247  T
Q  303 cttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaa 402  Q
    ||||||||||||    |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||    
T  14027246 cttgaatctttccaacaatcttctagatggtttgattcctcatcaacttggaggtctctccaacttgcaatttcttgatctcagccacaattatttggaa 14027147  T
Q  403 ggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgca 443  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14027146 ggaagcattccatgtcaacttggaaatctctccaacttgca 14027106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 104 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 13943348 - 13943024
Alignment:
Q  104 atatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatattt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||||||||||  |   |||| ||| |||  |||    
T  13943348 atatcagcggtgatatccacaagtcactgatggagttgcaacagttacaatatttgaacttcagtagaaataattttgaaggcaattctataccaggttt 13943249  T
Q  204 ctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaaatac 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||    
T  13943248 ctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttcatattgttattttcgaggacaaattcctattcaattggagtctctttcacatttgaaatac 13943149  T
Q  304 ttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaag 403  Q
    ||||||||||| |  |||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| |||||||||    
T  13943148 ttgaatctttcctacaatcttctagatggtttgattcctcatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcagcaacaattatttggaag 13943049  T
Q  404 gaagcattccatctcaacttggaaa 428  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  13943048 gaagcattccatctcaacttggaaa 13943024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 95 - 500
Target Start/End: Original strand, 13470610 - 13471015
Alignment:
Q  95 ataacttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatat 194  Q
    |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||  | ||||||||||||  |   ||||||||    
T  13470610 ataaattttatatgagtggtgatatccacaagtcattgatggagttgcagcaattaaagtatttgaaccttggtggaaataattttgaaggcaattatat 13470709  T
Q  195 tccatatttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacat 294  Q
     | |  | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||| || || |||    
T  13470710 cctaagtatctttggatctctaagaaacctaagataccttgatctttcaggttgcaatcttggaggacaaattcctattcaattcgagtctctttctcat 13470809  T
Q  295 ttgaaatacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatc 394  Q
    |||||||||||||||||||||   ||   ||| |||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||    
T  13470810 ttgaaatacttgaatctttcaaacaaccgtctagatggtgttattcctcatcgacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcaggaacaatc 13470909  T
Q  395 atttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagtatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaact 494  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || || | ||| | |||||     |||||   || |||||||||||||||||||||||    
T  13470910 gtttggaaggaagcattccaactcaacttggaaatctcttcgacatggaatatcttgatctccaccgaaatagttttaaaggaaaaataccatctcaact 13471009  T
Q  495 tggaaa 500  Q
    ||||||    
T  13471010 tggaaa 13471015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 162; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 346 - 711
Target Start/End: Original strand, 13873221 - 13873583
Alignment:
Q  346 caacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagt 445  Q
    ||||||| | |||||||||||||| |||||||| |||| | | ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |    
T  13873221 caacttgaaaatctctccaacttgaaatttcttcatctcaaaaacaatgatttggaaggaaggattccatcccaacttggaaatctctccaacttgcaat 13873320  T
Q  446 atttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatga 545  Q
     | | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| || |  ||| |||    
T  13873321 ttcttgatctctttggaaattctttaaaaggaaaaataccatatcaacttggaaagcttacaaacctacaagatctttatcttggaggaggatatggtga 13873420  T
Q  546 taatgctctgacaattggaaac-agtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaa 644  Q
    || | |||||| |||||  ||| ||    ||||||||||||||| |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  13873421 tagtactctgataattgacaacgag----gatcacagtggaggtaagtggttgttgaatctaacttctttaacccatcttcagatgttgtcaatatctaa 13873516  T
Q  645 tattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgatagaactaagttta 711  Q
    | ||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  13873517 tcttgatagatttaatagttggttgcaattggttggtaagctaccaaaactgaaagaactaagttta 13873583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 112 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 14086964 - 14086645
Alignment:
Q  112 ggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccatatttctttggat 211  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||| | || |||||||| ||  ||||| |||||  |   ||| |||| |||  |||||||||||    
T  14086964 ggtgatatccacaactcactgatggagttgcaaaaattaaagtacttgaacctaagtagaaatgattttcaaggcaatcatatcccaagtttctttggat 14086865  T
Q  212 ctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaa---aattcctattccattggagtcactctcacatttgaaatacttgaa 308  Q
    || | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||| |   ||||||||||| ||||||||| || |  |||||||||||||||||    
T  14086864 ctctgagaaacctaagataccttgatctttcatattgcaattttgaaggagatcaaattcctattcaattggagtctcttttgcatttgaaatacttgaa 14086765  T
Q  309 tctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagc 408  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||| | |||||||||||     
T  14086764 tctttcatggaattatctagatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatctcagcaacaatgacttggaaggaagt 14086665  T
Q  409 attccatctcaacttggaaa 428  Q
    ||||||| ||||||||||||    
T  14086664 attccatatcaacttggaaa 14086645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 141; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 552 - 772
Target Start/End: Original strand, 13861116 - 13861336
Alignment:
Q  552 tctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgat 651  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||| ||||||||| |||||    
T  13861116 tctgacaattgacaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcatctgatgtcaatatctaatcttgat 13861215  T
Q  652 agatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatccattccttga 751  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13861216 aaatttaatagttggttaaaaatggttggtaagttaccaaaactaagagaactaagtttaagaaattgtgacctttctgatcattttatccattcattga 13861315  T
Q  752 gtcaatccaagttcagctttt 772  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  13861316 gtcaatccaagttcaactttt 13861336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 484 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 14086661 - 14086376
Alignment:
Q  484 ccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtg 583  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |||| |||| ||||||||||||||  ||||     ||||||||||    
T  14086661 ccatatcaacttggaaagcttacgaacctacaagagctttatcttggaagaaagtatgaagatagtgctctgacaattgacaacaag---gatcacagtg 14086565  T
Q  584 gaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaa 683  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||  ||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||  ||| |||||||||    
T  14086564 gaggtcagtggttgtctaatctaacttctttaacccatcttcgcctgatgtgaatatctaatcttgataaatttaatagttggtttcaaatggttggtaa 14086465  T
Q  684 gataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatccattccttgagtcaatccaagttcagctttt 772  Q
    | || ||||||| | |||||||||||||||  | |||| ||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  14086464 gttaacaaaactaagagaactaagtttaagaaattgtgacctttcttatcatttcatccattccctgagtcaatccaagttcaactttt 14086376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 412 - 766
Target Start/End: Original strand, 13470999 - 13471347
Alignment:
Q  412 ccatctcaacttggaaatctctccaacttgcagtatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaagcttacgaacc 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | | | ||||| |     |||   ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13470999 ccatctcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctataataatttggaaggaaatattccatctcaacttggaaagcttacaaacc 13471098  T
Q  512 tacaagaactttatcttggaagaagggatgatgataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttc 611  Q
    ||||| | |||||||||||| ||    |||||  |  || |||||| || |  |||     |||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||    
T  13471099 tacaaaagctttatcttggaggat---atgattttggtgatctgactatggacaacga---agatcacagtagaggtcagtggctgtctaattttacctc 13471192  T
Q  612 tttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaacggttggtaagataccaaaactgatagaactaagttta 711  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13471193 tttaacccatcttcacatgtcgtcgatatcaaatctttatagatttaatagttggttggaaacagttggtaagctaccaaaactgatagaactaagttta 13471292  T
Q  712 agtgaatgtggcctttctgatcattttatccattccttgagtcaatccaagttca 766  Q
    ||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13471293 agaaattgtggcctttctgatcattttgtccattccttgagtcaatccaagttca 13471347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 133; E-Value: 9e-69
Query Start/End: Original strand, 345 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 14027132 - 14026857
Alignment:
Q  345 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcag 444  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14027132 tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagcatcaattatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgcaa 14027033  T
Q  445 tatttggatcttattggaaatttattaaaaggaaaaataccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaagaagggatgatg 544  Q
    | | | |||||   ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||      ||| ||    
T  14027032 tttcttgatctccatggaaatttttttaaaggaaaattaccatctcaacttggaaagcttacaaacctacaagagctttatcttggaaatgaatatggtg 14026933  T
Q  545 ataatgctctgacaattggaaacagtacagatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatct 623  Q
    ||| || |||||| ||||  |||||    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14026932 atagtggtctgactattgacaacag---ggatcacaacggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatct 14026857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 573 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 13942972 - 13942773
Alignment:
Q  573 agatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaa 672  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||||||||||||  ||    
T  13942972 agatcacaatggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatcttaataaatctaatagttggttgaaa 13942873  T
Q  673 acggttggtaagataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatccattccttgagtcaatccaagttcagctttt 772  Q
    | |||||||||| ||||||| || | |||||||||||||||  | |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  13942872 atggttggtaagttaccaaatctaagagaactaagtttaagatattgtgacctttctgatcattttatccattcattgagtcaatccaagttcaactttt 13942773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 100 - 443
Target Start/End: Original strand, 13872831 - 13873174
Alignment:
Q  100 ttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccat 199  Q
    ||||||||| | |||||| || |||||||| ||||||||||| | |||||| | ||||||||| |||| || ||| |||||| |   | | ||| |  |     
T  13872831 ttttatatcggaggtgatgtcgacaagtcagtgatggagttgaagcaattaaagtatttgaacttcagtgggaattattttaaaggcagtaatagtttag 13872930  T
Q  200 atttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttctaattgcaattttggaggaaaaattcctattccattggagtcactctcacatttgaa 299  Q
     ||| ||||| ||| |||||||| ||||||||||||| |||||   |||    ||||| ||||||||| | |||| ||| ||||| ||  | ||||||||    
T  13872931 gtttttttggttctctaagaaacataagataccttgacctttcacgttgtcgctttggtggaaaaatttcaattcaatttgagtctcttccgcatttgaa 13873030  T
Q  300 atacttgaatctttcatggaattatctcgatggtttgattcctcatcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttg 399  Q
    ||| |||| |||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | | |||| ||||||| ||  ||||||||||     
T  13873031 atatttgagtctttcctcgaatgatctcgatggtttgattcctcatcaacttggaaatctctccaatgttcgatttattgatctaagcaacaatcattta 13873130  T
Q  400 gaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttgca 443  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  13873131 gaaggaagcattccatctaaactcggaaatctctccaacttgca 13873174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 92; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 574 - 737
Target Start/End: Complemental strand, 14049080 - 14048917
Alignment:
Q  574 gatcacagtggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtggtcgatatctaatattgatagatttaatagttggttagaaa 673  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||| |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  14049080 gatcacaatggaggtcagtggttgtctaatcttacttctttaacccatcttcacatgtcgtcaatattgaatcttgatagatttaatagtttgttggaaa 14048981  T
Q  674 cggttggtaagataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattt 737  Q
     |||||||||| |||||||| ||  |||||||| |||||  || |||| |||||||||||||||    
T  14048980 tggttggtaagctaccaaaattgggagaactaaatttaacagattgtgacctttctgatcattt 14048917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 63; E-Value: 6e-27
Query Start/End: Original strand, 347 - 441
Target Start/End: Original strand, 13873150 - 13873244
Alignment:
Q  347 aacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaatctctccaacttg 441  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  13873150 aactcggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctacaatcgtttggaaggaagcataccatcccaacttgaaaatctctccaacttg 13873244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 675 - 772
Target Start/End: Complemental strand, 14026847 - 14026750
Alignment:
Q  675 ggttggtaagataccaaaactgatagaactaagtttaagtgaatgtggcctttctgatcattttatccattccttgagtcaatccaagttcagctttt 772  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||    | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  14026847 ggttggtaagttaccaaaactgagagaactaagtttacaaaattgtggcctttctgatcattttatccattcattgagtcaatccaagttcaactttt 14026750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 345 - 428
Target Start/End: Original strand, 13471004 - 13471087
Alignment:
Q  345 tcaacttggagatctctccaacttgcaatttcttgatcttagatacaatcatttggaaggaagcattccatctcaacttggaaa 428  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  13471004 tcaacttggaaatctctccaacttgcaatttcttgatctcagctataataatttggaaggaaatattccatctcaacttggaaa 13471087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 100 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 14049239 - 14049097
Alignment:
Q  100 ttttatatcagcggtgatatccacaagtcattgatggagttgcaacaattacaatatttgaacctcagcggaaataattttagaaataattatattccat 199  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||| | || ||| |||| | | ||| || ||| |||     
T  14049239 ttttatatccgtggtgatatccacaactcattgatggagttgcagcaactaaagtatttgaacctccgtgggaattatttcacagatatttctatcccag 14049140  T
Q  200 atttctttggatctttaagaaacctaagataccttgatctttc 242  Q
     |||| |||||||| |||||||| |||| || | |||||||||    
T  14049139 gtttcattggatctctaagaaacttaaggtatcatgatctttc 14049097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 484 - 533
Target Start/End: Original strand, 13861021 - 13861070
Alignment:
Q  484 ccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatcttggaag 533  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  13861021 ccatctcaacttggaaagcttgtgaacctacaagagctttatcttggaag 13861070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 484 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 13943040 - 13942996
Alignment:
Q  484 ccatctcaacttggaaagcttacgaacctacaagaactttatctt 528  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  13943040 ccatctcaacttggaaagcttacaaacctacaagagctttatctt 13942996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University